미등기양도 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2004.00.00. A시 소재 토지(이하 “ 쟁점필지 ”라 한다) 답 1,000㎡ 중 250㎡(이하 “ 쟁점토지 ”라 한다)와 쟁점외부동산 을 B로부터 800백만원에 취득하였다.
• 나. 청구인은 2020.00.00. 쟁점외부동산과 쟁점토지를 C 에게 1,600백만원에 양도하였다. 쟁점외부동산은 취득 시 청구인에게 소유권 이전등기되었으나, 쟁점토지는 소유권 이전등기가 되지 않은 채로 C에게 양도되었다. 이후 청구인은 2020년 과세연도 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 다. 2025.2.00.부터 2025.3.00.까지 청구인에 대한 처분청의 2020년 과세연도 양도소득세 조사 결과, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 미등기 양도한 것으로 보아 쟁점토지에 대해 미등기 양도 중과세율 70%를 적용하여 2025.5.00. 청구인에게 2020년 과세연도 양도소득세 100,000,000원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025.12.00. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 쟁점필지에서 쟁점토지를 분할하기 위해 노력하였으나 분할이 불가능하여 부득이하게 소유권 이전 등기를 하지 못한 것이므로 쟁점토지를 미등기 전매한 것으로 보는 것은 부당하다.

1. 쟁점필지의 전 소유자 B는 건축행위를 통해 쟁점필지의 지목을 답에서 대지로 변경하여 쟁점토지를 분할할 수 있다고 하면서 쟁점필지 중 B가 건축에 사용할 부분을 제외한 250㎡의 쟁점토지 매입을 청구인에게 권유하였다. 당시 청구인은 쟁점외부동산에 있는 공장 입구 확보가 필요한 상황이라 계약을 체결하게 되었고 계약서에 쟁점토지에 대한 별도 이행각서 및 분할도면, 등기상 설정 등 제반 사항을 명시하였다. 계약 당시 건축허가서 등을 보아 의심의 여지가 없어 보였고 공사착수를 위한 형질변경 비용도 면적대비 계산하여 지불하였다.

2. 청구인이 쟁점외부동산과 쟁점토지를 B로부터 취득한 후 B는 쟁점외부동산에 있는 공장을 가동하기 위해 청구인과 임대차계약을 체결하였다. 3) 청구인은 B에게 건축행위에 대한 문의와 토지분할 준비를 위해 여러 차례 부탁하였는데 그때마다 기다리라고만 하였다. 청구인은 건축허가기간 연장 및 설계사무실에 건축허가의 이상 여부도 알아보았으며, A시청에 여러 차례 토지 분할에 대해 문의를 하였으나 ‘토지형질이 답이고 분할최소 면적에 부합하지 않는 경우 분할이 불가능하다’는 답변만 받았다.

4. 임대차계약 만료된 이후에 청구인과 B는 여러 차례 다툼이 있었다. B는 건축행위를 위해 쟁점필지를 담보로 대출을 받아야 할 것 같다며 쟁점필지에 설정된 청구인의 근저당을 해지해줄 것을 요청하였고, 청구인은 어쩔 수 없이 이에 응하였으나 B는 이후 제3자에게 쟁점필지를 매도하였다. 청구인이 쟁점필지 매수자에게 쟁점토지 분할을 이야기하였더니 매수자는 토지분할에 관한 사항을 인수인계 받았다고는 하였으나 근저당 설정은 거절하였고, 이후 여러 차례 분쟁이 있었으며 건축행위를 하고자 하였으나 건축허가는 나오지 않았다.

5. 코로나로 시국이 어지러운 때 청구인은 쟁점토지를 매도하려 하였으나 토지분할 문제가 걸림돌이 되었고, 당시 쟁점필지 소유자 D에게 쟁점토지 매도에 필요한 사항들을 설명하고 도와줄 것을 요청하였으나 거절당하였다. 쟁점필지에서 쟁점토지를 분할하기 위해서는 건축허가를 받아 형질을 변경하고 분할하는 것 외에는 방법이 없었으나 당시 토지 소유자의 토지용도와 사용용도가 일치하지 않아 매번 허가를 받지 못하였다. 건축허가 답사일이 다가오면 쟁점필지를 깨끗하게 정리하곤 했지만 결국 건축허가는 나오지 않았다.

6. 이후 쟁점외부동산에 있는 공장을 수리하고 나서부터 토지 매입의뢰가 여러 차례 있었다. 청구인은 토지분할 문제가 해결되기 전까지는 매도가 힘들다고 생각하여 거절하였으나 한 부동산 사무실에서 문제를 해결해주겠다고 하여 우여곡절 끝에 매도할 수 있었다.

7. 매도계약 당시 쟁점필지 소유자인 D는 근저당을 설정해주는 조건으로 금전을 요구하였고, 청구인은 쟁점필지의 일부인 쟁점토지에 대한 그동안의 세금과 위로금 명목으로 돈을 지불하고 영수증을 받았다.

• 나. 청구인은 쟁점토지 양도 과정에서 미등기전매로 발생될 문제는 생각하지 못했다. 상식선에서 있는 그대로 신고를 하였고 탈세할 생각은 해보지도 않았다. 모르는 것이 죄가 될 수 있겠지만 청구인은 대한민국 국민으로서 모든 의무를 다하며 열심히 살아왔다. 미등기전매의 예외 조항이 있는 것으로 알고 있는데 선처를 부탁드리며, 쟁점토지는 동네주민들이 도로로도 사용해왔는데 이러한 부분까지 고려하여 선처를 부탁드린다.

• 가. 청구인은 쟁점토지 양도 당시 지자체 지침에 따라 토지분할에 제한이 있었으므로 미등기 전매에 해당하지 않는다고 주장하나, 1) 소득세법제104조제3항과 같은 법 시행령 제168조제1항에서 미등기 양도 제외자산은 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의해 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산인 경우를 말하는 것이다. 2) 그런데 2004.00.00. 청구인의 쟁점토지를 분할하고자 하는 경우의 최소면적은 200㎡이다. 즉, 쟁점토지는 최소면적 요건을 충족하여 취득 당시 분할등기가 가능하였다.

3. 다만 2006.00.00. 쟁점토지가 개발제한구역에서 해제되어 우선해제지역으로 지정되면서 토지분할 최소면적은 300㎡으로, 쟁점토지 분할등기에 제한이 생겼다. 4) 즉, 분할등기를 통해 취득등기를 하고자 하는 경우 취득 시점에는 법률로서 분할등기에 제한요건은 없었으며, 양도 시점에는 우선해제지역으로 지자체 지침으로서 분할 최소면적 요건이 있었다.

5. 그러나 쟁점필지에 대한 공유지분등기(쟁점필지 전체면적 중 청구인의 보유면적 250㎡)에 대해선 취득 당시부터 양도시점까지 법률 등으로 부동산 취득에 관한 등기를 하는데 제한요건이 없었다.

• 나. 청구인은 대지로 형질변경 후 분할등기하는 경우 자산취득 이익이 클 것으로 판단하여 쟁점토지를 취득한 것으로 보이고, 쟁점토지의 전소유자 B가 매매계약서상 약정(건축 후 토지분할)을 이행하지 않고 토지의 소유자가 2회 변경되었음에도 청구인은 소유권 확보를 위한 별도의 노력(소유권 이전에 관한 소송, 공유지분등기 등)없이 미등기상태를 유지하였다.
• 다. 청구인은 전소유자의 비협조로 인해 부동산 취득등기에 어려움이 있었다고 주장하나, 미등기 양도자산에서 제외하는 경우로 보는 사유에는 전소유자의 비협 조는 해당하지 않으며(서울고등법원 2011.1.26. 선고 2010누27136, 판결 참조), 양도 당시 쟁점토지 소유자 D와의 합의서에서 볼 수 있듯이 서로의 필요에 의해 미등기 상태에 합의한바, 쟁점토지를 등기·등록 없이 양도한 것으로 판단된다.
• 라. 또한 청구인은 주민들이 사용하는 도로인 쟁점토지에 대해 전매로 판단하는 것은 위법하다고 주장하나, 1) 쟁점토지가 청구인의 건물 진입로 및 청구인의 건물 북측으로 이어지는 도로 용도로 사용되는 것이 확인되기는 하나, 쟁점토지의 지목은 답이며 소유자가 언제든지 타인의 출입을 제한할 수 있는 사유지에 해당한다. 2) 또한 쟁점토지가 도로라 하더라도 이는 소득세법제104조제3항 및 소득세법 시행령제168조제1항이 규정하는 미등기양도 제외자산에 해당하지 않고, 미등기전매가 아님을 주장하기 위한 근거로 볼 수 없다.

쟁점토지 양도 당시 분할최소 면적에 미달하여 등기가 불가능했으므로 미등기 양도세율을 적용한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

1) 소득세법 제88조 【정의】

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항제10호에서 "미등기양도자산"이란 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다. 3) 소득세법 시행령 제168조 【미등기양도제외 자산의 범위 등】

① 법 제104조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산 4) 부동산등기법 제3조 【등기할 수 있는 권리 등】 등기는 부동산의 표시(表示)와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 권리의 보존, 이전, 설정, 변경, 처분의 제한 또는 소멸에 대하여 한다.

1. 소유권(所有權)

1) 청구인의 쟁점토지 및 쟁점외부동산 취득 가) 청구인은 2004.00.00. 쟁점토지 및 쟁점외부동산을 B로부터 800백만원에 취득하는 매매계약서를 작성하였다. 해당 매매계약서상 잔금지급일자는 2004.00.00.이다. 나) 2004.00.00. 청구인과 B는 쟁점토지를 분할하되, “소유권 이전 조건을 갖출 때까지 소유지분에 대해 매수자가 설정키로 하는” 내용의 이행서를 작성하였다. 2) 쟁점토지 포함 쟁점필지의 권리 변동내역 가) 쟁점필지 등기사항증명서를 발췌한 내용은 다음과 같다. 쟁점필지는 근저당이 설정되었다가 해제된 사실이 있다. 나) 쟁점필지(쟁점토지 포함)의 일자별 소유권 등 권리변동내역을 정리한 것은 다음과 같다. 3) 청구인의 쟁점토지 및 쟁점외부동산 매각 내용 가) 청구인은 2020.00.00. 쟁점토지 및 쟁점외부동산을 C에게 1,600백만원에 양도하는 매매계약서를 작성하였다. 청구인은 쟁점필지 소유자와의 합의하에 쟁점토지에 대한 근저당을 설정해주기로 하였다. 나) 청구인은 쟁점토지 및 쟁점외부동산을 양도하기 위하여 2020.00.00. 쟁점필지 토지주 D, 매수자 C와 근저당 설정에 관한 합의서를 작성하였다. 4) 쟁점토지의 분할등기 가능 여부 검토 가) A시가 2025.2.00. 처분청에 회신한 공문에 의하면 쟁점토지는 200㎡ 이상 으로 청구인의 취득(’04년 00월) 당시에는 분할이 가능한 상태인 것으로 확인된다.

• 나) A시 지침(토지분할 최소면적 기준 300㎡)으로 인해 청구인의 쟁점토지 양도 당시(’20.00월)엔 쟁점토지 분할이 불가능하였던 것으로 확인된다. 다) 청구인의 위임을 받은 청구인의 아들 E는 문답서에서 시청으로부터 ‘취득 당시부터 최소분할면적 300㎡ 조건을 만족하지 못해 분할등기가 되지 않는다’고 들었다고 주장하였다. 5) 청구인의 쟁점토지 및 쟁점외부동산 매각 내용 청구인은 2020.00.00. 쟁점토지 및 쟁점외부동산을 C에게 양도하면서 쟁점토지에 대해 일반세율을 적용하여 신고하였으나, 처분청은 2025.5.00. 쟁점토지를 미등기양도자산으로 보아 양도소득세를 경정하였다. 6) 기타 청구주장 관련 검토 가) 청구인은 2005.1.1.을 개업일자로, 쟁점외부동산을 사업장소재지로 하여 부동산입대업 사업자등록을 하였으며, 이후 B가 대표자로 있는 회사에 쟁점외부동산을 임대하고, 2005.1월부터 2008.6월까지 임대료를 지급받은 것으로 나타난다. 나) 쟁점필지 토지소유주가 건축허가를 받지 못하여 형질변경을 하지 못하였다는 청구주장과 관련하여, A시가 2025.3.00. 처분청에 회신한 공문에 의하면 쟁점필지의 현 소유자 D는 2014.00.00. 근린생활시설 신축을 위해 A시에 건축·대수선·용도 변경허가 신청서를 제출하여 2014.00.00. 허가를 받은 것으로 확인된다. 2026.1.15. 현재 쟁점필지에 대한 건축물대장은 조회되지 않으나, 항공사진에 따르면 2015년부터 쟁점필지에 건물이 있는 것으로 나타난다.

1) 관련 법리 가) 소득세법제104조제1항 및 제3항은 부동산 등을 취득한 자가 그 부동산 등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 경우 양도소득세 중과세율 70%를 적용한다고 규정하고 있다. 또한 소득세법 시행령제168조제1항은 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산 등에 대해서는 양도소득세 중과를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 나) 이때 미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세, 취득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는 데 있으므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외된다(대법원 1995.4.11. 선고 94누8020 판결 참조). 2) 쟁점토지 양도에 대해 미등기 양도세율 70%를 적용한 처분이 부당한지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지 양도에 대해 미등기 양도세율을 적용한 처분이 위법 또는 부당하다고 보기 어렵다. (1) 청구인은 A시청이 토지분할을 허가해주지 아니하여 쟁점토지에 관한 등기를 하지 못하였다는 취지의 주장을 하였으며, 실제로 A시청이 회신한 공문에 따르면 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 쟁점필지에 대한 분할은 불가능하였던 것으로 보인다. 그러나 토지분할을 한 후에 쟁점토지 취득에 관한 등기가 이루어져야 하는 것은 아니며, 청구인은 공유지분등기를 통해서도 쟁점토지 취득에 관한 등기를 할 수 있었다고 보인다. 그런데 청구인이 주장한 B와 D가 토지분할에 제대로 협조하지 아니하였다는 사정 등 일련의 사실관계를 살펴보더라도 청구인에게 쟁점토지에 대하여 공유지분등기가 불가능하였다는 사정은 보이지 아니한다. 즉, 청구인이 쟁점토지 취득에 관한 등기를 하지 못할 부득이한 사정이 있었다고 보기 어렵다. (2) 설령 양도인 등이 공유지분등기에 협조하지 않더라도 소유권이전등기청구소송에 의하여 등기를 경료하여야 하므로, 양도인 등이 협조하지 않았다는 사정만으로는 쟁점토지가 ‘법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산’에 해당한다고도 보기 어렵다 (서울고등법원 2011.1.26. 선고 2010누27136 판결 참조). (3) 게다가 청구인이 2004년 쟁점토지를 취득할 당시에는 쟁점토지 분할이 가능하였던 점, 청구인은 2004년 쟁점토지를 취득한 이후 2020년 쟁점토지를 양도할 때까지 공유지분등기를 장기간 해태한 점 등에 비추어 보건대 쟁점토지 양도소득에 대하여 중과세율을 적용한 처분이 부당하다고도 보기 어렵다. 나) 따라서, 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세 중과세율 70%를 적용하여 양도소득세 고지한 이 건 처분은 잘못이 없 는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.