소득세법 제100조 제3항은 납세의무자의 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정이며, 면적기준으로 안분한 양도가액이 필지별 기준시가에 의한 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로 토지와 건물 등 가액이 불분명한 때에 해당함
소득세법 제100조 제3항은 납세의무자의 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정이며, 면적기준으로 안분한 양도가액이 필지별 기준시가에 의한 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로 토지와 건물 등 가액이 불분명한 때에 해당함
이 건 심사청구는 기각합니다.
12.
5. 경기도 소재 A임야 등4필지 98,706㎡(이하 “ 쟁점토지 ”라 한다)의 본인 지분 40.8%(40,272.05㎡)를 B지역주택조합(이하 “ B주택조합 ”이라 한다)에 양도하고, 2024.
1.
9. 양도가액 10,730,400,000원, 취득가액은 환산가액 2,659,030,000원으로 하여 양도소득세 2,472,648,060를 신고하고 납부하였다.
4.
4. 2023년 과세연도 양도소득세 325,682,267원을 경정․고지 하였다.
5.
28. 이 건 심사청구를 제기하였다.
12.
20. 매매계약을 체결하였고, 공유 지분권자들 역시 이에 합의하였다. 2) 이후, B주택조합과 대주단의 PF대출이 불경기로 인하여 지연되던 중 2023.
12.
5. B주택조합의 대출이 실행되어 잔금을 받게 되었는바, 오랜 기간에 걸쳐 조합측과 협상, 계약, 대금수수 등의 진행과정을 거쳤다. 3) 쟁점토지는 임야가 96.2%, 전(田)이 3.8%로 사실상 거의 전부가 임야이고, 전의 경우 주변이 임야에 포위된 맹지로서 수목이 식재된, 실질적으로 임야와 같은 토지인 만큼 이를 매입하는 B주택조합측이나 양도하는 청구인 모두 거래되는 면적이 중요할 뿐 지목은 가격결정에 아무런 검토 사항이 아니었다. 4) 특히, B주택조합은 쟁점토지 일대를 전부 매입하여아만 개발을 할 수 있는 상황이었기에 지목은 의미가 없는 것이었다. 따라서, 2021.
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20. 계약서 작성 당시부터 청구인 및 공유지분자의 필지별 매매대금 세부내역이 면적비율에 따라 작성되었고, 이를 근거로 2022.
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2. D시청에 ‘부동산거래계약신고 필증’에 각 필지별 거래금액을 기재하여 적법하게 신고한 바 있다. 5) 그럼에도 처분청은 ｢소득세법｣ 제100조제3항 및 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 를 들어 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 구분 기장한 가액이 보충적 평가방법에 따라 배분한 가액과 30% 이상 차이 나는 경우 불분명한 것으로 본다는 규정을 들어 이 건 신고내용을 부인하고 임의로 배분한 금액을 바탕으로 이 건 처분을 하였다. 6) ｢국세기본법｣ 제16조제1항 은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 증빙에 의하도록 규정하고 있다. 부동산 매매계약서 및 부동산거래계약신고필증에 근거한 청구인의 양도소득세 과세표준 및 세액 신고ㆍ납부를 부인하는 것은 ｢국세기본법｣ 제16조 를 위반한 것이다. 7) ｢소득세법｣ 제100조 및 같은 법 시행령 제166조 규정은 ‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우’에 그 토지와 건물 둥이 가액을 구분한 때 적용하는 규정이다(대법원 2019.
1.
31. 선고 2018두57452). 이에 처분청 주장은 ｢국세 기본법｣ 제16조 에 더하여 ｢소득세법｣ 제100조 를 위반한 위법이다. 8) 세법을 적용함에 있어 유추 또는 확정해서는 안되며, 본법의 취지가 양도 소득세에 있어서는 토지보다는 건물 등에 많이 배분하여 취득가액 환산 시 건물 취득가액을 부당하게 높여 양도소득세를 회피하는 것을 방지하기 위함이다. 9) 부가가치세에 있어서는 반대로 건물의 가액을 임의로 낮추어 부가가치세를 회피하는 것을 방지하고 건물 과세표준을 명확히 하기 위한 것임은 처분청도 당연히 알고 있다. 10) 그럼에도 처분청은 이 법을 입법취지에 어긋나게 해석하여 납세자의 권리를 침해하였고, 그 거래목적 및 매입용도가 명확한 것까지 ‘건물 등’에 토지도 포함되어 ‘토지와 토지 등’으로 볼 수 있다며 가산세를 포함한 무리한 처분을 하고 있다.
6. 지목 상 전(田)인 F리 176번지 및 177번지는 쟁점토지의 3.8%에 불과하고 96.2%를 차지하는 산 18번지 임야에 완전히 둘러쌓여 있으며, 수목이 식재되어 있을 뿐만 아니라 경사가 있는 등 임야의 개발이 전제되지 않는다면 독립적으로 그 가치를 가지기 어려운 입지조건을 가지고 있어 사실상 임야와 운명을 같이하는 부속토지에 불과하다.
1. 청구인 및 공유지분자들은 결과적으로 매수자와 협상한 가격을 수용하여 정상적이고 합리적으로, 각자 의사대로 매매계약을 체결하였다. 청구인은 허위의 계약서를 작성하거나 매매계약 전후는 물론 현재까지도 매매대금을 임의 배분한 사실도 없다. 아무런 이유 없이 사인 간의 계약을 부인하는 것은 위법이다. 2) 대법원과 조세심판원에서도 양도자가 다수인 경우에도 양도가액을 임의로 배분하거나 부정한 방법으로 양도가액을 왜곡시킨 경우에만 일괄 양도로 보아 양도가액을 재계산하고 정상적이고 합리적인 경우, 당사자 사이의 계약은 존중되어야 한다고 일관되게 판단하고 있다.
3. 계약을 한 이후 청구인은 대략의 예상세액(비사업용 토지)이 30억원을 상회함을 알게 되었고, 양도소득세 신고를 의뢰한 세무대리인으로부터 예전에 청구인이 서울에 거주한 사실을 발견하여 임야의 경우 재촌요건에 해당되어 세액이 줄어든다는 사실을 알게 되었다. 청구인은 쟁점토지 전부를 사업용 토지로 인정받기 위해 노력하였다면 얼마든지 그 요건을 채울 수 있었음에도 그 어떤 인위적 행위를 한 사실이 없을 만큼 성실한 납세자로 살아왔다. 4) 양도소득세만 24억원 이상 납부한 청구인이 2억여원의 세금을 절감하기 위해 잘 알지도 못하는 세법을 운운하며 B주택조합측과 면적비율 배분을 논할리도 만무하다.
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15. 신설된 조항(2016.
1.
1. 양도분부터 적용)으로 개정 취지는 ‘자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피 방지’하기 위한 것으로, 계약서 등 증빙서류에 의해 가액이 구분되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지를 명확히 입증하기 어렵다는 사정을 감안하여 ｢소득세법｣ 제100조제2항 의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단기준을 명확히 하려는 취지이다(서울고등법원 2020.
6.
18. 선고 2019누58799 판결). 3) 청구인은 자산별 가액을 임의로 구분한 적이 없으며 현실 시세를 반영하지 못하는 기준시가로 안분하는 것은 부당하다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제100조제3항 은 가액의 구분이 기준시가로 안분한 가액과 30% 이상 차이나는 경우 ‘실제 거래가액에 불구하고 구분이 불분명한 때로 본다’라는 의미로, 제3자 간 합리적인 의사합치에 따른 거래가액이라 하더라도 양도소득세 계산에서는 기준시가로 안분한 양도가액에 따라 양도차익을 산정하겠다는 뜻으로 청구인이 작성한 계약서가 허위라거나 거래한 시가를 부인한다는 것은 아니다. 4) 위 조항은 추정규정이 아닌 간주규정으로 보아야 한다. 가) 서울고등법원 판결(서울고등법원2019누58799, 2020.
6.
18. 판결)에서도 동 조항이 추정규정이 아닌 예외를 허용하지 않는 간주규정이라고 판단하였다. 만약 이를 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 적용하지 않을 수 있게 되어 사실상 신설 전과 아무런 차이가 없게 되어 간주규정의 형식을 취함으로써 조세법률관계를 명확히 하고자 하는 입법 취지에 위배된다고 보았다. 나) 청구인의 의도와 무관하게 기준시가와 지목이 상이한 각 필지를 동일 단가로 양도가액을 배분한 결과 비사업용 토지(F리 176번지, 177번지)에 양도가액이 과소배분되어 비사업용 토지 중과세율 적용이 배제되었고, 기준시가는 낮고 면적이 넓은 F리 산 18번지에 양도가액이 과다 배분되어 환산 가액이 과다산정되는 등 결과적으로 양도소득세가 회피된 것이다. 다) 따라서 청구인이 일괄양도한 쟁점토지의 자산별 가액이 불분명한 때로 보아 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항 에 따라 기준시가로 안분한 필지별 양도가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다. 5) 청구인이 제시한 과세전적부심사청구 결정례(적부-국세청-2024-0175, 2024.
11. 21.)는 다수 토지를 일괄양도한 건에서 양도인 간 구분한 양도가액이 기준시가에 의한 안분과 30% 이상 차이나는 경우로 기준시가에 의한 안분가액을 초과하여 양도대금을 수령한 양도인에게 증여세를 과세한 사안이며 양도인 간 양도소득세는 재계산하여 환급결정하였다. 특수관계없는 매수인과 거래한 가액은 시가에 해당하므로 시가대로 양도가액 배분한 것이 증여세 과세대상이 될 수는 없을 것이다. 결정문 말미에 ‘이 건 쟁점토지 양도거래의 경제적 실질 등을 고려할 때 양도가액을 기준시가에 의한 안분가액으로 보는 것은 불합리한 측면이 인정된다’라고 적시한 것은 증여세 부과의 관점에서 언급한 것으로 보이며, 양도차익 산정이 쟁점인 이 건과는 다른 사안으로 판단된다.
2. 청구인은 ｢소득세법｣ 제100조제2항 에서 의미하는 일괄양도는 ‘토지와 건물 등을 함께 취득·양도하는 경우’에 적용하는 규정이나 이 건과 같이 ‘토지와 토지를 함께 양도하는 경우’에는 적용할 수 없다고 주장하나, 서울고등법원 판결(서울고등법원 2010.
10.
1. 선고 2010누5563 판결), 국세청 해석례(기준-2016-법령해석재산-0116, 2016.
9. 17.) 등에서 ‘토지와 건물’이 일괄 양도되는 경우 뿐만 아니라 ‘토지와 토지’가 일괄 양도되는 경우도 적용의 대상이 된다고 일관되게 판시하고 있다. 따라서 이 건 양도는 일괄양도에 해당한다.
3. 추가로, 청구인은 조합이 대규모 토지 매수할 때 지목은 고려대상이 되지 못하고 오로지 면적으로 가격을 결정한다고 주장한다. 지목은 기준시가 산정의 기준 중 하나로 이에 따라 산정된 기준시가를 기준으로 안분하는 것이 부당하다는 의미로 해석된다. 가) 청구인의 주장대로라면 비슷한 시기에 B주택조합에 토지를 양도한 양도자들의 면적당 양도단가는 모두 동일하거나 유사해야 한다. 나) 그러나, 청구인이 증빙서류로 제출한 부동산매매계약서(양도자 E) 건은 총 양도가액 1,641백만원, 양도물건은 슬레이트지붕 근린시설 건물 2채와 토지 4필지 988㎡인데 건물은 재개발로 멸실 대상이고 토지면적으로만 가액이 산정되었다면 단위당 양도단가는 1,660,931원/㎡이다. 이 건 양도인은 총 양도 가액을 기준시가로 배분한 자산별 양도가액으로 양도소득세 예정신고하였다. < 인근 매도인 E 양도내역 > 구분 합계 A건물 B건물 1번지 2번지 3번지 4번지 지목 근린 근린 대 잡종지 도로 도로 기준시가(원/㎡) @536,800 @536,800 @157,500 @175,300 신고 양도가액(백만원) 1,641 75 87 732 719 6 22 양도단가(원/㎡) @1,557,659 @1,557,659 @457,025 @508,677 다) 이 외에도 B주택조합의 인근 토지 매수내역은 다양한 협상조건(토지 면적, 위치, 매도자 성향 등)에 따라 달라질 수 있겠으나, 기준시가가 높은 토지가 대체로 높은 단가로 거래된 것으로 확인되어 오로지 면적 기준만으로 거래된 것은 아님을 알 수 있다. < B주택조합 토지 매수 내역 > 지번 지목 계약일 양도일 면적(㎡) 양도가액(백만원) 양도단가(원) 기준시가(원) F리 1○3 대 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 657 1,281 @1,950,533 @554,900 F리 1○8-1 답 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 1,444 2,229 @1,544,043 @481,200 F리 1○3-6 전 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 2,049 3,996 @1,950,328 @507,100 F리 1○9-1 대 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 653 2,350 @3,598,775 @586,500 F리 1○9-17 답 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 192 600 @3,125,000 @441,000
다수 토지를 일괄양도하면서 필지별 면적기준으로 양도가액을 안분한 것이 정당하다는 청구주장의 당부
1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】(2023.
12.
31. 법률 제19933호로 일부개정되기 전의 것)
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례 가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산 취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정 하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 1-1) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】 (2024.
2.
29. 대통령령 제34265호로 일부개정되기 전의 것)
⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 ｢상속세 및 증여세법｣ 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 ｢상속세 및 증여세법｣ 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. 1-2) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 (2024.
2.
29. 대통령령 제34270호로 일부개정되기 전의 것)
① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세 기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
1) 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 가) 청구인은 1978.
5. 3.부터 1987.
2. 24.까지 쟁점토지 4필지 98,706㎡를 취득하여 2021.
12.
20. 쟁점토지의 지분 59.2%를 G 등 11명(이하 “ 공유자들 ”이라 한다)에게 증여하였으며, 쟁점토지 각 필지의 청구인과 공유자들 지분비율은 동일하다. < 쟁점토지 취득 및 지분 현황 > 지번 취득일 등기원인 지목 면적(㎡) 2021.12.20. 현재 지분 F리 산 18 1978.5.3. 매매 임야 92,998 청구인 40.8% 공유자들 59.2% F리 산 18-2 1978.5.10. 매매 임야 1,955 F리 176 1987.2.21. 매매 답 3,541 F리 177 1987.2.24. 매매 전 212 합계 98,706 나) 청구인과 공유자들은 2021.
12.
20. 쟁점토지 전체를 263억원에 B주택조합에 양도하기로 계약하였으며, B주택조합의 잔금지급일에 따라 다음과 같이 3차에 걸쳐 소유권이전등기가 이루어졌다. < 쟁점토지 소유권 이전 현황 > (단위: 원) 양도자 이전등기일 지분율 계약금액 비고 H 2021.12.21. 3% 789,000,000 매매계약서 별도(789백만원) G 등 3 2022.11.4. 14.2% 3,734,600,000 청구인 등 11명 매매계약서 일괄 작성(25,511백만원) 청구인 등 8 2023.12.5. 82.8% 21,776,400,000 합계 100% 26,300,000,000 다) 청구인 등 11명이 2021.
12.
20. B주택조합과 체결한 ｢부동산 매매 계약서｣(이하 “ 쟁점매매계약서 ”라 한다)는 다음과 같이 쟁점토지의 필지별 가액 구분 없이 매매대금 25,511,000,000원으로 기재하고 있으며, 쟁점토지 ㎡당 가액 266,448원은 H이 2021.
12.
20. B주택조합과 별도계약 후 2021.
12.
21. 소유권이전한 쟁점토지의 지분 3%의 거래가액과 일치한다. 부동산 매매계약서 ■ 목적물(부동산의 표시): F리 산 18번지 외 3필지 지번 지목 공부면적 매매면적(지분 97%) 소유자 비고 ㎡ 평 ㎡ 평 산18 임야 92,998 28,131.9 90,208.1 27,288.0 청구인 외 10인 산18-2 임야 1,955 591.4 1,896.3 573.6 176 답 3,541 1,071.2 3,434.8 1,039.0 177 전 212 64.1 205.6 62.2 합계 98,706 29,858.6 95,744.8 28,962.8 위 표시 부동산의 매도인(이하 “甲”이라 칭한다)과 매수인(이하 “乙”이라 칭한다)는 위 표시부동산(토지와 건물 등 지장물 일체 포함)에 대한 계약을 다음과 같이 체결하고 신의에 따라 성실히 이행하기로 한다. (중략) 제3조(매매대금 지급방법)
② 위 목적물 “甲”의 토지에 근저당, 압류, 가압류, 가처분 등 기타 권리를 제한하는 하자가 있을 경우 “甲”이 총 매매대금 제한 권리 말소 절차가 완료되어야 “乙”은 중도금 또는 잔금을 지급할 수 있다.(총 매매대금 25,511,000,000원) 라) 청구인 등 11명이 2021.
12.
20. D시장에 신고한 ｢부동산거래계약신고 필증｣은 다음과 같이 쟁점토지 지분 97%의 거래가액을 각 필지별 지목에 관계 없이 면적(㎡)당 266,448원으로 동일하게 산출하여 기재하고 있다. < 청구인 등 11명의 쟁점토지 각 필지별 양도가액 > (단위: 원) 지번 지목 지분 97% 면적(㎡) 양도가액 비고 F리 산 18 임야 90,208.1 24,035,757,964 지목에 관계없이 266,448원/㎡ 동일 F리 산 18-2 임야 1,896.3 505,265,135 F리 176 답 3,434.8 915,195,214 F리 177 전 205.6 54,781,687 합계 95,744.8 25,511,000,000 2) 청구인의 쟁점토지 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 가) 청구인은 2024.
1.
9. 쟁점토지 98,706㎡의 본인 지분 40.8%(40,272.05㎡)에 대한 양도가액 10,730,400,000원을 필지별 구분없이 면적으로 안분하고 취득가액은 환산가액 2,659,030,000원을 적용하여 양도차익 8,062,574,812원을 산출하여 양도소득세 2,472,648,060를 신고․납부하였다. 나) 조사청은 2025년 3월에 청구인의 2023년 과세연도 양도소득세 예정 신고서를 검토한 결과, 청구인이 쟁점토지 4필지 전체를 B주택조합에 일괄양도하면서 적용한 각 필지의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 발생하여 가액구분이 불분명한 때에 해당하는 것으로 보아 다음과 같이 기준시가로 안분한 양도가액을 기준으로 양도차익을 재산정한 결정내역을 통보하였고, 처분청은 2025.
4.
4. 2023년 과세연도 양도소득세 325,682,267원을 경정․ 고지하였다. < 양도소득세 신고 및 경정 내역 > (단위: 원) 구 분 산18(임야) 산18-2(임야) 176(답) 177(전) 합 계 면적(㎡) 37,943.18 797.64 1,444.73 86.50 40,272.05 기준시가(㎡) 27,700/ ㎡ 49,200/ ㎡ 220,800/ ㎡ 220,800/ ㎡
• 신 고 양도가액 10,109,476,644 212,609,255 384,571,674 23,742,427 10,730,400,000 취득가액 2,619,897.279 31,582,705 7,094,519 455,517 2,659,030,000 양도차익 7,481,142,587 180,854,506 377,301,731 23,275,988 8,062,574,812 경 정 양도가액① 7,895,689,062 294,814,317 2,396,416,505 143,480,116 10,730,400,000 취득가액 2,045,977,330 43,789,672 44,203,727 2,752,542 2,136,723,271 양도차익 5,841,275,825 250,852,618 2,352,037,374 140,716,651 8,584,882,468 증감 양도가액② △2,213,787,582 82,205,062 2,011,844,831 119,737,689 0 취득가액 △573,919,949 12,206,967 37,109,208 2,297,025 △522,306,729 양도차익 △1,639,866,762 69,998,112 1,974,735,643 117,440,663 522,307,656 비 율 차이(②/①) 28.0% 27.8% 83.9% 83.4%
• 면적, 신고 양도가액 94.2% 2.0% 3.6% 0.2% 100% 경정 양도가액 73.7% 2.7% 22.3% 1.3% 100% 비고 사업용 토지 사업용 토지 비사업용 토지 비사업용 토지 * 보유기간 중 60% 이상 재촌(직선거리 30㎞ 이내) 요건 충족 다) 공유자들도 쟁점토지 지분에 대한 양도소득세를 신고하면서 지목에 관계없이 면적으로 안분한 246,448원/㎡을 양도가액으로 신고하였다. 3) 쟁점토지 현황 가) 쟁점토지 전체의 현황은 다음과 같으며, 지목이 임야인 F리 산 18번지는 수목이 우거진 상태, 산 18-2번지는 정확한 용도 확인이 불가능한 것으로 보이고, F리 176번지 및 177번지는 농장형태로 보인다.(사진생략) 나) 청구인은 쟁점토지 각 필지의 거래가액은 면적기준으로 산정한 것이라고 주장하면서 2025년 4월 B주택조합이 작성한 사실확인서를 제출하였으며, 면적당 가액기준으로 매입하고 관리한다는 내용을 기재하고 있다. 사실확인서 저희 지역주택조합은 경기도 소재 일대의 토지를 매입하여 대규모 아파트개발을 하기 위해 설립된 조합으로 토지매입을 위해 토지소유주들과 수많은 협상을 진행하였습니다. 특히, 청구인(산 18, 산 18-2, 176, 177번지)의 경우 계약에 이르기까지 그리고 잔금을 지급하기까지 오랜 시간이 소요되었습니다. 주택조합의 특성상 수많은 필지를 매입하면서 그 취득목적은 동일하기 때문에 지목, 토지의 모양, 도로와의 접근성 등은 가액산정에 차이를 두지 않고 오직 면적으로만 가액을 산정하였습니다. 지역주택조합은 신속한 토지매입이 중요하여 협상과정에서 토지소유주들 간 면적(평 내지 ㎡)당 가액이 조금은 다를 수 있으나 한 사람(공유지분자 포함)의 거래금액 산정은 오로지 면적으로 거래금액을 산정하였습니다. 매매계약서에 첨부된 토지비 세부내용 및 부동산거래계약신고필증에서 볼 수 있듯이 청구인의 필지별 매매대금은 오직 면적으로 구분하여 기재하였음을 알 수 있습니다. 참고로 전(176번지, 177번지)은 임야에 둘러쌓인 나무가 심어진 토지입니다. 뿐만 아니라, 당 주택조합의 장부상 필지별 토지매입원가 역시 계약서에 기재된 대로 관리되고 있는 바, 이에 별첨합니다. 당 주택조합에 토지를 양도하여 주신 여러 토지소유주들의 민감한 정보를 제공하여 주기는 어려우나, 별첨하는 장부상 다른 토지소유주 역시 지목에 관계없이 단위면적당 금액이 동일함을 알 수 있습니다. 당 주택조합뿐만 아니라 모든 주택조합이 같은 방식으로 토지를 매입하고 있고 이 같은 방식이 합리적인 방식이며 수 많은 협상과정을 통해 산정되는 합리적인 금액인 것임을 확인합니다. 2025년 4월 4) 쟁점토지 인근 거래내역 가) 처분청은 B주택조합의 인근 토지 매수내역은 토지 면적, 위치, 매도자 성향 등 다양한 협상조건에 따라 달라질 수 있으며 기준시가가 높은 토지가 대체로 높은 단가로 거래되어 오로지 면적 기준만으로 거래된 것은 아니라고 주장하면서 다음과 같이 매매사례를 제출하였다. < B주택조합 토지 매수 사례 > 지번 지목 계약일 양도일 면적(㎡) 양도가액(백만원) 양도단가(원) 기준시가(원) F리 1○3 대 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 657 1,281 1,950,533 554,900 F리 1○8-1 답 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 580 910 1,596,966 538,100 F리 1○9-1 대 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 653 2,350 3,598,775 586,500 F리 1○9-17 답 ’ 21.12.15. ’ 21.12.17 192 600 3,125,000 441,000 나) 청구인이 심사청구 당시 제출한 E의 총 양도가액은 1,641백만원이며, 다음과 같이 양도 당시 기준시가로 배분한 구분가액으로 양도소득세를 신고한 사실이 나타난다. < 인근 매도인 E 양도내역 > 구분 합계 A건물 B건물 1번지 2번지 3번지 4번지 지목 근린 근린 대 잡종지 도로 도로 기준시가(원/㎡) @536,800 @536,800 @157,500 @175,300 신고 양도가액(백만원) 1,641 75 87 732 719 6 22 양도단가(원/㎡) @1,557,659 @1,557,659 @457,025 @508,677 5) 일괄양도자산의 가액 안분기준 신설 국세청이 발간한 2016년 개정세법 해설에 따르면, ｢소득세법｣ 제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위하여 2016.
1.
1. 이후 양도하는 자산부터 적용하는 것으로 신설되었다.
1) 관련 법리 가) ｢소득세법｣ 제100조제2항 및 제3항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래 가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하고, 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있다. 나) 소득세법 제100조 제2항 및 그 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 사이의 가액구분이 불분명한 경우뿐만 아니라 토지와 토지 사이의 가액구분이 불분명한 경우에도 적용된다(서울고등법원 2010.
10.
1. 선고 2010누5563 판결 참조). 다) 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙 서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액구분 이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지이다(서울고등법원 2020.
6.
18. 선고 2019누58799 판결 참조). 2) 다수 토지를 일괄양도하면서 필지별 면적기준으로 양도가액을 안분한 것이 정당한지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지를 양도하면서 필지별 면적기준으로 양도가액을 안분한 것은 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 판단된다. (1) 쟁점토지의 지목이 임야, 답, 전으로 구분되어 있고 실제 현황도 임야 및 수목식재 등의 용도로 사용 내역이 다르며, 필지별 기준시가도 ㎡당 27,700원, 49,200원, 220,800원으로 상당한 차이가 있다. 기준시가가 높은 자산의 양도가액이 높은 것이 일반적이나 쟁점매매계약서에는 필지별 양도가액이 구분되어 있지 않다. (2) 청구인은 쟁점토지를 하나의 토지로 거래한 경위에 비추어 보더라도 각 토지의 평당가격을 동일하게 평가하여 양도가액이 산정되었으므로 필지별 가액 구분이 분명하다고 주장하고 있으나, (가) 청구인이 신고한 쟁점토지의 필지별 양도가액은 기준시가에 의한 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나고, ｢소득세법｣ 제100조 제3항 에서는 이러한 경우 토지와 건물 등 가액이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있다. (나) 이 조항은 위 요건에 해당하는 경우 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다(서울고등법원 2020.
6.
18. 선고 58799 판결 참조). (3) 청구인이 쟁점토지의 필지별 지목과 기준시가의 차이를 고려하지 않고 쟁점토지의 필지별 양도가액을 구분하여 정하지 않은 채 전체의 양도가액을 정하였으므로 필지별 가액구분이 불분명하다고 판단된다(서울고등법원 2010.
10.
1. 선고 2010누5563 판결 참조). 나) 따라서, 처분청이 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세 325,682,267원을 부과한 처분은 달리 잘못이 없 는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.