쟁점토지가 농지대토 감면요건을 충족하는지 여부

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

• 가. 청구인은 충남 A 토지(이하 “쟁점토지1” 이라 한다)를 2011.11.4. 증여받고 2023.11.20. 364백만원에 양도하였고, 충남 B 토지(이하 “쟁점토지2” 라 한다, 이하 쟁점토지1과 쟁점토지2를 “쟁점토지들” 이라 한다)를 2011.11.4. 증여받고 2023.12.1. 및 2023.12.11. 629.6백만원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 위 양도거래에 대하여 2024.1.29. 및 2024.2.28. 총 169백만원의 양도 소득세를 신고하였다가 2024.5.30. 쟁점토지들에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제70조 를 적용하여 농지대토에 따른 양도소득세 1억원을 감면해달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 쟁점토지들을 4년 이상 직접 경작하였다고 볼만한 근거가 없는 것으로 판단하여 2024.7.26. 경정청구 거부처분하였다.
• 라. 청구인은 이에 대하여 2024.10.25. 이의신청을 하였으나 2024.12.10. 기각결정 되었고 이에 불복하여 2025.3.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 농지대토에 양도소득세 감면요건에 모두 해당한다.

1. 청구인은 부친 소유의 쟁점토지들을 2008년부터 2010년까지 본인이 직접 경작하였고, 2011.11.4. 부친으로부터 증여받아 2012.3.31.까지 본인이 직접 경작을 하던 중, 현 청구인의 주소에 배우자가 동시에 운영하고 있던 식당 매출이 날이 갈수록 증가하였고 입소문을 타서 지방에서도 방문하는 등 배우자 및 일용직 직원들만으로는 운영이 힘들었기에 하는 수 없이 경작하던 쟁점토지들을 타인 에게 임차하여 임차인과 같이 경작하며 식당일에 종전보다 시간을 할애하여 식당 일을 도왔다. 임차기간은 2012.4.2.부터 2018.12.15.까지이며 이후에는 식당운영이 어느정도 안정되어 2018.12.16.부터 예전처럼 청구인이 경작을 하게되었고 그러던 중 식당 운영과 농사를 병행하는 것은 이제 힘들다고 인지하여 농사 규모를 축소하고자 2023.11월, 12월 두차례에 걸쳐 쟁점토지들을 양도하고 기존에 비해 규모를 축소 하여 경작할 계획으로 다른 농지를 양수하여 농사를 이어나갈 생각이었다. 2024.8월 다른 농지를 양수하였고 현재는 농사를 짓기 위한 기본작업을 진행 하고 있다.

2. 농지대토에 대한 양도소득세 감면에 하나의 결격 사유도 없으며 이를 바탕으로 양도소득세 경정청구를 진행하였으나 처분청은 조합원 가입일이 2021. 6.30.이므로 실제 농사지은 기간은 4년이 되지 않음을 주장하며 경정청구를 기각 하였다. 조합원 가입일이 2021.6.30.인 이유는 임차인이 개인사정으로 인하여 2020년 까지는 본인이 직불금을 수령하여야 하니 사정을 봐주라고 하여 청구인은 임차인 및 그 가족들과도 매우 친밀한 관계였기에 그들의 딱한 사정을 모른척할 수 없었고 실제 경작을 청구인이 하였지만 쌍방합의에 의해 임차인의 직불금 수령요구를 들어주었다. 이에 임차인도 청구인의 쟁점토지들에 잡일(울타리 보수, 배수로 작업 등)을 도와주었고 2020년 직불금을 수령한 이후 쟁점토지들에 대한 임차는 종료되었다. 이러한 사실관계를 처분청에 진술하였으나 처분청이 요청한 직불금 수령증, 조합원 가입증을 확인했을 시에는 청구인이 2021년부터 찍혀나오는 것만으로 청구인이 직접 경작한 것이 아니라고 판단하여 거부처분한 것은 받아들일 수가 없으며, 청구인이 경정청구한 양도소득세는 ｢조세특례제한법｣ 제70조 및 같은 법 시행령 제67조에 부합하는 것이므로 이를 부인하고 기각처분한 판단은 사실관계 및 상기 법령을 잘못 파악한 처분으로 보인다.

3. 청구인의 직접 경작기간은 처분청에서 주장하는 3년이 아닌 2008년부터 2011년 초까지의 기간과 임차인과 같이 운영한 기간 또한 포함해야 하는 것이며 그 후 2021년부터 양도일 직전까지의 기간까지 포함하면 법에서 명시한 기간인 4년을 훨씬 초과하게 되며, 조세심판원도 타인이 보조금 등을 수령했다 하더라도 쌍방합의에 의해 정당하게 이뤄졌으며 사실상 자경사실이 확인되면 감면을 인정 한바, 처분청의 경정청구 기각처분은 위법 부당한 처분이다.

청구인이 4년 이상 쟁점토지들 소재지에 거주하면서 직접 경작하였다고 볼 만한 근거가 부족하므로 경정청구 거부처분은 정당하다.

1. 청구인은 논산에 거주하다가 1992.2.11. 공주로 전입하였으며 쟁점토지들 양도일 현재 주소지와 쟁점토지들까지의 직선거리는 인터넷 지도상 30km 이내이고 소요시간은 약 40∼45분인 것으로 확인된다.

2. 국세청 전산시스템을 통해 확인되는 청구인의 2008년부터 현재까지 사업이력 및 소득현황은 아래와 같고, 청구인의 혼인관계증명서에 의하면 2002.1.14. 이혼 이후 현재까지 혼인사항은 없는 것으로 확인된다. <표1> 청구인 사업이력 순번 상호(사업자번호) 개업(폐업) 업태 소재지 1 C ‘12.07.14 (’22.01.20) 음식점업 공주 (현주소지, ‘21.6.16. 전입) 2 D ‘10.05.06 (’13.07.01) 소매업 공주 3 E ‘17.12.11

• 공주 <표2> 청구인 소득현황 (단위: 원) 순번 귀속연도 상호 수입금액 소득금액 1 2022년도 C 4,476,752 2,606,423 2 2021년도 C 88,372,582 -22,672,584 3 2020년도 C 83,919,478 -27,160,261 4 2019년도 C 125,560,078 8,305,126 5 2018년도 C 150,251,237 10,674,103 6 2017년도 C 178,800,109 15,255,475 7 2016년도 C 190,743,096 15,135,373 8 2015년도 C 182,734,583 13,785,744 9 2014년도 C 189,361,620 13,093,088 10 2013년도 C 146,743,560 10,121,949 11 2012년도 C, D 78,307,519 7,591,413 12 2011년도 D 48,733,681 3,508,825 13 2010년도 D 20,873,000 1,502,856

3. 농지임대수위탁계약 확인서에는 위탁자 청구인과 수탁자 한국농어촌공사간 쟁점토지들에 대하여 2013.11.13.∼2018.12.16.을 계약기간으로 하는 계약서가 작성된 것으로 확인된다.

4. 청구인이 부친으로부터 2011년에 쟁점토지들을 증여받기 전부터 현재까지 쟁점토지들에 대한 직불금 수령내역은 아래와 같이 확인된다. <표3> 쌀직불금 수령자 내역 년도 구분 농지소재지 신청인 신청인 주소지 2009～2011 쌀 쟁점 토지 1 쟁점 토지 2 F G, H 논산 2012～2019 쌀(기본) 쟁점 부동산 E 논산 2020 쌀(기본) 쟁점 토지 1 쟁점 토지 2 E, I E 논산 2022～2023 쌀(기본) 쟁점 부동산 청구인 공주

5. 2012년 이후 직불금을 수령한 E은 논산에 거주하면서 쟁점토지들 외에도 논산 일대 다수 농지를 임차 등을 통해 직접 경작하여 쌀을 수확한 뒤 동생이 대표자로 등록된 정미소를 함께 운영하는 자로, 2024.6.26. 청구인의 경정청에 대한 사실확인을 위하여 처분청이 주소지에 방문확인한바, 쟁점토지들을 농지은행으로부터 수탁받아 2020년까지 자경하였으며, 영농기간 동안 지주인 청구인에게 200평당 30만원씩 지료를 정미소를 운영하는 동생 명의 계좌로 매년 1회(12월경) 지급하였다는 확인서를 제출하였다.

6. 청구인이 경정청구시 제출한 J농협 조합원증명서상 조합원 가입일자는 2021.6.30.이며 모종 및 농약 등의 거래내역서상 최초 거래일자는 N 2021.4.30., J농협 2023.3.2.임이 확인된다.

7. 청구인은 쟁점토지들을 증여받기 이전인 2008면부터 타인에게 임대한 기간을 제외하고 양도일 현재까지 직접 경작하였다고 주장하고 있으나, 2021년도 이후로 해당기간 이외의 기간 동안 청구인이 영농에 직접 종사하였다고 볼만한 증빙자료가 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

쟁점토지들을 4년 이상 직접 경작하였으므로 농지대토 감면을 적용해야한다는 청구주장의 당부

1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】(2023.4.11. 법률 제19328호로 개정된 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거 지역등에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다. 1-1) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 (2023.8.29. 대통령령 제33682호로 개정된 것)

① 법 제70조제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함 한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

③ 법 제70조제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속·증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조 에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우 로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

1. 토지 거래내역 및 양도소득세 신고내역

• 가) 청구인은 총 30.255m 2 의 쟁점토지들을 2023.11월 및 2023.12월 총 993,600,000 원에 양도하였고, 2024.8.9. 및 2024.8.26. 충남 K 토지를 총 616,000,000원에 취득하였다.
• 나) 청구인은 쟁점토지들을 양도한 것에 대하여 2024.1.29. 및 2024.2.28. 양도 소득세 169,088,560원을 신고하였다가 2024.5.30. ｢조세특례제한법｣ 제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 100,000,000원을 감면하는 경정청구를 하였다. <표4> 양도소득세 신고내역 (단위: 원) 구분 ’24.1.29. 신고(쟁점토지1) ’24.2.28. 신고(쟁점토지2) 양도가액 364,000,000 629,600,000 (-)취득가액 115,752,344 233,280,026 (-)장기보유특별공제 59,579,436 95,116,792 양도소득금액 188,668,220 301,203,182 (+)기신고소득금액 0 188,668,220 (-)양도소득기본공제 2,500,000 2,500,000 과세표준 186,168,220 487,371,402 산출세액 50,803,923 169,008,560

2. 사업 및 소득 내역

• 가) 청구인은 배우자의 식당을 도와주기 위해 쟁점토지들을 2012.4.2.부터 2018. 12.15.까지 임차하였다고 진술한바, 2002년 이혼 이후 배우자는 확인되지 않으며, 국세청 전산시스템에 따르면 2012.7.14. 개업하여 2022.1.20. 폐업일까지 청구인 주소지인 충남 C 사업장에서 음식점업을 영위한 것으로 확인된다. <표5> 2010년 이후 사업이력 상호 개업일 폐업일 업태 소재지 D 2010.5.6. 2013.7.1. 소매업 충남 공주시 C 2012.7.14. 2022.1.20. 음식점업 충남 공주시 E 2017.12.11. (2021.4.9. 취임)

• (2025.2.18. 탈퇴)

• 충남 공주시

• 나) 청구인은 2010년부터 D 또는 C 운영과 관련하여 최대 15백만원의 소득금액을 신고한 것으로 확인된다.

3. 그 외 확인사항

• 가) 국세청 전산시스템에 따르면 쟁점토지들 양도일 현재 청구인 주소지는 충남 L이고, 쟁점토지들과의 직선거리는 약 26km, 이동시간 약 40분으로 확인된다.
• 나) 한국농어촌공사의 농지임대수위탁계약 확인서에 따르면 청구인은 2013.11. 13.부터 2018.12.16.까지의 계약기간동안 쟁점토지들 * 에 대하여 농지임대위탁한 것으로 확인된다.
• 다) 국세청 전산시스템에 따르면, 쟁점토지들에 대한 쌀직불금 수령자는 2012 년부터 2020년까지 E 등 청구인이 아닌 제3자로 확인되며 청구인의 직불금 수령내역은 2022년부터 확인된다.
• 라) 처분청이 제출한 자료에 따르면 2020년까지 쟁점토지들에 대한 쌀직불금 수령자인 E은 쟁점토지들에서 본인이 자경하여 직불금을 수령하였고 동생 M 명의로 청구인에게 200평당 30만원을 매년 지급하였다는 확인서를 작성하였고, 임급계좌명이 청구인 이름으로 기재된 2020.11.4.자 16,575,000원의 이체증빙을 제출하였다.
• 마) J농업협동조합장이 발급한 2024.6.4.자 조합원증명서에 따르면 청구인은 2021.6.30. 조합원으로 가입한 것으로 나타난다.
• 바) 농지원부에 따르면 청구인이 자경하였다고 진술한 2021년에서 2022년 사이의 기간 동안 경작구분 ‘임대’로 기재되어 있거나, 농어촌공사와 농지임대 수위탁계약을 체결한 기간에 해당하는 2013.11.28.자 기록상 경작구분 ‘자경’으로 기재되어 있는 것이 확인된다. <표6> 농지원부 일부 소재지 면적(㎡) 공부 지목 실제 지목 경작 구분 기록변경 일자 변경사유 A 5,027.2 답 답 확인대상 ’12.11.23. 소유농지 신규등록 답 답 자경 ’13.11.28. 수정 답 답 임대 ’14.07.30. 수정 답 답 임대 ’21.06.14. 수정 답 답 임대 ’22.04.15. 사본편철 B 3,935.0 답 답 자경 ’12.11.23. 소유농지 신규등록 답 답 자경 ’13.11.28. 수정 답 답 임대 ’14.11.03. 수정 답 답 임대 ’17.12.27. 소유농지 삭제(기타) 답 답 자경 ’21.06.03. 소유농지 신규등록 답 답 자경 ’22.04.15. 사본편철

1) 관련 법리 가) ｢조세특례제한법｣ 제70조제1항 은 농지 소재지에 거주하는 대통령령 으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작 상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으 로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제67조제2항은 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 제1호 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하는 것, 제2호 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

• 나) ｢조세특례제한법｣상 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 감면하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 자경농민을 보호하고 농업을 장려함에 있는 것이어서, 그 감면의 대상은 자경농가가 취득하여 경작하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여 해석하여야 하고, 따라서 농지의 대토로 인한 양도소득세 감면요건은 ① 종전토지 및 새로 취득하는 토지가 농지여야 하고, ② 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며, ③ 종전 토지의 양도일로부터 1년 이내에 그 거주와 경작을 시작하여야 하고, ④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간이 1년 이내이어야 하며, ⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지 면적의 3분의 2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지 가액의 2분의 1 이상이어야 한다.
• 다) 또한 여기서 농지를 ‘직접 경작’한다고 함은 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력(농업인 자신의 직접적인 노동력 투입)에 의하여 경작 또는 재배 하는 것을 말한다고 할 것인데, 여기에서 말하는 2분의 1 이상의 자기 노동력의 의미는 문리대로 해석하여야 할 것이고, 이 경우 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경에 해당할 것이지만, 다른 직업에 전념하면서 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없고 나아가 양도소득세 감면대상인 토지가 농지라는 점과 자경하였다는 점 등 위 요건 사 실에 대한 입증책임은 감면을 주장하는 납세의무자에게 있는바, 경작상의 필요에 의한 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면받기 위해 서는 납세의무자가 먼저 그 주장의 위 요건 사실을 모두 증명하여야한다 (대법원 1993.7.13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002.10.11. 선고 2002두844 판결, 대법원 2012.12.27. 선고 2012두19700 판결 등 참조). 2) 쟁점토지들이 농지의 대토로 인한 양도소득세 감면 대상인지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지들은 양도소득세 감면 대상으로 보이지 않는다.

(1) 청구인은 2010.5.6.부터 청과물 소매업, 2012.7.14.부터 음식점업을 영위한 것으로 보이고, 2013.11.13.부터 2018.12.16.까지 한국농어촌공사에 쟁점토지들을 농지임대수·위탁하였으며, 2020년까지 쌀직불금은 청구인이 아닌 자가 수령한 것으로 확인되고, 2021.6.30. 조합원에 가입하였으며 청구인의 쌀직불금 수령내역은 2022년부터로 확인되는 등 증빙을 통해 인정되는 사실관계 비추어 볼 때 청구인이 직접 경작하였다고 볼만한 기간은 농지 대토로 인한 양도소득세 감면 요건을 충족하였다고 보기 어렵다.

(2) 청구인은 쟁점토지들을 증여받기 전부터 본인이 직접 경작하였고, 증여받은 이후에도 직접 경작하다가 2012.4.2.부터 2018.12.15.까지만 임차하여 임차인과 같이 경작하였고 이후 다시 직접 경작하였다고 주장하나, 2020년도 쌀직불금을 수령한 자와의 진술이 청구인의 주장과 다르고, 쟁점토지에서 직접 경작 등에 상시 종사하였다거나, 최소 2분의 1 이상을 자신의 직접적인 노동력을 투입하여 농작 또는 재배하였다는 것을 객관적으로 확인할만한 증빙이 제출된 사실은 확인되지 않으므로 청구인의 진술을 그대로 신빙하기는 어렵고 청구인이 농지의 대토로 인한 양도소득세의 감면받기 위한 요건 사실을 모두 증명하였다고 보이지도 않는다. 나) 따라서, 처분청이 경정청구 거부통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢ 국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.