조세심판원 심사청구 양도소득세

장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건 충족 여부

사건번호 심사-양도-2025-0011 선고일 2025.04.09

쟁점주택을 임대목적으로 신축하고 장기간 임대사업에 사용한 것은 인정되나 양도소득세 감면요건의 충족 여부에 대한 입증책임이 있는 청구인이 2000.12.31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하였음을 입증하는 객관적인 자료를 제시하지 못함

주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1983.

4.

15. 취득(지분율 50%)한 서울 A (대지 302.4㎡ 1))에 1994.

12.

24. 다가구용 단독주택(연면적 588.18㎡, 총 7개 호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후 1999.

7.

12. 공동소유자 B의 지분을 양수하여 보유(지분율 100%)하다가 2024.

2.

29. 11,500,000,000원에 양도하였고, 2024.

3.

21. 1세대 1주택(고가주택)의 양도로 보아 2024년 과세 연도 양도소득세 726,887,620원을 신고·납부하였다.

  • 나. 청구인은 쟁점주택 중 6호가 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조제1항에 따른 2000.

12.

31. 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 장기임대한 주택에 해당하므로 양도소득세 100% 감면 적용 대상에 해당 한다고 보아 2024.

8.

12. 2024년 과세연도 양도소득세 546,924,617원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

  • 다. 이에 처분청은 청구인이 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시 하여야 한다는 감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2024.

10.

21. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.

10.

28. 이의신청을

제기하였고, 기각 결정되어 2025.

1.

23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장
  • 가. 조특법 제97조의 양도소득세 감면규정을 요약하면 “감면대상자(5호 이상을 임대하는 거주자)”와 “임대개시 기한” 그리고 “장기임대”를 요건으로 하고 있다. 즉, 감면대상자 자격은 5호 이상 임대사업자로 규정하여 임대주택시장의 활성화를 유도하였고. 임대개시 기한은 2000년 12월 31일까지로 주어진 것이고, 임대개시란 문구에 “5호 이상 임대개시”란 문장이 없는데 임의로 무리하게 확대해석하여 법규를 적용하였으므로 부당하다는 것이다. 납세자는 위 각각의 개념에 따라 건축물대장과 주민등록으로 “5호 이상 임대하는 거주자”임을 입증하였고 기한 내 일부 임대개시도 입증하였고, 각각 별도의 두 개념에 위배된 사실이 없다.
  • 나. 또한 “대통령령이 정하는 거주자”와 “임대개시” 두 문구는 각기 뜻이 다른 별개의 개념임에도 불구하고 이를 서로 연계하여 법규를 적용하였기에 다음과 같은 이유로 불합리하다는 점을 지적하고자 하는 것이다. 1) 납세자는 정부가 투자를 권고하는 감면법규를 믿고 기한 내 거액을 투자하여 10년 이상 장기임대사업을 시작하였음에도 법정기간 내 5호 이상 임대를 개시하지 않았다 하여 감면을 배제하는 것은 국가와 납세자 간의 상호 지켜야 하는 “신의성실의 원칙”에도 부합하지 않는 법규해석이므로 무리한 해석이라고 주장한다.

2. 처분청의 각하 논리대로 만약 법정기간 내에 임대개시가 아닌 5세대 임대 완료를 적용하여야 한다면, 미래에 벌어질 “임대 완료 조건”을 충족할 수 있을지 충족할 수 없을지 감면요건 성립이 불안정한 상태에서는 어느 누구도 과감하게 거액을 투자하여 정부 정책을 따를 납세자가 없을 것이고 정부의 투자유치정책은 소기의 목적달성이 불가능할 것이므로 “미래의 성립이 불확실한 감면 조건의 법률”을 성립이 확실한 법률로 해석하는 것은 당초 입법취지와는 다른 무리한 해석이므로 쉽게 수긍할 수 없다. 조특법 제97조는 민간투자 유치를 통하여 주택 수를 늘리려는 정책 으로 법정기간 내 5세대 이상의 주택을 건설하거나 매입하여 임대개시 이후, 기한 없이 5세대 이상 5년 또는 10년 간 장기임대조건에 맞으면 감면 하겠다는 게 입법 취지라고 해석하여야 하며, 법규는 5세대 임대개시를 요구하는 것이 아니라 5세대 이상의 주택을 2000년 12월 31까지 확보하여 5년 내지 10년 장기임대하면 투자유치의 목적이 달성되었으므로 감면하겠다는 것이 입법취지이다.

  • 다. 따라서 납세자는 “법정기간 내 임대개시”와 “5호 이상 임대한 거주자”라는 사실과 “10년 이상 장기임대 사실”을 임대차계약서와 건축물대장으로 충분히 입증하였기에 장기임대감면을 당연 적용하여야 마땅하다고 주장한다.
  • 라. 추가 의견(처분청 주장에 대한 항변) 처분청은 조특법 제97조를 적용하면서 감면의 세 가지 요건 중 두 가지, 즉, “임대개시”를 “5세대 이상 임대개시”로 해석하여 조건이 미비 하다는 이유로 이의신청을 기각하였는바 납세자의 주장은 법규에는 호수의 수량 구분 없이 단순히 “임대개시”로 규정된 개념이므로 5세대 임대개시 미 충족을 기각 사유로 드는 것은 아래와 같은 이유로 부당함을 지적한다. 1) 조특법 제97조는 당시 부족한 주택문제를 민간자본에 의해 해결하려고 일정한 기한을 정하고 투자를 유치하려는 유도정책이므로 우선 ”5세대 이상 임대하는 거주자“라는 감면대상자 설정과 기한 내 ”임대개시“라는 우선적 당근과, 향후 임대주택 확대 차원에서 ”5년 내지 10년 장기임대“라는 세 가지의 감면 조건을 제시한 것이다. 따라서 납세자는 이 법규는 법률 제정 당시부터 장차 이행을 독려하는 유도정책이라고 보아 입법 취지대로 ”5세대 임대개시“가 아닌 문자 그대로의 세대수 미확정의 ”임대개시“로 해석해야 한다고 주장한다. 왜냐하면 법정기간 내에 5세대 이상 임대개시를 완료하느냐 못하느냐는 문제는 주택의 건설(매입)과 기한 내 ”임대개시“라는 두 가지 해결할 문제가 법정기한 내 완성할 수 있느냐 하는 문제는 법 시행 당시의 주택시장의 경제 사정에 따라 장차 벌어질 상황이 불확실한 상태에서는 어느 누구도 과감한 투자를 결정할 사람은 없을 것이기 때문에 이 조문의 해석은 완성 조건의 정책이 아니라 유도정책으로 보고 법문을 해석해야 한다는 것이다. 부언하자면 임대시장은 시간의 경과에 따라 건축(매입), 그리고 임대 개시가 차차 이루어지는 것이기에 ”5세대 이상 임대개시“라는 조건보다는 1세대도 좋으니 우선 ”임대개시“하라는 뜻으로 해석해야 정책의 뜻에 부합된 올바른 해석이라고 주장한다. 즉, 완성을 요하는 정책이 아니라 개시를 유도하는 정책적 법문으로 이해해야 한다는 주장이다. 2) 대통령령이 정하는 ”5세대 이상을 임대하는 거주자“ 자격은 본인 거주용 포함 7세대 건축물대장과 임대개시 이후 임대차계약서로 10년 이상 6세대를 장기임대하였음을 입증하였기에 충분하다고 주장한다. 3)

31. 이전 ”임대개시“에 대해서는 당초 경정청구 시 제출한 호수별 임대현황표에서 3세대 ”임대개시“를 입증하였기에 법규에 어긋남이 없는 납세자의 경정청구는 당연히 받아들여야 한다고 주장한다. 4) 처분청에서 조사한 2000.

12.

31. 이전 전입한 5세대와 청구인이 제출한 D빌라 임대현황표를 참조하면 5세대 이상 임대하였음이 객관적으로 확인 되었음에도 호수를 파악할 수 없다는 이유로 입주 사실 자체를 부인 하였는바, 이는 남의 집에 마음대로 전입신고를 할 수도 없는 행정법상의 이치도 인정하지 않고 주민등록 열람 또는 당시 몇 호에 거주하였느냐는 등 조사권을 발동하는 등의 적극적 조사를 않고 쉽게 기각하였다고 볼 수밖에 없기에 불만을 제기하는 것이다. 5) 처분청은 호수 미정 세입자는 나머지 층 호에 전입 신고했을 것으로 봐야 함에도 이를 조사하지 않았다. 청구인으로서는 처분청의 “5세대 임대개시“라는 주장을 수긍할 수는 없지만, 만약 처분청이 “5세대 임대개시”를 감면요건으로 해석할 경우에는 미정 호수 전입자에 대하여 적극적 조사로 몇 호에 거주하였느냐는 사실을 조사하여야 할 것이다. ※ 전입ㆍ전출 신고한 5명 중 2세대만 호수 조사하면 5세대 임대개시 충족됨

3. 처분청 의견
  • 가. 비과세·감면 요건은 엄격하게 해석하여야 한다. 1) 조세법률주의의 원칙상 과세나 비과세 또는 감면요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002 두9537 판결 등 참조). 2) 또한, 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000.

7.

7. 선고 98두16095 판결 등 참조). 3) 조특법 제97조제1항에서는 특례대상을 구체적으로 한정하면서 다만 그 주체(대상자)를 “대통령령으로 정하는 거주자”라고 명시하여 거주자의 구체적인 내용을 대통령령으로 위임하고 있고, 시행령 조항에서는 대통령령으로 정하는 거주자란 “임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자”로 정하였으며, 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 지분비율을 곱한 호수에 따르도록 하였다. 4) 이처럼 과세특례대상 범위는 사회경제적 여건과 정부 정책 등에 따라 수시로 변경될 수 있으므로 이를 대통령령에 위임하여야 할 필요성이 인정되고, 위 법률조항을 보더라도 대통령령으로 거주자 요건을 정함으로써 그에 따라 감면 대상이 한정될 수 있음을 쉽게 예측할 수 있으며, 거주자의 요건을 소유한 임대주택의 호수로 제한하는 등 거주자의 구체적인 내용을 정하도록 한 법률의 위임 범위 내에 충분히 포함된 것으로 볼 수 있는바, 조특법 제97조 규정은 1986.

1. 1.부터 2000.

12. 31.까지 기간 중 신축된 주택으로서 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우 양도소득세의 50%, 10년 이상 임대한 경우 100%를 면제하는 것이나, 2000.

12.

31. 이전 4호, 이후 추가매입으로 5호 이상을 임대한 경우는 감면이 배제되며, 2001.

1.

1. 이후에 5호 이상 임대를 개시한 경우 또한 감면 적용대상이 되지 않는 것이다. 5) 따라서 쟁점주택은 1986.

1. 1.부터 2000.

12. 31.까지의 신축요건은 충족하나 그 외 조특법 제97조에서 규정하는 요건을 충족하지 못하였으므로 장기임대주택에 대한 양도소득세 100% 감면 적용 대상이 될 수 없다.

  • 나. 비과세·감면 요건에 대한 입증책임은 청구인에게 있으나, 이에 대한 증빙자료가 충분히 제시되지 아니하였다. 1) 조특법 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면신청을 하는 경우, 임차인, 임대개시일, 임대기간, 공실여부 등을 확인할 수 있도록 조특법 시행령 제97조제4항 2호, 3호에서 규정한 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록등본 또는 주민등록증 사본 등을 반드시 제출하여야 하나, 청구인은 2000.

12.

31. 이전 5호 이상의 임대개시 및 주택을 임대하였는지 여부에 대한 증빙자료로서 임대차계약서, 수기장부 및 임차료 수취 관련 계좌거래내역 등 객관적인 증빙서류를 제출하지 못하였다. 2) 이에 2024.

9.

24. 보정요구 및 처리기한 연장 통지서를 발송하여 1999.

9.

12. 이후 임대개시 여부 관련 일체의 서류를 요청하였으나 청구인은 아래와 같은 사유를 들어 추가 입증자료를 미제출하였다. 구분 청구인 답변(미제출 사유) 비고 임대개시 신고

• 장기임대주택의 임대사실을 관할 세무서장에게 신고하지 아니한 경우에도 임대사실이 객관적으로 확인되는 경우 감면을 적용함 심사양도 2003-3115 사업자등록증

• 조특법 제97조의 규정은 임대주택법상 임대사업자등록 또는 관할 세무서에 사업자 등록을 필요적 요건으로 하지 않음 조심 2008중1369 임대차계약서, 임차인 주민등록등본 등

• 처분청이 공문으로 요청하여 전입자명부를 받을 수 있음

• 국세청 전산망을 통해 확정일자 조회 및 주택별 거주이력을 확인할 수 있음 조심 2019중0641 3) 청구인은 처분청 소득세과에 정보공개청구하여 2008년 과세연도부터 면세사업 수입금액을 신고한 내역인 사업장현황신고서(주택임대사업자 수입 금액 검토표 포함)를 회신받아 감면신청서를 작성하였으며, C장이 확인한 확정일자부 사본을 제출하였으나, 해당 서류에서 확인할 수 있는 확정일자 부여 현황 중 2000.

12.

31. 이전 전입 내역은 1건에 불과하여 5호 이상의 임대가 2000.

12.

31. 이전에 개시 되었는지 여부는 확인되지 아니한다. 4) 임대차계약서 등 관련 서류를 분실하였으므로 국가행정력으로 사실관계를 조사하여 달라는 청구인의 요청으로, 2024.

9.

24. C주민센터에 1999.

1. 1.부터 2010.

12. 31.까지의 확정일자 조회 및 전입세대 확인을 위한 공문을 발송하여 전입세대확인서(동거인포함)와 전출입내역을 회신받았으나, 전입세대확인서에 따르면 “해당 주소의 세대주가 존재하지 않음”으로 기재되어 있으며, 전입자명부에 따르면 쟁점주택의 각 호수가 기재되어 있지 않아 임대계약 여부 등은 확인할 수 없어 단순 전입신고자인지, 임차인에 해당하는지 여부를 확인할 수 없었다. 5) 이처럼 회신받은 전입세대 열람 및 확정일자 자료에서도 청구인이 단독으로 주택임대를 개시한 1997.

7.

12. 이후 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상의 주택임대를 개시하였는지 여부가 확인되지 아니한바, 막연히 학군선호지역이며, 교통여건과 생활환경 등 누구나 선호하는 지역이라는 청구인의 주장 및 청구인이 제출한 증거들만으로는 이를 입증할 객관적·구체적인 증거가 부족하므로 쟁점주택의 양도는 조특법 제97조의 감면 규정이 적용되지 않는 것으로 판단된다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제97조 에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대 주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대 주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대 주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호 를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.

② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번 상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령제122조제4항 및 제5항을 준용한다.

③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제5항 에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

2. 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조제1항 에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

4. 삭제 <2006.6.12>

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제 <2001.12.31>

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대 하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 3의2. 삭제 <2001.12.31>

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할 세무서장은전자정부법제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인 하여야 한다.

  • 다. 사실관계

1. 쟁점주택 관련 사실관계 가) 쟁점주택의 등기사항전부증명서, 일반건축물대장 및 토지대장 등에 의하면, 청구인은 1975.

9.

19. 서울 M 답을 취득(지분율 50%) 하였고, 1983.

4.

15. 서울 A(대지)로 환지된 후 1994.

12.

24. 해당 토지에 쟁점주택을 신축(지분율 50%) 취득, 1999.

7.

12. 공동 소유자 B의 지분을 전부 양수하여 단독으로 보유(지분율 100%) 하다가 2024.

2.

29. 양도하였으며, 쟁점주택은 2024.

5.

3. 멸실되었다. 나) 국세청 전산자료로 확인되는 쟁점주택에 대한 청구인의 사업자등록 내역은 아래와 같다. ❙쟁점주택에 대한 사업자등록 현황❙ 상호 대표자 구분 업태/종목 개업일 사업자등록신청일 D빌라 청구인 면세 부동산업/ 다가구주택임대

1995. 1.17 (계속사업자) 2005.11.29. 다) 쟁점주택의 일반건축물대장에 의하면, 쟁점주택의 사용승인일은 1994.

12. 24.이고, 쟁점주택은 지하 1층부터 지상 3층까지의 다가구용 단독주택(연면적 588.18㎡)으로, 총 7호로 구분되어 있다. ❙쟁점주택 건축물 현황❙ 층별 용도 호수 구분 면적(㎡) 면적비율 비고 지하1층 다가구주택(2호) 101호, 102호 152.58 75% 임대 (감면신청대상) 1층 다가구주택(2호) 201호, 202호 144.36 2층 다가구주택(2호) 301호, 302호 144.36 3층 다가구주택(1호) 401호 146.88 25% 청구인 거주 ❙2024.2월 현재 쟁점주택(D빌라) 전경❙ 라) 청구인의 주민등록표(초본)에 의하면, 청구인은 2003.

8.

1. 쟁점주택 3층호 2) 로 전입한 후 2024.

3.

11. 전출한 것으로 나타난다.

2. 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

  • 가) 청구인은 2024.

2.

29. 쟁점주택을 양도한 후, 2024.

3.

31. 2024년 과세 연도 양도소득세 726,887,630원을 예정신고 및 납부(2024.

4. 25., 2024.

6.

26. 2회 분납)하였다가, 2024.

8.

12. 쟁점주택 중 6호(면적비율 75%)가 조특법 제97조 제1항의 10년 이상 장기임대 한 주택에 해당하므로 감면율 100%를 적용 하여 양도소득세를 환급하여 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다. 나) 위 사실관계에 따라, 청구인이 2024.

3.

31. 양도소득세 신고 및 2024.

8.

12. 경정청구 한 상세내역은 아래와 같다. ❙양도소득세 신고 및 경정청구 상세내역❙ (원) 구분 양도소득세 신고내역 경정청구 내역 처분청 검토내역 3) 양도가액 11,500,000,000 11,500,000,000 11,500,000,000 취득가액 1,633,109,160 1,719,468,373 1,624,678,209 과세대상양도차익 8,821,695,882 8,743,522,797 8,829,327,649 양도소득금액 1,764,339,178 1,748,704,561 1,765,865,530 과세표준 1,761,839,178 1,746,204,561 1,763,365,530 산출세액 726,887,630 719,852,052 727,574,488 감면세액 0 539,889,039 545,680,866 납부할세액 726,887,630 179,963,013 181,893,622 농어촌특별세 0

• 109,136,173 환급신청세액 0 -546,924,617 -435,857,825 다) 처분청은 쟁점주택이 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시한 경우에 해당하지 아니하여 조특법 제97조제1항에 따른 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보고, 2024.

10.

21. 아래와 같은 사유로 청구인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. ❙경정청구 처리 결과 통지 내역❙ 처리결과: 기각(거부) 처리 사유

○ 조세특례제한법 제97조 규정에 따르면, 거주자가 1986.01.01.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 5호 이상의 국민주택을 2000.12.31. 이전에 임대개시 하여 10년 이상 임대한 후 이를 양도한 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세가 면제된다고 할 것이므로

○ 청구인의 장기임대주택 임대의 주장을 뒷받침하기에는 객관적인 증거가 부족하므로 쟁점부동산에 관하여 이 청구 관련 감면규정을 적용할 수 없는바, 조세특례제한법 제97조 의 장기임대주택의 규정이 적용되지 않는 것으로 판단되어 경정청구 기각(거부)하고자 합니다.

3. 청구인 제출 증빙서류 가) 청구인은 경정청구 시 쟁점주택이 조특법 제97조제1항 규정에 해당하는 장기임대주택임을 입증하기 위해 C주민센터에서 발급받은 ① 확정일자부 사본(14건, 총 14페이지)과, 해당 확정일자부 사본 및 역삼세무서 소득세과로 부터 받은 정보공개청구 회신내역 등의 내용을 정리한 문서인 ② 쟁점주택 각 호별 임대수입신고 현황표(총 3페이지)를 제출하였는데, 해당 문서(②)의 내용은 아래와 같다. 청구내용: 쟁점주택의 1995년부터 2024년까지 과세연도분 임대주택에 대한 면세사업자 수입금액 신고서 및 임대명세서 공개내용: 위 과세연도 기간 중 제출된 사업장현황신고서 총 16건(2008년부터 2023년까지 과세연도분 주택임대사업자 수입금액 검토표 등 서류 일체) ❙쟁점주택 각 호별 임대수입신고 현황표(청구인 작성)❙ (백만원) 호수 임차인 임대현황 비고 임대차 계약서 임대 연수 주민등록번호 임대기간 보증금 101 공개금지

1997. 9.11.~1999. 9.11. 확정일자0021호 24년 공개금지

2002. 1.22.~2003. 1.22. 확정일자0115호 공개금지 2003.9. 1.~2004.

1. 확정일자0914호 73**-1** 2006.10.31.~2010.10.31. 100 41-1** 2010.10.15.~2012.10.15. 140 2010.10.15.~2014.10.15. 150 보증금인상 계약서 첨부 2014.10.15.~2016.10.15. 170 보증금인상 계약서 첨부 2016.10.15.~2018.10.15. 180 보증금인상 계약서 첨부 2018.10.15.~2020.10.15. 180 보증금인상 계약서 첨부 70-1****

2020. 2.24.~2023. 2.23. 210 계약서 첨부 (백만원) 호수 임차인 임대현황 비고 임대차 계약서 임대 연수 주민등록번호 임대기간 보증금 102 공개금지 2001.12. 1.~2002.12.

1. 확정일자1569호 22년 공개금지

9. 4.~2003.

3. 확정일자1099호 46**-1****

7. 3.~2011.

3. 110

7. 3~2013.

3. 140 보증금인상 계약서 첨부

7. 3.~2015.

3. 150 계약서 첨부 87**-2****

2014. 7.25~2016. 7.25. 170

2016. 7.25.~2018. 7.25. 170 계약서 첨부

2018. 7.25.~2020. 7.25. 180 보증금인상 계약서 첨부

2020. 7.25.~2022. 7.25. 190 보증금인상 계약서 첨부

2022. 7.25.~2024. 7.25. 210 보증금인상 계약서 첨부 201 공개금지

2003. 8.21.~2004. 8.21. 확정일자0861호 20년 68**-2****

2008. 8.11.~2010. 8.11. 160

2010. 8.11.~2012. 8.11. 170 보증금인상 계약서 첨부 77**-1****

2012. 8.31.~2014. 8.31. 200 88**-2****

2014. 7.16.~2016. 7.16. 230 보증금인상

2016. 7.16.~2018. 7.16. 240 보증금인상 계약서 첨부

2018. 7.16.~2020. 7.16. 250 보증금인상 계약서 첨부

2020. 7.16.~2022. 7.16. 260 보증금인상 계약서 첨부 68**-1****

2021. 2.26.~2023. 2.26. 280 202 공개금지

2. 6.~2003.

6. 확정일자0111호 21년 공개금지

4. 2.~2008.

8. 확정일자0294호 73**-2****

2. 9.~2010.

9. 150 61**-1**** 2011.11. 9.~2013.11.

9. 210 66**-2** 2013.12.13.~2015.12.13. 230 2015.12.13.~2017.12.13. 260 보증금인상 계약서 첨부 85-2** 2017.12.14.~2019.12.14. 270 21년 2019.12.14.~2021.12.14. 275 보증금인상 계약서 첨부 2019.12.14.~2021.12.14. 280 보증금인상 계약서 첨부 73-2**** 2021.12.14.~2024. 2.17. 290 (백만원) 호수 임차인 임대현황. 비고 임대차 계약서 임대 연수 주민등록번호 임대기간 보증금 301 공개금지 1998.10.29.~1999.10.29. 확정일자1041호 22년 공개금지 1999.10.29.~2001. 3.10. 확정일자1278호 공개금지

2001. 3.12.~2002. 3.12. 확정일자0493호 공개금지

4. 8.~2003.

8. 확정일자0413호 65**-1****

2007. 5.15.~2011. 5.16. 170 60**-1****

2010. 7.20.~2012. 7.20. 180

2012. 7.20.~2014. 7.20. 200 보증금인상 계약서 첨부 74**-1****

2014. 2.27.~2016. 2.27. 230

2016. 2.27.~2018. 2.27. 240 보증금인상 계약서 첨부

2018. 2.27.~2020. 2.27. 250 보증금인상 계약서 첨부

2020. 2.27.~2022. 2.27. 260 보증금인상 계약서 첨부

2022. 2.27.~2024. 2.27. 300 보증금인상 계약서 첨부 302 공개금지 1999.10.29.~2000.10.29. 확정일자1499호 22년 56**-1**** 2003.12. 9.~2011.12.

9. 170

1. 7.~2005.

7. 확정일자0016호 60**-1****

2010. 7.20.~2012. 7.20. 170

2012. 7.20.~2014. 7.20. 190 보증금인상 계약서 첨부

2014. 7.20.~2016. 7.20. 220 보증금인상 계약서 첨부

2016. 7.20.~2018. 7.20. 240 보증금인상 계약서 첨부 68**-2****

2018. 8.29.~2020. 8.29. 260

2020. 8.29.~2022. 8.29. 280 보증금인상 계약서 첨부

2022. 8.29.~2024. 8.29. 300 보증금인상 계약서 첨부 * 참고

1. 단독소유권을 확보한 1999.7.12.부터 양도일인 2024.2.29.까지 6세대를 10년 이상 장기임대하였음

2. 102호, 201호, 202호는 1999.7.12.전부터도 임대하였으나 역삼제2동사무소에서 정보공개금지규정에 따라 전입세대의 인적사항 공개를 거부하므로 필요한 경우 조사관서에서 전입세대현황을 직접조사할 것을 요청함

3. 위 표는 정보공개청구에 의하여 역삼세무서 소득세과로부터 제공받은 자료를 기초로 작성하였음

4. 2024년 귀속분 면세사업자 사업장현황신고서는 2024.

8.

12. 접수하였음

나) 청구인은 2024.

9.

24. 처분청이 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하였는지 여부에 관하여 추가 증빙자료를 제출할 것을 요구함에 따라, 2010년부터 현재까지 작성 및 보관 중인 임대차계약서 사본(26건)을 추가로 제출하였으며, 2000.

12.

31. 이전 자료에 대하여 아래와 같이 답변하였다. ❙처분청의 보정요구에 대한 청구인 회신 내용❙

4. 처분청 제출 자료 가) 처분청은 경정청구 검토 과정에서 2024.

9.

24. C주민센터에 공문을 발송하여 쟁점주택에 대한 1999.

1. 1.부터 2010.

12. 31.까지의 확정일자 부여 내역과 전입세대 조회내역을 요청하였고, 이에 대하여 2024.

10.

7. C 주민센터로부터 회신 공문(C-13869, 시행일자 2024.

10. 2.)을 받았는데, 그 내용은 아래와 같다. (1) 처분청이 C주민센터로부터 회신받은 각 임대호수별 전입세대 확인서(6건, 총 7페이지)를 정리한 내역은 아래와 같다. ❙쟁점주택 각 호수별 전입세대확인서(동거인 포함) 주요 내용❙ 주소 세대순번 세대주구분 성명 전입일자 등록구분 동거인 사항 101호 해당주소의 세대주가 존재하지 않음 102호 1 세대주

2007. 5.11. 말소 해당없음 201호 1 세대주 1998.12.18. 말소 해당없음 2 세대주

1996. 6.12. 말소 해당없음 202호 해당주소의 세대주가 존재하지 않음 301호 해당주소의 세대주가 존재하지 않음 302호 해당주소의 세대주가 존재하지 않음 (2) 처분청이 C주민센터로부터 회신받은 쟁점주택의 전출입 내역 (엑셀파일, 총 2페이지)상 1999.

1. 1.부터 2010.

12. 31.까지 기간 동안 확인되는 전입자는 총 83명이며, 해당 명세 중 전입처리 일자가 2000.

12.

31. 이전인 전입자를 발췌한 내용은 아래와 같다. ❙쟁점주택 전출입 내역(일부발췌)❙ 번호 구분 전입처리일자 전출처리일자 생년월일 성별 성명 전입지 지번주소 1 전입

1999. 1.13. 1973... 여 F 쟁점주택 소재지 (호수 미기재) 2 전입

6. 1972... 남 G 3 전입 1999.11.29. 2003.12.

4. 1935... 여 E 4 전입 1999.11.29. 2003.12.

4. 1989... 남 H 5 전입 1999.11.29. 2003.12.

4. 1987... 여 I 6 전입

2000. 2.24.

7. 1973... 남 J 7 전입

2000. 3.10. 1973.-. 여 K 8 전입

2000. 3.10. 1971... 남 L 나) 처분청에서 쟁점주택의 사업장현황신고서 내용, 청구인이 제출한 확정일자부 사본, C주민센터로부터 회신받은 전입세대확인서, 국세청 전산자료로 확인되는 주택별 거주이력 분석내역 등을 취합 및 정리하여 제출한 자료는 아래와 같고, 101ㆍ201ㆍ301ㆍ302호는 2000.

12.

31. 이전 확정일자, 주민등록 전입신고 내역이 확인된다. ❙쟁점주택 각 호별 임대현황(처분청 작성)❙ 5) 청구인은 총 6개의 주택 중 2000.

12.

31. 이전 임대개시가 명확히 확인 되지 않은 주택은 2000.

12.

31. 이전 쟁점주택에 전입한 사람에 대해 처분청이 조사하면 확인될 것이므로 조특법 제97조에 따른 장기임대주택의 양도 요건을 충족한 것으로 판단하여야 한다고 주장하고 있다. ❙쟁점주택 전입 각 호수별 전입(2000.

12.

31. 이전) 확인 내용❙ 주소 성명 전입일 전출일 거주확인 비고 101호

1997. 9.11.

1999. 9.11. 확정일자 0021호 102호 2001.12.12. 확정일자 확인됨 201호 1998.12.18. 전입전출 신고 202호

2.

6. 확정일자 확인됨

301호 1998.10.29. 확정일자 1041호 302호 1999.11.29. 2003.12.

4. 확정일자 1499호 호수 불명

8.

6. 전입전출 신고

2000. 2.24.

7.

7. 전입전출 신고

1999.11.29. 2003.12.

4. 전입전출 신고

E 동거인으로 추정 1999.11.29. 2003.12.

4. 전입전출 신고

2000. 3.19. 전입전출 신고 청구인 아들 부부

2000. 3.10. 전입전출 신고 * 청구인은 2008년부터 주택임대사업자 사업장현황신고서를 제출, 모두 전세계약(월세 없음)

  • 라. 판단

1. 관련 법리 가) 조세법률주의의 원칙상 과세나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.

8.

20. 선고 2008 두11372 판결 등 참조). 나) 「조세특례제한법」 제97조, 같은 법 시행령 제97조는 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986.

1. 1.부터 2000.

12. 31.까지의 기간 중 신축된 국민주택을 2000.

12.

31. 이전에 임대개시하여 5년 이상 임대한 후 양도 하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 다만, 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 이에 따른 양도소득세 감면을 받으려는 자는 임대사업자 등록증 또는 공공주택 사업자 로서의 지정을 증명하는 자료와, 임대차계약서 사본 등을 세액 감면신청서에 첨부하여 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

2. 쟁점주택의 양도가 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는지에 대한 판단

  • 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 쟁점주택의 양도가 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 보기는 어렵다.

(1) 조특법 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 신청을 하는 경우, 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록등본 또는 주민등록증 사본 등을 반드시 제출하여야 한다고 규정되어 있으나, 청구인은 경정청구 시 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하였다는 청구인의 주장과 관련하여 임대차계약서 사본이나 임대보증금 또는 관리비 등을 수령하였음을 확인할 수 있는 계좌내역 등을 제시하지 아니한 점 (2) 처분청이 관할 주민센터 및 국세청 전산자료 등을 통해 조회하여 쟁점주택의 호수별 거주 여부를 확인하였으나 확보한 자료상으로는 쟁점주택 102호와 202호에 2000.

12.

31. 이전 전입한 자가 확인되지 아니하여 해당 호의 임대개시 시점이 언제인지 확인되지 않는 점

(3) 쟁점주택을 임대목적으로 신축하고 장기간 임대사업에 사용한 것은 인정되나 양도소득세 감면요건의 충족 여부에 대한 입증책임이 있는 청구인이 2000.

12.

31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하였음을 입증하는 객관적인 자료를 처분청의 경정청구 거부 처분 이후에도 전혀 제시하지 못하는 점

  • 나) 따라서 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 1975.9.19. 서울 M 답 315평(지분 1/2) 취득 후 1983.4.15. 서울 A 대지 258.5㎡로 환지 확정되었으며, 1990.6.19. 서울 N의 43.9㎡가 합병됨 2) 2023.5.22. 상세주소가 ‘501호’에서 ‘3층호’로 변경됨 3) 청구인은 경정청구 시 ① 조특법 제97조에 따른 양도소득세 100% 감면 적용 외에 ② 환산취득가액 계산오류로 인한 취득가액 과소산정을 사유로 취득가액을 재계산하여 환급신청세액을 계산하였으나, 처분청의 검토 과정에서 취득가액을 1,624,678,209원으로 확인하고 감면세액 등을 재계산함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)