조세심판원 심사청구 양도소득세

공증각서 합의 내용이 이행되지도 않아 명의개서한 사실이 없음에도 쟁점주식을 교환거래로 양도한 것으로 볼 것인지 여부 및 가산세 감면여부

사건번호 심사-양도-2025-0008 선고일 2025.05.14

결과적으로 공증각서를 작성한 내용중 부동산을 청구인이 이전받았으므로 대가로 쟁점주식을 모두 교환거래로 양도하는 것으로 해석되며, 법률의 무지나 몰이해는 가산세 감면대상이 아님.

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1992.9.5. 설립된 AA자치도 BB시 CC로 55 소재 ㈜A (이하 “쟁점법인” 이라 한다)의 총 발행주식 150,000주 중 39,800주(26.53%)(이 하 “쟁점주식” 이라 한다)를 1992.6.16. 취득하여, 쟁점법인이 신고한 2018 사업연도 주식등변동상황명세서상 2018.6.15.까지 소유 하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점주식에 대해 2019.4.15. 증권거래세과세표준 신고서를 홈택스로 기한 후 신고․납부 후 양도소득세 무신고 과세자료가 발생되자, 청구인에 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고안내를 하여 관련 서류를 검토한 결과, 쟁점법인의 주주였던 청구인, B, C 3인이 합의한 사항을 토대로 2014.10.14. 작성된 공증각서(이하 “공증각서” 라 한다)상 청구인에게 쟁점주식 이전으로 받게 될 부동산이 매매, 교환의 원인으로 청구인에게 등기되어 이전되었고, 2018.6.15. 쟁점주식의 명의개서가 이루어진 사실을 근거로 청구인 소유 쟁점주식이 등기이전된 부동산과의 교환거래로 양도된 것으로 보아 부 동산 기준시가를 양도가액으로 산정하여 2024.12.1. 청구인에게 2018년 과세연 도 쟁점주식 양도에 따른 양도소득세 232,582,290원(무신고가산세 등 98,693,460 원 포함)을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025. 1. 13. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 사실관계 1) 공증각서 작성 경위
  • 가) 청구인은 쟁점법인의 사내이사 및 주주였고, 前 대표이사 및 주주인 C, B과 공동으로 운영 중에 C의 독단적인 회사운영 및 횡령 등이 자주 발생하여 더 이상 동업을 유지하기 어렵다고 판단하여, 주주 3인은 수개월의 협의 및 정산금 청구 소송을 진행중인 가운데, 2014.10.14. 공증각서 및 약정서를 작성하고 모든 인수인계는 2014.10.31. 완결하기로 합의 하였다.
  • 나) 그러나, 공증각서상 합의이행이 안되자 공증각서 재산대장상 청구인에게 이전하기로 한 부동산자산은 소유권이전등 소송을 통해 2017.6.7. 대위등기로 청구인에게 이전하였고 나머지 공증각서 자산대장 상 청구인에게 이전할 재산은 현재까지 이행을 완료하지 않고 있다. 2) 공증각서는 주주 3인간 쟁점법인의 재산에 대한 분할내용을 담고 있으며, 같은날 C와의 약정서를 작성하였으며 내용을 요약하면 다음과 같다.
  • 가) 청구인이 보유한 쟁점주식 전부를 쟁점법인 대표이사로 취임하는 B이 인수하고, 이에 따른 증권거래세는 쟁점법인의 부담으로 한다.
  • 나) 공증각서의 재산대장을 보면, 쟁점법인의 재산을 주주 3인에게 분할하는 내용이며 쟁점법인의 실질자산(자산-부채) 2,475,156,006원을 3등분한 1인당 825,052,002원식 분할하는 것으로 재산종류별 양수인을 정하였다. <청구인이 받아야할 쟁점법인 재산목록(2014.10.14.기준)> (단위:원) 쟁점법인 계정과목 금 액 현 소유자 비 고 <부동산자산> 1.BB시 DD동 1534-40 토지,건물 490평 2.BB시 DD동 1534-31 전 72평 833,000,000 122,400,000 쟁점법인 쟁점법인(C) 前 대표이사 <차량운반구> 에쿠스 무상 쟁점법인 면허자산(E건설) 60,000,000 (주)E건설 쟁점법인 자 회 사 콘도회원권(**시스타) 20,000,000 <부채> 1.전세보증금 3.취득세(DD동 토지,건물) 5.E부가가치세 7.변호사수임료 40,000,000 50,000,000 7,841,926 74,500,000 쟁점법인 순자산 계(자산-부채) 863,058,074
  • 다) 같은 날 청구인과 前 대표이사 C와의 약정서에 따르면, C는 공 증각서 재산대장상 삼인 균등 분할금액인 825,052,002원보다 적어서 그 금액을 보전하고자 약정서를 작성하여 쟁점법인 대표이사 변경 직후 쟁점법인 금융재산(적금,보험금,통장잔액,공사비입금액)에 1,280,320,230원을 해지하여 청구인 에게 416,452,999원을, C에게 888,724,398원을 추가 지급하는 약정을 하였다. 3) 처분청의 양도소득세 안내 및 과세를 받은 경위
  • 가) 처분청은 2021.10.18. 청구인에게 쟁점주식에 대한 “양도소득세 기한 후 신고 안내문”을 청구인에게 발송하여, 청구인은 쟁점주식을 양도한 사실이 없 었는데도 해명자료를 제출하라는 요구에 2021.10.28. 쟁점주식 양도양수계약서를 작성한 사실이 없으며, 존재한다면 사문서 부정행사로 판단된다는 해명자료를 제출하였다.
  • 나) 청구인은 2021.12.21. 최고서를 작성하여 쟁점법인 대 표이사로 등재한 B에 증권거래세신고서 작성여부 및 제출, 쟁점주식 양 도관련 증빙서류를 제출할 것을 요청하였으나 현재까지 내용증명에 답이 없다.
  • 다) 처분청은 이후 3년간 아무런 조치가 없다가 쟁점주식은 공증각서상 부동산자산을 취득하여 교환방식으로 양도하였다고 하며 쟁점법인의 주식등변동상황명세서상의 양도내용을 근거로 2024.9.5. 과세예고 통지를 하고 과세전적부심사청구를 하였으나, 2024.11.21. 불채택한다는 통보를 받았다. (쟁점① 관련)
  • 나. 청구인은 쟁점법인과 주식양수도계약서를 작성한 사실과 명의개 서도 한 사실이 없고, 쟁점법인은 공증각서 상 주식을 양수할 지위에 해당하 지 않으며, 홈택스를 통해서도 증권거래세과세표준신고한 사실이 없음에도 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 쟁점법인은 소송 결과에 따라 이전등기된 부동산자산외에 현재까지도 공증 각서 분할 내용을 이행하지 않아 양도로 볼 수 없고, 홈택스로 신고한 증권거래세 신고를 누가 하였는지, 어떻게 명의개서가 이루어 졌는지에 대한 확인하거나 입증하지도 않고 처분청이 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다. (쟁점①-1

• 관련)

  • 다. 공증각서에 첨부된 재산대장을 보면, 청구인에 이전한 부동산 자산 중 BB시 DD동 1534-40 대지 1,662㎡, 건물 576㎡(이하 “부동산1” 이라 한다)은 기존 쟁점법인의 소유로 재산가액을 833,000,000원으로 기재되어 있으며, 쟁점주식은 쟁점법인의 소유로 양도되었으므로 쟁점주식 양도가액은 처분청이 기준시가로 산정한 1,075,124,200원이 아닌 833,000,000원으로 보아야 한다. 또한, BB시 DD동 1534-31 전 239㎡(이하 “부동산2” 이라 한다)은 C 의 소유로서 쟁점법인이 소유권이 없는 부동산이므로 쟁점주식 양도소득세 산정 시 양도가액에 포함되지 않음에도 처분청은 부동산2도 양도가액에 포함하여 계 산하는 잘못을 하였다. (쟁점② 관련)
  • 라. 청구인은 주식양수도계약을 한 적도, 명의개서를 한 적도 없으며 증권거래세과세표준신고도 한 사실이 없으므로, 쟁점주식의 양도소득세 과세가 맞더라도 이를 알 수 없었는 바, 납세의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 무신고가산세, 납부불성실 가산세는 부당하다.
3. 처분청 의견

(쟁점①관련)

  • 가. 청구인을 포함한 쟁점법인 주주3인이 작성한 공증각서상 청구인이 보유한 쟁점주식은 쟁점법인 대표로 취임할 B이 인수하고 증권거래세는 각 회사의 부담으로 한다라고 되어있으며, 쟁점법인은 이미 그 의무를 이행한 바 있고, 양도소득세는 별개의 세목으로 쟁점주식의 전 소유자인 청구인에게 귀속되어야 한다.
  • 나. 청구인은 쟁점법인과 주식양수도계약서를 작성한 사실이 없다고 주장하나, 계약서 는 명칭이나 형식보다는 거래의 실질이 중요한 것으로 공증각서를 작성하여 공증까지 받았고, 공증내용대로 이행되지 않자, 부동산1, 부동산2에 대해서는 청구인이 쟁점법인과 C를 상대로 제기한 소유권 이전소송을 통해 쟁점주식의 양도를 전제로 부동산1,부동산2를 취득하였으며, 공증각서대로 모든 것이 이루어진 것은 아니지만, 쟁점법인의 주요재산인 인 부동산1, 부동산2(재산대장상 955,000,000원)를 청구인에게 이전 등기하였고, 명의개서를 통해 쟁점주식이 쟁점법인으로 상호이전 하였으므로 금전이외의 재산권이 상호 이전된 교환계약으로 보아 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다.
  • 다. 또한 면허자산과 콘도회원권 등의 소유권 이전이 이루어지지 않았으므로 잔금 청산이 이루어지지 않아 양도소득세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 명의 이전을 위하여 소송을 진행하였던 부동산자산과는 다르게, 공증각서상의 다른 재산분할 사항은 채권․채무 관계로 이 사건 양도소득세에 영향을 미치지 않으며, 청구인이 공증각서를 작성하고 합의이행이 안되자 소 송까지 진행하면서 쟁점법인 부동산자산 전체를 취득하였으므로 명의개서일을 양도시기로 하여 2018년 과세연도로 양도소득세를 과세함은 정당하다. (쟁점①-1관련)
  • 라. 교환으로 취득한 자산을 양도하는 경우 자산의 취득가액은 취득 당시 교환계약서에 표시된 실지거래가액에 따르는 것이며, 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 단순교환의 경우에는소득세법제114조제7항에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차로 적용한 가액으로 하는 것으 로, 공증각서상 부동산2는 등기상 C의 소유이나 쟁점법인의 재산대장상 목록에 기재되어 있고 청구인에게 이전하기로 하였고, 소송을 통해 청구인이 등기이전 받았으므로 이를 쟁점주식 양도가액에서 제외할 이유가 없으며, 이 건은 시가가 없어 부동산1, 부동산2의 기준시가인 1,075백만원을 양도가액으로 산정한 것은 정당하다. (쟁점②관련)
  • 마. 청구인은 공증각서의 당사자이며 재산분할 합의의 이행을 위하여 소송까 지 진행하였으며 이를 통하여 관련 재산분할의 주요재산인 부동산 전체를 취득 하였는데, 청구인이 직접 명의개서, 주식양수도계약을 한 사실이 없다하여 양 도소득세를 알지 못한 정당한 사유가 있어 가산세부과는 부당하는 주장은 받아들이기 어렵다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점주식의 양도계약서를 작성하거나 명의개서 및 증권거래세를 신고한 사실도 없고, 쟁점주식 양도요건인 공증각서 합의 내용이 이행되지도 않았음에도 쟁점주식을 교환거래로 양도한 것으로 보아 양도소득세 부과처분은 부당한지 여부

① -1 과세대상이라면, 쟁점주식은 쟁점법인으로 명의개서 되었으므로 공증각서의 재산대장상 쟁점법인이 소유한 부동산 가액인 833백만원을 양도가액으로 보아야 하는 지 여부

② 양도계약서를 작성한 사실이나 명의개서한 사실을 알지 못하여 양도소득세 신고를 하지 못한 정당한 사유가 있으므로 무신고 ․ 납부불성실 가산세는 부당한 지 여부 나. 관련 법령 <쟁점①, ①-1 관련> 1) 소득세법 제88조 【정의】 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  • 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제283조 에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다. 3) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 4) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 5) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. <쟁점② 관련> 6) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고 (예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ 보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 " 무신고납부세액 "이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 7) 국세기본법 제47조의4 【납부지연가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고 납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부 (이하 " 과소납부 "라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급" 이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부 고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 8) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 8-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등】

① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부 하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 「소득세법 시행령」 제118조의5제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

  • 다. 사실관계 1) 쟁점법인의 사업자등록 내역은 다음과 같다. <쟁점법인 사업자등록 등 기본사항> 상호 주식회사 A 개업일자 1992.09.05. 대표자 B 주민등록번호 사업장 강원특별자치도 BB시 DD로 55(개운동, 4층) 주업태 건설업 주업종 토목공사 부업태 건설업 부업종 건축 부업태 부동산업 부업종 임대 법인등록번호 설립등기일자

1992. 6. 16. 총발행주식수 35,000주(1주당 10,000원) 자본금 350,000천원

  • 나. 청구인과 주주 3인간 작성한 공증각서와 첨부문서인 재산대상 내용은 다음과 같다. 1) 청구인은 2014.10.14. 쟁점법인의 주주 3인(C, B, 청구인)간 공증각서를 작성하였고, 쟁점주식과 관련된 내용을 살펴보면 주주3인은 쟁점법인을 공동운영하다 법인 재산대장 재산을 3균등 분할하고, 청구인이 보유한 쟁점법인의 주식 100%를 쟁점법인 대표이사 B이 인수하고, 이에 따른 증권거래세는 쟁점법인이 부담으로 하는 것으로 기재되어 있다. 2) 재산대장은 쟁점법인의 자산, 부채 등을 계정과목별로 나열하고 가액을 기입한 후, 현소유자, 양수인을 기재한 것으로 작성되었고 재산대장 마지막에서 는 실질자산(자산-부채)으로 삼인 균등분할 금액으로 각 1인별 825,052,002원을 기재한 사실이 나타난다. < 공증각서 내용> (생략) <공증각서에 첨부된 재산대장> (생략) 3) 청구인은 공증각서 합의후 같은 날짜에 C와의 추가약정을 하였다며 다음과 같은 약정서를 제시하였는데, 쟁점법인의 금융재산을 현금화하여 청구인에게 446,540,600원을 지급하는 것으로 나타나 있으며, 이행완료가 안되어 쟁점주식의 양도가 이루어지지 않았다는 주장의 근거로 제시하고 있다. <청구인과 C의 약정서 2014.10.14.> (생략) 3) 상기 공증각서와 재산대장에 따라 청구인이 인수하기로 한 재산은 강원도 BB시 DD동 1534-40 토지 및 건물(부동산1, 쟁점법인 소유), BB DD동 1534-31 토지(부동산2, C 소유), 에쿠스 차량, E건설 면허자산, OO군 OO시스타 콘도회원권이 있으며, 이와 함께 부채 항목으로는 막국수 전세보증금, DD동 토지・건물 취득세, E건설 부가가치세, 변호사 수임료가 청구인에게 귀속된다고 기재되어 있다. 4) 공증각서는 2014.10.14. 작성되었으나 공증내용이 이행되지 않고 있다가 청구인이 소송을 통하여 2018.6.7. 인수하기로 한 부동산1, 부동산2를 취득하 였고, 같은 해 쟁점주식의 명의개서가 이루어진 것이 2018 사업연도 쟁점법인의 주식변동상황명세서에 의하여 확인된다. <쟁점법인의 2018년 주주현황 변동 내역> 주주명 관계 기초주식수(지분율) 기말주식수(지분율) 증감주식수 C 본인 65,400주(43.60%) 65,400주(43.60%) B 기타 44,800주(29.87%) 44,800주(29.87%) 쟁점법인 기타 0(0%) 39,800주(26.53%) +39,800주 청구인 기타 39,800주(26.53%) 0(0%) -39,800주 합계 150,000주(100%) 150,000주(100%) <쟁점법인이 2019.4.15. 증권거래세 기한후 신고한 내역> (단위:원) 증권거래세 과세표준 및 세액계산서 농어촌특별세 과세표준및 세액 계산서 과세표준 1,036,010,200 0 세율 5/1000 1.5/1000 산출세액 5,180,051 0 가산세 신고불성실 1,036,010 0 납부불성실 352,760 가산세 계 1,388,770 납부할 세액 6,568,821 0 5) 쟁점법인의 2018 사업연도 주주현황 변동 내역 및 쟁점법인에서 신고한 증권거래세 내역은 다음과 같으며, 공증각서에는청구인 보유 쟁점주식을 모두 B에게 이전한다는 합의내용과는 달리 청구인 보유 쟁점주식은 쟁점법인 명의로 명의개서가 된 것으로 나타나, 심리담당이 쟁점법인 실무자에 유선 문의한 바, 이는 공증각서 재산대장상 부동산1은 쟁점법인이 등기상 소유자이며, 부동산2는 C가 등기상 명의이 나, 지목이 농지(田)로 쟁점법인 명의로는 등기가 어려워 C 명의로 등기한 것으로 사실상 쟁점법 인 소유 부동산이어서 쟁점법인 명의로 주식을 양수한 것으로 안다는 진술을 하였다.
  • 다. 청구인은 공증각서 합의사항이 이행이 안되어 공증각서를 근거로 부 동산1, 부동산2에 대해 각각 쟁점법인, C를 피고로 소유권이전등기 소송을 제기하여 2017.10.16. 대법원 판결을 받아 등기이전을 받은 사실이 확인된다. 1) 판결문에 의하면, 주주이자 임원인 청구인, B, C는 쟁점법인 공동운영을 종료하기로 하면서 그 정산절차로써 공증각서(합의서)를 작성하였음이 인정사실에 의해 나타난다. 2) 쟁점법인과 C는 항변에서 공증각서대로 합의사항이 이행하지 않은 이유는 청구인이 공증각서상 합의이후에는 형사고소를 하지 않겠다는 조건의 합의를 하였으나 청구인이 이를 위반하 였으며, 2014.10.21. 청구인이 쟁점법인 인감을 이용하여 법인계좌에서 무단으로 588백만원을 인출하여 업무상 횡령 행위로 당초 공증각서의 합의 자체가 무효라고 주장하였으나, 법원은 업무상횡령을 하였다고 하더라도 별도의 절차에서 그 금원의 반환을 구하는 것은 별론이라 하더라도, 공증각서상 부동산1, 부동산2에 대해서는 각 소유권이전등기절차를 마쳐줄 의무가 있다고 판결하였다. <판결문 일부> (생략)
  • 라. 청구인은 소송을 통해 소유권이전 등기한 부동산1, 부동산2에 대하여 2018.10.15. 매매로 양도하고 양도소득세를 신고한 사실이 확인되며, 신고서를 보면 총 양도 가액은 1,770,000,000원, 취득가액은 1,075,095,262원으로 신고하여 처분청이 쟁 점주식 양도가액을 부동산1, 부동산2의 기준시가로 합하여 산정한 1,075,124,200원과 거의 동일한 가액으로 나타난다. <부동산1, 부동산2에 대한 청구인 양도소득세 신고 내역> (생략)
  • 라. 판단 (쟁점① 관련) 1) 쟁점주식의 양도계약서를 작성하거나 명의개서 및 증권거래세를 신고한 사실도 없고, 쟁점주식 양도요건인 공증각서 합의 내용이 이행되지도 않았음에도 쟁점주식을 교환거래로 양도한 것으로 보아 양도소득세 부과처분은 부당한지 여부
  • 가) 관련 법리 매매 등으로 대금이 모두 지급된 경우 뿐만 아니라 사회 통념상 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득 세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼만한 정도에 이르는지 여부는 미지급 잔액의 액수와 그 전체금액에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경우 등에 비추어 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014.6.12. 선고 2013두2037 판결 취지 참조). 나) 쟁점주식이 교환거래로 양도되었는 지에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 청구인은 쟁점주식의 주식양도계약서를 작성한 사실이나 명의개서 및 증권거래세 신고를 한 사실이 없고, 쟁점주식을 모두 양도하기 위해서는 공증각서상 재산을 모두 이전 받아야하는데 이전 받지 못해 양도로 볼 수 없다 주장하나, 쟁점주식을 유상으로 사실상 이전한 것으로 볼 수 있으므로 처분청의 양도소득세 과세는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (가) 공증각서에 근거하여 소유권이전소송을 통해 최종 재산대장상 부동산 자산을 이전받은 점, 설사 공증각서 내용 전체를 이행 받지 못했다 하더라도 유효하게 이뤄진 공증각서에 의한 합의사항은 사실상 유상 이전으로 양도로 보아야 한다. (나) 청구인이 미수령하였다는 자산은 청구인과 쟁점법인간 채권・채무관계이며, 공증각서상 주주 3인은 각각 825백만원을 균등분할할 금액이나 부동산1, 부동산2의 총 가액은 955백만원으로 이미 이전받을 1인당 균등분할액 이상의 금액을 이전받았으므로 공증각서상 이전 받을 재산가치 대부분이 이전되었다. (다) 또한, 쟁점법인이 공증각서에 의하여 증권거래세를 부담하기로 하였더라도 소득세법시행령제162조제1항제2호에 의하여 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금을 청산한 날이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 명의개서를 한 경우에는 명부에 기재된 명의개서일이 되는 것으로 비록, 청구인은 명의개서한 사실이 없다고 하나 공증각서대로 부동산이 이전되었고, 쟁점법인이 증권거래세를 부담키로 하는 약정을 하였으므로 이는 공증각서상의 합의사항 이행시 쟁점법인에 쟁점주식의 양도에 관한 사항을 암묵적으로 동의한 것으로 볼 수 있다.

(2) 따라서, 쟁점주식을 교환거래에 의해 이전된 것으로 보아 처분청이 양도소득세를 부과처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. (쟁점①-1 관련) 2) 과세대상이라면, 쟁점주식은 쟁점법인으로 명의개서 되었으므로 공증각서의 재산대장상 쟁점법인이 소유한 부동산 가액인 833백만원을 양도가액으로 보아야 하는 지에 대한 판단 가) 청구인은 공증각서상 모든 합의를 이행하였을 경우 쟁점주식의 양수자는 B이나, 부동산1의 등기상 명의는 쟁점법인이므로 쟁점법인에 양도한 것으로 보아 부동산1의 공증각서에 첨부되어 있는 재산대장 가액인 833백만원만을 양도가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 이는 공부상 소유자 명의만 양수자 지위라고 주장하는 것으로 공증각서와 부동산 소유권이전등기 소송 판결내용 등 전체 맥락에서 해석할 경우, 청구인은 쟁점법인을 공동운영하다 정산절차로써 공증각서를 작성한 것으로서 결과적으로 부동산1과 부동산2의 명의가 누구 이든 청구인이 이전받았으므로 대가로 쟁점주식을 모두 양도하는 것으로 해석되므로, 이런 경우 양도가액은 교환가액으로서 시가가 불문명하므로 기준시가를 양도가액으로 보아야 한다. 나) 또한, 청구인은 부동산1과 부동산2를 이전받은 후 다시 매매하면서 자신신고 한 양도소득세 신고서에 의하면, 취득가액은 부동산 기준시가에 거의 동 일한 가액으로 계산하여 신고한 사실이 확인되므로, 쟁점주식의 양도가액은 이전 받은 부동산의 기준시가로 산정함이 타당하며, 쟁점법인의 소유인 부동산1 의 재산대장 가액을 양도가액으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (쟁점② 관련) 3) 양도소득세 신고를 하지 못한 정당한 사유가 있으므로 무신고 ․ 납부불성실 가산세는 부당한 지 여부

  • 가) 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다(대법원 2005.

11.

25. 선고 2004두930 판결 등 참조). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002.

8.

23. 선고 2002두66 판결 등 참조). 그러나, 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고(대법원 2004.

6.

24. 선고 2002두10780 판결 등 참조), 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아 들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991.

9.

13. 선고 91누773 판결 참조). 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없음(대법원 2004.

9.

24. 선고 2003두10350 판결 등 참조)

  • 나) 가산세 감면의 정당한사유가 있는 지에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 청구인은 주식양수도계약서을 작성하거나 쟁점주식의 명의개서사실을 몰랐고, 증권거래세 과세표준신고도 쟁점법인이 임의로 하였다고 주장하나, 쟁점주식은 양도소득세 과세대상임을 충분히 인지하였을 것으로 보이고 법률적 부지나 오해에 기인한 것으로 이러한 사정은 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유로 볼 수 없는 것으로 판단된다. (가) 처분청은 청구인에게 쟁점주식 양도소득세 기한 후 신고안내를 하였으나, 해명서를 제출하였다는 것만으로 양도소득세 신고․납부의무가 없어지는 것이 아니다. (나) 청구인은 공증각서상 부동산1, 부동산2를 소송을 통해 이전받았으므로 쟁점주식을 양도하여야 하는 것을 합의하였음에도 단지 형식상 주식양수도계약이나 명의개서사실을 몰랐다고 주장하는 것은 사회통념상 상식적이지 않아 받아들이기 어렵다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조제1항제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)