쟁점비용을 양도소득세 필요경비로 인정할 수 있는지

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

• 가. 청구인1 은 1999.11.5. 경기도 B 잡종지 등 9필지 24,626㎡(이하 “쟁점토지①” 라 한다)를 351,200,000원에 경매로 취득한 후 2002.6.19. 잡종지를 공장용지로 지목변경, 2002.10.9. 합병, 2012.4.26. 분할 등 여러 필지로 정비하였으며, 그 상세내역은 아래와 같다.
• 나. 청구인1의 배우자 청구인2(이하 “청구인2” 이라 하고, 청구인1과 청구인2을 통칭하여 “청구인들” 이라 한다)은 2004.7.20. 취득한 경기도 B 5,845㎡에 2012.4.20. 공장건물 979.07㎡를 신축하고 2022.5.25. ㈜A에게 2,700,000,000원에 매매로 양도하면서 2022.7.31. 양도소득세 신고시 취득가액(실지취득가액)은 991,875,583원으로 기타 필요경비로 949,088,340원으로 하여 양도소득세 189,057,442원을 신고·납부하였다.
• 바. 청구인1은 폐기물 처리 및 토지 조성비용 등으로 총 5,423백만원(이하 “쟁점비용①” 이라 한다)을 지출한 것으로 하여 1999.11.5. 경락으로 취득한 토지 9필지의 전체 면적 24,626㎡에 2014년, 2017년, 2019년 양도시 각 양도 토지의 면적 비율로 안분 계산하여 기타 필요경비로 산입하였다.
• 사. 청구인2은 임야 평탄화 작업 후 지하 15m 파고 산업폐기물을 매립한 비용으로 총 1,064,477,728원이 소요되었고 이를 양도 면적으로 안분하여 913,386,556원(1,064백만원×5,845㎡/6,812㎡)을 자본적 지출(이하 “ 쟁점비용②” 이라 한다)에 해당한다고 하여 기타 필요경비 산입하였다.
• 아. 처분청은 2024.8.5.부터 2024.8.24.까지 청구인1에 대한 2017년, 2019년 과세연도 양도소득세 조사와 청구인2에 대한 2022년 과세연도 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인들이 기타 필요경비로 계상한 쟁점비용①과 쟁점비용②에 대해 관련 적격증빙이 확인되지 않아 필요경비 과다계상으로, 2024.11.19. 청구인1에게 2017년 과세연도 양도소득세 736,464,905원, 2019년 과세연도 양도소득세 577,433,619원을, 청구인2에게 2022년 과세연도 양도소득세 376,863,486원을 부과처분(이하 “이 사건 처분” 이라 한다)하였다.
• 자. 청구인들은 이에 불복하여 2025.1.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인1이 취득한 쟁점토지①에는 백화점 건물 잔해 등의 폐기물 약 33만톤이 방치된 채 쌓여있었고, 그 폐기물 처리비용에 54억원이 지출되었으므로 쟁점비용①을 양도자산의 필요경비로 인정하지 않는 것은 부당하다.

1. B군청은 관내 폐기물 처리에 고심하고 있었다. 1999년 당시 B에 소재한 폐기물 처리업체 C㈜은 도산에 이른 상황이였다. 청구인1은 도산한 C㈜가 진행하던 쟁점토지① 지상에 적치되어 있는 폐기물 170,000톤을 처리하고 공장을 신축 분양하면 사업성이 있을 것으로 판단하고 1999.11.5. 쟁점토지①를 경매로 취득하였다. 당초 170,000톤으로 예상한 폐기물은 지상에 적치되어 있는 것만 계산한 양이고 적치물 밑에 매립된 160,000톤이 더 확인되어 정리하여야할 폐기물은 총 330,000톤이라고 B군에서도 확인하였다.

2. 폐기물을 처리하면서 현장에서 매립 가능한 폐기물 처리와 폐기물로 오염된 토지를 정화하기 위해 2004.7.20. 청구인2 명의로 B 토지 6,812㎡를 추가 매입하였다. B군 사무감사 회의록에서 확인가능하듯이 불법 반입되는 폐기물로 골치를 않던 B군은 청구인1에게 사업자등록을 하지 않는 조건으로 폐기물 처리를 허가하여, 청구인1이 사업자등록을 하지 못함에 따라 처리비용에 대한 증빙을 구비하지 못하였다.

3. 1999년 건술부 건설폐기물 처리단가는 톤당 23,000원으로 고시되어 있고, B군 사무감사회의록에서 환경보호과장은 사무보고 시 다른 폐기물 업체 폐기물 2,000톤을 군에서 처리하면 2억원이 소요될 것으로 판단한 보고 내용이 있다. 청구인1의 폐기물 330,000톤을 환경부고시가 기준으로하면 처리비용 약 76억원(330,000톤×23,000원=7,590백만원) 계산되고, B군에서 판단한 비용으로 계산하면 처리비용 330억원 계산된다.

4. 양도소득세는 2007년 이전에는 단기매매 등 특별한 경우를 제외하고 거의 기준시가로 신고하였다. 청구인1이 폐기물을 처리하던 시기는 거의 대부분 기준시가 신고하였고 사업자등록이 제한된 상태라 증빙 수취를 소홀히 하였다. 쟁점토지①를 청구인1이 최초 매도한 2014년 이후에는 양도소득세 실가 신고 원칙이기에 청구인1의 기억과 은행출금 등을 기초로 하여 최소한의 처리비용을 계산하였고, 계산된 비용을 필요경비 계상하여 양도세를 신고하였다.

5. 청구인1의 잘못된 판단으로 시작한 사업에 투입한 55억여원의 비용과 쟁점토지① 등 부동산 양도대금 105억여원의 전부가 은행 대출금과 이자비용으로 투입되고도 현재 90여억원의 은행 채무가 남아 있다. 청구인1은 사업부진과 양도세, 은행부채 등으로 인한 스트레스와 피로로 대장암 말기 판정을 받고 최근에 수술을 받았으며 3개월째 입원치료를 받고 있다.

• 나. 결어 현재 지출한 비용을 직접적으로 확인할 수 있는 금융증빙 또는 원시장부는 제출할 수 없으나 쟁점토지①에 33만톤의 폐기물이 쌓여있었고, 그것을 처리하고 공장건물을 신축한 것은 사실이며, 환경부에서 고시한 폐기물 처리단가와 비교해도 청구인1이 양도소득세 신고 시 필요경비로 계상한 쟁점비용①이 과다하지 않으므로 이를 필요경비로 인정하여 이 건 처분을 취소하여야 한다.

• 가. 쟁점비용①은 추정비용일 뿐으로 객관적 증빙을 제출하지 않아 양도소득세 산정 시 기타 필요경비로 인정할 수 없다.

1. 과세근거가 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다할 것이다(대법원 2004.9.23. 선고 2005두1588 판결 등 참조).

2. 청구인1이 주장하는 폐기물 처리 및 토지 조성비용 등은 쟁점토지①를 개량하기 위한 자본적 지출비용으로 쟁점비용①이 지출되었다는 사실(필요경비에 해당한다는 사실)은 양도소득세 산정에 있어 청구인1에게 유리한 것이고, 또 그 기초적 사실관계는 청구인1의 지배 영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 처분청으로서는 조사하기 어려운 반면 청구인1으로서는 입증하기 용이한 것이므로, 쟁점비용①이 지출되었다는 사실은 청구인1이 입증할 필요가 있다고 보는 것이 공평의 원칙에 부합된다고 할 것이다.

3. 청구인1이 쟁점토지①에 대한 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점비용①의 산정 근거는 위 사실관계에 서술한 바와 같고, 그 세부 산출 내역 중 노무비 같은 경우 태국인 20명에 대한 인별 월급 1,800천원을 곱한 36,000천원을 노무비로, 운송비 같은 경우 25톤 덤프트럭 17대에 대한 대당 비용 500천원을 곱한 금액에 사용일수 25일을 곱한 212,500천원을 운송비라는 식으로 계산한 금액으로(다른 항목의 산출 근거도 같은 형식임) 객관적인 자료를 근거로 계산한 금액이 아닌 단순 추정치에 경과 월수를 곱하여 산출한 금액으로서, 청구인1이 주장하는 쟁점비용①을 필요경비로서 인정받기 위해서는 계약서 및 대금 지급 증빙 등의 객관적인 입증을 통해 양도된 자산에 실제 소요된 비용으로서, 법이 규정한 “용도변경”이나 “내용연수 증가” 등의 결과를 양도자산에 가져올 정도의 비용이라는 사실이 명확히 확인이 되어야만 할 것이다.

4. 청구인1의 주장대로 폐기물 처리 및 토지 조성비용으로 수십억 원의 비용을지출하면서, (비록 사업자등록이 되어 있지 않더라도 세금계산서나 영수증 등은 받을 수 있을 것임) 그 비용 지출에 대한 계약서나 영수증 등 관련 서류 및 금융자료가 전혀 없다는 것은 상식적으로 납득하기 어렵고, 실제 청구인1이 보관하고 있는 증빙자료의 비용 총액이 청구서의 쟁점비용①보다 적어 비용 지출에 대한 증빙자료를 아예 제출하지 않고, 자본적지출액을 임의적으로 추산하였다고 판단된다.

5. 또한, 양도가액에서 공제하여야 할 필요경비의 하나로 규정한 “양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용”은 문언 그대로 ‘거주자가 실제로 지출한 비용’을 의미하는 것일 뿐, 양도한 자산의 가치증가액 또는 그 가치증가를 위하여 소요되는 통상 비용 또는 추정비용을 의미하는 것은 아닐 것이다.

• 나. 청구인2의 양도소득세 신고시 폐기물 처리비용 등으로 주장하는 쟁점비용②도 이를 입증할 만한 객관적 증빙을 제출하지 않았다.

1. 2004.7.20. 청구인2은 ‘경기도 B 토지 6,812㎡를 300백만원에 취득하고 분할된 토지를 제외한 잔여 토지면적 5,845㎡를 신축한 건물과 함께 2022.5.25. 양도하였다. 위 쟁점토지②는 청구인1의 쟁점토지①와 인접한 토지로 매매 당시 청구인1의 토지와 같이 산업폐기물 등이 쌓여있었던 토지였다. 청구인1과 달리 청구인2이 토지 필요경비로 계산한 방법은 예금주 청구인1의 우리은행 계좌거래내역 중 현금·수표 출금내역인 1,064백만원이다. 1,064백만원 중 당초 토지면적 6,815㎡에서 쟁점토지② 면적 5,845㎡로 안분계산하여 산출된 금액 913백만원으로 양도소득세 필요경비 계산하였다. 계좌거래내역을 검토하면 특정인 또는 남북레미콘 등 사업자에게 이체된 내역이 확인되나 이체내역만 있을 뿐 거래처 확인서 또는 견적서 등의 객관적 증빙을 확인할 수 없었다.

2. 청구인2이 폐기물 처리 비용 등으로 사용한 것으로 주장하는 이체 및 수표출금 내역 등은 거래내역 외에 추가적으로 쟁점토지① 관련 공사 등의 금액임을 증명할만한 계약서 견적서 또는 대금 수취인 확인서 등이 전혀 없고 또한 청구인2 명의의 계좌가 아닌 청구인1 명의의 계좌의 거래내역이다. 청구인1은 2005.12.14.자로 본인 소유 토지인 경기도 B시에 건물을 신축한 바가 있어 공사금액에 대한 귀속이 명확하지 않은 것으로 보인다. 따라서 청구인2이 양도소득세 신고시 산입한 기타 필요경비 913,597천원은 쟁점토지①와 관련된 폐기물 처리비용 또는 토목공사 비용인지 명확하게 확인할 수 없는 것으로 판단되며 관련인 확인서 또는 견적서 등의 추가 증빙서류가 단 1건도 존재하지 않는 점 등에 비추어 객관적으로 입증되는 기타 필요경비로 볼 수 없다.

• 다. 결 론 위 처분청 의견과 같이 자본적 지출액이라 함은 양도자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용이나 용도변경ㆍ개량 또는 이용 편의를 위하여 지출한 비용 등이고, 소득세법은 양도가액에서 공제되는 자본적 지출액에 관하여 추계조사의 방법을 규정하고 있지 않기에, 그 비용은 실질과세원칙에 따라 거주자가 실제로 지출한 비용을 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 할 것이다. 따라서, 청구인1이 쟁점토지① 지상에 적치된 폐기물을 처리하였고, 그에 대한 비용을 지출한 것을 인정하더라도, 객관적인 증빙자료를 근거로 산출한 금액이 아닌 단순 추정금액에 불과한 쟁점비용①을 필요경비로서 양도가액에서 공제할 수 없어 쟁점비용①을 전액 부인한 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지① 관련 쟁점비용①의 양도소득 필요경비 인정여부

② 쟁점토지② 관련 쟁점비용②의 양도소득 필요경비 인정여부

• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 (2016.1.19. 법률 제13797호로 타법개정된 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 1-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 (2017.1.17. 대통령령 제27793호로 타법개정된 것)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 2) 소득세법 제160조의2 【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】

① 거주자 또는 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 법인세법 제121조 에 따른 계산서

2. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서

3. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시·금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다) 3) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 3-1) 소득세법 시행령 제170조 【양도소득금액의 조사결정】

② 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다 4) 소득세법 제114조 【양도소득 과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조(양도가액), 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 4-1) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매 매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우 5) 폐기물관리법 제45조 【(廢棄物處理에 대한 措置命令)】 (1999.12.31. 법률 제6096호로 일부개정된 것)

① 환경부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 폐기물이 제12조의 규정에 의한 기준에 적합하지 아니하게 수집·운반·보관 또는 처리되는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여 기간을 정하여 폐기물의 수집·운반·보관 또는 처리방법의 변경 기타 필요한 조치를 명할 수 있다.

1. 폐기물의 수집·운반·보관 또는 처리를 한 자

2. 폐기물의 수집·운반 또는 처리를 위탁한 경우 수탁자가 폐기물을 제12조의 규정에 의한 기준에 적합하게 처리할 능력이 있는지에 대한 확인을 하지 아니한 자

3. 폐기물을 직접 처리하거나 다른 사람에게 자기 소유의 토지 사용을 허용한 경우 폐기물이 버려지거나 매립된 토지의 소유자 6) 폐기물관리법 시행령 제26조의5 【처리이행보증보험금액 및 처리이행보증금의 산출기준】 (1999.8.6. 대통령령 제16506호로 일부개정된 것)

① 처리이행보증보험의 보험금액 및 처리이행보증금의 산출기준은 폐기물의 종류별 처리단가에 허용보관량을 곱한 금액의 1.5배로 한다. 다만, 허용보관량을 초과한 초과 보관량에 대한 처리이행보증보험의 보험금액 및 처리이행보증금은 폐기물의 종류별 처리단가에 초과보관량을 곱한 금액의 3배로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 폐기물의 종류별 처리단가는 폐기물의 성상 및 처리방법 등을 고려하여 환경부장관이 정하여 고시한다. 6-1) 방치폐기물처리이행 보증금 산출을 위한 폐기물의 종류별 처리단가 (환경부 고시 제2004-91호, 2004.6.24. 제정) 폐기물관리법시행령 제26조의5제2항 의 규정에 의한 방치폐기물처리이행보증금산출을위한폐기물의종류별처리단가는 별표와 같다. 부칙 (제2004-091호, 2004.6.24.)

① (시행일) 이 고시는 고시한 날부터 시행한다.

② (폐지규정) 방치폐기물처리이행보증금산출을위한폐기물의종류별처리단가(환경부고시 제2000-150호)는 이를 폐지한다. 6-2) 방치폐기물처리이행 보증금 산출을 위한 폐기물의 종류별 처리단가 (환경부 고시 제2021-259호, 2021.12.3. 전부개정) 제1조(목적) 이 고시는 폐기물관리법 제40조제5항 및 같은 법 시행령 제21조제2항에 따른 폐기물의 종류별 처리단가와 건설폐기물의 재활용 촉진에 관한 법률 제42조제4항 및 같은 법 시행령 제22조제2항에 따른 건설폐기물의 종류별 처리단가 정함을 목적으로 한다. 제2조(적용범위) 이 고시는 다음 각 호의 사항에 적용한다.

1. 폐기물관리법 제40조제5항 및 같은 법 시행령 제21조제2항에 따른 방치폐기물 처리이행보증보험금 산출을 위한 폐기물의 종류별 처리단가

• 다. 사실관계 1) 일자별 사실관계 요약

2. 청구인들 사업자등록사항

• 가) 청구인1은 쟁점토지①에서 가구 제조업 등을 영위하였고 ‘경기 E’에서는 서비스(체육시설)업을 운영하였다. 청구인2도 가구 제조업을 영위하고 있다.
• 나) 청구인1 종합소득세 신고내역

3. 방치폐기물처리이행보증제도의 의미(한국건설자원공제조합이 인터넷에 게재한 자료) 폐기물처리업자 및 폐기물 재활용 신고자가 폐기물을 적정 처리할 능력이 없어 폐기물을 방치할 경우 주변 환견을 오염시키고 국민 건강에 위해를 발생시켰습니다. 이러한 경우 종전에는 관할 행정기관이 대집행하고 그 비용을 원인자로부터 징수토록 하였으나 이 경우 대부분 부도, 파산 등으로 경제적 능력을 상실한 상태이므로 대집행 비용 징수가 불가할 수밖에 없었습니다. 위와 같은 위험에 대비하여 1999년 8월에 사업장 폐기물을 대상으로 하는 폐기물처리업자 및 폐기물 재활용 신고자가 장래에 발생될 수 있는 방치폐기물의 처리 이행을 사전에 보증토록 하는 제도가 신설 되었습니다

4. 청구인1이 제출한 쟁점비용① 세부 산정 내역 노무비, 장비운영비, 식대·합숙비, 운송비에는 12개월을 곱하여 쟁점비용①을 추산하였다. 폐기물 처리기간에 대해 청구인1은 청구인2 토지를 매입하여 매립 가능한 폐기물을 매립한 2004년 말까지로 보면 된다고 진술하였다.

• 가) 노무비: 월 80,000,000원(1일 2교대 10시간 작업)×12개월=960,000,000원
• 나) 장비운영비: 월 44,500,000원×12개월=534,000,000원
• 다) 식대·합숙비: 월 18,200,000원×12개월=218,400,000원 라) 운송비: 월 212,500,000원×12개월=2,550,000,000원 마) 축대공사: 233,600,000원 바) 쟁점토지① 조성공사비(2000.12월초∼2001.6월말): 429,150,000원 토지에 매립되어 있던 폐기물로 인해 오염된 흙을 새 흙으로 교체 사) 시설 설치비: 498,200,000원

5. 청구인1이 제출한 서류

• 가) 방치폐기물 처리 이행각서 청구인1은 1999.9.22. 경락받은 쟁점토지①에 방치되어 있는 건설폐기물 약 170,000㎥ * 을 소유권 이전 완료 후 1999.12.1.부터 2000.6.30.까지 적정 처리할 것이라는 내용의 이행각서를 공증받아 B군수에게 제출하였다.
• 나) 1999.12.1. 개최한 B군 행정사무감사 3차 회의록 B군 환경보호과장인 F이 “청구인1이 쟁점토지① 등을 경락받은 가액(350백만원)은 현재 적정토지 가격에 비해 약 1,260백만원 싸게 받았기 때문에 처리비용을 루베당(1㎥) 6,000원씩 봤을 때 이것이 17만 루베면 약 10억2000만원 정도 됩니다”라고 발언한 내용이 기재되어 있다.
• 다) 1999∼2001 B군청 환경보호계장이 작성한 확인서 외부의 폐기물 반입을 막기 위하여 사업자등록을 하지 못하도록 조치하였고, 폐기물량은 약 330,000톤이며, 1999.10.11. 환경부고시의 건설폐기물 처리단가는 톤당 단가는 23,000원이라고 기재되어 있고, 확인서에 지장이 찍혀있다.
• 라) 1999∼2003 B 이장의 확인서 건설폐기물이 쌓여있던 B 일대 토지를 청구인1이 경락받아 2001.7월초 건설폐기물을 완전히 처리할 때까지 지켜보았던 사람이고, 동네 이장으로 토지 오염문제 때문에 수시로 나가 살펴보았으며 20∼30여 명의 외국인 노동자들이 분주히 움직이고 소각로에 계속 불을 피오고 있었다고 진술하고 있다.
• 마) 환경부 고시 폐기물 처리단가 폐기물관리법 시행령 제26조의5 제2항 의 규정에 의한 환경부 고시 건설폐기물 처리단가는 1999년·2000년 23,000원이다.
• 바) B군에서 청구인1에게 보낸 공문

(1) 2001.1.29. ‘건설폐기물처리에 따른 협조요청’: 지하 매립 폐기물이 다량 매몰되어 있을 가능성이 있으므로 이를 확인 후 처리하여 주시고, 2001.2월경 그 처리여부를 확인하고자 한다는 내용

(2) 2001.4.17. ‘폐기물처리 확인에 따른 주민요구사항 통보’: 청구인1의 동의하에 폐기물처리 확인을 위하여 B군에서 임의로 굴착한 5개 지점에 대한 내용

• 사) B군에서 2014.9.24. 청구인1에게 보낸 ‘방치폐기물 처리완료 확인요청 회신’ 공문 B 일원의 방치된 건설폐기물 처리 완료 확인과 방치폐기물 처리량은 약 330,000톤이라고 기재되어 있다.
• 아) B군 2000.12.6. ‘불법산림형질변경지 복구명령 통지’ 공문 청구인1이 불법산림형질변경 한 산림피해지에 대하여 원상복귀하라는 명령으로 구체적 소재지는 ‘B임야’이며 복구방법은 ‘적치한 건물폐기물 제거’로 기재되어 있다. ‘B’은 청구인2이 2004.7.20. D로부터 300,000,000원에 매입하였고 쟁점토지②이다.
• 자) B군 2004.5.1. ‘폐기물처리시설 폐쇄신고 수리통보’ 공문 소각시설은 2개이고 설치신고일은 1999.12.1., 2001.11.10.이고 폐쇄일은 2004.3.19., 2004.3.19.로 기재되어 있다.
• 차) 기타 B 일대 폐기물처리 관련하여 청구인1이 제출한 서류

6. 조사청 제출서류

• 가) 청구인1 조사종결보고서(2024년 8월 작성) 쟁점토지①에 실제로 폐기물 적치과 그 처리 공사한 사실은 확인되며 폐기물양은 33만여톤은 B군 공문을 통해 확인되나 계약서, 견적서 또는 금융거래내역 등의 증빙이 제출되지 않아 관련 필요경비 부인한다고 기재되어 있다.
• 나) 청구인2 조사종결보고서(2024. 8월 작성) ⅰ) B 임야를 평탄화 공사하여 대지로 형질변경한 것은 이견이 없으나 객관적 증빙이 확인되지 않았고, ⅱ) 청구인1의 폐기물이 청구인2의 쟁점토지②에 매립되어 있다는 주장은 확인된 바가 없을 뿐만 아니라 객관적 증빙 또한 확인되지 않는다는 의견이다.

7. 쟁점토지①와 쟁점토지② 공시지가

• 가) 청구인1의 쟁점토지①를 단순히 취득당시 공시지가로 계산하면 679백만원으로 경락가액 351백만원보다 328백만원 높다.
• 나) 심리담당자가 처분청에게 쟁점토지①와 쟁점토지②의 취득가액을 환산취득가액 적용할 경우 양도소득세액에 관하여 문의한바, 처분청은 환산취득가액 적용 시의 양도소득세가 실제취득가액 적용 시의 양도소득세보다 더 높게 산정된다고 회신하였다.

8. 청구인1의 2014년 과세연도 양도소득세 심사청구에 대한 결정문(’20.2.14. 재조사 결정) 건설폐기물 등의 처리비용이 얼마인지 재조사하여 확인하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라고 기재되어 있다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

2. (쟁점토지① 관련) 객관적 지출증빙이 없더라도 폐기물 처리비용 추정금액을 필요경비로 인정할 수 있는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 청구인1이 쟁점토지① 관련하여 지출하였다고 주장하는 폐기물처리비용 5,423,350,000원을 양도소득세 산출 시 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
• 나) 청구인1은 쟁점비용①과 관련해 “세부 산정 내역”만 제출하였고 건설폐기물 처리와 관련하여 인건비나 장비운영비, 운송비, 식대 등으로 지출한 금액에 대한 지급명세서, 세금계산서 등 객관적인 증빙은 전혀 제출하지 않았다. 또한, 청구인1이 제출한 서류 및 조사청이 제출한 서류 등에는 청구인1이 쟁점토지①에 쌓여있던 폐기물을 어디에 폐기하였는지, 건설폐기물을 분류·선별한 건축자재의 판매수입이 있었는지 등에 대한 사항은 확인되지 않는다
• 다) 청구인1이 제출한 쟁점비용① 세부 산정 내역 상의 산정금액을 구체적으로 검토하더라도 아래와 같이 필요경비 지출에 대한 객관적 증빙으로 보기 어렵다.

(1) 건설폐기물 처리 시에 설치하여 사용하였다는 크락샤, 포크레인 등에 대한 등록부 등이 제출되지 않았고 그것들을 폐기하였다는 주장만할 뿐 구체적으로 어떻게 페기하였는지에 대한 증빙이 확인되지 않아 그 실체를 인정하기 어려울 뿐만 아니라 자산의 매입금액을 필요경비로 볼 수 없다. (2) 노무비 월 추산액 80,000,000원의 세부내역을 보면 내국인은 2,000,000 원이고 태국인·몽골인은 1,800,000원으로 산정하였는데 임금 차이가 200,000원에 불과하여 신뢰하기 어렵다. (3) 운송비를 총 2,550,000,000원으로 계상하면서 월 추산액을 212,500,000 원으로 하여 12개월을 곱하여 산정하였는데, 그 세부내역을 보면 1일 25톤 트럭 17대를 사용하였고 월 25일을 운영한 것으로 되어있어 트럭 1대가 1일 5회만 운행한 것으로 계산해도 폐기물 33만톤 처리에 약 6개월이면 충분한 것으로 보이므로 청구인1이 12개월을 곱하여 산정한 것은 과다한 비용 추산으로 보인다.

• 라) 따라서, 처분청이 청구인1이 필요경비로 계상한 쟁점비용①을 객관적 지출증빙이 없다는 사유로 쟁점토지①의 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 인정하지 않은 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. (쟁점토지② 관련) 객관적 지출증빙이 없더라도 임야 평탄화 작업 등으로 지출하였다고 주장하는 쟁점비용②를 필요경비로 인정할 수 있는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 청구인2가 쟁점토지② 관련하여 지출하였다고 주장하는 임야 평탄화 작업 등의 쟁점비용② 913,386,556원을 양도소득세 산출 시 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 나) 쟁점토지②에 건축폐기물이 쌓여있었던 것과 청구인이 임야였던 쟁점토지②를 평탄화 작업하여 2012.4.26. 공장용지로 형질변경한 것은 B시청 공문, 쟁점토지②의 등기사항전부증명서 등에 의해서 객관적 사실로 확인된다.
• 다) 그러나, 청구인2가 임야 평탄화 작업에 지출한 비용이라고 주장하면서 제출한 금융거래내역은 예금주가 청구인1일 뿐만 아니라 해당 금융거래기간인 2004.7.23.∼2008.9.12.와 평탄화 작업기간인 2000년∼2004.5.1.(B시가 청구인1에게 보낸 ‘폐기물처리시설 폐쇄신고 수리통보’ 공문일자 참조)은 시간적 간격이 있어 서로 관련이 있다고 보기 어렵고, 그 거래상대방도 확인할 수 없어 쟁점비용②에 대한 증빙으로 보기 어렵다.
• 라) 또한, 청구인2는 위 금융거래내역 외에 견적서, 공사도급계약서, 세금계산서, 지급명세서 등 객관적 증빙을 전혀 제출하지 않고 있어, 조사청이 양도차익을 산정함에 있어 폐기물 처리비용이나 토지 형질변경 등을 필요경비로 계상하는 것이 합리적일지라도 그 구체적인 비용을 산정할 수 없는 사정이 인정된다.
• 마) 따라서, 처분청이 청구인2가 필요경비로 계상한 쟁점비용②를 객관적 지출증빙이 없다는 사유로 쟁점토지②의 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 인정하지 않은 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.