쟁점부동산에 대한 양도차익 산정시 관리처분계획변경인가로 변경된 권리가액을 적용할 수 있는지

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

• 가. 청구인은 1993.10.13. 서울 A구 B동 C아파트 (이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 취득하고 보유하던 중 2018.10.5. 관리처분계획이 인가되어 2019.5.10. 주택재건축정비사업조합에 신탁등기를 경료하였는데, 2020. 11.23. 이를 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였다. 양도일 이후인 2024.8.21. 관리처분계획변경인가가 되었고, 청구인은 2024. 9.23. 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호 단서 규정에 의거하여 쟁점부동산 평가액 변동 사유로 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 위 경정청구에 대하여, 양도일 이후 관리처분계획이 변경 인가된 경우 변경된 권리가액은 적용하지 않는 것으로 판단하여, 2024.11.22. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였는데, 관련 근거로 사전-2023-법규재산-864(2024.3.29.)(이하 “쟁점해석례” 이라 한다)을 제시하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 조세법률주의원칙에 따라 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호 단서규정이 적용되어야 한다. 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호 단서규정에 “기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. 1. 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.”고 명시되어 있는데, 변경시점에 대한 규정은 없다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.
• 나. 국세기본법 집행기준 18-0-2【새로운 세법해석의 적용시점】의 정확한 적용을 앙망한다. 국세기본법 집행기준 18-0-2【새로운 세법해석의 적용시점】은 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 되어 있다. 처분청은 쟁점해석례를 소급적용하고자 하는 것이고, 이는 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호, 국세기본법 제18조 및 집행기준에 반하는 것이다. 판례 등에서도 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 소급적용을 금지하고 있다. 한편, “새롭다”의 사전적 의미는 “지금까지 있었던 적이 없다”는 것이 아니겠는가? 처분청이 제시한 쟁점해석례는 위 시행령 규정에 대한 최초의 해석, 즉 새로운 해석이지 않은가? 청구인의 경정청구와 관련하여, 처분청은 ‘차후 최종 관리처분계획변경인가에 따라서 경정청구하여야 한다’는 취지로 거부한 바 있는데, 이는 “일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행”이 어떤 것인지에 대한 설명이기도 할 것이며, 쟁점해석례가 새로운 해석임을 방증하는 것이 아니겠는가? 한편, 국세기본법 집행기준 18-0-3【소급과세금지의 원칙】은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 않는다고 되어 있고, 판례(대법원 2004.3.26. 선고 2001두10790 판결)에 의하면 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 해당 법령 등을 적용할 수 없다고 판시하고 있다.

• 가. 양도일 이후 관리처분계획이 변경되는 경우 기존건물과 부수토지의 평가액 적용방법에 대하여

1. 조합원입주권의 양도차익 산정 시 적용할 기존 건물과 그 부수토지의 평가액은 소득세법 시행령제166조 제4항에 따른 해당 조합원입주권의 양도일 현재 인가된 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격을 말하는 것으로, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 하는 것이나 조합원입주권 양도 후 변경 인가된 관리처분계획에 따른 가격은 적용하지 않는 것이다.

2. 관리처분계획에 의해 권리가액이 변경되는 경우 조합원입주권의 양도가액과 종전부동산의 취득가액의 차액인 전체 양도차익의 크기는 변동이 없으나, 관리처분계획 인가 전 양도차익과 인가 후 양도차익의 비중에 차이가 생겨 장기보유특별공제액이 변동되고 이로 인해 양도소득금액에도 차이가 생기게 된다. 자산의 양도차익 산정의 기준시점은 양도시기이며, 양도시기는 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 법령에 규정한 것인 바, 조합원이 보유하던 조합원입주권을 양도하고 그 대금을 청산하였다면 해당 조합원입주권의 양도시기는 대금청산일에 확정하는 것이며, 확정된 양도시기 이후 발생한 관리처분계획의 변경은 양도차익을 산정함에 있어 영향을 미치지 않는 것으로 해석함이 양도시기를 규정한 소득세 법령의 취지 및 양도시기의 의의에 대한 법원 판례의 입장에도 부합하여 타당한 것으로 판단된다.

• 나. 세법해석의 기준 및 소급과세금지 위반 여부에 대하여

1. 국세기본법제18조 제2항에 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다라고 명시되어 있다. 청구인은 쟁점해석례를 새로운 해석이라 주장하며 해당 해석 이전에 양도한 쟁점물건에 적용하는 것은 소급과세금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 양도시기 및 양도차익의 정의는 이미 규정된 법령으로 새로운 세법 및 해석이 아니다.

2. 한편, 새로운 세법해석이 최초의 해석에 해당하고 이와 배치되는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 것으로 볼 수 없는 경우에 소급과세금지 원칙에 위배되지 않는 것으로서(기준-2016-법령해석기본-0248, 2016.11.3.), 쟁점해석례는 관련 규정에 대한 최초의 해석에 해당할 뿐만 아니라 이와 배치되는 국세행정의 관행이 있었다고 볼 사정도 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산 관련 조합원입주권 양도일 이후 관리처분계획 변경인가로 권리가액이 변동되었으 므로, 양도차익 산정시 변경된 권리가액이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 2-1) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다. 3) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 사건 개요 및 쟁점부동산의 권리가액 변경 내용 이 사건 관련 개요도는 아래와 같은데, 청구인은 1993.10.13. 쟁점부동산을 취득하고 보유하고 있던 중 2018.10.5. 관리처분계획이 인가되었고, 2019.5.10. 재건축조합에 신탁등기 후 2020.11.23. 이를 양도하였는데, 그 후인 2024.8.21. 관리처분계획변경인가가 되었다. 표 2018.10.5. 관리처분계획인가와 2024.8.21. 변경인가 시 각 쟁점부동산 평가액(권리가액)은 아래와 같다. 표

2. 청구인의 경정청구 및 처분청의 이 사건 거부처분 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도차익 산정시 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호 단서에 따라 변경된 권리가액을 적용해야 한다고 주장하며, 아래와 같이 처분청에 경정청구를 하였는데, 처분청은 2024.11.22. 쟁점해석례에 의거해서 이 사건 거부처분을 하였다. 표

3. 청구인이 제시한 ‘이의신청시 처분청 의견서’ 내용 청구인은 처분청이 ‘차후 최종 관리처분계획변경인가에 따라서 경정청구하여야 한다’는 취지로 경정청구를 거부한 바 있는데, 이는 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행이 어떤 것인지에 대한 설명이기도 하고, 쟁점해석례가 새로운 해석임을 방증하는 것이라고 주장하며, 청구인이 2023.11.8. 제기한 이의신청(이의-잠실-2023-0016)시 처분청이 제출한 의견서의 일부를 아래와 같이 제시하였다. 표

• 라. 판단

1. 관련 규정 소득세법 시행령제166조 제1항은 ‘법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제1호는 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액은 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격으로 하되 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다’고 규정하고 있다.

2. 쟁점부동산에 대한 양도차익 산정시 관리처분계획변경인가로 변경된 권리가액을 적용할 수 있는지에 대한 판단

• 가) 청구인은 소득세법 시행령제166조 제1항 제4호 단서규정에 변경시점에 대한 규정이 없으므로 쟁점부동산 양도일 이후 변경된 관리처분계획인가에 따른 권리가액이 적용되어야 하며, 쟁점해석례를 이 사건에 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 이를 받아들이기는 어렵다. 1) 소득세법 시행령제166조 제1항 제4호 단서규정은 양도가액, 양도시기 등을 규정하고 있는 소득세법제96조, 제98조 등 관련 규정과의 체계적 해석 상 양도일 전에 관리처분계획이 변경된 경우에 한하여 적용하는 것으로 해석함이 타당하고, 조합원입주권 양도일 이후 권리가액 변동은 그 양수자의 권리의무에 영향이 있을 뿐, 양도자에게는 별다른 영향이 없는 것이므로 이러한 해석은 납세자의 재산권 침해와 무관하다고 할 것이다.

2. 한편, 쟁점해석례는 소득세법 시행령제166조 제1항 제4호 단서규정에 대한 최초의 해석이고, 청구인이 국세행정의 관행이라고 주장하며 제시한 처분청 의견은 청구인이 제기한 이의신청(이의-잠실-2023-0016) 과정에서 처분청이 제출한 의견서에 포함된 내용으로, 이를 두고 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행이라 하기에는 무리가 있으므로, 쟁점해석례를 이 사건에 적용하는 것이 소급과세금지원칙에 위배된다고 보기도 어렵다(기준-2016-법령해석기본-0248, 2016.11.3. 참조).

• 나) 따라서 처분청이 쟁점해석례에 의거하여 한 이 건 경정청구 거부처분에 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.