쟁점주택이소득세법제104조 제7항 제1호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하므로 장기보유특별공제 적용대상 아님
쟁점주택이소득세법제104조 제7항 제1호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하므로 장기보유특별공제 적용대상 아님
이 건 심사청구는 기각합니다.
• 792,606,900 52% 376,755,588
• 경정청구 1,950,000,000 143,119,242 649,487,658 42% 237,384,816 △139,370,772 환급결정 1,950,000,000
• 792,606,900 42% 297,494,898 △79,260,690
1. 처분청은 2008.12.26. 개정된 소득세법개정법률 제9270호 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙”이라 한다) 적용을 고려하지 않은 채, 양도시점의 상황만 보고 중과세율을 적용하여 왔으나(국심 2007중2389, 2007.10.02. 등), 수원고등법원에서 판결(수원고등법원 2022누13943, 2023.6.21. 국가패소)에 따라 기존 유권해석을 쟁점유권해석①로 변경하여 기본세율을 적용하게 되었다. 추가적으로 관련부칙 제14조 제2항의 내용인 ‘장기보유특별공제의 적용불가능’ 조항은 2012.1.1.로 삭제되었으므로, 2018년 쟁점주택을 양도한 이 건 양도소득 계산에 있어 보유기간이 3년 이상인 경우에는 장기보유특별공제를 적용함이 마땅하다.
2. 3년 이상 보유재산으로서 장기보유특별공제 대상이나 장기보유특별공제가 되지 않는 경우는 ‘미등기자산인 경우’와 ‘중과세율이 적용되는 경우’밖에 없으므로(소득세법제95조 제2항 괄호내용), 중과세율이 적용되지 않고 기본세율이 적용되는 경우라면 당연히 장기보유특별공제액을 적용하여야 함이 타당함에도 처분청이 적용해주지 않는 것은 납세자의 예측가능성, 법 신의칙 원리에 비추어 전혀 맞지 않는 것이다.
1. 다주택자가 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택을 2018.4.1. 이후 양도시 중과 여부에 대한 쟁점유권해석①이 나오는 배경이 된 양도소득세 경정청구 거부처분 취소 판결(수원고등법원 2023.6.21. 선고 2022누13943 판결)을 살펴보면, 다주택자에 대한 중과제도가 변경되는 과정에서 부칙조항을 개정 또는 폐지하거나 신설규정의 적용을 위한 별도의 경과조치를 두는 것이 필요한데 그 요건을 못 지켰으므로 쟁점부칙 규정에 남아 있는 기본세율 적용이 타당하다고 결정한 판결이며, 정부가 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수함으로써 부동산시장의 안정과 과세형평을 도모하기 위해 1세대 2주택 이상자에 대한 양도소득세 중과제도를 시행하였으나 법의 미비로 인하여 원고가 승소한 사건이다.
2. 장기보유특별공제는 위 사건과 별도로 소득세법제95조(양도소득금액과 장기보유특별공제액) 제2항의 제외 대상 자산으로 보는 쟁점유권해석②가 생산되었으므로 장기보유특별공제는 배제하는 것이 타당하다. 기획재정부의 해석 내용을 살펴보면 “2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 주택법에 따른 조정대상지역으로 지정된 상황에서 다주택자가 해당 주택을 2018년 4월 1일부터 2022년 5월 9일까지 양도하는 경우에는 소득세법제95조 제2항 규정에 따라 장기보유특별공제가 적용되지 않는 것이다.”라고 유권해석 하였다.
1. 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것)
② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "讓渡所得算出稅額"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 2의8. 제94조제1항제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 양도소득과세표준의 100분의 60
양도소득과세표준의 100분의 70
⑥ 제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제1항제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항제2호의2에 따른 세율)
2. 제1항제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제1항제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제1항제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)
① 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.(이하생략) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제104조제1항제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조제1항제2호의2에 따른 세율)
2. 제104조제1항제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조제1항제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조제1항제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)
② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.
2. 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것)
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제1항제10호에서 "미등기양도자산"이란 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.
① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27>
② 삭제 <2012.1.1> [전문개정 2009.5.21]
3. 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것)
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제1항제10호에서 "미등기양도자산"이란 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
1. 제64조제1항(제104조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조제4항제1호 및 제2호, 같은 조 제5항제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 제2조(일반적 적용례)
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.
1. 기초 사실관계
2013. 4. 5.
• 143,119,242 *
• 양도소득 795,106,900 651,987,658 795,106,900 과세표준 792,606,900 649,487,658 792,606,900 최고세율 52% 42% 42% 산출세액 376,755,588 237,384,816 297,494,898 결정세액 376,755,588 237,384,816 297,494,898 △79,260,690 60,110,082 * 장기보유특별공제: 795,106,900원(양도차익) × 18%(6년 보유) = 143,119,242원 청구인은 쟁점주택 양도에 대해 2주택자 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 제외하여 2018.8.27. 양도소득세를 신고한 후, 쟁점유권해석①을 근거로 기본세율을 적용하고 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 2024.3.12. 경정청구하였으며, 처분청에서는 기본세율을 적용하되 쟁점유권해석②를 근거로 장기보유특별공제는 제외하여 환급결정하였다.
2. 쟁점부칙 개정 연혁
① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택 을 양도함으써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1 항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.(각 호 생략)
② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 2009.1.1.～2010.12.31. 기간에 취득한 주택을 양도하는 경우
① 다주택 기본세율 적 용
② 1항 적용시 장기보유특별공제 적용 제외 2009.5.21. (2009.5.21.) ‧ 제9672호 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득 한 자산을 양도함으써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(괄호 생략)을 적용한다.
② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 2009.3.16.～2010.12.31. 기간에 취득한 자산을 양도하는 경우
① 다주택 및 비사업용토지 기본세율 적용
② 1항 적용시 장기보유특별공제 적용 제외 2010.12.27. (2011.1.1.) ‧ 제10408호 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득 한 자산을 양도함으써 발생하는 소득에 대하여는 제104 조 제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같 은 항 제1호에 따른 세율(괄호 생략)을 적용한다.
② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 2009.3.16.～2012.12.31. 기간에 취득한 자산을 양도하는 경우
① 다주택 및 비사업용토 지 기본세율 적용
② 1항 적용시 장기보유특별공제 적용 제외 2012.1.1. (2012.1.1.) ‧ 제11146호 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득 한 자산을 양도함으써 발생하는 소득에 대하여는 제104 조 제1항제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(괄호 생략)을 적용한다.
② 삭제 <2012.1.1.> 2009.3.16.～2012.12.31. 기간에 취득한 자산을 양도하는 경우
① 다주택 및 비사업용토 지 기본세율 적용
② 삭제
3. 장기보유특별공제 제외 자산에 관한 법률 개정 연혁
4. 기획재정부 개정세법 해설 내용
1. 다주택자 중과 한시적 완화(소득법§104, 부칙§14)
(1) 개정내용 종 전 개 정
□ 다주택자 양도세 중과 ㅇ 1세대 2주택: 50% ㅇ 1세대 3주택 이상: 60% ※ 다주택자는 장기보유특별공제 적용배제
□ 2년간(’09.1.1～’10.12.31) 양도 하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과완화 ㅇ 1세대 2주택: 기본세율 * 기본세율: 6%∼33% ('09: 6%∼35%) ㅇ 1세대 3주택 이상: 45% ※ 장기보유특별공제는 현행과 같이 적용배제 (2) 개정이유 ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2009.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용 나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시) Ⅱ. 부동산 거래활성화 1. 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용(소득법 §95) (1) 개정내용 종 전 개 정
□ 장기보유특별공제 적용배제 연 3%, 최대 30% ㅇ 1세대2주택 이상 ㅇ 비사업용 토지 ㅇ 미등기 양도자산 <삭 제> (좌동) (좌동) (2) 개정이유 ㅇ 주택거래 활성화 지원 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2012.1.1. 이후 양도분부터 적용 다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입 시) 2. 주택시장 안정화대책 관련 양도소득세 중과 신설 등 (소득법 §64, §95, §104, §104의2) (1) 개정내용 종 전 개 정
□ 장기보유특별공제 적용 배제대상 자산 ㅇ 부동산을 취득할 수 있는 권리 (원조합원의 조합원입주권은 제외) ㅇ 미등기양도자산 <추 가>
□ 다주택자 양도소득세 중과
□ 중과대상 주택 양도시 장기보유특별공제 적용 배제 (좌 동) ㅇ양도소득세 중과 대상 주택 2주택자 혹은 3주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택
□ 다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과 ㅇ 2주택자 또는 1주택 조합원 입주권 보유자 가 조정대상지역 내 주택 양도시: 제55조제1항 에 따른 세율에 10% 가산 ㅇ 3주택 이상 보유자 또는 주택과 조합원 입주권의 수가 총 3개 이상인 자가 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 20% 가산 ㅇ (중과대상 주택 양도시 장기보유특별공제 배제) 부동산 투기 억제를 위해 양도소득세가 중 과되는 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제도 적용을 배제함 ㅇ (다주택자의 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과) 부동산투기 억제를 위해 2주 택 이상 보유자가 주택법상 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 기본세율(제55조제1항 에 따른 세율)에 10%p를 가산함 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ (중과대상 주택양도시 장기보유특별공제 배제) ’18.4.1. 후 양도하는 분부터 적용 ㅇ (다주택자의 조정대상지역내 주택양도시 양도소득세 중과) ’18.4.1. 이후 양도하는 분부터 적 용 라. 판단 가) 관련 법리 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 확장해석 할 것은 아니며(대법원 2008.6.12. 선고 2007두15124 판결 참조), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 나) 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제 적용여부에 대한 판단 청구인은 쟁점부칙 신설시 제2항에서 장기보유특별공제는 제외하는 것으로 규정하였다가 2012.1.1. 제2항을 삭제하였으므로 쟁점주택 양도에 대해 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나, 쟁점부칙 제2항이 삭제된 것은 2012.1.1. 소득세법 개정 당시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 개정함에 따라 특례취득기간 중 취득한 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리한 측면을 해소하기 위한 것일 뿐 그 기간 중 취득한 주택에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수는 없으며, 이후 2017.12.19. 소득세법이 개정되어 다시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였고, 그 개정 소득세법부칙에 따라 2018.4.1. 법 시행일 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용되므로 2018.6.7. 양도한 쟁점주택의 장기보유특별공제 적용 여부는 개정 소득세법에 따라 판단하여야 할 것이다. 한편, 소득세법 제95조 제2항 에서는 장기보유특별공제 제외 대상을 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’으로 규정하고 있어 중과세율 적용 여부와는 무관하게 소득세법 제104조 제7항 각 호의 자산에 해당하면 장기보유특별공제 제외 대상이라 할 것이며, 쟁점주택이 소득세법 제104조 제7항 제1호 에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하므로 소득세법 제95조 제2항 에 따라 장기보유특별공제를 적용하기는 어렵다고 판단된다(심사양도 2024-0019, 2024.6.26. 같은 뜻임). 따라서 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제 적용을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.