쟁점주식거래의 양도를 의제배당으로 보아 종합소득세를 부과처분하면서 쟁점양도소득세 납부세액을 환급 결정하지 않고 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

이 건 심사청구는 기각한다.

1.

• 가. A㈜(이하 “A”이라 한다)은 1992.7.26.부터 건설업 등을 영위하고 있으며, 청구인은 A의 대표이사로 재직하다가 2018.9.1. 사임하였다. 한편, A과 특수관계에 있는 B㈜(이하 “B”이라 한다)는 2007.4.1.부터 건축자재 제조업 등을 영위하고 있다.
• 나. 청구인은 2009.9.30. 주당 10,000원에 취득한 A 비상장주식(이하“쟁점주식”이라 한다) 117,870주를 2018.10.10. B에 4,384백만원(1주당 37,200원)에 양도하고, 2018.12.21. 양도가액에서 취득가액 1,178백만원(1주당 10,000원) 및 수수료21백만원을 차감하여 양도소득금액 3,184백만원에 20% 세율을 적용하여 양도소득세 636백만원(이하 “쟁점양도소득세”라 한다)을 신고·납부하였다.
• 다. B은 쟁점주식 117,870주 중 100,000주를 2회(2018.10.31. 60,000주, 2018.11.30. 40,000주)에 걸쳐 A에 양도하였고 A은 위 주식(자기주식) 100,000주를 2회(2018.12.12. 60,000주, 2019.11.10. 40,000주)에 걸쳐 소각(이하“쟁점소각거래”라 한다)하였다.
• 라. C지방국세청장(이하 “감사관”이라 한다)은 2020.6.25.부터 2020.7.10.까지 처분청에 대한 종합감사 결과, ‘쟁점주식 양도거래의 실질을 의제배당 소득탈루 목적의 우회거래이다’ 라고 감사 지적하였다. 처분청은 이에 따라 의제배당 신고누락과 관련하여 2021.7.16. 청구인에게 2018～2019년 과세연도 종합소득세(Gross-UP 및 누진세율 42%) 합계 487백만원(2018년 40백만원 1) 및 2019년 447백만원)을 각각 결정․고지 2) 하였다.
• 마. 청구인의 주소지 관할인 처분청은 2021.7.16. 청구인에게 2018, 2019년 과세연도 종합소득세 합계 487백만원을 고지하였다.
• 바. 이후 청구인은 쟁점주식의 양도 및 쟁점소각거래에 대하여 과세관청이 의제배당으로 보아 소득세를 과세하였으므로 2024.5.31. 당초 신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 사. 처분청은 청구인에게 종합소득세를 과세하면서 양도소득세액을 기납부세액으로 공제하였으므로 설령 양도소득세에 대한 결정취소가 선행되지 않았더라도 양도소득세 신고 효력이 상실되었다고 보아 2024.6.26. 위 경정청구를 거부통지하였다.
• 아. 청구인은 위 경정청구 거부처분에 불복하여 2024.9.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.

• 가. 종합소득세와 양도소득세는 서로 다른 세목이다. 소득세는 소득의 성격에 따라 과세한다는 것이 소득세 과세의 기본원리이며, 이러한 사실은소득세법제1조(목적)에 규정하고 있다. 소득세법은 모두 8개 종류의 세목에 대한 과세를 규정하는 세법이다. 종합소득은 이자 배당 사업 근로 연금 기타소득 등 소득의 종류를 6개로 분류하며, 이외 양도소득과 퇴직소득을 규정하고 있다. 종합소득과 양도소득 퇴직소득은 각각의 소득을 통산하거나 합산하지 않는 서로 다른 세목으로서 소득세법이 이를 구분하는 이유는 이들 소득의 성격이 서로 다르기 때문이다. 구법에서는 이를 분류과세 소득이라고 칭하였다. 종합소득은 연간 단위 과세 소득이지만 양도소득과 퇴직소득은 소득의 발생 기간이 연간이 아니라 수년 또는 수십 년간의 누적 기간에 의하여 발생하기 때문이다. 따라서 소득세법은 이들 분류과세별로 소득금액의 산출과 가산세, 부당행위계산 부인 등 과세 적용 방식을 달리하고 있다. 이처럼 종합소득과 양도소득, 그리고 퇴직소득이 서로 다른 세목임에도 단일 소득세법이 이를 모두 규정하는 이유는 분류과세 세목의 납세주체가 모두 개인이기 때문이다. 종합소득과 양도소득이 납세 주체별 구분에 따라 소득세법으로 단일하게 입법되었다고 해서 세목별 구분을 무차별하게 적용하지 않도록 소득세법은 명확하게 규정하고 있다.
• 나. 1세목 1세법주의와 세목별 기납부세액의 공제 방식을 비교하면 다음과 같다.

1. 상속세와 증여세 세법의 제정은 <1세목 1세법주의>를 원칙으로 하고 있다. 세목별로 각각 하나의 세법을 두는 원칙이다. 이 원칙에 대한 예외가 상속세법 및 증여세법 그리고 소득세법이다. 상속세법 및 증여세법 3) (이하 “상증세법”이라 한다)은 본래 상속세법이었다가 나중에 법명이 변경되었다. 상속세는 피상속인의 모든 재산을 과세 대상으로 삼는 ‘유산형 과세’, 증여세는 수증인이 증여받은 재산을 과세 대상으로 삼는 ‘재산형 과세’를 하는 세목으로서 서로 다른 과세 방식을 적용하는 다른 세목의 세금임에도 상속세는 타 세목인 증여세를 기납부세액으로 공제하는 방식을 취하고 있다. 상증세법이 10년 이내 증여재산을 상속세 과세 가액에 포함하는 합산과세 방식을 따르고 있기 때문이다. 따라서 상증세법은 다른 세목으로 납부한 세액을 기납부 세액(증여세액공제)으로 공제하는 유일한 세법이다.

2. 종합소득세와 양도소득세 앞서 살펴본 바와 같이 소득세법은 모두 8개 세목을 구분하며, 그 중 6개 세목은 종합소득으로 분류하고 나머지 두 개 세목은 양도소득과 퇴직소득으로 분류한다. 종합소득으로 분류되는 세목은 소득금액의 종합 및 결손금의 통산이 적용된다. 만약 당해 사업연도 사업소득에 결손금이 있다면 근로소득과 배당소득의 소득금액과 통산하여 소득세를 결정한다. 하지만 종합소득으로 합산되는 세목 외 양도소득과 퇴직소득은 어떠한 경우라도 종합소득과 합산되거나 통산하지 아니한다. 그래서 이를 분류과세라고 한다. 만약 퇴직금의 지급 한도를 초과하여 한도 초과액을 근로소득으로 과세하는 경우 감액된 퇴직소득세는 증액된 근로소득의 기납부세액으로 공제하지 아니하며, 퇴직소득세 기납부세액 중 초과 납부세액은 환급하고 필요시 환급 세액을 추가 납부할 근로소득에 충당하는 방식으로 결정한다. 양도소득 역시 분류과세 세목으로써 종합소득금액과 합산하거나 통산하는 세목이 아니므로 세법 법리에 따라 양도소득세는 종합소득세 기납부세액으로 공제될 수 없다. 이러한 사실은 종합 소득세 신고서에도 상세히 설명되어 있다.

• 다. 처분청은 법리를 오해하고 양도소득세 환급을 거부한 처분은 부당하다.

1. 처분청은 답변서에서 청구인의 쟁점주식 양도거래에 대하여 지금까지도 양도소득세 96백만원 결정을 계속 유지하고 있는 사실에 대하여 이를 정당한 결정이라고 주장(답변서 13페이지 참조)하고 있다. 이러한 답변은 처분청이 양도 주식(117,870주) 중 이를 A이 감자(100,000주)한 주식에 대해서만 배당으로 보았으며, 처분청의 답변은 관련 법리를 오해함으로써 잘못된 과세를 한 사실을 변명하는 것일 뿐이다. 처분청은 감자한 주식 수만이 아니라 양도한 주식 수 전체를 배당으로 보아 결정하였어야 했다.

2. 주주가 법인에 주식을 반납하고 주식 대가를 받은 것은 이를 양도로 볼 것인지 배당으로 볼 것인지는 ‘거래의 실질내용’에 따라 판단한다는 것은 과세권자가 오래도록 유지해 온 확립된 유권해석이다. 그런데 처분청은 무슨 이유에선지 주식을 회사에 반납하고 대가를 받은 거래 전반에 관하여 판단한 것이 아니라 주식을 감자한 대가만을 배당으로 보아 이를 결정하였다. 그 결과 주식 양도일로부터 5년의 부과제척기간이 지난 지금 하나의 주식 거래에 대하여 양립할 수 없는 두 개의 분류 소득인 배당소득과 양도소득으로 중첩 과세하는 사실이 확정되고 말았다. 주주가 주식을 반납하고 대가 중 주식을 감자한 주식에 대해서만 배당소득으로 본다는 법리는 지금까지 공표된 바가 없다.

• 라. 처분청은 양도소득세를 징수할 권한이 없음에도 쟁점양도소득세 환급을 경정청구 거부한 처분은 위법하다.

1. 처분청은 청구인에게 배당소득세를 과세한 것은 청구인이 제출한 양도소득세 신고를 부인하였기 때문이다. 처분청은 양도소득세를 징수할 권한을 포기하는 대신 세액이 더 큰 종합소득세를 징수할 권한을 행사한 것이다.

2. 그렇다면 처분청에게는 양도소득세를 징수할 권한은 없다고 할 것이다. 세법은 과세권자에게 하나의 거래에 대하여 양도소득세와 종합소득세를 각각 부과할 수 있는 권한을 부여한 사실이 없다. 만약 본건 중첩 처분이 권한 있는 처분이라면 처분청은 이를 법령에 근거하여 청구 심리위원회에 소명하여야 할 것이다.

3. 또 현재 과세 상황이 양도소득세와 종합소득세를 모두 과세하는 그대로 유지되고 있으므로 가령 본 건 배당 소득세가 불복 결정에 따라 전액 취소가 된다고 하더라도 4) 실제 취소되는 세액은 소득세 결정세액 총액(1,167,003,509원)이 아니라 양도소득세를 제외한 추가 고지 세액(530,675,489원, 원천세 포함)만 취소되므로, 처분청이 과세한 세금 전액을 취소하기 위해서는 소득세와 양도소득세를 각각 청구해야 하는 기형적 상황이 벌어지고 있다. 이러한 사실은 처분청의 양도소득세를 취소하지 아니한 것은 징수 편의적인 차이만 있을 뿐이라는 답변의 허구성을 보여준다.

• 마. 처분청이 인용한 심판례에 대한 청구인의 항변 의견은 아래와 같다.

1. 기납부세액 공제는 당초 처분의 직권취소가 아니다(대법원 2018.10.11. 2018다250694). 본 사례는 소득세가 취소되더라도 기납부세액 즉 양도소득세는 별도로 취소되어야 한다는 판단으로써 양도소득세를 기납부세액으로 공제한 처분이 정당한지에 대해서는 별도로 판단한 사실이 없다.

2. 처분청이 청구인에게 종합소득세를 결정하면서 기납부세액으로 공제한 쟁점세액을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부(조심 2015중4910, 2016.3.18.) 본 심판례는 가산세의 적용 및 세액의 비교 관점에서 양도소득세를 기납부세액으로 공제한 처분의 정당성을 판단하고 있으나 이러한 결정이 소득세법 법리에 충실한 결정인지 심히 의문스러울 뿐 아니라 약 74백만원의 환급가산금을 돌려받지 못한 본 청구 사안과 직접 비교할 수 없는 사례로 보인다.

3. 그 외 처분청이 인용한 판례들은 쟁점이 항고소송 대상 여부 및 전심의 기판력의 범위와 관련된 판결로서 본 건 청구와는 아무런 관련이 없는 판례로 생각된다(일부 판례번호 오기나 미등록 문서는 본 청구와 어떤 관련있는지 확인되지 않음).

3.

• 가. 감사관에서 쟁점주식 양도거래를 부인하고 주식소각 대금을 청구인에게 지급한 의제배당으로 보았고, 감사관이 종합소득세 결정시 쟁점양도소득세를 기납부세액으로 반영한 것은 신고기간 경과에 따른 가산세 부담경감(납부지연가산세) 및 징수 편의를 위한 조치이다.

1. 청구인은 감사관에서 쟁점주식의 양도거래를 부인하고 주식소각 대금을 청구인에게 배당으로 지급한 것으로 보아 종합소득세를 부과하면서 2018년 과세연도 양도소득세 결정을 그대로 유지함으로써 하나의 거래에 대하여 양립할 수 없는 2가지 세목을 동시에 과세하는 위법한 처분을 하였다고 주장하고 있다.

2. 감사관은 종합소득세 결정 당시, 청구인이 기납부한 쟁점양도소득세 636백만원을 소각된 주식비율(100,000주 ÷ 117,870주)로 안분하여 종합소득세 결정시 기납부세액 539백만원을 공제하였다.

3. 서울고등법원 판결에 따르면『종합소득세 부과처분을 하면서 자진신고․납부한 양도소득세액을 공제한 후 추가 고지한 것에 대하여 납세의무자들에 대한 가산세 등의 부담을 경감시키고 징수 편의를 위한 조치』라고 판시하고 있다(서울고등법원 2018.6.21. 선고 2018나2005261 판결 참조).

• 나. 청구인은 종합소득세 결정시 기납부세액으로 미반영된 양도소득에 대하여 환급해 달라는 주장을 하고 있는데, 청구인이 쟁점주식에 대한 양도소득세 636백만원 중 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제한 539백만원 외 96백만원은 현재 양도소득세로 징수되어 있는 상태이다. 쟁점주식 117,870주 중 쟁점거래 100,000주를 제외한 17,870주는 특별한 사정이 없는 한 청구인의 양도소득으로 과세함이 타당하므로 환급해 달라는 청구주장은 이유가 없다.
• 다. 추가 의견은 다음과 같다.

1. 대법원 2023두35074(2023.5.18.) 가산세부과처분취소 청구의 소 판결의 주요 내용은 가산세 부과는 정당하다는 판결을 내리면서, 원고가 스톡옵션 행사이익에 대하여 양도소득세를 신고·납부하였다고 하더라도, 이를 두고 종합소득세가 일부 납부된 것으로 보아 가산세를 공제할 수는 없다고 부차적으로 설시한 것에 불과하다. 결국, 위 대법원 판결은 ‘원고가 이미 납부한 양도소득세를 종합소득세 납부불성실가산세에 반영하여 차감해달라는 주장을 판단한 것’으로 가산세부과처분취소만을 다투었던 사건인데 반하여, 본 건은 처분청이 청구인에게 쟁점주식양도에 대하여 종합소득세(배당소득)을 부과하면서 이미 신고·납부한 양도소득세를 기납부세액으로 공제한 건으로 사실관계가 달라 원용할 수 없다(심지어, 위 대법원 판결은 심리불속행기각으로 확정되었는 바, 대법원의 명시적인 판단이 있었다고 볼 수도 없다). 2) 오히려 대법원 95누16271(1997.6.27.) 판결은 ‘처분청이 종합소득세 부과처분을 함에 있어 기납부 양도소득세 상당액을 공제하고 납세고지서에 그 공제사실을 기재하여 부과·고지한 경우 당초의 양도소득세 부과처분은 취소되었다고 봄이 상당하다’고 판결하였다. 양도소득세부과처분을 취소하는 경우 그 형식에 관하여는 국세기본법, 소득세법 등에 규정된 바가 없으므로 부과처분의 취소는 특별한 형식을 요하지 않고 객관적으로 취소의 뜻을 알 수 있는 방법으로 하면 족하다 할 것이며, 과세관청이 양도소득세부과처분을 하였다가 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 당초 처분은 취소되었다고 볼 것이다(대법원 1997.6.27. 선고 95누16271 판결, 1982.12.14. 선고 82누399 판결, 1996.10.15. 선고 95누8119 판결 등 참조). 위 판결에 따르면, 처분청은 이미 청구인의 종합소득세 부과처분을 함에 있어 기납부한 양도소득세를 공제함으로써 양도소득세 부과처분이 취소된 것과 다름없다. 그렇다면, 청구인은 이미 취소한 처분에 대하여 불복제기를 한 것으로 소의 이익이 없어 각하되어야 마땅하다. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니하며, 존재하지 아니하는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2015.6.11. 선고 2015두38139 판결 참조).

3. 대법원 2018다250964(2018.10.11.) 판결은 종합소득세부과처분을 하면서 자진신고‧납부한 양도소득세액을 공제한 후 추가 고지한 것에 대하여 “2006년도 귀속 양도소득세 부분이 0원으로 감액경정이 되지 않은 상태에서 2009년도 귀속 종합소득세의 일부로서 위 각 납부세액을 공제하였다 하더라도, 이는 납세의무자들에 대한 불성실가산세 등의 부담을 경감시키고 피고의 징수편의를 도모하기 위한 조치”라고 판시하고 있다. 본 건으로 돌아와 보건대, 처분청은 쟁점주식양도 후 감자에 대해 의제배당으로 보아 종합소득세를 부과하면서 청구인이 신고․납부한 양도소득세를 2018년 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제한 경우 청구인의 가산세 부담을 경감한 내용은 아래와 같다. <기납부세액 공제여부에 따라 경감되는 가산세액> (천원) 구분 기납부세액 공제(×) 기납부세액 공제 (○) 경감효과 계 224,500 9,000 215,500 2018 신고불성실 114,000 3,000 54,000 납부불성실 110,500 6,000 104 2019년은 기납부세액으로 공제하지 않음 571,304,197 × 20%(일반무신고가산세) ☞ 기납부세액이 없다는 것은 무신고를 의미함 설령 쟁점주식 100,000주(양도 117,870주, 감자 100,000주)에 대한 양도소득세 경정결정이 선행되지 않았더라도 쟁점주식에 대해 종합소득세를 부과하면서 자진신고‧납부한 양도소득세를 종합소득세의 기납부세액으로 공제하였으므로 그 상당액은 양도소득세로 환급할 세액이 존재하지 않고 양도소득세 신고 효력이 상실되었다고 봄이 타당하다. 예를 들면, 납세자가 부동산을 매매함으로 인하여 발생한 소득은 당해 거주자의 부동산매매의 규모, 거래횟수, 반복성 등 거래에 관한 제반사항을 종합적으로 사실판단하여 사업소득(종합소득세)인지 양도소득(양도소득세)인지 구분하여 신고하여야 하나, 납세자의 세법 무지 또는 착오 등으로 사업소득(종합소득세)을 양도소득세로 잘못 신고한 경우에 청구인의 주장처럼 타 세목 또는 분류과세에 해당한다고 하여 기납부세액으로 공제할 수 없다면 납세자에게 납부불성실가산세 가중, 세무비용의 증가 등으로 막대한 부담을 줄뿐 아니라 예측가능성 및 법적 안정성에도 어긋나므로 청구인의 주장은 타당성이 없다고 사료된다. 또한, 이 사건 종합소득세 부과처분에 대하여 이의신청 및 심판청구가 기각되고 행정소송 계류중에 있다가 부과제척기간 임박해서 소 취하 후 다시 동일한 내용에 대해 양도소득세 환급을 구하는 이 건 경정청구 및 이후 불복청구는 이 사건 부과처분의 불복청구에 대한 불가쟁력(기각, 소취하)에 저촉된다고 사료된다. 아울러 청구인의 종합소득세 가산세 부담을 경감(215.5백만원)하고자 자진신고‧납부한 양도소득세를 기납부세액으로 공제하였으나, 만약 청구인의 주장이 인용될 경우에는 양도소득세는 환급되고 종합소득세는 국세의 부과제척기간이 경과하여 부과할 수 없는 바국세기본법제15조에서 규정한 신의성실의 원칙과 실체적 진실주의에 반하는 것이다. 이에 청구인의 주장은 이유 없어 본 청구는 기각결정되어야 한다.

4.

• 가. 쟁점 쟁점주식거래의 양도를 의제배당으로 보아 종합소득세를 부과처분하면서 쟁점양도소득세 납부세액을 환급 결정하지 않고 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

1) 소득세법 제4조 【소득의 구분】

① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

이 법에 따라 과세되는 모든 소득에서 제2호 및 제3호에 따른 소득을 제외한 소득으로서 다음 각 목의 소득을 합산한 것

• 나. 배당소득 …

2) 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법제9조에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세 및 강제징수비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.

④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다. 3) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 4) 국세기본법 시행령 제31조 【국세환급금의 충당】

① 세무서장은 법 제51조제2항 및 제8항에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 다른 국세 또는 강제징수비에 충당한 경우에는 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지해야 한다.

② 법 제51조제2항에 따라 국세환급금을 충당할 경우에는 같은 항 제2호의 체납된 국세 및 강제징수비에 우선 충당해야 한다. 다만, 납세자가 같은 항 제1호의 납부고지에 따라 납부하는 국세에 충당하는 것을 동의하거나 신청한 경우에는 납부고지에 따라 납부하는 국세에 우선 충당해야 한다.

③ 법 제51조제8항에 따른 국세환급금은 국세환급금이 발생한 세목과 같은 세목이 있는 경우 같은 세목에 우선 충당한다.

④ 법 제51조제2항 및 제8항에 따라 충당할 국세환급금이 2건 이상인 경우에는 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 충당하여야 한다.

5.

• 다. 사실관계

1. 청구인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고내용 국세청 통합전산망에 따르면 청구인은 A의 전 대표이사로, 쟁점주식 117,870주를 2018.10.10. B에 4,384백만원(주당 37,200원)에 양도하고 2018.12.21. 국세청에 양도소득금액 3,184백만원과 양도소득세 636백만원을 신고한 사실이 다음과 같이 확인된다. <청구인의 양도소득세 신고> (주, 원) 양도일자 2018.10.17. 양도가액 4,384,764,000 주당 양도가액(@37,200) 취득일자 2009.9.30. 취득가액 1,178,700,000 주당 취득가액(@10,000) 필요경비 21,923,820 양도소득금액 3,184,140,180 기본공제 2,500,000 과세표준 3,181,640,180 산출세액 636,328,036 납부할 세액 636,328,036

2. B의 쟁점주식 등 양도현황

• 가) B은 쟁점주식 117,870주 중 2018.10.31.에 60,000주(주식가액 2,232,000,000원), 2018.11.30.에 40,000주(주식가액 1,488,000,000원)를 대안건에 양도하였고
• 나) A은 B부터 취득한 쟁점주식 100,000주를 총 2회(2018.12.12. 60,000주, 2019.11.10. 40,000주)에 걸쳐 유상 감자한 사실이 심리자료에서 확인된다. 청구인 A의 주식 양도 주식양도 117,870주 2018.10.10. B (117,870주 중 100,000주 양도) 주식 일부양도 ⓐ 60,000주 2018.10.31. ⓑ 40,000주 2018.11.30. A 쟁점주식 유상감자 ⓵ 2018.12.12. ⓶ 2019.11.10.

3. C지방국세청 감사관의 감사 지적 내용

• 가) A이 의제배당 소득탈루 목적으로 특수관계법인인 B을 이용하여 자기주식 100,000주를 우회 취득한 후 소각한 것으로 감사 지적한 사실이 확인된다(1주당 의제배당액 = 37,200원 – 10,000원)
• 나) 청구인은 위 의제배당 종합소득세에 대하여 과세의 부당성을 불복과 소송단계에서 다투었으나 청구인이 1심에서 자진 소취하 하여 결론적으로 의제배당 종합소득세 부과처분은 정당하다고 최종적으로 확정된 것으로 확인된다(2면 각주 참조).

4. A의 임시주회 결의 내용

• 가) A은 2018.10.26. 임시 주주총회 결의내용을 보면 자본금 30억원 중 6억원을 감소하기로 의결하였고, 자본감소의 방법은 주주명부에 등재되어 있는 주주의 보유주식 300,000주 중 60,000주를 1주당 37,200원으로 하여 회사가 희망하는 주주들로부터 이를 매수하여 소각한다고 되어 있는 것으로 확인된다. B(양도인)과 A(양수인)은 “B은 A의 주주로서 A이 2018.10.26. 임시 주주총회로 결의한 조건과 같이 A에게 A의 주식 60,000주를 주당 37,200원에 반환(양도)하기로 한다”는 내용의 주식 반환(매매) 계약을 2018.11.28. 체결하였으며, A은 2018.12.12. 60,000주를 소각한 사실이 심리자료에서 나타난다.
• 나) A은 2019.10.21. 임시 주주총회를 개최하여 자본금 24억원 중 12억원을 감소하기로 의결하였으며 자본감소의 방법은 주주명부에 등재되어 있는 주주 전원의 소유주식 비율별로 1주당 37,200원으로 매수 후 소각한다고 되어 있고, A은 2019.11.29. 40,000주를 감자한 사실이 확인된다.

5. 처분청의 쟁점주식 양도소득세 환급결정 청구인의 쟁점주식 양도소득세 신고와 관련하여 처분청은 양도소득세 환급결정한 사실은 없는 것으로 확인된다.

6. 처분청의 쟁점주식의 소각에 따른 의제배당 종합소득세 결정 처분청은 청구인의 쟁점주식 양도소득세 중 주식감자 비율만큼을 2018년 과세연도 의제배당 종합소득세 결정시 기납부세액(환급가산금은 반영하지 않음)으로 공제한 사실이 국세청 통합전산망에서 확인된다. <주식소각에 따른 의제배당액 종합소득세 경정결정> (천원) 구분 2018년 과세연도 2019년 과세연도 신고 경정 증감 신고 경정 증감 수입금액총액 0 1,922,000 1,922,000 0 1,448,000 1,448,000 종합소득금액 0 2,080,770 2,080,770 0 1,545,530 1,545,530 소득공제액 0 13,705 13,705 0 12,791 12,791 과세표준 0 2,067,064 2,067,064 0 1,532,738 1,532,738 세율 6.00 42.00 42.00 6.00 42.00 42.00 산출세액 0 827,167 827,167 0 602,750 602,750 세액공제계 0 179,315 179,315 0 119,354 119,354 결정세액 0 647,851 647,851 0 483,396 483,396 가산세액계 0 9,190 9,190 0 67,503 67,503 총결정세액 0 657,042 657,042 0 550,899 550,899 기납부세액 616,403 616,403 0 103,629 103,629 당초고지세액 0 0 0 0 0 0 추가고지세액 0 40,639 40,639 0 447,270 447,270 원천징수(76,547천원) + 쟁점주식 중 감자된 부분(117,870주 중 100,00주) 의 양도소득세 (539,855천원)

6.

• 라. 판단

1. 관련 법리 국세기본법제51조는 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다. 과세처분취소소송에서 그 과세처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 하고 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 2009.10.29. 선고 2009두10758 판결 참조). 한편, 법원은 수출업자가 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제⋅환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 매입세액의 공제⋅환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제⋅환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로국세기본법제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다고(대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 판결 참조) 판결하고 있는 바, 신의성실원칙은 과세관청 뿐만 아니라 납세자에게도 적용된다고 하겠다. 실질귀속자인 법인의 대표자가 법인 명의로 소득을 얻는 경우와 같이 당초 명의대여자인 법인에 대하여 ‘법인세’가 과세되었다가 이를 취소하고 실질귀속자인 대표자에게 다시 ‘소득세’를 과세하는 경우에도국세기본법제51조제11항이 적용된다고 할 것인바, 위 규정의 취지는 실질적으로 동일한 납세자가 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 세목과 관계없이 기납부세액으로 인정된다는 취지로 이해되는 점, 이 건과 같이 청구법인에 대한 양도소득세가 취소되는 결과 법인세가 과세 될 수 밖에 없는 경우와 같이 서로 밀접한 관계에 있는 경우에는 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다고 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라 할 것이다(조심 2012서3715, 2013.1.16. 참조).

2. 양도소득세 납부세액을 환급 결정하지 않고 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제한 것이 정당한 지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 보건대, 처분청이 종합소득세 결정시 비록 세목은 다르지만 양도소득세를 기납부세액으로 공제함으로써 결과적으로 청구인이 쟁점소각거래에 대하여 정당한 세액을 초과하여 납부한 세액이 없는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

① 청구인이 B에 양도한 쟁점주식 전부가 소각되지 않고 100,000주만 소각되었으므로 처분청이 이 부분만 의제배당으로 보아 소각비율 만큼 기납부세액으로 공제하여 종합소득세 결정하는 것은 합리적으로 보인다.

② 실질적으로 동일한 납세자가 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 세목과 관계없이 기납부세액으로 공제하였더라도 이는 청구인에 대한 납부지연가산세 등의 부담을 경감시키고 납세자의 행정편의를 도모하기 위한 조치로 보인다.

③ 청구인이 총부담하여야 할 세액이 정당한 세액 범위를 초과하느냐의 여부가 국세환급금 결정에 중요한 요소인데 청구인은 종합소득세 결정시 양도소득세를 기납부세액으로 공제한 사실만 주장하고 있을 뿐 초과 납부한 객관적인 입증자료는 제출하지 않고 있으므로 쟁점소각거래와 관련하여 청구인이 정당한 세액을 초과한 납부한 금액은 없는 것으로 보인다(대법원 2009.10.29. 선고 2009두10758 판결 참조).

④ 쟁점소각거래의 종합소득세 부과처분에 대하여 과세전적부심사청구(2020.11.20. 접수), 이의신청(2021.9.30. 접수), 심판청구(2022.3.12. 접수) 모두 기각결정을 받고, 행정소송 1심 진행 중 2023.7.25. 청구인 스스로 자진 소취하하였다. 이는 청구인이 세무 전문가의 조력을 받아 약 2년 8개월 간 불복을 진행하면서 종합소득세 산출세액에서 쟁점양도소득세를 기납부세액으로 공제된 사실을 알고 있으면서도 그 당시는 다투지 않고 있다가 종합소득세 일반부과제척기간 5년이 도과한 이후(의제배당 종합소득세 무신고시 부과제척기간 7년인지는 별론으로 함) 초과 납부한 세액이 없음에도 재차 양도소득세 환급청구를 하는 것은 전에 스스로 한 행위와 모순되는 행위를 하는 것으로 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 위배되는 것이므로 법률상 허용될 수 없다고 할 것이다(서울고등법원 1993.1.29. 선고 92구3221 판결, 대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 판결 참조).

• 나) 따라서 처분청이 청구인에게 양도소득세 경정청구 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 100,000주에 해당하는 양도소득세는 기납부세액으로 공제함 2) 청구인은 과세전적부심사청구, 이의신청 및 심판청구를 제기 하였으나 모두“기각”결정 되었으며, 2023.6.21. 행정법원에 소송을 제기, 2023.07.25. 원고가 자진하여 소취하함으로써 이 건 과세처분은 정당하게 유지됨 3) 상증세법 역시 납세주체가 개인이라는 점에서 소득세법과 공통점이 있다. 그렇지만 상속세와 증여 세를 납세 주체별 분류에 따라 소득세법으로 편제하지 아니한 것은 상증세법의 과세 대상 물건이‘소득’ 이 아니라 소득과는 구분되는‘이익’이기 때문이다. 4) 처분청은 양도를 배당으로 보는 소득처분에 따른 과세하면서도 소득금액 변동통지에 의한 신고 납부 기한을 지정하지 아니하였으므로 취소 사유에 해당하는 중대한 하자가 있지만 부과제척기간이 경과 이를 청구할 수 없는 상황이다.