쟁점토지의 취득가액이 매매계약서 등에 통해 확인되는 쟁점금액인지

A세무서장이 2023.8.1. 청구인에게 2022년 과세연도 양도소득세 157,957,143원을 경정한 후 2023.11.7. 19,652,340원을 감액하여 최종 138,304,803원으로 경정한 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 2003.12.30. B C동 D 공장용지 1,654㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 E제조 주식회사(이하 “청구외법인” 이라 한다)로부터 매매로 취득하고, 2013.7.10. 쟁점토지에 건물 98.76㎡(분뇨·쓰레기처리시설, 쟁점토지를 포함하여 이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 신축한 후 쟁점부동산을 2022.10.12. F 주식회사에게 5,500,000,000원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2022.12.14. 쟁점부동산에 대한 취득가액을 쟁점토지 취득 당시의 장부가액인 1,418,746,710원[매매가액 1,365,000,000원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)과 취득부대비용 53,746,710원의 합계]과 건물 1,000원(비망계정)으로 하여 양도소득세 1,201,917,878원을 예정신고‧납부하였다.
• 다. 처분청은 2023.5.12.〜2023.5.31. 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 취득가액을 지방자치단체에 신고한 검인계약서 상 매매금액인 938,099,180원 1) 으로 보고 건물의 취득가액은 환산가액 25,221,026원을 적용하여 2023.8.1. 청구인에게 2022년 과세연도 양도소득세 157,957,143원을 경정‧고지하였다. 이후 처분청은 청구인이 2023.10.31. 제기한 이의신청 사건이 진행 중이던 2023.11.7. 양도소득세 고지 시 누락된 쟁점토지에 대한 취‧등록세 54,409,730원을 직권으로 반영하여 최종 138,304,803원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024.4.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 기초 사실관계

1. 매매계약 체결 워크아웃 졸업 후 청구외법인은 공장부지로 사용 중이었던 B 서구 C동 G 공장부지 128,226㎡ 중 일부 토지 40,175㎡를 H(1948.2.16.)에게 위임(기간 2003.10.28.〜2004.3.30.)하여 매도를 진행하였다. 청구인은 H의 중개로 청구외법인으로부터 분할 후 토지인 C동 D 공장용지(1,654㎡)를 쟁점금액에 매입하기로 하여 계약금 20%를 2003.11.17. 청구외법인에게 지불하고 ‘중도금 없이 전액 잔금을 2003.12.5. 지불하기로 하되 일괄 잔금처리 관계로 약간의 날짜는 변동될 수 있다’라는 특약사항을 넣은 매매계약서(이하 “쟁점매매계약서” 라 한다)를 작성하였다.

2. 매매대금지급 쟁점매매계약서 제5조 특약사항 2호에 따라 쟁점금액의 20%인 계약금 273백만원을 매도인 청구외법인 대표이사와 대리인 H의 요구에 따라 청구인이 보유한 현금과 가족과 주변 지인들에게 급하게 빌린 차입금으로 계약일인 2003.11.17. 전액 현금으로 지급하였다. 잔금은 매매대금의 80%인 1,092백만원으로, 일괄 잔금처리를 위해 매도인 청구외법인과 날짜를 협의하여 2003.12.30. 쟁점토지에 근저당권을 설정(채권최고액 1,170백만원)하고 실행된 〈기운〉일반자금대출(일시상환) 900백만원과 청구인 보통예금 30백만원을 청구인 명의계좌(신한은행, 계좌번호 생략)로 모은 930백만원을 지급하였고, 나머지 금액 162백만원은 청구인 명의계좌(남동새마을금고, 계좌번호 생략)에서 수표로 160백만원을 인출 후 현금 2백만원과 함께 지급하였다. 청구인이 쟁점토지 매매금액의 잔금 1,092백만원을 지급한 자금의 원천은 아래와 같다. <표> 2004.1.26. 쟁점토지에 부동산임대업으로 사업자등록을 낸 청구인은 2003년 귀속 종합소득세 신고시 비록 간편장부대상자였지만 성실한 세무신고를 위해 세무사에게 외부기장을 맡겼고, 계약서와 취·등록세 등 취득부대비용을 증빙으로 하여 토지 장부가액을 1,418,746,710원으로 계상하였다.

• 나. 쟁점금액은 매매계약서, 장부 및 지급거래내역으로 확인되므로 실지거래가액으로 인정되어야 한다.

1. 양도소득세가 과세되는 자산의 양도가액 또는 취득가액은 그 자산의 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액 즉 양도자와 양수자 간 실제로 거래한 가액에 따른다. 장부·매매계약서·영수증 그 밖의 증명서류에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우 취득가액은 장부 및 매매계약서에 의해 확인되는 가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정한다.

2. 청구인은 쟁점토지 양도 후 양도소득세 예정신고를 할 당시 20년이라는 긴 시간 동안 쟁점토지를 보유 후 양도하다 보니 양도소득세 예정신고 기한 이내에 쟁점매매계약서를 찾지 못하여 실지거래가액을 입증할 수 있는 전산 장부 및 국세청에 신고된 표준대차대조표상 장부가액을 확인하여 실지거래가액으로 신고하였다. 국세청에 신고된 표준대차대조표상 토지가액은 1,418,746천원으로 이는 쟁점매매계약서상 실지거래가액인 금액과 취득세 20,638천원 및 등록세 33,771천원을 합한 1,418,409천원과 비교해 663천원이 적은 금액입니다. 차액 663천원은 실지거래가액과 취득부대비용의 합계금액인 1,419,409천원 대비 차지하는 비중이 0.0467%로 그 차이가 매우 미미하므로 표준대차대조표와 쟁점매매계약서를 통하여 확인되는 금액이 실지거래가액으로 인정되어야 한다.

3. 처분청이 취득가액으로 주장하는 B 서구청의 취득세 과세표준금액과 청구외법인의 회계전표상 매도가액은 청구인과 청구외법인간의 실지거래가액으로 보기에는 오염가능성(전표기재금액이 실지거래가액보다 낮게 기재될 가능성)이 높아 직접적인 증거는 되지 못하며 정황증거일 뿐이다.

• 다. 쟁점금액은 주변필지와 비교했을 때 처분청이 실질취득가액이라고 주장하는 가액보다 시세에 더 근접한 금액이다. 쟁점토지에서 직선거리로 10미터 떨어지고 쟁점토지 매매일로부터 5개월 후인 2004.5.27. 거래된 C동 I(이하 “비교사례 토지” 라 한다)와 비교해 보면, 거래가액은 ㎡당 1,208천원으로 쟁점토지의 ㎡당 825천원은 처분청이 실지거래가액으로 보는 ㎡당 567천원보다 더 근접한 가액이다. <표> 위 표에서 확인되듯 시세를 반영하는 C동 I와 비교해 처분청이 주장하는 실지거래가액은 시세로 보기엔 너무나 낮은 거래가액이다.
• 라. 쟁점토지의 취득 시 근저당가액으로 시세를 유추해 보면 처분청이 주장하는 취득가액은 시세보다 현저히 낮다 시중은행의 담보대출금액은 쟁점토지의 당시 시세를 반영하는 것으로 통상 대출실행 시 담보물에 대한 근저당설정금액은 시세의 70%〜80%를 설정하는바, 쟁점토지에 설정된 근저당권금액은 1,170백만원이고 이 금액은 실행된 대출금 900백만원의 130%에 해당하는 금액이며, 근저당권을 근거로 대출 당시 은행에서 평가한 쟁점토지의 시세는 약 1,462백만원에서 1,671백만원으로 추정된다. 처분청이 실지거래가액으로 주장하는 취득세 과세표준액 938백만원은 위 추정 시세의 64.14%에서 56.13%로 정상적인 거래가액이라 할 수 없다.
• 마. 청구인은 쟁점매매계약서에 따라 쟁점금액을 청구외법인에게 지급하였다.

1. 쟁점토지의 부동산 매매계약서상 제5조 특약사항 4호에는 ‘잔금일은 2003년 12월 5일까지로 하는 데 일괄 잔금처리 관계로 약간의 날짜는 변동될 수 있 다’라고 기재되어 있는바, 잔금의 대금지급일은 특정한 날짜로 정해지지 않았다. 다만 쟁점토지의 등기사항전부증명서를 확인해 보면, 2003.12.30. 소유권이전등기가 접수되었고 같은 날 채권최고액 1,170백만원으로 근저당권자 신한은행이 근저당권을 설정하였으며, 대출금상환(한도해지) 증명서를 통하여 같은 날 대출금액 900백만원이 실행된 것을 확인할 수 있다.

2. 통상적으로 소유권이전등기 접수일에 시중은행이 부동산담보대출을 실행하여 대출금을 매도인에게 지급하고 매수인이 소유권이전등기를 하므로 잔금일은 2003.12.30.임을 알 수 있으며, 쟁점토지의 쟁점매매계약서상 제5조 특약사항 2호에 ‘계약금을 매매금의 20%로 정하고 중도금 없이 전액 잔금으로 지급한다’로 잔금은 실지거래가액 1,365백만원의 80%인 1,092백만원이다. 청구인 명의계좌(신한은행, 남동새마을금고)의 거래내역을 보면 잔금 1,092백만원 중 1,090백만원이 2003.12.30. 지급되었음이 확인된다.

• 바. 결어 실지거래가액을 입증하는 쟁점매매계약서가 존재하고 이에 따른 대급지급거래내역이 확인되므로 쟁점금액은 실질취득가액으로 인정되어야 하며, 더구나 복식부기를 통해 작성되고 외부조정으로 세무신고된 표준재무제표상의 장부가액과 일치하므로, 취득세 과세표준금액과 기타 정황증거에 따라 경정고지된 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 처분청은 2023.4.27.(세무조사 사전통지서 수령 시) 청구인에게 조사 관련 내용을 설명하고 2023.5.12.(조사 착수 시)부터 토지 취득가액(장부가액)과 관련된 서류 일체 제출을 요구하였으나, 청구인은 2023.5.26.(금) 세무서에 내방하여 토지 취득가액에 대한 객관적으로 입증할 만한 금융거래내역 등 자료를 제출하지 않은 채, 매매계약서 원본이 아닌 사본만 제출하면서 쟁점토지 양도 관련하여 취득가액을 소득세 신고 시 장부가액(부동산임대 사업자등록)인 1,418,746,710원으로 주장하였다.
• 나. 청구인의 쟁점부동산 관련 종합소득세 신고 시 계상한 쟁점토지의 장부가액은 아래와 같다. <표> 청구인은 쟁점부동산의 토지 취득가액을 양도일 이전인 2021년 말 장부가액 1,618,746천원이 아닌 2004∼2008년 계상한 토지 장부가액으로 신고하였다. 2009년 귀속 종합소득세 신고시 토지 장부가액을 1,418백만원에서 1,618백만원으로 200백만원 증가한 부분에 대하여 내용 및 증빙을 요구하였으나, 청구인은 증빙은 없으며 토지 재평가하였을 것으로 추정한다고 소명하는 등 청구인이 계상한 토지 장부가액에 대한 신뢰성이 없어 보인다.
• 다. 처분청은 고액 양도소득세 신고서 검토시, 2023.2.9 쟁점부동산의 토지에 대한 취·등록세 관련 검인계약 내용을 B 서구청에서 요청하여 다음과 같이 회신받았다. <표> 또한 처분청은 2023.3.7 쟁점부동산의 토지 전 소유자인 E 제조주식회사에 매매내역에 대한 자료을 요청하여 다음과 같이 회신받았다. <표>
• 라. 쟁점부동산의 토지는 청구외법인에서 B 서구 C동 G(모번지)를 일부 분할하여 2003.12.30. 개인과 법인 등에게 양도한 토지이며, 분할된 토지 매수자 중 일부는 타인에게 양도하였다. 분할된 토지 취득 후 양도한 내역을 국세전산망에서 확인한 내역은 아래와 같다. <표> 국세전산망에서 확인한 2003.12.29., 2003.12.30. 청구외법인에서 B 서구 C동 G(모번지)를 일부 분할하여 취득한 자 중 양도소득세 실거래가로 신고한 자의 양도소득세 신고내역을 검토한바 취득가액은 1㎡당 567,170원으로 확인되었다.
• 마. 청구인은 B 서구 C J 공장용지(877㎡)를 청구외법인에서 B 서구 C동 G(모번지)를 일부 분할하여 취득(2003.12.29.)한 장0식에게 2005.5.13. 취득하여 2015.4.9. 양도한 후 양도소득세 신고하였는데, 양도소득세 신고 시 토지 장부가액(689백만원, 1㎡당 금액 785,632원) 존재하나 검인계약서 금액을 취득가액(510백만원, 1㎡당 금액 581,527원)으로 양도소득세를 신고한 이력이 있다. * 청구인은 2005.5.13. 취득한 모번지 동일토지 1㎡당 금액은 581,527원이나 2003.12.30. 취득한 토지의 1㎡당 금액은 825,272원이라 주장하고 있음
• 바. 청구인이 장부가액에 대한 증빙으로 제출한 부동산 매매계약서는 청구외법인으로부터 매입할 당시 청구외법인이 대리인 H에게 매매할 수 있는 권한을 위임한 부동산매매위임확인서와 청구외법인의 인감증명서 및 쟁점토지 매매계약서를 제출하였다. 제출한 부동산 매매계약서는 매도인 청구외법인의 법인도장이 날인되어 있지 않으며, 매수인 K과 ㈜L(K 배우자 운영법인), 대리인의 도장이 날인되어 있다.
• 사. 청 구인은 1,365,000,000원으로 작성된 매매계약서를 토지 취득계약서로 주장하며, 계약서상 2003.11.7. 계약금 20백만원, 2003.11.21. 중도금 100백만원, 잔금 1,245백만원이나, 특약사항 계약금인 매매대금의 20%인 273백만원을 청구인이 보유한 현금과 가족 및 주변 지인들에게 급하게 빌린 차입금(현금)으로 2003.11.17. 전액 현금으로 지급하였다고 주장하고 있다. 그런데, 2003.11.7. 본인이 보유한 현금과 주변 지인들에게 빌린 금액으로 청구외법인에 지급한 내역 그리고 차입금을 상환한 내역 등에 대한 증빙(금융자료 등)은 제시하지 못하고 있다.
• 아. 한편, 청구인이 제출한 잔금지급 내역과 관련하여, 청구인이 이의신청 시 금융증빙으로 제시한 매매대금 관련 통장 거래내역 살펴보면 신한은행 계좌에서 2003.12.30. 9억원(원천 양도부동산 담보대출)이 연지급으로 계좌이체하고, 30백만원은 현금(연동발 수표발행)출금한 것으로 확인된다. 새마을금고 계좌에서 2003.12.30. 현금160백만원(본인소유 부동산 담보대출 130백만원, 친인척 차용 20백만원, 본인 보유 10백만원)을 출금하는 등 2003.12.30. 현금 합계 190백만원을 출금하였다. 토지를 법인에게 매수하면서 매매대금 지급 시 신한은행 계좌에서 9억은 계좌이체 방식으로 지급하고, 30백만원은 계좌이체 하지 않고 수표 발행하여 출금한 후 새마을금고 계좌에서 출금한 현금 160백만원과 합한 190백만원으로 청구외법인에 계좌이체한 900백만원을 제외한 잔금 192백만원을 지급하였다고 주장하나, 2003.12.30. 192백만원을 청구외법인에서 영수하였다는 증빙이 없으며, 통장에서 현금 출금한 사실만으로 해당 금액이 청구외법인에 지급되었는지 여부도 명확하지 않아, 청구인은 토지매매가액으로 주장하는 1,365,000,000원에 대한 구체적인 지급내역 증빙을 제시하지 못하고 있다고 할 것이다.
• 자. 청구인이 주변 부동산의 시세로 주장하는 비교사례 토지에 대하여 임0복이 전0순에게 1,400백만원에 취득한 취득 계약서(2004.5.27. 매매예약, 2005.5.2. 등기접수)를 이의신청 시 제출하였으나, 해당 계약서는 구청에 취·등록세 납부시 제출한 검인계약서 및 공인중개사 확인 계약서도 아닌 신뢰하기 어려운 사인간 쌍방계약서이며, 임0복은 종합소득세 신고 시 토지 장부가액(복식부기)을 1,057백만원으로 신고하였다. 청구인이 시세로 주장하는 비교사례 토지는 전0순 2003.12.30. 청구외법인에게 취득한 토지로 전0순이 청구외법인에게 취득한 금액이 청구인 양도 토지의 시세로 판단되며, 임0복은 2004.5.27. 매매예약, 2005.5.2. 취득하여 청구인의 취득일(2003.12.30.) 전후 3개월 지난 토지 거래분으로 시가(매매사례가)로 적용할 수 없으며, 주장하는 개인 쌍방계약서 1,400백만원 금액도 신뢰하기 어려워 시세로 볼 수 없다.
• 차. 결어 상기와 같이 살펴본바, 청구인이 신고한 토지 취득가액 1,418백만원은(장부 가액, 1㎡당 857,766원) 2003.12.30. 그 당시 거래된 모번지 동일한 토지를 청구외법인으로부터 취득한 매매사례가(1㎡당 567,170원) 대비 151%로 금액이 과다하며, 청구인이 제출한 부동산 매매계약서는 청구외법인의 인감도장 날인되어 있지 않으며 부동산 매매대금을 청구외법인에 지급한 구체적 내역 등이 없는 점 등으로 토지 실지거래가액으로 신뢰할 수 없다. 또한 청구인이 구청에 제출한 검인계약서 및 청구외법인에서 매각금액으로 확인해 준 938,099,180원이 실지거래가액으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.
• 카. 처분청 추가의견

1. 쟁점토지의 취득가액은 청구인이 지방자치단체에 신고․납부한 검인계약서 매매금액인 938,099,180원이 타당하다.

2. 청구인은 쟁점토지의 취득가액이 1,419,409,730원(매입가액 1,365,000,000원, 취등록세 54,409,730원)으로 주장하나, 자금원천 및 지급내역 관련하여 금융자료를 통해 확인된 금액은 1,090,000,000원이며, 차이금액 329,409,730원에 대한 자금원천이 불분명하고, 현금지급 주장에 따른 영수증 등 구체적인 증빙도 제출하지 않아 쟁점토지 취득가액을 1,419,409,730원으로 보기는 어렵다.

3. 쟁점토지의 전(前) 소유자인 청구외법인은 주식회사등 외부감사에 관한 법률(외감법)대상 법인으로 2003.12.27. 쟁점토지 관련하여 B 서구 C동 G(모번지) 토지 39,662㎡ 및 건물 22,608㎡을 24,700,000,000원에 처분한 내용을 공시하였다. <표> 토지 및 건물에 대한 거래금액이 각각 구분 기재되지 않았으나, 거래금액을 단순하게 토지면적으로 나누면 ㎡당 거래금액은 622,762원(=24,700백만원÷36,662㎡)이다. 처분청은 2023.3.7. 청구외법인에 쟁점토지 관련 매매내역에 대한 자료 요청하여 고정 자산매각 금액이 938,099,180원임을 확인하였고, ㎡당 취득가액은 567,170원이다.

4. 2003.12.29., 2003.12.30. B 서구 C동 G(모번지)에서 분할된 토지를 청구외법인으로부터 취득한 자 중에서 양도소득세 신고 내역을 검토한바, 대부분이 실거래가로 신고하였으며, 취득가액은 1㎡당 567,170원으로 확인되며, 2019년 및 2022년 양도소득세 신고자는 2003년 작성된 검인계약서도 첨부하여 신고하였다. 청구인은 토지 취득 시 토지의 시가 비교 토지로 C I (2004.5.27. 매매예약, 2005.5.2. 등기, 1㎡당 1,208,981원(개인쌍방계약서))를 주장하나, 쟁점토지 인근의 다른 토지인 C 178-255는 양도(양도일 2004.4.8.)시 1㎡당 600,912원(9면 표 참조)으로 확인되어 청구인이 주장하는 비교 시세 1㎡당 1,208,981원 신뢰하기 어렵다.

5. 청구인은 쟁점토지 관련하여 이중계약 또는 거래금액 다운계약임을 주장하나, 쟁점토지 전 소유자 청구외법인은 2002.6.25. 기업개선작업(워크아웃)을 조기 종료하고 금융기관 차입금 상환을 목적으로 부동산 처분하는 점 등을 보아 이중 계약할 개연성이 낮다. 청구외법인은 외감법 대상으로 2003사업연도에 대한 재무제표에 대하여 외부 감사인이 검증하였으며, 또한 법인세 통합조사도 기 실시하여 세무 검증한 이력이 있다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 취득가액은 취득세 과표가 아닌 매매계약서, 금융거래내역 등을 통해 확인되는 쟁점금액이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

⑦ 제1항제1호가목을 적용할 때 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2-2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑪ 법 제97조제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획 재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다. 부동산 거래신고 등에 관한 법률은 2016.1.19. 제정되어 2017.1.20. 시행된 법으로 청구인이 쟁점토지를 취득한 2003년은 적용 대상이 아님

1. 양도소득세 신고 및 처분 내용 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 처분청의 2023.8.1. 당초 경정, 2023.11.7. 재경정 내역은 아래와 같다. <표>

2. 청구인 제출 취득 관련 매매계약서 등 쟁점토지의 취득가액은 장부가액인 1,418,746천원이라는 주장의 근거로 청구인이 제출한 쟁점토지 취득 매매계약서(2023.11.17.)는 아래와 같은데, 매매대금은 1,365,000천원으로, 제5조 특약사항에 계약금은 매매대금의 20%로 정하고 중도금 없이 전액 잔금으로 지급한다고 적시되어 있다. <표> 동 매매계약서 상 매매대금 1,365,000천원과 쟁점토지의 취‧등록세 54,409천원의 합계는 1,419,409천원으로 청구인이 주장하고 있는 장부가액 1,418,746천원보다 663천원 더 큰 것으로 확인된다. 한편, 청구인은 이 건 심리 과정에서 심리담당에게 매매계약서 원본을 찾아 제시하였는데, 원본 종이가 누렇게 변색되어 있었고 스테이플러 심 주위에 녹이 슬어 있는 것을 확인하였다. 위 매매계약서는 H이 청구외법인을 대리하여 청구인과 작성한 것인데, 청구인은 계약 당시 수령한 것으로 보이는 청구외법인의 H에 대한 대리권 수여증명서(부동산 매매 위임 확인서)와 인감증명서를 제출하였다. <표>

3. 청구인 제출 금융증빙 분석 청구인은 위 매매계약서에 따른 계약금 273백만원은 2003.11.17. 현금으로 지급하였고, 2003.12.30. 잔금 1,092백만원 중 900백만원은 청구외법인에게 계좌이체로 나머지 192백만원은 수표 160백만원, 현금 32백만원으로 지급하였다고 주장하며, 잔금 지급과 관련된 금융증빙을 제시하였는데, 이를 정리하면 아래와 같다. 심리담당이 청구인에게 매매대금을 계좌이체 외에 현금·수표로 어디서 누구에게 준 것인지 문의하였는데, 청구인은 분양하는 토지에 청구외법인의 분양사무실이 있었고, H과 청구외법인 직원으로 보이는 사람들이 있는 분양사무실에서 H이 ‘청구외법인 직원 맞으니까 이 분한테 주면 된다’고 해서 현금으로 준 것이라고 진술하였다.

4. 처분청 제출 구청 취·등록세 관련 공문 및 청구외법인 확인내용 처분청은 쟁점토지의 취득가액은 취득세 과세표준이라고 주장하며 아래와 같은 B 서구청의 회신문 및 청구외법인의 양도가액 관련 회신문을 제시하였다. B 서구청은 취득세 신고서 및 첨부서류는 보존기간이 만료되어 관련 증빙 없이 취득세 과세표준 및 세액만 회신하였고, 청구외법인은 쟁점토지 양도 관련 원장을 회신하였는데, 두 공문 모두 과세표준 또는 거래대금을 938,099천원으로 적시하고 있다. <표> 심리담당이 청구외법인에 법인 계좌로 입금된 금융증빙을 요청하였으나, 위 공문 상의 원장, 전표 외에 금융증빙은 없다고 진술하였다.

5. 매매대리인 H 측에 확인한 내용 심리담당이 다운계약서 작성여부 확인을 위해 국세통합전산망에 등재된 H의 전화번호로 전화를 하였는데 H의 아들이 전화를 받았고, 심리담당이 ‘부친에게 2003년 청구외법인의 토지 매매 당시 다운계약서 작성여부에 대해 여쭤보려고 하는데 바꿔줄 수 있냐’고 문의하니, ‘본인이 부친을 도와 그 당시 청구외법인 토지 매매 대리업무를 하여 당시 상황을 잘 알고 있는데, 당시에는 취득세를 실거래가로 신고하지 않아도 되던 때라 실제 매매계약서와 다른 취득세 신고용 계약서를 작성했다’고 진술하였다. 통화 종료 후 심리담당이 H의 자녀 중 국세통합전산망에 등재된 H의 전화번호와 동일한 번호로 등재된 사람을 확인해 본 결과, 71년생으로 쟁점토지 거래 당시인 2003년에 만 32세였던 것으로 확인된다.

6. 비교사례 토지(C동 I) 매매 내역 분석 청구인이 비교사례로 제시한 토지(C동 I)는 쟁점토지와 같은 모번지(G)에서 분할되어 쟁점토지와 같은 날 양도된 인접토지이고, 동 비교사례 토지의 매매이력은 아래와 같은데, 2003.12.24. 청구외법인이 전재순에 양도(등기일 2003.12.30.)하였고 5개월 후인 2004.5.27. 전재순이 임정복에게 양도(등기일 2005.5.2.)한 것으로 확인된다. <표> M의 2003.12월 취득가액과 관련하여, N에 대한 양도 후 양도소득세 신고시 취득가액은 기준시가 430,776,000원(㎡당 372,000원)으로 신고하였는데, 처분청이 쟁점토지의 시가라고 주장하는 ㎡당 567,170원을 적용하면 거래대금은 656,782,860원으로 산정된다. M의 2004.5월 양도가액과 관련하여, M이 양도소득세 신고시 적용한 양도가액은 기준시가 532,680,000원(㎡당 460,000원)인데, 청구인이 제시한 M과 N 간의 매매계약서 상 가액은 1,400,000,000원(㎡당 1,208,981원)이고, 처분청이 제시한 ‘N의 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표’ 상의 가액은 1,057,518,000원(㎡당 913,228원)으로 확인되는바, 비교사례 토지의 2004.5월 거래가액과 관련하여, 청구인이 제시한 가액(㎡당 1,208,981원)이나 처분청이 제시한 가액(㎡당 913,228원) 모두 청구인이 제출한 2003.12월 쟁점토지 매매계약서 상 가액(㎡당 825,000원)과 유사하거나 높은 것으로 확인된다.

7. 모번지(C동 G) 분할 양도 내역과 근저당권 설정액에 기초한 시가 추정 내역 청구외법인이 2003.12.30. 모번지(C동 G)를 분할하여 양도한 내역과 각 양수인이 같은 날 설정한 근저당권을 기초로 한 추정시가는 아래와 같은데, 금융기관이 부동산 담보대출을 할 때 시가 또는 감정평가액의 70〜80%를 채권최고액으로 설정한다는 가정 하에 추정된 ㎡당 시가는 청구인이 주장하는 ㎡당 시가와 유사한 것으로 확인된다. <표>

• 라. 판단

1. 관련 법리 양도소득세 과세처분 취소소송에서도 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 필요경비에 대해서 납세의무자로 하여금 입증하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 오히려 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 참조).

2. 쟁점토지의 취득가액이 매매계약서 등에 통해 확인되는 쟁점금액인지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 쟁점토지의 취득가액은 취득세 과표가 아닌 매매계약서, 금융거래내역 등을 통해 확인되는 쟁점금액으로 봄이 타당하다. (1) 청구인이 제시한 쟁점토지 취득 매매계약서(2003.11.17.) 원본의 상태로 보아 사후에 임의로 작성된 것으로 보기 어렵고, 동 계약서상 매매대금 1,365백만원, 계약금 273백만원(20%), 잔금 1,092백만원(80%)으로 기재되어 있는데, 계약금 지급 내역은 금융증빙으로 확인되지 않으나, 청구인의 소유권이전등기일인 2003.12.30. 잔금에 상응하는 1,090백만원이 청구인의 계좌에서 출금된 것으로 확인된다. (2) B 서구청과 청구외법인이 회신한 공문 상 취득세 과세표준 및 거래가액이 938백만원으로 기재되어 있으나, 청구외법인은 원장·전표 외에 법인 계좌로 입금된 금융증빙을 보유하고 있지 않아, 법인세 절감 목적으로 실제거 래가액과 다른 계약서를 작성하고 회계처리 하였을 가능성을 배제하기 어렵다. (3) 이에 더해 쟁점토지를 포함하여 청구외법인의 토지 매매를 대리하였던 H 측이 당시 취득세를 실거래가로 신고하지 않아도 되던 때라 실제 매 매계약서와 다른 취득세 신고용 계약서를 작성했다고 확인해 주고 있다. (4) 비교사례 토지(C동 I) 소유자 N이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 상 취득가액(2004.5월)이 ㎡당 913,228원으로 청구인이 주장하는 2003.12월 쟁점토지 취득가액 ㎡당 825,000원과 유사하고, 모번지(C동 G)를 분할하여 2003.12.30. 취득하고 같은 날 근저당권을 설정한 사례들의 근저당권 설정액에 기초한 ㎡당 추정시가도 청구인 주장 시가와 유사하여, 쟁점토지 취득 매매계약서 상의 매매대금이 취득세 과세표준보다 실거래가에 부합하는 것으로 보인다.
• 나) 따라서 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 취득세 과표로 보아 한 이 사건 처분은 잘못이라고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 처분청이 쟁점토지 취‧등록세 관련 검인계약 내용을 B광역시 서구청장에게 요청하여 회신 받은 쟁점토지 취득세 과세표준금액(매매계약서 및 첨부서류 등은 보존기간 만료)