일반지번으로 등록전환된 토지의 개산공제액에 적용할 토지면적 기준

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인 홍길동(나머지 청구인은 자녀 홍자녀1, 홍자녀2이며, 이하 홍길동을 편의상 “청구인”이라 한다)의 배우자인 홍배우자(2023.12.11. 사망하였으며, 이하 “피상속인”이라 한다)은 2004.5.18. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산19-1 임야 22,166㎡를 매매로 취득하였고, 동 토지는 2009.11.27. ○○리 299-5 임야 21,986㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 일반지번으로 등록전환되었다. 그리고 같은 날 다음 <표1>과 같이 3필지로 분할되었다가 2021.11.12. 甲기업(주)에 4,033,000,000원에 양도되었다. <표1> 당초 토지가 등록전환 및 분할되어 쟁점토지로 변경된 내역
• 나. 피상속인은 질병을 사유로 처분청에 5차례에 걸쳐 신고기한을 연장한 후 2022.10.31. 취득가액을 1,226,000,000원, 필요경비를 802,000,000원으로 하여 2021년 과세연도 양도소득세 561,382,916원을 신고하였다.
• 다. 처분청은 2023.4.20.부터 2023.5.9.까지 피상속인의 2021년 과세연도 양도소득세를 조사하여, 쟁점토지를 1,200,000,000원에 취득한 것으로 기재되어 있는 매매계약서(이하 “쟁점①계약서”라 한다)는 사후에 작성된 것으로 보고, 취득대금에 대하여 소명하지 못하므로 실제 취득가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 따른 환산취득가액 921,133,762원을 적용하여 2023.7.4. 피상속인에게 2021년 과세연도 양도소득세 401,605,602원을 경정 경정·고지하였다.
• 라. 피상속인 사망으로 납세의무를 승계받은 청구인들은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024.2.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가.(쟁점①) 처분청은 쟁점토지의 취득가액이 불분명하다는 의견이나, 피상속인은 쟁점토지를 804,600,000원에 취득하였으므로 동 금액을 취득가액으로 인정하여야 한다.

1. 피상속인(홍**에서 2014.6.30. 홍배우자으로 개명되었다)은 2009.6.15. ●●병원의 의료과실로 식물인간이 되어, 2010.4.26. 금치산선고가 이루어졌고, 배우자인 청구인 홍길동이 법정후견인이 되었다. 한편, 피상속인이 사망하기 전인 2021.11.12. 쟁점토지가 양도되었고, 피상속인이 2023.12.11. 사망하였다.

2. 피상속인이 쟁점토지를 취득할 2004년 당시 AAA기업(주)가 ‘○○도 ○○시●●읍 ●●리’ 일대 50만평을 매수하여 공장을 설립할 예정이었고, 청구인이 ●●리에 선산이 있어 산소 등을 이장하기 위하여 그 당시 맹지였던 쟁점토지(○○리 산19-1 임야 22.166㎡)를 매수하였다.

3. 쟁점토지를 매수할 당시 부동산등기부상 소유자는 김이나 실소유자는 김◎◎이었기 때문에 청구인과 김◎◎은 2004.3.26. 쟁점토지를 804,600,000원에 매매하는 매매계약서(이하 “쟁점②계약서”라 한다)를 체결하였다. 그리고 매매계약서에 따라 청구인은 피상속인 A금융기관계좌(215077-52-23**)에서 2004.3.26. 80,000,000원, 2004.4.23. 724,600,000원 합계 804,600,000원을 모두 수표로 출금하여 매수대금을 지급하였다. 그 후 2014.5.1.자로 등기용 매매계약서가 작성되었고 이에 터잡아 쟁점토지를 피상속인 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

4. 피상속인이 쟁점토지를 804,600,000원에 매수한 사실은 청구인이 쟁점토지의 감정가액을 부풀려 부당하게 대출받아 ‘업무상배임’ 및 ‘뇌물수수’로 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률을 위반한 혐의로 2010.7.13. ○○지방검찰청 이 검사가 작성한 구속영장청구(제20-***호) 사유에도 잘 나타나 있다. 따라서 쟁점토지의 취득가액은 804,600,000원이지 불분명한 것이 아니다. 나.(쟁점②) 쟁점토지와 관련한 토목비 455,000,000원, 인허가 관련비용 400,000,000원, 산지복구비용 85,000,000원, 소송비용 10,000,000원 합계 950,000,000원은 필요경비로 공제되어야 한다. 1)(토목공사비) 쟁점토지와 관련하여 지출한 토목비 455,000,000원은 자본적지출이므로 필요경비에 산입되어야 한다.

• 가) 피상속인은 쟁점토지 중 ○○리 299-6 지상에 창고건물을 신축하려 하였고, 도로개설을 위하여 ○○리 299-5, 299-7에 대한 토목공사를 하였다. 그래서 2011.2.1. 류․서와 토목공사비 500,000,000원(부가가치세 포함 550,000,000원)으로 하여 토목공사계약을 체결하였다.
• 나) 공사대금은 2011.3.24. 김●●를 통하여 류의 은행계좌(215055-56-084***)로 135,000,000원을 송금하였고, 2011.6.20. 170,000,000원은 선급금으로, 150,000,000원은 중간정산금으로 지급하였는바, 합계 455,000,000원은 쟁점토지의 가치를 증대시키기 위한 자본적지출이었다. 2)(인허가 비용) 쟁점토지와 관련하여 지출한 인허가 비용 400,000,000원은 필요경비에 산입되어야 한다.
• 가) 피상속인이 취득한 쟁점토지는 맹지이므로 맹지를 벗어나기 위하여 도로개설이 필요하였다. 그래서 2011.3.15. 최과 ○○리 300-4 답 230㎡(등기부상 소유자는 조)를 취득한 후 동 토지와 쟁점토지를 담보로 하여 BB은행 **지점에서 받은 대출금을 400,000,000원(쟁점토지 지상에 공장신축 인허가권 양수대금 337,000,000원 + ○○리 300-4 토지 매수대금 63,000,000원)을 주기로 약정하였다.
• 나) 위 약정에 따라 홍길동(청구인)은 2011.3.18. 조로부터 ○○리 300-4를 매수하여 소유권등기이전을 마쳤고, 2021.3.21. BB은행 지점으로부터 받은 대출금 중 400,000,000원을 최에게 지급하였다. 따라서 쟁점토지 지상의 공장신축허가권자인 최에게 지급한 337,000,000원과 도로개설을 위하여 토지 매수대금 63,000,000원은 쟁점토지에 대한 자본적지출액에 해당한다. 3)(산지복구비) 쟁점토지와 관련하여 지출한 산지복구(환원)비용 85,000,000원은 필요경비에 산입되어야 한다.
• 가) 피상속인이 쟁점토지 중 ○○리 299-5 및 299-7을 산지전용 허가를 받았다가 취소되어 다시 복구(환원)공사를 하여야 했다. 그래서 2012.5.11. 이** 등3명과 산지환원도급공사를 체결한 후 그 대가로 85,000,000원(부가가치세 제외)을 지급하기로 하였다.
• 나) 위 계약에 따라 2012.10.16. 산지복구공사가 완료되어 2012.11.15. ○○시로부터 준공처리를 받았다. 이에 피상속인은 2012.11.28. 박에게 85,000,000원을 지급하고 이에 대한 영수증을 받았다. 따라서 산지환원공사 계약상 수급인 박에게 지급한 85,000,000원은 쟁점토지에 대한 자본적지출액에 해당한다. 4)(변호사 비용) 쟁점토지를 지출한 후 소유권확보를 위한 소송으로 지출한 변호사 비용 10,000,000원은 필요경비에 산입되어야 한다.
• 가) 조이 2004.7.6. 피상속인의 대리인 정을 통하여 토지거래허가구역에 위치한 쟁점토지를 20억원에 매수하였다고 주장하면서, 2008.7.25. 피상속인을 상대로 소유권이전등기청구의 소(○○지방법원 20가합*5)를 제기하였으나, 피상속인이 2009.2.6. 승소하였고 동 판결은 2009.3.7. 확정되었다.
• 나) 또한, 甲기업(주) 등 5명이 2004.4.26. 피상속인의 위임을 받은 정이 쟁점토지 및 청구인 명의의 ○○리 300-4 토지를 3,639,000,000원에 매수하였고, 당일 계약금 6억원을 지급하였다고 하면서 2008.7.4. 피상속인을 상대로 계약금반환청구의 소(○○지방법원 20가합)를 제기하였으나, 피상속인이 2009.1.23. 승소하였고, 대법원을 거쳐 2010.7.22. 최종 승소(○○고등법원 20나***)하였다.
• 다) 피상속인은 위 두 개 사건의 소송으로 이** 변호사에게 10,000,000원의 변호사 비용을 지출하였는바, 동 비용은 자본적지출에 해당한다.

6. 위와 같이 쟁점토지와 관련하여 지출한 토목비 455,000,000원, 인허가 관련비용 400,000,000원, 산지복구비용 85,000,000원, 소송비용 10,000,000원 합계 950,000,000원은 자본적지출에 해당하므로 필요경비로 공제되어야 한다. 다.(쟁점③) 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우, 필요경비 개산공제액은 13,299,600원으로 하여야 한다. 처분청은 쟁점토지의 개산공제액이 13,191,600원이라는 의견이나, 개산공제액은 13,299,600원(+108,000원)으로 봄이 타당하다.

가.(쟁점①) 청구인은 조사 당시 제시하지 않았던 쟁점②계약서를 제시하면서 피상속인은 쟁점토지를 804,600,000원에 취득하였다고 주장하나, 신빙성이 없어 동 금액을 취득가액으로 인정할 수 없다.

1. 처분청이 조사 당시 상황을 설명하면 다음과 같다.

• 가) 2023년 4월경 조사착수시 피상속인이 질병으로 의사소통이 불가하여 배우자인 청구인이 처분청을 방문하였고 청구인에게 쟁점토지 취득계약서 원본, 취득대금 지급내역 및 관련 증빙 등을 직접 공문으로 요청하였다. 이후 세무대리인을 통하여 소명한 내용은 ‘피상속인이 수년간 의식이 없는 상태로 치료 중이며, 이로 인하여 쟁점토지의 취득 및 필요경비에 대한 금융이체내역과 계약서 원본을 찾지 못하여 양도소득세 신고기한을 연장하였다. 그리고 세무조사기간에도 병세에 차도가 없어서 취득 및 필요경비에 대한 금융이체내역과 취득시 매매계약서 원본을 제출하지 못한다’라고 하였다.
• 나) 양도소득세를 신고한 세무대리인이 신고기한연장 승인신청시 제출한 피상속인 진단서를 보면, 2019.3.18.부터 2022.1.17.현재까지 입원 중으로 주상병(主傷病)은 달리 분류되지 않은 무산소성 뇌손상으로 타인과 대화나 외부 자극에 대해 인지하는 것이 불가능한 상태이며 향후 6개월 이상의 지속적인 약물치료 및 입원이 필요한 상태라고 표기되어 있었다.

2. 처분청이 피상속인의 쟁점토지 취득당시 실거래가액을 확인하기 위하여 조사한 내용은 다음과 같다.

• 가) 피상속인을 대신하여 청구인이 신고한 쟁점토지에 관한 양도소득세 신고시 제출한 쟁점①계약서는 2004.5.1. 매도인 김와 매수인 피상속인(개명 전 이름인 권)이 쌍방간 작성한 것으로 되어 있었다. 그 내용은 쟁점토지(○○리 산 19-1 임야 22,166㎡)를 12억원에 매매하는 것으로 되어 있고, 계약금 2억원, 중도금 2억원(2004.5.10.지불), 잔액 8억원으로 하였고 토지건물의 명도는 2004.5.18.로 표기되어 있었다. 위 쟁점①계약서는 작성일자가 2004.5.1.인바, 이는 양도소득세 신고 시점으로부터 약 18년 6개월이 지난 것임에도 매매계약서상 필체는 너무 뚜렷하여 최근에 작성된 것으로 보였다. 이에 대하여 청구인에게 쟁점①계약서 원본을 요청하였으나, 청구인은 원본은 없고 사본만을 보관하여 양도소득세 신고시 제출한 것이라고 하였다. 원본을 보관하지 않은 사유나 아주 오래전에 작성된 매매계약서임에도 이렇게 필체가 뚜렷한 이유는 무엇이냐는 질문에는 당사자(피상속인)가 아니라서 잘 모르겠다는 답변만을 하였으며 또한, 쟁점토지에 대한 취득대금 증빙을 요청하였음에도 정확하게 소명하지 못하였다.
• 나) 다른 한편으로, 쟁점토지를 양도한 김**의 양도소득세 신고내용을 확인하였으나, 양도가액을 기준시가로 신고한 것으로 확인되었고, 피상속인이 쟁점토지에 취ㆍ등록세 신고한 내용을 살펴보았으나, 취득세 과세표준액이 460,000,000원으로 기재되어 있어 쟁점토지의 실거래가액을 확인할 수 없었다.
• 라) 처분청은 피상속인의 취득 자금원천을 확인하기 위하여 이자ㆍ배당소득내역을 전산조회하였으나 확인되지 않았다.
• 마) 청구인이 쟁점토지에 대한 자본적지출액이라고 소명하면서 피상속인의 A금융기관계좌(215077-52-23****)를 제출하였고, 처분청이 해당 계좌를 금융 조회하여 취득계약서와 비교하였으나 일반적인 자금거래가 많은 등 거래당사자, 매매대금 지급시기, 대금지급내역, 일반적인 매매거래기준 등을 종합적으로 감안하여 판단하였음에도 금융거래 내역으로도 쟁점토지의 취득금액은 확인할 수 없었다.
• 바) 부동산등기부에 따르면, 피상속인이 쟁점토지를 취득하면서 근저당을 설정한 내용은 없었다.
• 사) 청구인은 양도소득세 신고시 자본적지출액이 742,000,000원이라고 하나, 금융거래내역으로 확인되는 금액은 472,000,000원에 지나지 않았다.
• 아) 실지 취득가액은 취득당시 거래당사자 간에 실제 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인된 가액을 말하고 실가는 실지로 수수되는 거래대금 그 자체로 거래당시 대가로 실지 약정되거나 지급된 금액을 말하는 것으로 그 입증책임은 형평성 차원에서 납세자가 부담하는 것이다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결, 부산고등법원 2006.9.29. 선고 2006누705 판결 등 다수 같은 뜻임). 그러나 청구인이 취득 당시 쟁점토지에 대한 실거래가액을 입증하지 못하고 있고, 처분청이 조사하여도 실거래가액을 확인할 수 없어 쟁점토지의 취득가액을 환산가액을 적용한 것이므로 이는 적법․타당한 것이다.

3. 청구인은 조사종결 후 불복(이의신청) 제기시부터 쟁점②계약서를 제시하면서 계약서에 기재되어 있는 804,600,000원이 취득 당시 실거래가액이라고 주장하나, 신빙성이 없다.

• 가) 처분청이 조사 당시 피상속인의 병환으로 조사를 대리한 청구인(배우자)에게 직접 쟁점토지에 대한 취득가액 증빙자료 등을 공문으로 요청을 하였고, 처분청이 피상속인의 금융계좌 거래내역까지 제공하면서 취득관련 증빙을 수차례 요구하였으나 청구인은 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서의 원본은 없고 사본만을 보관하고 있으며, 당사자(피상속인)가 아니라서 잘 모르겠다는 답변만을 하면서 그 어떤 증빙도 제출하지 않은 사실이 있다.
• 나) 그런데 이후 이의신청 심리진행 과정에서 쟁점토지 취득시 실지 매매계약서라고 주장하면서 쟁점②계약서를 사진으로 촬영한 자료를 제출하였다. 그 내용을 보면, 매도인․매수인(김◎◎․청구인)으로 기재되어 있는데, 이는 쟁점토지의 등기부상의 매도인․매수인(김**․피상속인)과 전부 상이하다. 청구인은 불복청구를 하면서 쟁점토지의 매수인이 피상속인이 아닌 본인이라고 주장하고 있어 이러한 청구주장과 쟁점②계약서는 신빙성이 없다.
• 다) 더구나 청구인이 쟁점②계약서의 근거로 제시하고 있는 금융증빙은 처분청이 세무조사시 청구인이 쟁점토지 취득금액에 대하여 소명하지 않아서 처분청이 제시하여 취득금액 소명요청한 것으로, 이 금융증빙으로도 쟁점토지의 실거래가액을 확인할 수 없어 조사종결한 사실이 있다.
• 라) 또한, 청구인은 실취득가액에 대한 증거서류로 청구인의 구속영창청구 관련서류를 제출하였으나, 그 내용은 검찰이 청구인의특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반혐의에 관한 형사사건 처리시 작성한 것에 지나지 않는다. 이 서류에 기재되어 있는 사실관계가 금융계좌로 확인된 사실인지, 진술로 확인된 사실인지 불분명하기 때문에 서류에 기재된 금액을 실거래금액으로 인정할 수 없고, 그 주체도 피상속인이 아닌 청구인이기 때문에 더욱 실거래금액을 인정하기는 어렵다. 나.(쟁점②) 쟁점토지와 관련한 토목비 455,000,000원 등 합계 950,000,000원을 필요경비로 공제되어야 한다고 주장하나, 청구주장은 이유가 없다. 1)(토목공사비) 청구인이 지출하였다고 주장하는 토목비 455,000,000원을 자본적지출액으로 인정할 수 없다. 청구인은 2011.2.1. 류․서와 토목공사를 위해 공사비를 550,000,000원(부가가치세 포함)으로 하는 토목공사계약을 체결하고 이 중 455,000,000원을 지급하였다며, 이를 자본적지출액이라고 주장한다. 그러나 류, 서 및 류은 모두 공사계약 당시 사업자등록이 없는 상태였으며, 김●●가 류에게 입금한 입금증이 있는 135,000,000원도 피상속인 명의가 아닌 등 청구주장이 신빙성이 없어 450,000,000원을 쟁점토지의 자본적지출액으로 볼 수 없다. 2)(인허가 비용) 쟁점토지와 관련하여 지출하였다고 주장하는 인허가 비용 400,000,000원을 필요경비로 인정할 수 없다.
• 가) 청구인은 인허가권 양수 및 통행로 사용할 토지의 매수비용으로 합계 400,000,000원을 지급하였으니 이를 자본적지출액으로 인정하여 달라고 주장하고 있다. 그러나 청구인은 쟁점토지 지상에 공장신축허가권을 취득한 것이라고 주장하고 있으나, 위 금원을 지급한 이후 10년 넘게 쟁점토지에 대한 지목변경이라던지 공장신축이 전혀 이뤄지지 않은 상태였다가, 취득당시 지목인 임야인 상태 그대로 양도되었으므로 400,000,000원을 쟁점토지에 대한 자본적지출액이라는 청구주장을 인정하기는 어렵다.
• 나) 더구나 청구인이 주장하고 있는 400,000,000원 중 63,000,000원은 피상속인이 아닌 청구인이 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 300-4 답 230㎡를 취득한 데 소요된 금액일 뿐이지 쟁점토지와 관련하여 지출된 것이 아닌 것으로 확인된다. 3)(산지복구비) 쟁점토지와 관련하여 지출하였다고 주장하는 산지복구(환원)비용 85,000,000원을 필요경비로 인정할 수 없다. 산지복구(환원)공사 수급자인 이․박은 사업자등록이 없고, 오은 ○○토목 사업자등록(1-0*-5***, 2013.7.31. 폐업)이 있었으나 무실적자였다. 또한, 85,000,000원에 대한 계약서만 있고 금융증빙이 없어 실제로 얼마의 비용이 소요되었는지도 불분명하다.

4. (변호사 비용) 소송으로 지출한 변호사 비용 10,000,000원은 지출한 것으로 확인되나, 이 건은 환산가액으로 취득가액을 적용하였으므로 실익이 없다. 소득세법 제97조 는 취득가액을 취득당시의 환산가액에 의하는 경우에는 환산가액과 개산공제액의 합계액을 필요경비로 계산하고, 환산가액과 개산공제액의 합계액이 자본적지출액과 양도비의 합계액보다 적은 경우에는 자본적지출액과 양도비의 합계액을 필요경비로 할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 이 건은 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액(921,133,762원)을 적용하여 결정하였고, 실제 소송비용(10,000,000원)이 환산취득가액 대비 적으므로 이 건을 결정하면서 동 금액을 적용할 실익이 없다. 다.(쟁점③) 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액을 적용하면서 계산한 개산공제액 13,191,600원은 정당하다.

• 가) 청구인은 쟁점토지 취득당시의 면적을 기준으로 하여, 개산공제액이 13,299,600원(+108,000원)이라고 주장하나, 이유가 없다. 쟁점토지 양도면적이 22,166㎡이 아니라 21,986㎡이기 때문에 이 면적으로 개산공제액을 계산하여야 하고, 그러면 개산공제액은 13,191,600원으로 계산된다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지 취득시 실거래가액이 있음에도 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

② 토목공사비 455백만원 등 합계 950백만원은 자본적지출액이므로 필요경비로 공제되어야 한다는 청구주장의 당부

③ 처분청의 필요경비 개산공제액이 과소계산되었다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 (2020.12.29. 법률 제17757호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】 (2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 1-2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호가 목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
• 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 1-3) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 (2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다. <개정 2016.2.17> 부칙 <제26982호, 2016.2.17.> 제11조(양도자산의 필요경비에 관한 적용례) 제163조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다. 2) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 2-1) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 3) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제23조 【지적측량의 실시 등】 (2009.6.7. 법률 제9774호로 제정된 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지적측량을 하여야 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 측량을 할 필요가 있는 경우

• 가. 제74조에 따라 지적공부를 복구하는 경우
• 나. 제77조에 따라 토지를 신규등록하는 경우
• 다. 제78조에 따라 토지를 등록전환하는 경우
• 라. 제79조에 따라 토지를 분할하는 경우 3-1) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제78조 【등록전환 신청】 토지소유자는 등록전환할 토지가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사유가 발생한 날부터 60일 이내에 지적소관청에 등록전환을 신청하여야 한다.
• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 우선, 부동산등기부상 쟁점토지의 주요 내용을 보면, 피상속인은 2004.5.18. 김**로부터 매매로 취득하여, 2021.11.12. 甲기업(주)에 매매로 양도한 것으로 나타나고, 피상속인이 쟁점토지를 4,033,000,000원에 양도한 사실에 관한 다툼은 없다.
• 나) 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 내역

(1) 청구인은 2022.10.31. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고한 내역과 처분청의 이 건 경정내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 양도소득세 신고 및 결정 내역 (2) 처분청은 피상속인의 양도소득세 신고서를 검토하는 과정에서 취득시 매매계약서와 자본적지출액에 대한 증빙이 없자, 2022.12.9. 이를 제출요구하자 청구인은 쟁점①계약서를 제출한 것으로 나타난다.

2. 청구인이 제시하고 있는 쟁점토지 취득시 매매계약서 등

• 가) 청구인은 양도소득세 신고시 취득시 매매계약서를 첨부하지 않았다가, 이후 쟁점①계약서를 제출하였고, 이의신청을 제기한 뒤 처분청이 심리하던 중 쟁점①계약서는 실지계약서가 아니라며 사진으로 촬영된 쟁점②계약서를 제시한 것으로 나타난다.
• 나) 청구인은 이 건 심사청구를 제기하면서 다음과 같이 쟁점②계약서의 사본을 제출하였다.
• 다) 쟁점②계약서에는 매도인이 김◎◎, 매수인이 청구인으로 되어 있으며, 계약금 80,000,000원, 2004.4.30.까지 중도금 320,000,000원, 2004.5.30.까지 잔금 404,600,000원, 매매대금은 804,600,000원으로 기재되어 있고 계약서 작성일은 공란으로 확인된다.
• 라) 청구인은 쟁점토지 취득당시에는 명의신탁이 빈번하였던 때라 쟁점토지의 실소유자는 김◎◎(부동산등기부상 소유자는 김**)였고, 거래의 안전을 위하여 금융업(A금융기 조합장)에 종사자였던 청구인은 배우자인 피상속인을 쟁점토지의 매수자로 하였다는 주장이다.
• 마) 이의신청시 청구인은 쟁점②계약서의 원본 또는 사본은 보관하고 있지 않으며, 인쇄물만 보관하고 있다고 답변하였으나, 심사청구를 하면서 쟁점②계약서 사본을 제출하였다.
• 바) 한편, 쟁점②계약서의 매도인 김◎◎의 주소는 ‘◍◍읍 ◍◍리 54-8 ◍◍아파트 가동 206호’로 기재되어 있는바, 이를 주민등록상 주소랑 비교하면, 김◎◎은 ‘◍◍읍 ◍◍리 54-8 ◍◍아파트 가동 206호’에서 2003.10.6. ‘◉◉읍 ◉◉리 262-23 ◉◉아파트 103호’로 이미 주소지를 변경한 것으로 나타난다. 따라서 부동산등기부상 피상속인의 쟁점토지 매매계약일은 2004.5.1.(등기접수일 2004.5.18.)이고, 쟁점①계약서 작성일자는 역시 2004.5.1.인바, 이 계약일(2004.5.1. 현재)을 기준으로 한 쟁점②계약서상 김◎◎의 주소는 주민등록상 주소지와 일치하지 않는 것으로 나타난다.
• 사) 청구인은 쟁점②계약서상 매수대금을 지급한 근거로 피상속인의 A금융기 계좌(215-077-52-23****)에서 2004.3.26. 80,000천원 대체출금, 2004.4.23. 624,600천원 및 100,000천원의 대체출금 합계 804,600천원을 제시하고 있다.
• 아) 청구인은 위 매매대금을 수표로 지급하였다며 수표번호를 아래와 같이 제출하였으나, 동 수표에 대한 가액․입금계좌 등 상세내역은 금융기관의 보관기한(10년)경과로 인하여 확인이 불가능한 상태이다.
• 자) 또한, 청구인은 쟁점②계약서상 매수금액이 804,600,000원에 매수한 증빙으로 청구인이 쟁점토지의 감정가액을 부풀려 부당하게 대출받아 ‘업무상배임’ 및 ‘뇌물수수’로 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률을 위반한 혐의로 2010.7.13. ○○지방검찰청 이 검사가 작성한 구속영장청구(제20-***호) 서류를 제시하고 있다.

3. 쟁점토지 양도자에 관한 내용

• 가) 처분청이 이의신청 심리과정에서 문서로 쟁점토지를 양도한 부동산등기부상 소유자 김에게 양도가액 등에 대한 확인을 요청한 것으로 나타난다. 그러나 이에 대한 회신은 없었으며 다만, 김는 유선으로 쟁점토지는 본인의 것이 맞으나, 매매계약서는 보관하고 있지 않고, 매매대금․대금 수령방법․평당 가격･중개인･계약서 작성 상대방 등 구체적인 사항은 오래되어 기억이 나지 않는다고 답변한 것으로 나타난다.
• 나) 김**는 쟁점토지를 1999년 매매로 취득하였고, 쟁점토지의 폐쇄등기부르 보면, 소유권이전 이외 근저당권 설정 등의 다른 권리관계는 없었던 것으로 확인된다.
• 다) 한편, 김**는 쟁점토지를 양도하고 2004.5.25. 2004년 과세연도 양도소득세를 신고하였는바, 양도가액은 기준시가로 계산하여 443,320,000원(20,000원/㎡)으로 하여 양도소득세 27,389,920원을 납부한 것으로 나타난다. 그리고 양도소득세 신고시 양도계약서는 첨부하지 않은 것으로 나타나 이를 통한 피상속인의 취득가액을 확인할 수 없다.
• 라) 처분청이 청구인의 이의신청을 심리하면서 쟁점②계약서상 매도인 김◎◎에게 쟁점②계약서를 작성한 사실이 있는지를 물었으나, 김◎◎은 다음과 같이 거래사실을 부인하고, 그 계약서에 날인된 인장을 부인하는 확인서를 제출한 것으로 나타난다.
• 마) ○○시●●읍에 신고된 김◎◎의 인감대장을 확인한 결과, 김◎◎의 인감은 1991.8.13. 등록 후 1995.8.18. 변경신고되었으며, 읍사무소에 등록된 인감도장의 인영은 쟁점②계약서의 인영과 다른 것으로 나타난다.

4. 청구인이 양도소득세 조사시 주장한 자본적지출액

• 가) 처분청이 피상속인의 양도소득세를 조사하면서 신고한 필요경비 802,000,000원에 대한 증빙을 요청하자, 청구인은 다음과 같이 ① 토목공사에 관한 ‘민간건설도급계약서(2011.2.1.자, 550,000,000원), ’계약서(2011.6.20.자, 320,000,000원), 김●●가 2021.3.14. 류**에게 135,000,000원을 송금한 ‘무통장입금확인서’, ② 산지전용지 복구공사와 관한 ‘공사도급계약서(2012.5.11.자, 85,000,000원), 영수서(2012.11.28.자, 85,000,000원), ③ 인허가비용과 관련한 약정서(2011.3.15. 400,000,000원) 영수증 등 합계 742,000,000원의 증빙을 제출하였다.
• 나) 청구인이 심사청구를 제기하면서 주장하고 있는 쟁점토지의 자본적지출액 950,000,000원을 정리하면 다음 <표3>과 같다. <표3> 쟁점토지에 대한 자본적지출액

(1) 청구인이 토목공사비 455,000원과 관련하여 제출한 증빙은 다음과 같다. ㉮ 민간 건설공사 도급계약서(피상속인, 류) ㉯ 계약서(피상속인․청구인과 서․류) ㉰ 신분증(류, 서, 류) ㉱ 무통장입금확인서(2011.3.24. 김●● →류** 135백만원 송금)

(2) 인허가비 400,000,000원과 관련하여 제출한 증빙은 다음과 같다. ㉮ 약정서(피상속인, 최**, 정용남) ㉯ 피상속인의 예금거래내역서

(3) 피상속인이 최에게 지급한 인허가비 400,000,000원 중 63,000,000원은 청구인이 2011.3.18. 조로부터 피상속인 소유의 쟁점토지와 연결을 위하여 ’○○도 ○○시 ○○면 ○○리 300-4 답 231㎡를 매입하는 데 사용되었다는 주장이다. (4) 산지복구(환원)공사 비용 85,000,000원과 관련하여 제출한 증빙은 다음과 같다. ㉮ 공사도급계약서(피상속인, 이 등 3명) ㉯ 영수서(박)

• 다) 한편, 피상속인은 쟁점토지 중 ○○리 299-5, 299-7에 대한 복구공사를 마치고 2012.11.15. ○○시장으로부터 ‘복구준공검사(산지환원) 처리결과 통보’(산림과-, 20..., 산림-, 20.*..)를 받음으로써 본래의 임야로 복구한 것으로 나타난다.
• 라) 청구인은 쟁점토지와 관련하여 제기된 소송인 2008.7.25.자 피상속인을 상대로 한 ‘소유권이전등기청구의 소’(○○지방법원 20가합*), 2008.7.4.자 피상속인을 상대로 한 ‘계약금반환청구의 소’(○○지방법원 20가합)에 변론을 맡은 이 변호사에게 2010.5.3. 지급한 10,000,000원의 변호사 비용 증빙으로 계좌이체내역을 제시하고 있다. 동 금액이 지출된 것에는 다툼이 없다.
• 라. 쟁점토지의 지번 및 면적이 변동된 내역

1. 피상속인이 취득할 당시 쟁점토지는 <표1>과 같이 ‘○○리 산 19-1 임야 22,166㎡’이었다가 2009.11.27. 일반지번(○○리 299-5)로 등록전환되면서 면적이 21,986㎡(▽180㎡)이 감소된 것으로 나타난다. 2) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 등에 따르면, 토지를 등록전환하려면 지적측량을 하여야 하고, ‘산’으로 지번이 부여된 임야는 임야도(축척 1/6,000)와 임야대장으로 관리되고, 일반지번이 부여된 임야는 지적도(축적 1/1,200)와 토지대장으로 관리되는 것으로 나타난다.

• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①부터 살펴본다.

• 가) 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2018.10.25. 선고 2017두53781 판결, 대법원 2013.10.31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).
• 나) 쟁점토지의 취득가액에 관한 판단 청구인은 피상속인이 쟁점토지를 실제 804,600,000원에 취득하였다며 그 근거로 쟁점②계약서 등을 제시하면서 처분청이 동 금액을 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 쟁점토지 취득시 실거래가액이 불분명한 것으로 봄이 타당하다. 첫째, 청구인이 피상속인에 대한 양도소득세를 신고시 및 처분청의 세무조사시 쟁점①계약서가 취득시 실계약서라고 주장하다가, 이의신청시에 이르러 쟁점②계약서(사진촬영본)를 제시하면서 쟁점①계약서를 부인하였고, 심사청구시 쟁점②계약서 사본이 제출되었는바, 취득시 매매계약서를 제출한 일련의 과정이 자연스럽지 아니하다. 둘째, 쟁점②계약서상 매도인(김◎◎)과 매수인(청구인)이 쟁점토지 부동산등기부상 거래자(매도인: 김, 매수인: 피상속인)와 상이하고, 쟁점②계약서의 작성일자가 ‘공란’이며 고액의 부동산거래임에도 중개인이 없는 점으 로 볼 때 쟁점②계약서를 바로 쟁점토지 취득시 실계약서로 인정하기는 어렵다. 셋째, 더욱이 쟁점②계약서상 쟁점토지의 매도인 김◎◎이 동 거래를 한 사실이 없고 계약서에 날인된 도장이 본인 것이 아니라고 부인하고 있으며, 날인된 도장이 김◎◎의 인감도장과도 다른 것으로 나타나며, 쟁점②계약서상 대금지급일자(중도금․잔금)와 피상속인 계좌의 출금일자가 일치하지 아니하며, 출금액의 귀속자도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 전반적으로 쟁점②계약서의 신빙성이 낮아 보인다. 넷째, 청구인은 쟁점토지의 전 소유자가 김◎◎이었다고 주장하는 반면에 부동산등기부상 쟁점토지의 전 소유자 김가 본인 소유였다고 주장하고 있는바, 청구인이 제출한 증빙만으로는 이를 반증하기는 어려워 보인다. 한편, 자본적지출액과 양도비의 합계액이 환산가액과 개산공제액의 합계액보다 많은 경우, 자본적지출액과 양도비의 합계액을 필요경비로 할 수 있으나, 피상속인 소유의 쟁점토지가 임야인 상태로 취득하였다가 임야 상태로 양도된 것으로 나타나므로 피상속이 소유하고 있던 기간 중에 지출하였다는 금액들이 실제 지출되었는지를 떠나 필요경비로 산입할 수 없는 성격의 지출로 보인다. 따라서 처분청이 피상속인의 쟁점토지 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 양도소득세를 계산하는 데 쟁점토지와 관련한 토목비 455,000,000원, 인허가 관련비용 400,000,000원, 산지복구비용 85,000,000원, 소송비용 10,000,000원 합계 950,000,000원은 필요경비로 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점①에서 쟁점토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보았으므로 쟁점②에 대하여 심의할 실익이 없어 생략한다.

3. 마지막으로, 쟁점③에 대하여 본다.

• 가) 관련 법리 쟁점토지의 취득가액을 취득당시의 환산가액에 의하는 경우에는 환산가액과 함께 필요경비로 공제되는 개산공제액은 소득세법 시행령 제163조 제6항 제1호 에 따라 ‘취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100’을 적용한 금액을 말한다.
• 나) 쟁점토지의 개산공제액에 대한 판단 청구인은 피상속인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지의 면적이 22,166㎡이었으므로 개산공제액 계산에 있어서도 22,166㎡를 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 피상속인이 쟁점토지를 취득할 당시와 양도할 당시 쟁점토지의 실제 면적이 변한 사실 없고, 단지 일반지번으로 등록전환됨에 따라 토지 면적이 정확히 측량됨에 따라 면적이 변경(22,166㎡→21,986㎡)된 것이며, 환산취득가액 산정시 21,986㎡(등록전환 후 면적)를 적용하였으므로 개산공제액도 이 면적을 기준으로 계산함이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도당시 면적인 21,986㎡를 적용하여 필요경비로 공제할 개산공제액을 산정한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.