양도소득세 납부지연가산세의 기산일은 대법원 확정판결일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날로 봄이 타당함.

[ 세 목 ] 양도 [ 결정유형 ] 일부인용 [ 문서번호 ] 심사-양도-2024-0001(2024.04.17) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 양도소득세 납부지연가산세의 기산일은 대법원 확정판결일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날로 봄이 타당함. [ 요 지 ] 양도소득세 납부지연가산세의 기산일은 대법원 확정판결일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날로 봄이 타당하므로, 당초 납부지연가산세의 기산일을 당초 양도소득세 예정신고기한의 다음날로 본 처분은 잘못이 있음. [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

] 국세기본법 제47조의4【납부지연가산세】

○○세무서장이 2023.4.15. 청구인에게 한 2016년 과세연도 양도소득세 000원의 부과처분은

1. ○○○○ 토지 및 그 지상건물을 양수한 AAA를 상대로 제기한 약정금 등 지급청구의 소송에 대한 대법원(2022다○○○○) 확정판결일인 2022.6.16.이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날부터 기산하여 납부지연가산세를 다시 산정하는 것으로 하여 양도소득세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2006.12월경부터 2016.5월경까지 대지조성 및 주택건설업 등의 영위를 사업목적으로 설립된 BBBB의 대주주이자 대표이사로서 동 회사를 운영하였다.
• 나. 쟁점부동산 취득부터 양도까지 거래 전반에 대한 내용 (※ ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결문에서 인용된 사실관계를 인용하여 정리하였다.)

1. 쟁점부동산 낙찰(매각허가결정) 및 매매계약 체결 경위

• 가) 청구인은 2014.10.13. 부동산개발을 목적으로 법원의 부동산 임의경매에 참여하여, 같은 해 10.20. ○○○○ 토지 및 그 지상 건물(이하 “CCCC 토지건물”이라 한다)과 ◎◎◎◎ 농지(지목: 전ㆍ답, 이하 “CCCC 농지”라 하며, CCCC 토지건물과 CCCC 농지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 000원에 낙찰(매각허가결정)받았다.
• 나) 그러나, 법원의 매각허가결정 이후 쟁점부동산에 대해 유치권 신고가 들어오게 됨에 따라 청구인은 법원에 매각허가결정 취소를 신청하였으며 2015.1.29. 법원에서 이를 받아들여 취소 인가 결정을 받았으나, 채권자의 항고 및 청구인의 재항고 등의 과정을 거친 후 2015.12.10. 청구인이 재항고를 취하함으로써 쟁점부동산에 대한 낙찰자의 지위를 다시 회복하였다.
• 다) 당시 청구인은 청구인이 운영하던 BBBB의 자금난 등으로 인하여 경매대금(잔금) 마련에 어려움을 겪고 있었는데, 2015.12월초경 AAA(이하 “매수인”이라 한다)는 쟁점부동산 취득에 따른 매입자금을 DDDD이 부담할 것이고, 쟁점부동산을 취득한 후에는 EEEE(매수인 AAA의 관계회사이다. 이하 같다)에 소유권이전하고 매수인 본인의 취득금액과 양도금액의 차액을 EEEE의 발행주식 00만주(약 000원 상당) 등으로 정산하기로 하겠다고 하면서 ‘약정금 지급에 대한 계약서’(이하 “쟁점계약서”라 한다)를 청구인에게 작성해 줌에 따라, 청구인은 2015.12.10. 위 재항고를 취하하였다(※ 청구인은 2016.2.12. 쟁점부동산에 대한 소유권을 취득하였다(소유권이전 등기 완료).

2. 쟁점부동산 매매계약 내용(양도금액 등) 및 소유권이전

• 가) 매수인은 2015.12.30. 청구인에게 쟁점부동산 매매대금의 계약금 명목으로 000원(이하 “쟁점금원”이라 한다)을 지급한 후, 2016.2.12.경 청구인과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결(이하 동 매매계약서를 “쟁점부동산 매매계약서”라 한다)하면서 계약금 000원, 잔금 000원 합계 000원을 지급하기로 하였으며, CCCC 농지의 소유권은 매수인이 농지취득 자격을 얻은 후에 소유권이전하기로 하였다(“쟁점부동산 매매매계약서” 참조). ※ 동 계약서상 CCCC 토지 및 건물 양도가액은 000원이고, CCCC 농지 양도가액은 000원이다.
• 나) 매수인은 쟁점부동산을 청구인에게서 취득하면서 매매대금 000원과 청구인이 부담해야 할 취득세 등 000원을 부담함으로써 아래와 같이 총 000원을 청구인에게 지급하게 되었다.(생략)
• 다) 청구인은 매수인에게 쟁점부동산의 소유권을 이전하였는데, CCCC 토지 및 건물은 2016.2.12. 이전하였고, CCCC 농지는 2016.4.28. 이전하였다.

3. 매수인의 쟁점부동산 양도 매수인은 2016.4.25. 쟁점부동산을 000원에 EEEE에 양도하기로 부동산매매계약서를 작성한 후, 2018.8.10. CCCC 토지 및 건물을 소유권이전하였고, CCCC 농지는 취득자의 농지취득 자격 요건이 구비되지 않아 매수인 앞으로 보유하고 있다(CCCC 농지: 소유권 미이전 상태).

4. 매수인에게서 EEEE 발행주식 14만주의 시가에 상당하는 현금 수취 가) 청구인은 2018.8.10. 매수인이 EEEE에 쟁점부동산 중 CCCC 토지 및 건물을 소유권이전(CCCC 농지 제외)한 사실을 확인하고, 매수인이 실현한 취득금액과 양도금액의 차액을 쟁점계약서에 따라 EEEE 발행주식 00만주 등으로 지급할 것을 청구하였고, 나) 매수인이 이를 거절함에 따라 2019.5.21. 약정금 등 지급을 구하는 소송(○○중앙지방법원 2019가합○○○○)을 제기하였는데, 2021.6.3. 1심 법원(○○중앙지방법원)은 ‘매수인은 쟁점계약서에 따라 청구인에게 EEEE 발행주식 00만주주)(2019.12.31. 기준 1주당 시가 18,998원, 총금액 2,659,720,000원)를 인도할 의무가 있다’는 판결을 하였으며, 동 판결은 2심(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결)을 거쳐 대법원 2022.6.16. 선고 2022다○○○○ 심리불속행 판결로 확정되었다.

• 다) 위 소송결과에 따라 청구인이 매수인에게 쟁점부동산을 양도함으로써 수취한 금원은 쟁점부동산 매매와 관련 지급한 ‘계약금 및 부동산매매대금’ 000원, ‘청구인이 부담해야 할 취득세 등’ 000원, ‘EEEE 발행주식 00만주의 시가상당액’ 000원 합계 000원이 되었다.
• 다. 청구인은 2016.5.31. 쟁점부동산 양도에 대해 양도소득세 신고(CCCC 토지 및 건물 양도에 대해서는 기한 후 신고, CCCC 농지 양도에 대해서는 예정신고)하면서, CCCC 토지 및 건물의 양도가액은 000원, CCCC 농지의 양도가액은 000원 즉 양도가액을 000원으로 하였고, 두 부동산의 양도차손익을 합산한 결과 양도차손 000원이 발생한 것으로 신고하였다.
• 라. 처분청은 2023.2.14.부터 3.15.까지 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 2016년 과세연도 양도소득세 조세범칙 조사를 실시하여,

1. 쟁점부동산의 양도가액은 ‘계약금 및 부동산매매대금’ 000원, ‘청구인이 부담해야 할 취득세 등’ 000원, ‘EEEE 발행주식 00만주의 시가상당액’ 000원 합계 000원으로, 취득가액은 낙찰가액인 000원으로 확정한 후,

2. 양도소득세 과세표준을 000원으로 산정하고 양도소득세 산출세액에 신고불성실ㆍ납부지연 가산세를 적용하여 양도소득세 000원을 과세한다는 세무조사결과를 2023.3.15. 통지하였다.

3. 한편, 2023.6.1. 청구인의 2016년 과세연도 양도소득세 과소신고와 관련 조세범 처벌법제3조의 규정에 따른 조세포탈에 해당하는지에 대해 ○○지방국세청 조세범칙조사심의위원회에서 심의한 결과, ‘무혐의’로 결정이 되었다.

4. 2023.4.15. 청구인에게 양도소득세 000원을 경정ㆍ고지하였으나, 폐문 부재 등의 사유로 송달이 불가능하여 납부고지서가 계속(2회) 반송되어 2023.4.28. 공시송달하였다(공시송달효력발생일: 2023.5.15.).

• 마. 한편, 처분청은 청구인의 이의신청 심리 중인 2023.10.10. 당초 경정 시 적용하였던 부정무신고가산세(40%)를 일반무신고가산세(20%)로 경정(직권경정감)하여 신고불성실가산세 △000원을 감액하고, 납부지연가산세의 기산일을 당초 2017.6.1.(확정신고기한의 다음날)에서 2016.5.3.(예정신고기한의 다음날)로 경정하여 납부지연가산세 000원을 증액하는 경정을 하였다. * 이의신청은 2023.8.4. ○○지방국세청장(재결청)에 접수되어 2023.10.19. 기각결정되었다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024.1.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

<쟁점① 납부지연가산세의 기산일 관련>

• 가. 납부지연가산세를 부과하기 위해서는 가산세 산정 기초가 되는 과세표준 및 세액의 확정 즉, 양도가액의 확정이 전제되어야 한다.

1. 쟁점계약서는 사후정산 조건부계약이다.

• 가) 쟁점계약서 제3항에 따르면 매수인이 쟁점부동산을 매각하여 매각차익이 발생하는 경우를 조건으로 하고 있는데, ⅰ) 만약 매각차익이 발생하지 않는다면 매수인은 청구인에게 추가적인 대가를 지급할 의무가 없게 되는 것이고, ⅱ) 매각차익이 발생하였으나 해당 매각차익이 제3항에 기재된 ‘EEEE 발행주식 00만주+현금 000원’에 미치지 못하게 되는 경우, 해당 매각차익 범위 내에서만 지급할 의무가 발생하게 된다는 점에서, 매수인의 매각차익 규모에 따라 쟁점계약서상 추가대금 지급 의무가 발생하는 것으로, ‘정산 대가’의 확정이 사후에 이루어진다는 점을 알 수 있다.
• 나) 이와같이 쟁점계약서와 같은 사후정산 조건부계약과 관련하여 다양한 사례에서는 이를 정상적인 계약관계로 보아, 사후정산 조건에 따라 대가를 받기로 한 날에 양도가액을 경정하고 양도소득세를 재계산하여 수정신고 등을 하는 경우, 이에 대한 세법상 불이익은 없는 것으로 일관되게 해석하고 있다.(생략)

2. 쟁점계약 불이행에 따른 청구인과 매수인 간의 대금지급 소송

• 가) 청구인은 쟁점부동산이 매수인에서 EEEE으로 매각된 사실에 대해 매수인에게서 어떠한 통지를 받지 못하였고, 뒤늦게 쟁점부동산에 대한 등기사항증명서를 확인하고 그 매각된 사실을 알게 되어, 매수인에게 쟁점계약서의 내용대로 약정을 이행하라는 내용증명서를 2회 발송하였다.
• 나) 하지만, 매수인은 해당 내용증명서를 수령하였음에도 이에 대한 의무 이행이나 어떠한 답변도 하지 않아, 2019.5.21. 청구인은 쟁점계약서 내용대로 의무를 이행하라는 취지의 소송(○○중앙지방법원 2021.6.3. 선고 2019가합○○○○ 판결)을 제기하게 된 것이다.
• 다) 한편, 매수인은 2019.11.12. 1심 준비서면을 제출하면서, 오히려 쟁점계약에 따른 약정을 하거나 쟁점계약서를 작성한 사실이 없다고 주장하는 등 쟁점계약 자체를 무효화 하려는 시도를 하였고, 쟁점계약서에 따른 계약 이행을 사실상 거부하였다.

3. 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점계약서의 성격은 사후정산 조건부계약에 해당한다는 점에서, 납부지연가산세의 기산일은 쟁점계약서상 추가대금 지급조건이 성취된, 매수인이 EEEE에 매각하는 시점 또는 해석사례의 내용처럼 대가를 받기로 한 날로 보는 것이 타당할 수도 있다. 하지만, 청구인은 매수인에게서 쟁점부동산이 매각되었다는 사실을 통지받지 못해 알 수 없었던 상태였고, 매수인 또한 쟁점계약서의 무효를 주장하는 단계에서 추가 지급대금이 확정되었다고 보기는 어렵다는 점에서 쟁점부동산이 매각된 날을 납부지연가산세의 기산일로 보는 것은 타당하지 않은 측면이 있다(소송과정에서 매수인은 쟁점계약 자체를 무효화하고 계약 이행을 거부하였다는 점에서 그렇다).

• 나. 납부지연가산세의 기산일은 쟁점부동산의 양도가액이 최종 확정된 대법원 판결확정일(2022.6.16.)이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날인 2022.9.1.로 봄이 타당하다. 1) 쟁점계약에 따라 추가로 지급할 대가는 당초 양도일(2016년, 소유권이전), 또는 조건 성취일[2018년, 쟁점부동산을 EEEE에 매각]에 그 가액이 실현될 정도로 성숙ㆍ확정되지 않았다는 것은 앞서 살펴본 바와 같으며, 청구인과 매수인은 쟁점계약의 이행의무 여부에 대해 1심부터 3심(대법원)까지 가는 소송과정에서 각자 항소를 통해 쟁점계약에 따라 추가로 지급할 대가(손해배상액 산정)가 얼마인지를 두고 거듭하여 다투었다.

2. 대법원 2022.6.16. 선고 2022다○○○○ 판결을 통해 쟁점계약에 따라 추가로 지급할 대가가 확정[EEEE 발행주식 00만주에 대한 시가상당액, 000원]되었으며, 매수인은 위 대법원 확정판결에도 불구하고 확정판결일인 2022.6.16.로부터 약 11개월이 경과한 2023.5.16.에 이르러서야 추가 대가를 지급하였다(해당 대가는 처분청의 확정 전 보전압류로 인해 모두 충당되어 청구인이 수령한 대가는 없다).(생략) 3) 한편, 처분청은 이의신청 심리 과정에서 청구인이 이의를 제기한 국세 부과제척기간 적용과 관련하여, 국세기본법제26조의2제6항제5호에 따라, “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우”를 적용하였으므로, 본 건 과세처분은 국세 부과제척기간 내에 이루어진 정당한 처분이라고 주장하였는데, 처분청의 이러한 주장은 쟁점계약에 따른 추가 대가가 최초의 거래 또는 행위와 달리 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었다는 것을 충분히 인지하여 이를 근거로 과세하였다는 것이고, 결국 처분청 또한 대법원 확정판결일(2022.6.16.)에 이르러서야 추가로 지급할 대가가 확정된 것으로 보았다는 것인바, 국세 부과제척기간 적용과 납부지연가산세의 기산일 적용에 있어서 그 전제가 되는 양도가액의 확정을 달리 보는 것은 불합리하다.

4. 결국, 처분청이 과세근거(특례제척기간 1년 적용)를 통해 청구인이 매수인에게 쟁점부동산을 양도한 것에 따른 양도금액 중 추가로 수취할 대가는 대법원 확정판결일인 2022.6.16.에 이르러서야 확정된 것으로 본 이상, 추가로 수취한 양도대금에 대한 양도소득세의 납부지연가산세는 대법원 확정판결일인 2022.6.16.이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음 날인 2022.9.1.부터 기산하는 것이 논리적으로 타당하다(대법원 2012.5.9. 선고 2010두22597 판결 참조,, 2012.05.09. 판결, 사전-2021-법규소득-1255, 2022.4.19. 참조).

• 다. 한편으로, 국세기본법제48조제1항제2호에서는 “납세자가 세법상 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 면제하거나 감면”하도록 규정하고 있는데, 앞서 살펴본 바와 같이, 쟁점계약에 따라 추가로 수취할 대가는 대법원 확정판결이 있고서야 화정되는 것으로 2016.2.12. 소유권이전일부터 2022.6.16.까지의 기간 동안에는 청구인이 쟁점부동산에 대한 올바른 양도소득세 신고를 할 수 없는 부득이한 사정에 있었던 점을 고려할 때, 부득이한 사유에 해당한다고 볼 여지도 있으므로 동 기간에 대해서는 납부지연가산세를 면제함이 타당하다고 판단된다.
• 라. 시점별 납부지연가산세 적용 여부 판단(생략) <쟁점② 가산세 증액 경정 처분 관련>
• 마. 처분청이 이의신청(불복) 진행과정에서 직권으로 감액 및 증액 경정한 처분 중 ‘증액 경정 처분’은 국세 부과제척기간을 도과한 위법한 처분에 해당하므로 취소되어야 한다.

1. 처분청은 2023.8.4. 청구인이 제기한 이의신청에 대해, 심리진행 중 청구인의 주장을 일부 받아들여 직권으로 신고불성실가산세를 부정 무신고가산세(40%)에서 일반 무신고가산세(20%)로 경정감하는 한편, 납부지연가산세의 기산일을 당초 2017.6.1.(확정신고기한의 다음날)에서 2016.5.3.(예정신고기한의 다음날)로 변경하는 증액 처분을 하였다.

2. 먼저, 처분청이 부정 무신고가산세를 일반 무신고가산세로 감액 경정한 이유를 보면, 처분청은 당초 쟁점계약서 작성행위가 국세기본법제26조의2제2항제2호에 따른 ‘사기 또는 그 밖의 부정행위’로 보아 부정 무신고가산세를 적용하였으나, 조세범칙조사심의위원회에서 조세포탈 등의 혐의에 대해 ‘무혐의’ 결정을 하였기 때문이다.

3. 처분청은 국세 부과제척기간 적용과 관련하여 청구인이 매수인을 상대로 제기한 소송(대법원 확정판결)에 대해, 국세기본법제26조의2제6항(판결이 확정된 날부터 1년)에 해당되는 것으로 판단하여 과세근거를 변경(사기나 그 밖의 부정행위 10년→특례 제척기간 1년)하여 기존 과세처분을 유지하게 되었는데, 이로 인해 변경된 국세 부과제척기간은 대법원 확정판결일인 2022.6.16.부터 1년이 되는 날인 2023.6.15.까지이며, 본 사안을 일자별로 정리하면 다음과 같다.(생략)

4. 그런데, 처분청은 2023.10.11. 당초 과세처분 시 납부지연가산세의 기산일을 잘못 적용(예정신고기한이 아닌 확정신고기한 적용)한 것에 대해 이를 바로잡기 위해 납부지연가산세의 기산일을 변경하여 증액 경정을 하였는데, 이때는 국세 부과제척기간이 도과된 경우로서 처분청이 감액 경정하는 것은 가능하나 증액 경정은 불가능한 것으로 법원에서는 판단하고 있다.(생략) <쟁점③ 쟁점금원의 양도가액 포함여부 관련>

• 바. 처분청이 결정한 양도가액 중 000원(쟁점금원, 2015.12.30. 수취)은 쟁점부동산 매매대금과 관련이 없으므로 양도가액에서 제외되어야 한다.

1. 쟁점금원이 고등법원 판결문에 사실과 다르게 기록된 경위

• 가) 청구인은 매수인을 상대로 쟁점계약서상 약정내용을 이행하라는 소송을 2019.5.21. 제기하였으며(○○중앙지방법원 2019가합○○○○), 매수인은 2019.11.12. 제출한 1심 준비서면 4페이지에서 쟁점계약서를 작성한 사실은 없으나, 청구인이 쟁점부동산을 낙찰받는 과정에서 법원에 납부한 경매보증금 000원 상당의 매수신청보증금을 전액 그대로 보전(000원)해주고, 000원에 취득하였음을 주장하였다.
• 나) 매수인의 준비서면 ‘각주 4’에 따르면, 등기이전 비용 등 쟁점부동산 취득에 필요한 비용 전부를 더하여 총 매매대금을 000원으로 결정한 것이라고 분명하게 주장하였는데, 이는 매수인이 쟁점부동산 취득과 관련하여 청구인에게는 000원만을 직접 지급하고 취득하였다는 주장인 것이다(아래 ‘1심 준비서면 4페이지’ 참조).(생략)
• 다) 청구인은 매수인이 쟁점계약서를 작성한 사실이 없다는 주장을 반박하기 위한 자료를 준비하면서 쟁점계약서 내용과 같이 경매보증금을 받고 거래한 것임을 주장하기 위하여 자금의 흐름을 증거자료로 제출하던 중, 기억의 착오로 청구인이 BBBB에 상환한 자금[당초 청구인은 쟁점부동산 취득을 위한 경매에 참여하기 위해 입찰보증금 상당액을 BBBB에서 차입하였다]을 매수인에게서 입찰보증금을 보전받은 것으로 착각하고 해당 거래내역을 청구인의 증거자료로써 제출하였다(2020.5.6. 청구인 1심 준비서면 및 아래 “갑제4호증, 예금입출금거래내역” 참조).(생략)
• 라) 청구인은 소송과정에서 청구인이 BBBB에 차입금 등을 상환한 일자와 금액이 쟁점부동산 계약 일자와 유사하고, 부동산 거래 관례상 매매대금의 약 10% 정도를 계약금으로 보기 때문에 쟁점금원이 쟁점부동산 양도에 대한 계약금이라고 착각하였던 것이고, 이로 인해 청구인의 준비서면 증거자료가 법원에 착오로 제출되었던 것이다.
• 마) 매수인은 청구인에게 지급하지도 않은 쟁점금원에 대하여 청구인이 제출한 증거자료에 대해 사실이 아님을 부인하여야 함에도, 청구인이 쟁점금원을 수령한 사실을 자인하고 있는 것을 보고 본인이 지급한 기억과 증거가 없는데도 청구인이 받았다고 하니 이를 기정사실화 하겠다는 주장이었다(아래 “매수인 2심 준비서면 18, 19페이지 발췌: 2021.8.30.” 참조).(생략)
• 바) 청구인은 2심 준비서면에서 매수인의 위와 같은 주장에 대해 별도로 다투지 않았는데, 그 이유는 해당 소송이 양도가액 000원의 진위를 다투는 소송도, 청구인의 양도소득세를 다투는 소송도 아니었기 때문이며, 해당 소송의 쟁점은 쟁점계약서의 약정내용에 따라 매수인은 이행하라는 것이 주요 쟁점이었으며, 당초 쟁점금원에 대해 청구인의 기억에 오류가 있었던 것을 소송이 종결된 후에야 알게 되었다.

2. 쟁점금원은 매수인에게서 수령한 사실이 전혀 없으며, 청구인의 주식매매대금을 자금원천으로 BBBB에 대한 차입금을 상환한 것으로 쟁점부동산의 양도대금에는 해당하지 않는다.

• 가) 처분청은 아래와 같이 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도가액을 결정하면서 다음과 같이 쟁점금원이 양도가액에 포함되는 것으로 결정하였다.(생략)
• 나) 처분청은 양도가액 결정과 관련하여 자금흐름 추적과 같은 실지조사를 하지 않고, 청구인이 매수인을 상대로 제기한 소송의 법원 판결문(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결문상 3페이지 참조)에 기재된 내용만을 기준으로 양도가액을 결정하였는데, 쟁점금원은 쟁점부동산 매각거래와 무관한 것으로 양도가액에 이를 포함하여 결정한 것은 명백한 오류이다.
• 다) 청구인은 BBBB에서 차입한 금원 및 인정이자를 상환하기 위해 청구인이 보유하던 주식을 매매하여, 청구인의 FFFF증권 계좌에서 000원을 수표로 인출하고 나머지 금액은 청구인이 보유하고 있던 예금에서 인출하여 합계 금액을 수표로 BBBB에 입금하였는바, 쟁점금원은 청구인이 주식매매 거래를 통한 자금을 원천으로 BBBB에 대한 차입금을 상환한 것으로 쟁점부동산 매매대금과 전혀 무관하다는 것을 확인할 수 있다(아래 “FFFF증권계좌 입출금 내역”, “주식매매내역” 참조).(생략)
• 라) 만약 매수인이 계약 내용 이외 쟁점금원(000원)을 청구인에게 추가로 지급하였다는 것이 사실이라고 한다면, 매수인은 2018.8.10. 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 신고 시 쟁점금원을 취득가액에 추가로 반영하여 양도소득세를 신고하였어야 하나, 그렇게 하지 않았다는 점을 고려하여 보더라도 매수인은 쟁점금원을 청구인에게 지급하지 않았음을 알 수 있다. 마) 쟁점부동산 매매계약서에 따르면, 매수인이 계약금으로 지급해야 할 금액이 존재하지 않다는 것을 확인할 수 있으며, 동 계약서에 따른 매매대금을 재구성하여 보면 매수인이 쟁점금원을 지급할 이유가 전혀 없었다는 점 또한 분명히 확인할 수 있다.(생략)

3. 이상에서 살펴본 바와 같이, 소송과정에서 쟁점금원(입찰보증금)에 관한 주장은 청구인의 기억 착오로 청구인만 하였을 뿐, 매수인이 동 금원을 지급하였다고 주장하거나 이에 대한 금융증빙을 증거자료로서 법원에 제출한 사실 또한 없는바, 실질과세원칙에 따라 쟁점금원을 쟁점부동산에 대한 양도가액에서 제외하는 것이 타당하다.

<쟁점① 납부지연가산세의 기산일 관련>

• 가. 쟁점부동산 양도와 관련하여 납부지연가산세의 기산일은 국세기본법제47조의4에 명시된 양도소득세 예정신고ㆍ납부기한의 다음날인 2016.5.3. 또는 2016.6.1.이다. 1) 청구인은 2016.2.12. 또는 2016.4.28. 쟁점부동산에 대한 소유권 이전 등기를 하였는데, 이에 따라 소득세법제105조에 따른 양도소득과세표준 예정신고기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 2016.5.2.(4.30. 토요일) 또는 2016.5.31.이다.

2. 청구인은 대법원 판결 확정일인 2022.6.16.에 양도가액이 최종적으로 확정되었으므로 이날이 속하는 달의 말일부터 2개월 후인 2022.9.1.을 기산일로 납부지연가산세를 적용해야 한다고 주장하며 대법원 2012.5.9. 선고 2010두22597 판결과 적용 규정인 소득세법 시행령제162조제1항제7호를 근거로 소송 판결 확정일이라고 주장하지만, 동 판례는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에 해당되는 사항이다.

3. 소득세법은 열거주의 과세방식(일부 포괄주의)을 취하고 있고 조세법률주의를 최고의 원칙으로 삼으며, 세법해석은 엄격해석원칙에 입각한 문리해석을 우선해야 하는 것으로, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다.

• 가) 쟁점계약은 사후정산부 조건부계약이 아니며 관련 소송은 ‘약정금 지급의 소’로 부동산 양도대금의 지급을 청구하는 소송으로 이는 쟁점계약서를 통해서도 확인된다.
• 나) 사실관계를 살펴보면 청구인은 2015.12월경 양도계약을 하고 쟁점부동산 매매계약서 및 쟁점계약서를 작성하였으며 2016.2.12. 쟁점부동산을 경매로 취득한 후, 같은 날에 매수인에게 소유권이전 등기하였고 2016.5.2. 쟁점계약서에 기재된 금액을 제외하고 양도소득세 신고를 하였다.
• 다) 2022.6.16. 대법원 확정 판결일에 양도가액이 확정되었다고 주장하나, 소득세법 시행령제162조에는 대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 양도시기임을 알 수 있고, 이에 따른 양도소득세 신고기한은 2016.5.2.(4.30.이 토요일)이다.

4. 소득세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보고 과세소득을 계산하는 권리확정주의를 채택하고 있다. 가) 부산지방법원 2023.1.13. 선고 2020구합25572 판결내용에 따르면, ‘소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세는 그 전체를 잃게 되고, 그와 같은 소득을 과세소득으로 하는 것이고, 이때 그 채권의 회수 불능 여부는 구체적인 거래 내용과 그 후의 정황 등을 따져서 채무자의 자산 상황, 지급 능력 등을 종합하여 사회통념에 의하여 객관적으로 평가하는 방법으로 판정하여야 한다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1536 판결, 대법원 2002.10.11. 선고 2002두1953 판결 등 참조)’라고 하고 있다.

• 나) 대법원 2002.7.9. 선고 2001두809 판결에서 ‘권리확정주의에서 확정의 개념은 소득의 귀속시기에 관한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고 구체적인 사안에 관하여 소득에 대한 관리, 지배와 발생소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보 시기 등까지도 함께 고려하여 그 소득의 실현가능성에 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 판단하여야 하는 것’(대법원 1997.6.13. 선고 96누19154 판결)이라고 판시하고 있는데, 이는 채무자(양수인)의 자산 상황, 지급능력 등으로 판단함을 알 수 있다.

5. 구체적으로 본 건의 사실관계를 살펴보면, 2016.2.12. 청구인은 소유권 이전 등기를 하였고, 조세범 처벌법상 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않는 것으로 조세범칙조사심의위원회에서 판단하였지만, 쟁점계약서를 작성하여 양도대금의 약 46% 정도에 해당하는 금액을 과세관청에 숨기고 신고한 사실이 확인된다.

• 가) 매수인은 쟁점부동산의 매입대금을 지급할 만큼의 능력이 있는 것으로 확인된다. 즉, 매수인은 청구인의 쟁점부동산 양도 당시 ○○국제대학교의 이사장이며 쟁점계약서에 기재된 EEEE의 대표이고 대주주이며 자산가라고 할 수 있어 소득의 실현가능성이 상당히 높을 정도로 성숙․확정되어 있다. 나) 청구인이 제시한 대법원 2004.4.9. 선고 2003두6924 판결과 같은 경우에도 사실관계를 확인해보면 ‘면적과 그에 따른 매매대금을 증감할 수 있도록 약정한 매매계약’인 경우에 해당하는 것으로 본 건의 법률 적용에 따른 사실 관계와는 다름을 알 수 있다. 다)

○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결에서는, ‘매수인이 쟁점부동산을 EEEE에 전매하여 얻은 차액은, <매도대금 000원에서 쟁점부동산 매매대금으로 지출한 000원(=000원+000원+000원+000원), 청구인과 매수인의 쟁점부동산 취득세 납부를 위해 지출한 000원(=청구인 취득세 000원+매수인 취득세 000원), EEEE에서 쟁점부동산 전매에 따른 양도소득세 및 지방세 납부를 위해 지출한 000원(양도소득세 000원+지방세 000원) 합계 000원을 공제한 000원>이 되므로 매수인에게는 위 금액의 범위 내에서만 EEEE 발행주식 00만주를 인도할 의무가 인정될 수 있다’라고 판결하였다.

• 라) ○○고등법원에서는, ‘기초사실에 의하면, 청구인과 매수인이 쟁점계약을 체결하면서 매수인의 쟁점부동산 매입대금과 매도대금의 순수한 차액을 한도로 EEEE 발행주식 00만주(1주당 000원씩 약 000원 상당)를 매수하여 청구인 소유로 인정하기로 약정한 사실, 그에 따라 청구인이 경매를 통해 쟁점부동산을 낙찰받은 후, 매수인에게서 합계 000원(000원+000원+000원+000원)의 매매대금을 지급받고 매수인에게 그 소유권을 이전하여 주었으며, 매수인은 EEEE에 쟁점부동산을 000원에 매도한 사실, 그렇다면 매수인으로서는 000원(000원

• 000원)의 한도 내에 있는 EEEE 발행주식 00만주(000원 상당)와 관련된 지급 의무를 청구인에게 이행하여야 한다’라고 판결하고 있다.

• 나. 청구인의 납부지연가산세 기산일을 대법원 판결일로부터 도래하는 양도소득세 예정신고ㆍ납부기한의 다음날로 보아야 한다는 주장은 법리를 오인한 것이다. 즉, 이 건 관련 법원판결은 약정금의 지급을 요청하는 것으로, ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결에서도 매수인이 EEEE에 쟁점부동산을 000원에 매도한 것으로 인정하였고 이는 쟁점계약서 내용과 동일하게 추가로 EEEE 발행주식 00만주의 시가상당액을 지급할 의무가 있음을 인정한 것일 뿐으로 납부지연가산세의 기산일은 소유권이전일로부터 도래하는 예정신고ㆍ납부기한의 다음날로 보아야 한다.
• 다. 쟁점계약서의 계약 내용은 사후정산 조건부계약이 아니며 쟁점부동산의 소유권은 2016.2.12.(등기접수일) 매수인에게 이전되었고, 이후 EEEE에 2018.8.10.이전되었다(아래 “토지 등 등기사항증명서” 참조, 다만, CCCC 농지는 농지취득 자격 문제로 매수인이 보유하고 있다).(생략) 1) 청구인은 매수인과 쟁점계약서를 작성하고 쟁점부동산 매매계약서상 양도금액으로 관련 양도소득세를 신고하였는데, 동 행위가 조세범칙조사심의위원회에서 ‘무혐의’로 결정되어 사기·기타 부정한 행위에 해당하지 않는다고 한다. 그러나, 동 행위는 과세관청의 집행을 방해한 행위임에 틀림없으며, 쟁점계약서의 내용을 살펴보더라도 양도대금 지급과 관련 사후정산한다는 조건내용은 어디에도 없으며, 다만 EEEE 발행주식으로 대금을 지급함으로써 주식가치 증대를 위해 최선을 다한다는 상호양해각서 정도의 문구만 있을 뿐이다.

2. 청구인은 쟁점부동산의 취득(경락)대금을 100% 지급할 자금을 가지지 않은 상태에서 매수인의 도움으로 경매에 따른 매각대금을 지급할 수 있었는데, 청구인의 양도대금 수취와 관련한 쟁점부동산의 양도시기에 대하여 관련 법원 판례 등을 살펴보면, 서울행정법원 2014.11.26. 선고 2014구단435454 판결에서는 ‘전체 매매대금 중에서 미지급금이 차지하는 비중이 미미한 경우에는 대부분의 대금을 지급받은 날을 양도시기로 보는 것이 타당하다고 하면서, 소득세법제98조(양도시기), 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득시기)의 예외적인 사유를 적용할 수 있는 경우’에 대해 잘 표현하고 있다(아래 “판결문 내용 중 일부” 참조).(생략) 3) 청구인은 쟁점계약서를 작성하여 과세행정을 무시하였으며 청구인의 주장대로라면 양도시기의 자의적인 선택을 조장하여 과세형평을 해칠 우려가 있고, 청구인이 제시한 대법원 2002.7.9. 선고 2001두809 판결에서 소득의 귀속시기를 정하는 권리의 확정은 ‘소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부를 기준’으로 판단해야 한다고 판시하고 있는데, 이는 매수인의 미지급 행위를 말하는 것이 아니라 매수인의 경제적인 지급 능력을 말하는 것으로 쟁점부동산의 양도시기와는 관련이 없다.

4. 일반적인 부동산 매매거래처럼 청구인 본인의 자금 또는 일부 타인자본으로 쟁점부동산을 취득하고 쟁점계약서상 추가대금을 포함한 양도가액을 기준으로 정상적인 양도소득세 신고를 하였더라도 매수인이 지급한 쟁점부동산 경락대금(4,400,000,000원)만으로도 충분히 양도소득세를 납부할 수 있었다. <쟁점② 가산세 증액 경정 처분 관련>

• 라. 납부지연가산세를 당초 확정신고기한으로부터 기산하여 부과하였으나, 예정신고기한을 기산일로 하여 다시 부과한 처분은 정당하다.

1. 청구인은 국세기본법제26조의2제6항제5호를 적용하여 부과제척기간이 경과하였으므로 납부지연가산세를 다시 부과하는 것은 불가능하다고 주장하나, 국세기본법제26조의2제6항제1호에 따르면, 이의신청 등의 결정이 확정된 날로부터 1년간 특례제척기간이 적용되므로 납부지연가산세를 증액경정 가능하다고 판단된다.

2. 구 재정경제부장관이 본항의 입법 취지를 밝히면서 납세자가 자신에게 유리한 취소의 결정 또는 판결을 받았음에도 과세관청이 부과권이 없어 결정 및 환급 결정을 하지 못하는 것을 방지하기 위한 것이라고 밝힌 점, 조세법령에 관한 엄격해석원칙에 따르면 특례제척기간이 과세관청을 위하여 적용된다는 명시적인 규정이 없는 한 납세자를 위해서만 적용된다고 해석해야 하는 점 등에 있어 대법원 2012.10.11. 선고 2012두6636 판결, 대법원 2002.7.23. 선고 2000두6237 판결, 대법원 2002.1.25. 선고 2001두9059 판결에 따르면 납세고지의 위법을 이유로 과세처분이 취소되면 과세관청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 그 잘못을 바로잡아 다시 과세처분을 할 수 있다고 보고 있어 당초 납부지연가산세를 증액경정한 처분은 정당하다고 판단된다. <쟁점③ 쟁점금원의 양도가액 포함여부 관련>

• 마. 청구인은 매수인에게서 쟁점금원을 수령한 사실이 없다고 주장하지만 이는 사실이 아니다.

1. 청구인은 쟁점부동산 경매에 대한 입찰을 위해 입찰보증금 000원을 납부하고 000원에 쟁점부동산을 낙찰받았다. 이후 자금이 부족하여 잔금을 매수인이 대신 납부하였으며 이 사실은 약정금 소송과 관련된 판결문을 통해 확인된다(○○중앙지방법원 2021.6.3. 선고 2019가합○○○○ 약정금등 판결문 참조).(생략)

2. 청구인은 쟁점부동산의 양도대금 중 입찰금에 해당하는 쟁점금원(000원)을 청구인의 FFFF증권 계좌에서 000원을 인출하고 나머지 금액은 청구인이 보유하고 있던 예금에서 인출하여 합계 금액을 수표로 청구인의 관계회사인 BBBB에 입금하였으며 매수인이 입금한 내역 등이 확인되지 않으며 자력으로 상환하였다고 주장하고 있으나 이는 사실관계를 오인한 것이다.

3. 2019.5.21. 청구인이 제기한 1심 소송(○○중앙지방법원 2019가합○○○○, 약정금등 지급)과 관련하여 제출한 준비서면을 보면, 청구인은 스스로 2015.12.30. 경매 입찰 시 납부한 계약금을 지급받았다고 진술하였으며, 매수인도 이 사실에 대해 인정을 하였고 재판과정을 통해 청구인은 반론을 제기한 적이 없다.

4. 청구인은 쟁점계약서를 작성하고 쟁점부동산 매매계약서에 기재된 금액으로 양도소득세 신고를 하면서 과세관청의 양도소득세 결정을 방해하였다. 또한 재판과정에서는 매수인에게서 입찰보증금을 지급받았음을 스스로 인정하였고 이는 2심인 ○○고등법원 2021나○○○○(판결일: 2022.1.26.) 판결문에서도 확인이 가능하다.

• 가) 청구인의 주장과 같이 입찰보증금을 청구인의 자금으로 청구인이 운영하는 법인인 BBBB에 입금한 것이라면 쟁점부동산 관련 소송 시 청구인이 입금했음을 진술･주장했어야만 하나, 청구인은 매수인에게서 쟁점금원을 추가로 지급받을 이유가 전혀 없었다는 주장만 하는 것은 타당하지 않다.
• 나) 쟁점부동산의 양도대금은 1심 판결문(○○중앙지방법원 2021.6.3. 선고 2019가합○○○○ 판결)에 기재된 바와 같이 청구인이 매수인과 계약한 쟁점부동산 매매계약서의 내용을 제외하고 쟁점계약서를 보면, ‘DDDD은 입찰보증금과 소유권이전비를 부담해주고 매수한다’ 그리고, ‘EEEE에 쟁점부동산 양도 시 발생하는 차액으로 EEEE 발행주식 00만주(1주당 000원, 000원 상당)를 청구인 소유로 인정해주고, 그 차액에서 각종 비용을 공제하고 000원을 청구인에게 지급한다’라고 기재되어 있다.
• 다) 청구인이 이 건 쟁점부동산 매매와 관련 약정금 등 지급 소송을 제기하면서 소장에 기재한 내용을 부인하고 000원이 넘는 금액을 재판이 진행 중인 과정에서 이의를 제기하지 않았던 것을, 즉 ‘매수인도 지급하였다고 인정하고 있고 청구인이 3년여에 걸쳐 진행된, 3심에 이르는 수십 차례에 걸친 준비서면 제출 과정에서 진술한 내용’을, 이제 와서 번복하는 것은 청구인의 억지 주장에 불과하다[2019.11.12. 매수인 제출 준비서면 5쪽, 2020.5.6. 청구인 제출 준비서면 3쪽, 2021.8.30. 매수인 제출 준비서면 18～19쪽 참조).(생략)
• 라) 2023.2.20. 처분청은 양도소득세에 대한 조세범칙조사 기간 중 청구인을 상대로 법원에서 증거 능력으로 인정받는 심문조서를 징취(작성)하였으며, 이 심문조서에도 청구인은 위 소송 판결내용과 같이 동일하게 입찰보증금을 매수인에게서 보전받았음을 진술하였다(아래 “심문조서 내용” 참조).(생략)
• 바. 한편으로, 청구인은 처분청에서 금융증빙 확인이 불가능한 점을 이유로법원(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결)이 확인한 기초적인 사실을 부인함과 아울러 사실관계를 왜곡하고 있다.

1. 즉, 청구인은 1심 소송(2021.6.3. 선고 ○○중앙지방법원 2019가합○○○○ 판결) 시 준비서면에서 관련 자료를 제출하였으나, 1심 법원에서는 청구인의 주장이 확인되지 않아 인정하지 아니하였다.(생략)

2. 2019.

21. 청구인은 ○○중앙지방법원에 쟁점계약서와 관련 약정금 등 지급의 소를 제기하였고, 청구인과 매수인은 아래와 같이 40여 차례에 걸쳐 준비서면과 반박서면을 주고받았는데, 청구인은 쟁점금원을 매수인에게서 수취하였다고 한 것은 착오로 인해 잘못 주장한 것이라고 하는데, 이는 청구인이 사실관계를 왜곡하는 것에 불과하다.(생략)

• 사. 이와 같은 사실관계를 볼 때, 청구인이 매수인과 쟁점부동산 매매계약 시부터 입찰보증금을 지급받기로 한 것을 두고, 청구인 본인 자금으로 충당하였다고 주장하는 것은 사실과 전혀 다름을 알 수 있다.

• 가. 쟁 점

① 납부지연가산세는 소송 판결을 통해 양도가액이 확정되는 경우 그 판결 확정일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날부터 기산하여 계산해야 한다는 청구주장의 당부

② 불복진행 과정 중 처분청이 직권으로 한 가산세 증액경정처분은 국세부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것으로 위법하다는 청구주장의 당부

③ 쟁점금원은 양도가액에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 <쟁점① 납부지연가산세의 기산일 관련> 1) 국세기본법 제45조 【수정신고】(2022.12.31. 법률 제19189호로 개정된 것)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2019.12.31>

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 2) 국세기본법 제47조의4 【납부지연가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.29>

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31, 2020.12.22>

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. 3-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등】(2023.2.28. 대통령령 제33276호로 개정된 것)

① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2019.2.12, 2021.2.17>

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 소득세법 시행령 제118조의5제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

② 법 제48조제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다. <개정 2019.2.12>

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조제1항의 경우만 해당한다)

③ 제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다. <개정 2019.2.12>

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다. <개정 2019.2.12.> 4) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정된 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.29>

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 5) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 6) 소득세법 제96조 【양도가액】(※ 쟁점③ 쟁점금원, 양도가액 여부 관련)

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. <개정 2016.12.20.>

② 삭제 <2016.12.20.> 6-1) 양도소득세 집행기준 96-0-3 【현물출자하는 경우 실지거래가액】 거주자가 공동사업을 경영할 것을 약정하는 계약에 의해 종전주택과 딸린 토지를 현물출자하는 경우 실지거래가액은 실지 거래대금 또는 거래당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다. 7) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. <개정 2010.12.27> 7-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. <개정 2014.2.21, 2015.2.3>

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

⑧ 법 제95조에 따른 양도가액의 수입시기에 관하여는 법 제98조 및 이 조 제1항을 준용한다. <개정 2010.12.30.> 7-2) 소득세법 기본통칙 39-0…17【법원판 결에 의하여 지급되는 손해배상금 등의 귀속연도】 법원의 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등의 귀속연도는 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다. 이 경우 “법원의 판결이 확정된 날”이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음 날로 한다. <개정 2011.3.21> 8) 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

① 제94조제1항 각 호(같은 항 제3호다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2014.12.23, 2016.1.19, 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31, 2020.12.29>

1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제10조제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. 9) 소득세법 제106조 【예정신고납부】

① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 이 장에서 "예정신고납부"라 한다. <개정 2020.12.29> <쟁점② 가산세 증액 경정 처분 관련> 10) 국세기본법 제22조의3 【경정 등의 효력】

① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 11) 국세기본법 제26조의2 【국세의 부과제척기간】

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. <개정 2019.12.31>

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다. <신설 2019.12.31>

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.22, 2021.12.21, 2022.12.31>

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의3. 형사소송법에 따른 소송에 대한 판결이 확정되어 소득세법 제21조제1항제23호 또는 제24호의 소득이 발생한 것으로 확인된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31> 11-1) 국세기본법 시행령 제12조의3 【국세 부과제척기간의 기산일】

① 법 제26조의2제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

• 다. 사실관계

1. 청구인이 2014.10.20. ○○지방법원 2013타경○○○○ 임의경매에 참가하여, 법원에서 낙찰(매각허가결정)받은 토지 및 건물 내역은 다음과 같으며, 낙찰대금은 000원(매각보증금액 000원, 대금지급기한: 2016.2.12. 16:00)으로 확인된다(“2016.5.31. CCCC 농지 양도소득세 신고 시 첨부자료” 참조).(생략)

• 가) 취득세 등 비용은 총 000원으로, 내역은 등록세ㆍ교육세 000원, 법무사보수료 등 비용 000원이다.
• 나) 청구인의 쟁점부동산 취득 관련 경매(○○지방법원 ○○지원 2013타경○○○○)정보 주요내용은 다음과 같다.(생략)

2. 쟁점부동산의 취득 및 양도과정을 거래일자별로 정리하면 다음과 같다.(생략)

3. 2016년 과세연도 쟁점부동산 양도와 관련 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 내용은 다음과 같다.(생략)

4. 처분청은 청구인의 2016년 과세연도 양도소득세 과소신고와 관련 당초 경정 시 부정무신고가산세를 적용(2016.2.12. 소유권이전분에 대해 2016.5.31. 기한 후 신고)하면서, 조세범처벌법제3조의 규정에 따른 조세포탈에 해당하는지에 대해 ○○지방국세청 조세범칙조사심의위원회에 회부하였는데, 2023.6.1. 동 위원회에서 ‘무혐의’로 결정함에 따라, 처분청은 부정무신고가산세(40%)를 일반무신고가산세(20%)로 경정하였다.

5. 쟁점부동산 양도와 관련 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점부동산 매매계약서와 쟁점계약서의 계약내용은 다음과 같다.

• 가) 쟁점부동산 중 CCCC 토지건물 매매계약서(2015.12.12. 작성)(생략)
• 나) 쟁점부동산 중 CCCC 농지 매매계약서(2016.3.12. 작성)(생략)
• 다) 쟁점계약서[EEEE 발행주식 00만주와 000원 관련](2015.12.22. 작성)(생략)

6. 처분청이 제출한, EEEE 발행주식에 대한 압류와 추심ㆍ세금납부에 대한 진행내용은 다음과 같다.(생략)

7. 청구인과 매수인 간에는 쟁점부동산의 매매대금 지급과 관련[정확히는, 쟁점금원과 쟁점계약서상 추가로 지급하기로 한 EEEE 발행주식 00만주와 000원 관련이다] 소송이 진행되었다.

• 가) 관련 소송인 2심 ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○(약정금 등) 판결문상에서 확인되는, 청구인과 매수인 간에 이루어진 쟁점부동산 거래와 관련 매매계약 당시 상황, 매매계약 및 매매가액 등에 대한 내용은 아래 나), 다)와 같다.(생략) 나) 동 판결내용에 따라 처분청은 쟁점부동산의 양도대금을 000원으로 확정하였다.(생략)
• 다) ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결내용(생략)

8. 처분청이 사전열람 후 추가로 제시한 의견은 다음과 같다. <쟁점① 납부지연가산세 관련>

• 가) 청구인은 2016.2.12. 매수인 명의로 쟁점부동산의 소유권이전 등기를 이행하였고 쟁점계약서에는 소유권이전 등기 즉시 매수인이 EEEE에 전매하기로 명시되었으며, 청구인은 쟁점계약 내용을 제외하고 양도소득세를 신고하였다.

(1) 쟁점계약은 청구인과 매수인이 쟁점계약에 의한 합의 사항으로 양도대가인 주식대가도 명의신탁하기로 한 사실, 매수인이 EEEE에 전매하기로 한 차익을 청구인과의 합의로 결정하는 것은 상거래 관행상 정상적인 양도 거래가 아니므로 쟁점부동산 매매거래는 사후정산 조건부계약이나 조건부계약에 따른 매매거래가 아니다. (2) 따라서, 쟁점부동산 매매거래에 따른 그 과세표준과 세액은 쟁점부동산 매매계약서에 따라 확정된 것으로, 청구인이 주장하는 바와 같이 사후정산 조건부계약 등에 따라 양도대금이 추후 확정된 것으로 보아 납부지연가산세 기산일을 대법원 확정판결일로 한다거나 가산세를 감면할 정당한 사유는 없다(앞의 심리자료상 “쟁점계약서” 참조).

(3) 그리고, 매수인이 재판 내내 일관되게 주장했지만 판결에서 인정받지 못했던 ‘형사 사건에서의 유리한 진술’을 이유로 채무 이행을 거절하였을 뿐이며 쟁점부동산 매매계약이 사후정산 조건부계약이라거나 조건부계약이라고 볼 수는 없는 것이고, 청구인은 2016.2.12. 쟁점부동산을 소유권이전하고 2016.6.1. 쟁점부동산 매매계약서만으로 양도소득세를 신고하였는바, 납부지연가산세의 기산일을 대법원 확정판결일이라고 하는 청구주장은 이유없다.

• 나) 처분청이 본 처분이 유효한 근거로 제시한 국세기본법제26조의2에 따른 판결일을 기준으로 부과제척기간을 정한 것은 과세관청에서 재판을 통해 사실관계가 확인된 경우 그에 따라 과세하도록 한 것이지 납부지연가산세의 기산일을 법원판결일로 하라는 의미는 아니다.(생략)

(1) 예를 들어 기한 없이 소유권이전 등기 후 10년 또는 20년이나 지나 사후정산을 한다거나 양도시기 및 납부지연가산세의 기산일을 판결일 또는 지급일로 정한다면 소득세법제98조, 같은 법 시행령 제162조에 정한 대금청산일이 불명한 경우 등기접수일로 명시한 규정한 취지에 어긋나는 것이다.

(2) 청구인이 제시한 판례(붙임1. “청구인 제시 판례 등” 참조)를 살펴보면, 쟁점부동산 매매거래와 사실관계가 다른 판례로 이를 근거로 납부지연가산세 기산일을 대법원 판결일로 판단하는 것은 법리를 오인한 것에 불과하다(아래 “처분청 제시 판례 등” 참조).(생략) <쟁점

③ 쟁점금원의 양도가액 포함여부 관련> 다) 법원에서는 낙찰대금을 초과하는 비용(부동산 취득비용)을 매수인이 지급하였음을 이유로 입찰보증금도 청구인이 지급받은 것으로 판단하였다. 이는 ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결(아래 “판결문 내용” 참조)에서도 확인된다.(생략)

(1) 판결에서 쟁점계약서 내용과 관련하여 차액계산 시 매수인이 지급한 금액에 포함하여 계산한 사실로 보아 청구인의 주장대로라면 청구인은 437백만원을 덜 지급받았는 의미인데 이는 인정되지 않았으며, 청구인이 제출한 자료가 단지 청구인이 운영하는 법인에 차입금을 상환한 자료라는 청구인의 주장을 뒷받침할 수 없다.(생략)

(2) 약정금 소송 전 매수인이 청구인에게 지급한 대금은 000백만원이 아닌 000백만원임이 1심과 2심 판결을 통해 확인(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결문 내용 중 “1. 기초사실–다.-3)” 참조)되므로 청구인의 주장은 이유 없다.

• 라. 판단

1. 납부지연가산세는 소송판결 확정일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날부터 기산하여 계산하는 것인지

• 가) 관련 법리

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고 그와 같은 제재는 납세자에게 그 의무를 이행하지 못한 데에 이를 정당화할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것인바, 쟁점토지의 양도시기인 소유권이전 등기일이 속하는 과세연도 확정신고 시까지는 그 구체적인 양도가액을 알 수 없는 불확정 상태에 있었고, 추후 양도가액이 확정되어 정상적으로 세무신고를 이행한 부분에 대하여 가산세를 부과하는 것은 세법상의 의무불이행에 대한 행정상의 제재로서 부과되는 가산세 제도의 기본취지에 부합된다고 보기 어려우므로 처분청이 추가 신고한 양도가액에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다(조심 2008중2578, 2009.2.26., 국심 2007서5079, 2008.4.25. 참조).

(2) 거주자가 소유하는 토지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 공익사업의 시행자에게 수용되어 사업시행자 명의로 소유권이전 등기하고, 소유권이전 등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 이의신청 또는 행정소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 증액된 보상금의 수령일(증액 보상금의 수령일 전에 공탁한 경우 그 공탁일)이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 국세기본법제45조에 따라 과세표준수정신고서를 제출하고, 동시에 추가 자진납부하는 경우에는 국세기본법제48조제1항에 따라 신고․납부불성실가산세가 적용되지 아니하는 것이다(부동산거래관리과-269, 2012.5.10. 참조).

• 나) 납부지연가산세는 소송 판결을 통해 양도가액이 확정되는 경우 그 판결 확정일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날부터 기산하여 계산하는 것인지에 대한 판단

(1) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 추가로 지급받은 양도대금 000원에 대한 양도소득세 납부지연가산세의 기산일은 대법원 확정판결일인 2022.6.16.이 속하는 달의 말일부터 2개월이 경과한 2022.9.1.로 봄이 타당하다.

① 청구인은 2014.10.20. 경락받은 쟁점부동산을 매수인에게 소유권이전 등기해 주기로 하는 쟁점부동산 매매계약을 2015.12월경 체결한 후, CCCC 토지건물은 2016.2.12. 소유권이전 등기해 주고, CCCC 농지는 2016.4.28. 소유권이전 등기해 준 사실은 앞서 살펴본 사실관계와 같다.

② 매수인은 2015.12.22. 청구인에게서 쟁점부동산을 소유권이전 등기받은 후, EEEE에 양도하면 그 차액으로 EEEE 발행주식 14만주와 각종 비용을 공제하고 남은 차액에 대해서 000원을 지급하기로 하는 쟁점계약서를 작성해 준 사실은 ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○(약정금 등) 판결내용에서 살펴본 사실관계와 같다.

③ 청구인은 매수인이 2018.8.10. 쟁점부동산 중 CCCC 토지건물을 EEEE에 소유권이전 등기한 사실을 확인하고[매수인은 EEEE에 CCCC 토지건물과 농지를 포함한 쟁점부동산을 000원에 매도한다는 매매계약서를 2016.4.25. 체결하였다], 쟁점계약서에 따른 계약이행[EEEE 발행주식 00만주 인도 의무 이행과 현금 000원 지급 이행]을 청구하였으나, 매수인이 이를 이행하지 않음에 따라, 2019.5.21. 약정금 등 지급을 구하는 소를 제기하여 동 소송은 1심(○○중앙지방법원 2021.6.3. 선고 2019가합○○○○ 판결), 2심(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결)을 거쳐 2022.6.16. 대법원2022다○○○○ 확정판결을 통해 매수인은 청구인에게 EEEE 발행주식 14만주의 시가상당액 000원을 지급하게 되었다.

④ 처분청은 2023.5.16. 매수인에게 기압류한 청구인에 대한 미지급채권(청구인 체납세액 000원 상당액)의 추심을 요청하였고, 매수인은 동 요청에 따라 같은 날 청구인 체납세액을 납부한 사실은 앞서 살펴본 사실관계와 같다.

⑤ 청구인과 매수인 간에 작성(체결)한 쟁점부동산 매매계약서와 쟁점계약서 내용, 관련 법원판결문(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결) 내용에 비추어 살펴보건대, 2016.2월경 청구인이 매수인 명의로 소유권이전 등기해 준 쟁점부동산의 양도가액은 매수인이 향후 실현할 쟁점부동산의 매매차익 규모에 따라 결정되어지는 불확정 상태에 있었던 것으로 보인다.

⑥ 그리고, 2018.8.10. 매수인이 쟁점부동산 중 CCCC 토지건물을 EEEE에 소유권이전 등기[매수인과 EEEE 간 체결한 쟁점부동산 매매계약서에는 쟁점부동산 전체 매매가액이 000원으로 확인된다]해 준 후, 청구인의 매수인에 대한 약정금 등 지급의 소를 통해 2022.6.16. 추가로 지급받을 양도대금 000원[EEEE 발행주식 14만주의 시가 상당액]이 최종적으로 확정된 것으로 보인다.

⑦ 아울러, 현실적으로 추가로 확정된 양도대금 000원에 대한 양도소득의 과세표준 및 세액의 신고는 2022.6.16. 이후에나 가능할 수 있을 것으로 보이고, 이러한 경우 처분청은 2022.6.16.이 속하는 달의 말일부터 2개월(예정신고기간)이 되는 날(2022.8.31.)까지 기다렸다가 양도소득세 미납부에 대한 가산세를 부과할 수 있는 것으로 봄이 합리적이다(부동산거래관리과-269, 2012.5.10. 등 참조).

⑧ 위의 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 이 건 양도소득세의 납부지연가산세 기산일을 쟁점부동산의 소유권이전 등기일인 2016.2.12.이 속하는 달의 말일부터 2개월이 지난 2016.5.3.로 본 것은 타당하지 않다고 판단된다.

(2) 따라서, 이 건 양도소득세 납부지연가산세의 기산일은 대법원 확정판결일인 2022.6.16.이 속하는 달의 말일부터 2개월이 지난 2022.9.1.로 봄이 타당하므로, 당초 납부지연가산세의 기산일을 2016.5.3.로 본 처분청의 결정은 잘못이 있다고 판단된다.

2. 불복진행 과정 중 한 가산세 증액경정처분은 국세부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것인지 쟁점① 납부지연가산세는 대법원 확정판결일(2022.6.16.)이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날의 다음날부터 기산하여 계산하는 것으로 결정이 되었으므로, 이 건 가산세 증액경정처분의 위법ㆍ부당여부는 더 나아가 살펴볼 필요가 없어 심의제외한다.

3. 쟁점금원은 양도가액에서 제외되어야 하는 것인지

• 가) 관련 법리 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것, 이하 같다)제96조제1항에서는 “제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다”라고 규정하고 있다.
• 나) 쟁점금원은 양도가액에서 제외되어야 하는 것인지에 대한 판단

(1) 앞서 살펴본 심리자료에서 인정되는 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점금원은 약정금 등 지급 소송에서 쟁점부동산의 양도대금으로 확정되었는바, 쟁점금원을 쟁점부동산의 양도가액에 가산한 처분청의 결정은 타당하다.

① 쟁점부동산 양도와 관련 약정금 등 지급 청구소송인 2심 ○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결문을 살펴보면, 청구인은 매수인에게서 선납한 경매입찰보증금 000원을 보전받는 명목으로 쟁점금원을 지급받은 것으로 기재되어 있다.

② 이후 2심 진행과정에서 쟁점금원은 쟁점계약서상 매수인이 얻은 차액이 얼마인지를 산정할 때 당초 청구인이 받은 쟁점부동산 매매대금에 포함된 후 손해배상액 산정에 이르는 과정 전반에 걸쳐 쟁점부동산 매매대금에서 제외된 사실이 없는 것으로 확인된다(○○고등법원 2022.1.26. 선고 2021나○○○○ 판결 참조).

③ 그리고, 청구인과 매수인 간에 다투어진 이 건 약정금 등 지급 소송에서는 쟁점부동산의 매매대금 명목으로 청구인이 매수인에게서 지급받은 것으로 확정되었고, 이에 대한 매수인 또는 청구인의 신빙성 있는 증빙자료의 제시가 없어 쟁점부동산 매매대금에서 쟁점금원을 제외하기는 어려워 보인다(서울행정법원 2007.8.21. 선고 2007구단1166 판결 등 참조).

(2) 따라서, 쟁점금원을 쟁점부동산 양도대금에서 차감해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.