양도가액, 취득가액, 기타 필요경비 산정에 오류가 있는지

A세무서장이 2023.6.1. 청구인에게 한 2020년 과세연도 양도소득세 105,175,289원의 부과처분은 건물 B 가동의 취득가액은 84,697,360원으로, 건물 C 가‧나동의 취득가액은 32,137,080원으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구인은 아래 표와 같이 7건의 부동산(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 2020.3.23.부터 2020.12.9.까지 총 3차례에 걸쳐 공익사업 시행에 따른 수용을 원인으로 한국토지주택공사에 양도하였다. <표>
• 나. 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대해 예정신고(3차례), 확정신고 및 수정신고(2차례)를 이행하였는데, 2022.3.10. 양도소득세 최종 수정신고시 양도가액 6,937,187,985원, 취득가액 694,502,430원, 기타필요경비 43,841,620원, 감면소득금액 418,839,291원, 산출세액 1,610,148,050원으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 2023.6.1. 청구인의 2022.3.10.자 양도소득세 수정신고에 대해 감면대상소득금액 계상 오류, 취득가액 및 기타필요경비 과다계상을 사유로 양도소득세 110,970,709원(가산세 포함)을 고지(이하 “1차 증액경정” 이라 한다)하였는데, 2023.8.18. 이의신청 일부 인용 결정에 따라 2023.8.28. 5,795,420원을 감액하여 최종 105,175,289원(가산세 포함, 이하 “2차 감액경정” 이라 한다)을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.11.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 양도가액, 취득가액, 기타 필요경비 산정에 오류가 있다.

1. 양도가액 관련 처분청은 수용사실확인서에 따라 건물(B 가‧나동, C 가‧나동)의 수용가액이 240,991,420원이라고 주장하나, 수용사실확인서를 면밀히 살펴보면 수용가액이 233,549,900원임을 알 수 있다.

2. 취득가액 관련 가) 토지 B 330㎡의 취득가액 은 상속 개시일의 기준시가인 264백만원으로 인정되어야 한다. 청구인의 자료는 한정되어 토지 B 132㎡의 증여가액과 토지 B 198㎡의 상속가액을 확인할 수 없다. 청구인의 한정된 자료에 의하면 토지 B 132㎡는 2003.9.5. 토지 198-17(B로 합병되기 전의 지번)을 수증하였다는 것, 토지 B 198㎡는 2005.3.16. 상속으로 취득하였다는 것, 수증과 상속 모두 공시지가로 이루어졌다는 것, 이 두 필지는 2012.11월 합병되어 B의 330㎡가 되었다는 것이다. 나) 건물(B 가‧나동, C 가‧나동)의 취득가액 은 수증, 신축 당시의 기준시가로 인정되어야 한다. 위 가)와 마찬가지로 청구인의 자료가 한정되어 건물의 증여가액을 확인할 수 없고, 청구인의 한정된 자료에 의하면 건물 B 가동은 2003.9.15. 수증하였다는 것, 건물 B 나동은 2006.7월 신축으로 취득하였다는 것, 건물 C 가‧나동은 2003.12.1. 수증하였다는 것, 수증과 신축 취득은 기준시가로 이루어졌다는 것이다.

3. 필요경비 관련 쟁점부동산 취득에 소요되었던 취득세 및 등록세가 모두 필요경비로 인정되어야 하고, 쟁점부동산 취득에 소요되었던 등기비용은 일체 반영되지 않았음을 처분청은 인지하여야 한다.

• 나. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면액 산정에 오류가 있다. 청구인은 2020년 한차례, 2022년 한차례, 2년 사이에 모두 두 차례 보상을 받아 5년 2억원 한도의 공익사업용 토지 등 에 대한 양도소득세 감면이 가능하다. 따라서 2020년 보상에 대한 1억원 한도, 2022년 보상에 대한 1억원 한도(814만9천원)의 세액감면이 반영되어야 한다. 처분청은 수용을 기준으로 세 감면을 하여야 한다고 주장하나, 이는 뜬 구름 잡는 이야기이다. 2년 동안 한번의 수용이 있었을 뿐이며, 이에 따라 세 감면은 1억원 한도라는 것인데, 처분청은 일반적으로 대한민국에 살면서 자신의 부동산이 국가에 의해 강제로 수용되는 경우가 평생에 몇 번 있을 수 있는가를, 즉 청구인의 부동산이 2023년에 국가에 의해 강제로 수용되고 청구인은 다른 지역으로 옮겨 살면서 5년 이내에 청구인의 부동산이 또 국가에 의해 강제로 수용되는 경우가 실제로 발생 가능한 것인지 곰곰이 생각하여야 한다.
• 다. 가산세 부과는 부당하다. 청구인은 2020.5월 양도소득세 예정신고 및 납부를 시작으로 확정신고 및 소송을 통하여 추가 보상금을 수령한 후 수정신고를 성실히 이행하였다. 2022.3월 수정신고를 한 후 2023년이 되어도 관할세무서는 일체의 연락이 없었다. 청구인이 2023.2월경 처분청에 전화하여 확인하였고, 그 당시의 담당자 F 조사관이 그 결과를 청구인에게 통보하여 준다고 하였으나, 연락이 없어 다시 처분청에 전화하였으나 F 조사관이 입원하여 약 한달 후 출근한다고 하였다. 이에 약 한달 후 전화하였으나 F 조사관은 근무가 불가하다는 답변을 받았고, 그 후 2023.4월경 동 업무를 G 조사관이 인수하여 현재에 이르렀다. 따라서 청구인은 신고 및 납부에 전혀 해태한 사실이 없는 바, 과소신고가산세나 납부지연가산세를 부과하는 것은 부당하다. 오히려 처분청이 청구인의 신고 및 납부에 대하여 전혀 신경도 쓰지 않고 있다가 청구인의 전화독촉으로 마치 큰 탈세를 적발한 것처럼 하였으며, 청구인이 성실하게 신고‧납부한 것과 달리 처분청은 졸속으로 업무를 처리하였다.

• 가. 양도가액, 취득가액, 기타 필요경비 산정에 오류가 없다.

1. 양도가액 관련 청구인은 이의신청 시 총 양도가액 6,921,301,420원을 주장하여 처분청은 이를 인용, 2023.8.28. 해당 양도가액을 6,921,301,420원으로 경정결정하였음에도 처분청의 양도가액이 정확히 반영되지 않았다고 주장하고 있다. <표> 청구인이 이의신청 대비 심사청구 시 추가 감액을 주장하고 있는 7,441,520원은 위 표 연번 5∼7번 건물 B 및 건물 C의 양도가액에 기인한 것인데, 청구인이 제출한 토지 등 수용사실 확인서(2020.12.11.)에 의해 해당물건의 수용가액은 이의신청 시 주장한 240,991,420원으로 확인되기에 청구인의 이 건 심사청구에서 변경된 주장은 인정할 수 없다.

2. 취득가액 관련 청구인은 처분청이 취득가액을 정확히 계산하지 않았다고 주장하여 검토한 바, 처분청이 결정한 취득가액과 청구인의 심사청구 시 주장하는 취득가액은 ①토지 B 330㎡(132㎡+198㎡) 취득가액 및 ②건물 B 및 C의 취득가액에서 차이를 보인다. <표> 가) 토지 B 330㎡ 취득가액 264백만원의 인정여부

(1) 청구인은 토지 B 330㎡의 취득가액이 그 취득 원인일인 상속개시일(2004.12.16.) 당시의 기준시가 800,000원/㎡를 반영하여 계산한 264백만원이라고 주장하고 있다. (2) 소득세법 시행령제163조 제9항에 의하면 상속 또는 증여받은 자산에 대해 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(동법 제76조에 따라 세무서장 등이 결정⸳경정한 가액이 있는 경우 그 결정⸱경정한 가액으로 한다)을 취득 당시의 실지거래가액으로 보도록 규정하고 있다. (3) 토지 B 330㎡ 중 132㎡는 나머지 198㎡와 그 취득시기 등을 달리하는 바, 132㎡는 2003.9.15. 증여를 원인으로 취득하였고, 198㎡는 2004.12.16. 상속을 원인으로 각각 취득하였다. (4) 따라서 토지 B 330㎡ 중 132㎡의 취득가액은 증여시점인 2003.9.15.를 기준으로 평가하여 증여세 신고‧결정된 36,960,000원이므로, 132㎡의 취득가액을 나머지 198㎡와 같이 상속개시일(2004.12.16.)을 기준으로 평가(105,600,000원) 하여 토지 B 330㎡의 총 취득가액을 264백만원으로 인정해 달라는 청구인의 주장은 인정할 수 없다.

(5) 한편 청구인은 토지 B 330㎡에 대한 양도세 예정신고(2020.6.1.) 시 그 취득가액을 195,360,000원(132㎡ 36,960,000원, 198㎡ 158,400,000원)으로 신고하여 처분청의 이 사건 처분내용과 동일하며, 동 토지에 대한 증여‧상속세 신고내용은 관할세무서에서 확인 가능하다. 나) 건물 B 가동 및 C 가‧나동의 취득가액 인정여부

(1) 청구인은 건물 B 가동(2003.9.15. 증여취득) 및 C 가‧나동(2003.12.1. 증여취득)의 취득가액이 당시 건물 기준시가인 84,697,360원 및 32,137,080원이라고 주장하고 있다. * 건물 B 나동은 청구인이 신축한 건물로 환산취득가액으로 신고함

(2) 상속 또는 증여받은 자산의 실지거래가액은 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(동법 제76조에 따라 세무서장등이 결정⸳경정한 가액이 있는 경우 그 결정⸱경정한 가액으로 한다)을 취득 당시의 실지거래가액으로 보도록 규정하고 있다.

(3) 청구인은 2003.9.15. 수증한 건물 B 가동에 대해서는 2003.9.25.자 증여세 신고 시 증여재산가액을 36,132,360원으로 하였으며, 2003.12.1. 수증한 건물 C 가‧나동에 대해서는 2003.12.4.자 증여세 신고 시 증여재산가액을 20,504,640원으로 평가하여 신고하였던 바, 당시 관할 과세관청은 이를 모두 시인하여 증여세를 결정하였다.

(4) 또한, 청구인은 양도소득세 예정 및 확정신고 시에는 건물 B 가동 및 건물 C 가‧나동의 증여세 신고서 상 평가액(36,132,360원 및 20,504,640원)을 각각의 취득가액으로 하여 정상적으로 신고하였음에도, 이 건 심사청구 시 각 건물의 취득가액을 증여 당시 기준시가(84,697,360원 및 32,137,080원)로 인정해 달라는 청구인의 주장은 타당하지 않다(해당 건물의 증여세 신고내용은 관할세무서에서 확인 가능하다).

3. 필요경비 관련

• 가) 취‧등록세 경비 계산의 적정성

(1) 청구인은 필요경비가 정확히 반영되지 않았다고 주장하고 있는데, 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 확정(수정)신고 시 필요경비 43,841,620원을 계상하였으며, 이 중 14,271,020원은 양도자산 C 손실보상금 행정소송과 관련된 변호사비용이고, 나머지 29,570,600원은 최초 양도 분 예정신고(2020.5.27.) 시 제출한 지방세 납부확인서 1,373,590원 외 증빙 없이 계상된 경비이다.

(2) 한편 청구인이 이의신청 시 제출한 지방세 납부액 25,388,620원 중 건물 B 나동에 대한 취‧등록세 365,860원에 대해서는 양도소득세 신고 시 해당건물에 대한 취득가액을 환산가액으로 신고하였기에 경정결정 시 개산공제액(취득당시 기준시가의 3%)을 적용하였을 뿐으로, 청구인이 이의신청 시 지방세 납부내역서를 제출하며 주장한 취‧등록세 25,388,620원 중 개산공제로 반영 부분(365,860원) 외 25,022,760원은 경정결정 시 반영되었기에(필요경비 전체 41,761천원 계상) 취‧등록세가 필요경비로 인정되지 않았다는 취지의 청구 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 결국 처분청은 아래 표와 같이 청구인의 필요경비 인정 요청금액 39,660천원보다 큰 금액인 41,761천원으로 기 경정결정하였기에 청구인의 필요경비를 인정하지 않았다는 주장은 인정할 수 없다. <표>

• 나) 등기비용 반영 관련 쟁점부동산 취득 시 소요된 경비는 증빙 제출 시 필요경비로 인정될 수 있는 사항이나, 청구인은 취‧등록세 및 행정소송 관련 변호사 비용 외 필요경비 관련 어떠한 자료도 제출하지 않고 있다.
• 나. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면은 적절히 반영되었다. 쟁점부동산은 DE1 공공주택지구 사업(국토교통부고시 제2018-490호)과 관련하여 공공주택특례법에 의해 수용된 토지로 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】에 의거 세액감면 대상에 해당되며, 조세특례제한법제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】에 의거 1년 1억원, 5년 2억원 한도의 세액감면이 가능하다. 쟁점부동산은 2020년 1년 동안 3차례 걸쳐 수용되었으며, 청구인은 행정소송으로 2022년도에 추가 보상(81,490,000원)을 받았다. 청구인은 2020년 및 2022년에 보상을 받았기에 5년 2억원 한도의 세액을 감면 받아야 한다고 주장하나, 2022년도 보상은 2020년도 수용 건에 대한 추가보상에 불과하여 별도의 양도거래로 볼 수 없으며, 청구인의 양도물건은 2020년 한 해 동안 수용되었기에 조세특례제한법제133조에 의거 1년 1억원 한도의 세액을 감면함이 타당하다.
• 다. 가산세 부과는 정당하다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이나, 청구인은 2021.5.30. 해당물건의 양도 건에 대해 양도소득세 확정신고를 하며 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면’(조세특례제한법제77조)을 세액감면이 아닌 소득감면으로 418백만원 계상하고 예정신고에 비해 근거 없는 매입가액 증가 70백만원, 증빙 없는 필요경비 등을 계상하여 49,990,170원 환급이 발생하도록 신고하였으며, 2022.3.10. 수정신고를 하며 해당 오류를 바로잡지 못하고 손실보상금 행정소송으로 증액된 보상금 81,490,000원만을 증액하여 신고하여 환급세액 30,227,790원을 신고하는 등 청구인의 주장과는 다르게 성실히 신고하였다고 볼 수 없으며 과소신고에 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없다. 또한, 납부지연가산세는 조세행정의 원활과 조세부담의 공평을 기하기 위하여 조세법상 부과된 협력의무의 이행을 확보하고 납세자가 납부기한을 준수하지 않음으로 인하여 미납액에 대하여 얻을 수 있는 이자 상당의 이익을 박탈하는 것을 그 입법목적으로 하고, 납부기한 내에 자진납부한 자와의 형평을 고려하여 과소 납부한 세액에 대한 지연이자 성격인 점에 비추어 납부지연가산세를 부과하는 처분이 부당하다는 청구주장은 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 양도가액, 취득가액, 기타 필요경비 산정에 오류가 있다는 청구주장의 당부

② 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면액 산정에 오류가 있다는 청구주장의 당부

③ 가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 <쟁점① 관련> 1) 소득세법 제96조 【양도가액】 (2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다 음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정 으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액 을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항제1호나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하 는 금액의 합계액
• 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 3) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 (2020.5.26. 대통령령 제30704호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑥ 법 제97조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

• 가. 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조제1항제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

⑨ 상속 또는 증여(법 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 상속세 및 증여세법 제33조 부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정·경정한 가액이 있는 경우 그 결정·경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 4) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 <쟁점② 관련> 5) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 (2019.12.31. 법률 제16859호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 공공주택 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 6) 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 <쟁점③ 관련> 7) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 (이 면 이하 여백)

1. 쟁점부동산의 취득 및 양도 내역

• 가) 청구인은 당초 증여‧상속‧신축으로 취득한 쟁점부동산을 2020.3.23., 2020.9.23., 2020.12.9. 총 3차례에 걸쳐 한국토지주택공사에 공익사업(DE1 공공주택지구) 시행에 따른 수용을 원인으로 하여 양도하였는데, 쟁점부동산의 취득 및 양도 상세내역은 아래와 같다. <표>
• 나) 한편 청구인이 제출한 아래의 자료에 의하면, 청구인은 행정소송을 통해 DE1 공공주택지구와 관련한 손실보상금 81,490,000원을 추가로 지급받은 것으로 확인된다. <표>

2. 토지 등 수용사실확인서(2020.12.11.)에 의한 건물 B 및 C의 수용가액(양도가액)

• 가) 처분청은 건물 B 및 C의 양도가액을 240,991,420원으로 주장하고 있고, 청구인은 233,549,900원으로 주장하여 7,441,520원만큼의 차이를 보이고 있다.
• 나) 청구인이 제출한 토지 등 수용사실확인서(2020.12.11.)에 의하면 건물(지장물 포함)의 보상액은 총 240,991,420원으로 기재되어 있는데, 그 세부내역을 보면 ‘경기도 D시 E동 198-9, 7,441,520원’이 포함되어 있고, 동 보상액은 출입문, 담장 등 기타 지장물에 대한 것으로 확인된다.
• 다) 토지 198-9의 지적도 및 토지대장을 확인해 본 결과, 토지 198-9는 토지 C의 연접토지로 청구인이 동 토지도 2003.9.15. 취득하여 소유하다가 2009.9.25. 신OO에게 소유권이 이전되었으며, 2020.4.9. 한국토지주택공사에 소유권이 이전된 것으로 확인된다. <표> 3) 토지 B 132㎡ / 건물 B 가동 / 건물 C 가‧나동 취득가액 관련
• 가) 양당사자 주장 정리 토지 B 132㎡, 건물 B 가동, 건물 C 가‧나동 취득가액 관련 양당사자의 주장을 정리하면 아래와 같다. <표>
• 나) 청구인의 토지 B 132㎡, 건물 B 가동 증여세 신고내역

(1) 등기사항전부증명 및 국세통합전산시스템 조회결과에 의하면, 청구인은 2003.9.15. 토지 B 132㎡와 건물 B 가동을 배우자로부터 증여를 원인으로 취득하였고, 2003.9.25. 토지 B 132㎡의 증여재산가액을 36,960,000원으로, 건물 B 가동의 증여재산가액을 36,132,360원으로 각 신고하였으며, 신고 내용대로 결정된 것으로 확인된다. <표> (2) 토지 B 132㎡ 는 청구인이 2003.9.15. 증여로 취득할 당시 지번이 E동 198-16이었으나, 2006.3.17. E동 198-17로 합필되었다가 2012.11.1. 다시 E동 B로 합필되어 현재에 이른 것으로, 증여 당시 E동 198-16의 공시지가인 280,000원/㎡(2003.6.30. 공시)으로 평가하여 증여세 신고를 한 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 건물 B 가동 의 취득가액은 증여 당시 기준시가인 84,697,360원으로 인정되어야 한다고 주장하며 아래와 같은 국세청 홈택스 기준시가 조회자료를 제시하였는데, 처분청도 동 금액이 증여 당시 기준시가인 점에 대해 이견이 없다. <표> 청구인이 증여세 신고 시 건물 B 가동의 기준시가 84,697,360원보다 낮은 36,132,360원으로 신고한 이유는 확인할 수 없으나, 기준시가에 의하든 신고가액에 의하든 총 증여재산가액이 배우자 증여재산공제 한도 5억원에 현저히 못 미쳐 신고가액대로 결정한 것으로 추정된다.

• 다) 청구인의 건물 C 가‧나동 증여세 신고내역

(1) 등기사항전부증명 및 국세통합전산시스템 조회결과에 의하면, 청구인은 2003.11.17. 건물 C 가‧나동을 배우자로부터 증여를 원인으로 취득하였고, 2003.12.4. 아래와 같이 증여재산가액을 20,504,640원으로 하여 증여세 신고를 하였으며, 신고 내용대로 결정된 것으로 확인된다. <표>

(2) 청구인은 건물 C 가‧나동의 취득가액은 증여 당시 기준시가인 32,137,080원으로 인정되어야 한다고 주장하며 아래와 같은 국세청 홈택스 기준시가 조회자료를 제시하였는데, 처분청도 동 금액이 증여 당시 기준시가인 점에 대해 이견이 없다. <표> 청구인이 증여세 신고 시 건물 C 가‧나동의 기준시가 32,137,080원보다 낮은 20,504,640원으로 신고한 이유는 확인할 수 없으나, 기준시가에 의하든 신고가액에 의하든 배우자로부터의 2003.9.15. 및 2003.11.17. 증여재산 합계액이 배우자 증여재산공제 한도 5억원에 현저히 못 미쳐 신고가액대로 결정한 것으로 추정된다.

4. 기타 필요경비 관련

• 가) 청구인은 쟁점부동산 취득에 소요되었던 취‧등록세가 모두 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하며 아래와 같은 ‘위택스 전국지방세 납부내역서’를 제출하였다. <표>
• 나) 처분청은 쟁점부동산의 취‧등록세로 27,490천원을 인정하였는바, 위 표 연번 3∼9 합계 25,022천원은 그대로 인정하였고, 연번 1∼2는 건물 B 나 동에 대한 것으로 청구인이 동 건물의 취득가액을 환산가액으로 신고하여 관련 취‧등록세는 개산공제를 적용한 것으로 확인된다.
• 다) 청구인은 쟁점부동산 취득에 소요된 등기비용은 일체 반영되지 않았다고 주장하고 있으나, 이에 대한 증빙은 제출한 바 없다.
• 라. 판단

1. 쟁점①에 대한 판단

• 가) 관련 법령 소득세법제96조 제1항에 따르면, 자산의 양도가액은 실지거래가액에 의하도록 하고 있고, 같은법 제97조 제1항 제1호 가목, 같은법 시행령 제163조 제1항 제1호 및 제89조 제1항 제1호에 의하면, 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하되 취‧등록세, 기타 부대비용을 가산하도록 하고 있으며, 같은법 시행령 제163조 제9항에 의하면, 상속 또는 증여 받은 자산의 취득가액은 상속세 및 증여세법에 따라 평가한 가액으로 하되, 세무서장 등이 결정‧경정한 가액이 있는 경우 그 가액으로 하도록 규정하고 있다.
• 나) 양도가액, 취득가액, 기타 필요경비 산정에 오류가 있는지 에 대한 판단

(1) 위 법령과 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 청구인의 주장 중 건물 B 가동 및 C 가‧나동의 취득가액은 기준시가에 의해야 한다는 주장은 타당한 것으로 판단된다. (가) 우선 건물 B 및 건물 C의 수용가액(양도가액)과 관련하여, 청구인이 제출한 토지 등 수용사실확인서에 의하면 건물(지장물 포함)의 보상액은 총 240,991,420원으로 기재되어 있고, 동 보상액에는 경기도 D시 E동 198-9 소재 담장 등 지장물에 대한 보상액 7,441,520원이 포함되어 있는데, 토지 198-9의 지적도 및 토지대장에 의하면 토지 198-9는 토지 C의 연접토지로 청구인이 동 토지도 2003.9.15. 취득하여 소유하다가 2009.9.25. 신OO에게 소유권이 이전되었으며, 2020.4.9. 한국토지주택공사에 소유권이 이전된 것으로 확인되는 바, 토지 수용 당시 청구인 소유 토지 C와 신OO 소유 토지 198-9의 경계에 있던 출입문, 담장 등 지장물에 대해 청구인 소유로 판단하여 그에 대한 보상을 한 것으로 추정되므로, 7,441,520원도 청구인 소유 건물의 수용가액(양도가액)에 포함시키는 것이 타당하다. (나) 취득가액과 관련하여, 청구인은 토지 B 132㎡를 2003.9.15. 증여를 원인으로 취득하였고 2003.9.25. 증여세 신고시 공시지가인 280,000원/㎡(2003.6.30. 공시)에 신고하고 신고내용대로 결정되었으므로, 동 토지의 취득가액은 증여세 결정가액인 36,960,000원(132㎡×280,000원)으로 봄이 타당하다. (다) 한편, 건물 B 가동과 건물 C 가‧나동의 취득가액과 관련하여, 청구인은 2003.9.25.과 2003.12.4. 각 건물에 대한 증여세 신고 시 각 건물의 기준시가인 84,697,360원 및 32,137,080원보다 낮은 36,132,360원 및 20,504,640원으로 신고하고 신고가액 그대로 결정되기는 하였으나, 신고가액보다 기준시가가 각 건물의 취득 당시의 시가에 보다 부합하고, 각 건물을 기준시가로 평가하여도 총 증여재산가액이 배우자공제한도 5억원 내이므로 처분청으로서는 기준시가로 결정가능하였다고 하더라도 그렇게 할 실익이 없어 신고시인한 것으로 보이고, 각 건물의 취득가액을 신고가액이 아닌 기준시가에 의한다고 하더라도 조세 탈루와는 무관하므로, 각 건물의 취득가액을 기준시가로 봄이 타당하다. (라) 기타 필요경비와 관련하여, 처분청의 취‧등록세 필요경비 인정에 특별한 문제는 없어 보이고, 청구인은 쟁점부동산 취득에 소요된 등기비용을 인정해 달라고 주장만 하고 있을 뿐 관련 증빙은 제출하지 않고 있다.

(2) 따라서 처분청의 양도소득금액 산정 내역 중 건물 B 가동 및 C 가‧나동의 취득가액을 기준시가가 아닌 신고가액으로 한 것은 합당하지 않다고 할 것이다.

2. 쟁점②에 대한 판단

• 가) 관련 법령 조세특례제한법제77조 제1항 제1호 및 같은 법 제133조 제1항 제1호 및 제2항 나목에 의하면, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득은 양도소득세의 10%에 상당하는 세액을 감면하도록 하면서, 감면받을 양도소득세액의 합계액 중 ‘①그 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우 그 초과분과 ②5개 과세기간의 합계액이 2억원을 초과하는 경우 그 초과하는 부분 중 큰 금액’은 감면세액에서 제외하도록 규정하고 있다.
• 나) 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면액 산정에 오류가 있는지에 대한 판단 위 법령에 비추어 살펴보면, 이 사건에서 감면 대상 양도소득세는 산출세액의 10%로서 1억원 초과 2억원 미만이므로, 위 ①, ② 중 큰 금액은 ①감면 대상 양도소득세 중 1억원을 초과하는 부분이고 이를 제외하여 감면세액을 산정하는 것이 타당하므로, 처분청의 양도소득세 감면액 산정에 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 쟁점③에 대한 판단

• 가) 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다. 반면 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결 참조).
• 나) 가산세 부과가 부당한지에 대한 판단 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건에서 청구인이 주장하는 사정만으로는 취득가액, 기타 필요경비 과다 신고, 세액감면을 소득감면으로 오류 신고 등 신고‧납부 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로, 처분청의 가산세 부과처분에 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.