기존주택 취득의 경우 쟁점아파트가 2005.5.16. 사업시행인가를 받고, 2010.8.24. 관리처분계획인가를 받았으므로 이 사건 부칙조항(소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호) 제4항)이 적용되어, 결과적으로 주택의제 규정(소득세법 시행령 제155조 제16항)이 적용될 여지가 없어 주택이 아닌 조합원입주권을 취득한 것으로 보아야 함
기존주택 취득의 경우 쟁점아파트가 2005.5.16. 사업시행인가를 받고, 2010.8.24. 관리처분계획인가를 받았으므로 이 사건 부칙조항(소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호) 제4항)이 적용되어, 결과적으로 주택의제 규정(소득세법 시행령 제155조 제16항)이 적용될 여지가 없어 주택이 아닌 조합원입주권을 취득한 것으로 보아야 함
1. 처분청은 쟁점아파트의 최초사업시행인가일이 2005.5.16.이므로 청구인이 주택을 취득한 것이 아니라 조합입주권을 취득한 것으로 보았고, 쟁점아파트의 재건축 준공일인 2016.8.30. 신규주택을 취득한 것으로 보고 있으나 이는 잘못이다.
2. 청구인이 2008.4.16. 기존주택을 취득할 당시 기존주택은 2005.5.16. 사업시행인가를 받았으나 관리처분계획인가를 받지 않은 상태였다. 따라서 기존주택은 조합원입주권 상태가 아니었고 청구인은 조합원입주권이 아닌 주택을 취득한 것이다. 소득세법제95조 제2항은 ‘장기보유특별공제액’이란 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 같은 법 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있는바, 청구인은 소득세법제95조 제2항에 따라 기존주택을 주택인 상태로 3년 이상 보유하다가, 신규주택을 양도하였음에도 처분청이 2016.8.30. 신규주택을 취득하였다가 2년 이내에 양도한 것으로 보는 것은 법적 근거가 없는 것이다.
2. 처분청은 도시 및 환경주거정비법(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 사업시행인가가 동시에 관리처분인가에도 해당하므로 사업시행인가일인 2005.5.16.에 쟁점아파트 단지 내 주택들이 조합원입주권으로 전환되었다는 의견이나, 도시정비법은 2002.12.30. 법률 제6852호로 제정된 이래 주택재건축사업과 관련하여, 사업시행인가 절차와 관리처분계획인가 절차를 별도로 두고 있으며, 이 건 관련 쟁점아파트 재건축사업 역시 도시정비법에 따른 재건축사업으로서 사업시행인가일과 관리처분계획인가일이 별도로 존재하는 것이 명백하다. 그럼에도 처분청은 아무런 근거 없이 도시정비법에 따른 2005.5.16.자 사업시행인가가 동시에 관리처분계획인가에도 해당한다는 이유를 들어 이 건 처분이 적법하다고 주장하고 있는바, 이는 도시정비법의 체계에 정면으로 반하며, 아무런 법적 근거가 없는 주장이다.
3. 아울러, 처분청에서 청구인이 기존주택을 취득할 당시에 기존주택이 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었다며 근거로 제시한 소득세법 시행령제155조 제16항은 조합원이 특정한 조건(주택재건축사업의 경우 사업시행인가일 현재 기존주택을 소유하고 있는 자) 하에 보유 중인 조합원입주권을 양도할 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 간주하는 규정일 뿐 ‘기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기’에 관한 일반적인 규정이 아니다. 따라서 해당 규정에 따라 주택재건축사업에서의 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기를 ‘도시정비법에 의한 사업시행인가일’로 보는 것은 부당하다.
4. 또한, 처분청이 인용한 소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호) 제4항(이하 “이 사건 부칙조항”이라 한다)에서도 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.”고 하여, ‘1세대 1주택 특례적용 여부 판단’ 및 ‘양도차익의 산정’에 관하여만 종전의 규정에 의한다고 규정했을 뿐이며, 이를 개정 전 시행령 제155조 또는 제166조에 의해 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기를 일반적으로 판단해야 한다는 취지의 규정이 아니다.
2. 청구인은 2013.11.18. 제1차 관리처분계획변경인가일 시점에 건축계획 등을 변경하여 완전히 새롭게 분양신청을 받은 이후 1차변경인가의 내용대로 공급계약 체결 및 청산금 납부 등이 이루어졌으므로 기준주택의 조합원입주권으로 전환되는 시기는 최초 사업시행인가일(2005.5.16.)이 아닌 1차 관리처분계획변경인가일(2013.11.18.)로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점아파트의 주택재건축 정비사업을 주관하는 서초구청장이 발송한 공문을 확인한 결과, 2005.5.16. 최초 사업시행인가일 이후 재건축계획 등에 중대한 변화가 없었던 것으로 확인되고 쟁점아파트의 재건축 사업과 관련하여 사업시행 및 관리처분계획 고시 등에 무효 또는 취소 등 중대한 영향에 대한 공시내용이 확인되지 않는 점 등으로 볼 때 최초 사업시행인가는 효력을 상실하지 않고, 이후 발생한 변경 사업시행인가 및 관리처분계획인가는 최초 사업시행인가를 기초로 한 관리처분계획인가로 볼 수 있다. 3) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조 제16항에 따르면 정비사업조합의 조합원에 해당하는 자를 도시정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획인가일로 개정되었으나, 이 사건 부칙조항(부칙 (제18850호, 2005.5.31.) 제4항)에서 “이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의해 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 개정규정에 불구하고 종전규정에 의한다.”라고 명시되어 있다. 이는 소득세법 시행령 제155조 제16항 의 적용을 받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것으로, 쟁점아파트 재건축사업의 사업시행인가일은 2005.5.16.이고, 관리처분계획인가일은 2010.8.24.인바, 이 사건 부칙조항에 따라 개정 후 시행령의 시행일인 2005.5.31. 이전에 이미 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용에 관하여는 개정 전 시행령에 의하여야 하고, 그렇게 되면 청구인이 위 사업시행인가일인 2005.5.16. 이전에 기존주택을 보유하였어야 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택 특례규정을 적용받을 수 있었으나, 청구인이 기존주택을 취득한 것은 2008.4.16.로서 사업시행인가일 이후이다. 그러므로 청구인이 2010.8.24. 관리처분계획인가로 취득한 기존주택은 주택이 아닌 조합원입주권의 취득이고, 신규주택의 취득시기는 재건축사업으로 신축한 아파트의 사용승인일(준공일)인 2016.8.30.이며, 청구인이 주택의 취득일로부터 2년 이내인 2018.4.17. 양도를 하였으므로 신규주택을 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 규정에 의한 1세대 1주택으로 취급할 수 없다.
4. 따라서, 처분청이 신규주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 부인하고, 장기보유특별공제를 배제한 이 건 부과처분은 정당하다.
① 기존주택 취득을 조합원입주권 취득으로 보아 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 배제하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 양도소득세 과소신고․납부에 따른 가산세는 면제되어야 한다는 청구주장의 당부
1. 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득)
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위)
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략)
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제100조(양도차익의 산정)
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 제104조(양도소득세의 세율)
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40
3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)
2. 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액)
② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 規定하는 未登記讓渡資産을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것: 양도차익의 100분의 10
2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것: 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]
3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것: 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)
3. 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위)
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[측량·수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표 생략)
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
4. 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되어 2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액)
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표 생략) 5) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위)
① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각호 생략)
⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 제159조의3 (장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 6) 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대 1주택의 특례)
⑯ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 7) 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되어 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대 1주택의 특례)
⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 8) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조(1세대 1주택의 특례)
⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 9) 소득세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정되어 2008.11.28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대 1주택의 특례)
⑰ 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 도시정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.
1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우
2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 10) 소득세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위)
⑧ 제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.
1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 제159조의2(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 부 칙 <대통령령 제18044호, 2003.6.30.> 제1조(시행일) 이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다. 부 칙 <대통령령 제18850호, 2005.5.31.>
① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
② (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
11. 도시 및 주거환경정비법(2002.12.30. 법률 제6852호로 제정된 것) 제28조 【사업시행인가】
① 사업시행자(제8조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장·군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다.
② 시장·군수는 제4조 제1항의 규정에 의한 정비구역외에서 시행하는 주택재건축사업의 사업시행인가를 하고자 하는 경우에는 건축물의 높이·층수·용적률 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여 건축법 제4조 의 규정에 의하여 시·군·구(자치구를 말한다)에 설치하는 건축위원회(이하 "건축위원회"라 한다)의 심의를 거쳐야 한다.
③ 시장·군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장·군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경·중지 또는 폐지하는 경우에는 건설교통부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 사업시행자(시장·군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가를 신청하기 전에 사업시행계획서의 내용에 대하여 미리 정비구역안의 토지면적의 3분의 2 이상의 토지소유자의 동의와 토지등 소유자의 5분의 4 이상의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우 토지등소유자의 동의에 관하여는 대통령령이 정하는 기준에 의하며, 주택재건축사업과 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항의 변경인 경우에는 토지소유자와 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.
⑤ 제17조의 규정은 제4항의 규정에 의한 동의에 관하여 이를 준용한다. 제48조(관리처분계획의 인가 등)
① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 신고하여야 한다.
3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액
4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격
5. 정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기
6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세
7. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항
12. 도시 및 주거환경정비법(2017.2.8. 법률 제14567호로 전부개정되기 전의 것) 제48조(관리처분계획의 인가 등)
① 사업시행자(제6조 제1항 제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.
3. 다음 각 목에 따른 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액. 다만, 가목과 다목의 경우에는 제46조의2 제1항에 따라 선정된 기업형임대사업자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 소재지와 대표자의 성명 및 주소)를 포함한다.
4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2 제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장ㆍ군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)
5. 정비사업비의 추산액(주택재건축사업의 경우에는재건축 초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기
6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세
7. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액
8. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항 13) 국세기본법 제48조 (가산세 감면 등)(2018.1.1. 법률 제15220호로 일부개정된 것)
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. 13-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등 신청】(2018.2.13. 대통령령 제28644호로 일부개정된 것)
① 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.
1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액
2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)
② 제1항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.
1. 기초 사실관계
2. 재건축의 경우 기존주택이 조합원입주권으로 변환되는 시기에 관한 소득세법 시행령 규정의 변경 내역 가) 도시정비법 제정 전의 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되기 이전의 것) 제155조 제16항은 조합원입주권의 전환 시기를 재건축사업의 경우 사업계획의 승인일(=사업시행계획 인가일)로 정하였다. 그런데 도시정비법이 제정된 후임에도 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되어 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항은 조합원입주권의 전환 시기를 재건축사업의 경우 사업시행인가일(=사업계획의 승인일)로 정하였다.
⑯ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 소득세법 시행령 (2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되어 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례)
⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부칙<대통령령 제18044호, 2003.6.30.> 제1조 (시행일) 이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다. 소득세법 시행령 (2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례)
⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부칙 <대통령령 제18850호, 2005.5.31.>
④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①부터 살펴본다.
(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
(2) 장기보유특별공제제도는 자산 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정시 일정액 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 고려하여 1세대 1주택 장기보유자에 대한 양도소득세 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015.4.23. 선고 2014두36921 판결 등 참조).
(1) 청구인은 2008.4.16. 기존주택 취득하였음에도 조합원입주권 취득한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 배제하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 이 사건 부칙조항은 ‘주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익 산정에 관한 경과조치’라는 제목으로, 2005년 개정 시행령이 시행(2005.5.31.)되기 전에 이미 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원에 대하여는 2005년 개정 전 시행령을 적용한다고 명시적으로 규정하고 있다. 이 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항, 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항, 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 소득세법 시행령제155조 제16항이 조합원입주권을 주택으로 취급하여 비과세나 장기보유특별공제 등 혜택을 부여하는 전제가 되는 규정이라는 점에서, 위와 같은 명시적인 경과조치에도 불구하고 이 조항 및 부칙 법문을 그 문언에 반하여 확장하거나 유추하여 해석할 수는 없다. 이 사건 청구인의 기존주택 취득의 경우 쟁점아파트가 2005.5.16. 사업시행인가를 받고, 2010.8.24. 관리처분계획인가를 받았으므로 이 사건 부칙조항이 적용되어, 결과적으로 주택의제 규정(소득세법 시행령 제155조 제16항)이 적용될 여지가 없어 주택이 아닌 조합원입주권을 취득한 것으로 보아야 한다.
(2) 따라서 청구인이 2018.4.17. 양도한 신규주택의 취득시기는 사용승인일(준공일)인 2016.8.30.이고 이로부터 2년 이내인 2018.4.17. 양도를 하였으므로 동 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 및 3년 이상 보유시 적용되는 장기보유특별공제는 적용할 수 없다고 판단된다(조심 2022서6119, 2022.9.29. 등 다수 같은 뜻임).
2. 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 신규주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 하더라도 양도소득세 과소신고․납부에 따른 이 건 가산세는 면제되어야 한다고 주장한다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 이때 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 등 참조). 따라서 처분청이 신규주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 배제하여 이 건 양도소득세를 경정․고지하면서 청구인이 당초 신고시 양도소득세를 과소신고․납부한 것에 대하여 가산세를 부과한 이 건 처분은 적법하고, 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.