조세심판원 심사청구 양도소득세

상가겸용건물의 경우 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적은 경우에 해당하여 실제 주택으로 사용된 부분만 주택에 해당함.

사건번호 심사-양도-2023-0046 선고일 2023.10.18

상가겸용건물의 경우 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적은 경우에 해당하여 실제 주택으로 사용된 지상 3~4층은 주택으로 봄이 타당하므로 양도당시 1세대 2주택에 해당하고, 취득가액을 환산취득가액으로 한 경우 개산공제액을 필요경비로 공제하는 것임.

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 BBB 소재 대지 237㎡를 1977.7.2. 취득한 후 1990.10.19. 지상에 지하1층/지상4층 규모의 상가겸용주택 493.32㎡(지하1층~지상2층 근린생활시설, 지상 3~4층 주택, 이하 “쟁점상가겸용건물”이라 하고, 동 건물의 주택부분을 “양도주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가, 2019.3.22. CCCC에게 1,580,000천원에 양도하였다.
  • 나. 청구인의 배우자 AAA는 2011.7.29. EEE(이하 “거주주택”이라 한다)를 취득하여 현재까지 보유하고 있으며, 청구인과 청구인의 배우자는 2011.9.16.부터 동 주택에 거주하고 있다(종전 주소지: 쟁점상가겸용건물 소재지).
  • 다. 청구인은 2019.5.21. 위 쟁점상가겸용건물 양도에 대해 양도가액은 실지거래가액 000천원으로, 취득가액은 기준시가에 따라 환산한 가액(환산취득가액) 000천원으로 하면서, 양도 시 중개수수료 000천원과 기타 필요경비 개산공제액 000천원을 필요경비로 공제하여 양도차익을 산정한 후, 장기보유특별공제액 000천원을 공제하여 양도소득금액을 산정한 후, 양도소득세 기본세율을 적용하여 2019년 과세연도 양도소득세 000천원을 예정신고ㆍ납부하였다.
  • 라. 처분청은 2023.5.18.부터 5.24.까지 청구인에 대한 2019년 과세연도 양도소득세 조사를 실시하여, 양도주택은 조정지역 내 1세대 2주택에 해당하는 것으로 판단하고, 쟁점상가겸용건물에 대한 양도소득세 과세표준 계산 시 양도주택의 양도소득금액에 대해 장기보유특별공제액 적용을 배제하고, 필요경비 개산공제액 외 추가로 공제한 중개수수료 13,500천원을 부인하여 양도소득세 과세표준을 산정한 후, 양도소득세 중과세율을 적용하여 양도소득세 000원을 과세한다는 세무조사결과를 통지하였다.
  • 마. 청구인은 2023.5.25. 조기결정 신청함에 따라 처분청은 2023.6.2. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 000원을 경정ㆍ고지하였다(2023.5.25. 2023.12.31.까지 징수유예를 신청하였다).
  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2023.7.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장

<쟁점①에 대한 주장>

  • 가. 쟁점상가겸용건물은 상가부분이 주택부분보다 크므로 전체를 상가건물로 보아야 한다.

1. 쟁점상가겸용건물의 등기사항증명서상 현황을 살펴보면 다음과 같다. 층 별 용 도 면 적 비 고 지하1층 근린생활시설 115.68㎡ 347.04㎡ 1층 근린생활시설 115.68㎡ 2층 근린생활시설 115.68㎡ 3층 주택 115.68㎡ 146.28㎡(양도주택) 4층 주택 30.60㎡ 합 계 493.32 ㎡ ※ 참고로, 4층 30.6㎡의 면적에 대해서는 3층에 포함한 사실상 옥탑의 성격으로 3층에 포함하여 임대하였다.

2. 건물총면적 493.32㎡ 중 근린생활시설은 347.04㎡로서 건물총면적의 70.35%에 해당하고 주택용도 면적은 146.28㎡로 29.65%에 불과하고, 쟁점상가겸용건물은 주택부분 외 상가면적이 주택면적보다 크므로 전체를 상가건물로 보는 것이 타당하다.

3. 참고로, 양도가액에서 상가부분과 주택부분별로 나누어 구분해보면, 상가건물 가액은 000천원이고, 주택건물의 가액은 000천원으로 주택부분이 고가주택에 해당하지 않음도 알 수 있다.

4. 한편, 청구인이 양도한 쟁점상가겸용건물의 공부상 현황을 살펴보면, 세대별 또는 각호별로 구분등기 된 것이 아니고 하나의 건물로 등기된 것임을 알 수 있고, 양도주택의 양도가액도 고가주택에 해당하지 않는바, 쟁점상가겸용건물은 전체를 상가건물로 보아 양도소득세를 계산해야 한다.

  • 나. 소득세법 시행령제154조제3항에 따르면, ‘하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우로서 주택면적이 주택 외의 부분의 면적보다 클 경우 주택으로 본다’라고 규정되어 있는데, 이를 반대로 살펴보면, 쟁점상가겸용건물과 같이 주택 외의 부분 면적이 주택면적보다 큰 경우에는 그 전부를 상가건물로 본다고 해석하는 것도 가능하다.
  • 다. 그리고, 소득세법제104조에 따르면, 주택수가 2개 이상인 다주택자로서 조정대상지역 내에 있는 주택을 양도하는 경우 주택부분에 대하여 중과세율을 적용하도록 되어 있으나, 양도주택은 복합상가의 일부로서 포함된 주택용도로 사용하는 부분일 뿐, 1개의 주택으로 볼 것은 아니라고 보는 것이 합당하므로 양도주택에 대해 장기보유특별공제 적용을 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 잘못으로 정정되어야 할 것이다. <쟁점②에 대한 주장>
  • 라. 쟁점상가겸용건물 양도 당시 부담한 중개수수료는 필요경비로서 공제되어야 한다.

1. 소득세법제97조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제163조제5항에 따르면, 양도비 등으로서 계약서 작성비용, 공증비용, 소개비 등은 양도소득의 필요경비로 공제되는바, 쟁점상가겸용건물 양도 당시 청구인 부담한 현금영수증 등 증빙서류가 첨부된 중개수수료에 대해 필요경비 공제를 부인한 것은 잘못이라고 생각된다.

2. 즉, 취득가액을 환산한 가액으로 하였을지라도 양도가액이 실지거래금액으로 신고되었으므로 건물 양도에 소요된 필요경비인 중개수수료는 이러한 양도가액의 실지거래가액 신고 취지에 따라 양도가액에서 공제되어야 마땅한데, 이에 따르지 않고 중개수수료를 필요경비에서 부인한 것은 실질과세 원칙과 신의성실 원칙에 위배되는 것으로 부당하다.

  • 마. 쟁점①ㆍ②에 대한 결론

1. 청구인이 양도한 쟁점상가겸용건물은 10년 이상 장기간 임대한 건물이고 동 부동산의 특성상 양도주택은 별도로 양도할 수 있는 성질의 것이 아니고 하나의 건물로서 전체를 양도하였을 때에만 양도가 가능한 것인바, 동 부동산의 주택용도로 사용된 부분을 한 개의 주택으로 보는 것은 잘못이라고 판단된다.

2. 다주택자에 대해 한시적으로 중과세율을 적용하게 되었던 근본적인 이유는 부동산 투기과열을 방지하고자 1세대가 1주택 외 다른 주택을 소유하지 못하도록 임시방편으로 시행한 것일 뿐이고, 현재는 이 법령 조항도 폐지된 상태이다.

3. 따라서, 처분청이 양도주택을 한 개의 주택으로 보는 것은 부당하므로 동 부동산 양도에 대해 장기보유특별공제액 적용을 배제하면서 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 잘못이라고 생각된다.

3. 처분청 의견
  • 가. 겸용부동산에 대해 주택 외 면적이 주택 면적보다 큰 경우 전부를 상가건물로 보아야 한다는 규정은 없다. 1) 소득세법 시행령제154조제3항에서는 “법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연 면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있다.

2. 쟁점상가겸용건물의 경우 주택 외 면적이 주택 면적보다 큰 경우에 해당되므로 양도차익 계산 시 주택부분과 상가부분을 각각 구분해서 계산하는 것이나, 청구인은 해당 규정을 자의적으로 해석하여 겸용부동산 전체에 대해 주택이 아닌 상가로 보아 양도차익을 계산하였다.

  • 나. 양도주택의 양도에 대한 양도소득금액 계산 시 장기보유특별공제 적용을 배제하고, 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 타당하다.

1. 2018.4.1. 양도분부터 조정지역 내 1세대 2주택을 보유하다가 그중 1주택을 양도하는 경우로 동 주택의 양도소득에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하는 것으로 소득세법이 개정되었음에도 청구인은 겸용부동산의 주택부분 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용하고, 일반세율을 적용한 사실이 확인되어 경정·고지하였다.

2. 청구인은 중과세율 관련 법 조항이 현재는 폐지되었다고 주장하나, 해당 법 조항은 폐지된 바가 없으며, 2022.5.10.부터 2024.5.9.까지 조정대상지역 내 주택을 양도 시 기본세율을 적용하는 것으로 한시적으로 중과 유예된 상태이고, 해당 유예 규정을 양도 당시로 소급적용하는 것은 조세법률주의와 법적 안정성을 심각하게 훼손하는 것으로 이러한 주장은 받아들일 수 없다.

  • 다. 양도소득세 신고 시 취득가액을 환산가액으로 하였고, 당해 환산가액과 개산공제액의 합계액이 중개수수료보다 적은 경우에 해당되지 아니한다.

1. 소득세법제97조제2항에서 양도소득의 필요경비 계산은 취득가액을 환산가액으로 하는 경우에는 환산가액과 개산공제액의 합계액을 필요경비로 계산하며, 동 환산가액과 개산공제액의 합계액이 자본적 지출액과 중개수수료 등 양도 시 소요된 비용의 합계액보다 적은 경우에는 실제 자본적 지출액과 중개수수료 등의 합계액을 필요경비로 할 수 있다고 규정하고 있다.

2. 그러나, 청구인은 양도소득 신고 시 취득가액을 환산가액으로 하였고, 동 환산가액과 개산공제액의 합계액이 중개수수료보다 크므로 동 중개수수료를 필요경비에서 공제부인한 것은 타당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 조정지역 내 1세대 2주택에 해당하지 아니하므로 양도소득세 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제는 부당하다는 청구주장의 당부

② 취득가액을 환산가액으로 할 경우에도 쟁점상가겸용건물 양도 시 부담한 중개수수료도 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련법령 1) 소득세법 제88조 【정의】(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.31>

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 1-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것)

③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. <개정 2005.12.31, 2010.2.18> 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
  • 나. 지상권
  • 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2017.12.19> 4) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. <개정 2016.12.20> 5) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2010.12.27, 2017.12.19, 2019.12.31>

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  • 가. 제1항제1호나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
  • 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 5-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. <개정 2010.2.18, 2018.2.13>

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
  • 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

⑥ 법 제97조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2012.2.2>

1. 토지

취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3/100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000)

2. 건물
  • 가. 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조제1항제1호 다목 또는 라목의 가액×3/100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000)
  • 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액×3/100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000)

3. 법 제94조제1항제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다) 취득당시의 기준시가×7/100

4. 제1호 내지 제3호외의 자산 취득당시의 기준시가×1/100 6) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. <개정 2019.12.31> 7) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31>

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

  • 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
  • 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
  • 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
  • 라. 주택 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 8) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. <개정 2019.12.31>

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2015.12.15> 9) 소득세법 제102조 【양도소득금액의 구분 계산 등】

① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다. <개정 2014.12.23>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 소득

2. 제94조제1항제3호에 따른 소득

3. 제94조제1항제5호에 따른 소득

② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다. 10) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. <개정 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율

⑤ 해당 과세기간에 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에서 규정한 자산을 둘 이상 양도하는 경우 양도소득 산출세액은 다음 각 호의 금액 중 큰 것(이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 양도소득세 감면액이 있는 경우에는 해당 감면세액을 차감한 세액이 더 큰 경우의 산출세액을 말한다)으로 한다. 이 경우 제2호의 금액을 계산할 때 제1항제8호 및 제9호의 자산은 동일한 자산으로 보고, 한 필지의 토지가 제104조의3에 따른 비사업용 토지와 그 외의 토지로 구분되는 경우에는 각각을 별개의 자산으로 보아 양도소득 산출세액을 계산한다. <신설 2014.12.23, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

1. 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 대하여 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액

2. 제1항부터 제4항까지 및 제7항의 규정에 따라 계산한 자산별 양도소득 산출세액 합계액. 다만, 둘 이상의 자산에 대하여 제1항 각 호, 제4항 각 호 및 제7항 각 호에 따른 세율 중 동일한 호의 세율이 적용되고, 그 적용세율이 둘 이상인 경우 해당 자산에 대해서는 각 자산의 양도소득과세표준을 합산한 것에 대하여 제1항·제4항 또는 제7항의 각 해당 호별 세율을 적용하여 산출한 세액 중에서 큰 산출세액의 합계액으로 한다.

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19>

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 10-1) 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2018.10.23, 2020.2.11>

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

4. 제155조제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택

5. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 사람이 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(세대를 합친 날부터 10년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

6. 1주택을 소유하는 사람이 1주택을 소유하는 다른 사람과 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(종전의 주택건설촉진법에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다.

10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

12. 법 제95조제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

② 제1항을 적용할 때 제167조의3제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. 11) 소득세법 제55조 【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2017.12.19> 종합소득 과세표준 세 율 1,200만원 이하 과세표준의 6퍼센트 6% 1,200만원 초과 4,600만원 이하 72만원+(1,200만원을 초과하는 금액의 15퍼센트) 15% 4,600만원 초과 8,800만원 이하 582만원+(4,600만원을 초과하는 금액의 24퍼센트) 24% 8,800만원 초과 1억5천만원 이하 1,590만원+(8,800만원을 초과하는 금액의 35퍼센트) 35% 1억5천만원 초과 3억원 이하 3,760만원+(1억5천만원을 초과하는 금액의 38퍼센트) 38% 3억원 초과 5억원 이하 9,460만원+(3억원을 초과하는 금액의 40퍼센트) 40% 5억원 초과 1억7,460만원+(5억원을 초과하는 금액의 42퍼센트) 42%

  • 다. 사실관계

1. 청구인의 총사업내역은 다음과 같으며, 쟁점상가겸용건물 소재지에서 1990.1.15.부터 2019.3.22.까지 부동산임대업을 영위한 것으로 확인된다.(생략)

2. 쟁점상가겸용건물 임대현황과 관련 부가가치세 신고내용은 다음과 같다.(생략_

3. 청구인의 양도소득세 신고내용은 다음과 같으며, 2019.5.21. 양도소득세 신고 시 제출한 양도계약서, 중개수수료에 대한 증빙자료(현금영수증)는 다음과 같다.(생략)

4. 처분청은 청구인의 쟁점상가겸용건물 양도와 관련하여 2023.5.18.부터 5.24.까지 양도소득세 조사를 실시하였으며, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

5. 2019.3.22. 쟁점상가겸용건물 양도 당시 BBB지역 25개구는 조정지역으로 지정되어 있는 상태로 확인되며, 쟁점상가겸용건물의 이용현황을 알 수 있는 건물외관의 사진은 다음과 같다(인터넷 “Daum-거리뷰” 참조)(생략)

6. 처분청은 위 양도소득세 조사결과에 따라 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세를 경정ㆍ고지하였는데, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

7. 1세대 2주택 이상 보유자의 양도소득에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율 적용규정인 소득세법제95조, 제104조 개정규정은 2017.12.19. 신설되어 2018.4.1. 이후 양도분부터 적용되었는바, 그 개정내용 및 이유는 다음과 같다.(생략) 8) 1세대 2주택에 해당하는 주택에 대한 양도소득세 중과규정은 2022.5.10.부터 2024.5.9.까지 한시적으로 적용이 유예되어 있는 상태이다(아래 “법령 개정사항” 참조).(생략)

  • 라. 판단

1. 양도소득세 중과세율 적용 등이 타당한지

  • 가) 관련 법리 (1) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것, 이하 같다)제154조제1항제3호는 1세대 1주택으로서 양도소득세 비과세를 규정하는 ‘소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것, 이하 같다)제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우 그 전부를 주택으로 보되, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다’고 규정하고 있는바, 동 시행령 규정은 1세대 1주택으로서 주택과 주택 외의 부분이 복합되어 있는 건물 자체의 양도를 전제로 양도소득세가 비과세되는 주택의 범위를 정하고 있는 규정이라고 할 것이고, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적은 경우에 해당하는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니하는 것이다(서울고등법원 2013.10.16. 선고 2013누13152 판결, 대전지방법원 2022.11.10. 선고 2022구단250 판결 참조).

(2) 소득세법제104조제7항제1호는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)을 양도하는 경우 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다’고 규정하고 있고, 소득세법제95조제2항 본문의 괄호 ‘소득세법제104조제7항 각 호에 따른 자산’에 해당하는 경우에는 장기보유특별공제 적용대상에서 제외된다고 보아야 한다(서울고등법원 2023.4.6. 선고 2021누75186 판결 참조).

  • 나) 조정지역 내 1세대 2주택에 해당하여 장기보유특별공제 배제 및 양도소득세 중과세율을 적용하는 것이 타당한지에 대한 판단

(1) 관련 법리와 다음의 여러 사정들을 종합하여 볼 때, 양도주택의 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제 적용을 배제하고, 양도소득세 중과세율(10%p 가산)을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (가) 다음의 사실이 인정된다.

① 청구인은 1990.10.19. 쟁점상가겸용건물 493.32㎡를 신축하여 취득하였고, 지하1층~지상2층 347.04㎡는 근린생활시설, 지상3~4층 146.28㎡는 주택으로 사용하였고, 2019.3.22. CCCC에게 000천원에 양도하였다.

② 청구인의 배우자 AAA는 2011.7.29. 거주주택을 취득하여 현재까지 보유하고 있으며, 청구인과 청구인의 배우자는 2011.9.16.부터 동 주택에 거주하고 있는데, 쟁점상가겸용건물 양도일 현재 양도주택과 거주주택은 모두 국토교통부장관이 지정한 조정대상지역 내에 소재하고 있다.

③ 청구인은 2019.5.21. 쟁점상가겸용건물 양도에 대해 양도가액은 실지거래가액 1,580,000천원으로, 취득가액은 기준시가에 따라 환산한 가액 000천원으로 하면서, 양도 시 중개수수료 000천원과 기타 필요경비 개산공제액 000천원을 필요경비로 공제하였으며, 장기보유특별공제액 000천원을 공제하여 양도소득금액을 산정한 후, 양도소득세 기본세율을 적용하여 2019년 과세연도 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. (나) 소득세법제104조제7항제1호의 다주택자(1세대 2주택자) 중과제도 규정은 2017.12.19. 신설되어 2018.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용되고 있는 것으로 그 입법취지는 부동산 투기를 억제하고, 주택시장 안정화를 도모하는데 있음을 2017년 간추린 개정세법(기획재정부 발간)상 입법취지 등을 살펴보면 알 수 있다. (다) 쟁점상가겸용건물의 경우 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우로서 주택의 연면적(146.28㎡)이 주택 외의 부분의 연면적(347.04㎡)보다 적은 경우에 해당하여 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니하는 것이므로, 쟁점상가겸용건물 중 실제 주택으로 사용된 지상 3~4층은 주택으로 보고 이를 제외한 나머지 부분에 대하여는 상가건물로 보는 것이 타당하다(서울고등법원 2013.10.16. 선고 2013누13152 판결 참조). (라) 그리고, 양도주택과 거주주택은 2019.3.22. 쟁점상가겸용건물 양도 당시 모두 조정대상지역 내에 있는 주택이고, 소득세법 시행령제167조의10제1항 각 호에서 열거하는 주택에는 해당되지 아니한데, 같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 양도주택과 거주주택 등은 주택수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없음을 감안하면, 양도주택은 양도 당시 조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다. (마) 아울러, 소득세법제104조제7항제1호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 같은 항에서 규정하는 중과세율을 적용하도록 하고 있는데, 같은 법 시행령 제167조의10 제1항에서는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 규정하면서 각 호에서 이에 해당하지 아니하는 주택(장기임대주택 등)을 열거하고 있음을 감안하면, 양도주택이 그 열거된 항목에 해당하지 아니하여 쟁점상가겸용건물 양도 당시 1세대 2주택으로 양도주택에 대하여 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 타당하다. (바) 또한, 소득세법제95조제2항에서 조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택을 포함하여 같은 법 제104조 제7항 각 호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있는바, 위에서 양도주택이 그 양도 당시 1세대 2주택에 해당되는 것으로 본 이상, 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 것은 타당하다(서울고등법원 2023.4.6. 선고, 2021누75186 판결 등 참조).

(2) 따라서, 양도주택의 양도에 대한 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제 적용을 배제하고, 양도소득세 중과세율(10%p 가산)을 적용한 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2. 개산공제액 외 중개수수료를 필요경비로 공제할 수 있는지

  • 가) 관련 법리 (1) 소득세법제97조제2항은 제1호에서 취득가액을 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의하는 경우에는 그 가액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 가산한 금액을 필요경비로 계산하도록 규정하는 한편, 제2호에서 취득가액을 자산의 취득 당시 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(이하 “환산가액 등”이라 한다)에 의하는 경우에는 그 가액에 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액을 필요경비로 계산하도록 규정하고 있다. (2) 소득세법 시행령제163조제6항은 ‘취득가액을 자산의 취득 당시 환산가액 등에 의하는 경우 필요경비에 가산할 금액’을 대통령령으로 정할 수 있도록 위임하고 있는 소득세법제97조제2항제2호에 근거를 둔 것으로서, 소득세법제97조제2항제2호는 자산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 그 취득가액을 추계하여야 하는 경우에는 매매사례가액 등에 의하여 산정하도록 하면서, 그 취득가액은 납세의무자가 실제로 지출한 비용인지 여부가 확인되지 아니하였음에도 필요경비로 공제하는 것임을 감안하여 자본적 지출액이나 양도비 등의 기타 비용도 실제 지출 여부를 묻지 않고 일정한 기준에 의한 개산공제액을 필요경비로 공제할 수 있도록 하는 것이 합리적이라는 견지에서 그 구체적인 금액을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다고 보인다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 참조).

(3) 따라서, 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중의 하나인 취득가액을 자산의 취득 당시의 환산가액 등에 의하는 경우에는 납세의무자가 소득세법제97조제1항제2호, 제3호에서 정한 자본적 지출액이나 양도비 등의 비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 원칙적으로 개산공제액 외에 이를 필요경비로 공제할 수 없다고 할 것이다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결, 대전지방법원 2021.7.8. 선고 2020구단100095 판결 참조).

  • 나) 취득가액을 환산가액으로 할 경우에도 쟁점상가겸용건물 양도 시 부담한 중개수수료를 필요경비로 공제할 수 있는지에 대한 판단

(1) 청구인은 쟁점상가겸용건물 양도 당시 소요된 중개수수료에 대해 필요경비로 인정해야 한다고 주장하나, 관련 법리와 쟁점상가겸용건물의 취득가액을 환산취득가액으로 결정한 사정 등 다음의 사정들을 종합하여 볼 때, 필요경비 개산공제액 외 중개수수료를 추가로 필요경비로 공제하는 것은 타당하지 않다.

① 청구인은 쟁점상가겸용건물 양도에 따른 양도소득금액을 계산하면서 취득가액을 기준시가에 따라 안분계산한 환산취득가액으로 하였고, 필요경비는 소득세법제97조제2항제2호에 따라 개산공제액에 중개수수료 000천원을 합한 금액을 공제하였음이 확인된다.

② 그런데, 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중의 하나인 취득가액을 자산의 취득 당시의 환산취득가액 등에 의하는 경우에는 납세의무자가 소득세법제97조제1항제2호, 제3호에서 정한 자본적 지출액이나 양도비 등의 비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 원칙적으로 개산공제액 외에 추가로 이를 필요경비로 공제할 수 없다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 등 참조). (2) 따라서, 청구인이 양도소득세 예정신고 시 제출한 쟁점상가겸용건물의 취득가액을 환산취득가액으로 산정한 이 건에서 필요경비 개산공제액 외 실제로 지출하였다고 하는 중개수수료를 필요경비에서 부인한 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)