이 법인전환이 양도소득세의 이월과세 요건을 충족하고 있는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2006.5.9. ○○시 ○○구 ○○동 7-18 AAA아파트 101동 3206호(건물의 전유면적: 193.81㎥, 이하 이 부동산을 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 이를 고정자산으로 하여 2016.4.8. 개인사업자 등록(업종: 부동산/주거용 건물 임대업)을 한 뒤 주거용 건물 임대업(이하 이 사업장을 “쟁점사업장”이라 한다)을 영위하다가, 2020.3.25. 쟁점부동산을 현물출자로 (유)甲기업(이하 “신설법인”이라 한다)에 양도하였다. 그리고 2020.4.24. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제32조 및 같은 법 시행령 제29에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 신청(세액: 263,989,605원)을 하였다.
• 나. 한편, 감사원은 2022.5.11.부터 2022.5.31.까지 ●●지방국세청에 대한 업무감사를 실시하여, 청구인의 기존 쟁점사업장 금융부채 187,166,801원(이하 “쟁점채무”라 한다)이 법인전환시 승계되지 아니하여 법인전환으로 신설되는 법인의 자본금이 법인전환 사업장의 순자산가액에 미달(자본금＜순자산가액)하기 때문에 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 요건을 충족하지 못한다고 감사지적하였다. <표1> 신설법인의 개시 재무상태표
• 다. 처분청은 이에 따라 2020.3.8. 청구인에게 2020년 과세연도 양도소득세 353,508,478원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.6.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

법인전환시 쟁점채무는 실제 ‘신설법인’에 승계되었으므로 양도소득세 이월과세를 배제하는 것은 부당하다.

• 가. 쟁점채무는 실제 법인전환으로 설립된 신설법인에 승계되었다.

1. 청구인은 개인사업자로서 영위한 쟁점사업장을 2020.3.10. 폐업하면서 2020.3.11. 쟁잼사업장과 관련된 자산, 부채를 모두 법인전환으로 설립된 신설법인에 승계시켰다. 비록 법인전환시 서류상으로 쟁점부동산에 근저당된 쟁점채무(채무자 명의: 청구인)를 신설법인 명의로 변경하지 아니한 상태에서 2021.2.9. 쟁점채무를 상환하고, 근저당권을 해지하였지만, 이는 은행의 행정적인 절차 문제로 부득이 채무자 명의를 신설법인 명의로 변경하지 못한 것일 뿐인데, 이를 이유로 법인전환시 쟁점채무가 신설법인에 승계되지 아니하였다고 보는 것은 실질과세원칙에 어긋나는 것이다.

2. 실질과세원칙은 형식에 관계없이 실질내용에 따라 세법을 적용하여야 하는바, 이는 조특법에서도 그대로 적용된다. 쟁점채무는 2006.5.9. 발생된 것인바, 동 채무는 개인사업자인 쟁점사업장(주택임대 사업장)과 직접적으로 관련된 부채로, 개인적 용도로 사용한 것이 아니며 현물출자 직전에 소멸하는 사업장과 관련 없이 발생시킨 부채도 아니다.

3. 현물출자는 법원에 감정인의 감정결과를 보고하여야 하고, 법원은 이를 심사하여 인가 결정하였는데, 법원에서 인가한 순자산가액으로 이루어진 이 건 현물출자는 양도소득세 이월과세 요건을 충족한다.

• 나. 법원의 판례를 보더라도 쟁점채무가 승계되지 아니하였다는 이유로 이월과세 요건을 충족하지 않았다고 보는 것은 부당하다. 1) 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 본문의 취득세 감면 요건과 조특법 제32조의 양도소득세 이월과세 요건은 동일하게 해석된다. 서울행정법원은 2020.9.4. “취득세 등 경정청구 거부처분 취소” 사건에서 현물출자한 부동산의 가액에서 채권최고액을 공제할 것인지 여부에 따라 순자산가액(현물출자액)이 그 액수만큼 차이가 나게 되고, 그에 따라 새롭게 설립되는 법인의 발행주식수에 차이가 날 뿐 어느 경우에나 자본금은 순자산가액과 동일하게 되어 이월과세 요건을 충족하게 된다고 판결하였다(서울행정법원 2020.9.4. 선고 2019구합77248 판결). 또한, 이 판결에서 사업과 무관한 채무도 현물출자 대상인 순자산가액에 해당한고 판결하였다.

2. 한편, 처분청은 대출금채무가 실질적으로 현물출자 대상에 포함되지 아니하여 현물출자로 소멸하는 순자산가액이 현물출자로 취득한 자본금을 초과한다는 이유로 이월과세를 배제한 제주지방법원의 판결(제주지방법원 2021.7.6. 선고 2020구합5687 판결 이후 광주고등법원(제주) 2022.1.12. 선고 2021누1727 판결 이후 대법원 2022.5.27. 선고 2022두33309 판결)을 제시하고 있으나, 동 판결의 대출금채무는 사업과 관련 없는 것이나 이 건 쟁점채무는 쟁점부동산을 취득할 당시부터 있었던 부채로, 쟁점사업장과 직접적인 관련된 부채이므로 사실관계가 달라 이 건에 적용할 수 없는 판결이다.

법인전환시 청구인 명의의 쟁점채무가 신설법인에 승계되지 아니하여 양도소득세 이월과세 요건을 충족하지 못하므로 이에 대한 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다.

• 가. 청구인 명의 쟁점채무(187,166,801원)는 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점사업장에서 주택임대업을 개시하기 전인 2006.5.9. 쟁점부동산을 담보로 차입한 가계자금 대출잔액으로, 법인전환 전에 쟁점사업장과는 무관하게 사적으로 사용한 것으로 확인(근거: 부동산등기부등본의 을구 및 청구인이 제출한 신한은행의 확인서)된다. 법인전환시 양도소득세를 이월과세하는 취지는 법인전환 과정에서 기업의 규모가 축소되는 것을 방지하려는 데에 그 목적이 있다 할 것이므로, 소멸되는 개인기업의 순자산가액 계산시 자산이나 부채는 해당 사업장의 사업과 직접 관련하여 발생한 것의 승계를 한정하는 것이므로, 해당 사업장과 직접 관련이 없는 자산이나 부채는 그 산정시 이를 제외하는 것이 양도소득세의 이월과세 취지에 부합한다(광주고등법원(제주) 2022.1.12. 선고 2021누1727 판결 이후 대법원 2022.5.27. 선고 2022두33309 판결 등 참조). 따라서 청구인이 법인전환 전 쟁점사업장과 무관하게 대출을 받아 사적으로 사용한 쟁점부채를 순자산가액 계산시 부채로 차감하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
• 나. 청구인은 쟁점사업장에서 주택 임대업을 개시하기 전 및 법인전환 전인 2006.5.9. 쟁점채무를 가계자금으로 대출받아 사업과 무관하게 사용한 것으로 확인되기 때문에 쟁점채무를 순자산가액에서 차감하는 부채에 포함시키지 않은 것이 타당하다. 따라서 쟁점채무를 순자산에서 차감하지 아니하면 신설법인의 자본금(642,830,000원)이 순자산가액(829,996,801원)에 미달하여, 양도소득세의 이월과세 요건이 충족되지 못하므로 처분청이 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 법인전환하면서 개인 근저당부채가 현물출자에서 제외되었다고 보아 양도소득세의 이월과세 적용을 배제하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ※ 법인세법 기본통칙 4-0…8 【타인명의 차입금에 대한 취급】

① 차입금의 명의인과 실질적인 차용인이 다른 경우에는 실질적인 차용인의 차입금으로 한다.

② 제1항의 실질적인 차용인은 금전대차계약의 체결, 담보의 제공, 차입금의 수령, 각종 비용의 부담 등 차입에 관한 업무의 실질적인 행위내용과 차입한 금액의 용도 등을 기준으로 판단한다. 이 경우 차입금을 분할한 경우에는 차입한 금액의 전부 또는 일부를 타인에게 다시 대여한 것으로 인정되는 경우에 한하여 당해 차입금 총액을 당초 차용인의 차입금으로 한다. 2) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 3) 조세특례제한법 제2조 【정의】 (2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것)

6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

4. 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. 5) 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 (2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것)

② 법 제32조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 5-1) 조세특례제한법 시행령 제28조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계 가) 청구인의 개인사업자 등록과 신설법인의 사업자등록 현황

(1) 청구인은 2003.3.6. 쟁점부동산의 분양권을 매수하여 2006.5.9. 쟁점부동산을 취득하였고, 2016.4.8. ○○도 ◎◎시청에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 와 같은 법 시행규칙 제2조 제3항에 따라 ‘임대사업자 등록증’(201*-◎◎시-임대사업자-***)을 교부받고, 같은 날 ◎◎세무서(주소지 관할 세무서)에 다음과 같이 사업자등록을 하였다가, 법인전환을 이유로 2020.3.10.자로 폐업하였다.

(2) 쟁점부동산을 현물출자하여 2020.3.25. 설립등기가 완료된 신설법인의 사업자등록 내역은 다음과 같다.

• 나) 쟁점부동산에 대한 양도소득세 이월과세 신고 및 이 건 부과처분 청구인은 2020.3.11. 신설법인과 쟁점부동산을 현물출자하는 계약을 맺고 2020.3.25.(신설법인 설립등기일) 쟁점부동산을 양도하고, 2020.4.24. 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 신청한 내역과 처분청이 이월과세 적용을 배제하여 이 건 양도소득세 353,508,478원을 경정․고지한 내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 양도소득세 신고 및 결정 내역
• 다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 나타나는 주요 내용은 다음과 같다. 쟁점부동산은 청구인이 2006.5.9. 취득하였다가 2020.3.11. 신설법인에 현물출자하여 2020.4.16. 소유권등기이전된 것으로 나타난다.
• 라) 청구인이 제시한 신설법인의 개시일(2020.3.11.) 현재 ‘개시 재무상태표’는 다음 <표1>과 같으며, 납입 자본금은 642,800,000원(128,566주×1주당 액면가 5,000원)이고, 청구인이 신설법인의 주식 100%를 소유하고 있다. 한편, 쟁점채무(187,166,801원)는 신설법인이 2020사업연도 법인세를 신고하면서 제출한 표준재무상태표상 181,187,031원으로 기재되어 있다. <표1> 신설법인의 개시 재무상태표
• 마) 신설법인 설립 후 쟁점채무의 이자 및 원금상환 재원을 살펴보면, 모두 신설법인이 아닌 청구인의 가수금 입금으로 마련한 것으로 나타난다.

2. 감사원의 감사지적 내용 감사원이 ●●지방국세청의 ‘법인전환에 따른 양도소득세에 이월과세 특례 적용 업무처리’에 대하여 감사를 실시하고, 감사지적한 내용 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다.

3. 청구인 주장과 제시한 증빙

• 가) 청구인은 쟁점채무는 2006.5.9. 쟁점부동산을 취득할 때부터 존재한 쟁점사업장과 관련된 채무이며, 2020.3.11. 법인전환된 이후 신설법인이 승계받았다가 2021.2.9. 상환하였다는 주장이며, 법인전환시 쟁점채무의 명의상 채무자가 청구인에서 신설법인으로 변경되지 않은 이유는 쟁점채무가 당초 가계자금대출이었기 때문이라는 주장이다.
• 나) 청구인은 위 주장을 뒷받침하기 위하여 다음과 같은 은행직원의 확인서를 제시하고 있다.
• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

1. 관련 법리

• 가) 양도소득세 이월과세의 요건으로 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정한 이유는, 개인사업장을 법인으로 전환하여 기업의 조직 형태를 변경하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 것에 불과한데 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 하기 때문으로(대법원 2012.12.13. 선고 2012두17865 판결 참조) 위와 같은 이월과세 제도의 취지는 개인 기업을 법인 기업으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하려는 데에 있다(대법원 1994.11.18. 선고 93누20160 판결). 따라서 양도소득세 이월과세는 사업장별로 적용하는 것이 타당하고, 그 이월과세의 요건인 순자산가액 즉, ‘통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에 있어서도 그 자산이나 부채는 해당 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로 한정된다고 봄이 타당하다.(광주고등법원(제주) 2022.1.12. 선고 2021누1727 판결, 인천지방법원 2018.1.25. 선고 2017구합50069 판결 등 같은 뜻임)
• 나) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임).

2. 법인전환시 쟁점채무가 승계되지 아니하였다고 보아 양도소득세의 이월과세를 배제하는 것이 타당한지 여부에 대한 판단 청구인은 쟁점부동산에 설정되어 있는 개인 근저당부채(쟁점채무)가 실제 법인전환시 신설법인에 승계되었으므로 양도소득세의 이월과세를 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 첫째, 조특법 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받으려면 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하는데, 이때 순자산가액이란, 기존 개인사업장이던 쟁점사업장과 직접 관련된 자산이나 부채에 한정하여 계산하여야 한다. 이 건 법인전환시 쟁점부동산에 근저당된 쟁점채무(채무자 명의: 청구인)가 신설법인 명의로 변경하지 아니한 사실이 부동산등기부를 통하여 확인된다. 둘째, 쟁점사업장과 직접 관련되어 있는 자산 및 부채의 신설법인으로의 승계는 양도소득세의 이월과세를 적용하기 위한 핵심적인 요건인바, 쟁점채무는 2006.5.9. 쟁점부동산을 취득하면서 가계대출로 차입한 것으로서 청구인이 2016.4.8. 주거용 건물임대업으로 사업자등록을 한 이후에도 기업자금대출로 전환되지 아니하였고, 신설법인 설립 후 쟁점채무의 이자 및 원금상환 재원이 모두 신설법인이 아닌 청구인의 가수금 입금으로 마련한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점채무가 쟁점사업장과 직접 관련된 부채인지 불분명해 보인다. 나아가 쟁점채무가 2020.3.11. 법인전환에 따라 차주(借主)를 신설법인으로 변경되지 아니한 채 있다가 쟁점부동산의 근저당상 채무자인 청구인이 2021.2.9. 은행에 상환한 것으로 나타난다. 셋째, 조세법규 중 특히 감면요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로 이를 따를 경우 법인전환시 쟁점채무가 신설법인으로 승계되지 않은 것으로 봄이 상당하고, 따라서 신설법인의 자본금이 법인전환 사업장의 순자산가액에 미달(자본금＜순자산)하기 때문에 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세는 이월과세 요건을 충족하지 못하는 것으로 봄이 타당하다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.