법인전환에 따른 양도소득세 이월과세특례 적용시 신설법인이 쟁점근저당채무를 실질적으로 인수하였으므로 이월과세특례를 적용할 수 있음

세무서장이 2023.3.7. 청구인에게 한 2019년 과세연도 양도소득세 *원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 개인사업자 JJJ(개업일 20. 6.14. 제조업/모터펌프)의 사업용 부동산으로 사용하던 경북 &&시 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 ㈜JJJ(이하 “신설법인”이라 한다)에게 2019 2.14. 현물출자방식으로 1,505,957,840원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2019.4.30. 쟁점부동산의 양도(현물출자)에 따른 양도소득세 264,045,020원을 조세특례제한법제32조에 따라 법인전환에 대한 이월과세로 양도소득세 신고서를 제출하였다.
• 다. 감사원은 2022.5.11.부터 2022.5.31.까지 중부지방국세청에 대한 감사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 등기부전부증명서상 근저당설정채무(채무액 816백만원, 이하 “쟁점근저당채무”라고 한다)가 신설법인에게 인수되지 않았으므로, 법인이 승계한 대출이 아닌 경우 신설법인의 출자금액이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 미만이 되어 이월과세요건에 부합하지 않는다고 보아, 처분청은 위 감사원의 시정지시에 따라 2023.3 7 청구인에게 양도소득세 353,865,214원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.6.9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 판단요건 시 단순히 등기사항전부증명서에 근저당설정계약의 변경여부만을 따져 판단할 것이 아니라, ① 쟁점근저당채무 816백만원이 사업과 관련하여 발생된 부채인지, ② 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하면서 쟁점근저당채무가 신설법인에 실질적으로 승계되었는지 등 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항으로 봄이 타당하다.
• 나. 위 ①에 대하여, 청구인의 쟁점부동산에 대해 쟁점 근저당채무 816백만원은 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액에서 차감되는 사업 관련 부채에 해당한다. 청구인은 2012.

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12. 쟁점부동산을 전소유자 AAA로부터 770백만원에 매입하면서 잔금은 쟁점부동산에 대한 근저당설정등기를 계약인수(채무액 816백만원)하여 상계 처리하는 것으로 갈음하였는바, 쟁점근저당채무는 2013.

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28. 기업은행에 대환대출을 실행함에 따라 근저당설정계약을 변경하였으며, 현재까지 채무원금의 상환없이 쟁점근저당채무로 유지되고 있다. 따라서, 청구인의 쟁점근저당채무 전액은 쟁점부동산 및 이와 관련된 시설물 등 사업용 고정자산을 취득하는데 사용되었으므로 사업 관련 부채로 인정함이 타당하다.

• 다. 위 ②에 대하여 청구인은 신설법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하면서 쟁점 근저당채무 816백만원을 실질적으로 신설법인에게 승계하였다. 만일, 처분청의 주장대로 근저당설정계약이 변경되지 않았으므로 청구인이 개인사업자의 모든 재산과 권리를 신설법인에 양도하면서 쟁점근저당채무만을 승계하지 않았다고 본다면, 청구인이 단독으로 부담하게 되어 합리적인 경제인이라면 결코 선택하지 않았을 상황을 처분청에서 주장하고 있는 것으로 청구인으로서는 납득하기 어렵다.
• 라. 위와 같이 청구인과 신설법인이 현물출자 계약에 의하여 근저당 채무를 승계하기로 약정하였으며, 대출이자 또한 신설법인에서 부담하여, 사업관련 부채를 실질적으로 신설법인이 포괄 승계하였다고 봄이 타당하므로 본 건 양도세 이월과세를 배제한 과세처분은 취소되어야 함이 마땅하다.

• 가. 청구인은 근저당설정계약이 신설법인 명의로 변경되지 않은 것은 은행 내부규정상 대출 명의변경이 불가함에 따른 것으로 신설법인이 쟁점근저당채무를 실질적으로 승계하였다고 주장하나, 등기부전부증명서상 근저당 채무명의가 신설법인으로 변경되어야 이월과세를 적용할 수가 있다.
• 나. 청구인은 등기부전부증명서 근저당 설정 계약금액은 취득가액 770백만원에 매입하면서 근저당 설정등기 채무액은 816백만으로 계상한 사유가 시설장치가 있어 매매대금 이상의 채무를 승계한 것이라 주장하지만 정확한 채무를 알 수 없어 이월과세를 적용할 수 없다.
• 다. 청구인의 쟁점 근저당채무에 대한 근저당설정계약이 신설법인으로 명의변경 되지 않은 점과 쟁점채무액에 포함되어 있는 기계장치가 채무액에 해당하는지에 대한 구체적인 증빙이나 관련성을 입증하기 어려워 신설법인의 자본금(1,212백만원)이 순자산가액(2,028백만원)에 미달하여 이월과세 요건을 미충족하므로 이월과세를 부인하여 고지한 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인 전환시 신설법인이 개인의 쟁점근저당채무액 816백만원을 실질적으로 인수하였다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 개정된 것)

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 1-1) 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2018.10.23. 법률 제29241호로 일부 개정된 것)

② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인과 신설법인간의 현물출자에 따른 법인전환의 등의 사업자등록 내역이 국세청 전산시스템에서 <표1>과<표2>와 같이 확인된다. <표1> 청구인 사업자 등록 내용 상호 JJJ(안동) 성명 유MM 사업장 경북 개업일자 20-6-14 사업자상태 2019-2-14 폐업 폐업사유 신고 법인전환(폐업) <표2> 신설법인 현황 상호 ㈜JJJ 대표자 유MM외1 소 재 지 경기 설립일 20-2-14 자 본 금 ,원 업 종 제조/펌프, 모터 상호 ㈜JJJ지점 대표자 유MM외1 소 재 지 경북 설립일 20-3-3 자 본 금 ,***원 업 종 제조/펌프, 모터 사업장소유구분 자가 본점 소재지 경기

2. 청구인의 양도소득세 신고 및 경정결정 내용은 다음 <표3>과 같다. <표3> 2019년 과세연도 양도소득세 신고 및 경정결정 내역 (단위: 백만원) 구분 양도 가액 취득 가액 필요 경비 양도 차익 장기보유특별공제 과세 표준 결정 세액 기납부 납부 세액 신고 1,505 692 0 813 97 712 264 0 264 경정결정 1,505 692 0 813 97 712 264 353 차감 0 0 0 0 0 0 0 0 89 이월과세특례 적용을 부인하고 납부불성실 가산세 결정

• 가) 청구인이 제출한 쟁점부동산 취득계약서에서 2012.

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9. 전소유자 AAA로부터 **,000,000원에 취득하였고, 특약사항에 전소유자의 근저당권설정등기도 계약 인수하기로 한 사실이 확인된다.

• 나) 청구인이 쟁점부동산의 양도소득세 신고서를 제출하면서 이월과세적용 신청서도 2019. 4. 10.에 제출하였고, 첨부서류로 현물출자계약서, 회계법인 감정인의 조사보고서도 동시에 제출된 것으로 청구인이 제출한 증빙자료에서 확인된다.
• 다) 청구인과 신설법인간에 2019.2.11.자에 “사업의 포괄적인 현물출자계약서”를 체결하면서 갑이 운영하고 있는 회사의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 을에게 포괄적으로 현물 출자한 사실이 확인된다. (이하 그림 삽입을 위한 여백) 사업의 포괄적인 현물출자계약서 갑: JJJ(안동) 대표: 유MM(이하 “갑”이라 칭한다) 을: ㈜JJJ(설립중인 회사) 발기인대표: 유MM(이하 “을”이라 칭한다) 제1조(목적) 본 계약은 “갑”이 운영하고 있는 “회사”의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 “을”에게 포괄적으로 현물출자함으로써 부가가치세법 제10조 제9항 의 규정에 의한 사업양도를 하고 조세특례규제법 제32조에 의한 양도소득세 이월과세와 지방세특례제한법 제57조 의 2에 의한 취득세 면제를 받는 법인전환을 함에 그 목적이 있다 (중략) 제4조(현물출자가액) 현물출자가액은 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액범위내에서 검사인 등이 인정하는 가액으로 하되 자산총액과 부채총액은 장부가액에 불구하고 다음과 같이 수정 평가한다.

① 토지 및 건물(필요한 경우 그 외 유형자산)은 감정평가법인의 감정가액으로 수정평가한다. (중략) 2019년 2월 11일

• 라) 신설법인은 2019.2.11.에 회계법인에게 현물출가액의 정확한 산정을 위해 감정평가를 신청하였고, 감정평가 결과 현물 출자할 재산 중 총자산은 2,212,964,890원, 총부채는 1,000,632,280원 순자산가액은 1,212,332,610원으로 확인되며 부채 중 쟁점근저당채무액 816,00,000원은 단기차입금으로 계상된 것으로 나타나며,

(1) 단기차입금은 부동산 취득과 관련한 차입금으로 해당 채권자에게 채무조회서를 통해 확인하였다고 청구인이 제출한 감정평가보고서에서 확인된다.

(2) 청구인이 쟁점부동산의 매매대금 770백만원보다 더 많은 채무 816백만원을 승계한 사유는 쟁점 부동산에 발전기, 수조 등 시설장치가 있어 매매대금 이상의 채무를 승계한 것이지 다른 특별한 목적은 없었다라고 진술하고 있으며, 시설장치의 감정평가액은 발전기 1500kw 11,940,000원, 수조(1100ton)는 54,500,000원으로 감정평가보고서에서 확인된다.

3. 청구인과 신설법인이 현물출자를 원인계약으로 2019.2.19.에 쟁점부동산을 등기 경료한 사실이 확인되며, 쟁점근저당채무는 채무자 명의는 변경하지 않은 사실이 등기전부명령증명서에 나타난다.

4. 청구인의 쟁점근저당채무에 대한 근저당설정계약이 신설법인으로 변경되지 않은 것은 해당은행 내부규정 상 대출명의변경은 은행 운영정책상의 사유 1) 때문이었다고 주장하고 있으며, 심리담당자가 은행관계자와 유선전화로 문의한 바 동일한 사유로 변경등기가 되지 않은 것으로 확인된다.

5. 쟁점근저당채무에 대한 채무자 변경 등기는 등기부전부증명서상에서 행하여지지 않았지만, 피담보채무 범위변경에 대하여 채무자를 청구인과 신설법인이 공동으로 서명 날인하고, 2019년 5월 28일 대법원에서 확정일자를 받은 사실이 청구인이 제출한 증빙자료 ‘근저당권설정변경계약서’상에 나타난다.

6. 신설법인이 설립된 2019년 과세연도부터 신설법인은 쟁점 근저당채무를 단기차입금 816,000,000원으로 재무상태표에 계상하였고, 그에 대한 이자비용도 손익계산서상에 계상하여 신설법인이 이자비용을 부담하였으며, 청구인이 제출한 거래처원장과 금융거래 내역서에서 각 연도별 계상한 이자비용은 <표4>과 같다. (이하 표 삽입을 위한 여백) <표4> 쟁점근저당채무에 대한 손익계산서 연도별 이자비용 (단위:원) 과세연도 이자비용 비고 2019년 30,353,184 ㆍ손익계산서 이자비용 계상함 ㆍ신설법인 기업은행 계좌에서 출금된 사실이 확인됨 ㆍ연간 이자율 2020년 23,314,335 2021년 19,806,827 2022년 30,235,145 합계 103,709,491

7. 처분청이 제출한 감사원의 시정지시 자료에서 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세특례 적용업무처리 등에 문제점과 시정요구를 통보한 사실이 확인된다.

• 가) 이월과세 적용 요건 관련 조세특례제한법제2조 제1항 제6호에 따르면 이월과세란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는소득세법제94조에 따른 양도소득세를 과세하지 아니고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 소득세법 제104조 에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것으로 되어 있다. 조특법 제32조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제5항에 따르면 이월과세는 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인전환하는 경우 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인전환하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에만 적용한다고 되어 있다. 한편, 대법원은 이월과세의 취지는 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 것에 불과하여 개인에게 재산 이전에 따른 과세를 하지 않고 추후 법인의 사업용고정자산 양도 시점에 법인으로 하여금 해당 세금을 납부하도록 하는 것으로서 이월과세를 적용하기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설법인에게 그대로 승계되어야 하고, 기존 사업장의 자산과 부채 중 일부가 사업양수도 대상에서 제외되는 경우에 조특법 시행령 제29조 제4항의 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’이란 기존 사업장의 순자산가액이 아니라 조특법 시행령 제29조 제4항의 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’이란 기존 사업장의 순자산가액이 아니라 조특법 시행령 제29조 제2항에 의한 사업양수도 대상에 포함된 것의 순자산가액을 의미한다고 해석함이 타당하다고 판시하였다. 또한, 법원은 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’을 계산함에 있어서도 해당 사업장의 사업에 직접 사용하는 고정자산과 사업과 직접 관련하여 발행한 후 그대로 승계된 부채로 한정하여야 하고, 기존 사업장의 부채가 신설법인에 승계되지 않은 경우 부채는 실질적으로 사업양수도 대상에 포함되지 않았다고 보고 순자산가액을 계산하여야 한다고 판시하였다. 따라서 중부지방국세청은 사업과 관련 없는 부채와 법인에 승계되지 않은 부채를 제외한 후의 ‘법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액’이 신설법인의 자본금보다 큰 경우에는 이월과세 요건이 충족되지 않으므로 이월과세를 적용하지 않도록 관할 세무서의 관련 업무를 지도·감독하여야 한다는 취지로 통보한 사실이 확인된다.
• 나) 감사결과 확인된 문제점 중부지방국세청 관할 **세무서는 다음과 같이 ‘법인전환 사업장의 순자산가액’ 계산 시 포함된 부채 중 법인전환으로 신설되는 법인에 승계되지 않은 기존 사업장의 부채를 제외할 경우 신설법인의 자본금이 법인전환 사업장의 순자산가액에 미달하여 이월과세 요건이 충족되지 않는데도 이월과세를 그대로 적용하여 양도소득세를 징수하지 않고 있는 것으로 확인되었다.
• 다) 처분청의 과세처분 처분청은 2023.3.7. 감사원 시정지시 통보자료에 의거 당초 청구인이 이월과세 신청한 264,145,020원에 납부불성실 가산세 89,820,194원을 더하여 과세 처분한 사실이 확인된다.
• 라. 판단

1. 관련 법리 국세기본법 제14조제1항 은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.(2014.5.16., 대법원2011두9935 판결 참조).

2. 법인 전환시 신설법인이 쟁점근저당채무를 인수하였는지에 대한 판단 이상의 사실관계 및 관련 법리 등을 종합하여 보건대, 은행의 내부규정상 신설법인 명의로 쟁점근저당채무에 대한 변경등기를 못하였으나, 현물출자약정서에 쟁점부동산을 전부 이전하고 그에 대한 채무를 인수하기로 약정되어 있는 점, 쟁점근저당권채무에 대응하는 자산, 부채가 신설법인의 재무상태표에 계상되어 있는 점, 쟁점근저당채무액 816백만원이 사업과 관련된 채무로 채권자의 채무조회서상에서 확인되는 점, 이자비용 또한 신설법인이 부담하였고 신설법인의 손익계상서상에서 확인되는 점, 은행의 내부규정상 쟁점근저당채무를 형식상 변경등기 하지 못한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 신설법인이 위 쟁점근저당채무를 실질적으로 인수한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구인의 쟁점부동산 양도에 대하여 조세제한특례제한법제32조에 규정하는 현물출자 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 적용함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인은 2013년 쟁점부동산에 대한 대환대출 시, 부동산 담보대출이 아닌 사업 실적이 필요한 일반운전자금 대출을 받고 쟁점부동산을 담보로 제공하였는바, 법인 전환시 신설법인은 사업실적이 거의 없어 운전자금 대출은 명의변경이 쉽지 않았다고 주장하고 있으며, 이에 대한 내용을 2023.8.11.PM 4경 IBK기업은행 ○○○○지점 직원과 유선전화로 재차 확인함. * 자금용도에 따른 대출 종류 ① 시설자금대출, ②운전자금대출