1세대1주택 비과세 요건을 충족한 주택을 멸실하고, 대지만을 양도한 경우에도 비과세가 적용될 수 있는지

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 1998.6.23. AA N구 C동 132-3 대지 364.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 3층 다가구주택 537.76㎡(이하 “이 건 주택”이라 한다)을 취득 및 신축하여 보유하던 중 2016.3.22. 이 건 주택 멸실한 후, 쟁점토지를 2017.1.6. DDD에게 0,000백만원에 양도하였으나 양도소득세를 신고하지 않았다.
• 나. 처분청은 2017년 과세연도 양도소득세 과세자료전에 따라 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 기재된 거래가액 0,000백만원을 양도가액으로, 취득가액은 환산취득가액을 적용하여 양도소득금액 등을 산정한 후, 청구인에게 2022.10.6. 2017년 과세연도 양도소득세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 결정하여 납부고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023.3.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점토지는 청구인이 세대주로서 1세대1주택 상태로 20여 년간 거주한 이 건 주택의 부수토지로서 주택의 노후 및 채산성 악화로 인하여 부득불 철거 후 토지를 매매하였으며, 이 건 주택 멸실 전에 이미 비과세 요건을 갖추었기에 이를 나대지로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

• 가. 청구인이 2017.1.6. 양도한 쟁점토지는 이 건 주택이 2016.3.22. 멸실되어 양도 시점 당시엔 나대지 상태임이 공부상 확인되고 부동산 매매계약서상 양도일자는 잔금일자인 2017.1.6.로 확인되며, 부동산거래계약 신고필증상 계약의 조건에 ‘특이사항이 없다’고 기재되어 있다.
• 나. 그러므로 매매특약에 따라 매매계약 후 양도일 전에 1세대1주택을 멸실한 경우라면 ‘매매계약일 현재’를 기준으로 비과세 여부를 판단할 수 있으나, 쟁점토지의 경우 매매계약일 당시 이 건 주택이 멸실된 상태이며, 계약서상 관련 특약사항도 확인되지 않는다.
• 다. 또한 양도소득에 대한 세법의 해석이나 적용은 쟁점토지의 양도 당시를 기준으로 하여야 하며, 존치하던 주택이 철거된 후 나대지만을 양도한 것이므로 1세대1주택 비과세 적용을 할 수 없으며, 따라서 쟁점토지의 경우 주택의 양도가 아닌 토지의 양도로 보아 과세한 것은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 1세대1주택 비과세 요건이 충족된 이후 주택을 멸실하고 대지만을 양도하였어도 1세대1주택 비과세가 적용될 수 있는지
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 2) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1., 2016.12.20>

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20> 3) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 1995.12.30, 1998.4.1, 1999.12.31, 2002.10.1, 2002.12.30., 2003.11.20, …, 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.12.28>

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
• 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. <개정 2005.12.31, 2010.2.18>

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. <개정 2010.2.18>

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. <개정 1995.12.30>

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다. <개정 2008.2.22, 2010.12.30>

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 3-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 1995.12.30, 1998.4.1, 1999.12.31, 2002.10.1, 2002.12.30., 2003.11.20, …, 2013.2.15, 2014.2.21., 2015.12.28, 2017.2.3>

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 3-2) 소득세법 기본통칙 89-154…12【매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정】 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. <개정 1997.04.08.>
• 다. 사실관계

1. 이 건 처분에 이르게 된 사건흐름은 다음 <표>와 같다. <표> 일자별 사건흐름 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▽󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▽󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏 ’98.6.23. ’16.3.22. ’16.12.6. ’17.1.6. ’17.4.27. 이 건 주택 소유권 보존 및 쟁점토지 소유권 이전 등기 (쟁점토지 취득 원인일: ’97.2.26.) 이 건 주택 멸실 쟁점토지 매매계약 매매 잔금 지급 및 소유권 이전 등기 쟁점토지 분할 등기 (매수인이 분할 등기)

2. 다툼이 없는 사실 관계는 아래와 같다.

• 가) 국세청 전산시스템에 따르면 처분청은 2022.10.6. 청구인에 대한 양도소득세 과세표준과 고지세액 산정에 있어서 양도가액을 0,000백만원, 취득가액을 000백만원으로 하여 과세표준을 000백만원, 고지세액을 000백만원으로 산정하였음이 확인된다.
• 나) 이 건 주택의 멸실 및 양도 당시 쟁점토지 현황을 살펴보면 이 건 주택의 멸실일은 2016.3.22.이고, 멸실 당시 청구인이 1세대1주택 비과세 요건을 충족하였으나, 쟁점토지 양도 계약일인 2016.12.6. 전에 이 건 주택이 멸실된 상태였으므로 매매계약은 쟁점토지에 대해서만 이루어진 것으로 확인된다.

(1) 이 건 주택의 등기사항전부증명서(폐쇄등기부)에 따르면 2016.3.22. 이 건 주택이 멸실된 것으로 확인된다.

(2) 쟁점토지의 매매계약서에는 청구인은 2016.12.6. 쟁점토지를 DDD에게 0,000백만원에 양도하기로 계약하고 계약일에 계약금 000백만원을 영수하였으며, 2017.1.6. 매매대금 전액을 수령하였고 양도 부동산의 표시에는 쟁점토지만 기재되어 있으며 건물 칸에는 ‘없음’으로 기재되어 있음이 확인된다.

(3) (부동산거래계약 신고필증) 신고필증에 따르면 “거래대상, 종류”칸에 “[○]토지, [ ]건축물(), [ ]토지 및 건축물()”로 표시되어 있음이 확인되고, “계약의 조건 또는 기한”칸에 “특이사항 없음”이라고 표시되어 있어 거래대상이 쟁점토지만인 것을 알 수 있다.

3. 청구인의 상세한 주장 내용은 아래와 같다.

• 가) 쟁점토지 양도에 적용한 소득세법 시행령제154조 관련

(1) “양도일 현재 1주택 보유”에 대한 이 법 시행령 해석 관계를 두고 보면, 1세대1주택 요건을 갖춘 현재 주택에 대한 법 적용은 당연하겠지만, 예외적 사안이나 이미 재정된 재건축, 재개발 등에 따른 토지 수용 등 여러 복잡한 사안들을 규정할 수 있는 근거 법이 될 수 없다.

(2) 왜냐하면, 양도일 기준 현존 주택을 보유하여야 한다면 재건축 분양권에 대해 1세대1주택으로 보는 관점 및 토지 수용 보상에 따른 허물어진 주택에 대해 1세대1주택으로 본다는 관련 사실 등은 양도일 현재 1주택이 꼭 현존 주택만을 요구하지 않는 사실관계에 대한 논리적 해석이 나오기 때문이다.

(3) 이러한 법령 이해적 논리를 볼 때 양도일 현재 1주택 보유의 해석은 2주택 이상이 아닌 1주택의 개념, 즉, 1세대1주택에 대한 요건 표현을 목적한 일환적 표현 방법에서 만들어진 용어로서 1세대의 개념 뜻과 같은 의미가 담긴 해석으로 보인다.

(4) 즉, 다시 말하면 고유 명사의 건물 주택이 아닌 의존 명사의 주택을 표시한 경우로서 명사 아닌 명사로 해석하여야 함이 확인된다.

• 나) 소득세법제89조제1항제3호는 1세대1주택에 대한 포괄 범위 법이다.

(1) 소득세법제89조제1항제3호의 “비과세 양도소득”은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택 부수 토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득으로 규정된 내용은 1세대1주택 정의 해석을 암시한 관건 문장으로 보인다.

(2) 위의 소득세법제89조제1항제3호의 “주택”과 이에 딸린 토지로서 “건물이 정착된” 문장 해석은 주택 부분과 토지 부분을 “과”(예시: 이것과 저것)로 구분 서술 하면서 “토지로서”는 격조사 문법으로 주택이 주택의 자격을 토지에 공유 수단으로 부여한 사실을 근거한다. (가) “건물”의 표시에서는 소득세법제88조 정의에 “주택”을 “정의”한 명칭에도 불구하고 건물로 표시한 점은 주택으로만 제한할 수 없는 여러 상황들의 복합성을 고려한 표현기법으로 풀이된다. (나) “정착된”의 해석은 “정착 되어 있는” 현재형 어휘로 표시하지 않은 점의 용어 구성은 이 법 문장 해석의 중점이 되겠으며 이 사실은 곧 정착된 [정착된(된)의 표시는 “되”, “되다”에 과거 의미의 활용형 니은(ㄴ)을 사용하였다고 하기도 하고 “되”, “되다”의 과거 활용형이라고도 하지만 어떠하던 과거를 의미한 언어로는 명백하다. 여기서 일종의 영미 문법을 더한다면 과거 뜻의 동사에서 파생된 과거분사 즉 과거와 현재의 뜻을 함축한 속칭 언어로도 해석 하여 진다.]의 구성 문법 해석을 요구한다.

(3) 위의 법 규정의 문장 해석과 같이 청구주장과도 같이 소득세법제89조제1항제3호는 이미 제정된 1세대1주택 관련 세칙 등을 모두 수용할 수 있는 포괄적 범위를 표시한 법 규정으로서, 쟁점토지 양도(매매)에 대해서도 당연 적용법으로 풀이 된다면, 양도일 기준 주택이 없더라도 과거 1세대1주택 요건을 갖춘 1주택이 철거되어 현존 하지 많은 상태의 나대지라도 1주택으로 본다는 해석의 합당성에 반대할 여지가 없다할 것이다.

(4) 그렇다면 원칙 법률에서 허용된 청구주장이 맞다할 것인데 국세청 주장과는 엇갈린 법 적용 및 해석으로 보이는 것은, 국세청에서 원칙 법률을 잘못 해석 적용해서로 보이며, 또한 시행령이나 시행 규칙에 쟁점토지 사례에 대한 규정이 없는 사실 등은 이 건에 대한 청구주장의 근거로 인정되어야 할 것이다.

• 다) 따라서 쟁점토지는 1세대1주택 부지의 효력을 가졌으므로 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다.
• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 소득세법제89조【비과세 양도소득】(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것)제1항에는 “다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ‘양도소득세’라 한다)를 과세하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제3호에는 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ‘주택부수토지’라 한다)의 양도로 발생하는 소득”이라고 규정되어 있으며, 가목에는 “1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택”이 규정되어 있다. 나) 소득세법 시행령제154조【1세대1주택의 범위】(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것)제1항에는 “법 제89조제1항제3호가목에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 ‘1세대’라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, (이하 생략)”이라고 규정되어 있다.
• 다) 한편, 과거 법원은 1세대1주택 요건을 갖춘 주택을 매매특약에 따라 소유권 이전등기 전에 철거하고 부수토지만을 이전하는 경우에도 철거될 당시 요건이 갖추었다면 비과세가 적용되어야 한다는 판단(서울행정법원 2007.5.10. 선고 2007구단26 판결)을 한 바가 있고, 국세청도 “ 소득세법 시행령제154조제1항의 규정에 따른 1세대1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 하는 것입니다. 다만 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 하는 것입니다.”라고 해석(서면인터넷방문상담4팀-2195, 2006.7.11.)한 바가 있다.
• 라) 그러나, 최근 기획재정부는 “주택에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매특약에 따라 잔금청산 전에 멸실한 경우, 1세대1주택 비과세 등”의 판정 시 양도물건의 판정 기준일을 언제로 해야 하느냐는 질의에 대하여 “귀 질의의 경우 양도일(잔금청산일)이 기준일이며, 회신일 이후 매매계약 체결하는 경우부터 적용하는 것입니다.”라고 해석(기획재정부 재산세제과-1543, 2022.12.20.)하여 회신한 사실이 있다.

2. 주택을 멸실하고 대지만을 양도하였어도 1세대1주택 비과세가 적용될 수 있는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 주택의 멸실 당시 1세대1주택 비과세요건을 충족한 경우라도 주택을 멸실하고 대지만을 양도한 경우는 1세대1주택 비과세가 적용될 수 없다고 판단된다.

(1) 쟁점토지의 매매계약은 이 건 주택이 멸실된 때로부터 8개월 이상이 지난 2016.12.6. 이루어졌고, 이에 대하여는 청구인도 다투지 않고 있다.

(2) 소득세법령상에는 명문으로 1세대1주택의 비과세는 “양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우”라고 규정하고 있으므로 특별한 예외규정이 없는 한 양도일 현재에 비과세 요건을 충족하는 주택을 보유하고 있어야만 비과세가 적용되는데, 청구인과 같이 이 건 주택을 멸실하고 쟁점토지만을 양도한 것과 관련한 예외규정은 확인되지 않는다.

(3) 그리고 앞서 살펴본 기획재정부의 세법 해석례(기획재정부 재산세제과-1543, 2022.12.20.)와 같이 과세관청은 1세대1주택 비과세 등의 적용에 있어서 “주택에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매특약에 따라 잔금청산 전에 멸실한 경우”에도 양도일을 기준으로 주택이 있는지에 따라 판단하는 등 관련 법령을 보다 제한적으로 해석하고 있음이 확인된다.

(4) 그러므로 청구인과 같이 주택을 임의로 멸실한 후 수개월이 경과하여 주택의 부수토지였던 쟁점토지만의 양도소득을 1세대1주택 부수토지의 양도소득으로 볼 수 없음은 명확해 보인다.

• 나) 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.