쟁점토지를 양도일 현재 일시적 휴경 상태의 농지로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2022.

11. 청구인에게 한 양도소득세 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 1982. 9. 6. ○○시 ○○구 ○○동 461-2 답 1,333㎡ 및 같은 소재지 461-4 답 115㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 매매로 취득하여, 2021.

2.

27. 임◆◆, 박♣♣(이하 “매수인들”이라 한다)과 부동산 매매계약을 체결하고, 2021.

3.

25. 매수인들에게 소유권이전등기를 경료해주었다.

• 나. 청구인은 2021.

24. 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 기한후 신고(감면세액 100,000,000원,납부세액 88,205,270원)를 하였다.

• 다. 처분청은 2022.

5. 9.부터 2022.

5. 28.까지 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시하고 양도토지 중 ○○시 ○○구 ○○동 461-2 답 1,333㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 양도소득세 감면요건 중 “양도일 현재 농지”요건을 충족하지 않은 것으로 보아 감면세액 100,000,000원 중 쟁점토지에 대한 감면세액 85,701,519원을 부인하고, 2022.

7.

11. 청구인에게 110,955,170원을 경정·고지하였다.

• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.

7.

28. 이의신청을 거쳐 2022.

9.

28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청이 쟁점토지를 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경농지에 대해 양도소득세 감면을 부인하고 과세한 것은 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도시기인 2021.

3. 25.에 촬영된 사진이 아닌 2020년 11월 위성사진을 근거로 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하지 않는다고 주장하나，청구인은 2020년 12월경 하치장 내 적치물을 철거 완료하였고, 이는 매매 계약서 작성 이후인 2021.

3.

9. 촬영한 사진을 통해 확인된다. 처분청에서는 “하치장 적치물 철거 후 농작물을 재배한 사실도 확인되지 않는다”라고 하지만 하치장 철거 완료일부터 매매 계약서 작성일(2021.

2. 27.)까지는 파종이 가능한 기간이 아니다.

• 다. 쟁점토지의 매매계약서 특약사항에 “매도인은 매수인이 농지취득자격증명서를 발부받을 수 있도록 농지 원상 복귀 및 제반 조치를 매도인은 하기로 한다”라고 기재되어 있기는 하나, 2020년 12월 쟁점토지 임차인이 하치장의 적치물을 이동한 후 청구인이 가설창고 철거 및 적치물 부스러기, 일부 쓰레기를 굴착기를 이용하여 제거하고 평탄화 작업하였다. 우리나라 농지는 대부분 겨울이 되면 굳어져서 봄이 되면 농기계를 이용하여 토양뒤집기를 하기 때문에, 쟁점토지를 토양뒤집기 작업을 하면 경작이 가능한 상태로 복구한 것이고 토양뒤집기를 할 시기가 되지 않아 매도일까지 청구인이 쟁점토지에 추가 조치를 하지 않은 것으로 쟁점토지가 농지로 사용함에 결격사유가 없었다고 판단된다.
• 라. 대법원에서는 “8년 이상 자경농지로서 양도소득세 비과세 대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경 장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경 상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아햐 할 것이다” 라고 판결한 바 있고(대법원 1998.9.22. 선고 97누706), 청구인은 토지 소유기간 38년 중 28년간 농작물을 경작하였으며，2020년 12월 하치장을 철거하여 2021년 1월부터는 농지로 복구된 상태였으나 매매 계약서 작성 시점인 2021년 2월은 농한기로 노지 작물 파종이 불가능한 상태여서 따로 작물 재배가 이루어지지 않은 것으로, 이는 일시적 휴경상태로 보아야 하며 매수인들도 토지 매수 후 2021년 4월 농업용수 확보를 위한 저류지를 만들고 토양뒤집기 작업을 한 후에 농작물을 심어 농지로 사용하였다. 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정은 보유기간 중 타용도 사용 및 휴경에 대하여는 별도의 규정을 두고 있지 않은데, 2010년 10월부터 2020년 12월까지 약 10년간 하치장으로 사용하였다는 이유만으로 쟁점토지가 감면대상 자경농지에 해당하지 않는다고 판단하여 과세한 것은 부당하다.

• 가. ｢조세특례제한법 제69조 ｣ 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 등 관련 법령에 따라 양도소득세 감면 대상이 되는 “양도일 현재 농지”라 함은 양도일 현재 실지로 경작에 사용되는 토지를 말하는 것이므로, 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실지로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는, 농지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든, 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없고, 감면 요건에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다.
• 나. 쟁점토지는 2009년까지 농지로 사용되었고, 2010년 11월부터 2020년 11월까지 약 10년간 □□□□ 및 ◊◊◊◊주식회사의 하치장으로 사용되었음이 항공사진 및 로드뷰(다음 카카오 맵) 등에 의해 확인되고, 이에 대하여 청구인도 이견이 없다.
• 다. 청구인은 양도일 전 쟁점토지에 있던 적치물을 철거하였으므로 양도 당시 농지에 해당한다고 주장하나, 8년 자경 감면 적용 시 농지요건 판정기준은, 양도일 이전에 매매계약 조건에 따라 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 매매계약일 현재의 농지 기준에 따른다고 되어 있다. 그런데 쟁점토지의 경우에 매매계약서 특약사항에 "매도인은 매수인이 농지취득자격증명서를 발부받을 수 있도록 농지 원상복귀 및 제반 조치를 매도인은 하기로 한다" 라고 기재되어 있으며, ｢중개대상물확인․설명서｣의 "지목실제 이용상태" 항목에 "공터" 라고 기재되어 있으므로 쟁점토지는 매매계약서 작성 당시에도 경작에 사용되고 있던 농지가 아니었던 것으로 보이고, 그때 부터 양도일까지 쟁점토지 현황이 바뀐 것으로 볼 만한 특별한 사정도 확인되지 않는다.
• 라. 청구인은 2020년 12월 적치물 철거 후 양도 계약일인 2021.2.28.까지 약 3개월 동안은 겨울이라 파종을 할 수 없는 상태였으므로 일시적 휴경에 해당한다고 주장하나, 2010년 11월부터 2020년 12월까지 장기간 농업 외 용도로 사용한 토지를 적치물을 제거하였다는 사정만으로 이를 일시적 휴경으로 볼 수는 없다.
• 마. 청구인은 매수자가 농지취득자격증명발급시 결격사유가 없었으므로 지방자치단체인 포항시에서 쟁점토지를 농지로 인정하였던 것이라고 주장하였지만, ○○시로부터 농지취득자격증명을 발급받았다고 하여 쟁점토지가 8년 자경 양도소득세 감면요건을 갖춘 농지로 볼 수 있다는 어떠한 근거도 없으며, 처분청 조사공무원이 매수자 중 1인 임◆◆에 대한 사실 확인 시에 임◆◆은 쟁점토지는 포항시에서 농지가 아닌 것으로 보고 농지 외 세율을 적용하여 취득세를 부과하였다고 진술하였고, 국세청 전산자료에서 취득세 납부내역 등 확인한 바, 쟁점토지에 대해서 농지 외 세율이 적용된 것이 나타나므로 농지취득자격증명을 발급받았다고 해서 쟁점토지가 지자체로부터 농지로 인정받은 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.
• 바. 과세전적부심사시 심리담당자가 양수인 중 1인인 임◆◆에게 양도 당시 양도토지 현황에 대하여 유선 문의한바, 2021년 3월경 양도토지 매수 후 굴착기로 토양을 뒤집고 호박, 오이 등 작물을 심었으나, 작물재배가 잘 되지 않아 2021년에 ○○시 △△면에서 황토와 모래가 섞인 흙을 구하여 쟁점토지에 성토하였다고 진술하였다. 청구인이 촬영(2021.

3. 9.)하여 제출한 사진에서 볼 수 있듯이, 쟁점토지는 하치장으로 장기간 사용되어 토지가 다져진 상태로 적치물들의 철거 만으로는 농작물의 경작이 사실상 불가능하였던 것으로 보이며, 2020년 12월부터 양도 시점인 2021년 3월까지 농작물을 재배한 사실도 확인되지 않는다. 이는 쟁점토지 매수 후 2021년 4월경 굴착기로 토양뒤집기를 한 후 작물을 심었다는 매수인의 진술과도 일치하므로 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보고 8년 자경 감면 부인하고 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 양도일 현재 일시적 휴경 상태의 농지로 보아 8년 자경농지 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) 1-1) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (이하 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. (생략)

3. (생략)

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것. 1-2) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. 2) 지방세법 제11조 【부동산 취득의 세율】

① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

• 가. 농지: 1천분의 23
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

5. 공유물의 분할 또는 부동산 실권 리자명의 등기에 관한 법률제2조제1호나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는제외한다): 1천분의 23

6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23

• 가. 농지: 1천분의 30
• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 3) 지방세기본법 제17조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 양도토지에 대하여 아래와 같이 8년 자경농지 양도소득세 감면 규정을 적용하여 감면세액 100,000,000원, 납부세액 88,205,270원으로 양도소득세 기한 후 신고(2021.

11. 24.) 한 것이 국세청 전산시스템에서 확인된다. (원) 양도소득금액 계산 합계

○○동 461-2(쟁점토지)

○○동 461-4 양도가액 880,000,000 809,432,190 70,567,810 취득가액(환산가액) 152,177,893 140,091,942 12,085,951 기타 필요경비 1,567,575 1,443,079 124,496 양도차익 726,254,532 667,897,169 58,357,363 장기보유 특별공제 217,876,358 200,369,150 17,507,208 양도소득금액 508,378,174 467,528,019 40,850,155 세액감면대상 508,378,174 467,528,019 40,850,155 (천원) 양도소득금액 양도소득기본공제 과세표준 세율 산출세액 감면율 감면세액 납부할세액 508,378 2,500 505,878 42% 177,068 100% 100,000 88,205

2. 청구인이 양도소득세 신고 시 첨부한 서류와 이를 통해 확인된 주요내용은 아래와 같다. 청구인 제출서류 주요 확인내용 주민등록표 초본 ◦ 청구인은 1984.1.30.부터 양도일까지 쟁점토지가 소재한 ○○시에 주소 등록 부동산매매계약서 ◦ 계약일: 2021.2.27. ◦ 잔금청산일: 2021.5.27. (특약사항) ◦ “ 본 계약 물건은 농지로서 등기시에 농지취득자격증명서가 필요함으로 매도인은 매수인이 농지취득 자격증명서를 발부 받을 수 있도록 농지 원상 복구 및 제반 조치를 매도인은 하기로 한다.”라고 기재되어 있 음 (중개물 확인․설명서) ◦ 공인중개사 기본 확인사항의 쟁점토지의 실제 이용상태가 “공터”라고 기재되어 있고，실제 권리관계 및 공시되지 않은 물건의 권리 사항란에“ 없음(이동식 건축물이 있음)” 이라고 기재되어 있음 농지원부 ◦ 쟁점토지의 경작구분란에 “자경” 이라고 기재되어 있음 ◦ 양도토지 이외에 ○○시 ○○동 452, 461-1, 461-3을 안▷▷(자)와 자경하고 있는 것으로 기재되어 있음 청구인 제출서류 주요 확인내용 거래자별매출내역 (○○농협) ◦ 청구인이 2016년 3월부터 2020년 10월까지 매년 비료 등을 구매한 내역이 확인됨 등기사항전부증명서 ◦ 2021.2.27. 매매로 2021.3.25. 등기신청 접수되어 임◆◆, 박♣♣에게 소유권이전 등기됨 쟁점토지 사진 3매 ◦ 2021.3.9.에 촬영한 사진으로 하치장 관련 시설물 철거된 상태임

3. 청구인의 사업자등록 내역 및 종합소득세 신고․경정내역은 국세청 전산시스템에서 확인되지 않는다.

4. 쟁점토지가 2010년 11월부터 2020년 11월까지 약 10년간 □□□□ 및 ◊◊◊◊주식회사의 하치장으로 사용되었다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없으며 쟁점토지의 항공사진 및 로드뷰(카카오, 네이버 맵)는 다음과 같다.

5. 매수인들이 취득세 납부 시 쟁점토지에 대해서는 농지 외 세율(4%)을 적용 받은 반면，양도토지 중 쟁점 외 461-4번지에 대해서는 농지 세율(3%)을 적용 받은 것이 국세청 전산시스템에서 확인되며, 청구인이 2022년 11월경 매수자들이 쟁점토지와 관련한 취득세에 착오가 있어 경정 신고서를 제출하였다고 주장한바 있으나, 국세청 전산시스템에서는 경정된 내역이 확인되지 않았다.

6. 양수인 임◆◆은 2021년 3월경 양도토지 매수 후 굴착기로 토지를 뒤집고 호박，오이 등 작물을 심었으나，작물 재배가 잘 되지 않아 2021년 말경에 ○○시 ◊◊면에서 황토와 모래가 섞인 흙을 구하여 쟁점토지에 채워 성토하였다고 과세전적부심사 심리담당자에게 진술하였다.

7. 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 자경농지 감면 요건 중 양도일 현재 농지 요건 외 거주요건 및 경작요건에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 대법원에서는 “8년 이상 자경농지로서 양도소득세 비과세 대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경 장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경 상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아햐 할 것이다” 라고 판결한 바 있다(대법원 1998.9.22. 선고 97누706).

2. 쟁점토지가 “양도일 현재 농지”요건을 충족하지 않는 것으로 보아 양도소득세를 고지한 처분이 부당한지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때, 쟁점토지는 양도일 현재 일시적 휴경상태의 농지로 봄이 타당하다.

(1) 청구인이 쟁점토지 매매계약서 작성일인 2021.

2.

27. 이전에 쟁점토지의 적치물 등을 철거 완료하여 농지로 활용 가능한 상태로 복구하였고, 실제 매수인들이 취득 후 쟁점토지에서 작물을 경작한 사실이 확인된다.

(2) 매수인은 쟁점토지의 매매계약서에 “본 계약 물건은 농지로서 등기시에 농지취득자격증명서가 필요함으로 매도인은 매수인이 농지취득 자격증명서를 발부 받을 수 있도록 농지 원상 복구 및 제반 조치를 매도인은 하기로 한다.” 라고 기재하여 농지로 사용할 것을 분명히 하고 있고, 실제로 농지취득자격증명서를 발급받았다.

(3) 양도소득세 신고 시 제출한 농지원부, 포항농협의 거래자별매출내역을 살펴보면 청구인이 양도토지 외 인근 토지를 계속 경작을 해오고 있었던 것으로 보이고, 매매계약서 작성 당시는 노지 작물의 파종이 곤란한 농한기로 청구인이 쟁점토지에 경작 재개하지 못한 사유가 있었던 점이 인정된다.

• 나) 따라서 처분청이 쟁점농지를 일시적 휴경상태의 농지가 아니라고 보아 양도소득세를 고지 처분한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.