공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 대상 여부

이 건 심사청구 중 처분청이 2017.8.1. 청구인에게 한 2016년 과세연도 양도소득세 증액처분 부분에 관한 경정거부처분의 취소를 청구하는 부분은 각하하고,

○○세무서장이 2022.4.29. 청구인에게 한 2016년 과세연도 양도소득세 경정거부처분 중 ○○도 ○○시 ○○동 산00-1 임야 1,536㎡, 산00-6 임야 727㎡, 산00-7 임야 1,461㎡, 산00-8 임야 2,131㎡, 산00-9 임야 26㎡의 양도소득은 ｢조세특례제한법｣ 제77조 제1항 제1호 의 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 감면세액 100,000,000원의 경정을 거부한 부분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 2003.8.22. 전 소유자가 산림형질변경허가를 득한 ○○도 ○○시 ○○동 산00-1 임야 9,037㎡를 취득하여 2003.9.20. 임AA에게 위 토지 중 3,156㎡를 매도하고 나머지 5,881㎡(2014.11.7. 산00-1 임야 1,536㎡, 산00-6 임야 727㎡, 산00-7 임야 1,461㎡, 산00-8 임야 2,131㎡, 산00-9 임야 26㎡로 분필되었으며, 이하 위 토지들을 합하여 “이 사건 양도토지”라 한다)를 보유하였다.
• 나. 청구인은 2003.12월경부터 2009.11월경까지 위 ○○동 산00-1 임야 8,958㎡에 관하여 매년 12월경을 종기로 하여 산지전용목적을 ‘주유소’로 하는 산지전용허가(기간연장 등)을 받아오다가, 2010.11.경 위 토지에 관한 산지전용기간의 연장허가를 신청하였는데, ○○시 ○○출장소장은 2010.11.15. 청구인에게 위 토지는 지구단위계획구역으로 지정되고 지구단위계획 내용이 수립․고시(2009.12.16.)된 지역으로, 신청내용이 위 지구단위계획 내용에 부합되지 않는다는 이유로 전용기간연장 불허가결정을 하였다.
• 다. 한편, 이 사건 양도토지는 2009.12.16. ○○도 고시 제2009-000호로 도시관리계획(용도지역변경, 제1종지구단위계획) 결정 고시된 ‘○○(○○지구) 도시관리계획’ 내 토지이며, 이 사건 양도토지 중 4필지(산00-6 임야 727㎡, 산00-7 임야 1,461㎡, 산00-8 임야 2,131㎡, 산00-9 임야 26㎡, 합계 4,345㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)는 2014.3.7. ○○시 고시 제2014-000호로 실시계획인가된 ‘○○ ○○지구 도시계획시설사업’(이하 “이 사건 도시계획시설사업”이라 한다) 내 도시계획시설(도로, 녹지, 공공공지 등)에 편입된 토지이다.
• 라. 청구인은 2015.1.30. 이 사건 양도토지를 BBBB 유한회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 000원에 양도하는 매매계약을 체결하고 2016.7.7.(잔금청산일) 양도하였다.
• 마. 청구인은 2016.9.29. 이 사건 양도토지를 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당함을 사유로 사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 적용하고 일반 누진세율로 양도소득세 예정신고(신고세액 000원)를 하였다.
• 바. 처분청은 2017.8.1. 이 사건 양도토지 중 산00-8 임야 2,131㎡(자연녹지지역으로 지정된 토지임, 이하 “쟁점녹지지역토지”라 한다)는 임야 본래의 용도로 사용이 금지 또는 제한되지 않았으므로 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하지 않음을 사유로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아, 쟁점녹지지역토지에 대해서는 장기보유 특별공제의 적용을 배제하고 10% 추가가산 누진세율을 적용하여 청구인에게 2016년 과세연도 양도소득세 000원을 경정․고지하였다(이하 “당초 증액처분”이라 한다).
• 사. 이후 청구인은 2022.3.11. (i) 이 사건 양도토지 중 도시계획시설로 편입된 쟁점토지는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제77조 제1항 제1호에서 규정한 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣(이하 “토지보상법”이라 한다)이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당함을 사유로, (ii) 쟁점토지는 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하므로 처분청이 당초 증액처분시 비사업용 토지로 보아 과세한 쟁점녹지지역토지는 사업용 토지에 해당함을 사유로 처분청에 2016년 과세연도 양도소득세 000원을 감액해달라는 경정청구를 하였다.
• 아. 처분청은 2022.4.29. 쟁점토지는 양도 당시 사업시행자가 아닌 청구외법인에 양도하였고, 쟁점녹지지역토지는 당초 증액처분에 대한 불복소송에서 비사업용 토지로 확정되었으므로 조특법 제77조 제1항 제1호 및 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에 해당하지 않음을 이유로 이 건 경정청구를 거부하였다.
• 자. 청구인은 이에 불복하여 2022.5.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 청구외법인이 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자가 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부하였으나, ○○시 고시 제2015-000호(2015.9.30.)에서 이 사건 도시계획시설사업에 대한 사업시행자가 아래와 같이 ‘CCCC㈜’에서 ‘CCCC㈜와 청구외법인’으로 지정(변경)되었다. <2015.9.30. 이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 고시 내역> (기재 생략)
• 나. 쟁점토지는 ○○시 고시 제2014-000호(2014.3.7.)로 실시계획 인가된 이 사건 도시계획시설사업 내 도시계획시설(학교, 공원, 녹지, 공공공지, 도로, 주차장, 공공청사)에 편입된 토지이다. 쟁점토지는 토지이용계획확인원과 같이 도시계획시설(완충녹지, 도로, 공공공지)에 편입된 토지로 사업시행자인 청구외법인에 매도한 토지이다.
• 다. 이 사건 도시계획시설사업은 토지보상법 제4조 제8호 및 별표 제22호 ‘｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣(이하 “국토계획법”이라 한다)에 따른 도시․군계획시설사업)에 해당하므로 토지보상법에서 정한 공익사업에 해당하는바, 도시계획시설로 편입된 토지인 쟁점토지는 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지에 해당한다. 또한 쟁점토지의 취득일은 2003.8.22.로서 쟁점토지는 사업인정 고시일(2014.3.7.)부터 2년 이전에 취득한 토지에 해당한다.
• 라. 따라서 쟁점토지의 양도소득은 조특법 제77조(공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면) 제1항 제1호에서 규정한 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당되므로 양도소득세 감면대상에 해당하고, 쟁점녹지지역토지는 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지에 해당하므로 사업용 토지에 해당한다.
• 마. 위와 같이 처분청이 청구인의 2016년 과세연도 양도소득세 경정청구와 관련하여 사업시행자 착오로 조특법 제77조 제1항 제1호 및 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 것은 부당하므로 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.

• 가. 이 건 경정청구의 위법성 1) 당초 청구인은 이 사건 양도토지를 양도하고 사업용 토지로 보아 양도소득세 신고(신고납부세액 000원)하였으며, 처분청은 이 사건 양도토지 중 쟁점녹지지역토지(산00-8 임야 2,131㎡)가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2017.8.1. 당초 증액처분(고지세액 000원)을 하였다. 2) 이에 청구인은 쟁점녹지지역토지가 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당한다고 보고, 당초 증액처분에 대하여 불복하여 2017.10.10. 심판청구(2018.2.20. 기각)를 거쳐 행정소송을 제기하였으나 2020.4.9. 대법원에서 최종 패소 확정판결되었다. 3) 청구인은 2022.3.11. 당초 불복청구에서 주장하는 이유와 다른 법률근거인 조특법 제77조 제1항 제1호에서 규정하는 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당(양도소득세 감면대상)하고 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 토지보상법에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업용 토지에 해당함을 이유로 이 건 경정청구를 하였다. 4) ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서는 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이 건 경정청구는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 에서 정한 당초 증액처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 청구한 것이 아니므로 적법하지 아니한 경정청구에 해당한다.
• 나. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 해당 여부 1) 청구인은 쟁점토지의 양도소득이 조특법 제77조 제1항 제1호에서 규정한 ‘토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’에 해당한다고 주장하고 있다. 2) 2014.3.7. ○○시 고시 제2014-000호로 고시된 ‘이 사건 도시계획시설사업 실시계획인가 고시’에 따르면 사업시행자가 CCCC㈜로 지정 고시되었으며, 그 후 2015.9.30. ○○시 고시 제2015-000호로 고시된 ‘이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 및 실시계획(변경)인가 고시’에 따르면 사업시행자가 CCCC㈜와 청구외법인으로 공동사업시행자로 변경지정 고시되었다. 3) 이 사건 양도토지(쟁점토지 포함) 매매계약서를 보면, 청구인은 2015.1.30.에 이 사건 양도토지를 매수인 청구외법인에 매매대금 000원(계약금은 000원, 중도금은 4차에 걸쳐 2015.11.10.부터 2016.5.4.까지 000원, 잔금은 2016.7.7. 000원)으로 하는 매매계약을 체결하였다. 4) 이 사건 양도토지 매매계약일인 2015.1.30.에는 사업시행자가 CCCC㈜이므로 쟁점토지는 ‘공익사업의 시행자에게 양도’하는 토지에 해당하지 않으며, 잔금지급일 및 소유권이전 등기일인 2016.7.7.에는 사업시행자가 CCCC㈜와 청구외법인이 공동사업시행자로 지정된 상태에 있었던 때이다. 5) 위와 같이 청구외법인은 이 사건 양도토지 양도계약 당시 사업시행자 지정을 받지 못하였으며, ○○시 고시에 의하여 단독 사업시행자로 지정 받은 것은 잔금일 및 소유권이전 등기일 이후인 2016.12.9.이므로, 쟁점토지는 ‘공익사업의 시행자에게 양도’하는 토지에 해당하지 않는다. 따라서 쟁점토지의 양도소득은 조특법 제77조 제1항 제1호 규정에 의한 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하지 않는다.
• 다. 토지보상법에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업용 토지 해당 여부 이 사건 양도토지(쟁점녹지지역토지 포함)의 양도는 앞에 살펴본 바와 같이 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 양도한 경우에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 청구인은 청구외법인과 이 사건 양도토지에 관하여 사법상 매매계약을 체결하였을 뿐 토지보상법에서 규정한 협의매수 또는 수용의 절차를 거치지 아니하였으므로, 쟁점녹지지역토지는 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 “ 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지”에 해당하지 않는다. 따라서 쟁점녹지지역토지는 비사업용토지로 보지 아니하는 토지에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁 점 1) (본안전 심리) 이 건 심사청구 중 당초 증액처분 부분에 관한 경정거부처분의 취소청구 부분이 적법한 청구인지 2) 쟁점토지의 양도소득은 공익사업에 필요한 토지를 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당한다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 2) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[괄호 생략]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다. <신설 2010.12.27.> 2-1) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “공익사업”이란 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. 2-2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

8. 그 밖에 별표에 규정된 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업 2-3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 [별표] 그 밖에 별표에 규정된 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업(제4조제8호 관련)

22. ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 도시․군계획시설사업 2-4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “기반시설”이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

• 가. 도로․철도․항만․공항․주차장 등 교통시설
• 나. 광장․공원․녹지 등 공간시설

7. “도시․군계획시설”이란 기반시설 중 도시․군관리계획으로 결정된 시설을 말한다. 3) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

③ 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(괄호 생략)이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

• 다. 사실관계 1) 양도소득세 신고 및 당초 증액처분 가) 청구인은 2016.7.7. 이 사건 양도토지를 청구외법인에 양도하고, 2016.9.29. 이 사건 양도토지를 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당함을 사유로 사업용 토지로 보아 아래 <표1>과 같이 장기보유 특별공제 적용 및 일반 누진세율 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 나) 처분청은 2017.8.1. 이 사건 양도토지 중 쟁점녹지지역토지는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하지 않음을 사유로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 쟁점녹지지역토지에 대해서는 장기보유 특별공제의 적용을 배제하고 10% 추가가산 누진세율을 적용하여 당초 증액처분을 하였으며, 위 납세고지서는 2017.8.8. 청구인에게 등기송달되었다. <표1> 양도소득세 신고 및 당초 증액처분 내용 (기재 생략) 2) 당초 증액처분에 대한 불복 및 청구인의 패소 확정판결 가) 청구인은 당초 증액처분에 불복하여 2017.10.10. 심판청구(2018.2.20. 기각결정)를 거쳐 처분청을 상대로 당초 증액처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였는데, 청구인은 심판청구 및 행정소송(1심, 2심, 3심)에서 쟁점녹지지역토지가 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당함을 주장하였다. 나) 그러나, 각 재판부는 쟁점녹지지역토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지라 할 수 없다는 이유로 각 원고 패소 판결을 선고하였고(2020.4.9. 대법원에서 최종 원고 패소 확정판결), 위 판결은 2020.4.10. 확정되었다. 3) 이 건 경정청구에 관한 사항 가) 당초 증액처분에 대한 경정청구 내용 청구인은 2022.3.11. 당초 증액처분에 대하여 (i) 이 사건 양도토지 중 도시계획시설로 편입된 쟁점토지는 조특법 제77조 제1항 제1호에서 규정한 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당함을 사유로, (ii) 쟁점토지는 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14 제3항 제3호 에서 규정한 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하므로 처분청이 당초 증액처분시 비사업용 토지로 보아 과세한 쟁점녹지지역토지는 사업용 토지에 해당함을 사유로 처분청에 아래 <표2>와 같이 이 건 경정청구를 하였다. <표2> 당초 증액처분에 대한 경정청구 내용 (기재 생략) 나) 이 사건 양도토지 신고, 당초 증액처분, 경정청구사항 비교 이 사건 양도토지의 신고, 당초 증액처분, 경정청구에 관하여 사업용 토지 여부, 공익사업용 토지에 대한 감면 여부를 비교․정리하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 이 사건 양도토지의 신고, 당초 증액처분, 경정청구사항 비교 (기재 생략) 4) 쟁점토지에 관한 사항 가)

○○동 산00-1 토지 분할 (1)

○○동 산00-1 임야 9,037㎡는 2011.3.25. ○○동 산00-1 임야 5,881㎡(이 사건 양도토지), 산00-5 임야 3,156㎡로 분할되었고, 이 사건 양도토지는 청구인의 소유로, 산00-5 임야 3,156㎡는 임AA의 소유로 공유물 분할되었다. (2) 청구인은 2014.11.7. 이 사건 양도토지를 ○○동 산00-1 임야 1,536㎡, 산00-6 임야 727㎡, 산00-7 임야 1,461㎡, 산00-8 임야 1,536㎡, 산00-9 임야 26㎡로 분할하였다(이 사건 양도토지 중 산00-1 토지를 제외한 산00-6, 산00-7, 산00-8, 산00-9 토지가 쟁점토지이며, 쟁점토지 중 산00-8 토지가 쟁점녹지지역토지임). 나)

○○ ○○지구 도시관리계획 고시

○○도지사는 2009.12.16. ○○동 산00-1 임야 9,037㎡ 일대에 관하여 ○○도 고시 제2009-000호로 ○○ ○○지구 도시관리계획(용도지역변경․제1종지구단위계획(용도지역변경․제1종 지구단위계획)을 지형도면과 함께 결정하여 고시하였는데, 위 ○○동 산00-1(분할 전 토지) 임야 9,037㎡ 토지에는 도로(○○로2류), 완충녹지, 공공공지 등 기반시설이 설치될 것으로 계획되었다. 다) 이 사건 도시계획시설사업 실시계획인가 고시

○○시장은 2014.3.7. ○○시 고시 제2014-000호로 ‘이 사건 도시계획시설사업 실시계획인가 고시’를 하였는데, 위 고시에 따르면 사업시행자를 CCCC㈜로 지정하였고 이 사건 양도토지 중 쟁점토지는 도시계획시설사업의 도로(○○로2류), 완충녹지, 공공공지로 편입되었다. <2014.3.7. 이 사건 도시계획시설사업 실시계획인가 고시 중 일부> (기재 생략) 라) 이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 고시 내역 (1)

○○시장은 2015.9.30. 팽택시 고시 제2015-000호로 ‘이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 고시’를 하였는데, 사업시행자가 ‘CCCC㈜’에서 ‘CCCC㈜와 청구외법인’ 공동사업시행자로 변경지정되었다. (2)

○○시장은 2016.12.9. ○○시 고시 제2016-337호로 ‘이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 (변경)지정 고시’를 하였는데, 사업시행자가 ‘CCCC㈜와 청구외법인’에서 ‘청구외법인’ 단독 사업시행자로 변경지정되었다. (3)

○○시장은 2019.6.12. ○○시 고시 제2019-198호로 ‘이 사건 도시계획시설사업 사업시행자 지정(변경) 고시’를 하였는데, 사업시행자가 ‘청구외법인’에서 ‘CCCC㈜’로 변경지정되었다(청구외법인의 법인등기사항증명서에 따르면 청구외법인은 2019.4.16. CCCC㈜에 흡수합병되어 해산한 것으로 확인됨). 마) 쟁점토지의 토지이용계획정보에 관한 사항 쟁점토지의 토지이용계획확인원상 ‘국토계획법에 따른 지역․지구 등 지정내역’을 살펴보면, 쟁점토지는 산00-6(임야 727㎡)은 공공공지, 산00-7(임야 1,461㎡)은 도로(○○로2류), 산00-8(임야 2,131㎡, 쟁점녹지지역토지)는 완충녹지, 산00-9(임야 26㎡)는 도로(○○로2류)로 지정된 사실이 확인된다. 5) 쟁점토지 양도에 관한 사항 가) 이 사건 양도토지 매매계약서에 따르면, 청구인은 2015.1.30. 이 사건 양도토지(쟁점토지 포함)를 청구외법인에 000원에 양도하는 매매계약을 체결하고 2016.7.7.(대금청산일)에 양도하였다. 나) 이 사건 양도토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 이 사건 양도토지는 2016.7.7. 청구외법인으로 소유권이전등기가 경료되었다. 다) 이 사건 양도토지의 매수자인 청구외법인은 양도계약 당시(2015.1.30.)에는 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정되기 전이었으나, ｢소득세법｣상 자산의 양도시기인 대금청산일(2016.7.7.)에는 CCCC㈜와 공동으로 사업시행자로 지정된 상태이었다. <이 사건 양도토지 매매계약서> (기재 생략)

• 라. 판단 1) (본안 전 심리) 이 건 심사청구 중 당초 증액처분 부분에 관한 경정거부처분의 취소청구 부분이 적법한 청구인지
• 가) 관련 법리 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제45조의2 제1항 (이하 ‘개정 전 규정’이라 한다)은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청․심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다)이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하고 있었다. 이에 대하여 대법원은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 3년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없고, 개정 전 규정에 의하여 경정청구기간이 이의신청 등 기간으로 제한되는 “세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우”란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다”고 판시하였다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결 참조). 청구인이 경정청구를 할 당시 적용되는 구 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항 단서는 “다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이는 개정 전 규정에서 이의신청․심사청구 또는 심판청구 기간 내에 하여야 하는 경정청구의 범위를 판례가 위와 같이 증액경정청구로 제한한 것을 입법으로 명확히 한 것이다.
• 나) 구체적 판단 청구인은 이 사건 양도토지를 사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 적용하고 일반 누진세율로 양도소득세 신고를 하였고, 처분청은 2017.8.1. 이 사건 양도토지 중 쟁점녹지지역토지는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 쟁점녹지지역토지에 대해서는 장기보유 특별공제의 적용을 배제하고 10% 추가가산 누진세율을 적용하여 당초 증액처분을 하였으므로, 청구인이 경정청구로서 당초 증액처분을 다투기 위해서는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서에 따라 그 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 경정청구를 하였어야 한다. 그런데 청구인은 당초 증액처분의 통지를 받은 2017.8.8.로부터 90일이 경과한 이후에 이 건 경정청구를 하였다. 또한, 청구인은 당초 증액처분에 대한 경정청구기간의 도과와 관계없이 2016년 과세연도 양도소득세에 관하여 당초 신고한 과세표준과 세액에 경정청구 사유가 있는 경우 법정신고기한으로부터 5년 이내에 과세표준과 세액의 감액을 경정청구할 수 있다. 그러나 청구인이 이 건 경정청구에서 쟁점녹지지역토지가 사업용 토지에 해당한다는 사유로 과세표준과 세액의 감액을 청구하는 부분은, 당초 증액처분으로 인하여 증가된 과세표준과 세액의 감액을 청구하는 것이므로 당초 증액처분에 대한 경정청구기간이 도과하면 더 이상 이를 다툴 수 없다. 따라서, 이 건 심사청구 중 당초 증액처분 부분에 관한 경정거부처분의 취소를 청구하는 부분은 부적법한 청구에 해당한다. 2) 조특법 제77조 제1항에 따른 세액 감면 대상인지
• 가) 관련 규정 조특법 제77조 제1항 제1호는, 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2018.12.31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.
• 나) 조특법 제77조 제1항에 따른 세액 감면 대상인지에 관한 판단 (1) 위 관련 규정과 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 쟁점토지의 양도소득은 조특법 제77조 제1항 제1호에서 규정한 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당한다. (가) 쟁점토지는 이 사건 도시계획시설사업에 따라 국토계획법 제2조 제6호 가목, 국토계획법 시행령 제2조 제1항 제1호 가 규정한 ‘기반시설’인 ‘도로’, ‘공공공지’, ‘완충녹지’ 중 일부로써, 이 사건 도시계획시설사업의 대상이다. (나) 이 사건 도시계획시설사업은 토지보상법 제4조 제8호 및 별표 제22호 소정의 ‘국토계획법에 따른 도시계획시설사업’으로 토지보상법이 적용되는 공익사업에 해당한다. (다) 이 사건 도시계획시설사업은 2014.3.7. 도시계획시설사업 실시계획인가 고시가 되었는바, 쟁점토지는 취득일이 2003.8.22.이므로 사업인정고시일(2014.3.7.)부터 2년 이전에 취득한 토지에 해당한다. (라) 처분청은 쟁점토지의 양도소득은 사업시행자가 아닌 자에게 양도하였으므로 조특법 제77조 제1항에 따른 세액 감면 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구인은 2016.7.7. 이 사건 양도토지(쟁점토지 포함)를 매수자인 청구외법인에 양도하였는데, 청구외법인은 2015.9.30. 이 사건 도시계획시설사업의 공동 사업시행자로 지정(변경)되었으므로 쟁점토지의 양도 당시 청구외법인은 사업시행자의 지위에 있었다. (2) 따라서, 이 건 경정청구 거부처분 중 쟁점토지의 양도소득은 조특법 제77조 제1항 제1호의 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 감면세액의 경정을 거부한 부분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 불복청구의 대상이 아닌 부적법한 청구에 해당되거나 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.