소득세법 제100조 제3항은 간주규정으로 해석하여야 하므로 기준시가에 의한 과세처분은 적법함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2021.5.17. ○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○ 대지 287.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 곳 ○○ 근린생활시설 498.3㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 1,795,000,000원에 일괄 양도한 후 일괄 양도가액을 기준시가로 안분 계산하여 쟁점토지가액 734,328,264원, 쟁점건물가액 1,060,671,736원으로 산정하고, 쟁점토지의 취득가액은 기준시가에 의한 환산취득가액 395,053,536원, 쟁점건물의 취득가액은 실지거래가액 575,881,000원으로 산정하여 2021.7.29. 2021년 귀속 양도소득세 253,867,488원을 예정신고 납부하였다.
• 나. 청구인은 2021.9.3. 수정신고서를 제출하면서, 양도가액은 부동산매매계약서상에 구분 기재된 쟁점토지가액 1,195,000,000원, 쟁점건물가액 600,000,000원으로 변경하고, 쟁점토지의 취득가액은 기준시가에 의한 환산취득가액 산정에 오류가 있어 12,703,692원으로 재산정하여 59,659,063원을 추가 납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 수정신고한 ‘매매계약서 상의 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액’은 소득세법 제100조 제2항 에 따라 ‘기준시가로 안분계산한 가액’과 100분의 30 이상 차이가 있어, 동법 제100조 제3항에 따라 쟁점토지와 쟁점건물의 가액 구분이 불분명한 때로 보아 일괄 양도가액을 기준시가로 안분하여 2021.12.28. 양도소득세를 과세예고통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.3. 과세전적부심사를 청구하였고 2022.3.7. 불채택으로 결정되어, 처분청은 2022.3.9. 양도소득세 68,283,270원(가산세 포함)을 부과처분하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.5.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액을 원칙적으로 실지거래가액에 의하도록 하고 있는 소득세법의 체계에 비추어, 쟁점부동산의 매매계약서 상에 구분 기재된 실지거래가액을 양도가액으로 인정하여야 한다.

• 가. 2006.1.1. 이후에는 실지거래가액으로 양도신고하는 것이 원칙이므로 쟁점부동산 일괄 양도가액 1,750,000,000원 중 건물 양도가액 600,000,000원, 토지 양도가액 1,175,000,000원으로 구분하고, 취득가액은 토지는 환산가액으로 건물은 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 청구인이 양도한 쟁점부동산은 2005년 사업고시된 지역으로 2021년 양도 당시 환지 중에 있는 구획정리지역인바, 2005년 사업고시 이후로 토지 실지거래가액이 급등한 지역이고, 양도시 쟁점부동산의 토지시세가 평당 1,259,000원이었고, 2021.12월 인접토지 시세는 평당 1,767,000원이었다. 2021.11.9. 작성된 2021.5.17. 기준시점의 감정평가금액은 ●●감정평가법인의 감정가액 토지 1,045,044,000원, 건물 488,334,000원과 ◇◇감정평가법인의 감정가액 토지 1,027,818,000원, 건물 478,368,000원이다. 동 감정가액에 의한 토지, 건물 가액비율은 쟁점부동산의 토지, 건물 실거래가액 비율과 비슷하다.
• 다. 토지 실거래가액 1,195,000,000원, 건물 실거래가액 600,000,000원인 쟁점부동산의 기준시가에 의한 양도가액 안분계산액은 토지 734,328,264원, 건물 1,060,671,736원인데, 지가가 지속적으로 오르고 있는 사업고시지역에서 토지양도가액은 시세보다 낮고 건물양도가액은 시세보다 높은 불합리함이 발생한다. 따라서 처분청이 건물 실거래가액과 기준시가에 의한 안분계산액의 차이가 100분의 30이상 차이 나므로, 토지·건물 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 안분계산액에 의해 양도소득세를 과세한 것은 부당하다고 할 것이다.

• 가. 청구인은 매매계약서상 구분 기재되어 있는 가액을 토대로 쟁점토지가액 1,195,000,000원, 쟁점건물가액 600,000,000원으로 하여 양도소득세를 계산하여야 한다고 주장하고 있으나,
• 나. 소득세법 제100조 제3항 에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 각 자산별 기준시가로 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때로 본다”라고 명확히 규정되어 있고, 이에 예외를 허용하는 단서를 규정하고 있지 않고 있으므로, 매매계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있더라도 개별사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분 계산하여야 하고,
• 다. 양도일 현재 쟁점토지의 기준시가는 255,633,840원이고 쟁점건물의 기준시가는 369,240,300원으로 쟁점부동산의 매매대금 1,795,000,000원을 기준시가로 안분 계산한 가액과 매매계약서상 구분 기재된 가액과 비교할 때 약 56%~162%까지 큰 차이가 있어 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때에 해당한다.
• 라. 따라서 이 건 사실관계 및 관련법령에 근거한 처분청의 청구인에 대한 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지, 건물 일괄양도와 관련하여, 매매계약서에 구분 기재한 토지, 건물의 양도가액을 양도차익 산정을 위한 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15.> 3) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는상속세 및 증여세법제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. <개정 2016.3.31.> 4) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점토지·건물의 취득과 처분내역 쟁점부동산의 등기사항전부증명에 의하면, 청구인은 1975.10.16. 쟁점토지를 취득한 후 2020.5.11. 쟁점건물을 준공하였고, 2021.5.17. 쟁점부동산을 일괄양도하였다. <표>

2. 쟁점부동산 매매계약서 상 쟁점토지·건물의 양도가액 청구인이 2021.4.28. 체결한 쟁점부동산의 양도계약서는 아래와 같은데, 총 매매대금을 1,795,000,000원으로 하면서, 특약사항으로 토지분 1,195,000,000원, 건물분 600,000,000원으로 구분하여 명시하고 있다. <그림>

3. 청구인의 양도소득세 신고와 처분청의 결정내역

• 가) 2021.7.29. 양도소득세 예정신고 청구인은 2021.7.29. 양도소득세 예정신고시 쟁점부동산의 양도가액을 아래와 같이 양도 당시의 기준시가에 비례하여 안분계산하였다. <표>
• 나) 2021.9.3. 양도소득세 수정신고 청구인은 쟁점토지의 환산취득가액 계산 오류를 이유로 2021.9.3. 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서를 제출하면서, 쟁점부동산의 양도가액을 매매계약서상 기재된 가액(이하 “신고가액”이라 한다)으로 변경하여 양도차익을 계산하였다. <표>
• 다) 2022.3.9. 처분청의 결정내역 처분청은 청구인이 제출한 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서 상 기재된 쟁점부동산의 신고가액은 양도시 기준시가로 안분계산한 가액(이하 “기준시가 안분가액”이라 한다)과 100분의 30 이상 차이가 있어 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아, 아래와 같이 양도소득금액을 재계산하여 2022.3.9. 양도소득세 68,283,282원을 고지 결정하였다. <표> 청구인의 신고가액은 기준시가 안분가액에 비해 쟁점토지는 62.73% 과대평가, 쟁점건물은 43.43% 과소평가된 것으로 나타난다. <표>

4. 쟁점부동산에 대한 청구인 제출 감정평가내역 청구인은 ●●평가법인과 ◇◇감정평가법인이 양도일인 2021.5.17.을 기준으로 하여 2021.11.9. 작성한 감정평가표 2부를 제출하였는바, 그 평가내역은 아래와 같다. <표>

5. 신고가액, 기준시가 안분가액, 감정평가금액에 의한 비율 비교 쟁점토지·건물가액이 총 양도가액에서 차지하는 비율은 신고가액, 기준시가 안분가액, 감정평가금액 별로 각각 아래와 같은데, 신고가액에 의한 쟁점토지·건물의 가액비율은 감정평가금액 기준 대비 약 2%포인트의 차이를 나타내고 있으나, 기준시가 안분가액 대비 약 26%포인트의 차이를 나타내고 있다. <표>

6. 청구인 제시 인접토지 매매사례가액 청구인은 쟁점토지 신고가액이 인접토지 매매사례가액과 유사하므로, 신고가액이 기준시가 안분가액보다 실지거래가액을 더 잘 반영하고 있다고 주장하며 인접토지 매매계약서를 제출하였는데, 관련 내용은 아래와 같다. <표>

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 아래에서 보는 바와 같은, 소득세법제100조 제3항(이하 “이 사건 조항”이라 한다)의 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다(서울고등법원2019누58799, 2020.06.18., 대법원2020두42798, 2020.11.5. 등 참조)
• 나) 소득세법제100조 제2항, 소득세법 시행령제166조 제6항, 부가가치세법 시행령제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 입법취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석된다.
• 다) 이 사건 조항은 그 문언상 납세자가 토지․건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득의 계산을 위하여 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나는 경우에는 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다.’고 규정하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있다.
• 라) 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 감안하여 소득세법제100조 제2항의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다. 이 사건 조항이 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 위와 같이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다.’고 규정하고 있는 것은 결국, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 볼 수 있다.
• 마) 이 사건 조항을 그 문언에도 불구하고, 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 이 사건 조항을 적용하지 않을 수 있게 되어 사실상 이 사건 조항의 신설 전과 아무런 차이가 없게 되어 간주규정의 형식을 취함으로써 조세 법률관계를 명확히 하고자 하는 입법취지에 위배되는 결과를 초래한다.

2. 신고가액을 양도차익 산정을 위한 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계를 종합하여 살펴보면, 신고가액을 양도차익 산정을 위한 양도가액으로 인정해 달라는 청구 주장은 받아들이기 어렵다.
• 나) 청구인은 쟁점부동산 매매계약서 상에 구분 기재된 가액인 쟁점토지 1,195,000,000원, 쟁점건물 600,000,000원을 양도가액으로 신고하였으나, 기준시가 안분가액은 쟁점토지 734,328,264원, 쟁점건물 1,060,671,736원으로 각각 100분의 30 이상 차이를 보이므로, 이 사건 조항에서 정한 ‘토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는 점,
• 다) 쟁점부동산이 토지가액이 급등하는 대규모 택지개발지구에 속해 있고, 청구인이 제시하고 있는 감정평가액, 인접토지 매매사례가액 등에 비추어 청구인의 신고가액이 시세에 따른 당사자 사이의 합리적 의사합치의 결과라고 볼 여지는 있으나, 이 사건 조항은 위에서 본 바와 같이 반증이 허용되지 않는 간주규정에 해당하는 점 등에 비추어 보면, 처분청이 기준시가 안분가액으로 양도차익을 산정한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.