조세심판원 심사청구 양도소득세

재산세가 종합합산 과세된 쟁점토지를 취득하여 택시회사에 임대하였으나, 택시회사가 차고지로 사용하지 못한 채 나대지 상태로 양도한 경우 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하는 것임

사건번호 심사-양도-2022-0017 선고일 2022.06.02

토지의 비사업용토지 여부는 토지 소유와 관계없이 토지 이용현황으로 판정하는 것으로 해당 토지를 임대한 경우에는 임차인의 토지 이용 현황에 따라 판정하는 것인데, 쟁점토지는 재산세가 종합합산 과세되었고 청구인이 택시회사에 임대하였으나 택시회사의 차고지로 사용되지 못한 채 나대지 상태로 양도되었으므로 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하는 것임

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분 내용
  • 가. 청구인은 2017.3.3. ○○시 ○○구 잡종지 3,302.8㎡(이하 “ 쟁점토지 ”라 한다)를 주식회사 ○○부동산신탁으로부터 석○○(남, ’45년생)와 공유(청구인 지분 1/2)로 매매를 원인으로 10,900백만원에 취득하였다.
  • 나. 청구인은 2017.3.7. 석○○와 ‘○○산업’을 상호로 쟁점토지를 임대하는 부동산임대사업 동업계약서(공동사업지분율 각 50%)를 작성하고, 2017.3.13. ○○세무서에 부동산임대 사업자등록(이하 “

○○산업 ”이라 한다)을 하였다.

  • 다. ○○산업은 2017.4.3. 택시 운수업을 영위하는 ○○상운 주식회사(대표이사 청구인) 및 ○○교통(주)(대표이사 석○○, 이하 ○○상운 주식회사와 ○○교통(주)를 함께하여 “ 임차법인 ”이라 한다)와 쟁점토지 부동산임대차계약 을 체결하였고, 임차법인에 임대한 수입에 대해서는 2017년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 신고를 하였다. (임대차기간) 2017.4.14.부터 2019.4.13.까지, (보증금) 100백만원, (월세) 19백만원
  • 라. ○○교통(주)는 2018.6.20. 관할구청에 쟁점토지를 ○○교통(주)의 제2차고지로 사용하고자 허가 신청하였으나, 관할구청에서는 2018.9.7. 쟁점토지는 ○○특별시고시 제2015-***호(2015.12.10.)에 의거 용도계획으로 결정되지 않은 차고지 용도로는 사용할 수 없다고 회신하였다.
  • 마. 청구인과 석○○는 2019.12.16. 쟁점토지를 ○○○○개발유한회사에 18,000백만원에 양도하였고, 청구인은 2020.2.24. 쟁점토지(1/2지분) 양도에 따른 양도소득세과세표준 신고(양도가액 9,000백만원, 납부할세액 1,309백만원, 이하 “ 쟁점양도소득세신고 ”라 한다)를 하였다.
  • 바. ○○지방국세청 감사관(이하 “ 감사관 ”이라 한다)은 쟁점토지는 청구인의 보유기간 동안 재산세가 종합합산과세대상으로 부과되었고, 임차법인이 차고지 허가 신청하여 허가되지 않은 사실 등에 따라 비사업용 토지로 판단하였고, 2021.9.16. 처분청에 청구인의 쟁점양도소득세신고에 대하여 비사업용 토지의 양도소득세율(일반세율+10%)을 적용하여 양도소득세를 경정하도록 시정지시 하였다.
  • 사. 처분청은 감사관의 시정지시에 따라 2022.1.3. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 407,184,345원을 경정·고지하였고, 2022.1.5. 당초 경정시 양도소득기본공제가 누락된 사실을 반영하여 2019년 과세연도 양도소득세 1,648,725원을 감액경정(당초 경정세액 407,184,345원에서 감액 경정세액 1,648,725원을 차감한 405,535,620원을 이하 “ 쟁점처분 ”이라 한다)하였다.
  • 아. 청구인은 과세전적부심사청구를 거쳐 2022.3.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지를 임차법인의 차고지로 사용하려고 취득하였고 취득후 차고지 사용을 위해 다각도로 노력하였음에도 관할구청에서 차고지 허가를 불허하여 부득이 쟁점토지를 양도한 것이므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 적용한 쟁점처분은 취소되어야 한다.

  • 가. 청구인은 2017.3.3. 쟁점토지를 석○○와 각 1/2씩 지분으로 취득하였고, 2017.3.7. 쟁점토지를 사업장소재지로 하여 ○○산업을 임대사업자로 국세청에 사업자등록 하였다. 또한 ○○산업은 2017.4.3. 쟁점토지를 임차법인에 보증금 100백만원에 월 임대료 19백만원으로 임대차계약을 체결하고, 쟁점토지 양도일인 2019.12.16.까지 토지임대업을 영위하면서 임대수입에 대해서는 2017년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세를 성실하게 신고·납부하였다.
  • 나. 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 임차법인 중 ○○교통(주)에서 차고지(○○시 ○○구 소재)로 사용하던 부지가 협소하여 쟁점토지를 차고지로 사용하고자 ○○구청에 수차례 문의하였으나 답변이 없었고, 2018.3.16. “차고지사용인가 검토요청”을 문서로 접수하였으나 이를 취하해 달라는 답변만 받았다. 이에 ○○교통(주)에서는 차고지 소재 관할인 △△구청에 청구인으로부터 받은 쟁점토지 (차고지)사용 승낙서를 첨부하여 2018.6.20. “여객자동차 운송사업계획 변경(차고지) 신고”를 하였고, 2018.9.7. △△구청에서는 쟁점토지 관할인 ○○구청의 시설확인 회신내용에 따라 부적합하다(근거: ○○특별시 고시 제2015 –***호)고 회신하였다.
  • 다. 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시에는 당연히 쟁점토지가 차고지로 사용이 가능한 것으로 알고 취득하였으며 쟁점토지를 차고지로 사용할 수 없다는 ○○특별시 고시내용은 전혀 알 수도 없는 상황이었다. 또한 임차법인인 ○○교통(주)는 쟁점토지를 수차례 차고지로 사용하려고 노력을 하였으나 관할구청에서는 부적합하다는 회신과 차량 주차시 민원이 야기되지 않아야 한다고만 하였고, 2019년부터 청구인의 사업이 급격하게 부진해지고 쟁점토지 취득과 관련한 대출금과 이자를 더 이상 감당하기 어려워 부득이 쟁점토지를 양도한 것이다.
3. 처분청 의견

쟁점토지는 재산세가 종합합산과세 되는 토지로 실제 이용현황이 나대지에 해당하고 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유나 법률에 따른 사용금지 및 부득이한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 쟁점처분은 정당하다.

  • 가. 비사업용 토지 판단을 위한 토지의 지목은 실제 이용현황에 따라야 한다. 청구인은 쟁점토지를 부동산임대업에 사용하여 사업용토지라고 주장하나, 사업용 토지로 보기 위해서는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지는 지방세법상 재산세가 비과세 및 면제, 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되거나, 토지의 이용 상황 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할만한 상당한 이유가 있어야 한다. 그런데 쟁점토지는 청구인이 취득 후 양도시점까지 재산세가 종합합산과세 되어 쟁점토지를 사업용토지로 보기 위해서는 토지의 이용 상황 등으로 사업과 직접 관련이 있다는 점이 상당하여야 한다. 또한 사업에 사용되는 토지의 비사업용 토지 여부는 토지 소유와 관계없이 토지 이용 현황으로 판정하는 것으로서, 해당 토지를 임대한 경우에는 임차인의 토지 이용 현황에 따라 판정하여야 한다.
  • 나. 쟁점토지는 실제 이용현황이 잡종지(나대지)에 해당한다. 청구인들은 쟁점토지를 임차법인에 임대하였는데 임차법인은 청구인과 석○○가 각각 대표이사로 있는 택시 운수회사이다. 임차법인 중 ○○교통(주)는 쟁점토지에 대해 차고지 시설허가를 신청하였으나 △△구청에 의해 불허되어 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간 동안 쟁점토지는 임차법인이 차고지로 사용하지 못하였다. 또한 실질적으로 쟁점토지의 인터넷 지도상 과거 로드뷰 이력을 보면 쟁점토지 입구 철문에는 잠금장치가 설치되어 있고, 철문 내부는 잡풀이 우거져 있어 임차법인이 택시 운수사업에 실제 사용하지 않았으므로 실제 사용현황도 나대지에 해당한다.
  • 다. 쟁점토지는 청구인 보유기간 중 법률에 따른 사업금지나 그 밖에 부득이한 사유가 있는 경우에 해당하지 않는다. 청구인은 쟁점토지 보유기간인 2년 9개월 동안 임차법인 중 ○○교통(주) 대표이사 석○○가 쟁점토지를 차고지로 이용하기 위하여 노력하였다는 점을 사업용 토지의 근거로 주장하나, 쟁점토지는 ○○특별시고시 제2015-***호(2015.12.10.)도시관리계획(○○지구 택지개발사업 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면고시에 의거 용도계획 결정된 근린생활시설이나 교육연구시설만 허용되며 그 외 용도(자동차관련시설 중 여객자동차운수사업에 따른 차고 포함)는 허용되지 않는다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인이 재산세가 종합합산 과세된 쟁점토지를 차고지로 사용하려는 택시회사에 임대하였으나, 차고지로 사용되지 않고 양도한 경우 사업용토지로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 소득세법 제55조 【세율】 (2018.12.31. 법률16104호로 개정되기 전의 것으로 이하 동일함)

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 종합소득 과세표준 세율 (생략) (생략) 5억원 초과 1억7,460만원 + (5억원을 초과하는 금액의 42퍼센트) 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율 2.〜7. (생략)

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 양도소득 과세표준 세율 (생략) (생략) 5억원 초과 2억2,460만원 + (5억원을 초과하는 금액의 52퍼센트) 4) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(생략)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.(생략)

3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것.(생략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나.지방세법제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

  • 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 5.〜 6.(생략)

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 4-1) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
  • 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 (이하생략) 4-2) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다.

  • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 4-3) 소득세법 시행령 제168조의11 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제104조의3제1항제4호다목에서 "거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가.주차장법에 따른 부설주차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.

  • 나. 지방세법 시행령제101조제3항제1호에 따른 사업자 외의 자로서 업무용자동차(승용자동차ㆍ이륜자동차 및 종업원의 통근용 승합자동차를 제외한다)를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용자동차의 주차장용 토지. 다만, 소유하는 업무용자동차의 차종별 대수에여객자동차 운수사업법또는화물자동차 운수사업법에 규정된 차종별 대당 최저보유차고면적기준을 곱하여 계산한 면적을 합한 면적(이하 "최저차고기준면적"이라 한다)에 1.5를 곱하여 계산한 면적 이내의 토지에 한한다.
  • 다. 주차장운영업용 토지 주차장운영업을 영위하는 자가 소유하고,주차장법에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

14. 그 밖에 제1호부터 제13호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지 중 토지의 이용 상황, 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령으로 정하는 토지 4-4) 지방세법 시행령 제101조 【별도합산과세대상 토지의 범위】

③ 법 제106조제1항제2호나목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1.여객자동차 운수사업법또는화물자동차 운수사업법에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허ㆍ등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허ㆍ등록조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지 4-5) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

5. 그 밖에 공익ㆍ기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 4-6) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준】

① 영 제168조의14제1항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. <개정 2009.4.14>

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

④ 영 제168조의14제3항제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 공장의 가동에 따른 소음ㆍ분진ㆍ악취 등으로 인하여 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접 토지

2. (이하생략) 4-7) 양도소득세 집행기준 104의3-168의11-7【그 밖의 토지의 비사업용 토지 판정】 소득세법 시행령제168조의11에 따른 그 밖의 토지의 비사업용 토지 여부는 토지 소유와 관계없이 토지 이용 현황으로 판정하는 것이므로 해당 토지를 임대(주차장운영업용 토지는 제외)한 경우에는 임차인의 토지 이용 현황에 따라 판정한다. 4-8) 양도소득세 집행기준 104의3-168의11-8【주차장운영업용으로 임대하는 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부】 비사업용 토지로 보지 아니하는 주차장운영업용 토지는 주차장운영업을 영위하는 자가 소유하고주차장법에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지라고 규정하고 있어, 소유 토지를 주차장업을 영위하는 자에게 임대하는 경우에는 비사업용 토지로 보지 아니하는 주차장운영업용 토지에 해당되지 아니한다.

  • 다. 사실관계 1) 일자별 사건흐름을 요약하면 다음과 같다. ’17.3.3. ’17.3.13. ’17.4.3. ’18.6.20. ’18.9.7. ’19.12.16. ’21.9.16 ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ ▲ 청구인 청구인

○○산업 임차법인 △△구청 청구인 감사관 쟁점토지 공유취득 (지분50%) (쟁점토지) 임대사업등록 (○○산업) (쟁점토지) 임차법인과 임대차계약 (쟁점토지) 차고지 허가신청 (쟁점토지) 차고지 불허회신 쟁점토지 양도 (쟁점토지) 비사업용토지시정지시 2) 청구인의 쟁점토지 취득관련 내용은 다음과 같다. 가) 청구인은 2017.3.3. 쟁점토지를 주식회사 ○○부동산신탁으로부터 석○○와 공유(청구인 지분 1/2)로 10,900백만원에 취득하였음이 <그림1>과 같이 쟁점토지 등기사항전부증명서로 확인된다. 나) 청구인이 주식회사 ○○부동산신탁과 작성한 부동산 매매계약서의 주요 내용은 <그림2>와 같으며, 부동산 매매계약서 제11조 제2항에는 쟁점토지의 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면 고시(고시일자 2015.12.10., ○○특별시고시 제2015-***호)내용이 기재되어 있다. <그림2> 쟁점토지 취득시 부동산 매매계약서 주요내용 부동산 매매계약서 매도인 주식회사 ○○부동산신탁과 매수인 청구인·석○○는 매도인이 부동산담보신탁계약에 따라 수탁하고 있는 아래 부동산 표시 기재 부동산에 대하여 다음과 같이 매매계약을 체결한다. 매도인: 주식회사 ○○부동산신탁 매수인: 청구인, 석○○

○ 부동산의 표시: 쟁점토지

• 다 음 - 제1조(매매대금) 매도인은 ‘매매목적물’을 금일백구억원정(₩10,900,000,000)에 매수인에게 매도한다. 제11조(기타사항)

② ‘매매목적물’의 도시관리계획(○○지구 택지개발사업 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면 고시(고시일자 2015.12.10., ○○특별시고시 제2015-***호)와 관련하여 이와 관련한 법령 및 관련사항 등 모든 제반사항에 대해 매도인은 책임을 지지 않으며, 매수인의 비용과 책임으로 진행하여야 하며 이와 관련한 모든 법률적·행정적 제한 사항의 처리는 매수자 책임으로 한다. 3)

○○산업의 쟁점토지 부동산임대사업 관련 내용은 다음과 같다. 가) 청구인은 2017.3.3. 석○○와 ○○산업을 상호로 하여 쟁점토지에서 부동산임대 사업을 시작하는 동업계약서를 <그림3>과 같이 작성하고, 같은 날 세무대리인을 통해 관할 세무서에 사업자등록 신청을 하였다. 나)

○○산업은 토지임대업을 주업종으로 하여 2017.3.7. 개업하여 2019. 12.31. 폐업하였음이 <표1>과 같이 국세청전산망에서 확인된다. 4)

○○산업의 부동산임대차계약 및 부가가치세 신고 내역은 다음과 같다. 가)

○○산업은 2017.4.3. 임차법인과 쟁점토지를 2017.4.14.부터 2019.4.13.까지 2년간 임대하는 부동산임대차계약을 체결하였고, 그 주요내용은 <그림4>와 같다. 나) 임차법인 중 ○○교통(주)는 석○○가 주식지분 46.67%를 소유하면서 대표이사로 등재되어 있고, ○○상운 주식회사는 청구인이 주식지분 49.0%를 소유하면서 대표이사로 등재되어 있다. 다)

○○산업은 <그림4> 부동산임대차계약서의 내용에 따라 발생한 임대수입에 대하여 부가가치세 신고하였음이 <표2>와 같이 국세청 전산망에서 확인된다. 5) 임차법인의 쟁점토지 차고지 허가신청 등 관련 내용은 다음과 같다. 청구인은 임차법인 중 ○○교통(주)가 쟁점토지를 차고지로 사용하고자 관할구청에 허가를 신청하였으나, 관할구청에서 쟁점토지에 대한 차고지 사용승인이 불허 되어 부득이 차고지로 사용할 수 없었다며 별첨 1, 2, 3의 서류를 제출하였고, 그 내용을 요약하면 다음과 같다. 쟁점토지는○○특별시고시 제2015-***호(2015.12.10.),도시관리계획(○○지구 택지 개발사업 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면고시에 의거 용도계획 결정된 건축법시행령 별표1용도별 건축물의 종류제3호의 제1종 근린생활 시설 중 가목 나목(소매점, 휴게음식점, 제과점 등), 제4호의 제2종 근린생활시설 중 라목, 아목 (서점, 제과점 등), 제10호의 교육연구시설만 허용되며 그 외 용도 (제20호 자동차관련시설 중 여객자동차운수사업에 따른 차고 포함)는 불허됨 별첨 일자 제출자료 내용요약 1 ’18.3.16. 차 고 지 사용인가 검토요청

○ ○○교통(주)는 기존에 차고지로 사용하고 있던 ○○시

○○ 구 장지동 863-5 차고지 면적이 협소하여 쟁점 토지를 차고지로 사용하고자 2018.3.16. 쟁점토지 관 할인 ○○구청에 “차고지 사용인가 검토요청”을 문서로 접수하였으나, ○○구청으로부터 문서로는 회신을 받지 못함 2 ’18.6.20. 여객자동차 운송사업 계획변경 (차고지)신고

○ ○○교통(주)는 2018.6.20. △△구청(그 당시 ○○교통 (주)의 차고지 소재 관할)에 청구인의 “토지(차고) 사 용 승낙서”를 첨부하여 쟁점토지를 차고지로 사용 하 겠다는 “여객자동차 운송사업 계획변경 (차고지) 신고”를 문서로 함 3 ’18.9.7. 수송시설 (○○교통 제2차고지) 인가신청 시설확인 결과회신

○ △△구청은 ○○교통(주)가 신청한 “여객자동차 운송 사업 계획변경(제2차고지) 신고”에 대하여 쟁점토지 관할인 ○○구청에 시설확인을 의뢰하여 부적합으로 판정된 사실을 ○○교통(주)에 회신한 공문임 6) 청구인의 쟁점토지 양도 및 양도소득세 신고내용은 다음과 같다.

  • 가) 청구인과 석○○는 2019.12.16. 쟁점토지를 ○○○○개발유한회사에 18,000백만원에 양도한 사실은 앞의 “<그림1> 쟁점토지 등기사항전부증명서 순위번호 13”으로 확인되며, 토지매매계약서의 주요내용은 <그림5>와 같다.
  • 나) 청구인은 2020.2.24. 쟁점토지 양도에 대한 쟁점양도소득세신고시 일반세율 42%를 적용하여 양도소득세 1,309백만원을 산출하고 납부한 사실이 <표3>과 같이 국세청 전산망에서 확인된다. 7) 감사관의 쟁점토지에 대한 비사업용토지 판단 내용은 다음과 같다. 감사관은 쟁점토지는 청구인의 보유기간 동안 재산세가 종합합산과세대상으로 부과되었고, 임차법인이 차고지로 사용하지 못하고 나대지 상태로 양도하였으므로 소득세법상 비사업용토지에 해당하는 것으로 판단하였다. 가) 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과되었음이 ○○구청에서 회신한 쟁점토지에 대한 “재산세 과세내역”(재산세과-1153, 2021.7.2.)으로 <표4>와 같이 확인된다. 나) 감사관은 쟁점토지에 관한 인허가 신청이력 및 이용제한에 대한 내용을 ○○구청장에게 공문(감사관-*, 2021. 6.17.)으로 요청하였고, ○○구청장은 쟁점토지에 대한 차고지 신청에 대하여 차고지로 부적합하다고 다음과 같이 회신(교통행정과-***, 2021.6.21.)하였는데, 앞서 언급한 청구인이 제출한 첨부1, 2, 3의 내용과 동일한 내용으로 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다. 다) 인터넷 포털 사이트 지도로 확인되는, 쟁점토지의 입구 및 항공사진은 다음과 같다. 8) 쟁점토지 사용현황에 대한 청구인의 회신내용은 다음과 같다. 심리담당자가 청구인에게 쟁점토지 보유기간 동안 쟁점토지가 어떻게 사용되었는지에 대하여 2022.4.19. 보정요구를 하였고, 이에 대하여 청구인은 쟁점토지가 차고지로 사용되지 못하였다면서 2022.5.9. 다음과 같이 서면으로 회신하였다 9) 처분청의 쟁점처분 내용은 다음과 같다. 처분청은 감사관의 시정지시에 따라 쟁점양도소득세신고에 대하여 비사업용토지의 양도소득세율 52%를 적용하여 2022.1.3. <표5>와 같이 쟁점처분을 하였다.
  • 라. 판단

1. 관련 법리 가)소득세법제104조제1항에서는 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(“이하 양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당 할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다고 하면서 제8호에서는 제104조의3에 따른 비사업용토지의 경우 양도소득 과세표준이 5억원을 초과하는 경우 “2억2,460만원 + 5억원을 초과하는 금액의 52퍼센트” 등으로 규정하고 있다.

  • 나) 같은 법 제104조의3 제1항에서는 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다고 하면서 제4호에서는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지라 하면서 나목에서는지방세법제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세 대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를, 다목에서는 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제104조의3 제2항에서는 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

2. 청구인이 임차법인이 차고지로 사용하지 않은 쟁점토지를 나대지 상태로 양도한 경우 비사업용토지인지에 대한 판단

  • 가) 위 법리와 앞서 살펴본 다음의 내용으로 볼 때 쟁점토지를 사업용토지로 보기는 어렵다.

① 청구인은 2017.3.3. 석○○와 공유로 쟁점토지를 취득하여 2017.3.7. 쟁점토지 임대업을 영위하는 ○○산업을 사업자등록 하였고 2017.4.14.부터 임차법인에 쟁점토지를 임대하였으며, 임차법인은 2018.6.20. 쟁점토지를 차고지로 사용하고자 관할구청에 신고하였으나, 관할구청에서는 2018.9.7. 쟁점토지는○○특별시고시 제2015-***호(2015.12.10.),도시관리계획(○○지구 택지개발사업 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면고시에 의거 용도계획 결정된 근린생활시설 및 교육연구시설로만 허용되며 차고지 용도로는 사용할 수 없다고 회신하였고, 이에 따라 청구인은 2019.12.16. 쟁점토지를 나대지 상태로 양도한 사실이 앞의 사실관계에서 확인된다.

② 청구인이 2017.3.3. 쟁점토지를 취득할 때 작성된 앞의 “<그림2>” 부동산 매매계약서(제11조 제2항)에는 “매매목적물의 도시관리계획(○○지구 택지개발사업 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면 고시(고시일자 2015. 12.10., ○○특별시 제2015-***호)와 관련하여 이와 관련한 법령 및 관련사항 등 모든 제반사항에 대해 매도인은 책임을 지지 않으며, 매수인의 비용과 책임으로 진행하여야 하며 이와 관련한 모든 법률적·행정적 제한 사항의 처리는 매수자 책임으로 한다.”고 되어 있어 쟁점토지는 청구인이 취득하기 이전부터 이미 차고지 용도로는 사용이 제한되어 있었던 것으로 보인다.

③ 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지는 지방세법상 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되거나 토지의 이용 상황 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있어야 사업용토지로 보나, 쟁점토지는 잡종지로 지방세법상 재산세가 종합합산 과세되었고, 임차법인의 차고지로 사용되지 못한 채 나대지 상태로 양도되었다.

④ 토지의 비사업용토지 여부는 토지 소유와 관계없이 토지 이용 현황으로 판정하는 것으로 해당 토지를 임대한 경우에는 임차인의 토지 이용 현황에 따라 판정하는 것(양도소득세 집행기준 104의3-168의11-7)인데, 쟁점토지는 임차법인이 차고지로 사용하지 않았고 나대지 상태로 양도되었다.

  • 나) 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인에게 한 쟁점처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)