조세심판원 심사청구 양도소득세

가공세금계산서의 공급대가를 쟁점주식 양도가액에 포함하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 심사-양도-2022-0013 선고일 2022.07.13

청구인은 특수관계법인으로 하여금 가공세금계산서를 발행하여 쟁점주식 양도대금을 우회로 수취함으로써 특수관계법인으로부터 유용한 자금을 상환하였다고 봄이 상당한바, 가공세금계산서의 공급대가를 쟁점주식 양도가액에 포함하여 양도소득세럴 과세한 처분은 정당함

기 각 이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 청구인은 부동산개발업을 영위할 목적으로 2015.9.24. □□□□(유)(이하 “□□□□”이라 한다)를 설립하였으며, □□□□은 2015.11.4. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○○ 대지 .㎡와 동소 - 대지 .㎡ 및 건물 ,.*㎡(舊▥▥▥모텔) (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ○○○원에 경매 취득하였다.
  • 나. 또한, 청구인은 2016.5.23. A▲▲, B●●와 함께 부동산개발업을 영위할 목적으로 ◇◇◇◇(주)(이하 “◇◇◇◇”이라 한다)을 설립하였고, ◇◇◇◇은 2016.6.15. ○○ ○○구 ○○동 - 잡종지 ,.㎡(주차장부지)와 동소 ○○○-○ 대지 .㎡ 및 건물 ,*.**㎡(舊◎◎◎◎) (이하 “쟁점부동산②”라 하며, 쟁점부동산①, ②를 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 ○○○원에 매매로 취득하였다.
  • 다. 청구인과 A▲▲, B●●는 2017.4.4. ◇◇◇◇ 주식 각각 ,주, ,주, ,주 합계 ,주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 C▣▣에게 ○○○원[주당 ○○○원(액면가액)]으로 양도하였으며, 청구인은 2017.9.27. □□□□ 주식 ,*주 전부를 C▣▣에게 ○○○원[주당 ○○○원(액면가액)]에 양도하였다(이하 “쟁점주식거래”라고 한다).
  • 라. 한편, ◇◇◇◇이 소유한 쟁점부동산②는 ㈜◈◈◈◈(이하 “◈◈◈◈”이라 한다)이 2020년 입주예정으로 시행한 주상복합형 아파트 ‘◊◊◊◊◊◊◊ 아파트’ 신축사업부지에 포함되어 있으며, □□□□이 소유한 쟁점부동산①은 ◈◈건설이 2023년 5월에 신축예정인 ‘◊◊◊◊◊◊◊ 2차아파트’사업부지에 포함되어 있다.
  • 마. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.3.19.부터 2021.6.18.까지 청구인과 A▲▲, B●●, □□□□ 및 ㈜▩▩▩▩(이하 “▩▩▩▩”이라 한다)에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, ⅰ) □□□□이 2015.12.31 舊 ▥▥▥모텔의 대수선공사를 한 것처럼 가장하고 ○○○원을 건물계정에 가공계상하여 법인자금을 유출한 것으로 보아 청구인에게 동 금액을 상여처분하고, ⅱ) 청구인이 A▲▲, B●●에게 쟁점주식을 명의신탁하였다고 보아 A▲▲과 B●●에게 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 결정 고지하도록 처분청에 과세자료통보를 하였으며, ⅲ) ▩▩▩▩이 ◈◈건설로부터 ‘◊◊○○○◊◊◊◊◊◊ 신축공사’중 토목공사를 수주하고 실제 공사를 실시하지 아니한 채 2017.9.28. ○○○원, 2017.11.9. ○○○원, 2017.12.11. ○○○원, 2018.1.25. ○○○원 총 합계 ○○○원(공급대가)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서 거래를 “쟁점가공거래”라 한다)를 발행한 사실을 확인함에 따라, 청구인이 기존에 특수관계인 ▩▩▩▩으로부터 유용한 ○○○원을 상환하고 특정주식에 대한 양도소득세를 회피하기 위한 목적으로 ▩▩▩▩과 ◈◈건설과의 가공 거래를 끼워 넣어 청구인이 쟁점주식 양도대금 ○○○원을 편법으로 수취하였다고 보아, 2021.6.30. 쟁점세금계산서 공급대가 ○○○원과 당초 쟁점주식의 양도가액 ○○○원의 합계액 ○○○원(이하 “쟁점양도가액”이라 한다)을 쟁점주식의 양도가액으로 하여 청구인에게 2017년 과세연도 양도소득세 과소 신고분 704,073,050원을 과세하겠다는 내용으로 세무조사 결과통지를 하였다.
  • 바. 이후, 처분청은 2021.8.10. A▲▲과 B●●에게 명의신탁에 대한 증여세 ○○○원을 고지하고, 청구인에게는 2017년 과세연도 양도소득세 ○○○원을 결정 고지하였다.
  • 사. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022.3.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 청구인은 세무조사 대상 선정사유에 해당되지 아니함에도 조사 대상자로 선정되어 세무조사가 진행되었는바, 위법한 세무조사에 따라 부과된 쟁점양도소득세는 취소되어야 한다.

1. 세무조사는 세무공무원이 질문·조사·검사권을 직접 행사하여 과세요건을 충족하는 사실의 조사․확인 및 과세에 필요한 직․간접 자료를 수집하는 일련의 행위로서 과학적․합리적으로 집행되어야 하며, 거래의 실질과 관행, 가격결정요소, 실질귀속 등 제반 사정을 충분히 확인하여 납세자에게 설명하고 소명하도록 하여 납세자의 권익을 최소한으로 침해하여야 한다. 그러나, 처분청은 보통의 납세자인 청구인보다 훨씬 많은 정보와 전문지식, 권한을 갖고 수개월 간 세무조사를 실시하였음에도 처분청 자신의 주장에 대한 직접 증거를 제시하지 못하고 있다.

2. 처분청은 청구인이“다운계약서를 작성하여 주식 양도소득을 탈루하는 등의 구체적인 탈세혐의를 포착”하여 세무조사 대상자로 선정한 것이라고 하나, 세무조사 선정 사유에 대한 입증책임은 처분청에 있음에도 처분청은 다운계약서 작성 등의 구체적 탈세 혐의를 객관적․합리적으로 입증한 사실이 없다.

3. 청구인은국세기본법제81조의6제3항에 따른 세무조사대상자 선정 사유에 해당하지 않으므로, 같은 법 제81조의3【납세자의 성실성 추정】에 따라 성실한 것으로 추정되는 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 청구인을 세무조사대상으로 선정한 것은 적법절차의 원칙을 어긴 것이며, 같은 법 제81조의4【세무조사권 남용금지】규정을 위반하였다.

4. 청구인의 쟁점주식거래가 인근 부동산 거래가액 등에 비해 저가거래이므로 양도소득세 탈루혐의가 있다는 분석 등은 잘못된 것임이 분명하고, 유사한 시기에 유사한 가액으로 거래한 인근 부동산 거래에 대해서는 같은 혐의로 모두 세무조사를 실시하였어야 하나, 그러하지도 아니하였다.

5. 청구인에게는 양도소득세 탈루 혐의가 없는 것이 객관적․합리적으로 확인되며, 올바른 기업회계처리에 따라 과학적으로 법인 자금을 유용한 사실이 없음을 확인할 수 있음에도, 위법한 세무조사대상자 선정에 따라 이루어진 세무조사로 인하여 근거 없이 부과된 쟁점양도소득세는 취소되어야 한다.

  • 나. ▩▩▩▩과 ◈◈건설 간에 이루어진 쟁점세금계산서 수수는 청구인과 C▣▣ 사이의 쟁점주식 거래대금 결정 및 최종 거래가 종료된 수개월 이후에 별도의 경제 주체 간에 이루어진 행위로써, 청구인의 쟁점주식 양도거래와는 직접적인 관련이 없다.

1. 처분청은 청구인이 2017년 중 ▩▩▩▩으로부터 ○○○원을 입금받아 ○○○원을 상환하는 등 총 ○○○원을 유용하였고, 쟁점주식 거래 시점에 ▩▩▩▩이 쟁점가공세금계산서를 발행하여 쟁점주식 양수인이 운영하는 법인인 ◈◈건설로부터 용역의 제공 없이 대가를 지급받았다는 사실을 들어 ▩▩▩▩이 쟁점가공세금계산서 발행을 하여 청구인의 쟁점주식 양도대금을 우회 수취하고 청구인에게 대여한 금원을 회수하였으므로, 쟁점가공세금계산서의 공급대가를 청구인의 쟁점주식 양도대가라고 판단하고 있다.

2. 처분청은 ▩▩▩▩이 2017년 사업연도 법인세 신고 당시 청구인에게 출금한 금액을 주임종 단기대여금으로 계상한 사실이 없고, 청구인이 ▩▩▩▩과의 자금거래에 대하여 주주와 법인간의 자금거래로서 쟁점주식의 양도소득과는 무관하다고 주장만 할 뿐 관련 거래에 대한 증빙을 제출하지 않았다고 한다. 그러나, 조사청이 세무조사 종결 직전에 청구인에게 소명을 요구하였기에 관련 내용을 검토할 시간이 없었고, 수년전에 이루어진 입출금이라 해당 내용을 기억하거나 달리 제출할 자료 등이 준비되어 있지 않아 위와 같이 소명할 수밖에 없었던 것이다.

3. ▩▩▩▩은 회계기간 중 대주주인 청구인과 대표이사인 D◉◉의 계좌를 통해 편의상 자금을 관리하였을 뿐 법인자금을 청구인에게 귀속시킨 사실이 없다. ▩▩▩▩의 2017년 귀속 보통예금 계정별 원장에 의하면, 기초 잔액 ○○○원, 기말잔액 ○○○원, 증가액 ○○○원, 기중 입금 총액 ○○○원, 출금 총액 ○○○원이고, 총 입금액 중 ◈◈건설에 발행한 매출세금계산서에 의해 2017년에 입금된 총 금액은 ○○○원(공급대가)으로, 모두 정상적으로 회계처리(보통예금 ○○○원/ 매출 ○○○원, 부가세예수금 ○○○원)하여 법인 결산에 반영하였다. 기초잔액(○○○)-입금액(○○○)-출금액(○○○)=기말잔액(○○○) 청구인에게 출금되었던 ○○○원은 매출 관련 보통예금 입금액 ○○○원과 별도로 입금액에 포함되어 기말잔액을 구성하고 있다.

4. 처분청의 주장대로 보통예금에서 청구인에게 출금되어 미회수된○○○원을 청구인에 대한 대여금으로 하여 해당 대여금을 ◈◈건설 매출과 상계처리하고 상환한 것으로 회계처리 하였다면, 관련 회계처리는 [대여금 ○○○원/ 보통예금 ○○○원] [매출 ○○○원/ 대여금 ○○○원]으로 처리되고, 미회수잔액 ○○○원은 주임종 대여금으로 표시되지 않으므로 매출채권이나 기타 자산에 허위로 표시되어야 한다. 청구인에게 출금된 ○○○원이 별도로 입금되지 않았을 경우 기말 보통예금잔액 ○○○원 부족하여야 함 매출액 ○○○원과 청구인에게 출금된 대여금이 상계되었다면, 법인 수입금액이 부가가치세 매출액보다 ○○○원 부족하여야 함 위와 같은 회계처리 결과는 ▩▩▩▩의 매출, 보통예금 계정에 중대한 오류를 발생시키거나, 사실과 다르게 표시되어야 하므로, ◈◈건설에 발행한 매출세금계산서의 정상적 회계처리를 누락하거나 기말 보통예금 등의 잔액을 허위로 표시하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 처분청이 2017년 중 청구인에게 출금되어 미회수된 것으로 판단한 ○○○원은 법인의 보통예금계좌에 정상적으로 회수된 것이 분명하므로, ▩▩▩▩에서 동 금액을 주임종 단기대여금으로 계상할 이유가 없다.

5. ▩▩▩▩의 2017년 중 보통예금 입금 총액 ○○○원과 출금 총액 ○○○원은 거래처, 대표자, 청구인, 관계회사 등과의 사업 및 다양한 금융거래로 인하여 발생한 입출금액으로, 무형의 금융거래 자산의 특성상 입출금에 대한 인과 관계 및 전체 과정을 명확하게 나타내기가 쉽지 않으나, 상기와 같이 객관적·과학적으로 검증되는 회계처리 기능에 의하여 ▩▩▩▩ 자금이 부당하게 유출되거나 상계처리 되어 청구인에게 귀속되었다는 처분청의 주장은 사실이 아님을 충분히 알 수 있다.

  • 다. 쟁점양도가액은 처분청의 잘못된 사실 확인과 자의적 추정에 의한 금액으로, 쟁점양도가액이 쟁점주식의 실지거래가액에 해당된다는 객관적이고 구체적인 증거가 없다.

1. 법인 간 세금계산서 수수 금액의 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계가 있다고 하려면, 그러한 사실에 대한 직ㆍ간접 증거를 제시하거나 합리적·객관적인 입증을 하여야 함에도 처분청은 과세요건에 대한 입증책임을 다하지 못하였다.

2. 본 사건의 경우 쟁점주식 매매와 관련하여 청구인이 신고한 거래가액 외에 다른 대가를 주고받기로 하였다거나, 별도의 계약이나 특약에 의하여 매매대가를 달리 정한 사실(예, 다운계약서 작성)이 없다. 조사청은 거래 당사자 및 관계법인 임직원 등 관련인은 물론이고 인근 부동산 중개인 등 제3자 등 어느 누구에게도 이러한 사실 여부에 대한 확인을 한 사실이 없으며, 인근 부동산 거래 등에 비해 쟁점부동산이 저가 거래되었다는 분석도 잘못된 것이라는 사실이 객관적으로 확인된다.

3. 쟁점주식거래의 실지거래가액 또는 실질적 대가가 입증되었다면 법인 간 거래의 진위 여부 등과 관련 없이 과세가액에 포함되어야 할 것이나, 처분청은 잘못된 자의적 추정을 마치 사실인 것처럼 주장하고 있다.

  • 가) 쟁점주식거래 시점과 쟁점가공세금계산서의 발행시점이 같지 않다. 처분청은 쟁점주식거래 시점에 가공세금계산서를 발행하였다고 하나, 쟁점세금계산서의 발행시점은 쟁점주식거래가 종료된 수개월 이후이고, 일부 금액은 연도를 달리하여 발행되고 관련 대금이 수수된바 있다.
  • 나) 청구인은 ▩▩▩▩의 운영이나 쟁점가공세금계산서 발행에 관여한 사실이 없다. 청구인이 ▩▩▩▩의 대주주인 것은 사실이나, ▩▩▩▩의 운영에는 일체 관여하지 않고, ▩▩▩▩과 ◈◈건설 간에 이루어진 세금계산서 및 대금 수수에 대하여도 전혀 알지 못한다. 처분청은 청구인이 쟁점세금계산서 발행 및 대금 수수 업무 등에 관여하였는지 여부를 확인하거나 입증한 사실이 없다.
  • 다) 청구인에게 ▩▩▩▩ 자금이 계좌 이체되었다는 사실만으로 청구인이 법인 자금을 유용하였거나 청구인에게 동 금액이 귀속된다고 할 수 없다.

(1) ▩▩▩▩ 계좌에서 청구인 계좌로 ○○○원이 단순 이체된 것은 사실이나 이는 수년 전부터 법인자금을 관리하는 과정에서 청구인의 계좌를 사용한 것이며, 출금된 금액은 주로 청구인의 子이자 ▩▩▩▩의 대표이사인 D◉◉를 통해 다시 ▩▩▩▩에 입금되었음이 법인의 계좌 및 회계장부에 의해 합리적·객관적으로 확인된다.

(2) 청구인이 2017년도 중에 ○○○원을 유용하고 해당 금액을 ◈◈건설에 발행한 매출세금계산서의 거래대금으로 대체하였다는 처분청의 주장이 사실이라면, 2017년도 중에 ◈◈건설에 발행한 매출세금계산서 및 입금액이 해당 금액과 동일하여야 할 것이다. 그러나, 2017년도 중에 ▩▩▩▩이 발행한 매출세금계산서의 공급대가는 총 ○○○원에 불과한바, 차액 ○○○원은 어떤 과정을 통해 상계되었는지에 대한 합리적 설명이 있어야 함에도 이에 대한 어떠한 근거도 제시하지 않았다.

  • 라) 쟁점세금계산서 발행금액과 청구인이 유용한 금액이 동일하지 않다. 처분청의 추정과 같이 청구인이 쟁점주식 양도대금을 쟁점세금계산서를 발행하여 수수하고 그동안 유용한 자금을 상환한 것이라면, 일반적인 상식에 따라 부가가치세를 제외한 공급가액으로 대금을 결정하여 세금계산서를 수수할 것이므로 공급가액에 상당하는 총 ○○○원(2017년 ○○○원, 2018년 ○○○원)을 유용한 금액이어야 하나, 해당 금액 및 시기에 상당한 차이가 있어 처분청의 추정은 합리적이지 않다. 즉, 쟁점세금계산서의 총 공급대가는 ○○○원(2017년 ○○○원, 2018년 ○○○원)이나, 처분청이 유용한 것으로 추정하는 금액은 ○○○원으로, 금액 및 관련 시기가 상이하다. 마) 청구인은 쟁점주식을 저가 거래한 혐의가 없고, 양수인과 다운계약서를 작성한 사실이 없다. 동일한 시기, 동일한 거래목적, 동일한 형태, 동일한 장소에서 거래된 수개의 부동산 거래가액과 쟁점부동산(주식)의 거래가액으로 신고한 가액을 합리적·객관적으로 비교해보면, 쟁점주식을 저가 거래한 혐의가 있다는 처분청의 판단과 분석은 잘못되었고, 다운계약을 했다는 최소한의 간접 증거도 제시된바 없다.
  • 라. 쟁점양도가액이 실지거래가액에 해당한다는 점에 대한 입증책임은 처분청에 있으나, 처분청은 자의적 추정에 의해 쟁점양도소득세를 과세하였는바, 실질과세원칙 및 근거과세원칙을 위반하여 위법하다.
  • 가) 대법원 판례에 따르면,『소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 해당 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 하고, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 판단하여야 한다. 그리고 소득 등의 귀속명의와 실질적인 귀속주체가 다르다는 점에 관하여 과세처분을 받은 명의자가 법관으로 하여금 상당한 의문을 갖게 할 정도로 주장·증명할 필요가 있으나, 그 결과 소득 등의 명의자에게 귀속되었는지가 불분명하게 되어 법관이 확신할 수 없게 되었다면, 그로 인한 불이익은 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여 궁극적인 증명책임은 과세관청에 돌아간다』고 판시하고 있고(대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935 판결, 대법원 2017.10.26. 선고 2015두53084 판결 참조), 『일반적인 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙에 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다』라고 판시하고 있다(대법원 2006.9.22. 선고 2006두6383판결, 대법원2016.6.10. 선고 2015두60341 판결 참조).
  • 나) 또한, 대법원은“과세관청의 추정이 잘못된 것임이 합리적·객관적으로 의심이 가거나, 귀속 여부가 불분명하여 확신할 수 없거나, 과세요건 사실로 추정되는 사실이 분명하지 않아 경험칙 적용의 대상 적격이 못된다면 과세요건사실 등의 증명책임은 과세관청에 있다.”라고 일관되게 판시하고 있다.
  • 다) 조사청은 수 개월 동안 세무조사를 진행하였음에도, ▩▩▩▩과 ◈◈건설 간 세금계산서 및 대금 수수행위 관련 여부 등에 대하여 당사자 및 관련인 등에게 사실을 확인하거나 쟁점세금계산서 공급대가가 쟁점주식 거래가액임을 입증할 수 있는 합리적·객관적 근거 또는 직접 증거 등을 제시하지 못하고 있다.
  • 라) 청구인 명의의 계좌로 일부 법인 자금이 단순 출금되었으나, 법인의 재무제표 및 금융거래 내역에 의해 출금된 자금이 법인으로 회수되었음이 확인되어 청구인에 귀속되었는지 여부가 불분명하며, 과세요건으로 추정되는 사실이 분명하지 않음에도, 처분청은 자의적 추정에 의하여 실질과세를 주장하며 납세자에게 입증책임을 전가하고 있다.
  • 마) 당초 청구인이 거래한 것으로 신고한 매매가액이 당사자 간에 거래한 실제거래가액이 아니고, 처분청이 주장하는 금액이 실제거래가액에 해당한다면 거래 당사자 및 관련인 등을 통해 확인하거나 입증하여야 함에도 그러한 사실이 없다.
  • 바) 또한, 과세관청의 세무조사 결과 추정되는 내용이 납세자의 주장 보다 합리적·객관적 사실에 의하여 입증되거나 추정되었음을 전제로 납세자에게 입증책임을 물어야 하나, 처분청의 추정이 불분명하고 잘못되었음이 합리적 객관적 사실에 의해 확인됨에도 납세자에게 이와 같이 불분명한 추정에 의한 과세요건이 사실이 아님을 입증하라는 것은 국세기본법 제14조 (실질과세) 및 제16조(근거과세)를 위반한 위법한 처분으로, 취소되어야 한다.
3. 처분청 의견
  • 가. 쟁점거래 정황 자료 및 양도소득세 신고내역 등을 검토한바 청구인이 쟁점주식 양도가액을 과소 신고한 혐의가 있는 것으로 분석되었고,국세기본법제81조의6제3항제4호에 따라 양도소득세 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료에 근거하여 세무조사 대상으로 선정하였다. 1) (정황 자료) 청구인의 양도소득세 신고 내용에 탈루를 인정할 만한 정황자료는 아래와 같다.
  • 가) 쟁점부동산이 위치해 있는 ‘○○ ○○구 ○○동’ 일대는 주거지로서 2014년부터 관심을 받기 시작하여 2016년 ‘○○동 ○○○○○ ○○○○’가 당해년도 최고의 청약 경쟁률을 보이며 관심이 주목되었던 곳이다.
  • 나) 2016년 하반기부터는‘○○동’일대가 기업형 임대아파트 시행부지로서 관심을 받기 시작한 것으로 보이고, □□□□과 ◇◇◇◇이 쟁점부동산을 취득한 시점에 비해 청구인이 □□□□주식과 쟁점주식을 양도한 시점인 2017.4.4., 2017.9.27.에는 ‘○○구 ○○동’ 일대의 부동산 시세가 각종 개발 호재 등으로 인해 크게 상승한 것으로 탐문되었다.
  • 다) □□□□ 주식 및 쟁점주식 매매 거래에 있어서 청구인의 거래상대방은 아파트 건설사인 ◈◈건설의 사주 C▣▣로, 청구인이 쟁점주식 등을 양도하기 전부터 ◈◈건설이 아파트 시행부지를 확보하려고 한다는 사실을 인지하고 있었을 것으로 판단되었다. 또한, 아파트 신축사업을 시행하기 위해서는 일정 규모 이상의 아파트 시행부지를 반드시 취득해야만 하므로, 주식 매수인의 입장에서 청구인이 지배하고 있는 □□□□, ◇◇◇◇이 보유하던 모텔 및 부수 토지 등의 부동산은 어떤 형태로든지 매수할 수 밖에 없었을 것으로, 쟁점주식 등의 거래는 “매도자 우위의 거래”라고 판단되었다.

2. (신고내용 분석자료) 청구인은 □□□□ 주식과 쟁점주식을 액면가액으로 거래한 것으로 양도소득세를 신고하였으나, 아래와 같이 양도소득세 신고내용에 탈루나 오류의 혐의가 있는 것으로 분석됨에 따라 청구인을 양도소득세 조사대상자로 선정하였다.

  • 가) □□□□ 주식 양도 신고 관련

(1) 청구인이 □□□□ 주식을 액면가액으로 거래하였다는 것은 거래 당시 토지와 건물의 가치를 장부가액으로 인식하고 거래하였다고 보는 것이 합리적일 것인데, □□□□의 2016년 말 대차대조표 상 장부가액이 건물 ○○○원, 토지 ○○○원이었으므로, □□□□ 주식의 양도가액에 반영된 토지의 가치는 ㎡당 ,원(○○○ ÷ ,***.㎡)인 것으로 분석되었다.

(2) 청구인은 2017.9.27. □□□□ 주식을 거래할 당시 □□□□이 보유하던 舊▥▥▥모텔 건물이 사실상 무수익 자산으로 건물의 가치를 고려하지 않고 거래하였으므로 토지의 ㎡당 거래가격은 ○○○원(토지와 건물의 장부가액 합계액 ○○○ ÷ 토지 면적 ,***.㎡)이라고 주장한다. 그러나, 부동산 양도차익을 노리는 양도자가 청구인의 주장처럼 스스로 건물의 가치를 없는 것으로 보고 거래하였다는 것은 서로의 이해관계가 대립되는 거래상대방이 각자 대등한 입장에서 경제적 이익의 극대화를 추구하는 합리적인 거래라고 볼 수 없다. 더구나 □□□□이 건물을 경매로 취득할 당시 감정평가가액(2014.12.27.기준)이 ○○○원이었고, □□□□의 2015년 말 대차대조표 상 건물의 장부가액이 ○○○원이었던 것으로 보아 □□□□의 100% 출자자인 청구인도 동 건물의 가치를 ○○○원으로 인식하고 있었을 것으로 보인다.

□□□□주식 양도거래가 있기 불과 2년 전에 ○○○원에 취득한 건물에 대한 가치를 ‘매도자 우위’인 거래에서 청구인이 스스로 거래가치가 없는 것으로 판단하여 거래했다는 것은 정상적이지 않다. 또한, 주식의 매수인 입장에서는 아파트 시행부지의 확보를 목적으로 취득하는 부동산이므로 모두 철거를 예상하고 취득하기 때문에 건물의 상태는 중요하게 고려될 요인이 아니며, 오히려 주식 매도인인 청구인이 건물의 상태와는 무관하게 건물의 가액을 제시할 수 있는 상황으로 보여지므로, 건물이 노후화되고 사업에 공하고 있지 않다고 하여 건물의 가치를 없는 것으로 거래하였다는 것은 합리적이지 않다. (3) 한편, 아파트 시행부지로 편입된 인근 필지의 ㎡당 토지 거래가액과 비교한 결과는 아래와 같다. <표 생략> 아파트 시행부지로써 아파트 신축에 대한 기대감으로 인해 인근 토지가격이 상기 표 내용과 같이 공시지가에 훨씬 상회하는 가액으로 시세가 형성된 것으로 보이나, □□□□이 보유한 토지만 공시지가(○○동 ○○○-○ ○○○원, ○○동 ○○○-○○ ○○○원)보다도 낮은 ㎡당 ○○○원에 거래가 되었다는 것은 정상적인 거래가격으로 보기 어렵다. 이처럼 조사청은 청구인이 □□□□의 주식을 액면가액으로 거래한 것으로 양도소득세를 신고하여 특정주식의 양도가액을 과소 신고한 혐의가 있는 것으로 분석하였다. 나) ◇◇◇◇ 주식 양도 신고 관련 (1) 청구인은 ◇◇◇◇이 보유한 건물 역시 노후되어 건물의 가치가 없는 것으로 보고 거래하였으므로 쟁점주식 거래에 반영된 舊◎◎◎◎ 토지의 ㎡당 거래가격은 ○○○원(=○○○ ÷ .㎡)이라고 주장한다. 그러나, ◇◇◇◇의 2016년 말 대차대조표 상 舊◎◎◎◎ 건물의 장부가액은 ○○○원, 토지 장부가액은 ○○○원, ○○동 ○○○-○ 주차장 부지의 장부가액은 ○○○원이므로, 쟁점주식 양도가액에 반영되는 舊◎◎◎◎ 토지의 가치는 ㎡당 ,원(= ○○○ ÷ .㎡), 주차장 부지는 ㎡당 ○○○원(= ○○○원 ÷ ,***.㎡, 공시지가 ○○○원)으로 분석된다. (2) 쟁점부동산②의 경우에도, 앞서 서술한 아파트 시행부지로 편입된 인근필지의 ㎡당 토지 거래가액에 비해 현저하게 낮은 가액으로 거래가 이루어진 것으로 확인되었다. 즉, 舊◎◎◎◎ 부지와 위치, 도로조건 및 접근성, 매수자의 토지 활용목적, 기준시가가 유사한 ‘○○동

○○○ -○○’의 토지(대, ***.*㎡, 2016.8.26.거래)의 ㎡당 거래가격은 ○○○원이고, 바로 맞은편에 위치한 ‘○○동 ○○○-○,○,○○’ 토지의 감정가액(평가기준일 ’17.1.5.)은 ㎡당 ○○○원으로 확인되었다.

(3) 이처럼 인근 아파트 시행부지에 편입되거나 편입될 토지의 시세는 공시지가를 훨씬 상회 하는 가액으로 형성되어 있는 것으로 보여지므로, 청구인은 쟁점주식을 액면가액으로 거래한 것처럼 양도소득세를 신고하여 특정주식의 양도가액을 과소 신고한 혐의가 있는 것으로 분석되었다.

  • 나. 소득세법상 양도가액은 실지거래가액에 따르도록 규정되어 있고, 청구인의 특수관계법인이 가 공세금계산서를 발급하여 쟁점주식 양도대금을 우회 수취한 사실이 확인되므로, 특수관계 없는 제3자간에 주식 액면가액으로 거래한 쟁점거래가액을 쟁점주식의 양도가액으로 볼 수 없다.

1. 청구인은 쟁점주식거래가 특수관계 없는 제3자간의 거래로서 당사자 간의 거래금액인 액 면가액이 시가에 해당한다고 주장하나,소득세법제96조에서 양도가액은 그 자산 양도 당시의 양도자와 양수자 간 실지거래가액에 따르는 것으로 규정되어 있으며, 같은 법 제88조 제5항에 따르면 ‘실지거래가액’이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액으로 규정하고 있다. 양도소득세는 실지거래가액으로 과세함이 원칙임에도 불구하고 제3자와 거래한 액면가액이 시가이므로 쟁점주식 거래가액(액면가액)이 정당하다는 청구주장은 타당하지 않다.

2. 청구인이 양도한 주식의 발행법인인 □□□□과 ◇◇◇◇은 모두 보유재산 대부분이 부동산인 법인이며, □□□□과 ◇◇◇◇이 보유한 부동산은 ◈◈건설이 시행한 “◊◊◊◊◊◊◊” 아파트 신축사업부지에 편입되었다.

□□□□이 보유한 쟁점부동산①과 인접한 ○○동 ○○○-○, ○○ 부동산은 2017.7.11. ‘◊◊▯▯▯’아파트 사업부지로 편입될 때 그 거래가액이 ○○○원(㎡당 토지가액 ○○○원)으로 공시지가○○○원을 크게 상회하였고, 쟁점주식은 거래 당시 매매사례가액이 없어 보충적 평가방법으로 가액을 평가하더라도 1주당 ○○○원으로 액면가액 ○○○원을 크게 상회한다. 3) 청구인은 자신이 지분 %를 보유하고 있는 특수관계법인인 ▩▩▩▩을 통하여 양수인이 실제 지배하고 있는 ◈◈건설에 가공세금계산서를 발급하여 그 대가를 수취하게 함으로써, 청구인이 ▩▩▩▩으로부터 유용했던 자금을 우회 상환한 사실을 확인하여 쟁점가공거래 대가를 쟁점주식의 양도가액으로 결정한 것으로, 이는 실질과세원칙에 따라 정당하게 과세된 것이다. 다. 청구인은 객관적‧과학적으로 검증되는 회계처리 기능에 의하여 청구인이 ▩▩▩▩의 자금을 유용한 사실이 없다는 점이 명백하다고 주장하나, 청구인이 ▩▩▩▩으로부터 2017년 중 ○○○원을 지급받은 사실은 금융거래내역을 통하여 명백히 확인된다. 1) 청구인의 주장대로 객관적‧과학적으로 검증되는 회계처리 기능에 의하여 청구인이 ▩▩▩▩의 자금을 유용한 사실이 없다는 점이 입증된다 하더라도, 금융거래내역 상 2017년도 중에 ○○○원이 청구인에게 입금된 사실은 분명하다. 따라서, 청구인은 회계처리에 따라 당해 금액이 청구인에게 귀속되지 않았다고 주장하기 이전에 거래별로 어떻게 회계처리가 되어 청구인에게 해당 금원이 귀속되지 않은 것인지를 명백히 밝혀야 할 것이다. 2) 대법원에서는 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건은 과세권자에게 입증책임이 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다고 판시한바 있다(대법원 87누811, 1987.12.12. 참조). 처분청은 ▩▩▩▩이 2017년 사업연도 법인세 신고 시 청구인에 대한 단기대여금 계상 내역이 없는 점을 신뢰하여 청구인에 지급한 ○○○원에 대하여 유출이 아닌 유용한 것이라고 판단한 것으로, ▩▩▩▩의 자금을 유용하지 않았다는 청구인의 주장은 타당하지 않다. 라. 청구인의 특수관계법인인 ▩▩▩▩과 양수인의 특수관계법인인 ◈◈건설 간에 이루어진 세금 계산서 수수는 별도의 경제 주체간에 이루어진 행위이므로 이를 청구인의 양도소득으로 보는 것은 부당하다고 주장하지만, 처분청은 실질과세에 따라 실질 귀속자에게 양도소득세를 결정하였다. 1) 청구인의 주장대로 각각의 경제주체의 의사결정 과정은 존중되어야 하며 과세관청이 함부로 부인할 수는 없다. 그러나,국세기본법제14조제3항에 따르면 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용한다’라고 규정하고 있다. 2) 또한, 대법원에서는 소득세법에서의 자산의 양도로 인하여 발생하는 총수입금액을 양도가액으로 규정하고 있는바, 그 총수입금액이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다 할 것이고, 그 대가에 해당 여부는 실질과세의 원칙상 그 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가 관계에 있는지 여부에 의하여 판단하여야 한다고 명시한 바 있다.(대법원92누2967, 1992.7.14. 판결참조) 3) 청구인은 ◇◇◇◇과 □□□□의 실질주주로서, 2017.4.4. ◇◇◇◇ ,주, 2017.9.27. □□□□ ,*주를 각각 주당 액면가액으로 전부 C▣▣에게 양도하였다. 청구인의 특수관계법인인 ▩▩▩▩은 양수인 C▣▣가 운영하는 ◈◈건설로부터 2017.9.13.에 ○○○원 토목공사를 수주하였으나, 공사한 사실 없이 대금 ○○○원을 수수하였다. 4) 청구인은 별도의 경제주체 간에 이루어진 행위로 청구인의 주식거래와 직접적인 관련이 없다고 주장하면서도 ▩▩▩▩이 특수관계 없는 ◈◈건설에게 가공세금계산서를 발급한 특별한 사유를 제시하지 못할뿐더러, 일반적인 가공세금계산서와 달리 부가가치세를 포함한 공급대가 전액을 수취하게 된 경위 또한 해명하지 못하고 있다. 5) 이는 명백히 하나의 거래임에도 형식적으로 중간거래를 개입시켜 부당히 조세를 감소시킨 결과를 초래하였으므로, 양도대가를 지급받아 특수관계 법인인 ▩▩▩▩의 차입금을 상환한 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다. 마. 결론 1) 청구인은 쟁점주식을 양도한 시점에 실제 용역을 제공한 사실 없음에도 특수관계법인을 통해 양수인이 실제 지배하는 법인에 거짓세금계산서를 발행하여 대금을 수취한 사실이 있다. 2) ▩▩▩▩은 쟁점가공세금계산서 관련 대금을 금전채권 또는 채무로 인식한 사실이 없고, 자산수증이익으로 인식한 사실 또한 없다. 3) 청구인은 쟁점주식거래 이전에 ▩▩▩▩으로부터 법인 자금을 유용한 사실이 확인되나 회계상 인식하지 않은 것은 쟁점가공거래를 통하여 법인이 대금을 수취하여 청구인이 유용한 자금을 상환한 것으로 봄이 상당하므로, ▩▩▩▩의 가공거래를 통해 발생한 소득의 실질적 권리 행사자는 청구인이고, 가공거래 행위에 따른 소득의 귀속자 또한 청구인이라고 할 것이다. 4) 처분청은 청구인의 특수관계법인인 ▩▩▩▩과 양수인의 특수관계법인인 ◈◈건설 간에 이루어진 세금계산서 수수를 가공거래로 보았기에 청구인은 쟁점가공거래에 대하여 가공거래가 아님을 주장해야 함에도 청구인은 조사기간 뿐만 아니라 이의신청 및 본 심사청구에서도 쟁점가공거래가 실지거래라는 점에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있다. 5) ◇◇◇◇은 부동산 소유비율이 50% 이상인 법인으로 청구인이 양도한 주식은 특정주식에 해당한다. 청구인은 쟁점주식 양도시 특정주식에 대한 양도소득세를 회피하기 위하여 A▲▲과 B●●에게 명의신탁한 사실이 있으며, 양도가액을 특수관계법인을 통하여 거짓세금계산서를 발급하여 대금을 수취하였으며, 특수관계법인으로부터 유용한 자금을 가공세금계산서 발행금액으로 상환한 사실이 확인된다. 따라서 고율의 양도소득세 부담을 덜고자 한 청구인의 명백한 조세회피 의도가 있었고, ▩▩▩▩과 ◈◈건설과의 거래는 형식적으로 가공의 거래를 중간에 개입시킨 것에 불과하므로, 실질과세 원칙에 따라 쟁점가공거래의 대가를 청구인의 양도소득으로 판단한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 이 건 세무조사가 조사대상자 선정에 하자가 있어 위법부당한지

② 쟁점가공세금계산서 공급대가를 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 양도소득세를 과세하는 것은 자의적 추정에 의한 과세로, 실질과세원칙 및 근거과세원칙을 위반하여 부당한지

  • 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제81조의3 【납세자의 성실성 추정】 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. <개정 2014.1.1> 2) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. <개정 2018.12.31.> 3) 국세기본법 제81조의6 【세무조사 관할 및 대상자 선정】

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 4) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 5) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9> 6) 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 7) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액 8) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

  • 다. 사실관계

1. 청구인의 사업자등록사항 본 사건과 관련된 청구인의 사업자등록내역은 아래와 같다.

2. 주식 발행법인 현황

3. ▩▩▩▩ 관련 기본 사항

  • 가) (사업장 현황) 국세통합전산망자료에 따르면, ▩▩▩▩은 1989.10.1. 토목공사를 영위할 목적 으로 ○○ ○구에서 개업하였고, 2000.12. ○○ ○○군으로 사업장 이전하여 현재까지 계속사업 중이다. 법인 설립 당시 대표이사는 E▼▼(청구인의 배우자)였으며, 2014.8.26. 현 대표이사인 D◉◉ (청구인의 子)로 변경되었으나, E▼▼가 사내이사 및 지배인으로서 전체적인 경영을 총괄하고 있다.
  • 나) (▩▩▩▩ 주주 현황) 2015.12.31.기준 주주는 청구인, G○○, H○○이며, G○○과 H○○은 청구인의 제부이다.

4. ◈◈건설 관련 기본사항 국세통합전산망자료에 따르면, ◈◈건설은 2001.3.27. 설립되어 ○○ ○○군 ○○면에 사업장을 두고 토목건축공사업을 영위하고 있는 법인으로, 쟁점거래 당시 법인 대표이사 및 최대주주는 C▣▣로 확인된다.

5. 법인세 신고내용

6. 쟁점주식 양도소득세 신고 및 결정 내용 1) 청구인이 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고시 제출한 ‘주식양도,양수계약서’에 따르면, 청구인은 2017.4.4. 쟁점주식 ,***주를 C▣▣에게 금 ○○○원에 양도하기로 약정하였고, 양수인은 2017.4.4.에 주식 대금을 청구인의 계좌로 입금하기로 한 사실이 나타난다. *2) 처분청의 조사종결보고서에 따르면, 2017.2.21. 청구인, A▲▲, B●● 명의의 계좌로 주식양수대금 ○○○원, ○○○원, ○○○원이 각각 이체되었고, A▲▲과 B●●의 주식양수대금이 청구인 계 좌로 재이체된 사실이 확인되는바, 청구인이 주식대금 ○○○원 전액을 수령하였다는 내용이 나타난다. 이에, 처분청은 청구인이 A▲▲과 B●●에게 쟁점주식을 명의신탁한 것으로 확정하고 A▲▲과 B●●에게 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 각각 결정하였으며, 청구인과 처분청 간 명의신탁 부분에 대한 다툼은 없다.

7. □□□□ 주식 거래 당시 쟁점부동산① 내역

  • 가) 쟁점부동산①의 등기사항전부증명서에 따르면, ○○동 ○○○-○ 지상 건물(舊▥▥▥모텔)은 2004.11.11. 소유권 보존등기 된 연면적 ,***.㎡의 8층 숙박시설 및 위락시설로, 2020.2.10. 멸실등기 된 것으로 확인된다.
  • 나) □□□□은 2015.11.17. 임의경매를 통하여 쟁점부동산①을 일괄 취득하였고, 2020.2.25. ○○동 ○○○-○ 대지 .㎡ 및 - 대지 .*㎡를 주식회사 ▤▤▤개발에 매매대금 ○○○원에 일괄 매도한 것으로 나타난다. 다) 토지(○○○-○○) 등기사항전부증명서 상 소유권 이전내역을 일부 발췌하면 아래와 같다.

8. 쟁점주식 거래 당시 쟁점부동산② 내역

  • 가) ○○동

○○○-○ 대지 및 건물(舊◎◎모텔)

(1) 舊◎◎모텔의 등기사항전부증명서, 일반건축물대장 및 부동산매매계약서에 따르면, ○○동

○○○-○ 소재 건물은 2000.9.30. 사용 승인된 연면적 ,.㎡의 5층 숙박시설 및 위락시설로, 2017.6.26. 멸실등기 된 것으로 확인된다.

(2) ◇◇◇◇은 2016.5.31. K△△으로부터 舊◎◎모텔 건물 및 토지를 매매대금

○○○ 원(토지대금

○○○ 원, 건물대금

○○○ 원)에 매수하였다가 2017.4.4. 주식회사 RRRRRR(現 주식회사 ▤▤▤개발)에 매도한 사실이 확인된다. (3) 건물(

○○○-○)등기사항전부증명서 상 소유권 이전내역을 일부 발췌하면 아래와 같다. *1) 주식회사 RRRRRR는 2016.10.18. 숙박업, 부동산 임대업으로 사업 개시한 법인으로, 2017.4.5. C▣▣가 대표이사로 취임하면서 상호를 주식회사 ▤▤▤개발로 변경함

  • 나) ○○동

○○○-○ 대지(주차장부지 ,***.㎡) 부동산 등기사항전부증명서 및 부동산매매계약서에 따르면, ◇◇◇◇은 2016.5.31. 정○ 외1인으로부터 당해 잡종지를 매매대금 ○○○원에 매수한 사실이 확인되며, 동 부지에 2020.5월 ◊◊◊◊◊◊◊ 주차타워가 건축되어 현재 주차장 전용부지로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

9. 조사대상자 선정이 위법하다는 청구인의 세부주장

  • 가) 쟁점주식을 액면가액으로 평가하여 거래하였다고 하여, 시가보다 현저히 낮은 가액으로 양도하였다고 볼 수 없다.

(1) 부동산 거래에 있어 거래가격 산정은 “위치, 면적, 용도, 거래 시기, 거래당사자의 목적, 거래당사자의 개별사정, 건물 및 구축물 여부, 건물의 상태, 수익발생내역, 계속사용여부, 개발정보 등” 다양한 사정에 따라 산정되며, 외형적으로 모든 조건이 동일하더라도 거래 당사자의 개별 사정에 따라 거래가격은 달라질 수 있고, 정상적인 영업행위가 이루어지는 건물의 경우 부동산의 가치 외에 사업시설과 영업권의 가치도 해당 부동산 거래가치의 산정에 반영한다.

(2) 통상적으로 토지와 건축물을 일괄 매매하는 경우 토지의 외형이 동일하더라도, 건축물의 상태, 사용가치 등에 따라 건축물과 영업권의 가치를 부수토지와 별개로 산정하여 각각 매매가격을 정하거나 토지가치에 일괄 포함하여 거래하나, 노후되거나 방치되어 사용가치가 없는 건축물의 경우는 건물의 가치가 없는 것으로 평가하여 토지가치로만 매매가액을 산정하여 일괄 거래하는 것이 합리적이고 통상적인 일반거래이다. 또한, 사실상 사용가치가 없어 철거대상 건물이 있는 부속 토지는 동일한 조건의 나대지에 비해 거래조건이 불리하다.

(3) (□□□□ 주식 거래 관련) 쟁점부동산① 소재 舊▥▥▥모텔은 모텔 밀집지역의 일반모텔로 2004년도에 지상 8층으로 신축되어 운영하였으나, 인근에 고급 무인모텔이 들어섬에 따라 경쟁력이 떨어지고 시설이 노후되어 2014년 임의경매가 개시되었고, □□□□이 경매로 취득할 당시에는 사용되지 않아 방치된 상태였다. 건물을 정상적으로 사용하기 위해 대수선이 필요하였기에 리모델링 공사에 착수하였으나, 청구인이 □□□□ 주식을 양도할 당시 당해 건물은 최종 공사를 완료하지 못하여 사실상 거래가치가 없는 무수익 자산이었는바, 쟁점부동산①의 기준시가 및 장부가액을 산정할 수는 있으나 통상적인 부동산 거래와 마찬가지로 건물의 가치는 고려하지 않고 토지의 가치로만 매매가를 산정하여 거래하였다. 즉, □□□□ 주식을 액면가액으로 거래할 당시, 쟁점부동산① 토지(,.㎡)의 객관적인 실제거래가격은 거래 당시의 토지와 건물의 총 장부가액인 ,백만원(처분청이 가공으로 결정한 건물 리모델링 비용 ○○○원 포함)으로, ㎡당 거래가격은 ○○○원(○○○÷,***.*)이다. 또한, 특수관계 없는 제3자간에 유사한 형태로 유사한 시기에 있었던 아래 부동산 거래가액 등과 비교하면 결코 □□□□ 주식을 저가로 거래하였다고 볼 수 없다. <쟁점부동산 인근 부동산 거래내역>

① ○○동 ○○○-○,○○ 소재 부동산은 2012년 신축된 고급무인모텔이 영업중인 상태에서 매매되어 해당 부동산의 가치는 쟁점부동산①보다 높음. 2017.6.27. 동일 지번의 무인텔 건물과 함께 거래대금 ○○○원에 일괄매매됨. ○○○원을 토지가액으로 단순 산출하면 ○○○원(○○○원÷,***.㎡)으로 쟁점부동산① 거래가액보다 높게 산출되나, 매매일 기준 5년 이내 신축되어 영업중인 무인텔의 건물가치와 영업권을 고려하면 처분청의 분석과 같이 ○○○원이 타당할 것임

② ○○동 ○○○-○, ○○, ○○ 소재 토지는 2017.7.18. ○○○원에 거래되었으며, ㎡당 ○○○원으로 쟁점부동산① 거래가액보다 훨씬 낮음. 동일 지번 건물과 별도 거래된 가액 ○○○원을 토지가액과 합산하여 ㎡당 토지 거래가액을 계산해도 ○○○원으로 쟁점부동산① 거래금액보다 낮게 거래됨

③ ○○동 ○○○-○○, ○○ 소재 토지와 건물(2009년신축 근린생활시설)은 2017.5월 일괄하여 ○○○원에 매매되었고, 건물가치를 없는 것으로 하여도 토지 거래금액은 쟁점부동산① 거래금액보다 낮음

④ ~⑦ ○○동 ○○○-○ 토지와 건물은 2017.1월 ○○○원에 일괄매매되어 건물가치가 없는 것으로 하여 토지 가치로만 거래가액을 산정하면, ㎡당 ○○○원,

• ○○동 ○○○-○ 토지는 2017.1월 ○○○원에 매매되어 ㎡당 ○○○원

• ○○동 ○○○-○ 토지와 건물(2008년 신축모텔)은 2017.1월 ○○○원에 일괄 매매되어 토지 가치로만 거래가액 산정하면 ㎡당 ○○○원

• ○○동 ○○○-○○ 토지와 건물(2008년 신축모텔)은 2017.1월 ○○○원에 매매되어 토지 가치로만 산정하면 ㎡당 ○○○원으로,

• 모두 쟁점부동산① 거래가액보다 낮은 가액으로 확인됨 또한, 舊▥▥▥모텔 부지 ○○○-○의 개별공시지가는 ○○○원, ○○동 ○○○-○○는 ○○○원으로, 청구인의 신고금액이 훨씬 높은 것으로 확인된다.

(4) (◇◇◇◇ 주식 거래 관련) 舊◎◎모텔 부지의 ㎡당 거래가액은 ○○○원으로 인근 토지보다 저가로 거래된 것이 아니다. 처분청은 舊◎◎모텔의 토지 및 건물의 장부가액을 토지 ○○○원, 건물 ○○○원 합계 ○○○원이라고 하나, ◇◇◇◇은 2016.6월 특수관계 없는 제3자로부터 舊◎◎모텔을 ○○○원에 일괄 취득한 사실이 등기부등본 및 매매계약서에 의하여 확인되므로, 舊◎◎모텔의 장부가액은 ○○○원임이 분명하며, 처분청이 제시한 장부가액 ○○○원은 잘못된 것이다. 또한, 舊◎◎모텔 건물은 약 17년간 일반모텔로 사용하여 시설 및 외관이 노후되어 사실상 수익이 없는 상태의 무수익자산으로 철거하거나 대수선을 요하므로 일반적인 부동산 거래에 있어서 해당 건물은 거래가치가 없는 것으로 봄이 타당하다. 최초 매매계약서 특약사항에 의하면 잔금 지급전 숙박시설 인허가사항을 말소키로 하였는바, 모텔시설 및 관련 인허가에 대한 가치도 해당 매매가액 ○○○원에 포함되었으며, 사실상 모텔 건물은 거래가치가 없는 것으로 하여 거래되었음을 알 수 있다. 따라서 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시에도 舊◎◎모텔의 총 장부가액(취득가액) ○○○원은 모두 토지(.㎡)의 거래가치에 해당하므로, 舊◎◎모텔 부지의 ㎡당 거래가액은 ○○○원○○○원÷.)이다. 처분청은 舊◎◎모텔의 부지와 유사한 인근 “○○동 ○○○-○외 2”필지와 舊◎◎모텔 부지의 기준시가가 동일함에도 “○○동 ○○○-○외 2”필지의 감정가액(㎡당 ○○○원)에 훨씬 못 미치게 거래하였다고 하나, 비교대상 토지인 “○○동 ○○○-○외 2”필지는 동일 상업지역에서도 주 통행로 4거리 대로에 위치하고, 차량 진출입 도로도 양면이 길게 주 통행로에 접해있으며, “◊◊○○○3차” 신축 아파트의 전면 및 주 통행로에 해당하여 아파트 신축에 반드시 필요한 토지로 객관적 거래가치가 舊◎◎모텔 부지보다 높다. ◇◇◇◇이 소유한 舊◎◎모텔은 중심 도로에서 벗어나 있고 차량 진출입 도로와 접한 면도 좁은 한쪽에 불과하고, 아파트 신축에 반드시 필요한 주 출입로 등에 해당하는 토지가 아니므로, 舊◎◎모텔 부지의 매매가는 처분청이 비교한 “○○동 ○○○-○외 2”필지 보다 낮게 형성되는 것이 객관적이다. 위와 같이 객관적으로 토지의 가치가 다름을 확인할 수 있음에도 처분청은 토지의 위치, 모양 등 실제 거래가치 산정에 필수적인 요소 등을 확인한바 없이 용도가 유사한 인근 지번과 단순 비교하여 청구인의 양도가액이 낮게 신고된 것으로 판단하였는바, 이는 명백한 사실판단의 잘못이다. 한편, 舊◎◎모텔과 인접한 토지 중 위치, 모양 등이 유사한 아래 토지들의 거래가액을 살펴보면, 처분청의 주장과 달리 舊◎◎모텔의 매매가액(장부가액)에 의한 ㎡당 거래가액 ○○○원이 이들 인근 토지의 거래가액보다 대부분 높다는 사실을 알 수 있다. 한편,“○○동 ○○○-○”주차장 전용부지(잡종지 ,***㎡)는 개발용도가 한정되어 있어 건물을 건설할 경우 주차장으로 사용되는 부분의 비율이 건축 연면적의 70% 이상이어야 하는 제약조건이 있는바, 동일 상업지구의 일반 토지에 비해 분양가격이나 거래가치가 현저히 낮은 것이 통상적이다. ◇◇◇◇의 주차장 전용부지는 1992년 택지개발 당시부터 이 사건 거래가 종료되고 2020년 “◊◊◊◊◊◊◊주차타워”가 건축되기까지 약 30년간 나지로 방치되어 있었고, 일반 주차장 수요가 없는 모텔 밀집 지역의 주차장 전용부지로 정상적인 매매거래가 이루어지지 않아 수차례 임의경매로 소유권이 이전되었던 사실과, 주차타워가 신축된 이후 현재까지도 사실상 주차장 영업이 정상적으로 이루어지지 않고 있는 등의 제반사정을 고려하면, 해당 부지는 인근 일반 상업부지나 다른 지역의 주차장전용부지에 비하여 거래가치가 현저하게 낮게 책정되는 것이 타당하다. 처분청은 주차장 부지의 거래가격(㎡당 ○○○원)이 해당 토지의 개별공시지가(㎡당 ○○○원)에 크게 미치지 못하는 것으로 판단하고 있다. 그러나, 개별공시지가의 산정은 개별토지별로 실거래가액을 반영하여 산정하는 것이 아니고, 비교 대상 표준지를 선정하고 해당 표준지와 유사한 토지의 실거래가액을 반영(2017년 표준지 공시지가의 시세 반영율 62.6%)한 표준지 공시지가를 산정한 후, 인근 토지를 해당 표준지와 산술적으로 단순 비교하여 산정하는 것으로, 주차장 부지의 개별공시지가가 용도 등이 유사한 다른 주차장전용부지의 실거래가액 등을 반영하여 산정된 표준지의 공시지가를 기준으로 산정되었다면, 처분청의 주장이 합리적이라고 할 수 있으나, 2017년 개별공시지가 산정 당시 ○○동의 표준지는 “○○동 ○○○-○ 외 16개”로 이 사건 주차장전용부지와 용도가 전혀 다른 일반 상업지를 표준지로 선정하여 해당 표준지와 단순하게 산술 비교하여 주차장 부지의 개별공시지가가 산정되었다. 이는 주차장 부지의 개별공시지가가 실제거래가격을 적정하게 반영한 것이 아님을 객관적으로 판단할 수 있으므로, 개별공시지가 보다 낮게 거래되어 양도소득세 탈루 혐의가 있다는 처분청의 주장은 개별공시지가 산정 방법을 전혀 고려하지 않았거나 오인한 것으로 합리적 주장이 아니다. 따라서 쟁점주식 거래가 이루어지기 전 약 1년 이내(2016년 4월~6월)에 특수관계 없는 제3자인 소유자와 D◉◉, L△△가 최초 매매계약 체결하고 ◇◇◇◇이 최종 소유권을 취득하면서 거래한 가액(장부가액)인 ○○○원(㎡당 ○○○원)이 해당 주차장 전용부지의 정당한 시가를 반영한 실제 거래가치이고, 쟁점주식 양도 거래 당시인 2017.4월 현재 주차장 부지의 가치가 특별히 상승하였다고 할 이유도 없다. 위와 같이 쟁점부동산(주식) 거래와 유사한 시기에, 유사한 목적으로 거래된 인근 부동산에 비해 쟁점부동산의 ㎡당 거래가액이 유사하거나 높은 것으로 분석되고, 해당 부동산의 공시지가 보다 훨씬 높은 가액에 거래된 것으로 확인됨에도, 특수관계 없는 제3자간의 부동산 거래의 실질과 통상적인 부동산 거래 관행, 주차장전용부지와 같이 특수한 토지의 공시지가산정 방법 등을 고려하거나 실태를 확인하지 않고, 임의적으로 단순 비교분석하여 청구인의 쟁점주식 거래와 관련하여 다운계약서 등을 작성해 양도소득세를 탈루한 혐의가 있다고 판단한 처분청의 주장은 객관적·합리적 근거 없는 추정으로 잘못된 것이다.

(5) 처분청은 청구인이 양도한 쟁점주식은 ”아파트신축사업부지“에 편입된 부동산을 소유한 법인이 발행한 주식으로, 2016년부터 2018년까지 기간 동안 광주의 아파트 가격 상승에 따라 아파트 시행 예정부지의 가격도 급등하였다.”고 하면서 쟁점부동산과 관련된 쟁점주식이 “저가 거래된 혐의가 있다.”고 주장한다. (가) 그러나, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점부동산의 거래가격(장부가격)은 “유사한 시기”에 “소형 장기 임대아파트 신축사업부지”에 편입된 인근 “유사한 토지”의 매매가액 및 감정가액과 유사하거나 다소 높은 금액에 거래되었다. (나) 쟁점부동산과 관련된 “아파트 사업부지”는 낙후된 모텔이 밀집된 중심상업지역 내 소수의 필지를 단기간 저가에 매입하여 “소형장기임대아파트”를 건설하는 사업으로써(이 사건 부동산 거래 당시

○○ 시에서는 이와 같은 형태의 사업이 사실상 최초로 이루어졌음), “소형장기임대아파트”의 시행사업은 사업 부지를 고가에 매입할 경우 수익성이 낮아 사실상 사업진행을 하지 못할 수 있으므로 사업시행자는 관련 정보가 최대한 유출되지 않도록 하여 해당 부지를 단기간에 취득하는바, 다수의 필지를 장기간 매입하여 많은 세대의 분양아파트를 신축하고, 높은 가격에 분양하여, 많은 분양수익이 발생하는 사업인 일반적인 “분양아파트신축예정부지”의 거래와는 전혀 다르다. (다) 처분청은 이와 같이 “장기임대아파트신축부지”의 거래와 실질이 전혀 다른 “일반분양아파트부지” 거래를 단순 비교하여 청구인의 부동산 거래가 저가거래로 탈루 혐의가 있다고 하였는바, 이는 실질과 전혀 다른 잘못된 판단이다.

(6) 처분청은 “청구인의 주식거래가액인 액면가액이 처분청의 보충적평가(기준시가)방법에 의한 주식평가액보다 낮으므로 저가 거래 혐의가 있다.”고 한다. (가) 그러나, 노후된 무수익 건물은 부수토지의 실제거래가격 산정에 있어 해당 토지의 가치를 감하는 요소이고, 주차장전용부지와 같이 용도가 제한되어 정상적인 거래가 이루어지지 않은 토지의 경우 특별한 사정이 없으면 해당 토지의 개별공시지가가 거래의 실질가치를 적절하게 반영하지 못한다. (나) 처분청은 통상적인 부동산 거래에서 특수관계 없는 제3자간 통상적인 거래가격 산정의 실질과 개별공시지가 산정 절차 등을 잘못 판단하거나 사실을 확인하지 않고 관련 기준시가를 단순 계산하여 산정된 주식가치와 인근 토지 등의 정상적인 거래가격 및 감정가액 등과 유사한 가격에 의해 특수관계 없는 제3자간 정상적으로 거래된 주식(부동산)의 거래가액(액면가액)을 잘못 비교하여 선량한 납세자의 성실한 양도소득세 신고에 대하여 저가 거래 혐의가 있다고 예단한 것은 잘못된 판단이다.

10. 쟁점주식 양도거래 관련 조사내용

  • 가) 조사청의 조사종결보고서에 따르면, 조사청은 2021.3.22.부터 2021.6.18.까지 청구인을 주 조사대상자로 하고 A▲▲, B●●, ▩▩▩▩, □□□□을 관련인으로 선정하여 양도소득세 조사를 실시한 것으로 확인된다.
  • 나) 청구인 등을 조사대상자로 선정한 사유에, ‘다운계약서 작성하여 주식 양도소득 탈루 등 구체적인 탈세혐의 포착’이라는 내용이 기재되어 있으며, 쟁점주식 양도거래와 관련된 주요 조사내용을 발췌하면 아래와 같다.

□ 쟁점주식‘시가’에 대한 조사

○ 쟁점주식 양도 당시 매매사례가액이 없어 보충적 평가방법을 적용하여 평가한바, ◇◇◇◇은 사업 개시 후 3년 미만 법인으로 순자산가치로 평가한 1주당 평가액은 ○○○원(평가내역은 아래 <표1> 참조)임

○ ◇◇◇◇이 보유한‘○○동 ○○○-○번지’토지와 유사한 인근 지번‘○○동 ○○○-○외 2필지’의 2017.1.5. 기준 감정평가서상의 ㎡당 토지가액은 ○○○원으로, 이는 1주당 순자산가치 평가시 반영한 쟁점토지의 기준시가(○○○원)를 크게 상회함 ㎡당 공시지가가 같고, 상업지역내에 있으며, 아파트 신축예정부지로서 토지사용목적이 동일함

□ 양도소득 탈루혐의

○ ◇◇◇◇이 보유한 부동산의 인근 매매사례가액을 보더라도, 당해 법인이 보유한 부동산은 아파트 신축예정부지로서 기준시가에도 못 미치는 시세가 형성되었다고 보기 어렵고, 당해 거래는 상증세법상 보충적평가액에도 크게 미달하게 거래한 것으로 볼 때, 양도소득 탈루혐의가 명백함

□ 가공세금계산서를 발급하여 쟁점주식 양도소득 ○○○원 누락 (1) 가공세금계산서 발급 경위

○ 청구인은 □□□□주식과 쟁점주식을 액면가액으로 양도하면서 법인 채무를 승계한 것이라고 진술하나, 주식 양도시 주임종채무가 남아있었고 쟁점주식은 보충적평가액에도 크게 못 미치는 가액으로 거래한 점으로 볼 때 해당 거래가액이 정상거래가액이라고 보기 어려움

○ ‘시가’에 미치지 못한 쟁점주식 양도거래와 관련하여 편법거래가 있을 것으로 보고, 쟁점주식 양도일을 전후하여 양도인과 양수인간의 거래에 대하여 검토한바,

• (청구인이 대주주로 있는 법인인) ▩▩▩▩이 (쟁점주식 양수인 C▣▣가 실사주인) ◈◈건설로부터 ◊◊○○○◊◊◊◊◊◊ 신축공사 중 토공사를 2017.9.13. 수주하여 쟁점주식 양도일 이후 2017.9.28.부터 4회에 걸쳐 아래와 같이 세금계산서를 발행하였음을 확인함 <▩▩▩▩이 ◈◈건설에 세금계산서를 발행한 내역>

• ▩▩▩▩은 ◈◈건설에 토공사 대가로 ○○○원(공급가액)의 세금계산서를 발행하였으나, 해당 토공사는 ○○건설이 ○○○백만원에 터파기공사부터 부대공사, 복공공사, 가설 울타리공사, 임목폐기물공사까지 시공하였음이 계약서, 시방서, 공사내역서 등을 통하여 확인됨

• 이와 관련하여 ▩▩▩▩은 본 토공사 전에 주변 정리공사 및 오수도 공사를 한 것이라고 주장하나, 이에 대한 공사 관련 제출서류는 계약서, 매출장, 매입장이 전부임

• ▩▩▩▩은 공사와 관련하여 매입원가증빙서류 또한 제시하지 못하고 있으며, 주변공사 관련 기성청구내역서, 시방서, 설계도면 등 공사 관련 서류가 전무하고, 해당 공사내역에 대한 질문에 대해서는‘기억나지 않음’으로 일관함

• ▩▩▩▩은 2017.9.13.부터 2018.2.12.까지 해당 공사를 시공하였다고 공사 현장사진 등을 제출하였으나, 실제 철거를 담당하는 업체와 오․수공사를 담당하는 업체가 각각 별도로 있었으며, 오․수공사 및 포장공사는 2019년에 이루어진 것으로 확인되는 등 ▩▩▩▩이 해당 공사를 한 흔적을 발견할 수 없어 당해 거래를 가공거래로 확정함

○ 청구인이 C▣▣에게 쟁점주식 및 □□□□ 주식을 양도한 직후 ▩▩▩▩이 ◈◈건설에 가공세금계산서를 발행하게 된 경위는, 실제 주식양도대금을 청구인이 수령하여 ▩▩▩▩에 차입금을 상환하기 위해 양도대금을 지급한 거래로서, 거래과정을 생략하여 양도대금을 은닉하기 위한 두 법인간의 위장가공거래로 판단됨

(2) 가공거래를 통하여 양도소득을 탈루한 정황적 증거

○ ▩▩▩▩이 가공세금계산서를 발행하여 기존의 청구인에게 대여한 금원을 회수한 내역은 □□□□과의 2015.12.31. 거래내역에서도 확인됨

• 2017.1.1.부터 2017.12.31.까지 청구인은 ○○○원을 ▩▩▩▩으로부터 입금받아 ○○○원을 상환하고 총 ○○○원의 ▩▩▩▩ 법인자금을 유용한 사실이 금융거래내역을 통해 확인되나, ▩▩▩▩의 2017사업연도 법인세 신고 당시 청구인이 당해 법인으로부터 유출한 ○○○원에 대하여‘주임종단기대여금’으로 계상한 사실이 없고, 해당 거래에 대하여 청구인은 주주와 법인간의 거래로서 당시 주식양도소득과는 무관하다고 진술할 뿐 관련거래에 대한 증빙을 제출하지 않음

• 청구인이 ▩▩▩▩ 법인자금을 유용하고 이에 대해 장부상 계상하지 않은 사실에 비추어 가공세금계산서를 통하여 ▩▩▩▩이 청구인의 주식양도대금을 수취함으로써 당해법인이 청구인에 대여한 금원을 회수한 거래로 봄이 타당함

(3) 가공세금계산서 발급을 통하여 누락한 양도가액의 확정

○ 쟁점주식의 1주당 평가액은 ○○○원임에도 청구인은 C▣▣에게 쟁점주식을 1주당 ○○○원에 양도한 것으로 신고하여 상증세법상 보충적평가액과 거래가액이 현저하게 차이가 나며, □□□□ 주식 양도시 가공자산을 계상하여 법인자금을 유출하였고 당해 금융채무를 後소유자가 승계받음에 따라 실질적인 양도차익 효과를 얻었으므로, 가공세금계산서를 통하여 누락한 양도대금은 쟁점주식의 양도대금으로 보는 것이 타당함

(4) 가공거래로 인한 소득의 귀속

○ ▩▩▩▩은 청구인이 최대주주로 있는 법인으로, 그 외 주주 또한 청구인의 弟夫로 확인되는 등 100% 특수관계자로 구성되어 있고, ▩▩▩▩의 대표이사는 D◉◉(청구인의 子)이고 임원은 청구인과 D◉◉, E▼▼(청구인의 배우자), T○○으로 이루어진 가족회사임

• ▩▩▩▩은 최대주주인 청구인이 보유한 □□□□과 쟁점주식 전부를 C▣▣에게 양도한 시점에, C▣▣가 실사주인 ◈◈건설로부터 가공거래를 통해 대금을 수취하였고, ▩▩▩▩은 아무런 대가관계 없이 대금을 지급받을 이유가 없음에도 대금을 수취한 것에 대하여 자산수증이익으로 인식한 사실이 없으며, 두 법인 간 채권 채무거래로 인식한 사실도 없으므로 금전소비대차거래로도 볼 수 없음

• 해당거래는 청구인이 주식양도거래 이전에 ▩▩▩▩ 법인자금 ○○○원을 유용하고 자신이 보유하던 주식을 양도하면서 주식양도대금으로 ▩▩▩▩에 차입금을 상환한 것으로 보는 것이 타당하므로, ▩▩▩▩의 가공거래를 통해 발생한 소득을 청구인의 쟁점주식양도소득으로 봄이 타당함

  • 다) 처분청이 제출한 ▩▩▩▩에 대한 조세범칙조사 보충조서 및 국세통합전산망자료에 따르면, 처분청은 ▩▩▩▩의 거짓세금계산서 수수행위에 대해서 범칙처분 하였고, 쟁점가공세금계산서와 관련하여 부가가치세 환급 결정한 것으로 확인된다.
  • 라) 처분청이 제출한 쟁점주식 평가조서에 따르면, 처분청은 평가기준일을 2017.4.4.로 하고 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식을 평가하였으며, ◇◇◇◇은 사업개시 후 3년 미만 법인인바, 순자산가치로 평가한 1주당 가액은

○○○ 원인 것으로 확인된다.

  • 마) 처분청은 세무조사 기간 중 청구인에게 2017년 중 ▩▩▩▩으로부터

○○○ 원을 입금받게 된 사유에 대한 소명을 요청하였고, 청구인은 쟁점주식 양도거래와는 무관하다는 내용으로 회신하였다. <그림1> 소명요구서 <그림2> 청구인의 소명서

  • 바) 처분청은 청구인이 2017년 중 ▩▩▩▩으로부터

○○○ 원을 입금받아

○○○ 원을 상환하고 총

○○○ 원의 ▩▩▩▩ 법인자금을 유용한 것으로 보고 있다. 또한, ▩▩▩▩이 2017년 사업연도 법인세 신고 당시 청구인이 유출한

○○○ 원에 대하여 단기대여금으로 계상한 사실이 없고, 청구인이 관련 거래에 대한 증빙을 제출하지 못하는 점 등에 비추어, 쟁점가공세금계산서를 통하여 ▩▩▩▩이 청구인의 쟁점주식 양도대금을 수취함으로써 청구인은 ▩▩▩▩에 대한 차입금을 상환하였는바 ▩▩▩▩의 가공거래를 통해 발생한 소득은 청구인의 쟁점주식 양도소득으로 보는 것이 타당하다는 의견이다.

11. 그밖에 청구인이 제시한 심리자료

  • 가) ▩▩▩▩ 2017사업연도 재무상태표

○ 2016년 기말 보통예금 잔액이

○○○ 원, 2017년 기말 보통예금 잔액이

○○○ 원인 것으로 확인된다.

  • 나) ▩▩▩▩ 보통예금 거래처 원장(잔액)

○ 2017년 전기이월 잔액이

○○○ 원, 기중 증가액은

○○○ 원, 기중 감소액은

○○○ 원, 기말잔액은

○○○ 원으로 확인된다.

  • 다) ▩▩▩▩ 2017사업연도 매출장

○ 2017.9.28., 2017.11.9., 2017.12.11. ‘

○○○◊◊◊◊◊◊ 신축공사 중 토공사’에 대한 매출 신고 내역이 확인된다.

  • 라) ▩▩▩▩과 ◈◈건설 세금계산서 및 대금수수내역
  • 라. 판단

1. 이 건 세무조사가 조사대상자 선정에 하자가 있어 위법 부당한지 국세기본법제81조의6제3항은 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 세무조사대상자 선정사유로 들고 있는바,국세기본법제81조의6제3항이 정한 세무조사대상자 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고국세기본법제81조의6제3항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 참조). 이때 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 신고 내 용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결 등 참조). 조사청이 청구인을 세무조사대상자로 선정한 것이 위법 부당한지에 관하여 살펴보건대, 쟁점부동산은 아파트 신축예정부지로서 처분청이 제시한 인근 토지의 거래가액 내역을 살펴보더라도 대부분 아파트 신축에 대한 기대감으로 인해 공시지가에 훨씬 상회하는 가액에 거래가 되었으나, 청구인이 양도한 □□□□ 주식과 쟁점주식의 양도가액에 반영된 토지의 가치가 개별공시지가보다도 낮은 가격으로 거래된 것으로 분석된 점, 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가한 쟁점주식의 주당 평가액은

○○○ 원으로, 청구인의 쟁점주식 거래가액 ○○○원보다 훨씬 상회한 금액으로 분석된 점 등에 비추어 청구인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고내용은 객관성과 합리성 있는 자료에 따라 탈루나 오류가 있을 개연성이 상당한 정도로 인정된다고 할 것이다. 따라서, 조사청이 청구인을 조사대상자로 선정하고 이 건 세무조사를 실시한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점가공세금계산서의 공급대가를 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분이 위법부당한지

  • 가) 관련 법리

(1) 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원2006두6383, 2006.09.22., 대법원2002두6392, 2002. 11.13. 판결 등 참조).

(2) 소득세법에서는 자산의 양도로 인하여 발생하는 총수입금액을 양도가액으로 규정하고 있는바, 그 총수입금액이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다고 할 것이고 그 대가에 해당 여부는 실질과세의 원칙상 그 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지의 여부에 의하여 판단하여야 한다(대법원92누2967, 1992.7.14. 판결 참조)

  • 나) 쟁점가공세금계산서의 공급대가를 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분이 위법부당한지

(1) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합하여 볼 때 쟁점가공세금계산서의 공급대가를 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

① 청구인은 쟁점주식 거래를 전후하여 특수관계법인인 ▩▩▩▩으로부터

○○○ 원을 계좌로 이체받았고

○○○ 원을 계좌로 입금(상환)한 사실이 있는데, ▩▩▩▩은 이러한 청구인과의 자금 거래에 대해 장부에 계상한 사실이 없으며, 청구인은 ▩▩▩▩이 동 금액을 정상적으로 회수하였다고 주장만 할 뿐 구체적인 증빙자료를 통하여 입증을 한 바 없다.

② 조사청이 이 건 양도소득세 조사기간 중 ▩▩▩▩에 대한 세무조사를 실시하여 ▩▩▩▩이 쟁점주식 양수인인 C▣▣가 운영하는 ◈◈건설로부터 공급대가 ○○○원의 토목공사를 수주하였으나 실제 공사용역을 제공한 사실이 없이 쟁점가공세금계산서를 발행하여 공사대금을 수취한 사실을 확인하고 ▩▩▩▩의 거짓세금계산서 수수행위에 대하여 범칙처분을 한 바 있는데, 청구인은 쟁점가공거래와 관련하여 ▩▩▩▩이 실제 공사를 진행하였음을 입증할만한 객관적인 증빙을 제시한 바 없고, 쟁점가공세금계산서 거래는 별도의 경제주체 간에 이루어진 행위로 청구인의 쟁점주식거래와 직접적인 관련이 없다고 주장하면서도 ▩▩▩▩이 쟁점가공세금계산서 공급대가에 해당하는 금액을 수취하게 된 경위에 대해서 별다른 소명을 하지 못하고 있다.

③ 청구인은 처분청이 쟁점가공세금계산서 공급대가가 쟁점주식 거래가액임을 입증할 수 있는 합리적 객관적 근거 또는 직접적인 증거 등을 제시하지 못하므로 추정에 의한 자의적인 과세로서 위법 부당한 처분이라고 주장하나, 상증세법상 보충적 평가방법으로 쟁점주식가액을 평가한 가액이 청구인이 거래한 주당 액면가액을 크게 상회하고 있어 쟁점주식을 액면가액으로 거래하였다는 청구주장에 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, 쟁점주식 양도를 전후하여 청구인의 특수관계법인이 쟁점주식 양수인이 실제 지배하는 법인에 거짓세금계산서를 발행하여 대금을 수취한 사실이 있는 점, 청구인이 기존에 특수관계법인으로부터 법인 자금을 이체받았으나 회수한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인은 사실상 쟁점가공거래 행위에 따른 소득의 귀속자로서 특수관계법인인 ▩▩▩▩으로 하여금 쟁점가공세금계산서를 발행하여 쟁점주식 양도대금을 우회로 수취함으로써 ▩▩▩▩으로부터 유용한 자금을 상환하였다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

(2) 따라서, 처분청이 쟁점가공세금계산서 공급대가를 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)