조세심판원 심사청구 양도소득세

당초 예정신고한 양도가액이 아니라 실제거래가액이라고 주장하는 가액을 쟁점부동산의 양도가액으로 볼 수 있는지

사건번호 심사-양도-2022-0011 선고일 2022.05.04

쟁점부동산 등기사항전부증명서 및 당초 양도소득세 신고 시 제출한 계약서상 매매가액을 부인할 만한 객관적인 증빙이 제시된 바 없고, 매수법인 또한 부동산 취득가액을 신고가액으로 기장한 사실이 있는바, 청구인이 실제거래가액이라고 주장하는 가액을 쟁점부동산의 양도가액으로 볼 수 없음

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 청구인은 △△ △△군 △△면 △△리 ○-○○ 소재 숙박시설 및 근린생활시설(이하 “전체건물”이라 한다) 가운데 106호, 206호, 301호, 401호, 501호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2013.6.7. 임의경매로 인한 매각을 원인으로 하여 일괄 취득하고 2020.11.30. 청구인의 특수관계인인 ㈜□□□□□(이하 “매수법인”이라 한다)에 5,060백만원에 양도하는 계약(이하 당시 작성한 계약서를 “신고계약서”라 한다)을 체결하였으며, 2020.12.2. 매수법인에 쟁점부동산의 소유권 이전을 완료하고 2021.2.24. 양도소득세 1,136백만원을 예정 신고하였으나, 납부하지는 아니하였다.
  • 나. 한편, 청구인은 2020.12.2. 쟁점부동산의 매매가액을 3,500백만원으로 하여 매수법인에게 양도하는 계약을 체결(이하 “쟁점계약”이라 하고, 당시 작성한 계약서를 “쟁점계약서”라고 한다)한 사실이 있으나, 매수법인이 시행하는 생활숙박시설 신축사업 관련 PF대출이 원활하도록 당시 시중 호가를 반영한 5,060백만원을 매매가액으로 하여 신고계약서를 작성했다고 하면서 2021.8.20. 처분청에 쟁점부동산의 양도가액을 실제 매매가액인 3,500백만원으로 하여 양도소득세를 경정해줄 것을 청구하였다.
  • 다. 처분청은 2021.12.7.“청구인이 시중 호가를 반영하여 체결하였다는 부동산 매매계약서가 존재하고 이 계약서에 의해 소유권 이전등기 경료 및 양도소득세 자진 신고 등 권리․의무가 확정 행사되었으며, 청구주장을 신뢰할 만한 객관적인 증빙서류 등을 발견하기 어렵다”는 사유로 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 청구인은 매수법인과 쟁점부동산의 매매거래를 협의하는 과정에서 2곳의 외부 감정평가기관에 쟁점부동산에 대한 감정을 의뢰하였으며, 감정평가서 내용을 요약하면 아래 <표1>과 같다. <표1> 감정평가서 내용 요약 (천원) 감정기관명 전체건물감정가액 * 조사기준일 평가서 작성일 쟁점부동산 감정가액

□□감정원 7,610,000 2020.8.21 2020.8.25 3,576,000 △△감정평가법인 6,648,000 2020.11.10 2020.11.16 3,878,000 * 쟁점부동산은 총 ○개 호실로 이루어진 집합건물 중 ○개 호실만 해당 나. 쟁점부동산의 매매 거래 당시 시가가 존재하지 않는 상황에서 청구인과 매수법인의 대표이사 ★★★은 부자(父子) 관계로 특수관계가 성립하였기 때문에법인세법또는소득세법상 부당행위계산부인 규정을 적용받을 우려가 있었던바, 청구인과 매수법인은법인세법상 시가의 개념을 충분히 고려하여 쟁점부동산 매매가액을 상기 감정평가액을 기준 삼아 3,500백만원으로 결정하고 쟁점계약을 체결하였다. 그러나, 쟁점부동산을 매수하여 생활숙박시설을 신축할 계획이 있었던 매수법인은 코로나로 인해 사업 자금 조달이 어려워지자 청구인에게 쟁점부동산 매매계약서를 실제거래가액이 아닌 ‘금융권 제출용’으로 작성해 달라는 요구를 하였고, 청구인은 이를 수용하여 쟁점부동산의 매매가액을 5,060백만원으로 하여 신고계약서를 작성하게 되었으며, 실제로 매수법인은 신고계약서를 금융기관에 제출하여 사업자금 조달을 진행하였고, 현재는 쟁점부동산을 신탁사에 위탁하여 생활숙박시설 신축사업을 진행하고 있다. 다. 청구인은 처분청에 경정청구를 접수한 뒤 처분청으로부터 경정청구 거부통지를 받을 때까지 처분청이 요구하는 보정자료를 성실히 제출하였는바, 처분청이 청구주장을 신뢰할만한 객관적인 증빙서류 등을 발견하기 어려워 경정청구를 기각한다는 경정청구 거부 이유는 전혀 납득이 되지 않는다. 라. 처분청은 시중 호가를 반영한 신고계약서가 존재하므로 감정가액을 기준삼아 결정한 3,500백만원을 인정할 수 없다고 하나,‘시중 호가를 반영한 계약서’라는 것은 청구인이 처분청에 경정청구 보정자료를 제출하는 과정에서 답한 내용일 뿐, 외부 감정평가기관 2곳에 의뢰하여 공신력 있는 감정기관으로부터 제출받은 전체건물의 감정가액이 6,648백만원~7,610백만원이고 쟁점부동산의 감정가액은 3,576백만원~3,599백만원인데, 쟁점부동산의 매매가액이 5,060백만원이라는 것은 감정평가액과도 큰 차이가 있다. 실제로 상기 2곳의 감정평가기관이 작성한 평가서는 ㈜▲▲▲신탁에 제출되었으며, 청구인과 매수법인이 아닌 제3자의 객관적 자료가 존재하는바, 이를 바탕으로 실제 쟁점계약서를 작성한 것은 틀림없는 사실이다. 마. 시가가 존재하지 않은 상황에서 외부 감정평가기관의 감정평가액을 시가로 기준삼아 체결한 매매가액이 3,500백만원이며, 신고계약서와 쟁점계약서에 차이가 있는 것은 매매가액뿐이고, 매매가액의 지급방식은 동일하다. 매매대금 지급조건은 1,900백만원을 선지급하고, 잔액은 매수법인의 사업계획이 완료(준공)되는 시점에 지급하는 것이다. 이러한 대금 지급 조건 역시 쌍방이 특수관계이기에 가능한 계약이다. 바. 쟁점부동산은 지역의 특수성으로 인해 부동산 거래가 활발하여 호가는 있어왔지만, 실제로 매매가 이루어지는 거래는 소수이고, 쟁점부동산과 비교할만한 부동산도 존재하지 않는 상황에서 부차적인 감정가액을 통해 매매가액을 결정할 수밖에 없었다. 처분청의 주장대로, 최초 양도소득세 신고시 제출한 신고계약서상 기재되어 있는 5,060백만원이 실제 양도가액이라고 한다면, 청구인은 부당행위계산부인 규정이 적용될 것을 알면서 매매거래를 했다는 것인데, 이는 명백히 청구인에게 어떠한 이득도 발생하지 않는 거래로서 상식적인 거래라고 할 수 없다. 사. 처분청 의견에 대한 항변 1) 청구인과 매수법인이 작성한 쟁점계약서는 임의로 작성했을 개연성이 높아 인정할 수 없다는 처분청 의견에 대한 반론 가) 쟁점계약의 양 당사자는 특수관계에 있으며, 쟁점계약을 체결하기 전부터 생활숙박시설 건축 사업 계획 및 자금 조달에 관한 검토가 있었고, 자금 조달을 위해 금융기관과 협의를 하는 상황에서 감정평가를 진행하였다. 나) □□감정원의 감정평가는 2020.8.21.을 조사 기준일로 하여 이루어졌고, 감정의뢰인과 제출처는 ㈜▲▲▲신탁이며, △△감정평가법인의 감정평가는 2020.11.10.을 조사 기준일로 하고 감정의뢰인과 제출처는 ○○축협으로서, 매수자와 매도자가 임의로 감정평가를 한 것이 아니며, 할 수도 없다. 다) 처분청은 두 곳의 감정평가기관의 감정평가액이 소급감정가액이어서 의구심을 가지고 있는 것 같으나, 감정평가기관은 매매계약체결일 이전에 감정평가를 하였으며, 감정의뢰인 중 하나인 ㈜▲▲▲신탁은 매수법인의 사업시행을 전제로 자금조달을 예정했던 업체이다. 라) 청구인은 매매계약일로부터 3개월 이전의 기간 내에 감정평가기관의 감정평가액을 기준으로 삼아 매매가액을 3,500백만원으로 결정하였는바, 감정평가서는 쟁점부동산의 실지거래가액을 입증할 확실한 자료이다. 마) 감정평가기관의 감정평가액의 평균액은 3,727백만원으로, 양 당사자가 특수관계이므로소득세법상 부당행위계산부인 규정과 상증세법 상 고가 양수/저가 양도 증여규정에 해당될 수 있기에, 매매거래 당사자들은 감정평가기관의 평가금액의 범위 내에서 평균액을 두고 협의하였으며, 최종적으로 쟁점양도가액을 매매가액으로 협의하고 매매계약을 체결한 것이다. 바) 최초 신고시 제출한 신고계약서, 추후 경정청구 시 첨부서류로 제출한 쟁점계약서는 이러한 협의 과정에서 발생한 것일 뿐이며, 특히 최초 신고한 신고계약서의 5,060백만원은 어떤 합리적인 방법에 의해 도출된 것이 아니라 PF자금조달을 위해 매수법인 측에서 요청한 금액대로 작성된 것일 뿐이다. 2) 청구인이 주장하는 실지거래가액은 3,500백만원으로 양 당사자간에 합의된 가액이며, 감정평가서를 기준으로 매수법인이 전체건물의 다른 구분소유자와의 거래를 진행한 점으로 보더라도 동 금액은법인세법제52조제2항의 시가 개념에 부합하며,소득세법제96조제1항에도 부합한다. 가) 처분청의 주장대로 5,060백만원을 쟁점부동산의 양도가액이라고 확정한다면, 청구인과 매수법인은 시가의 정의에 부합하는 금액이 있는데도 시가보다 높은 금액으로 쟁점계약을 한 것으로,법인세법제52조 부당행위계산부인규정을 적용받게 된다. 처분청은 5,060백만원이 호가를 반영한 금액이므로 적정하다고 주장하나, 호가는 호가일 뿐이고 실제 거래된 가액이 시가에 해당하는 것이다. 나) 매수법인의 법인세 수정신고는 2021.9월에 청구인의 경정청구 후속절차로 진행되었으며, 현재 관할세무서로부터 청구인의 양도소득세 경정 이후 재신고하라는 이유로 수정신고 거부처분을 받은 상황이다. 다) 매수법인은 PF자금을 조달하여 전체건물 구분소유자의 물건도 매입하고 일부 세입자와 명도소송을 진행하는 등 사업이 진행되고 있다. 라) 처분청은 청구인이 부동산 매매대금 중 잔금을 미수령하게 된 것이 매수법인의 사업부진 때문이지 당초 매매계약서상 양도가액 5,060백만원에 문제가 있었던 것은 아니라고 주장하지만 이는 매수법인의 사업을 전혀 이해하지 못한 주장이다. 매수법인이 진행하는 생활숙박시설 분양사업은 단기간에 이루어지는 사업이 아니며 토지 매수부터 건축, 분양에 이르기까지 일련의 과정이 필요하고, 이는 양 당사자가 모두 인지하고 있는 부분이다. 또한, 청구인은 매수법인의 주주로서 사업진행이 원활히 되어야만 잔금수령이 가능한 상황이다. 아. 결론 청구인은 실제로 3,500백만원을 매매가액으로 하여 매매계약을 체결하였고, 1,900백만원만 수령하고 나머지 잔액은 매수법인의 사업이 완료되는 시점에 받기로 하였는바, 결국 매수법인의 생활숙박시설 사업의 완성 진척도에 따라 잔금시기가 달라질 수 있다. 하지만, 현재 청구인은 본 건으로 인해 본인의 금융 및 신용도에 문제가 발생하여 정신적 고통을 감내하고 있다. 청구인이 주장하는 쟁점계약의 실질은 충분하고, 매수법인이 현재진행형으로 건축사업을 진행하고 있으며, 매수법인은 쟁점부동산 외에 전체 건물 구분 소유자 및 세입자들과도 협의를 통해 건물 추가 매수 및 명도를 진행하고 있다. 청구인과 매수법인간의 불법적인 거래가 없었고, 실질에 따라 작성된 쟁점계약서가 명백 히 존재하는바, 당초 신고 시 접수된 신고계약서는 효력이 없다고 할 것이며, 계약서가 2개 존재한다는 이유만으로 실제 매매계약을 배제하는 것은 실질과세원칙에 반하는 위법한 처분이다.

3. 처분청 의견
  • 가. 청구인은 2020.11.30. 매수법인과 쟁점부동산을 5,060백만원에 양도하기로 하는 정상적인 매매계약을 체결하고, 2020.12.2. 매수법인에게 쟁점부동산의 소유권을 이전해 주었으며, 2021.2.24. 쟁점부동산의 양도가액을 5,060백만원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나, 쟁점부동산에 대한 양도소득세, 취득세 등을 납부하지 못하여 경제적인 파산 위기에 몰리게 되자 2021.8.20. 처분청에 쟁점부동산의 양도가액을 쟁점계약서상 매매대금 3,500백만원으로 하여 양도소득세를 경정해 달라는 내용의 경정청구서를 제출하였다.
  • 나. 청구인은 매수법인의 특수관계인으로, 매수법인의 사업자금 대출이 원활하도록 양도가액을 5,060백만원으로 하여 신고계약서를 작성하였고, 계약금 및 중도금은 청구인의 부채 1,900백만원을 매수법인이 대환하여 변제하는 방식으로 지급받았으며, 잔금 3,160백만원은 매수법인의 건축 사업이 마무리된 후 정산받기로 계약하고 쟁점부동산의 소유권을 매수법인에게 이전해 주었다고 주장한다.
  • 다. 경정청구 내용을 검토하는 과정에서 매수법인에게 재무제표를 제출받아 검토한바, 쟁점부동산의 취득가액은 청구인과의 거래가액인 쟁점신고가액에 취득세를 포함한 금액인 5,294백만원인 것으로 확인되었고, 2021.9.24. 매수법인은 쟁점부동산의 가액만을 1,560백만원 감액하여 관할세무서에 법인세 수정신고서를 제출한 사실 또한 확인된다.
  • 라. 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시 양도자와 양수자간에 체결한 실지거래가액에 따르는 것으로, 당사자 간 부동산매매계약체결에 따라 쌍방이 소유권 이전 등기를 경료하고 양도소득세를 자진 신고한지 6개월 이상이 경과한 뒤에 당초 계약이 무효라고 주장하는 것은 국세기본법 제15조 신의성실의 원칙에 위반될 뿐만 아니라, 청구인은 매수법인과 특수관계가 있어, 쟁점계약서를 포함한 매매계약서를 임의로 작성했을 개연성이 높으므로, 쟁점계약서상 3,500백만원을 쟁점부동산의 실제 양도가액으로 인정하기 어렵다.
  • 마. 쟁점부동산의 신고계약서 작성일이 2020.11.30.이고, 경정청구시 제출한 쟁점계약서의 작성일은 2020.12.2.로, 두 계약서 모두 쟁점부동산의 소유권 이전일(2020.12.2.) 및 양도소득 과세표준 신고서 접수일(2021.2.24.) 이전에 작성되었다. 청구인의 주장이 사실이라면 양도가액이 낮은 쟁점계약서에 따라 쟁점부동산의 소유권 이전 및 양도소득세 신고를 하지 않았다는 것은 통상적으로 납득하기 어렵다.
  • 바. 청구인은 경정청구시 제출한 “양도가액을 변경 신고한 사유서”에서 쟁점부동산의 호가가 당초 양도소득세를 신고한 가액인 5,060백만원이었고 이를 반영하여 매매계약을 체결하였다고 기술하여 제출하였는바, 당시 쟁점부동산의 시중 거래가액이 5,060백만원 정도였다는 것을 추정할 수 있으며, 청구인도 쟁점부동산의 잔금 3,160백만원을 매수법인의 사업 마무리 후 정산 받기로 계약을 하고 소유권을 이전해 주었다고 기술한 점을 보더라도 쟁점부동산의 잔금 미수령은 매수법인의 사업부진 때문이지 당초 작성한 신고계약서의 매매가액에 문제가 있었던 것은 아닌 것으로 판단된다.
  • 사. 또한, 청구인은 경정청구시 쟁점부동산의 실제 양도가액이 3,500백만원이라고 주장하면서도 매매금액이 3,700백만원으로 기재되어 있는 부동산 매매계약서를 제출한 사실이 있다. 처분청은 경정청구 검토 과정에서 쟁점부동산의 양도가액을 실거래가액으로 인정할 수 있는지 여부에 대해 과세사실판단자문신청을 하였는데, 청구인에게 지급한 쟁점부동산 매매대금과 관련하여 제출된 매수법인의 미지급금 거래처 원장에서 쟁점부동산 매수대금 5,060백만원을 미지급금으로 계상한 당일에 2,710백만원의 미지급금이 차감되어 있으나 이에 대한 상세내역이 확인되지 않는 등 청구인이 제출한 서류만으로는 사실관계나 심의할 대상이 명확하지 아니하다고 하여 과세사실판단자문신청내용을 심의하지 아니한다는 결정을 회신받은 바 있다.
  • 아. 청구인이 시중 호가를 반영하여 체결하였다는 신고계약서가 존재하고, 당사자 간 체결한 신고계약서에 따라 쌍방이 소유권 이전등기를 경료하고 청구인은 양도소득세를 자진신고 하였으며, 매수법인은 ○○군청에 취득세 및 등록세를 자진신고하고 법인세를 신고하는 등 모든 법률행위가 정상적으로 이루어졌음에도 불구하고, 이후 당사자 간 이해관계에 따라 당초 계약이 무효이며 신탁회사가 감정 의뢰한 감정평가서 평가금액을 기준으로 한 금액을 실지거래가액이라고 주장하는 것은 특수관계자 간 거래라는 점에서 신뢰성이 매우 낮으며 정당성이 부족하고국세기본법제15조의 신의성실의 원칙에도 위배된다고 할 것이다. 이처럼 권리 의무가 확정 및 행사된 법률행위가 무효라는 청구주장을 받아들이기에는 합리적 객관성 타당성을 발견하기 어려운바, 당초 경정청구 거부 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 당초 예정신고한 양도가액 5,060백만원이 아니라 실제거래가액이라고 주장하는 3,500백만원을 쟁점부동산의 양도가액으로 볼 수 있는지
  • 나. 관련 법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. <개정 2016.12.20>

② 삭제 <2016.12.20>

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다. <개정 2012.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31> 1.법인세법제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인 을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서상속세 및 증여세법제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액 2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 3) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

  • 다. 조사내용

1. 쟁점부동산 등기사항전부증명서 내역 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2013.6.7. 쟁점부동산을 2,650백만원에 임의경매로 일괄 취득하였고, 2020.12.2. 매수법인에 5,060백만원에 일괄 양도한 사실이 확인된다.

2. 청구인과 매수법인의 사업자등록이력 등 쟁점부동산과 관련하여 국세통합전산망에서 조회되는 청구인과 매수법인의 사업자등록 내역은 아래 <표2>와 같으며, 청구인은 2020.10.20.부터 2021.5.24.까지 매수법인의 공동대표로 등록되었던 사실이 확인된다. 또한 청구인은 아래 <표3>와 같이 2020년도 현재 매수법인의 지분 20%를 보유중이며, 매수법인 대표이사인 ★★★과는 부자(父子)관계인 것으로 확인된다. <표2> 청구인과 매수법인의 사업자등록내역 <표3> 매수법인의 2020년도말 주주현황

3. 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

4. 쟁점부동산 매매계약서

  • 가) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점부동산의 신고계약서에 따르면, 계약서 작성일자는 2020.11.30., 매매대금은 5,060백만원이며, 계약금 없이 잔금 5,060백만원을 2020.12.2. 지불하는 것으로 되어 있고, 매도인은 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하며, 부동산 인도일은 2020.12.2.로 한다고 기재되어 있다. 특약사항은 별도로 기재되어 있지 않다. <그림1> 신고계약서
  • 나) 청구인이 양도소득세 경정청구시 제출한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 계약서 작성일자는 2020.12.2., 매매대금은 3,700백만원이며, 계약금․중도금 1,900백만원을 2020.12.2. 동시에 지불하며, 잔금 1,800백만원은 일반생활형 숙박시설(호텔) 신축사업 완료(건물준공)후 30일내에 지급한다고 되어 있고, 부동산 인도일은 2021.12.31.인 것으로 작성되어 있다. 특약사항에는 계약금, 중도금을 축협에서 대출금 기표일에 동시에 지급하고, 매도인은 계약금․중도금 지급과 동시에 목적물 부동산을 매수인 명의로 소유권 이전등기 한다는 내용이 확인된다. <그림2> 경정청구시 제출한 매매계약서
  • 다) 한편, 청구인은 경정청구를 할 당시 매매대금이 3,700백만원으로 기재되어 있는 상기 <그림2> 계약서를 제출하였다고 하여 아래 <그림3>의 쟁점계약서를 다시 제출하였으며, 쟁점계약서의 내용은 매매대금과 잔금액수 외에는 동일한 것으로 확인된다. <그림3> 쟁점계약서 일부내용 발췌

5. 감정평가기관의 감정평가액

  • 가) ▲▲▲신탁이 담보목적으로 ㈜감정평가법인 □□감정원에 청구인 외 담보물의 감정평가를 의뢰하여 2020.8.25. 작성된 감정평가서에 따르면, 2020.8.21. 기준시점 ○개 호수 건물 전체평가액은 7,610백만원, 쟁점부동산의 감정평가액은 3,576백만원인 것으로 나타난다. <그림4> ㈜감정평가법인 □□감정원 감정평가표 및 감정평가액의 결정
  • 나) ○○축산농협조합장이 담보목적으로 ㈜△△감정평가법인에 매수법인 담보물의 감정평가를 의뢰하여 2020.11.16. 작성된 감정평가서에 따르면, 2020.11.10. 기준시점 ○개호 건물의 평가액은 6,648백만원, 쟁점부동산의 감정평가액은 3,878백만원인 것으로 나타난다. <그림5> ㈜△△감정평가법인 감정평가표 및 감정평가액

6. 경정청구와 관련하여 처분청의 보정요구에 대한 청구인의 답변내용 가) 매매계약서를 두 개 작성하게 된 경위 및 쟁점계약서가 있음에도 양도소득세 신고시 신고계약서를 첨부하고 양도가액으로 신고한 사유에 대한 답 변

• 매수법인이 금융증권사로부터 사업자금 대출인 PF대출을 받는데 있어 자기 자본금이 20억원은 있어야 하는데, 별도의 자금을 마련하기가 어려워 쟁점 부동산 매매대금을 50억원 *1) 으로 하여 계약서를 체결하게 되면 별도의 자기 자본을 준비하지 않아도 된다는 간곡한 부탁으로 계약을 하게 되었다.

• 청구인은 청구인의 부채만을 매수법인이 대환하여 지급해주고, 잔금은 위 사업이 끝난 후에 정산 받아 지급받기로 되어 있었는데, 생각지도 못한 양도소득세와 지방세 등이 발생하였고, 매매잔금을 전혀 받지 못한 상태 에서 세금을 내지 못하여 신용불량으로 파산위기에 몰리다 보니 처음 실제 계약한 매매계약서 대로 매매대금 35억원으로 수정하여 관할세무서 등에 신고하 겠다고 (매수법인에) 통보하고 양도가액을 정상가액으로 신고하게 되었다.

  • 나) 쟁점부동산 등기부등본에 표시된 이해관계자와의 권리의무 승계 등 관련서류제출 *2)

• 매수법인이 청구인 소유지분에 대한 근저당설정권자에게 근저당설정해지를 조건으로 매수대금 지급 1) 상기 답변서는 청구인이 2021.8.30. 작성․제출한 것이며, 동 답변서를 제출하기 전 2021.8.25. 제출한‘양도가액 변경신고 사유서’에는 매수법인의 부탁으로 당시 호가를 반영한 5,060백만원에 매매계약을 체결했다는 내용이 기재되어 있으며 일부 내용을 발췌하면 아래 <그림6>과 같다. <그림6> 양도가액 변경 사유서 일부 발췌 2) 청구인은 매수법인이 쟁점부동산 매매대금 중 계약금과 중도금 명목으로 청구인의 차입금 1,900백만원을 대환하여 지급했다고 하면서 아래<표5>와 같이 청구인 명의의 농협계좌 거래내역확인증을 제출하였으며, 쟁점부동산 등기부등본에서는 청구인을 채무자 등으로 하여 설정되었던 근저당권설정등기 및 근저당부질권등기가 2020.12.2.자로 모두 말소된 사실이 나타난다. <표4> 농협은행의 거래내역 확인증

7. 매수법인의 거래대금지급 관련 확인 요청

  • 가) 처분청이 2021.9.6. 세무사 S○○에게 한 매수법인의 쟁점부동산의 거래가액 확인 요청에 대하여 청구인은 매수법인의 표준대차대조표상 유형자산가액 6,539백만원 중 청구인과의 거래금액은 5,294백만원(최초 매매가액 5,060백만원과 취득부대비용을 합산한 금액)이며, 2020년 사업연도 법인세 신고가 완료되어 매매가액 변동분을 재무제표에 반영하지 못하였으나, 2021.9.24. 매매가액 감액변동분(1,560백만원)에 대하여 법인세 수정신고를 완료하였다고 하면서 법인세 과세표준수정신고 및 추가자진납부계산서를 제출하였다.
  • 나) 매수법인이 제출한 수정신고서에는 토지 감액분 1,560백만원을 손금산입하고 △유보로 소득처분한 내용이 나타나며, 대응조정 내역은 확인되지 않는다.
  • 다) 법인세 수정신고 사유서의 내용은 아래와 같다. 당사는 매도자 청구인과의 부동산 거래를 하였습니다. 매도자는 모텔을 영 위하고 있었으나, 당사가 해당 물건을 매입하여 수익형 부동산 신축하기 위함 으로 거래가 이루어졌습니다. 매매물건의 감정가액은 2개의 감정기관을 통하여 감정받았고, 이를 근거로 35억원에 매매계약을 체결하였습니다. 다만, 당사자끼리 계약과정에서 논의되었던 초기 계약서(50억6천만원)로 업무 진행에 착오가 생겨 이를 바로잡는 과정에 있습니다. 당사가 PF대출을 통한 자금조달목적으로 계약과정에서 검토되었던 부분이 착오로 인해 이루어진 부분입니다. 이를 바로잡는 과정에서 매도자는 양도소득세 신고 경정청구를 하였고, 당사는 실지계약서상 금액인 35억원으로 법인세 수정신고를 하게 되었습니다.
  • 라) 매수법인의 거래처 원장(미지급금)에 의하면, 2020.12.2. 쟁점부동산 취득가액 5,060백만 원이 계상되어 있고, 같은 날 청구인에 대한 미지급금 2,710백만원이 차감된 사실이 확인된다.
  • 마) 상기 매수법인의 법인세 수정신고에 대하여 관할세무서장은 2021.12.23. 매수법인의 토지감액에 대한 소득처분을 부인하여 경정 결의한 것으로 확인된다.
  • 바) 청구인은 매수법인의 2020사업연도 법인세 수정신고와 관련하여 경정청구에 대한 결과에 따라 재수정신고를 하라는 안내를 받았으며, 매수법인은 2021년 사업연도 법인세 신고시에도 2020년부터 이어온 청구인의 미지급금과 토지를 그대로 계상하여 신고하였으며, 토지 감액이 결정되면 현재 장부상에서 미지급금 1,560백만원과 토지 1,560백만원을 감액처리할 것이라는 의견을 제출하였다.

8. 쟁점부동산 외 매매거래내역 매수법인은 쟁점부동산 외에도 일부 호실을 취득한 사실이 건물등기부등본에서 확인되는바, 등기부에 기재되어 있는 매매거래가액과 청구인이 제출한 감정평가기관의 감정평가액을 비교하면 다음과 같다. <표5> 건물거래가액 및 감정평가액 비교

  • 라. 판단

1. 관련법리 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정할 때 기준이 되는 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하며(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조), 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 2012.2.9.선고 2010두27592 판결 등 참조).

2. 당초 신고한 양도가액이 아니라 실제 양도가액이라고 주장하는 금액을 쟁점부동산의 양도가액으로 볼 수 있는지

  • 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점부동산의 양도가액은 당초 양도가액으로 신고한 금액 5,060백만원이 아니라 실제거래가액인 3,500백만원이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

① 청구인과 매수법인이 작성한 신고계약서 및 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2020.11.30. 특수관계법인인 매수법인에게 쟁점부동산을 5,060백만원에 양도하기로 하는 계약서를 작성․날인하였고, 신고계약서를 근거로 하여 2020.12.2. 매수법인에게 쟁점부동산의 소유권을 이전하고 거래가액을 5,060백만원으로 신고하였던 것으로 확인된다.

② 또한, 매수법인은 쟁점부동산을 취득한 이후 쟁점부동산의 취득가액을 5,060백만원으로 기장하고 법인세 신고를 한 사실이 있으며, 청구인은 당초 신고계약서에 기재한 대로 쟁점부동산의 양도가액을 5,060백만원으로 하여 양도소득세 확정 신고를 하였는바, 쟁점부동산의 실제 양도가액이 당초 신고한 5,060백만원이 아니라 3,600백만원이라는 것에 대한 입증책임은 청구인에게 있다고 할 것이다.

③ 그러나, 청구인은 쟁점부동산의 실제 양도가액이 3,500백만원이라고 주장하면서도 경정청구를 할 당시 쟁점부동산의 매매가액이 3,700백만원으로 기재된 매매계약서를 잘못 제출한 사실이 있었다는 점으로 볼 때, 특수관계인 청구인과 매수법인간에 쟁점계약서를 임의로 작성했을 개연성이 높아 보이는 반면, 당초 작성되었던 신고계약서가 무효라거나 취소되어야 할 계약이었다는 점을 입증할만한 객관적인 증빙이 제출된 바가 없다.

④ 또한, 청구인은 2021.2.24. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 2020.12.2. 작성된 쟁점계약서상 금액 3,500백만원이 아니라 2020.11.30. 작성된 신고계약서상 금액 5,060백만원 즉, 실제양도가액이라고 주장하는 금액보다 훨씬 높은 양도가액으로 양도소득세를 신고했다는 것은 쉽게 납득하기 어렵다.

  • 나) 따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 당초 신고한 금액과 달리 볼 이유가 없다고 하여 쟁점부동산의 양도와 관련하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)