토지에 대한 양도소득세 계산 시 지상건물 임차인에게 지급한 명도합의금을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2021.11.22. 청구인에게 한 2019년 과세연도 양도소득세 115,026,294원의 부과처분은, ㈜SS이 계상하고 있던 가수금 중 실제로 ㈜SS이 청구인으로부터 수취한 금액 등을 재조사를 통해 다시 파악하여 청구인이 부담한 명도합의금이 얼마인지를 산정하고, 이를 필요경비로 인정하여 과세표준 및 세액을 경정합니다.

• 가. 청구인은 2007.3.6. 취득한 ○○ ○○○ 소재 대지 1,187㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인이 대표자로 있는 특수관계법인인 ㈜SS(이하 “SS”이라 한다)에게 임대보증금 13억원에 임대하고, SS은 쟁점토지에 지상건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축(2008.2.2. 소유권보존등기)하여 ㈜BB

○○○○(이하 “BB”라 한다)에 임대보증금 4억원, 월 임대료(관리비 포함) 27백만원으로 하여 임대하여 오고 있었다.

• 나. 청구인 및 SS은 2018.11.7. 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄하여 HHH㈜(이하 “HHH”라 한다)에 160억원(쟁점토지 119억원, 쟁점건물 41억원)에 양도하기로 하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 맺었다.
• 다. 한편, SS은 2018.11.26. BB에게 쟁점건물에 대한 임대차 계약기간 만료 전 계약을 해지하는 대가로 명도합의금 350백만원(이하 “쟁점계좌이체금액”이라 한다)을 계좌이체 방식으로 지급하였다.
• 라. 쟁점계약과 관련한 잔금청산 및 쟁점토지‧쟁점건물 소유권이전등기는 2019.5.8. 이루어졌으며, 청구인은 2019.7.10. 쟁점토지에 대한 양도소득세 2,083백만원을 신고하였다. 당해 양도소득세 신고 당시 청구인은 1백만원권 수표 20매(이하 “쟁점수표”라 한다) 사본을 첨부하여 쟁점계좌이체금액 350백만원과 함께 실제 명도합의금은 370백만원이라고 기재하며 이를 쟁점토지 양도가액(119억원)과 쟁점건물 양도가액(41억원)으로 안분하여 전자에 안분된 275백만원을 쟁점토지 양도 관련 필요경비로 계상하였다.
• 마. ○○지방국세청장은 2021.9.16.부터 2021.10.5.까지 청구인의 양도소득세 신고 관련 세무조사를 실시하여, 청구인이 필요경비로 계상한 명도합의금은 SS이 부담하여야 할 비용이지 청구인이 부담하여야 할 비용이 아니며, 쟁점계좌이체금액 및 쟁점수표 사본 상당액은 청구인의 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우 등 소득세법상 필요경비로 인정되기 위한 형식적 요건도 갖추지 못한 것으로 보아, 청구인이 필요경비로 계상한 명도합의금 275백만원을 필요경비 부인하였고, 이에 따라 처분청은 2021.11.22. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 115,026,294원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 사건의 개요

1. 쟁점계약의 주요 내용

• 가) SS은 청구인이 2007년 취득한 쟁점토지 위에 2008년 쟁점건물을 신축하여 사무실 용도로 임대하여 왔다(이하 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다).
• 나) 그러다가 2018.6월경 HHH는 한 부동산 중개회사를 통해 SS의 대표이사인 청구인에게 문의‧상담을 하였으며, 그 내용은 HHH가 쟁점부동산을 매수하여 쟁점건물을 멸실하고 GGGG 전시판매장 용도로 사용하고자 하는데, 청구인에게 혹시 쟁점부동산을 매각할 의사가 없느냐고 하는 것이었다. 청구인은 이에 응하여 2018.11.7. 쟁점부동산을 160억원에 양도하기로 하는 쟁점계약을 체결하였다. 사정이 이러하여 중개수수료 약정서에는 중개대상물이 쟁점건물 없이 쟁점토지로만 표기되어 있다. 쟁점계약에 있어 공동매도인의 지위에 있는 “갑”은 쟁점토지 소유자인 청구인과 쟁점건물 소유자인 SS을 의미하고, 매수인 “을”은 HHH를 의미한다.
• 다) 쟁점부동산의 매매대금을 160억원으로 하면서도 계약서상 쟁점토지 대금 119억원, 쟁점건물 대금 41억원으로 구분 기재한 이유는 건물에 대한 부가가치세를 거래징수할 필요에 의해 매매대금 총액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하였기 때문이다.
• 라) 쟁점계약 계약서 특약사항 제11조 제4항에는 『“갑”은 2019.5.8.까지 본 건 부동산을 임차하여 영업 중인 임차인 모두를 “갑”의 책임하에 명도하여 “을”에게 인도하여야 한다.』라고 기재되어 있다. 이로써 쟁점토지 소유주 청구인과 쟁점건물 소유주 SS은 2019.5.8.까지 쟁점부동산의 명도책임을 공동으로 부담한 것이다.

2. 명도합의금 지급 경위

• 가) 쟁점계약 당시 SS은 2015.7.6. 임대차계약을 통해 건물 1층, 2층, 5층을 수입자동차 딜러 회사인 BB에 임대하였다. 당해 계약서 제3조에서 임대인은 임차인에게 청구인 소유인 쟁점토지에 설치된 주차장을 사용하도록 허락하였는데, 쟁점부동산의 매매 상담이 이루어진 시기인 2018.6월 당시에는 오직 BB만이 쟁점부동산을 임차하고 있었으므로, BB는 수입자동차 시승, 방문고객 응대 등의 용도로 주차장 전체 면적(298.74㎡)을 전용하고 있었다.
• 나) 쟁점부동산의 매매 상담 당시 임대차 기한 만료일이 2년 이상 남아 있었기 때문에 청구인 및 SS이 쟁점부동산의 명도 책임을 이행하려면 BB와의 임대차 계약을 해지하여야만 했다. 이에 청구인은 BB에게 통사정하여 인테리어 등 설치 비용의 보전 취지로 명도합의금을 350백만원으로 정하면서, 쟁점부동산 매매계약 체결일 다음날인 2018.11.8. SS과 BB 간에 합의서를 작성하고 공증을 받았다. 합의서의 일부 내용은 다음과 같다. <그림>
• 다) 위 합의서 특약사항 제5항에 근거하여 임대인 SS은 건물명도 이행 책임을 강조하기 위하여 임차인 BB를 피고로 하여 2019.1.2. ○○중앙지방법원에서 건물 명도와 관련 화해권고결정을 받았으며, 그 주요 내용은 다음과 같다. <그림>
• 라) 명도 합의서 특약사항 제3항에 따라 SS은 합의서 작성일의 익일인 2018.11.9. 우선 20백만원을 수표로 출금하여 임차인에게 교부하였다. 이후 SS은 2018.11.26. BB에게 350백만원을 계좌이체하였다.

3. 명도합의금 부담 귀속자, 안분계산, 회계처리 관련

• 가) 쟁점계약 계약서에서 쟁점토지 매매대금을 119억원, 쟁점건물 매매대금을 41억원으로 구분하여 기재하였으므로, 이와 같이 구분된 매매대금을 기준으로 하여 SS이 BB에게 선급한 명도합의금(명도비용) 370백만원을 청구인과 SS에 안분하였다. 그 결과 청구인의 쟁점토지 귀속 명도비용은 275,187,500원, SS의 쟁점건물 귀속 명도비용은 94,812,500원으로 계산하였다.
• 나) SS은 명도비용 안분액 94,812,500원을 매매대금 청산일(2019.5.8.)이 속하는 2019사업연도의 지급수수료로 계상하여 회계처리하였다. 참고로, 2019년 표준손익계산서 상의 지급수수료 139,642,513원은 2019.3.1. 기표된 94,812,500원 및 다른 지급수수료가 합쳐진 금액이다.
• 다) 또한, 청구인이 비용 부담한 275,187,500원과 관련하여 SS은 당시 SS이 청구인으로부터 차입하여 계상해 두고 있던 주‧임‧종 단기차입금(가수금)을 차감하는 형태로 청구인에게 변제 및 정산하였다.
• 나. 이 사건 경정‧고지의 위법‧부당성

1. 이 사건 명도합의금은소득세법상 양도소득의 필요경비로 인정되는 “명도비용”에 해당한다.

• 가) 민법은 매매의 효력으로서 매도인의 재산권 이전 의무와 담보책임을 규정하고 있다.
• 나) 이 사건 명도합의금의 성격은 쟁점부동산의 매매에 있어서 공동매도인의 지위에 있는 청구인이 부담하는 매매목적물의 이전의무와 담보책임을 이행하고자 쟁점건물의 임차인인 BB와의 임대차계약을 해지하는 대가로 지급한 비용으로서 소득세법제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호 라목에 정한 “매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용”에 해당한다.

2. 쟁점계약 상 청구인은 HHH에게 명도책임을 부담하고 있었고, 이를 이행하기 위해 BB에게 부득이하게 명도합의금을 지급한 것이다.

• 가) 처분청은 2018.11.8.자 명도비 지급 관련 합의서 상의 계약 당사자 및 2019.1.2. 화해권고결정서 상 원고가 “주식회사 SS”이라고 표시되어 있다는 점을 들어 명도합의금 지급의무는 SS에 있고 청구인에게 있는 것이 아니라고 단정하였다.
• 나) 그러나, ① 쟁점부동산 매매계약서 상 쟁점토지 소유자인 청구인과 쟁점건물 소유자인 SS이 공동으로 매도인 “갑”의 지위에 있으면서 동 계약서 제11조 제4항에 따른 『“갑”의 명도책임』을 지는 점, ② 쟁점부동산 임대차 계약서 제3조에 명시된 임차인의 쟁점토지에 대한 주차장 이용권,

③ 임차인과의 합의서에서 정한 특약사항 제4항 및 쟁점건물 임차인을 상대로 한 법원의 화해권고결정서 상의 결정사항 5에 나타난 임차인의 건물명도 불이행에 따른 청구인에 대한 손해배상책임을 종합적으로 고려하면, 청구인이 쟁점부동산의 공동매도인으로서 쟁점부동산의 명도책임을 이행하기 위하여 임차인 BB에게 부득이하게 명도합의금을 지급한 것임을 알 수 있는 바, 처분청은 관련 자료들에 근거한 사실관계를 정확히 파악하지 못한 잘못이 있다.

• 다) 조세심판원 결정례(조심2018중4923, 2019.4.29. 결정)에서도 쟁점부동산 매매계약서 상 건물의 상태가 공가일 것을 계약조건으로 하고 있는 이상 매도인이 부동산 매매계약상의 인도(명도) 의무를 이행하기 위해 부득이하게 명도비용을 지출할 수밖에 없었다는 점을 고려하여 이를 필요경비로 인정하였다.

3. 쟁점건물의 명도와 관련된 효과는 실질적으로 쟁점토지 소유자인 청구인과 쟁점건물 소유자인 SS 모두에게 미치는 것이다.

• 가) 국세기본법제14조 제2항에서는 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 규정되어 있다.
• 나) 통상 토지 소유자와 지상건물의 소유자가 다른 건물의 일부에 대한 임대차 계약에 있어서 임대인을 건물의 소유자로 표시할 뿐, 토지 소유자를 임대인으로 표시하지는 않는다. 이런 사정으로 쟁점부동산의 임대차 계약 및 명도 관련 합의서에 임대인을 SS으로 기재한 것이고, 이런 사정으로 명도합의금 역시 임대인으로 기재된 SS이 선급한 것이다. 즉, 이 사건 임대차 계약서에서 임대인이 SS으로 표시되어 있으나 이는 건물 임대차의 특성상 당사자 표시의 형식에 불과한 것이고, 당해 임대차 목적물의 명도와 관련된 법률상 효과 및 사실상의 경제적 효과는 쟁점부동산의 토지 소유자인 청구인과 건물 소유자인 SS 모두에게 미치는 것이다.
• 다) 소득세법제100조 제2항에 따르면, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불가능할 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하여야 한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당자산의 가액에 비례하여 안분 계산하여야 하는 것이다. 그렇다면 쟁점 명도비는 자산별로 명도비 부담액 또는 부담비율의 정함이 없기 때문에 청구인의 신고 내용과 같이 자산별 실지거래금액에 비례하여 안분 계산함이 타당하다. 나아가 이러한 안분 계산의 결과에 대하여는 특수관계인 간에 적용되는 부당행위계산 부인을 적용할 여지도 없게 된다고 사료된다.

4. 소결

① 쟁점부동산의 매매는 토지와 그 지상 건물의 구분 매도가 아닌 일괄 매도인 점, ② 매매계약서에서 토지 소유주 청구인은 건물 소유주 SS과 공동으로 쟁점부동산의 명도 책임을 부담하고, 매매계약 위약시 손해배상채무를 부담하기로 한 점, ③ 관련 임대차 계약서에 임차인이 청구인 토지 주차장 이용권을 가진 점,

④ 화해권고결정서에 임차인이 임차 목적물에 대한 명도를 이행하지 않을 경우 청구인에 대한 손해배상책임도 명시한 점, ⑤ (쟁점② 관련) 청구인이 명도비용을 실제로 부담한 사실이 금융자료에 의하여 확인되고 명도비용을 안분하여 회계처리한 점 등에 비추어, 임차인에게 지급된 명도비용 370백만원 중에서 275,187,500원은 청구인의 양도소득을 계산함에 있어 필요경비에 해당한다고 사료된다.

• 다. 처분청 의견에 대한 항변

1. 쟁점계약 특약사항 관련 의견에 대하여

• 가) 처분청은 쟁점계약의 특약사항(“갑”이 “을”에게 지는 명도 의무)에 대해 매도인 측이 매수인에게 부담하는 일반적인 명도 의무를 정한 것에 불과하며, 청구인과 SS 간의 내부적 명도비용 부담 주체‧비율을 정한 것이 아니라는 점을 내세워 청구인의 명도책임을 부정하고 있다.
• 나) 그러나, 쟁점계약에 의해 매도인측(청구인, SS)이 매수인(HHH)에게 명도 의무를 부담한다면, 이 자체로 청구인, SS 모두의 명도의무가 발생하는 것이지 내부적 부담 주체‧비율을 별도로 정하지 않았다고 하여 쟁점계약에 따른 ‘매수인에 대한 쟁점부동산 명도 의무’가 청구인에게는 없다고 보는 것은 타당하지 않다.

2. 처분청이 원용한 조세심판원 결정례에 대하여

• 가) 처분청은 조세심판원 결정례(국심95서2651, 1995.12.15.)를 원용하여 토지 소유자와 건물 임차인 간에는 채권‧채무 관계가 없다는 점을 이유로 청구인의 매수인에 대한 쟁점부동산 명도 의무를 부정하고 있다.
• 나) 그러나 위 결정례는『납세자가 타인과 공유하는 토지 위에 건물을 신축하면서 그 신축 공사비 등을 임대보증금으로 충당한 경우 당해 임대보증금이 건물과 토지의 귀속자에게 각 귀속된 것으로 보아 타인 소유 토지 지분에 해당하는 임대보증금 상당액을 타인으로부터 증여받은 것으로 보아 반포세무서장이 증여세를 부과한 처분에 대하여 심판원이 취소 결정을 내린 사안』이다.
• 다) 그런데 쟁점 명도비는 임대보증금이 아니고, 이 사건의 쟁점 역시 임대보증금의 증여 해당 여부가 아니다. 처분청이 이처럼 사안과 쟁점을 완전히 달리 하고 있는 조세심판원 결정례를 원용하는 것은 부적절하다.
• 라) 쟁점건물 소유자인 SS과 쟁점건물 임차인인 BB 간의 임대차 계약 상 채권‧채무 관계와는 별개로 청구인은 쟁점부동산 매수인인 HHH와의 쟁점계약에 따라 HHH에 대해 ‘쟁점토지를 비워서 명도’해 주어야 할 의무를 부담하게 되었고, 청구인은 이러한 명도 의무를 이행하기 위해 쟁점건물 임차인인 BB에게 쟁점건물에서의 퇴거를 위한 합의금을 지불한 것이다. 청구인이 쟁점건물에서 퇴거를 해야 비로소 쟁점토지의 명도가 가능하기 때문이다.

3. (쟁점② 관련) 청구인이 금융거래 증명서류를 갖추지 못하였다는 의견에 대하여

• 가) 처분청은 SS이 매수인에게 지급한 명도합의금(쟁점계좌이체금액 350백만원, 쟁점수표 20백만원)이 금융거래 증명서류를 갖추지 못하였다고 보고 있는 듯하다.
• 나) 그러나 쟁점계좌이체금액은 계좌이체내역이 제시된 이상 금융거래 증명서류를 갖추고 있음이 명백하고, 쟁점수표 역시 2018.11.9. 실제로 거래상대방에게 지급된 수표의 사본을 청구인의 양도소득세 신고 당시 첨부한 이상 금융거래 증명서류를 갖추고 있다고 보아야 한다.

• 가. (쟁점① 관련) 쟁점건물 임차인과의 기존 임대차 계약과 관련하여 아무런 계약상‧법률상 권리의무관계가 없는 청구인은 명도비용의 부담 주체가 될 수 없으므로 명도합의금은 청구인의 쟁점토지 양도에 대한 필요경비에 산입될 수 없다.

1. 청구인은 쟁점부동산 매매계약서 상 특약사항 제11조 제4항(“갑”은 2019년 5월 8일까지 본 건 부동산을 임차하여 영업 중인 임차인 모두를 “갑”의 책임 하에 명도하여 “을”에게 인도하기로 한다)에 따라 청구인과 SS이 공동으로 명도비를 부담하여야 한다고 주장하나, 해당 조항은 부동산 매매계약 시 매수인과 매도인의 양방 관계에서 매도인측이 임차인에 대한 명도 의무를 부담한다는 의사 합치 사항에 불과할 뿐, 명도 의무를 이행하기 위해 지출되는 명도비에 대해 청구인과 SS 간의 부담주체 및 부담비율을 정하기 위한 목적이 아니다. 쟁점부동산 매수자인 HHH 또한 자신이 명도의무를 부담하지 않으면 그것으로 족한 것이지, 명도비의 부담주체 및 부담비율에 대해 지정할 수 있는 어떠한 권한도 없는 것이다.

2. 청구인은 쟁점토지 소유자로서 토지 임대차계약을 통해 쟁점토지를 사용‧수익할 수 있는 권리를 SS에 부여하였으며, SS은 쟁점토지에 쟁점건물을 신축하여 임대사업을 영위하게 되었다.

3. 쟁점건물 신축 이후 SS은 건물 소유자의 지위에서 임차인인 BB와 단독으로 임대차계약을 체결하여 계약에서 정하는 일정 기간 동안 임차인이 쟁점건물을 사용‧수익할 수 있는 권리를 부여하였다. 당해 계약에 따라 임차인 BB는 쟁점건물을 사용‧수익할 권리를 얻는 동시에 계약에서 정한 임차료를 SS에 지급할 의무를 부담하게 된 것이며, SS은 임차료를 수취할 권리를 얻는 동시에 계약에서 정하는 일정기간 동안 임차인의 사용‧수익권을 보장할 의무를 지게 되었다.

4. 그 이후, 2018년 쟁점부동산 매수 희망자가 나타나 쟁점부동산을 일괄양도하기로 약정하면서 아직 임대차 계약기간이 남아 있는 기존 건물 임차인의 명도가 필요하였고, 명도에 대한 이행책임은 매도인이 부담하는 것으로 부동산 매매계약을 체결하였다.

5. 이와 관련하여 청구인은 부동산 매매계약서 상 공동매도인인 “갑”이 기존 임차인에 대한 명도를 이행해야 한다는 계약 조건에 따라 기존 임차인의 명도를 위해 지출된 명도비용을 공동부담하였으므로 청구인이 부담한 명도비용은 쟁점토지의 필요경비에 해당한다는 입장이다.

6. 이러한 청구인의 주장은 명도비용을 지급하게 된 원인이 되는 당초 임대차 계약에 있어서의 권리‧의무 당사자 및 계약 위반의 주체 등의 사정을 고려하지 않고 부동산 매매계약서 상 형식적인 문구를 청구인의 의도대로만 해석한 결과로 받아들일 수 없다.

7. 부동산 매매 시 임차인이 존재하는 경우 매수인의 입장에서는 임차인의 명도가 필수적인 경우가 다반사이며, 이 경우 당해 명도의무를 누가 부담할 것인지 그 부담주체에 대해 부동산 매매계약서에 기재하는 것이 일반적이다.

8. 거래 관행상 기존 임차인에 대한 명도의무는 통상 매도인측이 부담하게 되고, 매도인이 명도의무를 책임지는 것으로 의사합치가 이뤄진 이상 매도인이 명도비를 얼마나 어떻게 부담하는지는 매수인의 관심사항이 아닐 뿐더러 그에 대해 결정할 어떠한 권리도 없다.

9. 쟁점부동산 매매계약 또한 이러한 상례에 따라 매도인측에 명도의무를 부여한 것이며, 토지 및 건물을 일괄양수도하기 위해 부동산 매매계약서를 작성하는 과정에서 공동매도인인 청구인과 SS을 “갑”이라는 칭호로 통칭하였던 것일 뿐, 명도의무를 이행하기 위해 발생하는 명도비 지급에 대한 주체를 정할 목적이 아닌 것이다.

10. 본 건 명도비는 쟁점건물에 대한 임대차계약에 따라 SS이 BB에게 약정한 건물 사용‧수익 기간을 위약한 결과로 인해 발생한 바, 쟁점건물에 대한 임대차계약의 당사자가 아닌 청구인은 본 건 명도비의 부담 주체가 될 수 없다. 유사 사건에 대한 조세심판원 결정례(국심95서2651, 1995.12.15.)에서도 임차인과 어떠한 계약 관계도 없는 토지 소유자는 다만 건물 임차인의 건물을 사용‧수익할 권리에 따라 단순히 토지를 사용하게 할 수인 의무만 있을 뿐, 건물 임차와의 관계에서 아무런 채권‧채무관계가 성립되는 것이 아니라고 판단한 바 있다.

11. 또한, 2018.11.8. SS과 BB는 양자 간 명도 합의서를 작성하였고, 동 합의서 제5조에 근거하여 2019.1.2. 법원의 화해권고결정을 받았다. 해당 합의서 및 결정문의 당사자는 청구인이 아닌 SS과 BB인데, 이는 합의서 및 결정문의 원인이 되는 임대차 계약의 당사자가 SS과 BB이기 때문이다. 기존 계약 당사자 간 권리‧의무 사항의 변동, 종료 등을 위한 후속 합의는 당연히 기존 계약 당사자 간 체결할 수밖에 없는 것으로, 이러한 합의서 및 화해권고 결정문의 당사자가 모두 SS으로 기재되어 있는 사실만 보아도 명도비용의 부담 주체가 SS임을 알 수 있다.

12. 한편, 청구인은 합의서 특약사항 제4항(임차인의 명도 불이행에 따른 청구인에 대한 손해배상책임) 및 화해권고결정문 결정사항 제5항(임차인의 건물명도 불이행에 따른 청구인에 대한 손해배상책임)을 들어 청구인이 공동매도인으로서 명도책임을 이행하기 위하여 쟁점 명도비를 지급한 것이라고도 주장한다. 이는 임차인의 귀책사유(명도 미이행)에 의해 공동매도인인 청구인과 SS에 발생할 수 있는 쟁점부동산 매매계약 상 손해*에 대해 임차인에 구상할 수 있도록 명시한 것일 뿐, 명도비용의 부담주체에 대한 문제와는 전혀 무관하다.

13. 마지막으로, 청구인은 SS과 BB의 임대차계약서 제3조에서 BB에게 청구인 소유 토지에 설치된 주차장 사용을 허용하였으므로 청구인에게도 명도 책임이 있다고 주장하나, 임차인의 주차장 사용 여부는 청구인과 임차인 간의 계약관계가 아니라, 청구인이 SS에게 토지를 임대하면서 주차장 부지 사용까지 허용한 것으로 보아야 하므로 청구인에게 명도 책임이 있는 것은 아닌 것으로 판단된다.

• 나. (쟁점② 관련) 청구인이 명도합의금과 관련하여 (세금)계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등을 수취‧보관하였거나 실제 지출사실에 대한 금융거래 증명서류를 갖추지 못하였다는 점에서도 명도합의금을 필요경비로 인정할 수 없다. 1) 소득세법 시행령제163조 제5항 제1호 라목에 따르면, 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위해 양도자가 지출하는 명도비용은 양도비 등 필요경비에 해당하는 것으로 2018.2.13. 이후 양도분부터 적용하는 것으로 규정하면서, “소득세법제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취‧보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우”라고 한정하고 있다.

2. 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시하고 있다(대법원2002두9537, 2003.1.24. 판결 참조).

3. 따라서, 쟁점건물의 경우 양도시기는 2019.5.8.로 위 시행령 규정이 적용되는데, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것인바, 청구인은 위와 같이 (세금)계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 중 한 가지를 수취‧보관하지 못하였으므로, 쟁점 명도비용을 청구인의 양도비 등 필요경비로 볼 수 없다고 판단된다.

4. (추가 의견) SS은 명도비용 370백만원에 대해 2018.11.9. 수표 20백만원, 2018.11.26. 계좌이체로 350백만원을 지급한 후 각각 선급금으로 대체전표 처리 하고, 2019.3.1. 청구인의 가수금을 변제하는 방법으로 회계처리를 하였다. 명도비용의 지급주체가 청구인이였다면 명도비용 지급시기인 2018.11월에 청구인의 가수금을 변제하는 회계처리를 했었어야 마땅하고, 그 시기에 못했다 하더라도 2018.12월 법인 결산 시 회계처리를 했었어야 함이 마땅하다. 따라서 다음 해 2019.3.1. 가수금 변제방법의 회계처리는 청구인이 명도비용의 주체가 아님에도 필요경비로 인정받기 위해 회계처리한 것으로 판단되며 이는 ‘실제 지출사실이 금융거래 증명자료에 의하여 확인되는 경우’에 해당된다고 볼 수 없다. 첨언컨대, 명도합의금 지출 주체는 SS일 뿐 청구인이라고 보기 어렵다.

• 다. 결론 상술한 바와 같이,

1. 쟁점토지 소유자인 청구인은 쟁점건물 임차인인 BB와 아무런 계약상 권리‧의무 관계가 없어 쟁점 명도비의 부담 주체가 될 수 없는 점,

2. 쟁점부동산 매매계약서는 토지‧건물의 소유주가 다른 상태에서 일괄매매함에 따라 계약 편의상 공동매도인을 통칭하여 “갑”으로 칭하고 있을 뿐 매수인이 명도비용의 부담주체 및 부담비율을 결정하여 계약서에 명시할 권한이 없는 점,

3. 명도에 대한 합의서 및 관련 화해권고결정의 당사자에 청구인이 포함되지 않은 점,

4. 임차인의 귀책에 따라 발생할 수 있는 청구인의 부동산 매매계약 상 손해에 대비하여 그 구상을 청구할 수 있도록 명시한 조항과 임차인의 주차장 사용 여부는 쟁점 명도비 부담주체 문제와는 전혀 무관한 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점 명도비는 청구인의 토지 양도소득에 대한 필요경비로 산입될 수 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지에 대한 양도소득세 계산과 관련하여, 청구인이 쟁점토지의 지상건물 임차인에게 명도합의금을 지급한 것으로 인정될 경우 이를 명도비용으로서 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② (① 인용시) 청구인이 제시한 상당의 명도합의금을 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우로서 필요경비로 인정할 것인지 여부

• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】([2018.12.31.-16104호]일부개정, 이하 같다)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(괄호 생략). 단서 이하 생략

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 1-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】([2019.2.12.-29523호] 일부개정, 이하 같다)

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 3) 민법 제304조 【건물의 전세권, 지상권, 임차권에 대한 효력】

① 타인의 토지에 있는 건물에 전세권을 설정한 때에는 전세권의 효력은 그 건물의 소유를 목적으로 한 지상권 또는 임차권에 미친다.

② 전항의 경우에 전세권설정자는 전세권자의 동의없이 지상권 또는 임차권을 소멸하게 하는 행위를 하지 못한다. 4) 민법 제192조 【점유권의 취득과 소멸】

① 물건을 사실상 지배하는 자는 점유권이 있다.

② 점유자가 물건에 대한 사실상의 지배를 상실한 때에는 점유권이 소멸한다.

• 다. 사실관계 등

1. SS, BB 사업자등록 내역 국세청 전산시스템(NTIS)에서 확인되는 SS, BB의 사업자등록 기본사항은 아래와 같다. <표>

2. 쟁점토지‧쟁점건물 기본 현황

• 가) 쟁점토지 기본 현황 <표>
• 나) 쟁점건물 기본 현황 쟁점건물의 위치는 쟁점토지 소재지이다. 그 외 쟁점건물의 주요 현황(2018.11.16. 현재)은 아래와 같다. <표>

3. 청구인 및 SS의 쟁점토지‧쟁점건물 취득 내역

• 가) 쟁점토지에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2007.2.22. 쟁점토지를 매매(거래가액 46.8억원)를 통해 취득한 것으로 나타난다.
• 나) 쟁점건물에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, SS은 2008.2.12. 쟁점토지 소재지의 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 한 사실이 확인된다.

4. 쟁점건물에 대한 SS, BB 간의 임대차 계약 관련 사항

• 가) 임대차 계약서 청구인은 쟁점건물에 대한 SS, BB 간의 임대차 계약서 사본을 제출하였다. 당해 계약서 상 임대차 계약은 2015.7.6. 체결되었으며, 임대차 목적물은 쟁점건물 1층, 2층, 5층, 임대차 기간은 2015.7.6.부터 2020.7.20.까지, 임대보증금은 4억원, 월 임대료는 25백만원(관리비 별도)로 나타나 있다.
• 나) 쟁점건물에 대한 전세권 설정 등기 쟁점건물에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, 2015.9.30. 전세권자 BB, 전세금 4억원으로 하는 전세권 설정 등기가 경료되었다가 2019.4.19. 당해 등기가 말소된 사실이 확인된다.

5. 쟁점계약 관련 사항

• 가) 쟁점계약 계약서 청구인은 쟁점계약(쟁점부동산에 대한 매매계약) 계약서 사본을 제출하였다. 당해 계약서 상 쟁점계약은 2018.11.7. 체결되었으며, 매매 목적물은 쟁점토지(매매대금 119억원) 및 쟁점건물(매매대금 41억원)로 나타나 있다. 쟁점계약 계약서 중 주요 내용들을 발췌하여 정리하면 다음과 같다. <그림>
• 나) 등기 사항 쟁점토지 및 쟁점건물 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점토지‧쟁점부동산 모두 2019.5.8. HHH에 소유권이전등기된 것으로 확인된다. 쟁점토지의 거래가액은 119억원, 쟁점부동산의 거래가액은 41억원으로 나타난다.

6. 명도합의금 지급 및 임대차계약 해지 관련 사항

• 가) SS과 BB 간의 합의서 청구인은 SS과 BB 간의 “합의서” 사본을 제출하였다. 당해 서류는 2018.11.8. 작성되어 부산합동법률사무소의 공증을 받은 것으로 나타나 있다. 쟁점건물의 임대인인 SS, 임차인인 BB의 날인이 되어 있고, 4 페이지에 나타난 바와 같은 “특약사항” 등이 기재되어 있다. 당해 합의서 상 SS은 계약해지의 대가로 BB에게 합의금 3.5억원을 지급하도록 약정되어 있다.
• 나) 명도합의금 지급 내역 (쟁점② 관련)

(1) 청구인은 SS이 2018.11.26. 쟁점계좌이체금액(350백만원)을 BB에게 실제 지급하였다는 취지로 아래와 같은 출력물(“이체결과상세조회”)을 제출하였다.

(2) 청구인은 SS이 2018.11.9. 쟁점수표(20백만원)을 BB에게 실제 지급하였다는 취지로 아래와 같이 1백만원권 수표 20매(하나은행 발행 자기앞수표, 발행일자 2018.11.9., 수표번호 48957138∼48957157)의 사본을 제출하였다. 이와 관련하여, 처분청은 SS이 BB에게 쟁점수표를 실제 지급하였는지 여부에 대해서는 별도로 다투고 있지 않다. <그림>

(3) 청구인은 제시한 명도합의금 합계 370백만원(쟁점계좌이체금액 350백만원, 쟁점수표 20백만원) 중 쟁점토지에 대한 안분액 275백만원을 청구인이 부담하였다는 취지로 다음과 같은 서류들을 제출하였다. <표> 상기의 서류 상에서 나타난 SS의 명도합의금 관련 회계처리를 정리하면 다음과 같다. <표> 상기의 회계처리와 관련하여 ‘가수금의 실제 존재 여부’에 대하여는 청구인과 처분청 간에 별도의 다툼이 없다.

• 다) ○○중앙지방법원의 화해권고결정서

(1) 청구인은 ○○중앙지방법원의 화해권고결정서(2018가합589261, 2019.1.2. 결정) 사본을 제출하였다. 이는 SS(원고)이 BB(피고)에게 쟁점건물에 대한 “건물명도(인도)”를 청구한 사건이다.

(2) 청구인이 주장 과정에서 인용한 부분 외에 당해 결정서 상 나타난 결정사항의 주요 내용을 추가하여 정리하면 다음과 같다. <그림>

7. 쟁점토지 양도소득세 신고‧경정 내역 쟁점토지의 양도(양도일자 2019.5.8.) 관련 양도소득세 신고(신고일자 2019.7.10.) 및 처분청의 경정‧고지(고지일자 2021.11.22.) 내역은 다음과 같다. <표>

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여

• 가) 관련 법리

(1) 부동산 양도소득세 계산을 위한 양도차익 산정에 있어서 당해 부동산 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용은 ‘그 지출사실이 확인되는 경우(보다 구체적인 내용은 쟁점②와 관련됨)’ 필요경비로서 양도가액에서 공제된다(소득세법§97①(3), 같은 법 시행령§163⑤(1)라).

(2) 타인의 토지에 있는 건물에 전세권을 설정한 때에는 전세권의 효력은 그 건물의 소유를 목적으로 한 임차권에 미친다(민법§304①). 이와 관련하여, 임대인과 임차인이 임대차계약을 체결하면서 임대차보증금을 전세금으로 하는 전세권설정등기를 경료한 경우 임대차보증금은 전세금의 성질을 겸하게 된다(대법원2010다95062, 2011.3.24. 판결 참조).

• 나) 청구인의 명도합의금 지출 사실이 인정될 경우, 이를 필요경비 인정할 수 있는지 여부에 대한 판단

(1) SS이 쟁점건물의 소유권 및 쟁점토지에 대한 임차권을 보유하고 있는 상태에서, BB가 보유한 쟁점건물의 전세권 내지 임차권은 그 효력이 ‘SS이 보유한 쟁점토지에 대한 임차권’에까지 미친다 할 것이므로, BB는 청구인의 쟁점토지에 대해 점유권(민법§192) 내지 점유할 권리를 적법하게 보유한 것으로 보인다. 이를 달리 표현하면, 쟁점건물이 BB의 전세권 내지 임차권을 부담하고 있는 것과 연계하여 쟁점토지는 BB의 점유권 내지 점유할 권리를 부담하고 있는 것이다.

(2) 이러한 상황 하에서, 쟁점건물에 대한 SS과 BB 간의 임대차 계약과는 별개로, 청구인은 쟁점계약을 통해 HHH에 대해 쟁점토지의 명도의무를 부담하게 되었으며, 이러한 명도의무의 원활한 이행을 위해서는 SS의 의사와 상관없이 청구인 스스로도 쟁점토지의 점유권자인 BB를 적극적으로 쟁점토지에서 퇴거시켜야 할 필요가 있는 것으로 보인다.

(3) 위와 같은 사정들을 고려하면, 쟁점토지에 대한 양도소득세 계산과 관련하여, 청구인이 BB에게 명도합의금을 지급한 것으로 인정될 경우에는 이를 명도비용으로서 필요경비로 인정하는 것이 타당하다. 따라서, 청구인의 명도합의금 지출 사실이 인정될 경우에도 이를 필요경비로 인정할 수 없다고 본 처분청의 결정에는 잘못이 있다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여

• 가) 관련 법리 부동산 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용이 필요경비로서 양도가액에서 공제되기 위해서는 ① 양도자가 그 지출에 관하여 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등 증명서류를 수취‧보관하거나, ② 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우에 해당되어야 한다(소득세법§97①(3), 같은 법 시행령§163⑤(1)라).
• 나) 청구인의 명도합의금 실제 지출사실이 확인되어 이를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부에 대한 판단

(1) SS의 BB에 대한 명도합의금 중 쟁점계좌이체금액(350백만원)의 경우, 청구인이 제시한 계좌이체 내역(금융거래 증명서류)으로 미루어 볼 때 SS이 BB에 당해 금액을 실제 지급하였음이 무리없이 인정된다.

(2) SS의 BB에 대한 명도합의금 중 쟁점수표(20백만원)의 경우 역시, 청구인이 쟁점수표 사본(수표번호가 명기되어 있음)을 제시하고 있음을 고려할 때 SS이 BB에 쟁점수표를 실제 지급하였을 개연성이 높고, 처분청도 이에 대해서는 다투지 않고 있다.

(3) 따라서, SS이 계상하고 있던 가수금이 실제로 SS이 청구인으로부터 수취했던 금액이 맞다면, 당해 회계처리의 추이(선급금 계상, 가수금 차감)로 볼 때 청구인이 명도합의금 중 쟁점토지에 안분된 상당액을 실제로 부담하였음을 충분히 인정할 수 있다.

(4) 하지만, SS이 명도합의금 관련 회계처리 과정에서 차감한 ‘청구인으로부터의 가수금’이 실제로 SS이 청구인으로부터 수취했던 금액이 맞는지 여부를 본 심리과정에서 제시된 자료만으로 판단하기에는 불분명하다.

(5) 위와 같은 사정을 고려할 때, 재조사를 통해 SS이 계상하고 있던 가수금이 실제로 청구인으로부터 수취한 것인지 여부를 다시 확인하여, 청구인이 제시한 상당의 명도합의금을 필요경비로 인정할 것인지 여부를 다시 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.