쟁점부동산 소유권말소등기 이행판결에 항소하여 소송이 진행 중에 있는 경우로 쟁점부동산이 당초부터 양도된 것이 아니라고 볼 수는 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 2019.2.15. ◌◌도 ◌◌시 대지 990㎡, 같은 곳 근린생활시설 및 주택 397.34㎡, 같은 곳 답 635㎡, 답 226㎡, 임야 285㎡(이하 “ 쟁점부동산 ”이라 한다)를 농업회사법인 ◌◌◌◌◌랜드 주식회사(이하 “ 양수법인 ”이라 한다)에게 양도하였다. 나. 청구인은 2020.6.1. 쟁점부동산에 대하여 양도가액을 470,000,000원, 취득가액 173,943,491원, 납부할 세액 44,438,537원으로 하여 2019년 과세연도 양도소득세 확정 신고서를 처분청에게 제출하였다. 다. 처분청은 2020.10.14. 청구인이 쟁점부동산 양도소득세 확정신고 후 무납부 한 사실에 대하여 납부불성실 가산세 1,241,093원을 추가하여 청구인에게 양도소득세 45,679,630원을 경정·고지 하였다. 라. 청구인은 양수법인이 매매계약서의 특약사항을 이행하지 않자 쟁점부동산 소유권이전 말소등기 청구소송을 하였고, 2020.11.12. ◌◌지방법원 ◌◌지원으로부터 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기의 말소절차를 이행하라는 판결(이하 “ 소유권말소등기 판결 ”이라 한다)을 받았다.

• 마. 청구인은 2021.1.12. 처분청에게 소유권말소등기 판결을 근거로 쟁점부동산은 양도된 것이 아니므로 쟁점부동산에 대한 양도소득세 확정신고를 취소해 달라는 경정청구(이하 “ 쟁점경정청구 ”라 한다)를 신청하였다.
• 바. 처분청은 2021.3.10. 청구인에게 쟁점부동산의 소유권 환원등기가 이행되지 않았고, 양수법인이 항소하여 소송이 진행 중이라는 사실을 확인하고 쟁점경정청구 처리결과를 기각으로 통지 하였다.
• 사. 청구인은 이에 불복하여 2021.9.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점부동산은 소유권말소등기 판결로 당초 양도되지 않은 것이므로 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 것은 부당하다.

• 가. 청구인은 양수법인이 청구인의 채무 399백만원 및 쟁점부동산 양도소득세를 부담하고 현금 25백만원을 지급하는 조건으로 2019.2.15. 양수법인에게 쟁점부동산 소유권이전 등기를 하였으나, 양수법인은 청구인의 채무승계 및 양도소득세를 납부하지 않는 등 쟁점부동산 매매계약서상 특약사항의 약속을 이행하지 않았다.
• 나. 청구인은 양수법인을 상대로 법원에 쟁점부동산 소유권말소등기 청구소송을 제기하였고, 2020.11.12. ◌◌지방법원 ◌◌지원으로부터 소유권말소등기 판결을 받았으므로 쟁점부동산은 청구인이 당초부터 양수법인에게 양도한 것이 아니므로 청구인에 대한 양도소득세는 취소되어야 하며, 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 것은 부당한 것이다.

소유권말소등기 판결을 받았으나 쟁점부동산은 등기사항전부증명서상 소유권이 환원되지 않아 양도된 것으로 보아야 한다.

• 가. 소득세법제88조에서 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말하는 것으로 청구인과 양수법인이 작성한 매매계약서에는 매매대금은 470백만원이며, 쟁점부동산에 설정된 채무를 인수하는 조건을 특약사항에 명시하였으며 잔금수령 시 소유권 이전에 필요한 서류를 양수법인에게 주기로 기재되어 있다. 청구인은 매매계약서에 기재된 매매대금인 470백만원을 양도가액으로 하여 양도소득세 신고 및 납부에 관한 사항을 매수법인의 세무대리인에게 위임해 주어 실제 양도소득세를 신고하였으므로 양도로 보아야 하는 것이다.
• 나. 청구인이 양수법인으로부터 양도대금을 실제 지급받지 않았다고 하더라도 소득세법시행령 제162조에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전을 한 경우에는 등기부·등록부에 기재된 접수일을 취득시기로 하는 것으로 쟁점부동산은 등기사항전부증명서에서 확인되는 소유권이전등기 접수일인 2019.12.15. 양도된 것으로 보아야 한다.
• 다. 청구인은 양수법인을 피고로 하여 소유권말소등기 판결을 받았으나 등기사항전부증명서상 소유권이 환원되지 않아 등기사항전부증명서상 소유자에게 등기의 효력이 지속되는 것이므로 쟁점부동산은 양도된 것이다. 다수의 조세심판례(조심 2010중0630, 2010.4.8.)에서도 등기사항전부증명서상 소유권이 환원되지 않은 경우 양도된 것으로 판단하고 있으므로 처분청이 쟁점경정청구를 기각한 처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점

○ 소유권말소등기 이행판결에 항소하여 소송이 진행 중인 경우로 쟁점부동산은 당초 양도가 아니라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

• 가. 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우
• 나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우
• 다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우 1-1) 소득세법 기본통칙 88-0…1【자산의 양도로 보지 아니하는 경우】

① 법원의 확정판결에 의하여 신탁해지를 원인으로 소유권이전등기를 하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

② 매매원인 무효의 소에 의하여 그 매매사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다. 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 2-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 3) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 4) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 일자별 사건흐름을 요약하면 다음과 같다. ’15.6.3.외 ’19.2.15. ’20.6.1. ’20.11.12. ’20.12.16. ’21.1.12. ’21.3.10. △ △ △ ▲ ▲ ▲ ▲ 청구인 청구인 청구인 청구인 양수법인 청구인 처분청 쟁점부동산 취득 쟁점부동산 양도 양도소득세 확정신고 쟁점부동산 소유권말소등기 판결(1심) 소유권말소등기 판결 항소 양도소득세 취소경정청구 경정청구 기각통지 2) 쟁점부동산 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역은 다음과 같다. 쟁점부동산 중 ◌◌도 ◌◌시 토지 등기사항전부증명서에는 2015.6.3. 증여를 원인으로 청구인에게, 2019.2.12. 매매를 원인으로 양수법인에게, 2021.5.28. 임의경매를 원인으로 농업회사법인주식회사◌◌◌◌◌글로벌(이하 “ 제3취득자 ”이라 한다)에게 소유권 이전되었음이 <그림1>과 같이 확인된다. 3) 쟁점부동산 양도소득세 확정신고 및 무납부 고지내역은 다음과 같다. 청구인이 2020.6.1. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 확정신고 내역은 <표1>과 같다. 청구인은 양도소득세 확정신고 후 납부할 세액을 납부하지 않아 처분청이 2020.10.14. 양도소득세 45,679,630원을 무납부 고지하였고 심리일 현재까지도 납부가 이행되지 않아 50,475,900원(가산금 추가)이 체납된 상태이다. 4) 쟁점부동산 매매계약서 내용은 다음과 같다. 가) 쟁점부동산에 대한 매매계약서에는 매매대금 470,000,000원, 특약사항에는 등기부등본에 기록된 모든 채무는 본 부동산 매매금액에 포함하여 이전하고 현금 25백만원을 지불한다고 기재되어 있는 것이 <그림2>와 같이 확인된다. 심리담당자가 쟁점부동산 매매계약서 특약사항 등 매매대금 정산방법에 대해 청구인에게 확인한 내역은 <표2>와 같으며, 심리일 현재까지 양수법인은 쟁점부동산 양도소득세를 납부하지 않았다. <표2> 쟁점부동산 매매계약서 특약사항 등 (백만원) 계 청구인 채무(쟁점부동산 공부상) 현금 정산 양도 소득세 소계

① ◌◌◌ 농 협

② ◌◌ 캐피탈

③ ◌◌ 카드

④ ◌◌◌ 캐피탈

⑤ ◌◌◌◌ 보증재단 468 399 290 56 8 15 30 25 44 청구인 채무 중 ①,②는 제3취득자 경매취득 시 상환, ③,④,⑤는 양수법인 소유권이전 후 상환(등기사항전부증명서로 확인), 청구인은 현금정산 25백만원은 수수하였다고 함 나) 쟁점부동산 등기사항전부증명서상 청구인과 관련된 가압류내역은 <그림3>과 같으며, 순위번호 7, 8, 9 모두 양수법인에게 소유권이 이전되고 제3취득자가 취득하기 전인 각 2019.6.3., 2019.8.18., 2019.10.23. 말소되었다. 다) 쟁점부동산 등기사항전부증명서상 청구인과 관련된 근저당권 내역은 <그림4>와 같으며, 순위번호 6, 8 모두 제3취득자가 경매로 취득한 시점인 2021.5.28. 말소되었다. 5) 쟁점부동산 소유권말소등기 판결내용은 다음과 같다. 가) ◌◌지방법원 ◌◌지원(◌◌지원2020가단)은 2020.11.12. 양수법인이 쟁점부동산 매매계약 특약사항의 채무인수 의무 등을 이행하지 않아 소유권 말소등기를 이행하라고 판결하였으며, 그 내역은 <그림5>와 같다. 나) 청구인이 소유권말소등기 판결과 관련하여 법원에 제출한 양수법인의 납부이행 각서 등은 <그림6>과 같으며, 민◌◌은 쟁점부동산 매수 이후 청구인에게 납부이행 확인서를 수차례 작성하여 준 것으로 확인된다. 6) 양수법인의 쟁점부동산 소유권말소등기 판결 항소내용은 다음과 같다. 양수법인은 소유권말소등기 판결에 대하여 2020.12.16. ◌◌지방법원에 항소(◌◌지방법원2020나*)하였고, 양수법인의 항소장 및 준비서면은 <그림7>과 같으며 심리일 현재까지 소송이 진행중에 있다.(판결선고 기일은 2022.1.27.) 7) 쟁점경정청구 신청내용은 다음과 같다. 청구인은 2021.1.12. 처분청에게 소유권말소등기 판결을 근거로 쟁점부동산은 당초 양도된 것이 아니므로 확정신고 한 양도소득세를 취소해 달라며 <그림8>과 같이 경정청구를 신청하였다. 8) 처분청의 쟁점경정청구 검토 및 기각통지 내용은 다음과 같다. 가) 처분청은 쟁점경정청구에 대하여 소유권말소등기 판결이 있었으나 등기부상 소유권이 환원되지 않았고, 양수법인이 항소를 준비중에 있어서 쟁점부동산은 양도에 해당되는 것으로 <그림9>과 같이 검토하였다. 나) 처분청은 2021.3.10. 청구인에게 쟁점경정청구에 대하여 <그림10>과 같이 경정청구 처리결과를 기각으로 통지하였다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 소득세법 제88조 제1호 에서 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 본문에서 원칙적으로 양도의 시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 하면서, 그 예외의 하나로 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 규정하고 있다.

2. 소유권말소등기 이행판결에 양수법인이 항소하여 소송이 진행 중인 경우로 쟁점부동산은 당초 양도가 아니라는 청구주장에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, 아래와 같은 사유로 쟁점부동산이 양도되지 아니하였다고 보기는 어렵다.

① 청구인과 양수법인은 쟁점부동산에 대하여 매매계약서를 작성하여 서명 날인하였고, 쟁점부동산 등기사항전부증명서상 소유권이 2019.12.15.(접수일) 청구인에서 양수법인으로 이전되었다.

② 청구인은 쟁점부동산의 소유권이전등기가 완료 되었으나, 양수법인의 매매계약서 특약사항 미이행을 이유로 소유권말소등기 청구소송을 제기하여 2020.11.12. ◌◌지방법원 ◌◌지원으로부터 소유권말소등기 판결을 받았으므로 당초 쟁점부동산의 양도가 이루어지지 아니하였다고 주장하나,소득세법기본통칙 88-0…1【자산의 양도로 보지 아니하는 경우】제2항에서 매매원인 무효의 소에 의하여 그 매매사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있으나, 쟁점부동산은 심리일 현재까지 등기사항전부증명서상 소유권이 청구인에게 환원되지 않았다.

③ 향후 소유권말소등기 소송결과에 따라 경정청구의 요건이 충족되는 경우 경정청구를 하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점부동산에 대한 소유권말소등기소송은 양수법인이 항소하여 심리일 현재 진행 중인 상태로 원인무효나 계약의 적법한 해제로 인하여 청구인에게 소유권이 환원되고 수수한 매매대금을 정산할지 여부를 알 수 없는 상태에서 이를 이유로 이 건 양도가 원인무효로 되었거나 적법하게 취소되었다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

• 나) 따라서, 처분청이 쟁점부동산은 양도된 것으로 보아 청구인에게 쟁점경정청구를 기각 통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.