조정대상지역 지정 전에 공공주택지구로 지정·고시된 경우 중과세율 적용이 배제되는지

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 AA BB구 CC동 160 대지 및 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 1982.7.1.과 1995.7.10. 매매 및 소유권 보존으로 취득하여 보유하다가, 쟁점주택이 사업인정고시일이 2019.1.2.인 AADD 공공주택지구에 편입되었고, 2020.12.7. HHLL공사에 ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 양도하였다.
• 나. 청구인은 쟁점주택 양도 당시 2주택자로 쟁점주택에 대하여 장기보유 특별공제 배제, 중과세율(기본세율 + 10%)을 적용 및 수용에 따른 현금보상분에 대한 세액감면(10%)을 적용하여 2021.2.25. 양도소득세 000,000,000원, 농어촌특별세 0,000,000원을 신고·납부하였다.
• 다. 청구인은 2021.5.18. 쟁점주택에 대한 조정대상지역 공고일인 2020.11.20. 전인 2019.1.2. 공공주택지구로 편입되어 국가의 공공주택사업에 따라 재산의 처분이 제한된 상황에서 국가에 매각하기로 되어 있었으므로, 조정대상지역으로 공고되기 전에 공공주택사업으로 보상지역에 편입된 경우에도, 조정대상지역으로 공고되기 전에 매매계약을 체결한 경우와 동일한 것으로 보아, 소득세법 시행령제167조의10제1항제11호 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 준용하여 중과세율 적용은 배제하고, 장기보유 특별공제는 적용하여 양도소득세 과세표준과 세액을 다시 계산한 후 양도소득세 00,000,000원을 환급해 달라고 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 2021.6.8. 쟁점주택은 쟁점규정에 따른 양도소득세 중과세율 적용 제외 주택의 범위에 해당하지 않는다는 이유로 청구인에게 경정청구 거부 통지를 하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.13. 이 건 심사청구를 제기하였다.

○ 쟁점주택은 조정대상지역 지정일(2020.11.20.) 이전에 공공주택지구의 사업인정고시(2019.1.2..)가 되었으므로 조정대상지역 지정일 이전 매매계약이 체결된 것과 동일한 것으로 보아, 쟁점규정을 준용하여 장기보유 특별공제는 적용하고, 중과세율의 적용은 배제되어야 함에도 처분청이 청구인의 이 건 경정청구를 거부함은 부당하다.

• 가. 청구인의 쟁점주택은 2019.1.2. AADD 공공주택지구로 편입되어 양도할 수 없는 부득이한 상황에서 쟁점주택이 2020.11.20. 조정대상지역으로 지정되면서 2주택 중과세율 적용 및 장기보유 특별공제 적용이 배제되었다.
• 나. 쟁점규정에는 “조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택”은 중과세율에서 제외되는 주택이라고 규정하고 있는데, 청구인의 경우는 공공주택사업 지역에 편입되어 재산처분이 제한되고 있었고 국가에 매각하기로 되어 있는 상황이었으므로 쟁점규정을 준용하여 매매계약을 체결한 것으로 보아 중과세율 적용 제외 및 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다.

○ 쟁점주택은 소득세법 시행령의 2021.2.17. 개정 전에 양도되었는데, 관련 법령 및 관련한 국세청 해석례(법령해석과-8481, 2021.3.12.)에 따르면, 쟁점주택이 조정대상지역으로 지정되기 전에 수용보상지역(공공주택지구)에 편입된 경우라 하더라도 이를 조정대상지역 지정 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 경우와 동일한 것으로 볼 수 없으므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다. 양도소득세 중과 제외 주택에 대한 규정인 소득세법 시행령제167조의10, 제167조의11 등과 관련한 같은 법 시행령 제167조의3 규정이 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정 되면서, “양도소득세가 감면되는 공익사업용 주택(조세특례제한법제77조)인 토지보상법·도시정비법 등에 따라 수용·양도되는 주택”이 조정대상지역 다주택자 중과세율 적용제외 주택으로 추가되었으나 그 이전에 양도되었다는 내용과 관련됨

• 가. 쟁점

○ 조정대상지역 지정 전에 공공주택지구로 지정·고시된 경우에도, 조정대상지역 지정 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급 받은 경우처럼 중과세율 적용은 배제하고 장기보유 특별공제는 적용해야 하는지

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2020.1.1.시행, 2019.12.31. 법률 제16834호로 일부 개정된 것)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2017.2.8, 2017.12.19> 표 1(생략) 표 2(생략) 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(2020.6.9. 법률 제17339호로 일부 개정된 것)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19.>

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2014.12.23, 2016.12.20, 2017.12.19> 2-1) 소득세법 시행령 제167조의10 【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 것)

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2018.10.23., 2020.2.11>

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택 3) 소득세법 시행령 제167조의11 【1세대 2주택ㆍ조합원입주권 또는 분양권에서 제외되는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

10. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택 4) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2005.2.19, 2018.2.13, 2018.7.16, 2018.10.23, 2019.2.12, 2020.2.11, 2020.10.7>

5. 조세특례제한법제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택 5) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것)

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2005.2.19, 2018.2.13, 2018.7.16, 2018.10.23, 2019.2.12, 2020.2.11, 2020.10.7, 2021.2.17>

5. 조세특례제한법제77조, 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지, 제99조, 제99조의2 및 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

• 다. 사실관계

1. 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 2020년 과세연도 양도소득세 신고 내용과 경정청구 내용은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 2020년 과세연도 양도소득세 신고 및 경정청구 내역(생략)

2. 청구인이 2021.5.18. 처분청에 한 경정청구에 대하여 처분청이 2021.6.8. 청구인에게 보낸 “경정청구 처리결과 통지” 내용은 다음 <표2>와 같은데, 청구인은 중과세율 적용 제외 등에 따라 실제 납부할 세액보다 과다 납부된 양도소득세를 환급해 달라고 청구한 것으로 확인되며, 이 건 청구는 “(청구1)”의 내용인 쟁점주택의 양도에 따른 세액 산정에 있어서 중과세율 적용 제외 대상임에도 아니라고 보아 경정청구 거부 통지를 함은 부당하다는 것이다. <표2> 처분청의 경정청구 처리결과 통지 내용

1. 처리결과: 기각(거부) 처리 사유 (청구1) 검토 결과, 조정대상지역 공고 전 토지보상법·도시정비법 등에 따라 수용보상지역(공공주택지구)에 편입되는 주택은 소득세법 시행령 제167조의11

① 10호에 의거 양도소득세 중과 제외 주택 범위에 해당하지 않아 기각합니다. (청구2) 생략 (이하 생략)

3. 청구인이 양도한 쟁점주택의 토지 및 건물 등기사항전부증명서의 일부 내용은 다음 <표3> 및 <표4>와 같다. <표3> 쟁점주택의 토지 등기사항전부증명서 일부 내용(생략) <표4> 쟁점주택의 건물 등기사항전부증명서 일부 내용(생략)

4. 청구인이 2021.2.25. 쟁점주택 양도에 따른 양도소득세 신고 시 첨부하여 제출한 ‘토지 등 수용사실 확인서’ 등에 따르면 쟁점주택은 공공주택특별법에 따른 “AADD 공공주택지구” 사업에 따라 수용되었고, 당해 사업의 사업인정고시일은 2019.1.2.이며 고시번호는 국토교통부 고시 제2018-8**호이고, 해당 공공주택건설 사업계획 승인(AADD지구 A-1BL)일은 2021.1.7.로 확인된다.

5. 한편 청구인의 주장이 소득세법 시행령제167조의11제1항제10호와 제167조의10제1항제11호의 규정 중 어느 것을 준용한 것인지가 명확하지 않아 청구인의 대리인에게 청구인의 양도 당시 주택 소유 현황에 대하여 문의한바, 청구인이 2주택을 소유하고 있었다고 답변하여 소득세법제104조제7항제2호()가 아닌 제1호의 ‘1세대 2주택에 해당하는 주택’에 대한 같은 법 시행령 제167조의10 제1항 제11호의 규정을 준용한 것으로 확인된다. () 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 소득세법제95조제1항에는 『양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.』규정되어 있고, 제2항에는 장기보유 특별공제액에 대하여 제94조제1항제1호에 따른 자산 등으로서 보유기간이 3년 이상인 것의 양도차익에 일정률을 곱하여 산정한 금액으로 하면서 제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하고 있다.
• 나) 소득세법제104조제7항에는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (이하 생략)”고 규정되어 있고, 제1호에는 “조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이 규정되어 있다. 다) 소득세법 시행령 소득세법 시행령 제167조의10 (2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 것)제1항에는 『법 제104조제7항제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.』고 규정되어 있으며, 제11호에는 “조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택”이 규정되어 있다.
• 라) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참고).
• 마) 한편 국세청 해석례(법령해석과-848, 2021.3.12.)에서는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우로서 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 수용재결이 이루어졌으나 조정대상지역의 공고가 있은 날 후에 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 도래하는 주택은 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)제167의10제1항제11호에 해당하지 않는 것이라고 보았는데 이는 관련 법령과 대법원 판례에 비추어 타당해 보인다.

2. 쟁점주택을 장기보유 특별공제가 적용되고 중과세율 적용이 배제되는 주택으로 볼 수 있는지에 대한 판단 청구인은 쟁점주택이 조정대상지역에 있고 1세대 2주택에 해당하나 조정대상지역 공고 전에 공공주택지구로 지정되어 매각이 제한된 상태에서 매각되어 그 실질은 조정대상지역의 공고일 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택의 경우와 같으므로 장기보유 특별공제는 적용되고, 중과세율은 배제되는 주택으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 장기보유 특별공제 배제와 중과세율 적용 대상 주택에 포함되지 않는 것으로 소득세법 시행령제167조의10제1항제11호에서 규정하고 있는 주택은 “조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택”일 뿐이고, 국세청 해석례(법령해석과-848, 2021.3.12.)에서도 주택이 공익사업을 위하여 수용되는 경우로서 조정대상지역의 공고일 이전에 수용재결이 이루어졌더라도 조정대상지역의 공고일 이후에 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 등이 도래하는 경우 중과세율 적용에서 제외되거나 장기보유 특별공제가 적용되는 주택에 해당되지 않는다고 해석한 바가 있으며, 달리 쟁점주택의 경우에 대하여 장기보유 특별공제 적용 대상이나 중과세율 적용 배제 대상으로 규정된 바도 확인되지 않는다. 따라서 처분청이 청구인의 쟁점주택을 중과세율 배제 및 장기보유 특별공제 대상으로 보아 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.