1세대1주택의 부수토지와 건물 보유기간이 다른 경우 장기보유특별공제율 적용에 대한 판단

이건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인 이K환, 황H숙(이하 “청구인1”, “청구인2”라 하고 함께 “청구인들”이라 한다)은 부부로, 청구인1은 2014.1.10. 경기 하남시 풍산동 ***-4 대지 250㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 이주자택지 분양권으로 단독으로 취득하였으나, 2018.1.17. 청구인2와 각각 1/2 공동지분으로 등기하였다.

• 청구인들은 2016.10.31. 쟁점토지에 4층 다가구주택 및 근린생활시설 481.05㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 함께 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 각각 1/2 공동지분으로 등기하였다.

• 나. 청구인들은 2019.11.29. 쟁점주택을 2,740백만원에 양도하고, 2011.12.13. 각각 양도가액 1,369백만원, 취득가액 634백만원, 장기보유특별공제 180백만원(쟁점토지 40% 쟁점건물 24% 적용, 이하 “쟁점공제율”라 한다), 양도소득금액 301백만원으로 하는 고가주택(다가구주택) 1세대1주택 양도로 계산하여 양도소득세를 95백만원(청구인1), 94백만원(청구인2)으로 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인들의 쟁점주택 양도세신고에 대하여 2020.10.14.부터 2020.11.2.까지 양도소득세 실지조사를 실시하여, 쟁점공제율 중 쟁점토지의 경우 40%가 아닌 24%를 적용하여야 하는 것으로 보아 2020.11.6. 세무조사결과를 통지하고, 쟁점건물 신축업체인 ㈜**개발이 부가가치세 신고를 누락한 사실을 확인하여 자료를 파생하였다.
• 라. 처분청은 2012.12.16. 청구인1 양도소득세 29,153,434원, 청구인2 양도소득세 30,611,547원을 경정고지 하였고, 청구인들은 고지서를 2020.12.21. 수령하고 이에 불복하여 2021.3.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.
• 마. 처분청은 심사청구 심리진행 중인 2021.5.25. 쟁점토지의 취득가액 중 프리미엄(45,000천원)이 누락된 사실을 발견하여 양도소득세를 경정감(청구인1 5,536,960원, 청구인2 5,542,807원) 결정하였다.

• 가. 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율은 일반원칙에 따라 40%를 적용함이 타당하다.

1. 청구인의 쟁점주택은 1세대1주택 특례공제율 적용대상 주택으로 년 8%씩 최대 80% 적용대상이다.

• 가) 양도소득세 과세표준 계산 시 장기보유특별공제는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 에 규정되어 있다.
• 나) 쟁점주택은 1세대1주택으로 보유기간별공제율 표2를 적용하여야 하고, 공제율 표2에 따르면 쟁점건물은 3년 1개월 보유하여 24%이고, 쟁점토지는 5년 10개월 보유하여 40%이다.

2. 자산별 보유기간에 따른 장기보유특별공제율 적용의 일반원칙에 따르면 쟁점토지의 장기보유특별공제율은 40%이고, 쟁점건물의 장기보유특별공제율은 24%이다.

• 가) 자산별 보유기간에 따른 장기보유특별공제율 적용의 일반원칙은 아래와 같다.

(1) 건물과 토지를 구분하여 각각 보유기간에 따라 산정한다.

(2) 1세대1주택에 해당하는 경우에도 건물과 토지 자산별로 공제액을 계산한다.

(3) 1세대1주택은 1세대1주택에 해당하는 공제율과 일반 부동산에 해당하는 공제율 중 유리한 적용율을 선택한다.

• 나) 처분청이 쟁점토지의 장기보유특별공제율을 쟁점건물이 준공되는 시점부터 계산하여 보유기간 3년 1개월로 24%를 적용하여 청구인들이 각각 신고한 161,607천원보다 적은 64,643천원으로 계산한 것은 오류이다.
• 다) 처분청이 적용한 예규(기획재정부 재산세제과-1183, 2010.12.10.)에서도 ‘1세대1주택에 딸린 부수 토지는 그 토지의 전체 보유기간에 따라 같은 항 표1의 공제율과 같은 항 표2의 공제율 중 큰 것으로 한다’라고 하고 있다.
• 라) 처분청은 장기보유특별공제의 일반원칙에 벗어나게 장기보유공제율을 계산하여 성실한 청구인에게 고통을 가하고 있다.
• 마) 이와 같이 적용 규정이 명백히 존재함에도 불구하고 세무조사의 성과로 국세를 추징하겠다는 자의적인 판단으로 청구인에게 양도소득세를 부과한 것이다.
• 나. 따라서, 처분청이 적용한 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율은 잘못된 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점토지는 쟁점건물보다 보유기간이 긴 경우에 해당하는 토지로 장기보유특별공제율은 법령에 따라 공제율이 큰 주택부수토지로서 보유기간에 따른 공제율을 적용하여야 한다.

1. 청구인은 쟁점토지는 1세대1주택의 부수토지로서 그 보유기간이 5년 10개월이므로 장기보유특별공제율을 40%로 적용하여야 한다고 주장한다.

2. 그러나, 국세청 예규(재산세과-1183, 2010.12.10.) 등에 따라 쟁점토지의 토지로서의 장기보유특별공제율과 1세대1주택 부수토지로서의 장기보유특별공제율 중 큰 공제율인 24%를 적용한 것은 적법하다.

• 가) 쟁점토지의 전체 보유기간인 5년 10개월에 대한 일반부동산에 해당하는 장기보유특별공제율은 10%이고, 주택부수토지로서의 보유기간인 3년 1개월에 대한 1세대1주택에 해당하는 장기보유특별공제율은 24%이므로 이 중 큰 공제율인 24%이다. 나) ｢소득세법 기본통칙｣ 95-0…2 [주택부수토지가 주택보다 보유기간이 긴 경우]는 ‘1세대1주택에 딸린 토지를 양도하는 경우로서 주택보다 보유기간이 오래된 주택 부수토지에 대한 장기보유특별공제는 그 토지의 전체보유기간에 따른 공제율과 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 공제율 중 큰 공제율을 적용한다’고 규정하고 있다.

3. 청구인들이 주장하는 장기보유특별공제율 40%는 쟁점토지의 보유기간 전체에 1세대1주택에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용한 것으로 위 해석을 오해한 것이므로 받아들이기 어렵다.

• 나. 이에 따라 처분청이 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율을 24%로 적용하여 양도소득금액을 계산한 이건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 ◦ 쟁점주택 부수토지의 보유기간은 5년 10개월이므로 장기보유특별공제율 40%를 적용하여야 한다는 주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2017.12.19.> 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 6년 이상 7년 미만 100분의 12 (이하 생략) <표1> 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 (이하 생략) <표2>

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. <개정 2016.12.20> 1-1) 소득세법 시행령 제159조의3 【장기보유특별공제】(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 것) 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. <개정 2008.2.22> 1-2) 소득세법 시행령 제156조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 것)

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. <개정 2009.2.4> 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 ×

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액 ×

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 1-3) 소득세법 기본통칙 95-0…2【주택부수토지가 주택보다 보유기간이 긴 경우】 소득세법제95조 제2항을 적용할 때 1세대1주택에 딸린 토지를 양도하는 경우로서 주택보다 보유기간이 오래된 주택 부수토지에 대한 장기보유특별공제는 그 토지의 전체보유기간에 따른 같은 항 표1의 공제율과 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 같은 항 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용한다. <신설 2019.12.23. > 1-4) 2019.12.23. 소득세법기본통칙 부칙

① 【시행일】 이 통칙은 2019년 12월 23일부터 시행한다.

③ 【양도소득 관련 규정에 관한 적용례】 양도소득 관련 규정은 이 통칙의 시행일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 법령개정으로 인한 개정규정은 개정법령 시행일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】(2018.12.31. 법률 제116104호로 일부개정된 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2018.12.31>

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】(2018.12.31. 법률 제116104호로 일부개정된 것)

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계

• 가) 쟁점토지 취득 및 양도내역

(1) 2014.1.10.자 ‘이주자택지 분양권 권리매매계약서’(검인계약서)에는 청구인1이 단독으로 매도인 박근(661220-1)과 계약하였고, 매매대금 99,750천원, 계약금 45,000천원(2013.12.16. 영수), 잔금 54,756천원(2014.1.10. 지불함)으로 계약하였고, 총 매매대금은 592,560천원(프리미엄 45,000천원 포함)임이 확인된다. < 2014.1.10.자 쟁점토지 분양권 매매계약서 내용 발췌 > (생략) 금사천오백만원을 잘못 기재한 것으로 판단됨

(2) 쟁점토지 등기사항전부증명서에 따르면 청구인들은 2013.12.16. 매매를 원인으로 한국토지주택공사로부터 쟁점토지를 취득하여 2018.1.17. 공유자지분 1/2씩 등기 이전하였고, 2019.9.24. 매매를 원인으로 김*숙(62년생)에게 2019.11.29. 양도하였음이 확인된다. < 쟁점토지 등기사항전부증명서 내역 발췌 > (생략)

• 나) 쟁점건물 취득 및 양도내역

(1) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 따르면 2016.10.31. 청구인들의 공동소유(지분 1/2)로 소유권보존 등기되었고, 2019.9.24. 매매를 원인으로 김*숙(62년생)에게 2019.11.29. 양도하였음이 확인된다. < 쟁점건물 등기사항전부증명서 내역 발췌 > (생략)

(2) 2019.9.24.자 쟁점주택 ‘부동산매매계약서’에는 청구인들이 매수인 김숙(621220-2*)과 계약하였고, 매매대금 2,740,000천원, 계약금 120,000천원(계약시 영수), 융자금 및 임대보증금은 매수인에게 승계, 중도금 400,000천원(2019.10.31. 지불), 잔금 830,000천원(2019.11.29. 지불)로 기재되어 있다.

• 다) 청구인들 양도소득세 신고내역

(1) 청구인들이 2019.12.13. 제출한 양도소득세 예정신고서에는 쟁점주택을 고가주택 1세대1주택으로 양도가액 1,369백만원, 취득가액 601백만원, 비과세양도차익 235백만원, 장기보유특별공제 180백만원, 양도소득금액 301백만원으로 각각 신고하였음이 확인된다.

(2) 청구인1은 2019.11.6. 양도한 아파트분양권 양도소득금액 97백만원을 합산하여 양도소득세 95백만원으로, 청구인2는 양도소득세 94백만원으로 신고납부하였음이 확인된다. < 양도소득세 신고내용 > (생략)

• 라) 양도소득세 실지조사 및 결정

(1) 처분청은 2020.10.14.부터 2020.11.2.까지 청구인들의 2019년 과세연도양도소득세에 대한 실지조사를 실시하였고, 청구인들이 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율을 40%로 잘못 적용하여 과다공제하고 쟁점건물을 신축한 건설업체(㈜**개발)가 부가가치세 신고를 누락한 사실을 확인하였다. < 양도소득세 조사종결 보고서 발췌 > (생략)

(2) 처분청은 2020.11.6. 청구인들이 신고한 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율(40%)을 24%로 다시 계산하여 양도소득세를 각각 부과한다는 양도소득세 조사결과를 통지하였다. (가) 2020.12.16. 처분청은 청구인1에 대하여 2019년 과세연도 양도소득세 30,611천원을 경정․고지 하였다. < 청구인1 양도소득세 경정결정내역 > (생략) (나) 2020.12.16. 처분청은 청구인2에 대하여 2019년 과세연도 양도소득세 29,153천원을 경정․고지 하였다. < 청구인2 양도소득세 경정결정내역 > (생략)

• 마) 양도소득세 직권 경정감 결정

• 처분청은 이 건 심사청구가 진행 중이던 2021.5.25. 쟁점토지의 취득가액 중 프리미엄(45,000천원, p. 9 계약서 참조)이 누락된 사실을 발견하여 양도소득세를 경정감 결정하였다(청구인1 5,536천원, 청구인2 5,542천원). < 청구인들 양도소득세 경정감 결정내역 > (생략)

2. 청구인들 주장 관련 증빙자료 검토

• 가) 청구인들은 쟁점토지는 1세대1주택의 부수토지로 보아 보유기간(5년 10개월)에 따른 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하였으나, 앞에서 살펴본 바와 같이 쟁점주택은 2016.10.31. 소유권보존 등기(p. 9 쟁점주택 등기부등본 참조)되었음이 확인된다.
• 나) 앞에서 살펴본 자료이외에 주장과 관련하여 추가로 제출한 증빙자료는 없다.

3. 처분청 주장 관련 증빙자료 검토

• 쟁점토지의 장기보유특별공제율은 법령에 따라 공제율이 큰 주택부수토지로서 보유기간에 따른 공제율을 적용하여야 한다고 주장하였고, 앞에서 살펴본 자료이외에 주장과 관련하여 제출한 증빙자료는 없다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 및 규정 ◦ 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

2. 쟁점토지의 장기보유특별공제율은 40% 인지 여부

• 가) 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 청구인들의 쟁점토지는 1세대1주택부수토지로 보유기간공제율 표2에 따라 40%를 적용하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

(1) ‘장기보유특별공제액’에 대하여 규정한 ｢소득세법｣(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부 개정된 것) 제95조 제2항에서는 ‘장기보유특별공제액은 토지 또는 건물로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여는 그 자산의 양도차익에 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서, 같은 조항 단서에서는 ‘1세대1주택(이에 딸린 토지 포함)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표2에 따라 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 ‘자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있다.

(2) 청구인들은 쟁점토지를 2014.1.10. 이주자택지분양권으로 취득하여 2016.10.31. 쟁점건물을 신축하였고, 2019.12.13. 양도하였으므로 쟁점토지의 보유기간은 5년 10개월이고, 쟁점건물의 보유기간은 3년 1개월이라는 점에는 이견이 없다.

(3) 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 장기보유특별공제율은 원칙적으로 ｢소득세법｣ 제92조 제2항 에 따라 보유기간별 공제율 표1에 따르는 것으로 쟁점토지는 보유기간 ‘5년 이상 6년 미만’에 해당하여 10%, 쟁점건물은 보유기간 ‘3년 이상 4년 미만’에 해당하여 6%를 적용하여야 할 것이나, 쟁점건물은 1세대1주택에 해당하는 것에는 이견이 없으므로 같은 항 단서규정에 따라 보유기간별 공제율 표2에 따른 보유기간 ‘3년 이상 4년 미만’에 해당하는 24%를 적용하여야 하고, 쟁점토지도 1세대1주택 부수토지로서의 보유기간 ‘3년 이상 4년 미만’에 해당하는 24%를 적용할 수 있는 것으로 봄이 타당하다.

(4) 이에 따라, 쟁점토지의 경우에는 일반토지로서의 보유기간별 공제율 10%와 1세대1주택 부수토지로서의 공제율 24%로 중 하나를 적용하여야 하는데, 이러한 경우 예규 등에 따라 확립된 해석은 ‘공제율 중 큰 공제율을 적용 한다’는 것이다(재산세과-4375, 2008.12.24. 등 참조).

• 나) 따라서, 처분청이 청구인들의 양도소득세 예정신고에 대하여 쟁점토지의 장기보유특별공제율을 24%로 보아 양도소득금액을 다시 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 과세처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.