화재로 멸실된 건물은 양도의 목적물이 될 수 없음

AA세무서장이 2019.7.1. 청구인에게 한 2018년 과세연도 양도소득세 121,275,470원의 부과처분은 토지와 지하수개발․이용권을 함께 양도한 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구인은 1999.8.10. BB시 CC구 DD동 2-1 공장용지 4,516㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 쟁점토지 지상에 2007.11.16. 공장건물 4개동(A, B, C, D동) 1,346.8㎡(이하 “공장건물”이라 한다)를 신축하여 보유하다 공장건물이 2015.12.19. 화재로 멸실되었으나 멸실등기를 하지 않은 채 2018.6.4. 쟁점토지와 멸실된 공장건물을 EE건업(주)에 39억원에 양도하고, 각 소유권이전 등기한 후, 2018.8.24. 처분청에 토지와 건물을 구분하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 870,005,263원을 예정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.3.4.부터 2019.3.23. 기간 동안 양도소득세 조사를 실시하여 공장건물이 2015.12.19. 화재로 전부 멸실된 상태임을 확인하고 공장건물에 대한 필요경비 458,054,000원을 부인하고 2019.3.29. 양도소득세 207,241,502원을 과세하겠다며 세무조사결과를 통지하였다. 청구인은 2019.4.15. 과세전적부심사를 청구하였고, 심의결과 공장건물은 매매계약 체결 이전에 이미 화재로 멸실되어 매매계약의 목적물이 될 수 없으므로 양도가액을 토지와 건물로 구분(안분)하지 말고 양도가액 39억원을 토지의 양도가액으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 산정하라며 재조사결정을 하였다.
• 다. 처분청은 과세전적부심사청구 결과에 따라 재조사 후 2019.7.1. 청구인에게 2018년 과세연도 양도소득세 121,275,470원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020.6.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 이 건 매매계약은 쟁점토지와 공장건물을 양도한 것이다.

1. 이 건 매매의 주목적은 공장건물로 멸실되어 토지만 있음에도 토지만이 아닌 공장건물을 포함하여 공인중개사의 중개로 매매계약을 한 것으로 매매계약서에도 부동산표시에 건물을 기재하였고, 특약사항에도 건물이 멸실된 상태에서의 매매계약임을 표시하였다.

2. 500㎡이상 공장의 신설 및 증설이 금지된 해당 지역에서 화재로 인하여 멸실된 건물 규모의 공장건물을 건축하려면 건축법상 ‘재축’외에는 건축을 할 수가 없으므로 재축을 목적으로 건물을 실지 거래한 것이다.

3. 매수인은 2018.6.4. 잔금 청산 후 쟁점토지와 공장건물의 소유권이전등기를 경료하였으므로 매매의 효력에 있어서 매도인은 쟁점토지와 공장건물을 모두 양도하고 매수인은 대금 39억원을 지급하였으므로 민법 제568조 규정의 매매의 효력도 정상적으로 발생하여 완결된 거래이다.

4. 계약서에 계약대상물은 쟁점토지 및 공장건물을 명확하게 기재하고 공인중개사가 또 다시 확인·설명하여 거래한 것임이 확인되는 거래로서 민법규정으로 소유권이전의 물권변동 및 매매효력에 있어서 하자나 불분명함이 없는 적법·유효한 거래로서 소득세법상 유상거래를 하였다.

• 나. 이 건 양도가액은 매매계약서에 총 39억원으로 쟁점토지와 공장건물을 함께 양도한 것으로 토지와 건물의 양도가액이 불분명하므로 해당자산에 대한 양도가액은 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의거 기준시가로 안분하여야 한다.
• 다. 공장건물이 멸실되었음에도 거래한 것은 유형고정자산인 공장건물을 거래한 것이 아니라 건축법에 의한 재축으로 공장건물의 건축허가를 받을 수 있는 권리(이하 “재축권”이라 한다)이다. 재축권은 양도소득세 과세대상이 아니므로 비과세하여야 한다.
• 라. 계약서에 ‘현 상태의 매매계약’이라고 되어 있으며 청구인이 쟁점토지에 설치한 지하 100m 하루 최대 50㎥를 양수할 수 있는 지하수개발·이용권을 쟁점토지와 함께 양도하였으므로 쟁점토지와 지하수개발이용권으로 구분하여 각각 양도차익을 산정하여야 한다.

• 가. 공장건물은 이 건 매매계약 체결 이전 2015.12.19. 이미 화재로 멸실되어 양도의 목적물이 될 수 없다.
• 나. 또한 쟁점토지에 건축물을 건축할 수 있는 권리는 청구인이 독점적으로 보유하고 있는 권리가 아니므로 재축할 수 있는 권리를 양도하였다는 청구주장은 타당하지 않다.
• 다. 지하수개발·이용권은 쟁점토지와 함께 양도한 것으로 보아 쟁점토지와 지하수개발·이용권으로 구분하여 각각 양도차익을 산정할 예정이다.

• 가. 쟁점

① 공장건물이 멸실되었으나 쟁점토지와 함께 양도하였으므로 토지·건물의 양도가액을 기준시가로 안분하고, 건물분은 재축권 양도이므로 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

② 지하수개발·이용권을 쟁점토지와 함께 양도하였다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

1. 구 국세기본법 제14조 【실질과세】 (2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

2. 구 소득세법 제88조 【정의】 (2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.(각 호 생략)

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

3. 구 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 (2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

4. 구 소득세법 제96조 【양도가액】 (2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

5. 구 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 (2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19>

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

6. 구 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 (2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6-1) 구 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 (2018. 6. 5. 대통령령 제28946호로 개정되기 전의 것)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. 6-2) 구 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 (2018. 9. 28. 대통령령 제29183호로 개정되기 전의 것) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31>

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

7. 구 소득세법 시행령 제162조의2 【지하수개발·이용권 등의 양도가액】 (2018. 6. 5. 대통령령 제28946호로 개정되기 전의 것) 토사석의 채취허가에 따른 권리와 지하수의 개발·이용권(이하 이 조에서 "지하수개발·이용권등"이라 한다)을 법 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물(이하 이 조에서 "토지 등"이라 한다)과 함께 양도하는 경우로서 지하수개발·이용권등과 토지등의 취득가액 또는 양도가액을 구별할 수 없는 때에는 제51조 제8항 각 호의 기준을 준용하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 "임목"은 "지하수개발·이용권 등"으로, "임지"는 "토지등"으로 본다. 7-1) 구 소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】 (2018. 6. 5. 대통령령 제28946호로 개정되기 전의 것)

⑧ 임지의 임목을 벌채 또는 양도하는 사업의 수입금액을 계산하는 경우 임목을 임지(林地)와 함께 양도한 경우에 그 임지의 양도로 발생하는 소득은 총수입금액 계산시 산입하지 아니한다. 이 경우 임목과 임지의 취득가액 또는 양도가액을 구분할 수 없는 때에는 다음 각 호의 기준에 따라 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. <신설 2007.2.28, 2013.2.15>

지방세법 시행령 제4조 제1항 제5호 에 따른 시가표준액

2. 임지에 대하여는 총취득가액 또는 총양도가액에서 제1호에 따라 계산한 임목의 취득가액 또는 양도가액을 뺀 금액. 이 경우 빼고 남은 금액이 없는 때에는 임지의 취득가액 또는 양도가액은 없는 것으로 본다. 7-2) 구 지방세법 시행령 제4조 【건축물 등의 시가표준액 결정 등】 (2018. 12. 31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것)

① 법 제4조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 과세대상별 구체적 특성을 고려하여 다음 각 호의 방식에 따라 행정안전부장관이 정하는 기준을 말한다.

5. 입목(立木): 입목의 종류별ㆍ수령별 거래가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 입목의 목재 부피, 그루 수 등을 적용한다. 8) 건축법 제2조 【정의】 (2018. 8. 14. 법률 제15721호로 개정되기 전의 것)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "건축"이란 건축물을 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축(再築)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다. 8-1) 건축법 시행령 제2조 【정의】 (2018. 6. 26. 대통령령 제29004호로 개정되기 전의 것) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "재축"이란 건축물이 천재지변이나 그 밖의 재해(災害)로 멸실된 경우 그 대지에 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 다시 축조하는 것을 말한다.

• 가. 연면적 합계는 종전 규모 이하로 할 것
• 나. 동(棟)수, 층수 및 높이는 다음의 어느 하나에 해당할 것

1. 동수, 층수 및 높이가 모두 종전 규모 이하일 것

2. 동수, 층수 또는 높이의 어느 하나가 종전 규모를 초과하는 경우에는 해당 동수, 층수 및 높이가 건축법(이하 "법"이라 한다), 이 영 또는 건축조례(이하 "법령등"이라 한다)에 모두 적합할 것 9) 건축법 제6조 【기존의 건축물 등에 관한 특례】 (2018. 8. 14. 법률 제15721호로 개정되기 전의 것) 허가권자는 법령의 제정ㆍ개정이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대지나 건축물이 이 법에 맞지 아니하게 된 경우에는 대통령령으로 정하는 범위에서 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 건축을 허가할 수 있다. 9-1) 건축법 시행령 제6조의2 【기존의 건축물 등에 대한 특례】 (2018. 6. 26. 대통령령 제29004호로 개정되기 전의 것)

② 허가권자는 기존 건축물 및 대지가 법령의 제정ㆍ개정이나 제1항 각 호의 사유로 법령등에 부적합하더라도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건축을 허가할 수 있다.

9-2) 경기도 건축조례 제4조【기존의 건축물 등에 대한 특례】 법 제6조 및 영 제6조의2에 따라 기존 건축물 및 대지가 관계 법령의 규정에 부적합하더라도 건축을 허가할 수 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점토지와 공장건물의 취득·멸실, 소유권이전 현황은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지 및 건물 현황 소재지 현황 (건축면적) 취득일 멸실일 (원인) 소유권이전등기 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 공장용지 1999.8.10. (매매) 2018.6.4. (매매) 일반공장A동 (336.7㎡) 2007.12.4. (보존등기) 2015.12.19. (화재) 2018.6.4. (매매) 일반공장B동 (336.7㎡) 2007.12.4. (보존등기) 2015.12.19. (화재) 2018.6.4. (매매) 일반공장C동 (336.7㎡) 2007.12.4. (보존등기) 2015.12.19. (화재) 2018.6.4. (매매) 일반공장D동 (336.7㎡) 2007.12.4. (보존등기) 2015.12.19. (화재) 2018.6.4. (매매)

2. 양도소득세 신고 및 경정내용은 <표2>와 같고, 청구인은 토지와 건물을 구분하여 신고하였고, 처분청은 토지의 양도로 보아 경정결정하였다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정내용 (표 생략)

3. 매매계약서 청구인이 EE건업(주)와 2018.4.4. 작성한 공장 매매계약서에 의하면, 매매대금은 39억원, 매매목적물은 쟁점토지 4,516㎡, 공장건물 1,346.8㎡로 되어 있고, 특약사항에 “현 상태의 매매계약임” “건축물 4동(A,B,C,D동) 화재로 전부 멸실됨”이라 기재되어 있고, 재축권과 지하수개발․이용권에 대하여는 별도로 표시되어 있지 않다.

4. 매수자는 2018.6.4. 쟁점토지와 공장건물에 대하여 소유권이전등기하였고 등기사항전부증명서의 매매목록은 아래 <표4>와 같다. 건축물대장도 같은 날 소유자 명의 변경되었다. 매수자는 건물에 대하여 2019.2.25. 2019.2.18. 멸실을 원인으로 멸실등기하였고, 건물 등기부는 2019.2.25. 폐쇄되었다. <표3> 건물 등기사항전부증명서(폐쇄등기부) [건물] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 제이이동호 【표 제 부】 (건물의 표시) 표시번호 접수 소재지번 및 건물번호 건물내역 등기원인 및 기타사항 1 2007년12월4일 경기 BB시 CC구 DD동 2-1 제에이동호 일반철골구조 철골위판넬지붕 1층 일반공장 336.7㎡ 도면편철장8책704호 2 2019년2월25일 2019년2월18일 멸실 2번 등기하였으므로 본 등기기록 폐쇄 2019년2월25일 【갑 구】(소유권에 관한 사항) 순위번호 등기목적 접수 등기원인 권리자 및 기타사항 1 소유권보존 2007년12월4일 제249322호 소유자 청구인 54**- 경기도 성남시 AA구 동 87 아파트 -* 2-3 가압류 및 말소 생략 4 소유권이전 2018년6월4일 제87230호 2018년4월4일 매매 소유자 EE건업주식회사 경기도 BB시 CC구 **로30번길35(DD동) 매매목록 제2018-2110호 <표4> 등기사항전부증명서 매매목록 【매매목록】 목록번호 2018-2110 거래가액 금3,900,000,000 일련번호 부동산의 표시 순위번호 예비란 등기원인 경정원인 1 [건물] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 제에이동호 4 2018년4월4일 매매 2 [건물] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 제비동호 4 2018년4월4일 매매 3 [건물] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 제씨동호 4 2018년4월4일 매매 4 [건물] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 제디동호 4 2018년4월4일 매매 5 [토지] 경기도 BB시 CC구 DD동 2-1 4 2018년4월4일 매매 5) BB소방서장이 2016.1.8. 발행한 화재증명원에 따르면, 공장건물이 2015.12.19. 전기적 요인에 의해 화재가 발생하였고 소실면적은 1,946.8㎡로 전부 소실되었다.

6. 조사종결보고서 내용

• 가) 당초 조사내용 양도소득세 신고시 양도가액을 토지부분과 건물부분으로 구분하여 건물의 신축비용을 취득가액으로 신고하였으나, 해당건물은 2015.12. 화재로 멸실된 상태로 2015년 종합소득세 신고시 재해손실(영업외비용)로 수입금액에서 공제하였으므로 양도소득세의 취득가액으로 신고한 것은 이중공제에 해당한다고 보아 건물 취득가액(신축비용 458백만원)을 부인하고 양도소득세 207백만원 조사결과 통지
• 나) 재조사 내용 과세전적부심사청구 재조사결정에 따라 공장건물은 이 건 매매계약 체결 이전에 이미 화재로 멸실되어 매매(양도)의 목적물이 될 수 없으므로,

① 양도가액 전부를 토지의 양도가액으로 결정하고 ② 건물 취득가액(신축비용)을 부인하고 ③ 누락한 필요경비(농지보전부담금 51백만원)을 추인하고 양도소득세 과세표준과 세액을 재산정함

7. 국세청 전산시스템(NTIS)에 의하면, 청구인은 쟁점토지에서 “서울GG빌딩” 상호로 2007.7.1. 개업하여 부동산업/신축판매업을 운영하다 2017.12.31. 폐업하였다.

8. 과세전적부심사청구 및 이의신청 심리자료에 의하면, 서울GG빌딩(142-02-00***)의 연도별 결산서에 계상된 유형자산인 쟁점토지와 공장건물의 장부가액은 아래 <표5>와 같이 확인된다. <표5> 연도별 표준재무상태표의 쟁점토지와 공장건물의 장부가액 (원) 연도 쟁점토지장부가액 공장건물장부가액 감가상각비 비고 2011 940,000,000 465,000,000 0 2012 940,000,000 449,190,000 15,810,000 2013 940,000,000 433,380,000 15,810,000 2014 940,000,000 417,570,000 15,810,000 2015 940,000,000 0 0 2015.12.19.화재(건물 전소) 2016 940,000,000 0 0 2017 940,000,000 0 0

9. 과세전적부심사청구 심리자료에 따르면, 청구인은 공장건물의 화재관련 계정별 원장에 아래 <표6>과 같이 회계처리하였다. <표6> 계정별 원장 차 변 대 변 계정과목 적요 금액 계정과목 적요 금액 자본금 감가상각누계액 재해손실 보험금수령 건물화재 화재손실 320,000,000 47,430,000 97,570,000 건물 건물화재 465,000,000

10. 과세전적부심사청구 및 이의신청 심리자료에 의하면, 청구인은 매매계약일 현재 CC구청에 공장건물에 대한 재축 허가 신청을 한바 없다. 이 건 심사청구 심리일 현재 청구인과 매수자는 CC구청에 재축 허가 신청을 한 바 없고, 매수자도 쟁점토지에 건물 신축허가 신청은 하지 않았다.

11. 심리담당이 2020.8.20. CC구청 임○○ 실무관과 통화한 바 재축신청은 화재로 멸실 당시 소유자가 하여야 한다고 답변하였다.

12. 매수자 EE건업(주)는 2001.6.27. BB시 CC구 DD동 5에서 제조/비금속광물분쇄처리업으로 개업하여 2008.8.14. BB시 CC구 DD동 12로 사업장 이전 후 현재까지 사업을 하고 있다. EE건업(주)의 사업장은 쟁점토지와 바로 옆으로 연접토지이다.

13. 청구인 제출 증빙

• 가) 청구인은 이 건 양도는 공인중개사가 중재한 것으로 당사자 간에 멸실건물임에도 확인하고 거래하였다며 중개대상물 확인·설명서와 공제증서를 제출하였다. 기본 확인사항에는 건축물을 등기부 기재내용을 기재하고 실제권리관계 또는 공시되지 않는 물건의 권리사항에 “건축물 4개동 화재로 전부 멸실됨”이라고 기재되어 있다.
• 나) 토지이용계획서에 따르면, 쟁점토지는 도시지역, 자연녹지지역이고, 수도권정비계획법에 따른 성장관리권역이다. 성장관리권역에서는 500㎡이상의 공장 신설·증설이 금지되어 있다.
• 다) 매수자 EE건업(주)의 확인서에는 토지만 매입한다면 500㎡ 이상 공장을 다시 신축할 수 없고, 자연녹지지역으로 재축시까지 공장부지로 사용할 수가 없어서 건물은 없지만 건물가액 상당액을 포함하여 전체가액을 산정하여 공장 매매계약서에 건물을 매매대상으로 명시하였다고 기재되어 있다. 그러나 확인서에 회사 인감만 날인되어 있고 확인자가 누구인지는 알 수 없다.
• 라) 청구인은 CC구청장으로부터 질의민원 회신 공문을 받아 제출하였는데, 공문에는 건축(재축) 허가 신청 자격은 멸실 당시의 건축물의 소유자가 신청하여야만 한다고 기재되어 있다.
• 마) 청구인은 지하수개발·이용권을 양도한 것이라며 준공확인필증, 오수처리시설 준공검사결과 공문, 건축허가조건 등을 제출하였다. 청구인이 2007.10. 29. CC구청으로부터 지하수시설 준공확인필증을 취득하였고, 쟁점토지 양도시 지하수개발․이용권을 함께 양도하였다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.
• 라. 판단

1. 공장건물이 멸실되었으나 쟁점토지와 함께 양도하였으므로 토지․건물의 양도가액을 기준시가로 안분하고, 건물분은 재축권 양도로 비과세 대상이라는 청구주장에 대한 판단

• 가) 관련 법리 기준시가에 의한 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하고, 기준시가에 의한 취득가액은 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의하도록 규정하고 있으며, 당해 자산이라 함은 양도 자산을 의미하고 있는 것으로 기준시가에 의한 취득가액은 양도가액에 대응되는 양도 자산의 취득당시 기준시가를 의미하는 것으로 해석함이 타당하며, 이 경우 청구인의 양도 자산(쟁점건물)의 기준시가에 의한 양도가액에 대응되는 양도 자산(쟁점건물)의 취득당시의 기준시가를 의미하지 멸실건물의 기준시가를 의미한다고는 볼 수가 없다(심사양도2003-3083, 2004.3.15.).
• 나) 아래의 사정들에 위 법리에 의하면 공장건물은 2018.4.4. 매매계약 체결일 이전인 2015.12.19. 화재로 멸실되어 양도의 목적물이 될 수 없으므로 양도가액 39억원은 토지의 양도가액으로 봄이 타당하고, 재축권을 양도하였다는 주장은 인정하기에 부족하다.

① 청구인은 공인중개사가 중개하는 매매계약서에 공장건물을 기재하고 소유권이전등기도 하였으므로 쟁점토지와 공장건물의 양도가액을 기준시가로 안분하여야 한다고 주장하나, 청구인이 공장건물을 신축하여 8년간 이용하다 화재로 멸실된 공장건물은 이 건 매매계약의 목적물이 될 수 없다. 따라서 양도가액 39억원은 쟁점토지의 양도가액으로 보아야 한다. 쟁점토지만 양도된 것이므로 토지와 건물의 양도가액이 불분명한 경우에 해당하지 않으므로 기준시가에 의한 안분대상이 아니다.

② 청구인은 멸실된 공장건물을 재축할 수 있는 재축권을 양도한 것이고, 재축권은 양도소득세 비과세라고 주장하나, 재축권은 멸실 당시 소유권자에게만 권리가 있어 양도 대상에 해당하지 아니하는 점, 청구인이 매매계약 체결 전에 CC구청에 재축허가 신청을 한 사실이 없는 점, 매수자 EE건업(주)는 2019.2.25. 공장건물에 대하여 멸실등기하였으나 심리일 현재까지 CC구청에 재축이나 신축허가를 신청하지 아니한 점, 이 건 매매계약서에는 멸실건물이라고만 표시되어 있고 재축권을 양도한다든지 청구인이 추후 협력의무를 이행한다는 내용이 기재되어 있지 않은 점, 매수자 EE건업(주)의 확인서에는 매수자에게 재축권이 있다고 알고 건물 상당액을 포함하여 거래하였다고 되어 있으나 워드로 작성된 문서에 법인 인감만 날인되어 확인서 작성자가 누구인지 알 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 재축권을 양도하였다는 청구 주장은 인정하기 어렵다 할 것이다.

• 다) 따라서 처분청이 멸실된 공장건물은 양도의 목적물이 될 수 없으므로이 건 매매계약은 쟁점토지에 대한 양도라고 보아 청구인에게 한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 지하수개발․이용권을 쟁점토지와 함께 양도하였는지에 대한 판단

• 가) 청구인은 이 건 심사청구에 이르러 쟁점토지 양도 시 지하수개발․이용권을 함께 양도하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 2007.10.29. 쟁점토지에 지하수 시설을 설치하여 CC구청으로부터 준공확인필증을 받았고, 건축 사용승인 신청시에는 지하수개발 준공확인필증을 CC구청에 제출하여야 하는 점, 이 건 매매계약서에 “현 상태 매매계약”이라고 기재한 점 등에 비추어 지하수 개발·이용권도 함께 양도한 것이라고 볼 수 있다. 소득세법 시행령 제162조의2 는 지하수 개발·이용권을 토지와 함께 양도하는 경우로서 지하수개발·이용권등과 토지 등의 취득가액 또는 양도가액을 구별할 수 없는 때에는 소득세법 시행령 제51조 제8항 의 임목에 준하여 양도가액과 취득가액을 계산하게 되어 있다.
• 나) 따라서 지하수개발․이용권을 쟁점토지와 함께 양도하였다는 청구주장은 이유 있다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.