쟁점부동산은 하나의 거래로 일괄양도된 것으로 보임

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○번지 다가구주택 대지 488.6㎡(청구인 단독소유)와 건물 1,423.4㎡(청구인 1/2, 배우자 AAA 1/2, 대지와 건물을 합하여 이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 2019.7.17. ○,○○○백만원(청구인 대지 및 건물 지분 양도가액 2,200백만원, AAA 건물 지분 양도가액 950백만원) 에 □□에게 양도하였다.
• 나. 청구인은 2019.9.19. 본인 토지 소유지분 전부와 2011.12.20.(사용승인일) 신축한 다가구주택 건물 지분(1/2) 양도에 대하여 양도가액 2,200백만원, 취득가액 1,638백만원으로 하여 양도소득세 158,429,230원을 자진 신고ㆍ납부하였으며, 건물 공동소유자 AAA은 2019.8.27. 본인 소유 건물 지분(1/2) 양도에 대하여 양도가액 950백만원, 취득환산가액 866백만원으로 하여 양도소득세 8,814,590원을 자진 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고서 신고내용을 검토한 결과, 토지․건물을 함께 양도하면서 공동소유 건물분에 대한 구분이 불분명함에도 정당한 사유없이 기준시가 기준으로 양도가액을 안분계산하지 않아, 청구인 임의로 구분하여 건물만 소유하고 있던 AAA의 건물지분 양도가액을 과다하게 책정하여 매매계약서를 작성하고, 청구인의 건물 양도가액을 낮게 책정하여 매매계약서를 작성함으로써 청구인의 양도소득금액이 과소 계산되는 결과를 가져왔음을 확인하고, 2019.12.31. 처분청은 청구인의 대지 및 건물지분 양도가액을 2,349,525,304원, 취득가액을 1,665,027,726원으로 하여 양도소득세를 재계산한 후, 청구인에게 양도소득세 42,937,340원을 과세한다는 과세예고통지를 하였으며, 청구인은 2020.1.15. 재결청(BBB세무서장)에 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 2020.2.26. 불채택결정을 받았다. 처분청은 2020.3.3. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 42,937,340원을 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.3.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인과 AAA이 매수인과 쟁점부동산 양도에 따라 작성한 매매계약서는 정당하므로 청구인의 당초 양도소득세 신고는 인정되어야 한다.

• 가. 청구인이 쟁점부동산 중 토지 전부와 건물 1/2지분을 매수인에게 2,200백만원에 양도하고, AAA이 쟁점부동산 중 건물 1/2지분을 950백만원에 매수인에게 양도한 것은 독립된 거래행위로 각각의 경제적 주체로서 재산권을 행사한 계약이다. 나.민법상 보장된 계약자유의 원칙에 의해 청구인 및 AAA과 매수자간에 체결된 매매계약이므로 이를 부인하고 하나의 매매행위로 보아 청구인과 AAA의 거래가액을 합산한 후 기준시가로 안분하여 청구인의 양도가액을 재산정한 것은세법규정상 근거없으므로 부당하다.

청구인 및 AAA과 매수자간 작성된 매매계약서는 진정한 합의에 의한 것으로 볼 수 없어 토지 및 건물 양도가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 양도가액 등을 기준시가로 안분하여 재계산한 처분청의 처분은 정당하다.

• 가. 청구인은 쟁점부동산 중 토지 전부와 건물 1/2지분에 대한 양도가액 2,200백만원을 토지와 건물 기준시가로 안분하여 토지 양도가액과 건물 양도가액을 신고하였고, AAA은 쟁점부동산 중 건물 1/2지분 양도에 대해 950백만원을 양도가액으로 신고함으로써 청구인은 AAA의 경우보다 건물 양도가액을 과소 신고하였다.
• 나. 청구인은 양도소득세를 절감하기 위해 세무대리인·공인중개사와 담합하고 각각의 부동산매매계약서를 임의로 작성한 것으로 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이라고 할 수 없으므로, 청구인의 토지·건물 양도가액이 불분명한 것으로 판단하여 청구인과 AAA의 양도가액을 합산한 후 기준시가로 안분하여 청구인의 토지·건물 양도가액을 재산정함은 타당하다.

• 가. 쟁 점

○ 쟁점부동산의 토지와 건물 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 양도차익을 산정한 것이 정당한지 여부

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】<2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것>

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23, 2016.12.20, 2017.12.19>

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19>

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2010.12.27, 2017.12.19>

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. <개정 2010.12.27>

④ 삭제 <2014.1.1>

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2014.1.1>

⑥ 삭제 <2014.1.1>

⑦ 제1항제1호가목을 적용할 때 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2017.12.19>

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 2-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】<2019.6.25. 대통령령 제29892호로 개정되기 전의 것>

① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제6항 에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. ～ 4. (생략)

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

⑥ 법 제97조제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

취득 당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가 × 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

• 가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득 당시의 법 제99조제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액 × 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액× 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000) 3.～4. (생략)

⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조제1항 에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 2-2) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3-1) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. 3-2) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】<2019.12.24. 대통령령 제30256호로 개정되기 전의 것> 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.4.12, 2012.1.1>

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 5) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 6) 국세기본법 제14조 【실질과세】<2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것>

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산 대지 취득 및 건물신축 현황(등기부등본 및 건축물대장)

• 가) 쟁점부동산 대지 취득 및 양도 내용(생략)
• 나) 쟁점부동산 건물 신축 및 양도 내용(등기부등본)(생략)
• 다) 건축물대장 상 쟁점부동산 건물 현황

• 사용승인일: 2011.12.20. 연면적 1,423.44㎡, 건축면적 289.28㎡

• 지상 6층 다가구주택(12가구), 제1ㆍ2종 근린생활시설(고시원36호) (㎡) 층별 용도 면적 지상1층 제1종 근린생활시설(소매점) 100.39 제1종 근린생활시설(휴게음식점) 5.52 지상2층 제2종 근린생활시설(고시원12호) 285.59 지상3층 제2종 근린생활시설(고시원12호) 285.59 지상4층 제2종 근린생활시설(고시원12호) 285.59 지상5층 다가구주택(6가구) 231.05 지상6층 다가구주택(6가구) 229.71 합계 1,423.44

2. 청구인 및 AAA의 양도소득세 신고내용은 다음과 같다. (생략)

• 가) 청구인은 2019.9.19. 양도소득세 예정신고 시 본인 소유분(토지 전부, 건물 1/2지분)과 AAA 소유분(건물 1/2지분)으로 구분ㆍ작성한 매매계약서를 기준으로 하여 본인소유인 쟁점부동산 토지 취득가액을 실제 취득가액 900백만원보다 높은 955백만원으로 책정한 것으로 확인된다.
• 나) 과세전적부심사청구 결정문에 따르면 쟁점부동산 중 청구인 지분 토지전체와 건물지분(1/2)의 양도가액 구분 산정내역은 다음과 같다. (백만원) 구 분 신고양도가액 산 정 내 역 기준시가 토 지 1,450 2,200×(920÷1,395) 920 건 물 750 2,200×(475÷1,395) 475 계 2,200 1,395
• 다) AAA은 2019.8.27. 건물소유 지분(1/2)에 대한 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 예정신고ㆍ납부하였다.

3. 청구인 및 AAA의 총사업내역

• 가) 청구인 총사업내역(생략)
• 나) AAA 총사업내역(생략) 다) 청구인과 AAA의 총사업내역을 보면, 청구인과 AAA은 2011.4.20.부터 2019.7.24.까지 쟁점부동산에서 고시원(숙박업)을 운영하였으며, AAA은 2012.1.13.부터 현재까지 △△ ◎◎점(소매업/편의점)을 운영하고 있음을 알 수 있다.

3. 조사청 양도소득금액 재계산 및 양도소득세 경정내역은 다음과 같다.

• 가) 조사청은 쟁점부동산이 한 번에 거래된 것으로 총 양도금액은 ○,○○○백만원이며, 쟁점부동산 중 청구인 소유 부동산에 대한 양도가액과 AAA 소유 부동산에 대한 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보고

• 2019.7.17. 양도당시 기준시가를 기준으로 다음과 같이 양도가액을 구분 계산하고, 이에 따른 취득가액도 다시 계산하여 2020.3.3. 청구인에게 양도소득세 42,937,340원을 경정고지하였다.(생략) 나) 청구인의 쟁점부동산 지분 양도에 대한 양도소득금액 계산 상세내역은 다음과 같다.(생략)

(1) 토지 양도가액 및 취득가액(생략)

(2) 건물 양도가액 및 취득가액(생략) 4) 쟁점부동산의 양도 및 취득에 대한 매매계약서는 다음과 같이 청구인 지분과 AAA 지분별로 별도로 작성된 것을 알 수 있으며, 청구인의 토지 취득가액은 900백만원으로 확인된다.

• 가) 청구인 소유 토지 및 건물지분 양도계약서(생략)
• 나) AAA 건물지분 양도계약서(생략)
• 다) 청구인의 토지 취득계약서(생략)

5. 청구인은 매수인과 쟁점부동산에 대한 포괄양수도계약서를 별도로 체결하였는데, 동 계약서에는 총 매매금액이 ○,○○○백만원이라고 나온다.(생략)

6. 청구인은 청구인과 AAA 지분 양도에 대해 매매계약서가 별건으로 작성되었으므로 매매금액 전체를 ○,○○○백만원으로 보고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의해 재계산하는 것은 부당하다고 하면서 다음과 같이 주장한다.

• 가) 청구인은 청구인 소유의 쟁점부동산을 매수인과 합의하에 22억원에 매매하였으며, 청구인의 배우자 AAA은 쟁점부동산과 ○○○편의점에 대한 권리금을 포함하여 합의하에 9억 5천만원에 매매한 것으로 이는 각각 독립된 거래행위이며, 각각 경제적 주체로서 재산권을 행사한 계약이다. 나) 부동산 지분이 서로 다른 부부가 부동산 거래행위를 함에 있어 매도자로서 매수인과 쌍방 합의로 작성된 각각 됙립된 별개의 부동산 매매계약서가 존재함에도 불구하고 부부를 하나의 경제주체 및 하나의 매매행위로 보아 총 거래가액을 기준시가로 안분 후, 부부 각각의 부동산 거래가액을 증감시킨 처분청의 처분은 부당하며, 이는 법률적 제한이 없는 한 민법상 보장된 계약자유의 원칙에 대한 명백한 위배이다.
• 다) 또한, 청구인과 청구인 배우자의 부동산매매계약서 상 거래가액은 거래당사자인 매수인과 상호합의하에 작성된 신뢰성 있는 거래가액이므로 처분청이 매도인과 매수인간 작성된 부동산매매계약서 상 거래가액이 거짓 등 허위로 작성되거나 이중계약서로 확인이 되지 않는 한 청구인과 청구인 배우자 AAA의 부동산 거래가액을 증감시킬 세법상 법적근가가 없는바, 처분청의 부동산 매매계약서상 거래가액을 부인하고, 임의로 해석하여 거래가액을 증감시킨 처분은 부당하며, 세법해석상의 오류이다.
• 라) 이상과 같이 청구인과 AAA은 민법상 계약자유의 원칙에 따라 매수인과 합의하에 정상적인 거래가액으로 부동산 매매계약서를 작성한 것으로 부부라는 이유로 세법규정상 근거 없이 청구인과 AAA의 부동산 거래가액을 증감시킨 후 경정 결정한 처분청의 처분은 실질과세의 원칙에 위반되므로 취소되어야 한다.

7. 처분청은 청구인은 AAA과 공동 소유하고 있는 건물 매매가액을 각각 구분 기재하여 계약서는 세무대리인과 공인중개사 등이 담합하여 임의로 작성한 것으로 이는 양도소득세를 회피 하기 위한 것이라고 하면서 다음과 같이 주장한다.

• 가) 청구인은 대지 전부, 건물 공유지분(본인1/2, AAA 1/2) 쟁점부동산을 양도하면서 AAA 명의로 건물매매계약서를 따로 작성하고 배우자 지분의 건물 양도가액을 기준시가 기준으로 안분계산하지 않고 매매계약서를 작성 시 정당한 사유 없이 건물 양도가액을 토지 양도가액보다 높게 기재함에 따라 결과적으로 청구인의 토지 및 건물 양도가액이 낮아져 양도소득금액을 과소신고하는 결과를 초래하였다. 나) 처분청이 양도소득세 신고서를 검토하던 중인 2019.11.21 매수자인 ○○에게 건물매매계약서를 별도로 작성한 특별한 이유가 있는지 전화통화한 바, 매수인은 그냥 양도자가 해달라는 대로 계약서와 금액을 달리하여 별도로 작성해주었다고 진술하였다.
• 다) 청구인이 AAA과 공동 소유하고 있는 건물 매매가액을 각각 구분 기재하여 계약서를 별도로 작성한 것은 양도소득세를 조금이라도 회피 하기 위해 세무대리인과 공인중개사 등이 담합하여 임의로 작성한 것으로 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이라고 할 수 없다.
• 라) 따라서, 토지·건물가액 구분이 불분명한 것으로 판단되므로 기준시가로 안분계산해야 함이 타당하며, 같은 건물을 지분으로 공동소유하는 경우 지분율에 따라 건물가액이 구분되는바, 특별한 사유 없이 납세자가 임의로 구분하여 신고하는 것은 사회통념상 맞지 않으므로 청구주장은 이유 없다.

8. 2020.6.2. 청구인은 쟁점부동산 매매계약과 관련 거래금액을 청구인 및 AAA 지분양도에 따른 매매계약서 별로 계약금, 잔금 등을 수취에 대한 예금거래 내역 등 금융증빙자료를 아래와 같이 제출하였다.

• 가) AAA 매매대금 수취 증빙자료(생략)
• 나) 청구인 매매대금 수취 증빙자료(생략) 다) 쟁점부동산 매매와 관련 중개수수료 29,200천원은 청구인이 정산한 것으로 확인된다.(생략)
• 라. 판단

1. 관련 규정 가)소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라 한다) 제100조 제2항에서는 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다.”라고 규정하고 있다. 나) 소득세법 시행령(2019.6.25. 대통령령 제29892호로 개정되기 전의 것)제166조 제6항에서는 ‘구 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산 한다’라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령(2019.12.24. 대통령령 제30256호로 개정되기 전의 것) 제64조 제1호에서는 ‘토지의 가액과 건물 또는 구축물 등 가액의 구분이 불분명한 경우로 토지와 건물 등에 대한 구 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 그 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’라고 규정하고 있다..

2. 쟁점부동산의 토지와 건물 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 양도차익을 산정한 것이 정당한지 여부에 대하여 다음과 같은 여러 사정을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산은 하나의 거래로 일괄양도된 것으로 보이고, 쟁점부동산의 양도가액은 구 소득세법 제100조 의 제2항의 규정에 따라 토지 및 건물의 양도가액이 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정함이 타당한바, 이에 근거한 처분청의 처분은 정당하다. 가)국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제14조 제2항의 실질과세원칙은 납세자가 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에는 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 과세하여야 하는 것으로, 이러한 법리는 양도소득세의 과세에도 그대로 적용되는바, 매매잔금을 지급하는 시점에 매매계약서를 별건으로 작성한 것은 조세회피의 목적에서 비롯된 것으로 보아 하나의 매매거래로 본 판례(대법원2012두22119, 2013.2.14. 참조)와 청구인이 제출한 ‘(부동산)의 포괄양도 양수 계약서’상 쟁점부동산의 양도가액으로 ○,○○○백만원이 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점부동산의 양도를 하나의 매매거래로 보고 양도가액 또한 ○,○○○백만원으로 봄이 타당하다.

• 나) 또한, 쟁점부동산 매매와 관련 중개수수료 30,000천원(청구인 부담분 20,394천원, AAA 부담분 9,606천원) 모두를 청구인이 부담한 것으로 보이고, 쟁점부동산 매매대금 수취와 관련 청구인이 제출한 AAA 예금거래내역에서는 계약금, 잔금을 받은 이력만 나올 뿐 그 어떠한 입ㆍ출금 내역도 보이지 않는 반면, 청구인 예금거래내역은 입ㆍ출금이 빈번하게 나오는 것으로 보아 쟁점부동산의 매매와 관련 계약서 작성, 대금 수령 등 매매 전반에 걸쳐 청구인이 주도한 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 쟁점부동산은 하나의 거래로 일괄양도된 것으로 봄이 타당하다.
• 다) 그리고, 약국이 있는 상가건물의 토지와 건물가액을 결정함에 있어 약국이 있는 건물가액을 높게 평가한 건에 대하여 약국이 병원처방전을 독점할 수 있는 등 지리적 위치라는 것은 토지 값에 많이 반영되는 것이 사회통념과 거래관행상 합리적이라고 본 사례(조심2012광2527, 2012.9.4. 참조)가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점부동산의 건물 구분소유가 명확하지 않은 상태에서 쟁점부동산 1층에서 AAA이 ○○○편의점을 운영하였다는 사정만으로 쟁점부동산의 양도가액 ○,○○○백만원을 청구인 지분과 배우자 AAA 지분으로 구분하면서 청구인지분 건물가액을 750백만원으로, AAA지분 건물가액을 950백만원으로 산정한 것은 사회통념과 거래관행 상 맞지 않는바, 쟁점부동산의 양도가액은 구 소득세법 제100조 의 제2항의 규정에 따라 토지 및 건물의 양도가액이 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 청구인지분과 AAA 지분의 양도차익을 구분ㆍ재산정하는 것은 타당하다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.