조세심판원 심사청구 양도소득세

도로를 일반공중의 공동생활에 무상으로 제공하게 할 수 있도록 한 경우 등 양도소득에 대한 필요경비 공제 여부

사건번호 심사-양도-2020-0034 선고일 2020.09.09

쟁점도로부지는 국가 또는 지방자치단체에 기부채납되지는 않았으나, 공부상 지목 및 사실상 현황이 도로로서 일반공중이 무상으로 이용할 수 있도록 제공되고 있고 사실상 경제적 가치가 없다고 인정되므로 쟁점도로부지의 가액은 양도소득에 대한 필요경비로 인정함이 타당함

주 문

△△△세무서장이 2019.9.20. 청구인에게 한 2017년 과세연도 양도소득세 74,232,604원의 부과처분은

1. 토목공사비 390,600,000원 중 쟁점토지에 해당하는 비용과 진출입도로부지 취득가액 177,148,200원 중 쟁점토지에 해당하는 비용을 필요경비로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2014.6.2.경 경기 ○○시 ○○읍 ○○리 50-* 외 17필지 10,122㎡(이하 ‘ 이 사건 토지 ’라 한다)를 정AA 외 2인에게 양도하는 매매계약을 체결하였으나, 공동 매수자인 김BB 및 양CC가 개인적인 사정으로 매수자의 지위에서 이탈하게 되자 청구인은 2015.2.3. 정AA과 사이에 이 사건 토지를 공장용지로 개발한 후에 양도하기로 약정하고, 2015.1.15. 정AA은 공장부지 조성을 위한 개발행위 허가 및 2015.1.19. 공장설립 승인을 받는 등 개발행위를 진행하였다.
  • 나. 청구인은 이 사건 토지 중 2015.9.22. ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈에게 경기 ○○시 ○○읍 ○○ 리 -13 외 9필지 6,463 ㎡를 1,450,000,000원에, 2016.3.3. 소재관에게 같은 리 -1 689㎡를 124,800,000원에, 2016.3.14. 안DD 외 2명에게 같은 리 -4 외 1필지 671㎡를 40,000,000원에 각각 양도한 후 2015년 및 2016년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으며, 2017.1.25. ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈에게 같은 리-11 외 4필지 2,299㎡(이하 ‘ 쟁점토지 ’라 한다)를 529,500,000원에 추가로 양도하고 환산취득가액 41,401,418원, 기타 필요경비 309,100원으로 양도차익을 산정하여 2017.2.27. 2017년 귀속 양도소득세 131,616,690원을 예정신고․납부하였다. 다. 그 후 정AA은 청구인이 동업정산금 388,231,010원을 미지급하였다는 이유로 2017.4.26. 수원지방법원에 민사소송(사건번호: 2017가합**** 동업정산금)을 제기하였는데, 수원지방법원에서 “청구인이 정AA에게 지급하여야 할 정산금을 160,000,000원으로 하고, 청구인은 쟁점토지 관련 양도소득세 환급신청절차를 이행하여 환급받는 양도소득세를 정AA에게 전액 지급하되, 환급신청에 필요한 관련 서류는 정AA이 그 책임 하에 청구인에게 제공한다”는 조정이 성립되었다. 이에 따라 청구인은 2019.8.5. 정AA이 지출한 토지개발비용 중 272,172,300원 1) 은 쟁점토지의 양도와 관련한 자본적 지출액이므로 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다는 이유로 2017년 귀속 양도소득세 경정청구를 하였으며, 처분청에서는 청구인이 경정청구 시 제출한 필요경비에 대한 입증서류가 부족하고 청구인과 정AA을 공동사업자로 보기 어렵다고 판단하여 2019.9.25. 청구인에게 경정청구에 대한 거부통지를 하였다. 라. 청구인은 2019.12.19. 경정청구 거부처분에 대하여 처분청에 이의신청을 제기하였고, 이의신청 결과 “쟁점토지를 공장용지로 개발하는 과정에서 정AA이 지출한 공장설립 세금공과, 토목공사비 및 토목설계비 중 일부금액을 청구인의 자본적지출액으로 보아 양도소득세 필요경비로 인정”하라는 일부 인용결정을 받았다. 이에 따라 처분청은 청구인이 쟁점토지의 필요경비로 주장한 272,172,300원 중 123,480,890원을 기타 필요경비로 인정하여 청구인이 2017년 귀속 양도소득세로 납부한 131,616,690원 중 27,332,435원을 환급하는 결정을 하였다. 마. 청구인은 쟁점토지의 양도소득세 필요경비를 188,778,680원으로 하여 양도차익을 재계산하여야 한다는 이유로 2020.2.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
  • 가. 이 사건 토지의 공장용지 개발 경위 청구인은 이 사건 토지의 소유자이고, 정AA은 양CC 및 부동산개발업자 김BB로부터 이 사건 토지를 공장용지로 개발하여 매도할 경우 고수익을 얻을 수 있다는 말을 듣고 양CC 등과 함께 이 사건 토지를 매입하기로 하였다. 청구인과 정AA 외2인은 2014.6.2. 이 사건 토지를 1,158백만원(계약금 110백만원은 계약 시, 잔금 1,004백만원은 개발행위 허가 후 20일 이내 지급)에 매매하는 계약을 체결한 후, 정AA은 2015.1월경 공장부지 진출입도로 부지조성 개발행위 허가 및 공장설립 승인을 받고 김BB에게 공사를 위임하였다. 그러나 김BB가 공사 진행 중 다수의 개발사건 관련 사기·횡령 등으로 수사를 받게 되고, 이후 양CC도 계약관계에서 이탈함에 따라 개발행위가 난관에 처하였고 이 사건 토지에 관한 위 매매계약도 사실상 실효되었다. 청구인과 정AA은 2015.2.28. 착공한 토목공사를 중단한 채 방치할 경우 개발허가가 취소되는 등 양 당사자에게 불리하다고 판단하였고, 이에 따라 청구인이 이 사건 토지에 관한 개발행위를 정AA에게 위임하면 정AA은 책임지고 개발을 완료하고, 이 사건 토지를 양도한 대금으로 청구인이 매매대금을 최우선 보장받되 잔여금액을 정AA에게 개발비로 지급하기로 하는 묵시적인 합의가 있었다. 이에 따라 정AA은 개발행위를 계속 진행하여 2016.5.10. 쟁점토지를 공장용지로 준공하였고, 비용을 지출하여 농지 또는 임야를 공장부지로 조성하고 도로를 개설하여 지목을 변경하였다. 따라서 정AA이 지출한 비용은 쟁점토지의 자본적 지출액으로 인정되어야 한다. 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.
  • 나. 토목공사비 75백만원은 쟁점토지의 필요경비에 해당한다. 청구인은 당초 이의신청 시 전체 토목공사비는 472,450,000원이고 그 중 쟁점토지에 안분된 비용을 필요경비로 인정하여 달라고 주장하였으나, 이의신청 결과 수급인 조EE에게 금융거래를 통해 실제 지급이 확인된 320,600,000원이 필요경비로 인정되었다. 그런데 정AA은 자금력 부족으로 개발행위 준공부터 도급금액을 1차(2017.1.20.) 및 2차(2020.3.13.) 협의를 통해 감액조정한 결과, 전체 토목공사비가 당초 472,450,000원에서 최종적으로 390,600,000원으로 변경되었고, 청구인은 이의신청 이후인 2020.3.13. 수급인에게 미지급금 70,000,000만원을 공사비로 추가 지급하였다. 그러므로 전체 토목공사비는 390,600,000원이며, 그 중 쟁점토지에 안분된 75,600,000원은 쟁점토지의 필요경비로 인정되어야 한다.
  • 다. 공장용지 진출입로 개설에 소요된 도로부지 취득가액 61,716,200원은 쟁점토지의 필요경비에 해당한다.

○○시는 2015.1.15. 공장부지 진출입로 부지조성 개발행위를 허가하였는데, 허가지 내 현황도로 및 ‘도로부지는 공공용으로 사용될 수 있도록’ 지번분할 및 지목변경할 것이 개발행위 허가조건이었다. 그런데 국토계획법 제58조 및 국토부훈령에 의하면 공장용지 개발을 위해 폭 6m이상의 진출입도로를 의무적으로 개설 확보하여야 하며, 현황이 폭 4m인 기존 도로를 확장할 수밖에 없었고, 정AA은 주곡68-14 임야 166㎡외 3필지(이하 ‘ 쟁점도로부지 ’라 한다)를 177,148,200원에 매입하게 되었다. 과세관청도 소유 토지의 개발허가와 직접 관련하여 별도 취득한 후 기부한 토지의 취득가액 등은 소유 토지의 필요경비에 해당하는 것(부동산거래과-891, 2010.7.9.)이며, 아파트 분양 후에도 사업자 소유로 등기되어 있는 진입도로는 그 개설이 불가피하고 주민들이 공동으로 사용하는 사실상의 도로로서 경제적 가치가 없으므로 당해 도로의 취득가액을 주택신축판매업 수입금액의 필요경비로 공제하는 것(심사소득98-702, 1999.1.22.)으로 판단하고 있다. 그 후 정AA이 쟁점도로부지를 ○○시에 기부채납하려 수락 여부를 질의하였으나, ○○시로부터 주변여건과 도로상황을 감안할 때 기부채납이 불가하다는 회신을 통보 받았다. 그러나 정AA은 개발행위 허가조건에 따라 쟁점도로부지를 취득하였고, 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 쟁점토지의 이용편의를 제공하여 효용가치가 증대되는 점과 다수의 인근 주민이 무상으로 실지 사용하고 있는 도로로서 경제적 가치가 없다는 점을 종합하면, 쟁점도로부지의 전체 취득가액 177,148,200원 중 쟁점토지에 안분된 61,760,200원은 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다.

  • 라. 상수도공사비 9백만원은 쟁점토지의 필요경비에 해당한다. 상수도공사비와 관련하여 쟁점토지의 매수인인 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 수도사업소에 2015.12.1. 1,706,370원, 2015.12.2. 7,750,210원 합계 9,456,580원을 납부한 것으로 되어 있으나, 위 비용을 실제 지급한 자는 정AA이다. 상수도 공사비는 본래 정AA이 부담할 비용이었으나 자금부족으로 제때 지급이 어려웠고, 매수인 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 조기에 개발행위 준공검사를 받고자 정AA을 대신하여 우선 지급하였으나 그 후 쟁점토지의 중도금 62,747,990원과 상계하였다.
3. 처분청 의견
  • 가. 토목공사비는 필요경비로 인정한다. 이 건 심사청구 시 청구인이 추가로 제출한 자료에 의하면, 토목공사 도급금액이 472,450,000원에서 390,600,000원으로 변경된 사실과 미지급금 70,000,000원을 수급인 조EE에게 지급한 사실이 확인되는바, 토목공사비 390,600,000원 전액을 필요경비로 인정할 수 있다고 판단된다.
  • 나. 쟁점도로부지 취득가액은 기부채납사실이 확인되지 않으므로 필요경비로 인정할 수 없다. 소득세법 시행규칙제79조 제1항 제4호에 의하면, “토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득 당시 가액을 필요경비로 산입할 수 있다”고 규정하고 있으나, 쟁점도로부지는 국가 또는 지방자치단체에 기부채납된 사실이 없으며, 오히려 ○○시에서 기부채납이 불가하다고 확인하였다. 더욱이 쟁점도로부지는 청구인이 아닌 정AA이 소유하고 있는 토지이므로, 이를 청구인의 양도소득세 필요경비로 인정할 수 없다.
  • 다. 상수도 공사비는 청구인 또는 정AA이 실제 지급한 사실이 확인되지 않으므로 필요경비로 인정할 수 없다. 급수공사수납부 내역을 보면, ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 2015.12.1. 총 9,456,580원을 납부한 사실이 확인되며, 이는 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 2015.9.21. 주곡리 831-13외 9필지(1차 부지)를 취득한 이후이다. 이에 관하여 청구인은 상수도 공사비를 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 대납하고 쟁점토지의 매매대금 중 중도금으로 정산하였다고 주장하나, 이에 대하여 정산에 관한 계약서 변경사실 또는 정산되어 지급한 사실을 확인할 수 있는 금융증빙이 제출되지 않았으므로, 이를 필요경비로 인정할 수 없다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 진출입로부지 취득가액 61백만원을 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 급수공사비 9백만원을 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

  • 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 ([2017.12.19-15225호]로 일부개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  • 가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
  • 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ([2017.12.29-28511호]로 일부개정되기 전의 것)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 3) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】 ([2018.03.21-670호] 일부개정되기 전의 것)

① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법·댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 4) 소득세법 기본통칙 97-0…7【토지에 도로를 신설한 경우에 필요경비 산입요건】

① 토지의 이용편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여하여 양도하는 경우에는 그 도로의 취득가액을 필요경비에 산입한다.

② 제1항의 규정에서 ¨도로¨라 함은 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 도로 신설의 뚜렷한 표시가 될 것(도로부분과 일반토지가 구분될 것)

2. 도로신설이 토지이용의 편익에 공헌할 것

3. 국가 또는 지방자치단체에 대하여 도로 신설의 대가를 받지 아니할 것. 이 경우 도로에 충당된 토지를 국가·지방자치단체에 기부하였는지 혹은 그 토지의 지적공부상의 지목을 변경하였는지의 여부는 불문한다.

  • 다. 사실관계

1. 이 사건 토지에 대한 양도소득세 신고내용 청구인은 이 사건 토지를 공장부지로 개발하여,

  • 가) 2015.9.22. ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈에게 경기 ○○시 ○○읍 ○○리 ***-13 외 9필지 6,463 ㎡를 1,449백만원에 양도하고 취득가액을 실지거래가액 90백만원, 기타 필요경비 609백만원으로 하여 양도차익 750백만원에 대한 양도소득세 245백만원을,
  • 나) 2016.3.3. 소재관에게 같은 리 68-1 689㎡를 124백만원에 양도, 2016.3.14. 안DD 외 2인에게 같은리 49-4 외 1필지 671㎡를 164백만원에 양도하고 취득가액을 환산가액 28백만원으로 하여 양도소득세를 45백만원 신고하였으며,
  • 다) 2017.1.25. ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈에게 쟁점토지를 529백만원에 양도하고 취득가액은 환산가액 41백만원으로, 필요경비를 308천원으로 하여 양도차익 487백만원에 대한 양도소득세 131백만원을 신고하였다. [양도소득세 신고 내용] (단위: ㎡, 천원) 양수인 소재지 양도일 면적 양도가액 취득가액 필요경비 양도차익 비고 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈

○○리 *- ’15.9.22 1,515 342,470 2,292 138,793 201,384

○○리 *- 137 30,969 272 16,836 13,860

○○리 *- 492 111,218 744 45,073 65,400

○○리 *- 1,111 251,144 34 101,781 149,328

○○리 *- 1,230 278,045 62,041 112,683 103,320

○○리 *- 926 207,542 8,334 84,833 114,374

○○리 *- 292 57,348 878 26,750 29,719

○○리 *- 299 58,723 897 27,392 30,434

○○리 *- 293 57,545 14,413 26,750 16,381

○○리 *- 238 54,992 472 28,583 25,936 계 6,533 1,449,996 90,377 609,474 750,136 소재관

○○리 *- ’16.3.3 689 124,800 23,100 195 101,504 안DD외2

○○리 *- ’16.3.14 57 3,365 414 12 2,938

○○리 *- 614 36,635 4,600 134 136,342 계 1,360 164,800 28,114 341 240,784 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈

○○리 *- ’17.1.25 950 476,199 35,953 291 439,954

쟁점

토지

○○리 *- 1,199

• -

• -

○○리 *- 74 53,300 5,448 17 47,834

○○리 *- 43

• -

• -

○○리 *- 70

• -

• - 계 2,336 529,499 41,401 308 487,788

2. 이 건 경정청구 및 이의신청(전심) 결정내용

  • 가) (경정청구) 청구인은 2019.8.5. 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로 하고, 이 사건 토지를 공장용지로 개발하기 위해 정AA이 지출한 토목공사비 등 자본적 지출액 합계 872백만원 중 쟁점토지 관련 272백만원을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여 2017년 과세연도 양도소득세를 경정하여 달라는 내용의 이 건 경정청구를 제기하였으나, 2019.9.25. 경정청구가 거부되었다.
  • 나) (이의신청) 청구인은 이에 불복하여 처분청에 이의신청을 제기하였고, 이의신청에서 “정AA이 지출한 비용 중 공장설립 세금공과 42백만원, 토목공사비 472백만원 중 320백만원, 토목설계비 44백만원 중 9백만원은 실제 지급한 사실이 확인되므로 그 중 쟁점토지에 해당하는 비용을 청구인의 자본적 지출액으로 보아 필요경비로 인정하라”는 일부인용 결정(이의-동대문 2019-23, 2020.2.25.)을 받았다. 이에 따라 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 3백만원, 기타 필요경비를 123백만원으로 하여 양도소득세 27백만원을 환급한다는 결정을 하였다. [쟁점토지 관련 당초 양도소득세 신고 및 경정내역] (단위: 천원) 구 분 당초신고 경정청구 경정결정 (이의신청) 비 고 양도가액 529,499 529,500 529,500 취득가액 41,401 3,311 3,311 필요경비 308 272,172 123,480 이의신청 일부인용 양도차익 487,788 254,016 409,330 장기보유특별공제 143,341 74,677 122,799 양도소득금액 344,448 179,339 286,531 산출세액 131,616 57,384 104,284 기납부세액 131,616 131,616 고지세액 (납부할세액) 131,616 -74,232 -27,332

3. 청구인이 쟁점토지의 필요경비로 주장하는 금액 청구인은 이 건 심사청구 시 ⒜ 토목공사비 75백만원과 ⒝ 쟁점 도로부지 취득가액 61백만원, ⒞ 급수공사비 9백만을 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 인정하여 달라고 주장한다.

• ⒜ 토목공사비 75백만원의 경우, 청구인은 경정청구 및 이의신청 시 전체 토목공사 도급금액을 472백만원으로 주장하였고, 이의신청 결과 그 중 320백만원이 필요경비로 인정되었는데, 청구인은 이의신청 이후인 2020.3.13. 수급인과 사이에 공사 도급금액을 390백만원으로 감액하기로 최종 합의함에 따라 나머지 미지급금액 70백만원을 모두 지급하였으므로 이를 추가적인 필요경비로 인정하여 달라고 주장하며 관련 영수증, 금융증빙(통장 거래내역 사본)을 제시하였다. 처분청은 청구인이 제시한 증빙을 검토한 결과 전체 토목 공사비 390백만원의 실제 지급사실이 확인되므로, 그 중 쟁점토지에 안분된 비용을 쟁점토지의 필요경비로 인정한다는 내용으로 의견서를 제출하였다. 따라서 이 건 심사청구의 쟁점은 ⒝ 쟁점 도로부지 취득가액 61백만원, ⒞ 급수공사비 9백만원을 쟁점토지 관련 필요경비로 인정할 수 있는지 여부이다. [쟁점토지의 필요경비에 대한 청구주장] (단위: 천원) 번호 항 목 전체비용 쟁점토지 관련 (경정청구) 쟁점토지 관련 (심사청구) 비 고 1 공장설립 세금공과 143,083 42,006 42,006 처분청 인정 (기 반영) 2 토목공사비 472,450 157,450 75,600 처분청 인정 3 토목설계비 44,000 15,000

• 4 도로부지 173,148 57,716 61,716 심사쟁점① 5 측량비 등 40,168

• - 소 계 872,849 272,172 179,322 9 급수공사비 (이의신청 시 추가주장) 9,456 9,456 9,456 심사쟁점② 합 계 882,307 281,628 188,778

4. 청구인과 정AA의 관계 및 쟁점토지의 개발 경위

  • 가) 당초 매매계약 체결(’14.6월) 정AA은 1994년경부터 계속하여 음식점 영업을 해오던 자로, 김BB 및 양CC의 제안으로 이 사건 토지를 매입하여 공장용지로 개발한 후 양도하기로 하고, 김BB, 양CC와 함께 2014.6.2. 청구인으로부터 이 사건 토지를 1,158백만원에 매수하는 계약을 체결하였다.
  • 나) 동업계약서 작성(’15.2월) 그러나 그 후 개발행위 전반을 주도하던 김BB와 양CC가 개인적 사정으로 매수자의 지위에서 이탈하게 됨에 따라 토지 개발사업이 난항에 빠졌고, 공동사업 협약서(2015.2.3.) 분담수행 방식에 의한 부동산(토지)의 개발 및 매매를 위해 토지 소유자 청구인을 “갑”으로, 개발업자 정AA을 “을”로 하여 다음 사항을 약정한다. 제1조(목적) 이 협약서는 갑과 을이 각각 재화 또는 용역을 제공하여 부동산의 개발과 판매를 공동으로 수행하여 사업의 수익률을 제고함에 있다. 제2조(사업내용)

1. 사업명: 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 공장부지 조성 및 판매

2. 소재지: ○○시 ○○읍 ○○리 50-1 외 4필지 제3조(업무의 분담 및 의무) 당해 사업의 목적을 달성하기 위해 다음과 같이 역할을 분담한다.

1. 갑은 토지를 제공한다.

2. 을은 공장부지 조성을 위한 일체의 개발행위(각종 인허가, 설계, 감리, 토목공사, 준공검사 등)와 이에 부수되는 경비를 책임진다.

3. 을은 공사를 위한 진입도로를 확보한다. 제4조(양도소득세) 갑과 을이 수익과 비용을 정산한 후 각자의 이익의 배분비율에 따라 부담한다. 제5조(권리의무의 양도) 갑과을은 이 약정에 의한 권리와 의무를 제3자에게 양도할 수 없다. 다만 을의 경우 개발행위의 일부를 제3자에게 도급 줄 수 있다. 제6조(신의성실) 갑과 을은 상호 신의로서 협력하되 이 약정서에 명시되지 않은 사항은 상관습에 의한다. 이에 청구인과 정AA은 이 사건 토지의 개발행위를 완료하기 위하여 아래와 같이 공동사업 협약서를 작성하였는데, 그 내용은 “청구인이 이 사건 토지를 제공하고, 정AA은 공장부지 조성을 위한 개발행위 및 이에 부수되는 경비를 책임지기로 하되, 양도소득세는 수익과 비용을 정산한 후 각자의 이익 배분비율에 따라 부담”하기로 하는 것이었다.

  • 다) 수원지방법원 조정조서(2017가합1182 동업정산금) 정AA은 청구인을 상대로 수원지방법원에 동업정산금 지급청구소송을 제기하여, “청구인은 이 사건 토지를 제공한 대가로 받기로 한 대금 1,158백만원인데, 정AA이 공동사업협약에 따라 이사건 토지의 개발행위를 완료하여 2014.6월경부터 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈ 등에게 매도하였고, 그 매매대금으로 청구인이 1,546백만원을 입금받았으므로, 입금받은 금원 중 388백만원(1,546백만원-청구인 귀속분 1,158백만원)을 정AA에게 반환하라”고 주장하였으며, 수원지방법원 조정조서(’19.7.9.) 사건 2017가합**** 동업정산금 원고 정AA 피고 청구인(청구인) 다음과 같이 조정성립 조정조항

1. 피고는 원고에게 160,000,000원을 2019.7.31.까지 지급하되, 만일 이를 지체하는 경우에는 미지급금원에 대하여 지급기일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 가산하여 지급한다.

2. 원고는 피고 소유 부동산에 대하여 부동산가압류신청(수원지방법원 2017카단 200099)을 취하하고, 그 집행을 해제하며, 피고가 수원지방법원 2017년 금제2659호로 공탁한 해방공탁금을 반환받음에 동의한다.

3. 피고는 원고와 협조하여 ○○시 ○○읍 ○○리 토지 관련 양도세 환급신청 및 환급절차를 이행하고, 환급되는 양도세는 전액 원고에게 지급하되, 환급신청에 필요한 관련서류는 원고가 그 책임하에 피고에게 제공한다.

4. 원고는 나머지 청구를 포기한다. 수원지방법원에서 아래와 같이 2019.7.9. 조정조서가 성립되었다.

  • 라) 청구인에 대한 횡령죄 형사판결 한편 위 조정조서 외에, 청구인은 이 건과 관련하여 서울북부지방법원(2018노*** 횡령, 2018.12.20.)에서 유죄판결을 선고받았는데, 판결문에 의하면 “청구인이 매수인들로부터 교부받은 매매대금은 동업재산의 처분으로 얻은 대금에 해당한다. 동업자의 한 사람이 동업재산을 보관 중 임의로 횡령하였다면 지분비율에 관계없이 임의로 횡령한 금액 전부에 대하여 횡령죄의 죄책을 부담한다”는 이유로 횡령죄가 인정되었다.
  • 마) 이의신청 결정문 청구인은 이 건 경정청구거부처분에 대한 이의신청 시, “청구인과 정AA이 토지를 공동으로 양도한 것으로 보아 공동양도자별로 각각 양도가액과 소득금액을 구분하여 계산하는 것이 타당하다”고 주장하였으나, 이의신청 결과 청구인과 정AA이 개발행위 공동사업을 한 것으로 볼 수 없고, 청구인이 자신의 소유 토지를 공장용지로 개발할 목적으로 정AA에게 공장용지 조성공사를 위탁한 것으로 보았다. 청구인과 정AA이 공동양도자에 해당하지 않고, 쟁점토지의 양도소득이 청구인에게 귀속된 것이라는 점에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. [이의 동대문 2019-**, 2020.2.25.] 이 사건 토지의 등기사항전부증명서를 열람한 결과 이 사건 토지는 청구인 단독 소유로 등재되어 있는 점, 이 사건 토지의 양도와 관련하여 청구인이 양도소득세를 신고·납부한 사실이 국세청 대내포탈시스템을 통하여 확인되는 점, 신청인과 정AA이 2015.2.3. 작성한 공동사업협약서 제4조(양도소득세)를 보면 “신청인과 정AA이 수익과 비용을 정산한 후 각자의 이익의 배분비율에 따라 부담한다” 라고만 기재되어 있을 뿐 손익분배비율에 대한 어떠한 구체적인 내용을 확인할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때 공동사업 협약서는 형식에 불과하고 실질은 청구인이 이 사건 토지를 공장용지로 개발할 목적으로 정AA에게 공장용지 조성공사를 위탁한 것으로 보는 것이 합리적이라고 할 것이다. 따라서 청구인과 정AA이 이 사건 토지를 공동으로 양도한 것으로 보아 공동 양도자별로 각각 양도가액과 소득금액을 구분하여 계산하는 것이 타당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.
  • 바) 개발행위준공 검사필증

○○시장이 발급한 개발행위준공 검사필증에 의하면, 2016.5.10. ○○시 ○○읍 ○○리 50-1외 6필지 (㈜◈◈◈◈◈◈◈◈에게 2015년경 1차 양도한 토지) 및 2018.4.25. 쟁점토지의 공장부지 조성을 완료한 것으로 확인된다.

5. 쟁점 도로부지 취득가액 관련 청구인 제출 증빙

  • 가) 매매계약서 및 취등록세 등 영수증 청구인은 공장용지 진출입로 개설을 위해 2014.6.6. 최FF으로부터 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 68-14 임야 166㎡ 외 2필지를 144백만원, 2015.10.23. 이GG으로부터 같은 리 68-17 임야 41㎡를 24백만원, 합계 169백만원에 매입하였으며, 관련 취득 부대비용(취등록세 및 법무사 수수료 등) 8백만원을 지출하였다고 주장하며 관련 매매계약서 및 영수증을 제시하였다. 따라서 청구인은 쟁점 도로부지의 취득가액 합계액은 177백만원이며, 쟁점토지에 안분한 비용 61백만원을 필요경비로 인정하여 달라고 주장한다. [쟁점도로부지 매입내역] (단위: ㎡, 천원) 소재지 지목 면적 등기일 취득가액 소유자 비 고

○○리 - 임야 166 ’15.10.27. 144,000 정AA

○○리 - 임야 66 ’15.10.27. 정AA

○○리 - 전 6,341분의6

• 최FF 등기 미이전

○○리 - 임야 41 ’15.10.27. 24,800 정AA 계 279 168,800

  • 나) 개발행위허가운영지침(국토해양부 훈령) 청구인은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 및 국토해양부 훈령 규정에 따라 이 사건 토지의 개발행위 허가를 받기 위해서는 진입도로의 폭이 6m이상이어야 하는데, 기존의 국가(농수산부) 소유의 도로는 폭이 4m였기 때문에 부지를 취득하여 도로를 확장할 필요성이 있었다고 주장한다. 국토교통부 훈령 제524호 개발행위허가 운영지침 1-1-1. 이 지침은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제56조 제4항에 따라 개발행위 허가의 대상·절차·기준 등에 대한 사항을 제시하여 개발행위허가제의 원활한 운영을 도모함을 목적으로 한다. 3-3-2-1 도로

(1) 진입도로는 도시·군계획도로 또는 시·군도, 농어촌도로에 접속하는 것을 원칙으로 하며, 위 도로에 접속되지 아니한 경우 (2) 및 (3)의 기준에 따라 진입도로를 개설해야 한다.

(2) (1)에 따라 개설(도로확장 포함)하고자 하는 진입도로의 폭은 개발규모가 5천㎡이상 3만㎡미만은 6m 이상, 3만㎡이상은 8m이상으로서 개발행위 규모에 따른 교통량을 고려하여 적정 폭을 확보하여야 한다.

  • 다) ○○시 개발행위 허가통보서

(1) ○○시장의 공문에 의하면, 공장부지 진출입도로 부지조성을 위한 개발행위 허가를 받은 사실이 확인된다. (공문 첨부)

(2) ○○시장의 개발행위허가통보서에 첨부된 허가조건에는, 쟁점도로부지 일부가 개발행위 편입토지로 허가 받은 사실과 ‘허가지 내 현황도로 및 도로부지를 공공용으로 사용될 수 있도록 지번 분할 및 지목변경을 하여야 한다’는 조건이 부가된 내용이 확인된다. 쟁점도로부지에 대한 등기부등본을 열람한 결과, 청구인은 위 허가내역의 내용과 같이 쟁점도로부지를 지번분할 한 후 지목을 도로로 변경한 사실이 확인된다. (개발행위허가통보서 첨부)

  • 라) 지적도 및 현황 사진 (사진 첨부)
  • 마) 기부채납 가능여부에 대한 ○○시장의 회신 내용 청구인은 쟁점도로부지를 ○○시에 기부채납하기 위해 ○○시 도로관리과에 질의회신을 하였으나, ○○시로 관리전환 및 기부채납이 불가하다는 회신을 받은 것으로 확인된다. (공문 첨부)
  • 바) 쟁점도로부지의 지목변경 가능여부에 대한 ○○시장 회신 내용 청구인의 세무대리인은 ○○시장에 ① 쟁점 도로부지의 기부채납이 불가능하다면 타인에게 매도할 수 있는지 여부 및 ② 쟁점 도로 부지를 도로 외 다른 용도로 지목변경 가능한지 여부를 질의하였는바, 이에 대하여 ○○시장(허가민원과, 토지정보과)으로부터 2020.7.28. “① 사인간 매매 가능여부는 법에 규정된 사항이 없음 ② 쟁점 도로부지는 현재 개발행위 준공을 득하여 도로로 지목변경된 토지로, 현재로서는 지목변경이 불가하다”는 내용의 답변을 회신받은 사실이 확인되며, 따라서 청구인은 쟁점 도로부지는 사실상 양도나 지목변경이 불가하여 경제적 가치가 “0”원임을 주장한다.

6. 급수공사비 관련 청구인 제출증빙 가) 급수공사 수납부 청구인이 제출한 급수공사 수납내역에 의하면, 2015.12.1. 및 2015.12.2. 쟁점토지 매수인인 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 급수공사비 9백만원을 수도사업소에 납부한 내역이 확인된다. (단위: 천원) 계 설계 수수료 공사재료 검사수수료 원인자 부담금 공사비 관급 자재대 준공검사 수수료 영수 년월일 신청인 9,456 86 12 448 8,646 252 6 ’15.12.1. ’15.12.2. ㈜조은 그라스

  • 나) ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈와의 매매계약서 2016.12.20.자 청구인과 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈ 사이에 작성된 쟁점토지의 매매계약서에는, 청구인이 매매대금 529백만원 중 계약금 30백만원을 계약당시에, 중도금 52백만원을 2017.1.25.까지 지급받기로 한 사실이 나타난다. 청구인은 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 청구인을 대신하여 급수공사비 9백만원을 납부한 후 위 매매 중도금과 정산하였다고 주장하나, 계약서에는 위와 같은 정산내용은 포함되어 있지 않다. (매매계약서 첨부)
  • 다) ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈ 확인서(’18.3.15.) 매수인 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈는 급수공사비를 대납한 후 쟁점토지의 매매 중도금과 정산하였다고 확인서를 작성하였다. 위 확인서 이외에 급수공사비와 중도금을 상계한 사실을 확인할 수 있는 영수증, 급수공사비가 제외된 중도금의 지급증빙 등은 제출되지 않았다. (확인서 첨부)
  • 라. 판단

1. 쟁점①에 대한 판단

  • 가) 관련법리 “국가 또는 지방자치단체에 무상으로 공여한 경우”라고 하는 것은 반드시 그 도로의 소유권을 국가 또는 지방단치자체에 무상으로 이전한 경우만을 가리키는 것이 아니라, 국가 또는 지방자치단체로 하여금 그 도로를 공공용물로서 일반공중의 공동생활에 무상으로 제공하게 할 수 있도록 한 경우까지 가리키는 것이라고 보아야 하므로, 국가 또는 지방자치단체가 그 도로를 일반공중의 공동사용에 제공하지 않았다 하더라도 사실상 양도토지 내의 도로로 신설제공되어 일반공중이 무상으로 이를 공동사용할 수 있게 되고 그로 인하여 소유권자가 그 경제적 가치를 상실하게 된 경우라면, 그 도로 부분 토지의 가액은 소득세법 시행령 제163조 제3항 제4호 및 소득세법 시행규칙 제79조 제1항 제6호 의 토지의 가액과 “유사한 비용”으로서 양도자산의 필요경비에 해당하는 한다(대법원86누 779, 1998.12.13. 판결 참조).
  • 나) 쟁점도로부지의 취득가액이 필요경비에 해당하는지 여부 이상의 사실관계, 관련 법리 및 아래와 같은 사정을 종합하여 살피건대, 쟁점도로부지의 취득가액은 쟁점토지의 필요경비에 해당한다고 판단된다.

① 정AA은 청구인으로부터 이 사건 토지의 공장용지 개발행위를 위탁받아 진행하던 중 국토부 훈령(개발행위 허가 운영지침)상 개발행위의 규모가 5천㎡이상 3만㎡미만인 경우 진입도로의 폭을 6m이상 확보하여야 한다는 지침에 따라 진입도로의 조성을 위해 쟁점도로부지를 매입하였고, 공장부지진출입도로부지조성을 위한 허가를 받고 공사를 완료하였으며, 쟁점도로부지를 분할하여 도로를 지목으로 변경한 사실이 확인된다.

② 쟁점도로부지는 국가 또는 지방자치단체에 기부채납되지는 않았으나, 공부상 지목 및 사실상 현황이 도로로서 일반공중이 무상으로 이용할 수 있도록 제공되고 있다.

③ 청구인은 ○○시로부터 토지의 형질변경 등 공사가 준공되는 경우가 아닌 이상 지목 변경은 불가하고, 쟁점도로부지가 개인사유도로로서 ○○시에 대한 기부채납이 불가함을 통보받았고, 쟁점도로부지의 면적, 현황 등을 고려할 때 사실상 경제적 가치가 없는 것으로 보인다.

④ 쟁점도로부지는 쟁점토지와는 지리적으로 떨어져 있으나 쟁점토지의 진출입도로로 활용되어 쟁점토지의 이용 편의를 증대시키고 있고, 쟁점 도로부지의 취득 없이는 공장부지 조성을 위한 개발행위 허가를 받을 수 없었던 상황을 고려하면 쟁점 도로부지의 가액은 소득세법 시행규칙제79조 제1항 제6호의 ‘도로로 된 토지의 취득당시 가액과 유사한 비용’으로 인정할 수 있다. 따라서 쟁점도로부지의 취득가액 중 쟁점토지에 해당하는 비용은 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 인정함이 타당하고, 이와 달리 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대한 판단

  • 가) 관련 법리 소득세법 제97조, 동 시행령 제163조에서는 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비에 관하여 정하며 그 중 자본적 지출액으로서 양도자산의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용은 필요경비에 산입 할 수 있다고 규정하고 있다. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조).
  • 나) 급수공사비가 필요경비에 해당하는지 여부 이상의 사실관계 및 관련 법리 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 급수공사비를 양수인인 ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈가 2015.12.1. 청구인 대신 납부한 후 쟁점토지의 매매 중도금에서 정산하였다고 주장하나, ㈜◈◈◈◈◈◈◈◈의 확인서 이외에는 매매대금과 정산하였다는 점을 확인할 수 있는 객관적 증빙이 제시되지 않은 점, 2016.12.20. 작성된 쟁점토지에 관한 매매계약서에도 매매중도금과 정산하기로 하는 내용이 나타나지 않은 점에 비추어 볼 때 청구인의 주장은 믿기 어려운 것으로 보인다. 따라서 급수공사비는 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 인정할 수 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인은 정AA이 지출한 토지개발비용 872,851,000원 중 600,478,700원을 2015.9.21. ㈜◈◈ ◈◈◈◈◈◈에 양도한 ○○리 ***-13 외 9필지에 대한 양도소득세 기타 필요경비로 신고하였으며, 나머지 272,172,300원을 이 건 양도소득세 경정청구 시 쟁점토지의 기타 필요경비로 주장함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)