이 건 경정청구한 내용이 처분청의 조사경정한 과세표준과 세액이 아니라 당초 신고분에 대한 것이므로 적법한 청구임

○○ 세무서장이 2020.2.14. 청구인에게 한 2017년 과세연도 양도소득세 60,112,966원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은

○○

○○ 시

○○ 구

○○ 동 220-1 토지 240.62㎡ 중 146.25㎡는 주택의 부수토지로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

• 가. 청구인(1942년생, 男)은 2017.11.9. 다음 <표1>과 같이

○○

○○ 시

○○ 구

○○ 동 218 전 811.25㎡ 등 6건의 부동산(이하 “수용부동산”이라 한다) 및 지장물을 수용으로 ‘甲사업자㈜’에게 합계 3,289,722,280원에 양도하였다. <표1> 청구인이 수용으로 양도한 부동산 등 명세

• 나. 청구인은 위 <표1>의 수용부동산 중 ① 2․3번 부동산에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하고, ② 6번 부동산은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에서 규정하고 있는 8년 이상 자경한 농지로 하여 양도소득세 감면(감면세액: 100,000,000원)을 적용하였으며, ③ 7번 잔디, 수목 등 지장물 보상액 46,898,000원을 양도가액에서 제외하여 2018.1.30. 2017년 과세연도 양도소득세 419,018,103원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 2018.8.6.부터 2018.8.25.까지 청구인의 수용부동산 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 ① 청구인이 양도소득세 신고시 양도가액에서 제외한 위 <표1>의 7번 보상가액 중 동산 등의 가액을 제외한 42,224,000원을 양도가액에 포함하고, ② 6번 부동산은 감면대상 자경농지가 아니라고 조사한 내용으로 2018.8.31. 세무조사 결과통지하고, 과세전적부심사를 거쳐 2018.11.27. 청구인에게 2017년 과세연도 양도소득세 42,932,553원(농어촌특별세 15,366,284원 별도)을 경정․고지하였다.
• 라. 한편, 청구인은 2019.12.17. 처분청에 위 <표1>의 수용부동산 중 1번 부동산 전 811.25㎡ 중 수용 당시 실제 관상수, 과수가 식재되어 있어 영농손실 보상을 받은 215㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 8년 이상 자경한 농지이고, ② 4번 부동산 전 240.62㎡ 중 146.25㎡(이하 “쟁점② 토지라 한다)는 1세대 1주택 비과세로 인정된 주택의 앞마당이어서 주택의 부수토지에 해당한다고 하여 양도소득세 59,083,965원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.2.14. 거부하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2020.4.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가.(쟁점①) 처분청은 이 건 경정청구는 수용부동산에 대한 양도소득세 경정처분이 있은 후 90일이 경과하여 제기하였으므로 부적법한 청구라는 의견이나, 쟁점①토지가 자경농지라는 주장과 쟁점②토지가 비과세되는 주택의 부수토지라는 주장은 양도소득세 조사로 경정결정한 내용과 상관이 없는 신고사항에 대한 적법한 경정청구이다.

1. 청구인이 양도한 수용부동산에 대하여 처분청이 2018.8.6.부터 2018.8.25.까지 양도소득세를 조사하였고, 조사결과에 대하여 청구인이 2018.9.21. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였으나 2018.11.15. ‘불채택’결정을 받은 것은 사실이다. 그러나 이 건 경정청구는 처분청의 조사로 경정된 사항이 아닌 당초 신고한 내용 중 잘못된 내용에 대한 청구이므로 적법한 청구이다.

2. 한편, 국세기본법 제79조 【불고불리․불이익변경금지】규정은 이의신청, 심사청구, 심판청구 사건에는 적용할 수 있으나, 청구인이 제기한 사전적 권리구제제도인 과세전적부심사에는 적용될 수 없다(국심2007서4030, 2008.6.26.). 따라서 이 건 경정청구를 과거 처분청의 수용부동산에 대한 양도소득세 조사결과통지에 대하여 과세전적부심사를 하였다 하여, 처분청이 불복청구기간(고지처분을 받은 날로부터 90일 이내)을 경과하여 제기된 것이라 보아 부적법한 청구라는 의견은 법리를 잘못 이해하고 있는 것이다.

3. 과세전적부심사청구시 쟁점①․②토지의 자경감면과 주택부수토지 비과세 사항을 추가 보완하여 제출 준비 중 당시 조사담당 직원이 ○○동 220-2번지 8년 자경농지 감면과 수목 보상금에 대한 과세 여부 외에 쟁점사항은 과세전적부심사청구서에서 제외하라고 하여 기재하지 않았을 뿐 청구를 포기하거나 청구주장을 철회한 사실이 없다. 나.(쟁점②) 청구인이 쟁점①토지를 8년 이상 자경한 농지이므로 양도소득세 감면대상이고, 쟁점②토지는 1세대 1주택의 부수토지이므로 비과세되어야 한다.

1. (쟁점①토지) 청구인은 1995.1.11. <표1> 3번 부동산(주택)을 신축하여 배우자 등 가족과 같이 2017년 수용 당시까지 20년 이상 실제 거주하였고, 단지 주민등록상 주소지가 ◎◎ ◎◎구 ◎◎동 32-8 AAA아파트 등 UU로 되어 있었던 기간이 있으나, 주민등록상 주소지에서 쟁점①토지(1번 부동산의 일부)와의 거리도 30Km 이내였다. 청구인은 2017년 수용된 주택에 연접한 쟁점①토지를 1998.7.26. 취득하여 자경하였는바, 쟁점①토지가 버섯을 재배하는 비닐하우스 및 농지라는 사실은 지장물 보상현황 및 사진상으로 확인되며, 청구인이 자경한 사실은 ○○농협에서 분무기, 종자, 유기질 비료 등 농자재 구입내역과 인근 주민이 확인해 준 자경사실확인서, 생산한 농작물을 무상으로 공급받은 사실을 확인하고 있는 ‘식자재 무상공급확인서’ 등에 의하여 진실된 사실을 적극적으로 입증하여 확인됨에도 불분명하다고 판단하는 이유를 알 수가 없다.

2. (쟁점②토지) 수용부동산 중 처분청으로부터 1세대 1주택 비과세로 인정받은 주택(<표1> 3번)의 부수토지는 <표1>의 2번 부동산뿐만 아니라 4번 부동산 240.62㎡ 중 일부인 쟁점②토지도 해당된다. 쟁점②토지는 주택의 한 울타리 내에 위치한 토지로서 주택의 부수토지인 사실은 토지이용확인서, 국토지리원의 연도별 항공사진을 판독한 ㈜甲지리원의 판독내용을 통하여 사실상 현황이 명백히 확인되나 불분명하여 공부상 전으로 판단한 것은 사실을 왜곡한 것이다.

가.(쟁점①) 처분청이 수용부동산에 대한 양도소득세 경정처분이 있은 후 90일이 경과하여 제기한 이 건 경정청구는 부적법하다.

1. 처분청은 청구인이 양도한 수용부동산에 대하여 양도소득세를 조사하고 조사한 내용은 과세전적부심사를 거쳐 경정결정하였는바, 이때의 경정결정은 쟁점①․②토지에 대한 현황을 포함하여 청구인이 양도한 물건 전부를 조사한 결과에 따른 경정결정이었다.

• 가) 경정청구는 과세표준신고서를 법정기한까지 제출한 자가 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있다. 다만, 경정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정청구를 할 수 있을 뿐이나, 이 건 경정청구는 처분청의 경정결정일(2018.11.27.)로부터 90일을 한참 지난 2019.12.17.에야 제기되었기 때문에 부적법하다.
• 나) 처분청은 조사 당시 수용부동산 중 자경감면을 신고한 ○○동 220-2전(田)뿐만 아니라 나머지 지목이 전(田)인 토지 ○○동 218(쟁점①토지가 포함되어 있음), 220-1(쟁점②토지가 포함되어 있음) 토지에 대한 자경여부를 모두 조사하여 자경하지 아니한 것으로 보았고, ○○동 220-1가 주택의 부수토지가 아닌 것으로 보았다. 이 같은 사실은 조사 후 청구인이 제기한 적부심사청구에 대한 처분청 의견서를 보면 이렇게 조사한 내용이 언급되어 있다. 세무조사 결과, 이 건 경정청구와 관련된 토지때문에 증가된 과세표준 및 세액이 없는 것은 사실이나 이는 청구인이 당초 신고시 쟁점①토지를 자경감면으로, 쟁점②토지를 주택의 부수토지로 신고하지 않았기 때문이다. 그러나 처분청은 조사 당시부터 청구주장 전부에 대하여 모두 조사한 이후 경정결정하였었다.

2. 한편, 청구인은 처분청의 양도소득세 조사결과에 대하여 과세전적부심사를 청구하면서 쟁점①토지가 자경농지, 쟁점②토지가 주택부수토지라고 주장하였다가 스스로 철회한 사실이 있다. 그러함에도 다시 이 같은 주장을 되풀이하면서 이 건 경정청구를 한 이유를 알 수 없다. 나.(쟁점②) 설령, 이 건 경정청구가 적법한 청구라고 하더라도 청구인은 쟁점①토지를 8년 이상 자경한 농지이고, 쟁점②토지는 비과세 처리된 1세대 1주택의 부수토지라는 청구주장은 이유가 없다.

1. (쟁점①토지) 청구인은 쟁점①토지가 8년 이상 자경한 농지라고 주장하나 이러한 주장을 받아들이기는 어렵다. 청구인은 공유지분으로 보유하고 있었던 쟁점①토지가 자경한 농지라는 주장은 처분청의 조사 당시, 과세전적부심사 청구에서도 주장한 내용이다. 그러나 청구인이 제시한 증빙으로 쟁점①토지가 농지인지, 청구인이 8년 이상 자경하였지 불분명하여 자경 감면대상으로 볼 수 없다고 판단하였었다. 다시 이 건 경정청구하면서 새로운 증빙 없이 쟁점①토지를 자경하였다고 주장하고 있으나 이를 인정하기는 어렵다.

2. (쟁점②토지) 1세대 1주택 비과세로 인정받은 주택(<표1> 3번) 및 부수토지(<표1>의 2번)와 아울러 쟁점②토지 역시 주택의 부수토지라고 주장하나, 쟁점②토지의 사실상 현황이 불분명하므로 공부상 현황으로 판단하여야 하고, 공부상 쟁점②토지는 전(田)이므로 주택의 부수토지라고 인정하기는 어렵다.

• 가. 쟁점

① 처분청의 조사경정처분이 있은 후 90일이 경과하여 제기한 이 건 경정청구가 부적법한 청구인지 여부

② 쟁점①토지가 자경감면 대상이며, 쟁점②토지는 주택의 부수토지라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부 개정된 것)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 2) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2017.1.10. 대통령령 제27771호로 일부 개정된 것)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(단서 생략)

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 2-2) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】(2017.3.10. 기획재정부령 제606호로 일부 개정된 것)

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것.(후단 생략)

• 가. 전자정부법 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인.
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 3) 농지법 제2조 【정의】 (2016.5.29. 법률 제14209호로 일부 개정된 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.
• 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지 3-1) 농지법 시행령 제2조 【농지의 범위】 (2016.11.29. 대통령령 제27628호로 일부 개정된 것)

① 농지법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호 가목 본문에 따른 다년생식물 재배지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지로 한다.

1. 목초ㆍ종묘ㆍ인삼ㆍ약초ㆍ잔디 및 조림용 묘목

2. 과수ㆍ뽕나무ㆍ유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식물

3. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다)

③ 법 제2조 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다.

1. 법 제2조 제1호 가목의 토지의 개량시설로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

• 가. 유지(溜池), 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방
• 나. 그 밖에 농지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 시설

2. 법 제2조 제1호 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 농작물 경작지 또는 제1항 각 호의 다년생식물의 재배지에 설치한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

• 가. 고정식온실ㆍ버섯재배사 및 비닐하우스와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설
• 나. 축사ㆍ곤충사육사와 농림축산식품부령으로 정하는 그 부속시설
• 다. 간이퇴비장
• 라. 농막ㆍ간이저온저장고 및 간이액비저장조 중 농림축산식품부령으로 정하는 시설 4) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 (2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정된 것)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 4-1) 소득세법 시행령 (2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부 개정된 것) 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

⑦ 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "지역별로 대통령령으로 정하는 배율"이란 다음의 배율을 말한다.

1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역 내의 토지: 5배

2. 그 밖의 토지: 10배 제168조의7 【토지지목의 판정 】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 4-2) 소득세법 시행규칙 제71조 【1세대1주택의 범위】 (2017.3.10. 기획재정부령 제604호로 일부개정한 것)

① 영 제154조 제1항 본문에서 규정하는 보유기간의 확인은 당해주택의 등기부등본 또는 토지·건축물대장등본등에 의한다. ※ 소득세법 기본통칙 89-154…7 【2필지로 된 주택에 부수되는 토지의 범위】 지적공부상 지번이 상이한 2필지의 토지 위에 주택이 있는 경우에도 한 울타리 안에 있고 1세대가 거주용으로 사용하는 때에는 주택과 이에 부수되는 토지로 본다. 5) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 공공주택 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 부칙 <제14390호,2016.12.20.> 제53조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 사업인정 고시가 된 사업지역의 사업시행자에게 2017년 12월 31일까지 사업지역 내 토지등을 양도한 경우는 제77조제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 청구인이 2017년 수용으로 부동산을 양도한 내역

(1) 청구인은 2017.11.9. 다음 <표2>과 같이 GG RR시 HH구 ○○동 218 전 811.25㎡ 등 6건의 수용부동산 및 지장물을 ‘RR ○○동․제1공단 결합 도시개발구역’사업(RR시 고시 제2015-177호, 사업인정고시일 2015.9.17.)에 따라 ‘甲사업자㈜’에게 합계 3,289,722,280원에 수용․양도하였다. 청구인이 양도한 수용부동산 중 주택(1995.1.11 청구인 단독으로 보존등기)을 제외한 토지는 모두 1988.7.26. 공유지분(당초 청구인, 손모모, 강모모가 공동취득하였다가 2015.3.27. 공유물 분할로 청구인과 손모모의 공동소유로 변경되었다)으로 취득하였다. 이 건 경정청구를 하면서 자경감면 대상 농지라고 주장하는 쟁점①토지 215㎡는 1번 부동산 811.25㎡ 중 일부이며, 1세대 1주택 비과세로 인정받은 주택의 부수토지라고 주장하는 쟁점②토지 146.25㎡는 4번 부동산 240.62㎡ 중 일부이다. <표2> 수용부동산 중 경정청구한 부동산의 내역 (단위: ㎡, 원) 번호 부동산 소재지 공부상 지목 실제다 지목 수용된 면적 경정청구한 내용 1 GG RR시 HH구 ○○동 218 전 전 811.25 215㎡(쟁점①토지)는 자경감면 대상 2 GG RR시 HH구 ○○동 219-1 대 대 640.75 3 GG RR시 HH구 ○○동 219-1 주택 주택 228.94 4 GG RR시 HH구 ○○동 220-1 전 전 240.62 146.25㎡(쟁점②토지)는 주택의 부수토지 5 GG RR시 HH구 ○○동 220-2 답 도로 82.5 6 GG RR시 HH구 ○○동 220-2 답 전 481.25

(2) 국세통합시스템 국세공간정보(GIS자료)로 확인되는 수용부동산의 항공사진(2016년)과 지적도는 다음과 같다. * 음영이 있는 곳이 쟁점①토지(218번지), 쟁점②토지(220-1번지)가 소재하고 있는 곳임

• 나) 수용부동산에 대한 양도소득세

(1) (신고) 청구인은 <표1>의 수용부동산 중 ① 2․3번 부동산은 1세대 1주택 비과세를 적용하고, ② 6번 부동산은 조특법 제69조에서 규정하고 있는 8년 이상 자경한 농지로 하여 양도소득세 감면(감면세액: 100,000,000원)을 적용하였으며, ③ 7번 잔디, 수목 등 지장물 보상액 46,898,000원을 양도가액에서 제외하여 양도소득세 419,018,103원을 신고․납부하였다.

(2) (조사경정) 처분청은 청구인이 신고한 내역 중 ① 청구인이 양도가액에서 제외한 지장물 보상가액 46,898,000원 중 동산 등의 가액 4,765,000원을 제외한 42,224,000원을 양도가액에 포함하고, ② 위 <표1>의 6번 부동산은 감면대상 자경농지가 아니며, ③ 수용부동산이 ‘공익사업용 토지 등’의 양도에 해당되어 조특법 제77조에 따라 양도소득세 15%를 감면(감면세액: 76,831,421원)하여, 양도소득세 42,932,553원(농어촌특별세 15,366,284원 별도)을 경정․고지하였다.

(3) (수정신고) 청구인은 두 차례에 걸쳐 수용부동산에 대한 증액된 보상금(90,275,900원, 133,829,020원)을 받고, 이에 대하여 2018.11.30. 및 2019.8.31. 양도소득세를 수정신고하면서 양도소득세 8,875,753원 및 20,516,162원을 추가로 납부하였다.

(4) (경정청구) 청구인은 2019.12.17. 쟁점①토지는 8년 이상 자경한 농지이고, ② 쟁점② 토지는 1세대 1주택 비과세 대상인 주택부수토지에 해당한다고 하여 양도소득세 59,083,965원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. <표3> 수용부동산과 관련한 양도소득세 (단위: 천원) 구분 신고 조사경정 수정신고 경정청구 양도가액 3,242,824 3,283,624 3,466,929 3,466,929 양도소득금액 1,310,079 1,342,512 1,428,854 1,326,203 (자경감면소득) 451,834 155,200 과세표준 1,559,391 1,591,823 1,678,166 1,575,515 산출세액 594,356 607,329 641,866 600,806 감면세액 100,000 76,831 81,976 100,000 가산세 6,791 6,791 6,791 기납부세액 75,338 75,338 75,338 75,338 납부할 세액 419,018 461,951 491,343 432,259 증감 세액 42,933 (조사고지) 29,392 (수정신고) △59,084 (경정청구)

• 다) 쟁점①토지가 자경감면인지 여부와 관련하여 다툼이 없는 사실

(1) 청구인이 쟁점①토지를 1998.7.25. 매매를 원인으로 취득하여 1998.7.26. 취득등기를 하였고, 2017.11.9. 수용으로 양도하였기 때문에 청구인이 8년 이상 보유하였다.

(2) 청구인이 다음 <표4>와 같이 쟁점①토지를 취득한 1988.7.26. 이후 2017.11.9. 양도할 때까지 청구인은 쟁점①토지 소재지 또는 쟁점①토지 소재지에서 직선거리 30Km 이내 지역에 8년 이상 거주하였다. <표4> 청구인의 주민등록상 주소지 변경 내역 거주 기간 주민등록상 주소지 쟁점②토지와의 직선거리(Km) 1987.02.20.〜1989.06.15. UU BB구 BB동 102-39 16.32 1989.06.16.〜1991.05.27. UU FF구 PP동 759-2 14.64 1991.05.280〜1991.10.10. UU TT구 SS동 713-6 14.92 1991.10.11.〜1991.11.15. UU FF구 PP동 759-2 14.64 1991.11.16.〜’92.02.18. UU TT구 SS동 731-6 14.92 1992.02.19.〜1994.09.22. UU FF구 PP동 759-2 14.64 1994.09.23.〜1995.05.18. UU FF구 LL동 32-8 15.64 1995.05.19.〜1997.09.21. UU FF구 LL동 101-8 15.62 1997.09.22.〜2003.02.19. UU FF구 PP동 1-106 15.58 2003.02.20.〜2006.11.23. GG RR시 HH구 ○○동 219-1 (수용된 단독주택)

• 2006.11.24.〜2007.08.19. UU FF구 PP동 799-9 15.35 2007.08.20.〜2008.02.13. UU FF구 PP동 1-59 15.65 2008.02.14.〜2008.10.28. GG RR시 HH구 ○○동 219-1 (수용된 단독주택)

• 2008.10.29.〜2013.12.01. UU FF구 PP동 1-59 15.65 2013.12.02.〜2018.01.18. RR시 HH구 ○○동 219-1 (수용된 단독주택)

• (3) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 청구인이 수용부동산을 보유하고 있던 기간 중 청구인이 개인사업자 또는 법인사업자의 대표자로 사업자등록한 내역을 보면, 다음 <표5>와 같다. 그리고 청구인이 최근 10년간 종합소득세를 신고한 내역을 보면, 다음 <표6>과 같이 모두 부동산 임대소득뿐이어서 연간 사업소득금액과 총급여액이 37백만원 이상인 기간(자경배제 기간)은 없다. <표5> 청구인의 사업자등록 이력 상호 업태/종목 개업일 (폐업일) 사업장 소재지 대박빌라 1985.06.20. (1994.01.25.) UU BB구 BB동 102-39 대박빌라 1983.05.02. (1996.09.19.) UU TT구 SS동 777-3 영지 종합건설(주) 건설업/ 건축공사,주택신축판매 1991.05.20. (2005.02.15.) UU FF구 PP동 773-12 건물주 부동산/ 임대 1997.07.01. (2002.06.20.) UU BB구 KK동 147-81외 4필지 동남빌딩 부동산/ 임대 1988.12.06. (1993.03.31.) UU TT구 BB동 143-19 동남빌딩 부동산/ 임대 1988.12.06. (1996.07.01.) UU TT구 BB동 143-19 퍼시픽센타 부동산/ 임대 1988.12.06. (2017.09.10.) UU TT구 BB동 143-19 영지빌딩 부동산/ 임대 2002.08.16. UU BB구 KK동 147-81외 4필지 <표6> 최근 10년 동안 청구인이 종합소득세를 신고한 내역 (단위: 천원) 과세기간 임대업 과세기간 임대업 수입금액 소득금액 수입금액 소득금액 2008년 384,354 102,551 2013년 529,380 221,500 2009년 477,094 185,484 2014년 556,749 272,468 2010년 459,738 134,994 2015년 528,846 266,823 2011년 441,800 124,628 2016년 493,854 215,262 2012년 512,563 180,475 2017년 517,472 257,458

(4) 한편, 수용부동산 중 토지를 청구인 지분(55/80) 이외 나머지 지분(25/80)을 소유하고 있는 손모모(1955년생, 男)은 주소지가 대구이어서 재촌 자경할 수 없는 상태인 것으로 나타난다.

2. 과거 처분청이 수용부동산 양도에 대한 양도소득세를 조사한 내용

• 가) 청구인이 신청한 자경감면을 배제 청구인은 2018.1.30. 수용부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 ○○동 220-2 답 481.25㎡(<표2>의 6번 부동산)을 8년 이상 자경하였다며 감면신고(감면세액: 100,000,000원)하였으나, 처분청은 2018.8.6.부터 2018.8.25.까지 양도소득세 조사시 “지목은 답이나 항공사진에 의하면 도로, 막사, 정원(수목 식재)으로 확인되어 감면신청을 부인”한 것으로 나타난다.
• 나) 청구인이 신청한 1세대 1주택 비과세를 인정 청구인은 수용부동산 중 ○○동 219 대지 640.75㎡와 단독주택 228.94㎡가 비과세되는 1세대 1주택으로 양도소득세를 신고하였고, 처분청 역시 청구인이 “양도 시점에 자녀 손ㅇ경과 주민등록상 동일 세대원으로 확인되나, 손ㅇㅇ은 2008년에 결혼하여 자녀 및 남편 이ㅇㅇ과 함께 UU FF구 PP동 나동 704호에 거주하였음이 신용카드사용내역과 택배수령 주소지에 의하여 확인되므로 1세대 1주택 비과세는 신고 시인”한 것으로 나타난다.
• 다) 기타 처분청이 조사한 내용

(1) 청구인이 수용가액 3,289백만원에서 양도가액으로 신고하면서 제외한 46백만원 중 장독대, 태양발전기 등 동산 4백만원을 제외한 나머지 금액을 양도가액에 포함하여 3,284백만원을 양도가액으로 결정한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 수용부동산이 ‘공익사업용 토지 등’으로의 양도되었으므로 조특법 제77조에 따라 양도소득세 15% 감면(감면세액: 76,831,421원)을 새로이 적용한 것으로 나타난다.

3. 처분청의 양도소득세 조사내용에 대한 과세전적부심사한 내용

• 가) 청구인이 과세전적부심사를 신청한 내용

(1) (당초) 청구인은 2018.9.21. 처분청에 ① ○○동 220-1 전 240.62㎡ 및 ○○동 218 전 811.25㎡ 중 단독주택의 앞마당으로 사용한 일부 면적을 제외한 면적과 ○○동 220-2 답 563.75㎡는 8년 이상 자경한 농지이며, 국토지리원의 연도별․지번별 찍은 항공사진을 전문 감정업체에게 의뢰하여 자경한 농지면적을 정확히 제시하겠다고 하였고, ② 지장물 보상액 42,240,000원은 부동산이 아닌 동산임에도 처분청이 양도가액에 추가하는 것은 부당하므로 양도가액에서 제외하여 달라는 취지로 과세전적부심사를 청구한 것으로 나타난다.

(2) (변경 후) 청구인은 당초 청구주장 중 ① 항공사진을 전문적으로 감정하는 업체인 ㈜甲지리원의 판독한 결과에 따라 ○○동 220-2 전(田) 중 389.2㎡(청구인 지분 267.58㎡)를 8년 이상 자경하였고, ② 잔디, 수목 및 비닐하우스1(창고용) 철파이프 등의 보상가액 합계 39,624,000원을 양도가액에서 제외하여 달라는 내용으로 당초 청구취지를 변경한 것으로 나타난다.

• 나) 처분청의 과세전적부심사 결과(불채택)

(1) (자경감면) 처분청은 ○○동 220-2 토지는 2016년 항공사진과 국세공간정보(GIS) 중 ‘물건(통합) 현황사진 자료’ 등으로 보아 진입로, 주차장, 수목으로 이루어진 것으로 보여 양도 당시 농지로 보기 어렵고, 자경한 사실 자체를 명백히 뒷받침할 수 있는 구체적인 사실의 적시가 없어 자경농지 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단하였다.

(2) (지장물 보상금액) 보상받은 수목이 식재된지 얼마되지 아니한 것으로 보여 수목사업을 위하여 식재된 수목으로 보기 어려워 양도가액에서 제외할 수 없다고 판단하여 2018.11.15. 불채택 결정을 한 것으로 나타난다.

4. 청구인의 상세한 주장과 입증

• 가) (쟁점①) 과세전적부심사 청구시 쟁점①토지가 자경농지라는 주장과 쟁점②토지가 주택부수토지라는 주장을 철회한 이유는 청구인의 의지가 아니라 세무공무원의 요구에 따른 것이었다.

(1) 청구인이 과세전적부심사를 청구하고, 필리핀에서 처분청 담당자에게객관적인 근거자료인 항공사진을 국토지리원으로부터 발급받아 제출하면 어떻겠느냐고 문의하자 그렇게 하라고 하여 항공사진을 발급받고, 전문감정기관인 ㈜甲지리원에게 판독을 의뢰하여 받은 판독자료(2018.10.11. 작성)를 제출하였으며, 동 자료가 제출되면 자경농지인 사실이 확인되어 청구주장이 인용될 것으로 믿었으나 사설기관이 판독하였다고 하여 공정성을 담보할 수 없다는 이유로 청구주장이 인용되지 아니하였다. 한국산업인력공단이사장이 발급한 ‘측량 및 지형공간정보기술사’라는 국가기술자격증 소지자가 연도별 항공사진 판독 결과 명백한 농지임이 확인됨에도 수수료를 받는 사설기관으로 공정성을 담보하지 못한다면 국세청이 국가기술자격증을 부인하는 오류를 저지르는 것이고 사실을 왜곡하는 것일 뿐이다.

(2) 청구인이 쟁점①토지가 자경농지라는 청구주장을 철회한 이유는 세무공무원이 ○○동 220-2 토지의 자경감면과 수목보상금에 대한 다툼이외 나머지는 청구이유에서 제외하여 달라고 요청하여, 추가이유서를 제출하면서 나머지(쟁점①토지 자경 및 쟁점②토지 주택부수토지 주장)를 제외한 것이다. 청구인 입장에서 어차피 ○○동 220-2에 대한 자경감면이 인정되면 감면한도액인 1억원을 감면받게 되므로 추가로 쟁점①토지에 대한 자경감면 주장을 게속할 이유가 없었다.

(3) 처분청은 과세전적부심사 당시 쟁점①토지에 토지수용 보상금을 많이 받고자 수목을 식재하였다거나, 쟁점②토지는 주택의 앞마당으로 이용되지 않고 수목으로 조성되어 있다고 답변한 것으로 나타난다고 하였으나, 사실과 진실을 왜곡한 것이므로 담당 직원과 대질신문을 요구한다고 처분청 주장에 대한 항변서를 제출한바 있다.

• 나) (쟁점②) 청구인이 쟁점①토지를 8년 이상 자경한 농지이므로 양도소득세 감면대상이고, 쟁점②토지는 비과세 처리된 1세대 1주택의 부수토지이므로 비과세되어야 한다.

(1) 청구인은 쟁점①토지와 연접한 ○○동 219-1번지 주택에서 20여년 동안 거주하면서 쟁점①토지를 자경하였는바, 그 증빙으로는 농지원부, 토지 수용시 지장물 보상현황, 버섯사인 비닐하우스 사진, ○○농협으로부터 농자재를 구입한 현황, 인근 농민들이 작성한 자경사실확인서, 수확한 과실, 고구마, 고추, 상추, 토마토, 부추를 PP4동 성당을 통하여 무상으로 공급하였다는 사실을 확인하는 ‘식자재 무상공급확인서’ 등에 의하여 충분히 입증된다.

(2) 한편, 청구인이 과세전적부심사 및 이 건 심사청구시 동일하게 제출한 자경을 입증하는 증빙은 다음과 같다. (가) ○○도 ○○시 ○○구청장이 발급한 농지원부 (고유번호 11010100 –J-1-0*)의 최초 작성일자는 2014.7.7.이며, 발급일은 2014.8.6이다. 사업목적은 농업으로 기재되어 있고, 농지원부에 나타나는 농지경작현황과 소유농지현황의 주요내용은 다음과 같다.

○ 농지경작현황

○ 소유농지현황 (나) 청구인이 2015년 동사무소에 제출한 ‘직접지불금 등록신청서 접수증’은 다음과 같다. (다) 청구인이 수용과 관련하여 토지보상업무를 대행한 ◍◍원에 제출한 ‘경작사실신고서’는 주요 내용은 다음과 같다. (라) 청구인이 ○○농협에서 농자재를 구입하였다고 주장하며 제출한 ‘거래자별매출내역’은 다음과 같다. (마) 청구인이 ○○동 218번지외 3필지에서 1994년부터 2016년까지 22년간 자경을 하였으며, 과실수, 고구마, 고추, 상추, 토마토, 부추 등을 재배하였다’고 기재되어 있는 자경사실확인서(작성일자 없음)를 이모모, 박모모, 정모모로부터 받아 제출하였는바, 이모모은 2000.7.22. ○○동 118번지를 취득하여 2017.2.27. 토지 수용시까지 소유하였던 자이고, 주민등록상으로 박모모는 2014.3.7.부터 2018.2.4.까지, 정모모는 2004.9.7.부터 2014.12.15까지 각각 ○○동 219-1(수용된 단독주택)에 거주한 것으로 나타난다. (바) 한편, 청구인은 수용부동산에서 경작한 농작물을 ○○동 성당(聖堂)을 통하여 1990년부터 2017년까지 수급자들에게 무상으로 공급하였다 하여 다음과 같이 ‘식자재 무상 공급 확인서’(작성일자 없음. 서명인: 18명)를 제출하였다. (사) 청구인은 자경한 증빙으로 다음과 같이 농자재를 구입하면서 사용한신용카드 사용내역을 제출하였다.

(3) 청구인은 이 건 심사청구를 하면서 2018.1.23. 쟁점①토지를 촬영한 사진 5매 사본을 제출하였는바, 사진 중에는 다음과 같이 비닐하우스와 하우스 내 표고버섯 목(木) 여러 개가 세워져 있는 사진이 포함되어 있다.

(4) 청구인은 자경한 면적과 주택의 부수토지로 인정받기 위하여 2018.9.21. 과세전적부심사를 청구한 후 국토지리원으로부터 2000년, 2006년, 2011년, 2016년 수용부동산을 찍은 항공사진을 발급받아 항공사진을 전문으로 감정하는 ㈜甲지리원에게 판독을 의뢰하여 받은 판독자료(2018.10.11. 작성)를 제출하였는바, 쟁점①토지가 포함되어 있는 ○○동 218 전(田)이 실제 용도별로 사용된 것으로 판독한 내용은 다음 <표7>과 같다.

○○동 218 전체 토지는 1,180㎡이며, 청구인의 지분은 55/80인 811.25㎡(나머지 지분은 손모모)이며, 청구인은 그 중 당시 실제 관상수, 과수가 식재되어 있어 청구인이 영농손실 보상(보상금: 774,860원)을 받은 면적 215㎡(쟁점①토지)를 자경농지에 해당된다는 주장이다. 또한, 처분청이 쟁점①토지는 공유(청구인 지분 55/80)이므로 그 면적(215㎡)이 전부 청구인 소유라고 볼 수 없고, 청구인만 자경하였다고 볼 근거가 되지 못한다고 하였으나, 청구인 소유지분 811.25㎡ 중 215㎡만 자경하였다는 주장인바, 청구인과 토지 분할관계로 사이가 좋지 않은 공유자(손모모, 강모모)에게 담당 직원이 전화하여 청구인이 전부 농사를 지었다고 진술한 사실을 청구인은 알고 있다. <표7> ○○동 218 토지의 이용현황을 판독한 자료

(5) 또한, 2018.10.11. ㈜甲지리원이 쟁점②토지가 포함되어 있는 ○○동 220-1 전(田)이 실제 용도별로 사용된 것으로 판독한 내용은 다음 <표8>과 같다.

○○동 220-1 전체 토지는 350㎡이며, 청구인의 지분은 55/80인 240.62㎡(나머지 지분은 손모모)이며, 청구인은 그 중 146.25㎡(쟁점②토지)를 1세대 1주택 비과세를 적용받은 단독주택(○○동219-1 소재)의 부수토지여서 당초 양도소득세 신고시 ○○동 219-1 토지(소유지분 640.75㎡)만 1세대 1주택으로 비과세되는 주택의 부수토지로 신고하였으나, 쟁점②토지 역시 추가하여 비과세되어야 한다고 주장하고 있다. <표8> ○○동 220-1 토지의 이용현황을 판독한 자료

5. 처분청의 상세한 의견

• 가) (쟁점①) 처분청이 수용부동산에 대한 양도소득세 조사를 한 이후 자경감면을 부인하여 경정처분을 하였고, 이후 90일이 경과하여 제기한 이 건 경정청구는 부적법한 청구이다.

(1) 처분청은 청구인이 양도한 수용부동산에 대하여 2018년 8월 양도소득세를 조사하고 조사한 내용은 과세전적부심사를 거쳐 경정결정하였는바, 이때의 경정결정은 쟁점①․②토지에 대한 현황을 포함하여 청구인이 양도한 물건 전부에 대한 조사에 따른 경정결정이었다. 과세전적부심사 당시 처분청의 의견서를 보면, 청구인이 쟁점①토지를 자경하였고, 쟁점②토지는 주택부수토지라고 주장하였으나, 쟁점①토지가 포함되어 있는 필지(○○동 218)는 2014년 항공사진에는 전체 면적 20% 정도 밭으로 이용된 것으로 보이나 2016년 대부분 창고, 수목, 잔디 등이 차지하고 있어 양도 당시 농지로 볼 수 없고(토지수용 보상금을 많이 받고자 수목을 식재함), 쟁점②토지가 포함되어 있는 필지(○○동 220-1) 중 일부 면적(쟁점②토지 면적과 유사함)이 주택의 앞마당으로 이용되지 않고 수목으로 조성되어 있다고 답변한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 과세전적부심사 당시 쟁점①토지가 자경농지, 쟁점②토지가 주택부수토지라고 주장하였다가 중도에 스스로 철회하였고, 나머지 청구 역시 2018.11.15. 불채택결정되었다. 위와 같이 수용부동산에 대한 양도소득세 조사경정 후 90일 이내에 경정청구를 할 수 있으나 청구인은 조사경정일(2018.11.27.)로부터 90일이 한참 지난 2019.12.17.에야 부적법하게 경정청구하였다.

• 나) (쟁점②) 설령, 이 건 경정청구가 적법한 청구라고 하더라도 청구인은 쟁점①토지를 8년 이상 자경한 농지이고, 쟁점②토지는 비과세 처리된 1세대 1주택의 부수토지라는 청구주장은 이유가 없다.

(1) 쟁점①토지를 다음과 같은 이유에서 청구인이 8년 이상 자경한 농지라고 보기는 어렵다. (가) 2016년 항공사진으로 쟁점①토지가 포함되어 있는 필지(○○동 218)를 보면, 대부분 창고, 수목, 잔디 등이 차지하고 있어 양도 당시 농지로 볼 수 없다. 그리고 조사 당시 처분청 직원에게 확인한 결과, 청구인이 토지수용 보상금을 많이 받고자 단기간에 수목을 식재하였다고 진술한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 지장물보상 현황 및 버섯비닐하우스 사진 등을 제시하며 쟁점①토지가 농지라고 주장하나, 사진촬영일이 양도일(2017.11.9.) 이후 2018.1.23.이어서 양도 당시 현황인지 불분명하고, 쟁점①토지가 포함되어 있는 필지(○○동 218)의 지장물 보상내역에는 비닐하우스 이외에도 ‘맨홀콘크리트스틸그레이팅, 우수관콘크리트관, 조경석2 연못’ 등 자경과 상관없는 보상내역도 있어 쟁점①토지가 농지로만 이용되었다고 볼 수 없다. (다) 처분청 과세전적부심사 결정문을 보면, 심리담당자가 토지보상을 대행하였던 ○○원의 업무 담당자에게 지번별로 구분된 사진이 있는지 문의하였으나, 대표지번인 ○○동 219-1로 통합하여 표시된 사진만 있다는 답변을 얻은 것으로 나타나 쟁점①토지가 양도 당시 농지였는지가 불분명하다. (라) 또한, 청구인은 토지 등의 ㈜甲지리원의 2016년 판독결과 ○○동 218 밭 전체 1,180㎡ 중 실제 밭으로 사용한 면적이 1,130㎡(청구인 지분 776.9㎡)이라고 주장하나, 사설기관이 청구인으로부터 수수료를 받고 판독하였기 때문에 그 판독내용에 대한 공정성을 담보할 수 없어 신뢰하기 어렵다. (마) 청구인은 수용 당시 실제 관상수, 과수가 식재되어 있어 청구인이 영농손실 보상을 받은 면적(215㎡)을 근거로 쟁점①토지(215㎡)를 자경하였다고 주장하나, 쟁점①토지는 공유(청구인 지분 55/80)이므로 그 면적(215㎡)이 전부 청구인 소유라고 볼 수 없고, 청구인만 자경하였다고 볼 근거가 되지 못한다.

(2) 쟁점②토지를 다음과 같은 이유에서 1세대 1주택 비과세로 인정된 단독주택의 부수토지로 보기 어렵다. (가) 청구인은 쟁점②토지가 포함되어 있는 ○○동 220-1 전(田) 350㎡(청구인 지분 240.62㎡) 중 146.25㎡(쟁점②토지)는 단독주택의 한 울타리 내에 있고 주택의 앞마당 토지이기 때문 주택의 부수토지이고, 주택의 부수토지인 사실은 ㈜甲지리원의 판독결과에 의하여 확인된다고 주장하나, 사설기관이 청구인으로부터 수수료를 받고 판독하였기 때문에 공정성을 담보할 수 없어 신뢰하기 어렵고, 청구인이 제시한 사진 등 다른 증빙에 의하여도 쟁점②토지가 주택의 부수토지로 이용되었는지 불분명하다. (나) 위와 같이 쟁점②토지가 주택의 부수토지로 사용하였는지에 대한 사실상 현황이 불분명한 경우에는 공부상 현황에 따라야 한다. 2017년 개별주택가격으로 고시된 단독주택(○○동 219-1, 고시가액: 971백만원)의 현황을 보면, 주택의 부수토지는 ○○동 219-1 전체 면적인 932㎡만 주택의 부수토지(청구인 지분 640.75㎡)인 것으로 나타나고, 청구인 또한 당초 양도소득세 신고시 ○○동 219-1 소유지분 640.75㎡만 1세대 1주택으로 비과세되는 주택의 부수토지로 신고하였다. 따라서 쟁점②토지의 실제 현황이 불분명한 상태에서 쟁점②토지(146.25㎡)를 추가로 주택의 부수토지로 인정하기는 어렵다.

• 다) 한편, 청구인은 과세전적부심사 청구시 쟁점①토지가 자경농지라는 주장, 쟁점②토지가 주택부수토지라는 주장을 철회한 이유가 세무공무원의 요구에 따른 것이라고 주장하나, 담당 직원이 조사 당시 필리핀에 있는 청구인과 통화한 기억은 있으나, 청구주장을 철회 요청을 할 이유도 한 사실도 없다.
• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 단서 규정은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리하다 하겠다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결 등 참조).
• 나) 이 건 청구가 적법한지 여부에 대한 판단 처분청은 이 건 경정청구가 수용부동산에 대한 양도소득세 조사경정(2018.11.27.)을 한 후 90일이 한참지난 2019.12.17.에야 제기하였으므로 부적법한 청구라는 의견이다. 그러나 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 보아야 하며, 경정청구기간이 이의신청 등 기간(90일 이내)으로 제한되는 ‘세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우’란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결 참조). 이 건 경정청구한 내용이 처분청의 조사경정한 과세표준과 세액이 아니라 당초 신고분에 대한 것임이 확인되는 이상 청구인의 경정청구는 적법한 청구이고, 처분청이 이를 거부한 것에 대하여 제기한 이 건 심사청구도 적법한 청구라고 판단된다.

2. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 참조).
• 나) 청구인은 쟁점①토지(215㎡)가 자경감면 대상이라고 주장하나, 다음과 같은 사유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(1) 우선, 쟁점①토지가 양도 당시 농지인지 불분명한 것으로 보인다. 첫째, 국토지리정보원의 2016년 및 2017년 항공사진을 보면, 쟁점①토지가 포함되어 있는 ○○동 218 토지가 농작물을 경작하기 위하여 땅을 일군 흔적이 보이지 아니하여 양도 당시 실제로 전(田)으로 사용되었는지 불분명해 보인다. 둘째, 청구인이 제시하고 있는 쟁점①토지가 포함되어 있는 ○○동 218 토지에 대한 사진을 보면, 쟁점①토지는 산자락에 위치하고 있고 토지 대부분이 임야화(林野化)되어 있는 것으로 보인다. 셋째, 청구인이 2018.9.21. 제기한 과세전적부심사청구에 대하여 처분청이 ○○동 218 토지가 2016년 대부분 창고, 수목, 잔디 등이 차지하고 있어 ○○동 218이 양도 당시 농지로 볼 수 없다는 의견을 제시한 것으로 나타난다.

(2) 다음과 사정으로 청구인이 쟁점①토지를 8년 이상 자경하였다고 보기는 어렵다고 판단된다. 첫째, 청구인은 농지원부, ○○농협으로부터 농자재를 구입한 자료, 자경확인서, 무상공급 확인서, 신용카드로 농자재를 구매한 내용이 나오는 신용카드 사용내역 등을 자경한 증빙으로 제시하고 있으나, 이들 증빙은 임의로 작성할 수 있는 확인서 또는 일회성 증빙에 불과한 것으로 판단되고, 청구인이 8년 이상 농작물의 파종, 재배, 경작한 농산물의 판매한 객관적인 증빙이 없다. 둘째, 2018년 처분청 조사 당시 청구인이 쟁점①토지를 자경하였다고 주장하다가 스스로 철회하였고, 청구인이 지금 제시하고 있는 여러 증빙도 2018.9.21. 제기한 과세전적부심사 청구 당시 제출된 서류에 불과하며, 청구인이 자경한 사실을 객관적으로 알 수 있는 증빙이 추가로 제시되지 아니하고 있다. 셋째, 비록 수용 당시 쟁점①토지에 대한 영농손실보상 및 비닐하우스에 대한 지장물 보상을 받은 것은 사실이나, 이러한 사실만을 들어 청구인이 8년 이상 쟁점①토지를 자경하였다고 인정하기는 어렵다.

• 다) 처분청은 쟁점②토지(146.25㎡)가 주택의 부수토지에 해당되지 아니한다는 의견이나, 다음과 같은 사정에서 쟁점②토지를 주택의 부수토지로 봄이 타당하다고 판단된다. 첫째, 청구인은 쟁점②토지를 1세대 1주택으로 비과세된 단독주택(○○동 219-1)의 한 울타리 내에 앞마당으로 사용한 토지라고 주장하고 있고, 쟁점②토지는 ○○동 220-1 전 350㎡(청구인 지분 240.625㎡) 중 일부로서 국토지리원의 연도별 항공사진을 ㈜甲지리원이 판독한 결과에서도 2006년부터 2016년까지 전체 350㎡ 중 271.9㎡(청구인 지분 186.3㎡)가 대지인 것으로 나타난다. 둘째, 청구인이 제시하고 있는 사진상으로 단독주택이 소재하고 있는 ○○동 219-1뿐만 아니라 쟁점②토지가 포함되어 있는 ○○동 220-1 토지의 일부가 앞마당으로 사용된 것으로 보인다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호 및 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.