이 건 심사청구가 적법한 청구인지 여부

• 가. 청구인은 2018. 1. 15. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 39 대지 662㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)과 동소 39-3 대지 29㎡(이하 “쟁점토지②”라 하며 쟁점토지①과 함께 “쟁점토지”라 한다)와 단독주택 182.61㎡(이하 “쟁점주택”이라 하며 쟁점토지와 쟁점주택을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 전○○에게 670,000,000원에 일괄양도하였다.
• 나. 청구인은 2018. 3. 29. 양도소득세 예정신고 시 쟁점부동산의 양도가액을 670,000,000원으로, 취득가액을 환산가액 582,659,270원으로, 필요경비를 7,500,000원으로 하여 양도소득세 9,667,730원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 2019. 9. 23.부터 2019. 10. 12.까지 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지 전소유자의 양도가액이 각각 142,000,000원과 5,530,000원으로 확인됨에 따라 쟁점토지의 취득가액을 실지취득가액 147,530,000원으로 하고, 쟁점주택 취득가액은 환산취득가액 267,960,027원으로 하여 2019. 12. 1. 청구인에게 2018년 과세연도 양도소득세 51,872,400원을 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020. 3. 13. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 쟁점부동산의 취득가액을 토지의 실지거래가액 147,530,000원에 건물의 환산취득가액 267,960,026원을 합산한 415,497,027원으로 보았으나, 토지는 실거래가액을 적용하고 건물은 환산가액을 적용하여 획일성이 없으므로, 토지와 건물가액 모두 환산취득가액을 적용하는 것이 합리적이다.
• 나. 필요경비는 처분청이 적용한 환산가액 415,490,027원의 3%와 중개수수료 7,500,000원의 합계금액인 19,964,708원으로 산정하여야 하며, 장기보유특별공제금액도 토지양도차익을 다시 산정하여 계산하여야 한다.

• 가. 처분청은 조사 당시에도 전소유자의 양도가액 및 등기부기재가액에서 실지 취득가액이 확인되어 환산가액 적용이 불가능하다고 수차례 설명하였으나 청구인은 계속하여 취득가액을 환산취득가액으로 적용해야 한다고 주장하고 있다.

• 그러나, 쟁점토지에 대한 실지거래가액이 확인되므로 환산취득가액을 적용할 수 없으며, 쟁점토지의 실지거래가액 147,530,000원과 쟁점주택의 환산취득가액 267,960,026원을 합산한 415,490,027원이 쟁점부동산의 취득가액이다.

• 나. 또한, 청구인은 쟁점토지의 실지취득가액과 쟁점주택의 환산취득가액을 합산한 415,490,027원의 3%인 12,646,700원과 부동산중개비 7,500,000원의 합계 19,964,700원이 쟁점부동산의 필요경비라고 주장하나,

• 쟁점토지의 필요경비는 취득세 5,082,380원과 양도 당시 중개비 7,500,000원 중 쟁점토지와 쟁점주택의 양도가액으로 안분한 중개비 4,693,874원의 합계금액 9,776,254원이며, 쟁점주택의 필요경비는 취득 당시 기준시가 133,580,073원의 3%인 4,007,402원인 바, 쟁점부동산의 필요경비는 13,783,657원으로 계산되므로 청구인이 주장하는 필요경비 19,964,708원은 과다하다고 판단된다.

• 가. 쟁점

① (본안전 심리) 이 건 심사청구가 적법한 청구인지 여부

② 토지의 취득가액은 실거래가액으로 하고 주택의 취득가액은 환산취득가액으로 하여 양도소득세 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부

③ 처분청이 쟁점부동산의 양도소득금액을 계산함에 있어 필요경비와 장기보유특별공제금액이 적정한지

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, (이하 생략) 2) 국세기본법 제61조 【청구기간】

① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다. 3) 국세기본법 제10조 【서류 송달의 방법】

① 제8조에 따른 서류 송달은 교부, 우편 또는 전자송달의 방법으로 한다.

② 납세의 고지ㆍ독촉ㆍ체납처분 또는 세법에 따른 정부의 명령에 관계되는 서류의 송달을 우편으로 할 때에는 등기우편으로 하여야 한다. 다만, 소득세법 제65조제1항 에 따른 중간예납세액의 납세고지서, 부가가치세법 제48조제3항 에 따라 징수하기 위한 납세고지서 및 제22조제2항 각 호의 국세에 대한 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하였으나 과세표준신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니하여 발급하는 납세고지서로서 대통령령으로 정하는 금액 미만에 해당하는 납세고지서는 일반우편으로 송달할 수 있다.

④ 제2항과 제3항의 경우에 송달할 장소에서 서류를 송달받아야 할 자를 만나지 못하였을 때에는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람에게 서류를 송달할 수 있으며, 서류를 송달받아야 할 자 또는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람이 정당한 사유 없이 서류 수령을 거부할 때에는 송달할 장소에 서류를 둘 수 있다. 4) 국세기본법 제65조 【결정】

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

• 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 6) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 7) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제6항 에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. ～ 4. (생략)

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

⑥ 법 제97조제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

취득 당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가 × 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

• 가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득 당시의 법 제99조제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액 × 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액× 3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000) 3.～4. (생략)

⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조제1항 에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 8) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도 당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가(제164조제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가

2. 법 제96조제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 고지서 송달내역 처분청이 제출한 등기우편물 배송진행상황표에 따르면, 2019. 12. 4. 발송된 이 건 양도소득세 고지서는 청구인의 배우자가 2019. 12. 6. 수령한 것으로 확인된다(등기번호: 109930***, 수령자: 이○○님-배우자).

2. 쟁점토지 등기사항전부증명서 내역

○ 쟁점토지 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2010. 2. 5. 쟁점토지①을 정○○로부터 142,000,000원에 취득하고, 2013.1.20. 쟁점토지②를 5,530,000원에 취득한 것으로 나타난다. * 국세통합전산망에서 따르면, 쟁점토지 전소유자 정○○의 양도소득세 신고서 상 양도가액과 등기사항전부증명서에 기재된 거래가액과 일치하는 것으로 확인됨

3. 쟁점건물 등기사항전부증명서 내역

○ 쟁점건물 등기사항전부증명서와 건축물대장에 따르면, 청구인은 2011. 1. 5. 건축허가를 받아 쟁점토지 지상에 철근 콘크리트구조 단독주택을 신축, 2012. 12. 27. 사용승인되었으며, 2017. 11. 4. 매매를 원인으로 하여 2018. 1. 15. 전○○에게 소유권 이전등기 한 사실이 나타난다.

4. 쟁점부동산 매매계약서

○ 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 청구인은 2017. 11. 4. 전○○에게 쟁점부동산을 금 670,000,000원에 양도하기로 계약하고, 계약금 60백만원은 계약시, 중도금 250백만원은 2017. 12. 15.에, 잔금 360백만원은 2018. 2. 28.에 지불하기로 한 사실이 나타난다.

5. 양도소득세 신고 및 처분청 경정내역 (천원) 구분 신고 경정 증감 쟁점토지① 쟁점토지② 쟁점주택 합계 양도가액ⓐ 670,000 401,721 17,598 250,680 * 670,000

• 취득가액ⓑ 582,659 142,000 5,530 267,960 415,490 △167,169 필요경비ⓒ 7,500 9,324 451 4,007 * 13,783 6,283 양도차익 ⓓ=ⓐ-ⓑ-ⓒ 79,840 250,396 11,616 △21,286 240,726 160,885 장기보유특별공제 15,308 52,583 = ⓓ×21% 1,394 = ⓓ×12% 53,977 38,668 양도소득금액 64,532 197,813 10,222 -21,286 186,749 122,216 양도소득기본공제 2,500 2,500

• 과세표준 62,032 184,249 122,216 세율 24% 38% 산출세액 9,667 50,614 40,946 결정세액 9,667, 50,614 40,946 신고불성실가산세 4,094 4,094 납부불성실가산세 6,780 6,780 기납부세액 9,667 9,667

• 차감고지세액 51,822 51,822 * 양도가액: 쟁점부동산 양도가액 670백만원을 토지, 건물 기준시가로 안분 ** 취득가액

• 토지: 실지거래가액

• 주택: 환산취득가액 = 주택양도가액 × (취득시 기준시가 / 양도시 기준시가) = 250,680,551 × (133,580,073 / 124,966,126) *** 필요경비

• 토지: 중개비 × 토지양도가액/전체양도가액 = 7,500,000 × (419,319/670,000) = 4,693,569 취득세(쟁점토지① + 쟁점토지②) 5,082,380

• 주택: 취득 당시 기준시가(133,580,073) × 3% = 4,007,402

6. 조사청의 양도소득세 조사종결보고서

7. 청구인은 처분청이 주택환산취득가액 산정을 위해 아래와 같이 계산한 주택과 토지의 환산취득가액 합계금액인 557,664,671원이 쟁점부동산의 취득가액으로 타당하다고 주장하고 있다. 개별(공동)주택가격 고시 주택 환산취득가액(고시전 취득) 양도 기본사항 구분 면적 양도가액 (원) 양도일 취득일 보유기간 토지 건물 면적/금액 691.0 182.61 670,000,000 2018.1.15 2012.12.27 5년 20일 [환산취득가액 계산] (원) 구분 토지기준시가 건물 기준시가 개별주택가격 면적 공시지가 기준시가 합계 토지(안분) 건물(안분) 양도일(A) 691.0 250,200 172,888,200 103,357,260 334,000,000 209,033,874 124,966,126 최초고시일 691.0 148,000 102,268,000 94,591,980 278,000,000 144,419,927 133,580,073 취득일(B) 691.0 148,000 102,268,000 94,591,980 278,000,000 144,419,927 133,580,073 (원) 양도가액 안분(토지, 건물 기준시가로 안분) 합계 토지 건물 670,000,000 419,319,449 250,680,551 환산취득가액 취득가액 토지 건물 557,664,671 289,704,645 267,980,026 ** ※ 처분청은 상기 환산취득가액 중 건물 환산취득가액 267,980,000원을 건물의 취득가액으로, 쟁점토지①, ②의 등기사항전부증명서상 거래가액 147,530,000원(142,000,000원, 5,530,000원)을 토지의 취득가액으로 하여, 두 금액의 합계 415,510,000원을 쟁점부동산의 취득가액으로 경정하였으며, 청구인은 상기 토지와 건물의 환산취득가액 합계금액인 557,664,671원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아야 한다는 주장이다.

8. 청구인은 필요경비와 장기보유특별공제 금액을 아래와 같이 계산해야 하며, 그에 따라 양도소득세 산출세액이 3,940,440원이 감소해야 한다고 주장하고 있다.

• 가) 필요경비: 19,964,708원 개산공제액(12,464,700 = 처분청이 적용한 환산가액 415,490,027 × 3%) (+) 양도비용(중개수수료 7,500,000) = 19,964,708
• 나) 장기보유특별공제액 계산 쟁점토지①: 양도차익 259,721,381 × 공제율 21% = 54,541,490 259,721,381 = 401,721,382(전체토지양도가액 419,319,449 × 662㎡/691㎡) - 토지취득가액(실가) 1 42,000,000 쟁점토지②: 양도차익 12,068,067 × 공제율 12% = 1,448,168 ** 12,068,067 = 1 7,598,067(전체토지양도가액 419,319,449 × 29㎡/691㎡) - 토지취득가액(실가) 5,530,000
• 라. 판단 본안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제55조 제1항 에서『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항에서 『심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.』라고 규정하고 있으며, 같은 법 제65조 제1항 제1호에서『심사청구가 적법하지 아니하거나 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.』라고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제10조 제1항, 제2항 및 제4항에서는 우편송달의 경우 송달할 장소에서 서류를 송달받아야 할 자를 만나지 못하였을 때에는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람에게 서류를 송달할 수 있는 것으로 규정하고 있다. 처분청이 제시한 등기우편물 조회내역에 따르면 이 건 양도소득세 부과처분에 대한 납세고지서를 청구인의 배우자가 2019. 12. 6. 수령한 것으로 나타난다(등기번호:109930***, 수령자: 이○○ 님-배우자). 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건데, 청구인은 이 건 납세고지서를 송달받은 날부터 90일 이내인 2020. 3. 5.까지 심사청구를 제기하여야 함에도 그 기한을 경과하여 2020. 3. 13. 심사청구를 제기하였는바, 이 건 심사청구는 청구기간이 도과되어 부적합하므로 각하함이 타당한 것으로 판단된다.

○ 또한, 위와 같이 쟁점①이 각하되어 이 건 심사청구는 본안심리대상이 아니므로 쟁점②, ③은 심리하지 아니한다.

이 건 심사청구는 청구기간을 경과한 부적법한 청구이므로국세기본법제64조 제1항 단서 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.