토지와 건물 대금 구분이 불분명하다고 보아 기준시가 비율로 안분하여 양도소득세를 부과한 처분이 부당한지

• 가. 청구인과 이○○(청구인의 女)는 2018. 8. 23. ○○시 ○○구 ○○동 1**- 소재 토지 560.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 건물 195.19㎡(1층 근린생활시설, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 SSSSS(이하 “청구외법인”이라 한다)에 매매대금 7,000백만원에 일괄 양도하였으며, 청구인은 2018. 10. 31. 쟁점부동산 매매계약서 상 토지가액 6,000백만원을 쟁점토지의 양도가액으로 하고, 취득가액은 631백만원(환산취득가액)으로 하여 2018년 과세연도 양도소득세 1,538백만원을 예정 신고․납부하였다. 청구인은 쟁점토지 소유자이며, 이○○는 쟁점건물의 소유자임
• 나. ○○지방국세청 감사관(이하 “감사관”이라 한다)은 2019. 6. 3.부터 2019. 6. 21.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구인과 이○○가 2018년 과세연도 양도소득세 신고시 일괄 양도한 쟁점부동산 양도가액 7,000백만원은 객관적인 기준 없이 토지 6,000백만원, 건물 1,000백만원(부가가치세 포함)으로 임의 안분한 것으로 보아, 토지 및 건물의 양도가액을 자산별 기준시가 비율로 안분한 후 청구인과 이○○의 양도소득세를 재계산하여 경정 결정하도록 처분청에 처분 지시하였다.
• 다. 처분청은 감사관의 처분지시에 따라 2019. 11. 1. 청구인에게 2018년 과세연도 양도소득세 256,961,130원을 고지 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2020. 1. 15. 이 건 심사청구를 제기하였다. 이○○는 양도소득세 69,539,311원와 부가가치세 73,920,817원 환급 결정

• 가. 청구인은 고령으로 재산을 정리하고자 쟁점부동산을 오래전부터 매물로 내놓았으나, 건물 소유자 이○

○ 가 대리인 김○

○ 을 통해 건물 대금 10억원을 받기 전에는 매매하지 않는다는 조건을 제시하자 매매조건에 충당하는 매수자가 없어 수차례 매매가 성사되지 않고 있다가, 2018. 4월초 청구외법인이 건물 매매대금 10억원을 인정하고 매수한다고 하여 2018. 4. 24. 작성한 부동산 매매계약서의 내용과 같이 토지가액을 60억원으로 하여 계약금 6억원을 수취하고, 2018. 8. 23. 나머지 54억원을 SC제일은행 통장으로 수취하였으며, 건물가액 10억원은 이○

○ 통장으로 송금되었다.

• 나. 상기와 같이 청구인은 토지매매대금 60억원을 예금통장으로 계약금 및 잔금을 수령하고 매매서류를 발급하여 소유권을 이전한 사실이 있으므로, 처분청이 이○

○ 가 수령한 건물 가액 10억원(부가가치세 포함)을 인정하지 아니하고 건물 매매가액을 186,871,007원으로 간주하여 건물대금 10억원과의 차액 813,126,993원을 토지대금 60억원에 가산한 금액인 6,813,126,993원을 쟁점토지의 양도가액으로 결정하여 양도소득세 256,913,139원을 고지한 것은 부당하다.

• 다. 소득세법 제100조 에서 양도가액이 불분명한 경우 기준시가 등에 의하여 안분한다고 규정하고 있고, 토지․건물 소유자가 다른 경우 자산별 양도가액의 구분이 불분명한 경우에도 기준시가에 의하여 안분계산한다고 하나, 이는 양도가액이 불분명한 경우에 적용되는 것이며, 매매대금 70억원은 토지가액 60억원, 건물가액 10억원(부가가치세 포함)으로 한다는 내용이 매매계약서에 표기되어 있음은 물론 매매대금을 매수인이 각각 소유자의 예금통장으로 입금한 사실도 있는바,

• 처분청이 양도가액의 구분이 불분명하다하여 토지․ 건물가액을 결정하여 양도소득세를 경정한 것은 부당하며, 실질과세의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

• 가. 청구인은 매매계약서상 구분기재되어 있는 가액을 토대로 토지가액 60억원으로 청구인의 양도소득세를 계산해야 한다고 주장하고 있으나,

• 소득세법 제100조 제3항 에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 각 자산별 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때로 본다”라고 명확히 규정되어 있으므로 처분청에 대하여 위 법령을 적용하여 양도소득세를 재계산하도록 처분지시한 사실은 법령을 근거로 한 합리적인 결정이다.

• 나. 청구인은 토지대금과 건물대금을 구분 기재한 데 대한 객관적인 기준을 제시하지 못하고 있다.

• 토지 및 건물을 일괄 매매하여 대금 구분이 불명확한 경우에는 감정평가대금, 기준시가, 장부대금, 취득대금 등의 순서로 안분계산하도록 되어 있으나, 청구인은 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 받은 사실이 없는 등 쟁점부동산 매매대금 70억원을 토지대금 60억원과 건물대금 10억원으로 구분한 객관적인 구분 기준을 제시한 사실이 없다.

• 또한, 양도일 현재 쟁점토지의 기준시가는 3,796,616,000원(쟁점토지․건물 기준시가 합계금액의 97.6%)이고, 쟁점건물의 기준시가는 94,667,150원(2.4%)임에도 객관적인 근거없이 쟁점건물 소유자인 이○

○ 에게 10억원(총 매매대금의 14%)을 배분하였다. 이는 토지와 건물을 일괄로 매매하면서 토지 소유자가 건물 소유자인 이○

○ 의 특수관계자인 父였기 때문에 가능한 것이지, 토지의 소유자가 합리적인 의사결정을 하는 제3자였다면 결코 이루어질 수 없는 거래형태이다.

• 가. 쟁점 청구인이 매매계약서에 구분기재한 토지와 건물의 가액에 대하여 명확한 구분기준이 없다 하여 기준시가로 안분한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도대금을 실지거래대금(제96조제3항에 따른 대금 및 제114조제7항에 따라 매매사례대금·감정대금이 적용되는 경우 그 매매사례대금·감정대금 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득대금도 실지거래대금(제97조제7항에 따른 대금 및 제114조제7항에 따라 매매사례대금·감정대금·환산대금이 적용되는 경우 그 매매사례대금·감정대금·환산대금 등을 포함한다)에 따르고, 양도대금을 기준시가에 따를 때에는 취득대금도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도대금 또는 취득대금을 실지거래대금에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득대금과 양도비용은 해당 자산의 대금에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 대금이 같은 항에 따라 안분계산한 대금과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2015.12.15> 2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】

① ~⑤ (생략)

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 대금의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부대금이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 대금을 기준으로 한다.

⑦ (생략) 3) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급대금 계산】 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래대금 중 토지의 대금과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 대금의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급대금으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 대금에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가대금[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가대금을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 대금에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가대금이 있는 경우: 그 대금에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가대금이 없는 경우에는 장부대금(장부대금이 없는 경우에는 취득대금)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 다. 사실관계

1. 쟁점토지 및 쟁점건물의 등기사항전부증명서 내역 <쟁점토지> 표제부 갑 구 소재지 지목 면적 등기목적 접수 등기원인 권리자및기타사항

○○ ○○구 ○○동 1**-* 대 560.8㎡ 소유권이전 1968.5.2 1968.4.27 소유자 청구인 소유권이전 2018.8.23 2018.4.24 소유자 청구외법인 거래대금 금 6,000백만원 <쟁점건물> 표제부 갑 구 소재지 내역 등기목적 접수 등기원인 권리자및기타사항

○○ ○○구 ○○동 1**-* 철근콘크리트조 경사지붕 1층 근린생활시설 1층 195.19㎡ 소유권보존 1993.5.21 소유자 이○○ 소유권이전 2018.8.23 2018.4.24.매매 소유자 청구외법인 거래대금 금 1,000백만원

2. 토지개별공시지가 연도 공시지가 공시일자 연도 공시지가 공시일자 2019 7,137,000 2019.5.31 2004 3,180,000 2004.6.30 2018 6,770,000 2018.5.31 2003 2,560,000 2003.6.30 2017 6,500,000 2017.5.31 2002 1,830,000 2002.6.29 2016 6,442,000 2016.5.31 2001 1,800,000 2001.6.30 2015 6,136,000 2015.5.29 2000 1,850,000 2000.6.30 2014 5,881,000 2014.5.30 1999 1,750,000 1999.6.30 2013 5,680,000 2013.5.31 1998 2,000,000 1998.6.30 2012 5,480,000 2012.5.31 1997 2,000,000 1997.6.30 2011 5,300,000 2011.5.31 1996 2,000,000 1996.6.28 2010 5,240,000 2010.5.31 1995 2,050,000 1995.6.30 2009 5,030,000 2009.5.29 1994 2,100,000 1994.6.30 2008 5,190,000 2008.5.31 1993 2,300,000 1993.5.22 2007 4,630,000 2007.5.31 1992 2,500,000 1992.6.5 2006 3,910,000 2006.5.31 1991 2,100,000 1991.6.29 2005 3,430,000 2005.5.31 1990 1,650,000 1990.8.30

3. 쟁점부동산 관련 청구인과 이○○의 사업자등록 내역 대표자 소재지 개업일(폐업일) 업태/종목 비고 청구인 서울 송파 방이 179-5 2012.1.1(-) 부동산/기타부동산임대 2019.6.26직권등록 이○○ 상동 1983.8.1(2018.8.23.) 부동산/비주거용건물임대 신고폐업

4. 양도소득세 신고․경정 내역

○ 감사관은 청구인과 이○○가 쟁점부동산을 일괄양도 후 임의 구분 기재한 가액으로 예정신고하였으므로 기준시가에 의해 구분 계산할 것을 처분지시하였고, 처분청은 아래와 같이 매매대금을 안분하였으며 취득가액과 기준시가의 적정여부에 대하여 청구인과 처분청의 다툼은 없다. (백만원) 구분 합계 토지대금 건물대금 납부세액 양도가액 취득가액 양도가액 취득가액 양도가액 취득가액 건물부가세 청구인 이○희 신고 7,000 1,180 6,000 (86%) 631 909 (14% ) 549 90 1,538 74 경정 7,000 819 6,813 (97.3%) 717 169 (2.7% ) 102 16 1,795 5 차이

• 813 85 △739 △446 △73 257 △69, △73 기준 시가 3,891 456 3,796 (97.6%) 399 94 (2.4%) 57 * 건물부가가치세 포함하여 산정한 비율 부가가치세

5. 쟁점부동산 매매계약서

소재지:

○○시

○○ 구

○○ 동 1**-*번지 토 지: 대 560.8㎡(169.64평) 건 물: 195.19㎡(59평)

매매대금: 금 칠십억원(￦7,000,000,000) ※ 토지가 60억원, 건물가 10억원으로 한다. (VAT포함) 계 약 금: 금 칠억원(￦700,000,000)은 계약시에 지불하고 영수함. 영수자(청구인, 이○○) 잔 금: 금 육십삼억원(￦6,300,000,000)은 계약후 4개월 이내 지불한다. 잔금일 2018년 8월23일로 한다. (중략) 특약사항

1. 매매대금은 위 토지와 토지상에 존재하는 건축물 및 지상물 일체를 포함한 가격이다.

5. 상기 부동산의 임대차 보증금은 매수인이 인수하고, 매매대금 잔금에서 공제하고 지불한다. (이하 생략)

2018. 4. 24. 매도인(토지): 청구인 매도인(건물): 이○○, 대리인 김○○ 매수인: 청구외법인, 대리인 유○○

6. 감사관 시정사항

7. 청구인이 제출한 사실확인서

• 가) 이○○ 대리인 김○○ 본인은 ○○시 ○○구에 거주하는 자로서 2018. 4. 24. 쟁점토지 및 쟁점건물 매매시 토지소유자 청구인과 건물소유자 이○○의 대리인으로 매매계약서를 작성한 사실이 있습니다. 상기 부동산의 매매시 매매가액을 총 70억 중 토지 60억원, 건물 10억원으로 매매계약서를 작성하고 계약금 및 잔금을 매도자의 각자 예금통장으로 매수자가 송금하였습니다. 상기 부동산을 인근 부동산 사무소인 ○○공인중개사 사무소 및 △△부동산에 토 지가 60억원, 건물가 10억원 매매조건으로 매도확약서를 작성하여준 사실이 있으며 건물주인 이

○ ○ 씨가 매도가액을 10억원 전제로 매수자를 물색하던 중 2018. 4. 24. 청구외법인이 직접 사무실을 방문하여 매매조건을 수락하고 계약을 하고 잔금은 2018. 8. 23.로 매매한 사실이 있습니다. 2019년 12월 일 주소: ○○시 ○○구 성명: 김○○

• 나) ○○공인중개사무소 대표 황○○ 본인은

○○시

○○구에서 ○○공인중개사 사무소를 2010. 8. 6.부터 현재까지 부동산 중개업을 하고 있습니다. 2017. 10.초 쟁점토지와 쟁점외 건물의 매도가액 총 70억원에 토지가 60억원, 건물가 10억원의 매도의향서를 받아 수차례 매매를 추진하였으나 건물가액 10억원을 매수자가 인정하지 않아 매매가 이루어지지 않은 상태에 2018. 4월에 매매되었다는 통보를 받은 사실이 있음 을 확인합니다. 2019년 12월 일 주소: ○○ ○○구 상호: ○○공인중개사사무소 사업자번호: 2--* 성명: 황○○

• 다) △△공인중개사무소 대표 박○○ 본 인은

○○시

○○구에서 ○○공인중개사 사무소를 2008. 1. 20.부터 현재까지 부동산 중개업을 하고 있습니다. 2017. 11.초 쟁점토지와 쟁점외 건물 매도가액 총 70억원 으로 토지가액 60억원, 건물가액 10억원 매도의향서를 지인을 통하여 매도인 이○

○ 의 대리인 김○○으로부터 받아 수차례 매매를 추진하였으나 건물가액 10억원의 조건을 충족하는 매수자가 없어 매매가 이행되기 어렵다고 통보하고 포기한 적이 있습니다. 2019년 12월 일 주소: ○○시 ○○구 상호: △△공인중개사사무소 사업자번호: 1--* 성명: 박○○

8. 국세통합전산망에 따르면, 이○○는 2018. 8. 23.자로 부동산 임대업을 폐업 신고하였으며 2018. 8. 24. 제출한 2018년 제2기 부가가치세 과세표준 신고서 및 매출처별 세금계산서합계표에서 쟁점건물의 공급가액을 909백만원으로 하여 매출 신고한 사실이 확인되며, 2017년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 재무상태표에는 건물가액이 52,884,761원으로, 토지가액은 399,743,000원으로 기재되어 있다.

9. 부동산매매계약서에 건물과 토지대금이 구분 책정되어 있지만 그와 같이 구분한 객관적인 기준이나 근거에 대해 청구인이 별도로 제시한 자료는 없다.

• 라. 판단

1. 관련법리 ⑴ 소득세법제100조 제2항, 소득세법 시행령제166조 제6항은 양도소득세의 부과를 위하여 양도차익을 산정함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 정하고 있다. 또한, 소득세법제100조 제3항에서는 ‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 대금이 같은 항에 따라 안분계산한 대금과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정되어 있다.

2. 쟁점토지와 쟁점건물의 대금 구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부에 대한 판단

• 가) 위 법리와 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도대금의 구분이 불분명한 경우로 보여진다.

① 쟁점부동산의 양도일 현재 쟁점토지의 기준시가는 3,796백만원이고 쟁점건물의 기준시가는 94백만원으로서, 쟁점부동산 매매대금 7,000백만원을 기준시가 비율로 안분계산 시 쟁점토지가액은 6,813백만원, 쟁점건물가액은 169백만원으로, 쟁점건물의 경우 실제매매대금인 1,000백만원과 100분의 30 이상 차이가 발생하여 소득세법 제100조 제3항의 토지와 건물 등의 대금 구분이 불분명한 때에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

② 부동산매매계약서에 건물대금과 토지대금이 구분 책정되어 있지만, 청구인은 건물소유자 이○○가 건물 대금 10억원을 받기 전에는 매매하지 않는다는 조건을 제시하였고 청구외법인이 이를 인정하여 매매가 이뤄졌다는 주장 이외에는 쟁점부동산 매매대금을 토지대금 60억원과 건물대금 10억원으로 구분한 객관적인 구분 기준을 제시한 바 없다.

③ 쟁점부동산 매매대금을 토지와 건물의 기준시가에 따라 안분하였을 경우 쟁점건물대금은 쟁점부동산매매대금의 2.4%인데도 불구하고 14%인 1,000백만원을 배분한 것은 통상의 거래관행을 벗어나 청구인과 이○○가 특수관계자였기 때문에 가능한 것으로 보이는 점 등을 비추어 볼 때 쟁점건물대금과 쟁점토지대금의 구분이 합리적이었다고 볼 만한 사정이 있다고 보기 어렵다.

• 나) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어 토지와 건물 대금 구분이 불분명하다고 보아 기준시가 비율로 안분하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.