소득세법상 사업자등록을 하지 않은 임대주택은 장기임대주택에 해당하지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2018.4.6. 서울특별시 ○○구 ○○로 *** ○○아파트 101동 1903호(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 양도하고, 2018.5.25. 1세대1주택 고가주택으로 양도소득세 53,508,040원을 신고․납부한 후, 2018.7.27. 1세대2주택으로 수정신고하여 양도소득세 151,389,283원을 추가납부하였다.
• 나. 이후 청구인은 2018.12.19. 쟁점양도주택이 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에서 규정한 1세대1주택의 특례에 해당하므로 추가로 납부한 세액 151,389,283원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 2019.1.4. 청구인의 배우자 소유의 임대주택인 □□

□□시 □□구 □□읍 □□리 ***번지 □□아파트 804동 1202호(이하 “쟁점 임대주택”이라 한다)이 양도일 현재 ｢소득세법｣상 사업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에 따른 장기임대주택(이하 “장기임대주택”이라고만 한다)에 해당하지 않음을 사유로 경정청구를 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.10. 이의신청을 거쳐 2019.8.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 세법상 무지로 인하여 양도일 현재 쟁점임대주택에 대하여 관할 세무서에 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록은 누락하였으나, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “｢민간임대주택법｣”이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자를 2015.3.26. BB시에 등록하였으며, 사후적으로 ○○세무서에 동일 과세기간인 2018.10.24. 사업자등록을 하였고, 임대개시일도 소급하여 2015.3.26.로 하여 조세 포탈의 의사가 없음이 자명하다.
• 나. 비록 청구인이 관련 법령을 숙지하여 못하여 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록을 누락하였으나, ｢민간임대주택법｣ 제5조 에 따른 임대 사업자 등록을 BB시에 2015.3.26. 등록하였으므로 임대주택 여부는 충분히 전 산상으로 확인될 사항인 점으로 미루어 볼 때, 단순히 납세자가 조세포탈 의사 없이 사업자등록을 하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 부인한 것은 부당하다.
• 다. 또한 최근 2018년부터는 임대사업자등록과 관련하여 관할 지방자치단체와 국세청이 전산상으로 연계되어 지방자치단체에만 신고하면 자동으로 국세청에 신청되도록 하여 납세자의 편의가 증진되었다. 이러한 점으로 볼 때 과거 국세행정의 미비함으로 인한 불이익을 납세자에게만 전가하는 것은 불합리하다.
• 라. 상기와 같은 이유로 쟁점임대주택은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에서 정하고 있는 장기임대주택으로 보아야 한다. 따라서 쟁점양도주택의 양도는 1 세대1주택의 특례에 해당하므로 이 건 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.

• 가. 쟁점양도주택 양도 당시 청구인의 배우자는 쟁점임대주택 1채를 소유하며 임대하고 있었으나, 1세대1주택 판정시 주택수에 포함하지 않는 장기임대주택이란 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록을 하고 ｢민간임대주택법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 하므로 청구인의 배우자가 쟁점임대주택에서 임대사업을 영위하였다 하더라도 사업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에 따른 장기 임대주택에 해당하지 않는다.
• 나. 또한 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면 요건의 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것인바, 양도일 이후 사후적으로 사업개시일을 소급하여 사업자등록을 하였다 하더라도 양도일 현재 사업자등록이 되어 있지 않다면 해당 특례의 장기임대주택 요건을 충족하였다고 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 ｢민간임대주택법｣상 임대사업자등록은 하였으나 ｢소득세법｣상 사업자등록을 하지 않은 주택을 장기임대주택으로 보아 1세대1주택 비과세 판단 시 보유주택 수에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.～2. (생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족 하는 주택 (이하 생략) 1-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) 1-2) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우 에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. (단서 생략)

1. 거주주택: 거주기간(괄호 생략)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

3. (생략) 1-3) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임 대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. (각목 생략) 2) 소득세법 (2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되고 2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제168조【사업자 등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록을 하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. <2014.12.23. 단서 신설> 2-1) 소득세법 부칙 <법률 제12852호, 2014.12.23.> 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제12조제2호나목, 제45조제2항ㆍ제3항 및 제52조제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제163조제1항제1호의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제48조제1항 ㆍ제2항, 제55조제2항, 제94조제1항제5호, 제99조제1항제7호, 제102조제1항제3호, 제103조제1항제3호, 제104조제1항제12호, 제105조제1항, 제118조의2, 제118조의5제1항, 제118조의7제1항, 제118조의8, 제163조제1항제2호 및 제174조의2의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행하고, 제14조제3항제7호, 제64조의2, 제70조제2항 및 제168조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일 부터 시행한다. <개정 2016.12.20> 제4조(분리과세 주택임대소득에 관한 적용례) 제14조제3항제7호, 제64조의2, 제70조제2항 및 제168조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 적용한다. <개정 2016.12.20> 2-2) 소득세법 (2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제168조【사업자 등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 2018.12.31> 3) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장․특별자치도지사․시장․군수 또는 구청장(구천장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장․군수․구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 1) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘세대별 주택보유 현황 조회’에 의하면, 쟁점양도주택 양도 당시 청구인 세대의 주택보유 현황은 다음과 같다. <쟁점주택 양도 당시 청구인 세대의 주택보유 현황> 소유자 소재지 취득일 양도일 토지면적 (㎡) 건물면적 (㎡) 비고 청구인 서울시 ○○구

4. 6. 49.22 108.8 쟁점양도주택 김AA (청구인의 배우자)

□□ □□시 2015. 3. 19. 102.92 132.63 쟁점임대주택 2) 2015.3.26. BB시장이 발급한 ‘임대사업자 등록증’에 의하면, 청구인의 배 우자는 2015.3.26. 쟁점임대주택에 대하여 임대시작일을 2015.3.26.로 하여 임 대주택법에 따라 임대사업자 등록을 한 것으로 확인된다. 3) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘사업자 기본사항 조회’에 의하면, 청구인의 배우자는 쟁점양도주택 양도일(2018.4.6.) 이후인 2018.10.24. 처분청에 주소지를 사업장으로, 업종을 부동산/주택임대업으로, 개업일자를 2015.3.26.로 하여 쟁점임대주택에 대한 사업자등록(부가가치세 면세사업자)을 신청하였고, 같은 날 처분청으로부터 사업자등록증을 발급받은 것으로 확인된다. 4) 처분청의 ‘경정청구 처리 결과 통지서’에 의하면, 처분청은 “장기임대주택 소유시 거주주택 특례의 장기임대주택이란 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록을 하고 ｢민간임대주택법｣ 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록 하여 임대하고 있을 것을 요건으로 하므로, 청구인의 배우자가 양도일 현재 사 업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에 따른 장 기임대주택에 해당하지 않음”을 사유로 경정청구를 거부처분하였다. 5) 2018.4.2. ｢민간임대주택법 시행규칙｣ 제2조 제2항 에 지방자치단체에 임대주택을 등록하면서 부가가치세법상 사업자등록신청서를 제출하는 경우 이를 관할 세무서로 이송하도록 하도록 하는 규정을 신설하고, 2018.4.2.부터 주택임대 사업자가 지방자치단체장에게 임대사업자 등록 신청 시, 신청서 상 ‘세무서 사업자 등록 신청서 제출’에 동의하는 경우 세무서를 따로 방문할 필요 없이 기관 간 연 계하여 신청정보를 주고받아 사업자등록 처리를 해주는 ‘주택임대 사업자등록 신청 간소화서비스’가 시행되고 있다. 라. 판단 1) ｢소득세법｣ 제89조 제1항 제3호 가목, ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항, 제154조 제1항이 정한 1세대1주택 비과세 요건 중 하나인 ‘장기임대주택’에 해당 하려면, ① 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관하여 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록을 하였을 것, ② 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관해 ｢민간임대 주 택법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였을 것, ③ 양도일 현재 1세대가 그 주택을 임대하고 있을 것의 요건이 모두 충족되어야 한다. 2) 한편, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석 하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조), 양도소득세를 과세함에 있어 양도차익은 자산의 양도 당시를 기준으로 산출하는 이상 당해 자산의 양도가 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 판정하여야 한다(대법원 1998.7.10. 선고 97누20816 판결 등 참조) 3) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하여 쟁점주택의 양도가 1세대1주택에 해당 한다고 주장하나, 쟁점양도주택 양도 당시 쟁점임대주택의 임대와 관련하여 ｢ 소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록이 마쳐지지 아니하였으므로 쟁점임대주택은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항 에서 규정한 ‘장기임대주택’에 해당한다고 볼 수 없다(같은 뜻 조심2017서3559, 2017.10.16., 조심2016광3644, 2016.12.14. 등 다수). 따라서 처분청이 쟁점양도주택은 1세대1주택 특례대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.