실지거래가액이 확인되는 경우에는 환산취득가액을 부인하여 양도차익을 산정하는 것임

• 가. 청구인은 □○ BC구 ○○동 15□-7 대지 340.3㎡, 근린생활시설 용도인 건물 922.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 지분 1/2을 2016.8.23. 715,000,000원에 양도하고, 1994.10.5. 취득한 토지의 청구인 지분 170.15㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 환산취득가액 281,596,238원으로, 1995.11.24. 신축한 건물의 청구인 지분 461.25㎡은 환산취득가액 230,432,723원으로 계산하여 양도소득세 31,748,688원을 2016.10.31. 신고․납부하였다.
• 나. 국세청 감사관(이하 “조사청”이라 한다)은 2018년 취득분야 기획감사시 청구인이 쟁점토지를 □○도시공사로부터 취득한 실가를 확인하여 환산취득가액을 부인하고 실가를 적용하여 처분청에 경정하도록 처분지시하였으며, 처분청은 2019.2.1. 청구인에게 2016년 과세연도 양도소득세 38,075,600원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.1. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 신의성실한 납세자의 의무를 이행하려고 하였으나, 매우 오랜 시간이 경과하였고, 세무적 전문지식이 없이 기준시가 방법을 신뢰하였으므로 이 건 부과처분은 부당하다. 청구인은 쟁점토지를 □○도시공사로부터 1994.10.5. 취득하여 1995.11.24. 근린생활시설 건물을 신축하여 2016.8.23. 양도하면서, 실지거래가액을 확인할 수 없는 사정으로 대리하는 세무사가 환산가액으로 신고한 것으로 당초 신고내용은 적법하고, 27년이나 경과된 쟁점토지 취득계약서를 확인하여 양도소득세를 부과처분한 처분은 부당하므로 선처할 필요가 있다.
• 나. 청구인은 양도소득세 신고와 관련하여 전문적 지식이 없으므로 양도관련 일체의 자료를 대리 세무사에게 제출하였으며, 성실하게 적법한 세금을 납부하고자 한 사실이 있고, 환산취득가액도 공공기관에서 제정 고시하는 기준시가에 근거하는 신뢰할 수 있는 자료이며, 기준시가 역시 시세를 반영하고 있으므로 환산취득가액은 신뢰한 청구인의 사정이 충분히 고려되어야 한다.

소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 경정․경정 및 통지) 제2항은 “납세자 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.”라고 규정하였으며, 제척기간내에 처분청은 적법하게 부과처분하였다. 소득세법 제97조제1항제1호 에서 양도소득의 필요경비는 자산 취득에 든 실지거래가액의 의하도록 규정하고 있고, □○도시공사에서 확인한 토지분양확인서에 따라 청구인이 분양대금으로 납입한 실지 취득가액이 확인되어 환산취득가액을 부인한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

□○도시공사에서 확인한 분양납입금액이 실지거래가액으로 인정되므로 환산취득가액을 부인하는 것인지 여부 나. 관련법령 1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23, 2016.12.20>

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. <개정 2016.12.20> 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2016.12.20>

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 4) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2015.12.15> 6) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.4.12, 2012.1.1>

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 7) 소득세법 시행령(2016.8.31. 대통령령 제27471호로 개정되기 전의 것) 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다. <개정 1996.12.31, 2005.12.31, 2010.2.18, 2012.2.2, 2015.2.3>

1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제6항 에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(법인세법 제16조제1항제5호 의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다. 8) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. 9) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조제1항 및 동조제2항제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 10) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 법률 제27838호로 개정되기 전의 것) 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계

1. 청구인 양도소득세 신고내용 청구인 외 1인은 2016.8.23. 쟁점부동산을 1,430,000,000원에 양도하였으며, 청구인은 청구인 지분 1/2에 대하여 양도가액 715,000,000원, 취득가액은 환산취득가액 512,028,961원으로 하여 2016.10.31. 양도소득세를 신고․납부하였으며, 취득가액은 쟁점토지 281,596,238원, 신축한 건물 230,432,723원의 합계이다. <양도소득세 신고내용 중 해당부분> (단위:백만원) 신고내용 구 분 합계 토지 건물 양도가액 715 358 356 취득가액 512 281 230

2. 조사청 취득가액 실지거래가액 확인사항 청구인은 1994.10.5. 취득한 쟁점토지 취득가액을 실지거래가액이 확인되지 아니한다는 사유로 환산취득가액 281,596,238원을 적용하였으나, □○도시공사사장이 확인한 양도가액은 162,261,590원으로 확인된다. <토지분양 확인서 해당부분>

1. 분양계약자: 청구인

2. 분양토지: □○시 BC구 ○○동(DC지구 ○-○-○)

3. 대금납부내역: 합계 162,261,590원 조사청은 쟁점토지의 환산취득가액을 부인하고, 실지거래가액 162,261,590원을 적용하여 이 건 경정결정하였다.

• 라. 판단 아파트의 취득에 관한 취‧등록세 과세표준, 취득 당시 제출된 분양금 입금명세서 및 분양계약서의 열람 및 회신을 요청한 것은 국세기본법 제84조 제1항 에 따른 적법한 절차에 해당한다. 그 결과에 따라 확인된 아파트의 분양가액 215,500,000원은 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액으로서 실지거래가액에 해당하므로, 피고가 이 사건 아파트의 양도가액에서 소득세법 제97조 제1항 제1호 가.목의 취득가액으로서 이 사건 분약가액을 공제한 이 사건 처분은 적법하다(□○고등법원2015누5246, 2015.10.23). 위 법리에 비추어 보면, 이 건 토지의 취득가액은 □○도시공사에서 확인한 분양납입금액으로 확인되는 경우이므로, 취득에 관한 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 적용(소득세법 제114조제7항)하는 환산취득가액을 부인하고 실지거래가액으로 확인된 가액을 적용한 양도차익 산정은 적법한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.