이 건 세무조사 과정에서 처분청이 절차상으로 중대한 위법행위가 있다고 보기 어려움

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2016.1.5. ○○ ○○구 ○○동 254-1 대지 1,070.8㎡ 및 상가 건물 2,139.08㎡(지하 1층·지상 3층, 이하 “양도부동산”이라 한다) 중 청구인 소유지분 1/2(토지 중 청구인 소유지분을 이하 “쟁점토지”라 하고, 건물 중 청구인 지분을 이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고, 2016.3. 30. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도일은 2015.11.10.로, 양도가액은 실지거래가액 6,000백만원으로, 취득가액은 쟁점토지 및 쟁점건물 취득시기에 따라 쟁점부동산 소유지분 1/2(양도부동산 소유지분 1/4)은 환산가액을, 소유지분 1/2은 실지거래가액을 적용하여 2,345백만원으로 하여 양도소득세 927,456,780원을 ○○세무서장에게 신고하였으며, 467,456,780원은 2016.3.22. 납부하고 나머지 분납분 460,000,000원은 2016.5.27. 납부하였다.
• 나. ○○세무서장은 ① 신고서상 쟁점부동산의 양도일이 2015.11.10.로 기재되어 있어 양도소득세 분납기한은 2016.3.31.임에도 청구인인 2016.5.27. 납부하였다고 보아 납부불성실가산세 8,385,866원으로 계산하고, ② 신고서상 정당한 세율(6～35%)에 의한 납부할 세액은 926,506,786원이나 927,456,780원을 납부하였으므로 과다납부한 949,994원을 공제하여 2017.2.10. 청구인에게 2016년 과세연도 양도소득세 7,435,872원(8,385,866원-949,994원)을 경정․고지(이하 “선행부과처분”이라 한다)하였고, 청구인은 2017.2.24. 동 금액을 납부하였다.
• 다. ○○세무서장은 2018.2.27.부터 2018.3.18.까지 청구인에 대한 양도소득세를 조사하여 청구인이 실지거래가액으로 신고한 취득가액에 대하여 입증자료가 불분명하다고 보아 쟁점토지는 환산가액을, 쟁점건물은 양도부동산의 공동소유자 홍길동(소유지분 1/2)의 신고내○○ 양도부동산의 복식기장에 의한 장부가액(청구인과 홍길동은 1981.11.3.부터 양도부동산을 사업장으로 하여 부동산 임대업을 영위하였음)을 취득가액으로 하는 것으로 조사종결하였고, 2018년 4월에 신설된 처분청(이하 ○○세무서장을 함께 “처분청”이라 칭한다)은 이러한 조사내용에 대하여 2018.6.8. 청구인에게 2016년 과세연도 양도소득세 569,579,538원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.16. 이의신청을 거쳐 2019.1.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (쟁점①) 세무조사 절차에 다음과 같은 여러 중대한 위법한 사항이 있으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

1. (2019.1.14. 이 건 청구 시)

• 가) 세무조사를 지체하여 실시하였고, 조사진행 과정에서 조사공무원의 불공정한 행위가 있어 청구인은 방어권을 행사하지 못하였다. 조사공무원은 조사착수 당일 실시한 ‘세무조사오리엔테이션’에서 양도부동산과 관련된 ‘건물감가상각비명세서’(이하 “과세자료”라 한다)를 제시하면서 이 과세자료에 의하여 세무조사대상자로 선정되었다는 사실을 알려주었으나, 세무조사기간 중 만난 사실도 없고 아무런 질문조사를 받은 사실도 없다가 조사종결예정 2일 전에 고지예상세액이 5억 7천만원이라는 사실을 구두로 통보하였다. 과세자료는 단순 활용되는 과세자료가 아닌 세무조사대상자 선정근거가 되는 과세자료임에도 질문조사도 없이 부과처분하는 것은 부실한 세무조사이다. 35년 전 취득한 부동산에 대하여 취득가액을 확인함에 있어 입증 가능한 자료를 요구하였는지, 질문조사권을 행사하여 청구인의 신고내용을 성실하게 확인하였는지 아니면 형식적인 입증촉구에 그쳤는지 살펴야 한다. 고지할 세액의 산출근거를 확인하기 위하여 결정결의서를 서면으로 통지해 줄 것을 서면 및 유선으로 요구하였으나 ‘단순 숫자를 알려주는 것은 아무런 의미가 없다’며 알려주지 않았다. 결국 이의신청에 대한 보정요구를 받은 이후 ‘정보공개청구’를 통하여서야 결정결의서를 받았다. 나) 국세기본법 제81조의3 【납세자의 성실성 추정】에 따르면 청구인의 성실성은 조사공무원이 제시한 과세자료를 처분청이 통보받았을 때 상실되었을 것인바, 청구인은 동 자료를 통보받은 시기 또는 인지시기를 확인하여야 하겠다. 왜냐하면 청구인은 당초 양도소득세 신고 시 과다 납부된 95만원을 환급받아야 하였으나 처분청이 환급을 보류하였으므로 이는 청구인의 성실성이 상실되었기 때문에 환급이 보류된 것으로 볼 수 있다. 또한, 처분청은 분납세액 460,000,000원이 지연납부되었다며 2017년 2월 이에 대하여 경정․고지할 때 과세자료를 방치한 채 정당하게 납부된 세액에 대하여 지연납부되었다고 하여 납부불성실가산세를 잘못 부과한 것은 명백한 직무해태에 해당한다.
• 다) 이 건 부과처분에 대하여 ○○지방국세청장(이하 “○○청”이라 한다)에게 이의신청하면서 처분청에 정보공개청구를 하여 이 건 부과처분의 기초자료인 ① 과세자료의 통지일자, ② 당초 신고 시 과오납한 95만원이 환급되지 않은 이유를 요구하였으나, ①에 대하여는 부존재를 사유로 비공개한다 ②에 대하여는 과오납된 사실이 없다는 회신을 받았으나, 이는 모두 허위 답변이다.
• 라) 청구인은 ○○청 이의신청 심리담당자에게 이러한 허위의 정보공개회신에 근거하여 심리하는 것은 부당하다고 항변하였으나, 과세자료 처리의 불공정과 세무조사절차에 위법이 있다 하더라도 중대한 것이 아닌 경우에 해당한다고 단정하고 이에 대한 심리자체를 배제한 채 심리를 강행하여 결정한 책임이 있다.
• 마) 이 건 조사 이전 청구인은 경매로 취득한 ‘○○ ○○시 ○○읍 ○○리 178-3 전 1,365㎡’를 2015.6.30. 양도하고 사업용토지로 하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 36,600천원을 신고하였으나, 청구인의 자경여부에 대한 조사에 있어 처분청 조사공무원의 재량권 일탈과 남용으로 방어권 행사를 방해받은 사실과 처분청이 부당하게 비사업용토지로 보아 2016.6.8. 양도소득세 27,055,720원을 부과처분한 것에 대하여 현재 행정소송(○○지방법원 0000구단000)을 제기하여 진행 중이다.

2. (2019.3.20. 1차 항변자료) 처분청은 청구이유에 대한 답변에서 ‘세무조사절차에 위법이 있다 하더라도 중대한 것인 아닌 한 과세처분의 취소 사유는 아니라는 대법원 판례(2009두2580)를 들고 있으나, 반대해석하면 중대한 위법이 있으면 부과처분의 취소사유가 된다. 처분청의 위법한 행위는 다음과 같다.

① 조사종결 후 결정결의서 통지를 거분한 사실, ② 이의신청 심리과정에서 보정요구를 받고 결정결의서를 받지 못한 사정을 들어 보정서류제출을 연기 요청하였으나 이를 거부하면서 정보공개요청을 통하여 확보하라고 한 사실, ③ 조사지체로 인한 납부불성실가산세 부과가 부당함을 항변하기 위하여 당초 신고 시 발생한 95만원의 환급보류 이유, 적기에 46백만원을 분납하였음에도 지연납부되었다며 납부불성실가산세를 부과한 사실, 이 건 부과처분의 유일한 근거인 과세자료 입수 경위 및 시기에 대하여 정보공개를 요청하였으나 허위 회신한 사실이 있다. 과세자료 수보시기는 과오납 95만원의 환급보류 사유와 함께 처분청의 조사지체가 인정될 경우 조사지체의 개시일부터는 납부불성실가산세를 부과처분하는 것은 위법하다. 과세자료 내용을 따르더라도 그 장부가액은 1980년의 가액인바, 청구인은 1985년 쟁점건물을 취득하였음에도 처분청은 아무런 질문조사를 거치지 아니한 채 이 건을 부과처분하는 것은 잘못이다.

3. (2019.3.29. 2차 항변자료) 청구인은 2019.1.30. 및 2019.2.18. 방어권 방해행위(결의서 등 과세근거 미교부, 이의신청 심리시 과세자료 통보가 없다는 허위내용 항변에도 심리강행)에 대하여 ○○지방국세청(감사관)에게 민원을 제기하였으나, ○○지방국세청장은 2019.3.6. 조사절차와 범위를 준수하였고, 공무원이 재량권 일탈 내지 남용은 없었다는 내용으로 의례적 회신만 하였다. 그러나 이 건 부과처분의 유일한 근거인 과세자료가 사업장 관할세무서인 ○○세무서에서 적법하게 통보되어 처분청이 수보한 문서인지 확인하여야 한다. 과세자료는 1980년 장부금액이고 청구인은 쟁점건물을 1985년 취득하였으므로 적법하지 아니하게 입수된 문서일 가능성이 크다. 처분청은 정보공개청구에서 과세자료가 부존재하다고 하였으나 결코 부존재일 수 없는 문서이다. 또한, 당초 신고 시 95만원을 과다납부하였음에도 이 건 부과처분 시 기납부세액으로 공제하는 것은 부당하다. 처분청이 분납세액을 지연납부하였 하여 가산세를 부과한 금액은 1일 3/10,000(연 10.95%)이나, 청구인이 과다납부한 95만원은 1.65%의 환급가산금도 반영하지 않은 채 기납부세액으로 공제하였기 때문이다.

4. (2019.4.17. 3차 항변자료) 처분청 공무원들이 과세자료가 존재함에도 부존재라는 허위 공문서를 작성하여 이의신청 심리자료로 제공한 행위에 대하여 사법적 책임을 물어야 하나, 청구인은 행정청 내에서 이 문제가 해결되기를 원한다.

5. (2019.5.13. 4차 항변자료) 청구인은 2019.3.29. 처분청 공무원들의 허위 공문서를 작성 등(선행부과처분 및 이 건 부과처분) 잘못에 대하여 ○○청(○○)에 민원을 제기하였으나, 국세청장은 ○○지방국세청장에 제출한 민원내용과 동일하다고 하고, 선행부과처분은 동일한 사안으로 볼복 권리구제절차로 행정소송(○○지방법원0000구단000)이 진행되고 있어 민원처리 대상에서 제외된다는 회신을 받았다(○○-000, 0000.0.00.).

6. (2019.12.9. 5차 항변자료) 과세자료는 처분청이 조사착수 직전 국세청전산시스템에서 임의로 수집한 자료라는 사실이 확인되어 동 서류가 부존재라는 회신이 사실이 아님이 명백해졌다. 청구인은 쟁점건물의 1/2(양도부동산 건물지분의 1/4)은 신축하여 1980년 원시취득하였으나, 나머지 1/2은 1985년 취득하였음에도 이에 대하여 질문조사를 하지 아니한 채 5년 전의 가액 그대로 적용하였다. 쟁점토지 또한 마찬가지이다. 처분청 공무원이 질문조사 없이 특정 납세자를 표적으로 하여 부과처분한 행위는 공무원의 재량권 일탈 내지 재량권 남용이다.

• 나. (쟁점②) 과다납부된 95만원을 환급하지 않은 채 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다. 청구인은 당초 95만원이 과다납부된 사실을 인지하지 못하였다가 처분청이 신고서를 전산입력하는 과정에서 확인되어 환급하여 주겠다는 연락을 받았고 굳이 이러한 사실이 없더라도 95만원은 당연히 환급되어야 했다. 그러나 처분청은 95만원 환급을 방치하다가 오히려 11개월이 지난 2017년 2월 분납세액 46백만원이 지연납부되었다며 7,823,070원을 고지한 사실이 있는바, 이 건 세무조사 시 처분청이 청구인의 양도소득세 분납일을 오인한 명백한 잘못이 있는 것이 확인되었다.

• 가. (쟁점①) 세법에 따라 적법하게 세무조사를 실시하여 이 건 양도소득세를 부과처분하였으므로 청구주장은 이유가 없다.

1. 세무조사 지체 여부 청구인은 2016.3.30. 신고한 양도소득세의 성실성 추정이 상실되는 시기가 ‘과오납 95만원을 환급 보류한 시점’ 또는 청구인을 조사대상자로 선정하게 된 근거문서인 ‘과세자료(건물감가상각비명세서)’를 처분청이 인지하였거나 수보받은 시기’이고 이때부터 청구인의 양도소득세를 조사하여야 하였으나, 지체하여 2018.2.27. 조사에 착수하였기 때문에 세무조사 실시가 지체되었다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제81조의6 【세무조사 관할 및 대상자 선정】 제3항 제4호는 세무공무원은 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우 세무조사를 할 수 있다고 규정되어 있고, 같은 법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】 제1항 제3호는 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년 간 청구인의 양도소득세를 경정할 수 있다. 따라서 처분청이 청구인의 양도소득세 신고내용에 대하여 탈루나 오류의 혐의가 있어 국세부과 제척기간 내 조사를 착수하여 동 기간 내 이 건을 부과한 처분은 적법하다.

2. 부실한 세무조사 여부

• 가) 청구인은 세무조사 착수일 ‘세무조사오리엔테이션’만 받았고, 세무조사 종료 2일 전에 과세예상세액이 5억 7천만원이라는 통보만 받았을 뿐 세무조사기간 중 조사공무원을 만난 사실도 없고 질문조사를 받은 사실도 없어 부실한 세무조사라고 주장한다. 그러나 조사착수일에 세무조사 안내 및 납세자권리헌장을 낭독한 뒤 전달하고 수령증 및 청렴서약서를 받았다. 그리고 청구인이 취득 시 건물가액을 실거래가액으로 신고한 것에 대하여 금융증빙 등 관련서류가 있으면 제출하여 줄 것을 요구하였으나, 청구인은 조사종료 2일 전까지 관련증빙을 제출하지 아니하였고, 처분청은 다시 한 번 처분청의 결정예정사항에 대하여 설명하고자 처분청으로 방문을 요청하여 건물분 취득에 관한 실거래가액 증빙이 없으면 장부가액으로 경정․고지할 수밖에 없다고 재차 설명하였다.
• 나) 조사종결 후 청구인은 과세예고 통지서를 받고 동 통지에 관한 문의사항을 우편으로 보내주길 원하여 청구인과 통화하여 단순히 숫자를 적어 보내는 것은 별로 의미가 없으니, 방문을 요청하여 방문한 자리에서 과세예고한 내용(양도가액부터 납부세액까지)을 하나씩 설명하였고 청구인은 이를 받아 적었다. 청구인이 납부불성실가산세 항목에 대한 세금감면을 요청하여 조기결정신청을 이용하면 가산세 400만원 가량 줄일 수 있음을 안내하여 2018.3.28. 청구인으로부터 조기결정신청서를 받았다. 이와 같이 처분청은 조사과정에서 쟁점건물 취득과 관련한 금융증빙 등 객관적인 증빙이 있으면 제출할 것을 요구하였으나, 청구인이 제출하지 아니하였고, 공동사업자 홍길동이 양도부동산의 장부가액으로 제출한 과세자료상의 금액이 청구인이 신고한 쟁점건물의 장부가액과 동일한 금액이므로 양도부동산의 장부가액 확인을 위한 별도의 질문조사가 불필요하여 청구인에게 질문조사를 하지 아니한 것이다.
• 다) 또한, 청구인은 과세자료가 세무조사 선정근거가 된 것임에도 청구인에 대한 질문조사 없이 조사종결한 것은 명백한 부실조사에 해당된다고 주장한다. 그러나 우선, 과세자료(건물감가상각비명세서)는 쟁점건물 사업장 관할 세무서인 ○○세무서로부터 통보받은 것이 아니라 청구인이 신고한 양도소득세의 취득가액 적정여부를 확인하기 위하여 공동사업자였던 홍길동이 신고한 양도소득세 신고서의 첨부서류 중 하나로써, 공동사업자의 경우 종합소득세 신고 시 공동사업장에 대한 소득금액을 계산한 후 공동사업자 지분별로 소득을 분배하므로 양도부동산의 장부가액으로 제출한 과세자료상 금액은 청구인의 쟁점건물 장부가액과 동일한 금액이므로 쟁점건물 취득가액을 확인하기 위하여 별도의 질문조사 절차가 꼭 필요한 것은 아니었다.
• 나. (쟁점②) 이 건 부과처분 중 납부불성실가산세를 부과한 내용에는 잘못이 없다.

1. 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 2016.3.31. 양도소득세를 신고하면서 ① 양도소득세 납부할 세액(결정세액)을 계산함에 있어 과세표준 2,489,228,385원에 38%의 양도소득 누진세율을 적용한 뒤 누진세액공제로 19,400,000원을 적용하여야 하나 18,4500,000원만 공제하여 결정세액을 정당한 세액 926,506,786원보다 950,000원이 많은 927,456,786원으로 잘못 신고하였고, ② 쟁점부동산의 양도일은 2016.1.6.(소유권이전 등기 접수일, 매매계약서상 잔금청산일)이나, 매매계약일인 2015.11.10.로 잘못 기재하여 신고하였다. 이에 처분청은 분납분 양도소득세 460,000,000원의 납부기한이 도래하지 아니하여 과다납부된 950,000원을 즉시 환급하지 아니하였다가, 청구인이 신고한 당초 신고서에 따른 분납세액 납기(납부기한이 지난 후 2개월 이내)가 2016.3.31.(실제 정확한 분납세액 납부기한은 2016.5.30.일임)임에도 청구인이 지연하여 2016.5.27. 납부한 사실을 확인하고, 2017년 2월 지연납부에 대한 불성실가산세 8,385,866원을 고지하면서 950,000원은 기납부세액으로 하여 차액 7,435,872원만 경정․고지(선행부과처분)한 사실이 있다. * 7,435,872 = (분납분 460,000,000원의 지연납부에 따른 가산세 8,385,866) - (과오납금 949,994원) 청구인은 선행부과처분에 대하여 불복절차를 진행할 수 있었으나 그러하지 아니하였다.

2. 이 건 세무조사결과, 청구인 및 공동소유자 홍길동이 1981.11.3. 양도부동산의 건물부분(그 중 1/2은 청구인의 쟁점건물임)을 신축하여 부동산 임대업을 영위하다가 2016.1.15. 양도하였는바, 복식기장에 의한 장부가액 및 홍길동이 신고한 양도소득세 신고서의 첨부서류인 과세자료에 의하여 청구인소유 쟁점건물의 신축가액 196,031천원(전체금액 392,062천원)이 확인되어 동 금액에서 감가상각비 100,594천원을 제외하여 이 건 부과처분 시 취득가액은 실거래가액(장부가액) 95,437천원을 적용하였다. 이때 처분청은 납부불성실가산세를 계산함에 있어 경정 후 결정세액1,367,014,296원에서 청구인이 937,456,780원(청구주장 95만원이 포함되어 있음)과 선행부과 고지세액 7,435,872원을 당초 신고 시 정상적으로 납부한 것으로 계산하고, 그 차액 432,121,638원에 대하여 가산세를 부과하였으므로, 청구인이 950,000원을 환급하지 아니한 것은 잘못이라는 주장 및 가산세부과처분이 잘못이라는 주장은 이유가 없다. * 납부불성실 가산세 94,245,730원 = [(경정 후 결정세액 1,367,014,296원) - (당초 신고납부액 927,456,780원 + 선행부과처분 시 납부불성실가산세 고지액 7,435,872원)] × 3/10,000 × 미납일수 727일(2016.4.1.～2018.3.28.)]

• 가. 쟁점

① 세무조사 절차에 위법이 있으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

② 과다납부된 95만원을 환급하지 않은 채 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 <쟁점①과 관련하여> 1) 국세기본법 제81조의3 【납세자의 성실성 추정】 (2015.12.15. 법률 제13552호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 1-1) 국세기본법 제81조의6 【세무조사 관할 및 대상자 선정】

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 2) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. 3) 국세기본법 제26조의3 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 <쟁점②와 관련하여> 4) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실·환급불성실가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 4-1) 국세기본법 시행령 제27조의4 【납부·환급불성실·원천징수납부 등 불성실가산세의 이자율】 (2016.2.5. 대통령령 제26946호로 일부 개정된 것) 법 제47조의4 제1항 제1호·제2호 및 제47조의5 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다. 5) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 6) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6-1) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액 등】 (2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 6-2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 7) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 7-1) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부・매매계약서・영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액.(후단 생략) 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시 기준시가

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계

• 가) 청구인이 쟁점부동산(쟁점토지+쟁점건물)을 취득한 내용에 관하여 부동산등기사항을 보면 다음과 같다.

(1) 쟁점부동산 중 토지의 갑구

(2) 쟁점부동산 중 건물의 갑구

(3) 쟁점부동산 중 건물의 을구

• 나) 청구인은 쟁점토지를 지분으로 취득하여, 1981.11.3. 공동소유자와 그 지상에 건물을 신축하여 부동산 임대업을 영위하다가 2016.1.5. 이순신 등 6인에게 쟁점부동산을 60억원에 양도하고, 다음 <표1>과 같이 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액 및 실지거래가액으로 하고, 양도일은 매매계약일인 2015.11.10로 하여 2016.3 30. 양도소득세 927,456,780원*을 신고·납부(949,994원 과다납부)하였으며, 청구인은 납기 내에 납부할 세액을 완납(2016.3. 22. 467,456,780원 및 2016.5.27. 460,000,000원)한 것으로 나타난다. 사업자등록상 개업일은 1981.11.3.이나, 쟁점건물에 관한 일반건축물대장을 보면 쟁점건물의 사용승인일은 1981.5.19.이다. <표1> 양도소득세 신고 내용
• 다) (선행부과처분) 처분청은 2017.2.10. 쟁점부동산 양도일을 청구인이 신고한 양도일자(2015.11.10.)라고 보고, 분납세액 460,000,000원의 납기가 2016.3.31.임에도 지연하여 2016.5.27. 납부된 것으로 보아 납부불성실 가산세 7,435,870원을 고지하였는바, 경정결의서 나타난 고지세액 7,435,870원의 계산내역은 분납분 지연납부에 따른 가산세 8,385,866원에서 당초 신고 시 과납한 금액 949,994원을 차감한 금액이다.
• 라) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세를 조사한 후 다음 <표2>와 같이 쟁점토지는 환산가액으로, 쟁점건물은 장부가액으로 취득가액을 계산하고, 기납부세액으로 934,892,652원(신고납부액 927,456,780원, 2017.2.24. 납부 7,435,872원)을 공제하여 2018.6.8. 이 건 양도소득세를 경정한 것으로 나타나며, 청구인은 2018.3.28. 조기결정신청서를 제출한 것으로 나타난다.
• 마) 청구인과 공동으로 양도부동산의 지분 1/2를 소유하고 있던 홍길동은 양도부동산 소재지를 사업장으로 하여 부동산 임대업(개업일 1981.11.3.)을 영위한 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점부동산(양도부동산 소유지분 1/2)에 관한 임대소득에 대하여 매년 복식기장의무자로서 장부를 기장하여 종합소득세를 신고한 것으로 나타난다.
• 바) 홍길동은 양도부동산의 지분 1/2를 2015.10.20. 이순신 등 6인에게 0억원에 양도한 후 2015.12.29. 토지는 환산가액 0천원), 건물은 장부가액(실지거래가액) 95,437천원으로 하여 양도소득세 0천원을 신고하고, 동 금액을 나누어 납부한 것으로 나타난다. 홍길동이 신고한 양도소득세 신고서류 첨부서류에는 다음과 같이 양도부동산의 “건물감가상각비명세서”(과세자료)가 첨부되어 있으며, 동 문서에 의하면 2015.10.20.현재 건물의 기초가액은 392,062,082원이고 미상각잔액은 190,875,573원인 것으로 나타난다.

2. 처분청의 조사내용

• 가) 처분청의 이 건 관련한 조사대상 선정 검토표(2018.1.29.)에는 “청구인이 쟁점부동산을 양도하고 취득가액으로 신고한 2,345백만원 중 취득시기별로 실지거래가액 1,800백만원과 환산 취득가액 545백만원으로 구분하여 신고하였으나, 실지거래가액에 대한 증빙 자료가 불명확하고 건물분 감가상각비를 미차감하여 취득가액 적정여부 검토를 위해 조사대상자로 선정한다.”는 내용이 기재되어 있다.
• 나) 처분청은 2018.2.27. 청구인에게 청렴서약서 및 납세자권리헌장 등 수령 및 확인서를 제출받고 조사에 착수한 것으로 나타난다.
• 다) 처분청의 이 건 조사결과를 담은 조사종결보고서의 주요내용은 다음과 같다.

3. 청구인 주장과 관련된 내용

• 가) 청구인은 당초 신고 시 쟁점부동산 취득에 관련하여 보충설명한 “양도부동산에 대한 보충설명”은 다음과 같다.
• 나) 청구인은 2018.8.2. 처분청이 조사 당시 및 이후에도 과세내용에 대해 알려주지 아니하여 방어권 행사를 위하여 다음과 같이 정보공개청구를 청구하였으며, 이에 대한 처분청이 2018.8.8. 회신한 내용은 다음과 같다.
• 다) 청구인이 2019.6.10. 과세자료(건물감가상각비명세서)와 관련하여 쟁점부동산 임대업 사업장을 관할하는 ○○세무서장에게 정보공개를 요구한 것에 대하여 ○○세무서장이 2019.6.17. 회신한 내용은 다음과 같다.

4. 한편, 이 건 조사 이전 청구인은 경매로 취득한 ‘○○ ○○시 ○○읍 ○○리 178-3 전 1,365㎡를 2015.6.30. 양도하고 사업용토지로 하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 36,600천원을 신고하였으나, 청구인의 자경여부에 대한 조사에 있어 처분청 조사공무원의 재량권 일탈과 남용으로 방어권 행사를 방해받은 사실과 처분청이 부당하게 비사업용토지로 본 것에 대하여 불복하여 행정소송(○○지방법원 0000구단000)을 제기하였으나, ○○지방법원은 2019.7.17. 청구인(원고) 주장을 기각한 것으로 나타난다. 청구인이 제기한 ○○지방법원 0000구단000 판결의 일부분은 다음과 같다.

• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

1. 쟁점①, 세무조사 절차에 위법이 있으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

• 가) 관련 법리 국세기본법 제81조의4 제1항 은 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다고 하여 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다. 따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 그 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다고 보아야 한다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결 등 참조). 그러나 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하여 되는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 어떠한 위법이 있다고 하더라도 그것이 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한, 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이다(○○고등법원 2008.12.19. 2007누34707 판결 참조), 더욱이 조세법규는 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 그에 따라 징수하여야 하고, 세법에 규정된 과세소득의 탈루사실이 확인됨에도 이를 과세하지 않는다면 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 된다 하겠다(조심2017중1454, 2017.6.12. 같은 뜻임).
• 나) 청구인은 부실한 세무조사 때문에 방어권 행사를 방해받았으므로 세무조사 절차가 위법하여 이 건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 처분청의 조사대상자 선정과정, 청렴서약서 및 납세자권리헌장을 교부하고 조사를 착수한 과정, 취득 당시 쟁점건물의 실거래가액이 복식기장에 의한 장부가액 및 공동소유자 홍길동의 양도소득세 신고내용에 의하여 확인되어 별도의 질문조사 없이 조사를 종결한 과정, 조사종결 후 세무조사결과통지를 거쳐 이 건 양도소득세가 부과처분된 사실 등에 비추어 이 건 세무조사 과정에서 처분청이 절차상으로 중대한 위법행위가 있다고 보기 어려워 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

2. 쟁점②, 과다납부된 95만원을 환급하지 않은 채 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

• 가) 관련 법리 소득세법 제114조 제2항 은 납세지 관할 세무서장은 양도소득세 예정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 는 국세는 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년 이내에 부과할 수 있으며, 같은 법 제47조의4 제1항은 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있다.
• 나) 청구인은 이 건 납부불성실가산세 부과가 부당하다고 주장하나, 처분청이 이 건 양도소득세를 고지하면서 부과한 납부불성실가산세는 94,245,730원으로 나타나고, 그 계산내역을 보면 산출세액 1,367,014,296원에서 기납부세액으로 934,892,652원을 공제하였는바, 기납부세액에는 ① 신고 당시 정상적으로 납부한 세액 926,506,780원, ② 청구인이 주장하는 과다납부액 950,000원, ③ 처분청이 분납세액의 납부기한을 잘못 보아 2017.2.10. 고지한 7,435,872원(선행부과처분액)이 포함되어 있는 것으로 나타나고 이 금액을 제외한 나머지 미납금액 432,121,644원에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것으로 나타나는 점, 청구인에게 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 양도소득세를 경정하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.