쟁점주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 선입선출법으로 양도차익을 산정한 처분의 당부 ​

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2011.

8. 31.부터 ○○ ○○시 ○○동 000-0에서 ○○한방병원이라는 상호로 한방병원을 실질적으로 운영하면서, 2015년과 2016년 청구인 본인, 배우자 ○○○, 사촌동생이자 ○○한방병원 직원인 ○○○ 명의의 □□증권 및 □□증권 증권계좌를 이용하여 ㈜○○○○○ 비상장주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 거래하였으나 양도소득세를 무신고 하였다.

• 나. ○○세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.

1. 16.부터 2018.

4. 6.까지 청구인의 2015, 2016 과세연도에 대한 개인통합조사 및 양도소득세 조사를 실시하여 2018.

5.

30. 종합소득세 2015 과세연도 00,000,000원 및 2016 과세연도 00,000,000원, 양도소득세 2015 과세연도 00,000,000원 및 2016 과세연도 000,000,000원(이하 “쟁점양도소득세”라고 한다), 증권거래세 2015년 0,000,000원 및 2016년 000,000,000원의 결정결의(안)을 관할세무서인 ○○세무서(이하 “처분청”이라 한다)에 통보하였다.

• 다. 처분청은 2018.

6.

5. 조사청의 결정결의(안)에 따라 쟁점양도소득세 및 증권거래세를 청구인에게 고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2018.

8.

7. ○○지방국세청에 이의신청하였다.

• 라. ○○지방국세청은 청구인의 이의신청에 대하여 쟁점양도소득세는 기각 결정을 하였고, 증권거래세는 청구인이 조사청으로부터 증권거래세 세목에 대한 세무조사통지를 받은 사실이 없는 등 절차상 중대한 잘못이 있다고 판단하여 인용 결정하였다.
• 마. 처분청은 ○○지방국세청의 이의신청 결정에 따라 위 증권거래세를 결정취소한 후 2018.

11.

29. 청구인에게 과세예고통지하였고, 2019.

1.

2. 증권거래세 2015년 2기분 0,000,000원, 3기분 0,000,000원, 4기분 0,000,000원, 2016년 1기분 00,000,000원, 2기분 00,000,000원, 3기분 000,000,000원, 4기분 00,000,000원(이하 “쟁점증권거래세”라고 한다)을 다시 고지하였다.

• 바. 청구인은 이에 불복하여 2019.

1.

14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 않다고 보아 선입선출법을 적용하여 쟁점주식 양도차익을 계산한 것은 위법하다. 1) ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항은 자산의 양도차익을 계산할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있으므로 ‘선입선출법’에 따른 양도차익 산정은 ‘양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우’에 한하여 가능하다. 2) 쟁점주식은 비상장주식으로서 유가증권시장 등에서 거래할 수가 없고 장외에서만 거래가능하나, 일반적인 비상장주식과는 달리 통일주권이 한국예탁결제원에 예탁되어 증권사에 개설된 증권계좌를 통해 유통되는 주식으로 개별주권의 유통 및 관리구조는 상장주식의 거래와 동일하다. 3) 서울고등법원에서 증권회사들이 일반적인 회계원칙과 관행으로 고객의 주식을 후입선출법에 따라 관리하여 오고 있고, 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자 별로 특정할 수 있다면 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 존중하여야 한다(서울고등법원2005누27163, 2006.12.21.)고 판시한바, 증권계좌를 이용한 주식 거래의 경우 양도된 주식을 취득일자 별로 특정하는 것이 가능하고 실제 후입선출법에 따라 관리가 되고 있음을 인정하였다. 4) 또한, 청구인이 거래증권사인 □□증권 AA지점에 쟁점주식 관리방법에 대해 문의한 결과 ‘상장 및 비상장주식의 당사자간대체 및 타사간대체출고 거래시 후입선출방식으로 관리되고 있으며, 가장 최근에 입고된 주식부터 먼저 출고가 된다’는 답변을 받은 바 있다. 5) 따라서, 쟁점주식의 양도차익은 후입선출법에 따라 다시 산정하여야 한다.
• 나. 쟁점증권거래세는 쟁점주식의 양도차익 계산시 필요경비로 공제되어야 한다. 1) 처분청은 소득세법상 양도가액에서 필요경비로 공제할 수 있는 증권거래세를 ‘이미 납부 완료’한 증권거래세로 한정하여 해석함으로써 청구인의 양도소득세 계산시 ‘납부가 예정된’ 또는 ‘고지된’ 쟁점증권거래세를 필요경비로 공제하지 않았다. 2) 소득세법상 필요경비로 공제되는 증권거래세를 ‘｢증권거래세법｣에 따라 납부한 증권거래세’라고 규정한 것은 증권거래세가 납세의무자의 과세표준 및 세액을 신고․납부하는 신고납세방식에 따른 세목으로서 납세의무자의 세액 신고 및 그에 연이은 납부가 예정되어 있기 때문이다. 3) 양도가액에서 공제하는 필요경비는 ‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’으로서 양도인이 지출을 피할 수 없는지 여부 즉, 지출의 불가결성을 기준으로 판단하여야 하므로 설령 아직 납부가 이루어지지 않았다고 하더라도 쟁점주식의 양도와 관련하여 고지된 증권거래세액이 존재하고 그 세액의 지출이 자산의 양도를 위해 불가피하다면 필요경비에 해당한다고 보아야 한다.

• 가. 양도한 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 않아 선입선출 방식으로 쟁점주식의 양도차익을 계산한 것은 정당하다. 1) 청구인이 쟁점주식을 취득할 때에는 거래대금을 지급하므로 주식의 취득시기와 취득가액을 확인할 수 있으나, 양도한 쟁점주식에 대해서는 주식의 취득일자, 수량, 가액 등 취득사항을 별도로 기록․관리하지 않아 당초 보유분과 추가 취득분이 혼재될 수 밖에 없고, 취득주식과 양도주식이 직접 대응되지 않아 양도주식의 취득시기 특정이 불가능하므로 양도한 쟁점주식은 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당한다. 2) 청구인이 제시한 판례는 구 조세감면규제법 제81조의3(장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수특례)의 시행에 따라 증권회사들이 주식소유자가 소유한 주권상장법인의 주식 등이 장기보유 주식인지 여부를 구분하기 위하여 고객 계좌부에 취득․양도에 관한 사항을 기재․관리하게 됨으로써 양도주식의 취득시기를 특정하는 것이 반드시 불가능하다고 볼 수 없으므로 증권사 입․출고방식을 존중하라고 판시한 것으로 쟁점주식과는 사실관계가 다르다. 3)

□□증권 본점도 ○○지방국세청 이의신청 심리담당자의 사실조회에 대해 비상장주식만을 위한 별도의 고객 계좌부가 존재하지 않고, 증권계좌의 입․출고는 매수․매도가 아니며, 계좌상 입․출금 금액이 비상장주식의 매매대금인지 단순 입․출금 거래인지 확인할 수 없다는 회신을 하였는바, 청구인의 증권계좌 거래내역만으로는 쟁점주식의 취득 및 양도시기를 판단할 수 없다. 4) 청구인이 제출한 □□증권 AA지점의 답변내용대로 ‘당사자간대체 및 타사간 대체출고’시 후입선출 방식으로 관리하고 있다 하더라도 증권사 관리방식이 후입선출이라는 것일 뿐, 증권사가 고객이 양도한 주식과 양도주식의 취득시기를 특정한다는 의미가 아니며, 특정할 수도 없다. 5) 가령, 청구인이 취득한 주식을 취득일자별로 기록한 다음 양도시 양도주식을 특정하고 이 기록에 의하여 양도주식의 취득시기를 확인할 수 있다면 취득시기가 분명하다고 할 것이나, 청구인은 이러한 기록이나 자료를 제출한 사실도 없다. 나. 청구인이 납부하지 않은 쟁점증권거래세는 양도차익 계산시 필요경비로 공제할 수 없다. 1) ｢소득세법｣ 제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제5항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 양도비는 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로 규정하고 있다. 2) 청구인은 현재까지 쟁점증권거래세를 납부하지 않은바, 쟁점증권거래세는 쟁점주식 양도와 관련하여 직접 지출된 비용이 아니므로 쟁점양도소득세 계산시 필요경비로 보아 공제할 수 없다. 다만, 추후 청구인이 쟁점증권거래세를 납부한 사실이 확인되면 필요경비로 공제하여 쟁점양도소득세를 경정할 예정이다.

• 가. 쟁점 1) 쟁점주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 선입선출법으로 양도차익을 산정한 것이 부당한지 여부 2) 납부하지 않은 증권거래세를 쟁점양도소득세 계산시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 2-1) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3-1) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】(2018.02.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것)

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. ｢증권거래세법｣에 따라 납부한 증권거래세 4) 증권거래세법제10조 【신고ㆍ납부 및 환급】(2018.12.31. 법률 제16111호로 개정되기 전의 것)

① 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 구분에 따라 과세표준과 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

2. 제3조제3호의 경우에는 매 분기분의 과세표준과 세액을 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 신고할 것

• 다. 사실관계

1. 쟁점주식 발행법인은 0000.

0.

0. 설립된 모바일기기 제조업체로 ○○ ○○구에 소재하고 있으며, 2014 사업연도 이후 법인세 신고내역은 다음과 같다. <표> 쟁점주식 발행법인의 법인세 신고내역(생략) 2) 한국예탁결제원의 증권정보포털(http://seibro.or.kr)에 따르면, 쟁점주식은 0000.

0.

00. 한국결제원으로부터 예탁증권으로 지정(종목코드 000000)되었음이 확인된다. <표> 증권정보포털의 쟁점주식 조회화면 중 일부(생략) 3) 조사청의 청구인에 대한 조사종결보고서에 따르면, 청구인이 거래한 쟁점주식의 연도별 거래내역은 다음과 같다. < 쟁점주식 취득 및 양도내역 > 4) 청구인이 제출한 □□증권 AA지점의 2018.

7. 4.자 회신내용에 따르면, □□증권은 상장 및 비상장주식의 당사간대체 및 타사간대체 출고 거래시 후입선출방식으로 관리하고 있다는 답변을 받았음이 확인된다. <

□□증권 AA지점의 회신내용(생략) 5) 심리담당자가 2020. 3. 20.과 2020. 3. 24. □□증권 BB지점(AA지점과 통폐합)에 통화한바, 청구인에게 위 내용으로 회신한 ○○○팀장은 현재 휴직 중으로 ○○○팀장의 회신내용과 비상장주식 거래에 대해 다른 직원에게 문의한 결과 주요 답변내용은 다음과 같다. 가) 청구인에게 회신한 담당자가 아니므로 회신내용을 정확히 알 수는 없으나, □□증권 AA지점의 회신내용(2018. 7. 4.) 중 ‘후입선출방식으로 관리되고 있다’는 내용은 당사 전산시스템상 상장 및 비상장주식 거래가 후입선출 방식으로 기록되고 있음을 의미하는 것으로 보이며, 당사는 이러한 후입선출 방식에 따라 주식 입․출고시 나중에 입고된 주식부터 먼저 출고되는 것으로 보고 있다. 나) 비상장주식의 증권계좌상 입고․출고는 취득과 양도를 의미하는 것이 아니며, 거래당사자간에 거래가 이루어지므로 증권계좌상 입고․출고일자와 다른 날짜에 거래대금이 입금․출금되는 경우도 얼마든지 있다. 다) 상장주식과는 달리 비상장주식은 거래되는 주식의 수량과 입․출고일자(취득․양도일자가 아님), 액면가액만 전산시스템상 기록․관리되고 있어 증권회사에서는 고객이 실제 취득․양도한 주식의 수량과 거래일자, 거래가액을 확인할 수 없다. 라) 주식 거래시 상장주식과 비상장주식 모두 주권 실물이 수반되는 것이 아니므로 양도되는 주식의 주권발행번호를 특정할 수 없다. 6) 전심 ○○지방국세청의 이의신청 결정서에 따르면, 이의신청 심리담당자는 청구인의 비상장주식 증권계좌 내역에 대한 사실관계를 파악하기 위하여 □□증권에 ‘증권계좌 업무관련 사실조회’ 공문을 시행하였고, □□증권은 아래와 같이 회신하였다. <그림> □□증권의 회신내용(생략) 7) 처분청은 청구인의 주장대로 후입선출방식으로 주식 출고시 앞서 입고된 주식과 혼재되어 있는 잔고에서 출고된다는 추가 의견을 제출하였으며, 그 내용은 다음과 같다. 가) 청구인은 쟁점주식 양도시 아래 그림에서 ③번 주식이 출고된다고 주장하나, 이는 앞서 입고된 주식과 혼재되어 있는 잔고에서 주식이 출고가 된다는 사실을 간과한 것이다. 나) 청구인의 주장이 타당하려면 증권사가 잔고주식을 취득일자별로 분류․관리하고 있어야 함이 전제되어야 하나 증권사는 수수료를 받고 단지 고객이 지정하는 계좌로 주식을 이체해 준 것일 뿐, 주식이체가 취득인지 양도인지 인식조차 하고 있지 않다. 다) 결국, 양도한 주식의 취득시기를 특정할 수가 없어 소득세법 시행령 제162조 제5항 에 따라 취득시기 불분명으로 선입선출법을 적용한 것은 정당하다. <그림> 후입선출방식에 따른 주식 출고(생략) 8) ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호에 따라 양도소득세 계산시 납부된 증권거래세를 필요경비로 공제하는 것에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. 9) 2020. 3. 심리일 현재 쟁점증권거래세 중 청구인이 납부(신용카드 매출채권 추심)한 세액은 총 00,000,000원이며, 그 내역은 다음과 같다. <표> 쟁점증권거래세 결정 및 수납내역(생략) 10) 처분청은 2020. 3. 심리일 현재 납부된 쟁점증권거래세(가산세 제외)를 필요경비로 공제하여 양도소득세 2015 과세연도 000,000원, 2016 과세연도 0,000,000원을 감액 경정한 것으로 확인된다. 라. 판단 1) 쟁점주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 선입선출법으로 양도차익을 산정한 것이 부당한지 가) 관련 법리 ｢소득세법｣ 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제162조 제5항은 ｢소득세법｣ 제98조 및 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항 을 적용할 때, 양도한 자산이 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있다. 나) 쟁점주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 선입선출법으로 양도차익을 산정한 것이 부당한지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 청구인이 양도한 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. ① 한국예탁결제원에 예탁되어 증권사 증권계좌를 통해 거래된다는 사실만으로 양도주식의 취득시기를 특정할 수 있다고 보기 어렵고, 증권계좌를 통해 거래하는 주식의 경우 주권 실물이 수반되지 않아 양도주식의 주권발행번호를 알 수 없는 바, 다수의 심판례에서도 주권발행번호가 확인되지 않는 양도주식의 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보고 있는 점(조심2012서530, 2012.5.31. 외 다수, 같은 뜻임) ②

□□증권 본점 및 BB지점의 답변내용에 비추어 해당 증권사는 비상장주식이 고객 증권계좌에 입고될 때마다 주식수량과 입고일자를 기록하는데, 이후 출고거래 발생시 나중에 입고된 주식부터 출고된 것으로 보아 남아있는 주식의 수량과 입고일자를 표시하게 된다는 의미로 이러한 후입선출방식은 단순히 전산시스템상 잔고주식을 표시하는 방법에 불과한 것으로 보이는 점 ③ 비상장주식 증권계좌상 입․출고가 취득․양도를 의미하는 것이 아니어서 증권계좌상 거래내역만으로 쟁점주식이 취득 또는 양도거래인지, 그 시기는 언제인지를 판단할 수 없고, 증권회사도 청구인이 실제 취득하거나 양도한 주식의 수량과 거래일자, 거래가액을 확인할 수 없는 것으로 보이는 점 ④ 청구인 또한 양도한 쟁점주식의 취득시기를 확인할 수 있는 기록이나 자료를 제출하지 못한 점 (2) 따라서, 처분청이 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 쟁점주식 양도차익을 선입선출 방식으로 산정하여 쟁점양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 2) 납부하지 않은 증권거래세를 쟁점양도소득세 계산시 필요경비로 공제할 수 있는지 가) 관련 법리 ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 주권비상장법인의 주식을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세는 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있다. 나) 납부하지 않은 증권거래세를 쟁점양도소득세 계산시 필요경비로 공제할 수 있는지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 납부되지 않은 쟁점증권거래세를 쟁점양도소득세 계산시 공제되는 필요경비로 보기 어렵다. ① ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호 규정에 따라 쟁점증권거래세 중 현재까지 납부되지 않은 세액은 쟁점주식 양도와 관련하여 직접 지출된 비용으로 보기 어려운바, 청구인이 납부한 세액에 한하여 쟁점증권거래세를 양도비용으로 공제하는 것이 타당한 점(국심1999중1578, 1999.11.16, 같은 뜻) ② 처분청은 심리일 현재 청구인이 납부한 증권거래세를 필요경비로 공제하여 쟁점양도소득세를 이미 경정하였고, 추후 납부하는 증권거래세에 대해서도 필요경비로 공제하여 경정할 것임을 밝히고 있는 점 (2) 따라서, 처분청이 납부하지 않은 쟁점증권거래세를 필요경비로 공제하지 않은 쟁점양도소득세 부과 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.