쟁점건물의 실지취득가액

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 2001.9.28. AA도 AA시 AA동 0000-1 외 1필지 토지 1,230.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2002.5.28. 그 지상에 지하 1층 지상5층의 근린생활시설 및 주택 2,603.68㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하고, 쟁점건물의 근린생활시설(2,346.33㎡, 이하 “쟁점건물의 상가 부분”이라 한다) 을 청구인의 사업장(부동산 임대업 및 서비스 목욕탕업)으로 사용하였다. 나. 이후 2013.7.29. 쟁점부동산을 전BB 외 1인에게 2,900백만원에 양도하고, 2013.9.30. 쟁점부동산 중 주택 부분(건물 257.35㎡, 토지 121.64㎡)은 1세대 1주택 비과세로 신고 제외하고 쟁점부동산 중 상가 부분(토지 1,109.06㎡, 건물 2,346.33㎡)의 양도가액을 2,615,041,200원(실지거래가액), 쟁점부동산 중 상가 부분의 취득가액을 1,937,410,803원(토지분 814,843,435원은 실지거래가액, 건물분 1,122,567,368원은 장부가액에서 감가상각누계액을 차감한 금액)으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 다. 그 후 청구인은 쟁점건물의 공사금액이 2,272백만원(공급가액)인데 양도소득세 신고시 취득가액 산정이 잘못되었다며 2018.8.31. 처분청에 쟁점부동산 중 상가 부분의 취득가액을 2,819,803,993원 (토지분 814,843,435원, 건물분 2,004,960,558원) 으로 하여 2013년 과세연도 양도소득세 151,446,872원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 라. 처분청은 쟁점건물 공사금액에 대한 대금지급증빙이 확인되지 않음을 사유로 2018.10.31. 청구인에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 실질과세원칙에 따라 경정되어야 한다. 1) 쟁점건물에 대한 ‘민간건설공사 표준도급계약서’(이하 “공사도급계약서”라 한다) 및 ‘공사비 산출내역서’와 같이 쟁점건물의 공사금액은 2,272,727,270원(공급가액)이다.

2. 공사 완료 후 남편은 시공업자에게 세금계산서 발급을 요청하였으나 시공 업자는 잔액(하자보증금 10%)을 받지 못했다고 세금계산서 발급을 하지 않았고 공사대금 전액 지급 후에도 세금계산서를 수취하지 못하였다. 3) 쟁점건물 상가 부분을 회계장부에 기장할 당시에는 취득세 관련서류만 세 무대리인에게 제출한 관계로 세무대리인이 취득세 과세표준액과 취득부대비 용을 쟁점건물 상가 부분의 장부가액으로 계상한 것으로 판단된다. 4) 양도소득세 신고 당시에 신축공사 관련서류를 찾지 못하다가 최근에 남편 (13년전 2007.1.5. 사망) 유품을 정리하던 중 건물신축 관련 공사도급계약서 및 대금지급 관련 서류를 발견하였다.

• 나. 근거과세원칙에 따라 경정되어야 한다. 1) 건물신축에 대한 실지거래가액이 존재하는바, 건물 취득가액을 취득세 과세 표준액으로 임의 기장한 장부가액은 장부의 기록 내용이 사실과 다르므로 경정되 어야 한다. 2) 건물신축과 관련하여 공사대금 지급 내용은 공사계약금액(공급대가 25억원)의 10%인 250백만원을 지급하였고 이후 2002.6.28.까지 총 2,564,978,580원을 지급하였다(8 ～ 8 페이지에 기재한 ‘8) 공사대금 지급증빙’ 참조). 3) 공사도급계약서상 건물공사면적은 2,603.68㎡이고 공사금액은 2,272,727,270원 이므로 쟁점건물의 ㎡당 건물신축가액이 872,890원으로서 그 당시 통상적인 건물 신축가격으로 볼 수 있으므로 청 구인이 주장하는 취득가액은 정상적이다. 4) 쟁점건물 신축공사비를 지급하기 위하여 대출을 실행코자 CC감정원에 감정의뢰하여 평가받은 쟁점부동산 감정가액(기준일 2002.5.28.)은 2,965백만원(쟁점건물 1,981백만원, 쟁점토지 984백만원)이다.

쟁점건물 양도에 따른 쟁점건물 상가 부분 취득가액 계산 시 실지 취득가액이 있는데 취득세 과세표준액을 기준으로 임의 기장한 장부가액을 취득가액으로 신고한 양도소득세 신고는 잘못되었으므로 경정청구는 인용되어야 한다.

1) 청구인은 공사도급계약서상 공사금액이 실제 거래금액이라고 주장하면서 대금지급 증빙자료로 임의작성이 가능한 ‘입금표사본’ 및 실제 거래금액과는 관련 없는 ‘감정평가서’만 제출할 뿐, 실제 거래금액임을 객관적으로 확인할 수 있는 ‘거래내역서, 세금계산서, 금융거래내역’ 등 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 2) 또한, 공사도급계약서상 공사기간인 2001.10.21.～2002.5.30. 사이에 수급인인 DD종합건설㈜가 청구인에게 발급한 세금계산서의 공급가액이 10억원(2001.2기 132백만원, 2002.1기 868백만원)임이 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 세금계산서 합계표 조회에 의해 확인되는바, 건물신축공사 관련 세금계산서 공급가액과 종합소득세 신고시 대차대조표에 계상한 쟁점건물 상가 부분의 장부가액이 유사한 점으로 보아 청구인이 양도소득세 신고시 취득가액으로 신고한 장부가액은 실제 취득가액으로 볼 수 있다. 3) 따라서, 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점건물 상가 부분의 취득가액으로 신고한 장부 가액은 청구인이 쟁점건물 신축 당시부터 종합소득세 신고시 대차 대조표 등 재무제표에 계속적으로 쟁점건물 상가 부분의 취득가액 및 감가상각비로 계상한 금액이며, 동 장부가액은 쟁점건물 신축관련 세금계산서 공급가액과도 유사한 점으로 보아 실제 취득가액으로 볼 수 있는 반면, 청구인은 쟁점건물 취득 가액이라 주장하는 공사도급계약서상 공사금액에 대하여 실제 거래금액임을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 장부가액을 실지취득가액으로 신고 후 공사도급계약서상 공사금액을 실지취득가액으로 한 경정청구에 대한 거부처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액.(단서 생략)
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 (이하 생략)

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액・감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액・감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액・ 감정가액・환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액・감정가액・환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 1) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘사업자기본사항 조회’에 의하면, 청구인은 2001.12.7. 쟁점부동산의 상가 부분을 사업장 소재지로, 개업일자를 2002.5.1.로 하여 주업종을 서비스 대중목욕탕으로, 부업종을 부동산 임대업으로 사업자등록(상호: EE 사우나)을 하였고, 2013.7.29. 폐업한 내용이 확인된다. 2) 건물 등기부등본 및 건축물 대장에 의하면, 쟁점건물은 철근콘크리트조 슬 라브지붕 5층 ‘제1종 및 제2종 근린생활시설 및 주택’으로 지하 1층 464.10㎡(체력단련장, 제1종 근린생활시설), 1층 573.30㎡(소매점, 일반음식점), 2층 612.29㎡(목욕장), 3층 612.29㎡(목욕장), 4층 248.10㎡(단독주택), 5층 93.60㎡ (물탱크실, 기계실) 연면적 합계 2,603.68㎡로 기재되어 있으며, 건축주는 청구인 이고 공사시공자는 ㈜DD종합건설이며 사용승인일은 2002.5.17.인 것으로 기재되어 있다. 3) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘종합소득세신고서 조회’에 의하면, 청구인은 2002년 과세연도에는 신규로 사업을 개시한 자로서 간편장부대상자에 해당하여 간편장부로 종합소득세 확정신고를 하였으나, 2003년 ～ 2013년 과세연도에는 복식부기의무자로서 복식부기에 의한 기장에 의해 종합소득세 확정신고를 한 것으로 나타나고, 종합소득세 신고시 제출된 대차대조표에 의하면, 최초로 장부기장에 의해 신 고한 2003년 과세연도부터 2013년 과세연도 폐업시까지 쟁점건물 상가 부분의 장부가액(건물 부수시설 포함, 이하 같다)은 1,195,664,197원이며, 감가상각누계액은 73,096,629원인 것으로 기재되어 있다. <2013년 재무상태표상 쟁점건물 상가 부분의 장부가액 및 감가상각누계액> (표 생략) 4) 국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘세금계산서합계표 조회’에 의하면, 청구인이 공사시공자인 DD종합건설㈜(DD종합건설㈜은 2001.2.21. 개업하여 2006.12.31. 폐업하였음)로부터 2001.2기～2002.1기 과세기간 중 총 5매 공급가액 10억원의 세금계산서를 수취한 것으로 확인된다. <청구인이 공사시공자로부터 수취한 세금계산서 내역> (표 생략) 5) 쟁점건물에 대한 취득 및 양도 당시의 기준시가는 다음과 같이 계산된다. <취득 및 양도 당시 건물기준시가 계산>(표 생략)

6. 청구인이 제출한 쟁점건물의 취득세 납부영수증(2002.6.15. 납부)에 의하면 쟁점건물의 취득세 과세표준액은 11억원으로 기재되어 있고, 취득세 및 농어촌특별세 합계 24,200천원을 납부한 것으로 나타난다. 7) 청구인이 제출한 ‘공사도급계약서’를 살펴보면, 청구인이 2001.10월 DD종 합건설 ㈜ 에게 쟁점건물 신축공사를 도급하기로 계약한 공사도급계약서로서 착공일은 2001.10.20., 준공예정일은 2002.5.30., 도급금액은 25억원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있으며, 선금 2억원, 중도금 2001.12.31. 5억원, 2002.2.28. 5억원, 2002.3.28. 5억원, 잔금 2002.5.31. 8억원을 지 급하기로 기재되어 있으며, DD종합 건설㈜이 쟁점건물 공사비를 25억원으로 산출한 ‘공사비 산출내역서’가 첨부되어 있다. < 청구인이 제시한 공사도급계약서(총 16면) 중 1면 > (생략) 8) 청구인는 공사대금 지급증빙으로 ① 2001.10.26.～2002.4.23. 기간 중 DD 종 합건설㈜가 EE식품(국세청 전산시스템조회에 의하면, EE식품㈜는 청구인의 남편 이FF이 운영하던 수산물 도매업체로서 1989.12.26. 개업하여 2003.12.31. 폐업한 것으로 확인됨) 으로부터 16회에 걸쳐 683,842,580원을 입금받은 내역이 기록된 DD종합건설㈜의 예금계좌(농협 333053--**) 거래내역, ② 2002.3.25. 청구인이 DD종합건설㈜의 예금계좌(외환은행 220---)에 4억원을 입금한 무통장 입금증, ③ DD종합건설㈜이 발급한 입금표 6매 1,181,136,000원, ④ 2002.6.28. 청구인의 예금계좌(외환은행 640-)에서 3억원을 현금 출금한 거래내역을 제시하면서 DD종합건설㈜에 공사대금으로 2,564백만원을 지급하였다고 주장하는바, 그 상세내역은 다음과 같다. 가) EE식품으로부터 16회에 걸쳐 683,842,580원을 입금받은 내역이 기록된 DD종합건설㈜의 예금 계좌(농협 333053--**) 거래내역 (표 생략) 나) 청구인이 DD종합건설㈜의 예금계좌(외환은행 220---)에 4억원을 입금한 무통장 입금증 (표 생략) 다) DD종합건설㈜이 발 급한 입금표(6매) (표 생략) 라) 청구인 예금계좌 (외환은행 640-)의 출금내역 (표 생략) 9) 청구인이 2002.5월경 외환은행 AA지점에 담보 목적으로 제출하기 위해 의뢰한 감정평가서에는 2002.5.28. 기준 쟁점부동산의 시가를 2,965,905,000원 (쟁 점건물 1,981,345,000원, 쟁점 토지 984,560,000원)으로 평가한 것으로 나타난다. 10) 청구인은 외환은행 AA지점으로부터 2001.9.28. 8억원, 2002.2.20. 12억원, 2002.6.27. 3억원 합계 23억원을 대출받은 증명을 제출하면서 대출받은 금액으로 공사대금을 지급하였다고 주장하고 있다.

11. 등기부등본에 의하면, 2001.9.28. 쟁점토지에 외환은행 AA지점을 근저당 권자로 한 채권최고액 1,040백만원의 근저당권을 설정하였고(2002.6.24. 쟁점건 물에도 쟁점토지의 담보물에 추가하여 공동담보로 근저당권 설정하였음), 2002.2.22. 쟁점토지에 외환은행 AA지점을 근저당권자로 한 채권최고액 1,560백만원의 근저당권을 설정하였으며(2002.6.24. 쟁점건물에도 쟁점토지의 담보물에 추가하여 공동담보로 근 저당권 설정하였음), 2002.6.28. 쟁점토지 및 쟁점건물에 공동담보로 외환은행 AA지점 을 근저당권자로 한 채권최고액 390백만원의 근 저당권을 설정한 것으로 나타난다.

• 라. 판단 청구인은 공사도급계약서상 공사금액 2,272백만원(공급가액)을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아 쟁점건물 상가 부분의 취득가액을 산정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면,

① 청구인은 쟁점건물 공사대금으로 지급하였다고 주장하는 금액 중 시공사업자의 예금계좌에 입금된 것으로 확인된 1,083백만원을 제외한 나머지 금액에 대해서는 실제 지급되었음을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 못하는 점,

② 쟁점건물 신축공사와 관련하여 시공사업자로부터 수취한 세금계산서상 공급 가액이 1,000백만원인 점, ③ 쟁점건물 신축에 따른 취득세 신고시 쟁점건물의 과세표준액을 1,100백만원으로 신고한 점, ④ 청구인이 쟁점건물 신축 후 사업용 자산으로 사용하면서 쟁점건물 상가 부분의 장부가액을 1,195백만원으로 하여 장부에 기장하고, 동 금액을 기초로 산정한 감가상각비를 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고해온 점 등에 비추어 청구인의 주장은 인정하기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점건물 상가 부분의 취득가액으로 신고한 장부가액을 쟁점건물 상가 부분의 취득가액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2 호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.