취득 당시 건물의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액으로 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002. 9. 5. ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 316 소재 모친 소유의 토지에 777.02㎡(235.46평)의 창고건물(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)을 신축 취득한 뒤 2016. 9. 1. 628,000,000원에 양도하고, 양도소득세 신고시 취득가액을 환산하여 407,412,186원으로 신고하고 37,235,306원의 양도소득세를 납부하였다.
• 나. 처분청은 ○○지방국세청(감사관실, 이하 “조사청”이라 한다) 정기감사시 환산취득가액을 부인하고 실지취득가액으로 재계산하라는 처분지시에 따라 지출 확인된 필요경비 348,684,110원을 실지취득가액으로 인정하여 2018. 9. 7. 2016년 과세연도 양도 소득세 21,437,410원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018. 11. 29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 창고건물 신축 이후 상당한 시간이 흘렀고 자금거래가 복잡하였던 점, 청구인이 창고 신축공사에 관여하지 않은 점 등의 사유로 실제 건설과정 에서 소요된 자금파악이 불가능하다. 1) 청구인이 양도세 신고한 2016년으로부터 약 15년 전인 2001년 말 건축 인허가 및 건축이 시작되었으며, 창고건물 신축 당시에 건축지식이 전무하여 건설 현장 경험이 있는 청구인의 매형에게 창고신축에 대해 상담하였고 이에 청구인의 매형이 건축하여 주기로 하였으며, 당시 일정 규모이상의 창고 신축에는 종합건설업면허가 필요하여 매형이 ㈜AAAA에게 면허를 빌려 직영으로 건축하였다. 2) 청구인은 건설과정에는 관여하지 않고 매형이 건축자금이 필요하다고 하면 돈을 마련하여 수시로 전달하였고, 창고신축자금이 예상금액보다 초과되어 지인 및 모친과 금융기관 등으로부터 차입하여 건축자금을 지출하였다.

3. ㈜AAAA의 세금계산서는 준공처리를 위하여 임의의 금액으로 발급받은 것이며, 양도소득세 신고 당시 실지거래가액계산을 위한 증빙자료를 찾아보니, 적격증빙은 ㈜AAAA의 세금계산서 2장(합계금액 110,000,000원)만 있는 상태였고 세금계산서 금액보다는 훨씬 초과하여 지출하였기에 부득이 하게 취득가액을 환산 신고하였다.

• 나. 부가가치세의 신고금액이 실지취득가액을 반영하는지 여부에 따라 환산 취득가액 부인여부를 결정하여야 한다.

1. 조사청이 환산취득가액을 부인하는 근거는, 청구인이 ㈜AAAA으로부터 세금계산서를 발급받았고, ㈜AAAA은 1996년 11월 개업 이후 현재까지 토목공사와 건축공사를 업종으로 하는 법인이므로 실지 취득가액이 존재한다는 것인데, 예규, 판례의 대다수 입장은 부가가치세의 신고여부로 환산취득가액의 부인여부를 결정하지는 않고, 부가가치세의 신고금액이 실지 취득가액을 반영하는지 여부로 판단하고 있다.

2. 청구인의 부가가치세 신고내역은 아래와 같다. 과세기간 매입금액 세액 매입처 비고 2002년 1기 예정 30,000,000 3,000,000 ㈜AAAA 2002년 1기 확정 80,000,000 8,000,000 ㈜AAAA 325,000 32,500

○○감정평가법인 폐업('07.3.7) 합계 110,325,000 11,032,500 3) 청구인의 건물 준공 시점은 2002년 9월임에도 불구하고 부가가치세 신고가 2002년 1기 확정신고기간까지 밖에 없는 점, 건축과 관련된 업체가 ㈜AA AA 1개 업체인 점 등으로 보아 부가가치세 신고금액은 실지취득가액을 반영한다고 볼 수 없다.

• 다. 과세관청의 부과처분은 객관적인 자료에 의하여 사실판단을 하여 세법을 적용하여 과세하는 것이지, 사실판단의 기준이 산출세액이 많은 쪽으로 판단되어져서는 안될 것이다.

1. 청구인은 조사청으로부터 실지 취득가액자료를 제출하지 않는다면 부가 가치세 신고금액으로 취득가액을 경정하겠다는 유선 통보를 받고 부가가치세 신고금액을 포함하여 취득가액이 458,684천원이 되도록 통장거래내역에서 현금으로 인출한 부분을 추출하여 제출하였다.

2. 조사청에서는 ㈜AAAA의 세금계산서 금액과 소명자료로 제출한 통장 거래내역이 중복된다고 하여 110,000천원을 제외한 348,684천원으로 취득 가액을 수정하여 과세처분하였다. 3) 청구인이 만약 최초 양도소득세 신고시 통장거래내역을 증빙으로 하여 실지 거래 가액으로 신고하였다면 조사 청은 실지거래가액이 불분명하다고 하여 환산취득금액을 적용하여 과세하였을 것으로 판단된다.

• 라. 조사 청의 환산취득금액을 부인하는 근거가 미약하다고 할 수 있으므로 당초 청구인이 신고한 환산취득금액을 인정하고 양도소득세 고지를 취소하여야 한다.

• 가. 쟁점부동산은 취득일로부터 13년 이상된 건물로, 취득 당시 건물 신축과 관련된 세금계산서 수취분에 대한 부가가치세 환급 결정되어 실질 취득가액이 있음에도 불구하고 청구인은 환산취득가액으로 신고한 것이다.
• 나. 쟁점부동산과 관련된 부가가치세 신고내역을 살펴보면, 시공업체인 ㈜AA AA은 1996. 11. 1. 개업한 이후 현재까지 계속 영업 중이고 토목공사, 건축 공사를 업종으로 하는 법인으로 공사했던 쟁점부동산은 단층 건물로 아래 그림과 같은 철골구조로 되어있으며, 토지와 건물 소유자가 서로 상이하고 토지 소유자는 김△△(청구인의 母) 으로 2016. 9. 1. 토지를 양도하면서 토지 조성과 관련된 자본적 지출금액이 없는 것으로 양도소득세 신고하였다.
• 다. 토지 조성 후 창고로 건축하기 위한 지출로 제출된 금융자료는 아래와 같다. 지출일자 필요경비 내역 금액(원) 제출자료 비고 02.2.28. 농지보전부담금 26,749,100 납부확인서 02.10.5. 취득세 2,519,000 납부확인서 02.4.18 건축설계비 5,000,000 소명자료 ㈜AAAA 거래분 포함 02.5.17 외 가설공사 15,134,980 소명자료 02.7.23 외 토목공사 12,740,000 소명자료 02.10.24 판넬공사 62,382,000 소명자료 02.11.2 외 부대토목공사 11,873,750 소명자료 아스콘공사 11,786,488 소명자료 02.5.25 외 철근콘크리트공사 68,802,800 소명자료 02.5.27 외 철골공사 120,576,000 소명자료 04.10.5 칸막이공사 11,120,000 소명자료 계 348,684,118 ※ 쟁점부동산 2002.9.24. 보존등기 후 2002.2기부터 창고임대개시(부가가치세 신고) 이후로 추가 철골공사가 불필요한 상태임
• 라. 청구인의 금융소명자료 내용을 보면 토지조성공사, 농지보전부담금, 취득세 등을 소명하고, 건물과 관련된 철골공사와 건축공사 부분은 정상적으로 세금 계산서를 교부받은 ㈜AAAA과의 공사대금이 포함된 금융자료로 보여짐에 따라 추가 토지 관련 조성비 등을 포함한 취득가액 348,684,110원을 실질 취득가액으로 결정하였다.
• 마. 청구인은 1층 단층 건물의 취득가액이 불분명하다하여 환산취득가액으로 신고하였으나, 건물공사에 대해 ㈜AAAA이라는 법인으로부터 수취한 세금계산서를 부가가치세 신고하여 환급 결정된 점, 토지‧건물 소유자가 상이하여 토지조성과 관련된 자본적 지출비용이 토지 소유자가 아닌 청구인이 금융 지급한 것으로 확인되어 쟁점부동산 취득가액에 포함하여 실지 건물 취득가액으로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 취득 당시 건물의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득 가액으로 과세하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 (2) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액 (제89조제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법제10조제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가 초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

• 다. 사실관계 ⑴ 청구인이 2016. 11. 30. 양도소득세 신고시 제출한 일반건축물대장(갑)에 의하면 쟁점부 동산의 허가 및 착공일자는 2002. 3. 12.이며 사용승인일자는 2002. 9. 5.로 확인되며 건축물현황은 아래와 같다. 대지면적 연면적 주구조 용도 층수 1,947㎡ 777.02㎡ 철골구조/판넬 창고시설(창고) 지상 1층 ⑵ 청구인은 2018년 4월 ○○지방국세청의 정기 감사 당시 쟁점부동산의 취득 가액을 실지거래가액인 458,684,118원이라고 소명하면서 수정한 양도소득세 신고서와 함께 취득가액 및 필요경비계산 상세명세서를 제출하였는데 그 내역은 아래와 같다. 일련 번호 구분 코드 구분 거래상대방 지급금액 증빙종류(코드) 상호 사업자등록번 호 1 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 30,000,000 세금계산서(03) 2 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 80,000,000 세금계산서(03) 3 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 취득세 2,519,000 기타⑽ 4 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 농지보전부담금 26,749,100 기타⑽ 5 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 가설공사 15,134,980 기타⑽ 6 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 건축설계비 5,000,000 기타⑽ 7 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 부대토목공사 11,873,750 기타⑽ 8 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 철골공사 120,576,000 기타⑽ 9 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 철근콘크리트공사 68,802,800 기타⑽ 10 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 칸막이공사 11,120,000 기타⑽ 11 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 토목공사 12,740,000 기타⑽ 12 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 판넬공사 62,382,000 기타⑽ 13 120

② 자기가 제조,생산,건설한 자산 아스콘공사 11,786,488 기타⑽ 합 계 458,684,118 ⑶ 청구인은 실지거래가액에 대한 증빙으로 지방세납부확인서, 농지보전부담금 납입확인서와 예금거래내역서, 수신기간별 (입‧출금)거래내역을 제출하 였으며, 동 예금거래내역서 등의 출금내역에서 거래상대방은 확인된 바 없다. ⑷ 청구인은 2002. 4. 18.부터 2006. 6. 5.까지 예금거래내역서상 출금된 총 319,416,018원에 대하여 1부터 27까지의 번호를 매긴 뒤, 각 번호별로 공사 내역을 표시하여 아래와 같은 집계표를 제출하였다. 번호 일자 은행 금액 내 역 1 2002/4/18 농협은행 5,000,000 건축설계비 2 2002/5/17 농협은행 1,134,980 가설공사 3 2002/6/15 농협은행 4,000,000 가설공사 4 2002/6/17 농협은행 10,000,000 가설공사 5 2002/6/20 농협은행 1,800,000 토목공사 6 2002/7/23 농협은행 1,000,000 토목공사 7 2002/7/25 농협은행 5,000,000 토목공사 8 2002/8/27 농협은행 2,500,000 토목공사 9 2002/9/5 농협은행 1,500,000 토목공사 10 2002/9/12 농협은행 940,000 토목공사 11 2002/10/24 농협은행 62,382,000 판넬공사 12 2002/11/1 농협은행 1,300,000 부대토목공사 13 2002/11/2 농협은행 700,700 부대토목공사 14 2003/1/2 농협은행 5,000,000 부대토목공사 15 2003/1/3 농협은행 2,600,000 부대토목공사 16 2003/6/27 농협은행 2,273,050 부대토목공사 17 2006/6/5 농협은행 11,786,488 아스콘공사 18 2002/5/25 서울은행 68,802,800 철근콘크리트공사 19 2002/5/27 서울은행 53,800,000 철골공사 20 2002/5/11 서울은행 6,770,000 철골공사 21 2003/11/5 서울은행 10,001,000 철골공사 22 2003/11/5 서울은행 10,001,000 철골공사 23 2003/11/7 서울은행 10,001,000 철골공사 24 2003/11/20 서울은행 10,001,000 철골공사 25 2003/11/24 서울은행 10,001,000 철골공사 26 2003/12/18 서울은행 10,001,000 철골공사 27 2004/10/25 서울은행 11,120,000 칸막이공사 합계 319,416,018 ⑸ 청구인은 2001. 1. 23. ○○물류라는 상호의 운수/창고업으로 사업자등록 하였으며, 2002년 1기 부가가치세 신고시 ㈜AAAA로부터 세금계산서 수취분 2건 110,000,000원(1기 예정 30,000,000원, 1기 확정 80,000,000원)을 고정자산 매입으로 신고한 사실이 국세통합전산망에 확인된다. ⑹ 감사관은 청구인이 실지거래가액으로 소명한 금액 458,684,118원 중 금융 증빙으로 제출한 319,416,018원 전액과 취득세, 농지보전부담금 합계금액 348,684,118원을 실지거래가액으로 확정하고, 세금계산서 110,000,000원은 금융증빙으로 제출된 금액과 중복된다고 보아 실지거래가액에서 제외하였다.

• 라. 판단 소득세의 과세표준과 세액은 실지 조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰서이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다고 할 것인바(대법원 1999.1.15. 선고 97누20304판결 등 참조), 청구인은 당초 양도소득세 신고시 환산취득가액으로 신고하였으나 조사청이 건물 신축에 따른 세금계산서 수취금액 110백만원으로 실지거래가액이 확인된다고 하자 청구인은 세금계산서와 예금거래내역, 취 득세 및 농지보전부담금 납입확인서 등 자료에 의거 실지거래가액이 458백만원임을 주장한 점, 조사청은 청구인이 주장하는 실지거래가액 458백만원 중 110백만원은 세금계산서 수취금액과 예금거래내역이 중복이라는 이유로 제외하고 실지거래가액 348백만원으로 확정한 점, 상기와 같이 실지거래가액이 확인됨에도 청구인은 본인이 주장하는 실지거래 가액이 그대로 인정되지 않았다는 이유로 당초 신고내용대로 환산취득가액을 인정하여야 한다고 주장을 번복한 점 등으로 볼 때 조사 청이 쟁점건물의 취득가액에 대하여 청구인이 신고한 환산가액을 부인하고 실제취득가액을 적용하여 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.