쟁점부동산의 양도가 ‘토지와 건물 등을 함께 양도한 경우’로서 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2015.12.30. 주식회사 AAA(이하, 매수인이라 한다)에게 ① 경북 ○○군 ○○리 ○○○-○, 같은 곳 지상 단독주택 및 같은 리 산○○-○(이하 ‘쟁점1부동산’이라 한다)를 950,000,000원에, ② 같은 리 ○○○-○(이하 ‘쟁점2부동산’이라 한다)를 1,402,736,250원에, ③ 같은 리 산○○, 산○○, 산○○(이하 ‘쟁점3부동산’이라 하고, ‘쟁점1,2,3부동산’을 합하여 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 483,703,000원에 양도하였는데, 쟁점1,2,3부동산별로 양도가액을 구분한 매매계약서를 작성하고 총 매매대금 2,836,439,250원을 수령하였다.
• 나. 청구인은 2016.2.29. 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 함에 있어 쟁점1,2,3부동산별로 양도가액을 구분한 후, 쟁점1부동산은 1세대 1주택(고가주택)으로, 쟁점2부동산은 8년 자경 농지로 아래 [표1]과 같이 양도소득세를 신고하고, 쟁점1부동산에 대한 고가주택 초과분과 쟁점2부동산에 대한 8년 자경 감면한도 초과분 및 쟁점3부동산에 대한 양도소득세 합계 226,637,608원을 납부하였다. [표1] 양도소득세 신고내역 (단위, 백만원) 양도자산신고내용 쟁점1부동산 쟁점2 쟁점3부동산 (주택) 취득일자 2014.2.7. 1985.1.1. 1985.1.1. 1985.1.1. 2014.7.31. 1985.1.1. 1985.1.1. 양도가액 671 268 10 1,402 80 235 167 취득가액 626 11 0.4 116 59 9 7 취득가액종류 환산 환산 환산 환산 실거래 *1) 환산 환산 비과세양도차익 40 243 9

• -

• - 소득금액 2 9 0.3 899 -6 158 111 감면대상 899 2) 1) 청구인은 2014.7.31. ○○리 산54번지를 57,000,000원에 취득하였다. * 2) 감면한도는 200,000,000원이다.

• 다. 처분청은 2018.3.26.부터 2018.4.13.까지 쟁점부동산 양도에 대한 세무조사를 실시하여 부동산 실거래가 신고내역과 양도가액 신고내역이 [표2]와 같이 다르다는 사실을 확인하였다. 이에 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 일괄하여 양도하였음에도 이를 쟁점1,2,3부동산으로 구분함으로써 가액 구분이 불분명해졌다고 보아 쟁점부동산의 가액을 [표2]와 같이 안분계산하였고(양도당시 기준시가 적용), 2018.6.7. 양도소득세 244,958,600원을 경정․고지하였다. [표2] 실거래가 신고내역과 양도세신고․경정내역 비교 (㎡,원) 구분 지번 지목 면적 청구인 처분청 실거래가신고 양도세신고 경정내용(안분) 쟁점1 (단독주택) 주택 168.08 600,000,000 671,612,456 240,896,506 전 377 202,538,100 268,299,173 49,909,452 임야 273 147,461,900 10,088,371 3,579,876 계 650 950,000,000 950,000,000 294,385,834 쟁점2 (농지) 전 8,706 1,402,736,250 1,402,736,250 2,431,050,068 쟁점3 (임야) 임야 628 100,870,050 80,639,705 17,991,123 임야 1,837 193,367,179 235,879,985 56,619,287 임야 1,302 189,465,771 167,183,310 36,392,938 계 3,787 483,703,000 483,703,000 111,003,348 총계 13,143 2,836,439,250 2,836,439,250 2,836,439,250
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.5. 이의신청을 제기하였는데, 일괄양도 시 양도가액을 산정함에 있어 양도일(2015.12.31.) 당시의 기준시가를 적용하여 양도가액을 안분계산한 것은 잘못이라는 이유로 청구인의 주장이 일부 인용되었고, 이에 따라 처분청은 2018.10.29. 공급계약일(2015.4.7.) 당시 기준시가를 적용하여 양도가액을 다시 안분계산하고 양도소득세 8,262,263원을 감액 경정하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산은 별개의 계약으로 양도되었다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 일괄 양도하였음에도 매매계약서만 구분하여 작성함으로써 쟁점1부동산의 비과세부분을 자의적으로 증가시켰다고 판단하였다. 그러나 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산 계약체결시점에 8개월 차이가 존재하는바, 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산은 따로 양도되었다고 봄이 상당하다. 매수인은 쟁점부동산 위에 물류센터를 건축하기 위하여 쟁점부동산을 매수하였는데, 쟁점1부동산은 주택 및 부수토지로 인허가가 필요 없어 2015.4.7. 바로 계약을 체결할 수 있었다. 반면 쟁점2,3부동산은 농지와 임야로 매수인이 각종 인허가를 얻어야 했기 때문에 2015.4.7. 계약을 체결할 수 없었고, 결국 매수인이 물류센터 건축에 관한 인허가를 받아 계약면적이 확정된 2015.12.15.에서야 비로소 청구인은 매수인과 쟁점2,3부동산에 관한 매매계약을 별도로 체결할 수 있었다. 따라서 쟁점부동산은 하나의 계약이 아니라 세 개의 계약에 따라 별개로 양도되었다 할 것이고, 쟁점부동산에 대한 매매계약을 하나의 계약으로 보아 소득세법제100조제2항을 적용한 처분은 위법하다.
• 나. 실지거래가액이 명백하게 구분되므로 이를 부인할 수 없다. 처분청은 비과세대상인 쟁점1부동산의 실지거래가액(950,000,000원)이 처분청이 안분계산한 양도가액(294,385,834원)에 비하여 3배 이상이라는 이유로 쟁점부동산의 가액구분이 불분명하다고 주장한다. 그러나 소득세법 제100조제2항, 소득세법 시행령 제166조, 부가가치세법 제29조제9항 은 실지거래가액의 구분이 불분명한 경우에 한하여 적용되므로, 실지거래가액이 [표4]와 같이 존재하는 경우에는 이를 부인할 수 없다. [표3] 쟁점부동산의 실지거래가액 (단위: 원) 구분 소재지 지목 최초(2015.4.7.) 최종(2015.12.15.) 비고 쟁점1 부동산 건물 600,000,000 전 202,538,100 임야 147,461,950 합계 950,000,000 950,000,000 차이 없음 쟁점2 부동산 전 1,669,800,000 1,402,736,250 -267,063,750 쟁점3 부동산 임야 78,769,556 임야 230,505,924 임야 163,344,520 합계 472,620,000 483,703,000 11,083,000 총합 3,092,420,000 2,836,439,250 -255,980,750 청구인은 [표4]와 같이 쟁점1,2,3부동산을 따로 계약하면서 실지거래가액을 명확하게 구분하였고, 만약 실지거래가액의 구분이 부당하다면 처분청이 그 이유를 구체적으로 입증하여야 한다. 특히 비과세·면세를 적용받지 않는 쟁점3부동산의 양도가액(483,703,290원)이 처분청이 안분계산한 양도가액(111,003,348원)에 비해 4배 이상이므로 청구인이 조세회피목적으로 실지거래 가액을 구분하였다고 볼 수 없고, 이 사건 매매계약은 쟁점1,2,3부동산의 지목·면적에 따라 따로따로 체결된 것이므로 가액구분이 분명하다고 보아야 한다.
• 다. 소득세법 제100조제3항 을 적용할 수 없다. 소득세법제100조제3항은 “토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”라고 규정하고 있으나 위 규정은 2015.12.15. 신설되어 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용된다. 따라서 양도일자가 2015.12.30.인 이 사건에는 적용될 수 없다. 처분청은 소득세법 제100조제3항 이 시행되기 전의 양도에 대하여도 조세회피목적이 존재한다고 보아 과세처분을 하였으나, 양도 당시 소득세법 규정을 살펴보면 가액구분이 분명한 경우에 기준시가로 안분계산할 수 없음이 문언상 명백하다. 결국 처분청은 입법의 불비를 조세포탈이라는 명목으로 과세하였는바 이는 조세법률주의 위반이다.

• 가. 쟁점부동산은 개별 양도된 것이 아니라 일괄 양도되었다. 청구인은 물류센터 인·허가 문제 때문에 2015.12.15.에서야 쟁점2,3부동산에 관한 매매계약이 체결되었으므로 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산이 개별 양도되었다고 주장한다. 그러나 처분청이 매수인에게 쟁점부동산을 구분하여 매매계약서를 작성한 경위에 대하여 문답을 구한 결과, 매수인은 쟁점부동산 전체에 물류창고를 지을 예정이었으므로 쟁점부동산의 총 매매대금이 중요하지 필지별 금액을 안분하는 것은 별 의미가 없다고 답변하였다. 즉, 매수인은 매도자 측 부동산 사무실에서 요청한 대로 계약서를 구분하여 작성하였을 뿐이고, 청구인은 쟁점1부동산 매매계약 체결 다음 날인 2015.4.8. 매수인으로부터 쟁점부동산의 총 매매대금 3,092,420,000원의 10%에 해당하는 309,242,000원을 계약금으로 수령하였으므로, 쟁점부동산은 개별 양도된 것이 아니라 일괄 양도된 것으로 봄이 상당하다.
• 나. 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당한다. 청구인은 쟁점부동산이 명백히 구분되어 양도되었고, 각 계약별로 실지거래가액이 존재하므로 처분청이 이를 임의로 부인할 수 없다고 주장한다. 그러나 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하고, 실지거래가액이 기재되어 있다고 하여 기준시가에 따라 안분금액을 적용할 수 없는 것은 아니다. 이 사건에서 청구인이 쟁점1부동산(비과세)의 실지거래가액으로 정한 금액(950,000,000원)은 기준시가에 따라 안분계산한 금액(294,385,834원)의 322.7%에 이르는바, 청구인은 양도부동산의 실질가치와 관계없이 조세회피 목적으로 양도가액을 임의로 안분하여 계약서를 작성한 것으로 보인다. 또한 청구인은 쟁점1부동산 중 건물에 대한 양도가액으로 671,612,456원을 신고하였는데, 1) 청구인이 지방자치단체에 건물의 실거래가를 600,000,000원으로 신고한 사실이 존재하고, 2) 건물에 대한 양도가액을 평방미터당 가액으로 환산하면 410만원/㎡인데 조달청 표준건축비가 60만원/㎡ 전후인 점에 비추어 건물의 양도가액이 지나치게 과다하며, 3) 2015년 ○○리 단독주택 매매 실거래가 신고내역(2015년에 4건이 존재하는데 신고금액이 48,000,000원에서 295,000,000원에 불과)을 살펴보더라도 주택양도가액을 정당한 가액이라고 인정할 수 없다.
• 다. 소득세법 제100조 제3항 과 무관하다. 처분청은 신설된소득세법제100조제3항에 따라 이 사건 처분을 한 것이 아니다. 기존의 대법원 판례에서도 가액의 구분 기재가 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 조세 회피를 의도하는 것 이외에는 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우에는 기준시가에 의한 안분을 허용하였고, 신설된 소득세법 제100조제3항 은 이를 확인한 것에 불과하다. 따라서 조세법률주의 위반이 아니다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산 양도가 ‘토지와 건물 등을 함께 양도한 경우’로서 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】[2015.05.13-13282호]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】[2015.05.13-13282호]

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다) 에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 2)-1 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】[2015.02.03-26067호]

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 한다. 3)-1 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】[2015.02.03-26071호] 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산 매매계약 체결경위 청구인은 2015.4.7. 매수인에게 쟁점1부동산을 양도하는 매매계약서를 작성하였는데, 매매계약서에는 쟁점1부동산의 매매대금이 950,000,000원으로 기재되어 있고, 특약사항 란에는 “매도인은 계약체결과 동시에 물류창고 신축 인·허가에 관한 서류일체를 구비하여 매수인에게 전달하며, 인·허가를 득하지 못할 시 모든 행위 취소는 매수인이 하여준다. 단, 매도인의 사정으로 인·허가를 득하지 못할 경우에는 매도인이 한다. 특약 별첨”이라고 기재되어 있다. 특 약(첨부)

대상 부동산을 포함한 부지(첨부 “매매 예정부지 목록”) 지상에 물류창고를 건축하기 위하여 대상 부동산을 매수하는 것이며, 매도인 또한 이와 같은 사실을 잘 알고 있다.

2. 따라서 첨부 “매매 예정부지 목록” 중 어느 한 필지라도 매수인이 매수를 하지 못하게 되는 사정(매도인의 매도의사 번복, 대상 부동산에 관한 가압류 또는 가처분등기 경료 등)이 발생할 경우, 매수인이 부지 매입 목적을 달성하지 못하는 것으로 간주하여, 본 계약은 무효 로 하기로 한다.

3. 매수인이 물류창고 신축에 대한 인·허가를 받지 못할 경우에도 매수인의 부지 매입 목적을 달성하지 못하는 것으로 하여 본 계약은 무효로 하기로 한다.

4. 상기 2항 및 3항에 따라 본 계약이 무효로 되는 경우, 매도인은 즉시 매수인에게 계약금을 반환하기로 하며, 만일 반환을 지연할 경우 연5% 상당의 지연이자를 지급한다.

5. 계약금은 1항 매매예정부지의 매매계약 체결시 지급하고, 매도인 청구인은 4항을 위해 약속어음을 발행한다(공증실시).

○○리(물류창고용지) 지번 지목 (㎡) 평 지주 평당 금액 1 전 377 114 청구인 1,776,650 202,538,100 2 임 273 83 청구인 1,776,650 147,461,950 3 건물 164 청구인 600,000,000 주택합계 950,000,000 4 전 9,200 2,783 청구인 600,000 1,669,800,000 5 임 628 190 청구인 414,577 78,769,556 6 임 1,837 556 청구인 414,580 230,505,924 7 임 1,302 394 청구인 414,580 163,344,520 임야합계 2,142,420,000 소계 13,781 4,119 3,092,420,000 청구인은 2015.4.8. 위 금액의 10%인 309,242,000원을 계약금으로 수령하였다.

2. 쟁점부동산 매매계약 변경내역 쟁점1부동산과 관련한 매매계약은 2015.4.7. 매매대금을 950,000,000원으로 하여 체결된 사실이 확인된다. 다만 쟁점2,3부동산에 대한 매매계약서는 당시 작성되지 않은 것으로 나타나고, 청구인이 2015.4.8. 수령한 쟁점부동산의 전체 계약금은 쟁점1부동산 매매계약서 특약사항에 첨부된 위 ○○리(물류창고용지) 표에 따라 산정된 것으로 나타난다. 한편 쟁점2,3부동산에 대한 매매계약서 는 2015.12.15. 작성되었는데, 쟁점1부동산 매매계약서 특약사항에 첨부된 위 ○○리(물류창고용지) 표와는 [표5]와 같은 차이가 나타난다. 이에 따라 청구인은 2015.12.30. 나머지 대금 2,527,197,250원 (총 매매대금 2,836,439,540원 중에서 2015.4.8. 지급된 계약금 309,242,000원을 차감한 금액) 을 수령하였다. [표4] 쟁점2,3부동산 매매계약 변경내역 (단위: 원) 최초 면적 최초 매매대금 최종 면적 최종 매매대금 비고 쟁점2부동산 9200 1,669,800,000 8706 1,402,736,250 -267,063,750 쟁점3부동산 3767 472,620,000 3767 483,703,000 11,083,000 2015.12.15. 작성된 쟁점2,3부동산 매매계약서에는 특약사항으로 “위 계약은 2015.4.7. 계약을 승계한 연속계약임(특약포함)”이라고 기재되어 있다.

3. 쟁점부동산의 위치 및 사용현황 매수인은 현재 쟁점부동산 위에 물류창고를 건설하여 사용 중인데, 네이버 지도 등에 나타난 쟁점부동산의 사용내역은 다음과 같다.

• 가) 쟁점1부동산 중 ○○리 ○○○-○ 토지(구 단독주택 부지) 청구인이 2015.6월 촬영하였다고 제출한 단독주택 사진과 2011년 다음지도(로드뷰) 상 단독주택 사진 다음과 같다. 한편, ○○리 ○○○-○의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고 주차장 부지로 사용되고 있는 것으로 확인된다(현재 단독주택은 철거되어 존재하지 않는다).
• 나) 쟁점1부동산 중 ○○리 산○○-○

○○리 산○○-○의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고의 주차장 부지로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

• 다) 쟁점2부동산(○○리 ○○○-○) 쟁점2부동산의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고 부지 및 주차장으로 사용되고 있는 것으로 확인된다.
• 라) 쟁점3부동산 중 ○○리 산○○

○○리 산54의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고의 부수토지로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

• 마) 쟁점3부동산 중 ○○리 산○○-○

○○리 산○○-○의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고의 주차장 등으로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

• 바) 쟁점3부동산 중 ○○리 산○○-○

○○리 산○○-○의 위치는 왼쪽 지도의 표시부분과 같고, 오른쪽 사진을 보면 물류창고 및 부수토지로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

4. 쟁점부동산별 1㎡당 양도가액(청구인/처분청) 청구인은 실거래가를 주장하며, 처분청은 기준시가에 따른 안분가액을 주장하며 부동산의 양도가액을 배분하였는바, 위 구분에 따른 물건별 1㎡당 양도가액을 계산하여 비교하면 아래 표와 같다. [표5] 물건별 1㎡당 양도가액 (단위: ㎡,원) 구분 지번 지목 면적(㎡) 청구인 처분청 참고(기준시가) 쟁점1 부동산 304-6 건물 168.08 3,995,790원/㎡ 1,433,907원/㎡ 주택고시가액 304-6 전 377 537,236원/㎡ 132,385원/㎡ 산56-4 임야 273 537,236원/㎡ 13,113원/㎡ 쟁점2 부동산 304-15 전 8,706 181,500원/㎡ 279,238원/㎡ 41,200 원/㎡ 쟁점3 부동산 산54 임야 628 125,429원/㎡ 28,648원/㎡ 3,990원/㎡ 산56-7 임야 1,837 125,429원/㎡ 30,821원/㎡ 4,290원/㎡ 산56-8 임야 1,302 125,429원/㎡ 27,951원/㎡ 3,830원/㎡

5. 신고금액과 경정금액에 따른 양도차익의 증감 청구인은 실거래가를 주장하며, 처분청은 기준시가에 따른 안분가액을 주장하며 부동산의 가액을 배분하였는바, 신고금액과 경정금액에 따른 양도차익은 아래 [표7]과 같다. [표6] 신고금액과 경정금액에 따른 양도차익의 증감 (단위: 원) 신고금액에 따른 양도차익 경정금액에 따른 양도차익 증감 비고 쟁점1 부동산 309,014,402 0 -309,014,402 양도가액 감소에 따라 양도차익 감소 쟁점2 부동산 1,285,296,633 2,317,360,818 1,032,064,185 양도가액 증가에 따라 양도차익 증가 쟁점3 부동산 380,546,750 41,612,596 -338,934,154 양도가액 감소에 따라 양도차익 감소 합계 1,974,857,785 2,358,973,414 384,115,629 쟁점1부동산 양도가액 감소하여 (950,000,000원→294,385,834원) 쟁점2부동산 양도차익 증가

6. 매수인의 문답서(처분청) 및 공인중개사의 확인서(청구인) 처분청이 제출한 매수인의 문답서에 따르면, “매수인 입장에서는 물류창고 부지매입시 총 매매대금이 중요하지 필지별 금액은 중요하지 않아 매도자측 부동산 사무실 의사에 따라 계약서 작성 시 수용하였다”라고 기재되어 있다. 한편 청구인은 매도인 측에서 작성한 매매경위서 및 매수인 측에서 작성한 확인서를 제출하였는데 이에 따르면, “주택매매가격(쟁점1)에 대한 진정한 합의를 부인하는 것은 아닙니다”라고 기재되어 있다.

• 라. 판단 쟁점부동산의 양도가 ‘토지와 건물 등을 함께 양도한 경우’로서 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다. 청구인은, 쟁점1부동산과 달리 쟁점2,3부동산은 인허가를 받아야 매매계약이 체결될 수 있었고, 그 결과 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산의 계약체결시점에 8개월 차이가 존재하므로 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산이 별개로 양도되었다고 주장하나, ① 2015.4.7. 작성된 쟁점1부동산 매매계약서의 특약사항 제2항에는 “첨부 매매예정 부지 목록 중 어느 한 필지라도 매수인이 매수를 하지 못하게 되는 사정이 발생할 경우, 매수인이 부지 매입목적을 달성하지 못하는 것으로 간주하여 본 계약은 무효로 하기로 한다.”라고 기재되어 있고, ② 2015.12.15. 작성된 쟁점2,3부동산 매매계약서에는 특약사항으로 “위 계약은 2015.4.7. 계약을 승계한 연속계약임(특약 포함)”이라고 기재되어 있으며, ③ 청구인은 쟁점1부동산 매매계약이 체결된 다음 날인 2015.4.8. 쟁점1부동산 매매계약서 첨부 목록에서 정한 쟁점부동산 전체 매매대금의 10%에 해당하는 309,242,000원을 계약금으로 수령하였으므로, 쟁점1부동산과 쟁점2,3부동산은 별개로 양도된 것이 아니라 일괄하여 양도된 것으로 판단된다. 또한 청구인은 쟁점부동산이 명백히 구분되어 양도되었고, 각 계약별로 실지거래가액이 존재하므로 처분청이 이를 임의로 부인할 수 없다고 주장하나, ① ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’란 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하고(서울고등법원 2012누1060, 2012.09.13.), ② 청구인이 구분한 쟁점1부동산의 실지거래가액(950,000,000원)은 처분청이 기준시가에 따라 안분계산한 가액(294,385,834원)의 322.7%에 이르는바, 쟁점1부동산의 실질가치와 관계없이 양도가액을 구분한 것으로 보이며, ③ 건물의 대지를 이용하기 위하여 지상건물을 함께 매수하는 경우 매수인 입장에서는 철거예정인 건물의 가액은 중요하지 않은데, 만일 이 사건 건물의 실지거래가액이 671,612,456원이라면 매수인은 철거될 건물을 대지(268,299,173원)보다 2.5배 높은 가격으로 매입하게 되어 경제적 합리성이 부족하고, ④ 매수인 역시 “매수인 입장에서는 물류창고 부지매입시 총 매매대금이 중요하지 필지별 금액은 중요하지 않아 매도자측 부동산 사무실 의사에 따라 계약서 작성 시 수용하였다”라고 답변한 점에 비추어 보면, 이 사건 각 매매계약서에 구분하여 기재된 쟁점부동산 매매대금은 통상의 거래관행을 벗어난 것으로서 합리적인 가액으로 인정하기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산을 함께 양도한 경우로서 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아 양도가액을 기준시가에 따라 안분하여 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.