금융계좌에서 현금 및 대체(수표)로 출금된 금원을 토지의 자본적 지출액으로 인정할 수 있는지 여부

이건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 축산업으로 이용하던 임야와 초지인 AA도 BB시 CC면 DD리 716-1번지 등 10필지 38,543㎡를 2004.6.19. BB시로부터 ‘농촌관광농원개발 사업계획’을 조건부로 승인받아 사업을 시행(이하 “DD농원”이라 한다)하였다.
• 나. 청구인은 2013.12.23. DD농원 중 AA도 BB시 CC면 DD리 716-5번지 및 같은 리 716-6번지 토지 12,149㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 리 716-5번지 위 지상 건물 446㎡(이하 “쟁점건물”이라하고, 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 600백만원에 양도하였고,
• 다. 2014.2.28. 양도가액은 실지거래가액인 600백만원, 취득가액은 쟁점부동산의 환산가액인 135백만원으로 계상하였고, 토지는 토지 정지작업 등의 공사비용 320백만원을 자본적 지출액으로 하고, 건물은 개산공제액 2백만원을 필요경비로 계상하여 양도차익 143백만원, 납부세액 22백만원으로 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 이에 처분청은 토지의 필요경비 과다계상 혐의가 있어 2018.02.21부터 2018.3.12.까지 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 건물의 취득가액은 환산가액으로 필요경비는 개산공제액을 적용하여 계산하고,
• 마. 1986.7.26. 매매로 취득한 쟁점토지는 실지취득가액으로 계산하되 취득가액은 계약서를 분실하여 실지거래가액을 확인할 수 없어 ‘0’으로 계산하고, 필요경비는 청구인이 신고 당시에 쟁점토지관련 필요경비로 제출한 대체초지조성비, 세무사 수수료, 중개수수료는 신고내용에 따라 필요경비로 인정하고, 청구인이 공사와 관련하여 무통장으로 공사업자에게 입금한 무통장 입금증으로 확인된 352백만원 중 토지면적으로 안분한 금액을 필요경비로 인정하였다.
• 바. 다만, 청구인은 세무조사과정에서 청구인의 은행계좌 중 현금 또는 대체(수표)로 출금된 757백만원이 DD농원 개발에 따른 설계용역비 및 토지조성 공사비로 사용되었으니 이 중 쟁점토지의 해당분(239백만원)에 대해 필요경비로 인정해 달라면서 은행출금내역을 제출하였으나 처분청은 이를 필요경비로 인정하지 않았다.
• 사. 처분청은 공사비(352백만원)와 대체초지 조성비(21백만원)는 DD농원 전체면적(38,543㎡)에서 쟁점토지의 면적(12,149㎡)으로, 세무사 수수료 및 중개수수료는 쟁점부동산의 물건별 양도가액으로 안분한 총 122백만원을 필요경비로 계산하여 2013년 과세연도 양도소득세 88,831,990원을 2018.06.01. 경정․고지하였다.
• 아. 청구인은 청구인의 은행계좌에서 현금 또는 대체(수표)로 출금하여 공사대금으로 공사업자에게 대부분 현금이나 수표로 지급하였고, 계좌송금을 원하는 사업자에게는 무통장으로 입금하였으므로 무통장입금증이 있는 352백만원만이 공사비가 아니고 청구인의 은행계좌에서 현금 또는 대체(수표)로 출금된 757백만원이 전체 공사비이므로 이를 필요경비로 인정해 달라는 취지로 과세전적부심사청구를 거쳐 2018.8.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 축산업을 하던 중 2004.6.19. BB시로부터 ‘농촌관광농원개발 사업계획’을 조건부로 승인받았다.
• 나. 조건부 승인의 내용을 보면, 사업예상비용은 1,940백만원이고(사업예상비용 중 BB시 저리융자 500백만원 포함), 공사기간은 2004.6월부터 2006.12월까지, 토지 38,543㎡, 건물 3,371㎡의 개발계획 사업이었다(2007.1.24. 사업계획변경승인으로 공사기간 종료 2008.11월, 건물 면적 849㎡로 변경되었음).
• 다. 개발계획 사업은 BB시의 융자지원 무산으로 은행대출금 및 사채 등으로 공사가 진행되었고, 공사가 진행되는 기간에는 양도소득세가 기준시가 원칙으로 과세가 되다보니 공사비용 대부분을 정규증빙을 수취하거나 통장 거래를 하지 못하였다. 세무조사기간 중 제출한 청구인의 BB축협 계좌내역에 있는 현금 또는 대체(수표)로 출금된 757백만원은 실제 공사에 쓰인 비용임에도 처분청은 이를 부인하고 무통장 입금증이 있는 352백만원만을 토지 공사비용으로 인정하였다. 이는 처분청이 조사 내용 중 사실관계를 잘못 판단한 내용이기에 무통장 입금증이 있는 352백만원만이 아니라 청구인의 BB축협 계좌내역에 있는 현금 또는 대체(수표)로 출금된 757백만원 전체 금액을 공사 관련 필요경비로 인정해 달라는 이 건 심사를 청구한다.

• 가. 청구인이 제출한 토지조성비 757백만원의 축협계좌내역을 보면 현금 또는 수표로 출금한 금액이므로 그 금액 중 청구인이 공사비로 공사업자에게 무통장으로 입금한 입금증이 제출된 352백만원만을 공사와 관련하여 사업자에게 지급된 공사비용으로 인정하였다.
• 나. 청구인은 제출한 계좌내역 757백만원 전체에 대해 필요경비로 인정해 달라는 주장이나, 청구인의 은행계좌에서 현금 또는 대체로 출금된 사실만으로 명확히 공사비용으로 지출되었다고 보기 어려운 점, 공사비용을 충당하기 위해 1,200백만원을 차입하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 점, 실제 공사에 구체적으로 얼마의 경비가 지출되었는지 추정하기 어려운 점 등으로 보아 청구인이 토지조성비라 주장하는 757백만원과는 별개로 무통장입금증이 있는 352백만원만을 공사와 관련된 자본적지출로 보아 필요경비로 적용하여 경정한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 금융계좌에서 현금 및 대체(수표)로 출금된 금원을 쟁점토지의 자본적 지출액으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】(2014.1.1. 개정 전의 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 (단서 생략)
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2010.2.18>

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용・화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 2-1) 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각의 의제】

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 3) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산 등】

① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점토지를 1986.7.26. 매매로 취득하였다가 2013.12.23. 매매로 양도하였고, 쟁점건물은 2009.9.29. 소유권보존으로 등기하였다가 2013.12.23. 양도하였다.

• 가) 쟁점토지 및 쟁점건물의 취득가액은 확인되지 않고, 양도가액은 600백만원인 사실에는 다툼이 없다.
• 나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 내용을 요약하면 다음과 같다. 【 표 제 부 】 표시번호 접수 소재지번 지목 면적 등기원인 및 기타사항 3 2009년 1월2일 AA도 BB시 CC면 DD리 716-5 목장용지 12149㎡ 4 2009년 1월13일 AA도 BB시 CC면 DD리 716-5 목장용지 5956㎡ 분할로 인하여 6193㎡를 DD리 716-6에 이기 1 2009년 1월13일 AA도 BB시 CC면 DD리 716-6 목장용지 6193㎡ 분할로 CC면 DD리 716-5에서 이기 【 갑 구 】 순위번호 등기목적 접수 등기원인 권리자 및 기타사항 1 (전 4) 공유자전원의 지분 전부 이전 1986년 7월26일 제11574호 1986년 7월24일 매매 소유자 청구인 AA도 BB시 CC면 DD리 2 소유권이전 2013년 12월23일 제47990호 2013년 11월11일 매매 공유지 지분 2분의1 유 지분 2분의1 김 ※ DD리 716-6 번지 내용 동일
• 다) 쟁점건물의 등기사항전부증명서상 내용을 요약하면 다음과 같다. 【 표 제 부 】 표시번호 접수 소재지번 등기원인 및 기타사항 1 2009년 9월29일 AA도 BB시 CC면 DD리 716-5 제에이동호 전산도면번호 09- 1 2009년 9월29일 AA도 BB시 CC면 DD리 716-5 제비동호 전산도면번호 09- 【 갑 구 】 순위번호 등기목적 접수 등기원인 권리자 및 기타사항 1 소유권보존 2009년 9월29일 제38669호 소유자 청구인 AA도 BB시 CC면 DD리 2 소유권이전 2013년 12월23일 제47990호 2013년 11월11일 매매 공유지 지분 2분의1 유 지분 2분의1 김

2. 청구인은 쟁점부동산을 2013.12.23. 양도한 후에 양도가액은 실지거래가액, 취득가액은 환산가액으로 하고, 2004.6.19. BB시로부터 농촌관광농원 개발을 조건부로 승인받아 공사한 공사와 관련한 공사비, 세무사 수수료, 개산공제액 등 합계 322백만원을 필요경비로 계산하여 2014.2.24. 양도소득세를 신고하였는데, 그 내용은 다음과 같다. (단위: 백만원) 구 분 합 계 DD리 716-5 (토지) DD리 716-6 (토지) DD리 716-5 (건물) 양도가액(실지거래가액) 600 325 100 175 취득가액 135 2 2 131 필요경 비 개산공제액 2 2×3% 2×3% 2 세무사 수수료 0.4 0.3 0.1

• 중개 수수료 4 3 1

• 대체초지 조성비 6.2 3 3.2

• 설계용역비 9.4 4.6 4.8

• 공사비 300 229 71

• 합 계 322 239.9 80.1 2 양도차익 143 83.1 17.9 42 장기보유특별공제 35 25 5 5 양도소득금액 108 58 13 37 ※ 건물은 취득가액을 환산가액으로, 필요경비는 개산공제액만 적용하여 적정신고

• 가) 쟁점토지의 필요경비 중 세무사 수수료 및 중개 수수료(합계 6백만원)는 지급금액에서 쟁점부동산의 물건별 양도가액으로 안분하였고, 대체초지 조성비(20.5백만원) 및 설계용역비(30백만원)는 지급금액을 전체토지조성 면적(38,543㎡)에서 쟁점토지의 면적(12,149㎡)으로 안분하여 계상하였다. 토지조성 공사비(300백만원)는 전체 토지면적에서 쟁점토지면적으로 공사비를 안분하여야 하나, 청구인은 공사비(300백만원)를 쟁점토지의 양도가액으로 모두 안분하였다.
• 나) 청구인은 양도소득세 신고서와 함께 세무사 수수료, 중개 수수료 지급 영수증 및 BB시청 직원이 확인한 은행거래내역 사본을 대체초지 조성비 증빙서류로 제출하였고,
• 다) 설계용역비 및 토지조성 공사비와 관련된 증빙서류는 입금증과 은행전표를 찾지 못하여 거래상대방과 상호 기억에 의하여 작성한 확인서를 제출하였는데, 그 명세와 내용은 다음과 같다. (단위: 백만원) 거래처명 거래시기 거래금액 내용요약 00측량공사 2003년 상반기 30 측량설계 용역비 00건설기계 2003년 상반기 50 공사비, DD농원 토목공사 00건설기계 2004년 하반기 50 공사비, DD농원 토목공사 ㈜네00 2005년 상반기 200 공사비, DD농원 마사운반 【확인서 견본】 본인은 2004년 하반기 BB시 CC면 DD리 산93번지 DD농원 공사시 토목공사를 수주하여 참여한 사실이 있습니다. 당시 공사대금으로 5천만원을 수령한 사실이 있습니다.

2014. 1월 일

3. 처분청은 청구인이 신고한 양도소득세 신고내용 중 필요경비(자본적 지출액) 과다계상 혐의가 있어 2018.2.21.부터 2018.3.12.까지 양도소득세 조사를 실시하여 취득가액 29백만원과 필요경비 200백만원을 부인하고 장기보유특별공제 63백만원을 추가로 인정하여 양도소득세 89백만원을 경정․고지하였다. 【양도소득세 신고 및 결정내용 요약】 (단위: 백만원) 구 분 청구인 신고① 처분청 결정② 차 액(②-①) 양도가액 600 600 0 취득가액 135 106 (건물가액) 29 필요경비 322 122 △200 장기보유특별공제 35 98 63 과세표준 105 271 166 결정세액 21 80 53 가산세 0 30 30 고지세액 89 89

• 가) 청구인은 양도소득세 신고를 하면서 양도가액을 토지는 필지별로 부동산 거래계약신고필증에 기재된 내용으로 하고 건물은 DD리 716-5번지 토지와 안분하여 계산하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 양도계약서에 토지와 건물에 대한 구분 없이 전체 양도가액이 600백만원임을 확인하고, 기준시가를 기준으로 물건별로 양도가액을 결정하였는데, 그 내용은 다음과 같다. 【양도가액 결정내용】 (단위: 백만원) 구 분 합 계 DD 716-5 (토지) DD 716-6 (토지) DD 716-5 (건물) 양도일

• 2013.

12.

600 325 100 175 양도 당시 기준시가 273 151 40 82 결정 양도가액 600 332 89 179 차 액

• 7 △11 4

• 나) 청구인은 취득가액 계산에 있어 ‘자본적 지출액과 양도경비는 취득가액을 실거래가액으로 계산한 경우에만 적용되고 기준시가 또는 환산가액 등으로 계산하는 경우에는 개산공제액만 필요경비로 공제할 수 있다(소득세법제97조)’는 사실을 조사과정에 알고는 토지는 실제취득가액으로 결정되어 자본적 지출금액을 필요경비로 인정받는 것이 유리하다고 판단하여,
• 다) 쟁점토지는 1986년에 취득하였으나 취득계약서를 분실하여 쟁점토지의 취득가액은 없는 것(“0”)으로 하고, 쟁점건물은 환산가액인 106백만원(개산공제액 포함)으로 취득가액을 재계산하여 처분청에 제출하였고, 처분청은 청구인이 제출한 내용이 적정하여 그대로 결정하였다. 【취득가액 결정내용】 (단위: 백만원) 구 분 합 계 DD 716-5(토지) DD 716-6(토지) DD 716-5(건물) 취득일

• 1986.7.26. 1986.7.26. 2009.9.29. 신고 취득가액 135 2 2 131 결정 취득가액 106

• - 106 비 고 필요경비 계상(자본적 지출액 등) 환산가액

• 라) 청구인은 2004년부터 2006년까지 BB축협계좌에서 현금 또는 대체로 출금된 757백만원을 농촌관광농원개발을 위하여 AA도 BB시 CC면 DD리 716-1번지 등 10필지 38,543㎡의 토지조성공사등 공사비용이라고 주장하면서 양도소득세 조사과정에 처분청에 제출하였다. 다만, 세무사 수수료, 중개 수수료, 대체초지 조성비는 신고내용과 동일하게 제출하였다.
• 마) 처분청은 청구인이 제출한 축협계좌의 출금내역 757백만원 중 대부분은 현금 또는 대체로 출금되어서 공사와 관련하여 지급되었다고 인정할 수 없고, 다만 출금내역과는 별도로 청구인이 제시한 무통장 입금증 352백만원 중 쟁점토지 해당분은 필요경비로 인정하였고, 그 외 세무사 수수료, 중개 수수료, 대체초지 조성비는 제출된 영수증 등에 의거 신고내용과 동일하게 필요경비로 인정하였다. 【토지관련 필요경비 결정내용】 (단위: 백만원) 구 분 합 계 DD 716-5(토지) DD 716-6(토지) 비고 합 계 121.6 60.3 61.3 필요경비 공사비 111 54 57 입금증 대체초지조성비 6.2 3 3.2 신고내용대로 인정 세무사 수수료 0.4 0.3 0.1 중개 수수료 4 3 1 ※ 공사비 및 대체초지 조성비는 처분청에서 인정한 필요경비 금액을 농촌관광농원개발 전체 사업면적 38,543㎡에서 쟁점토지의 필지별로 안분하였고, 세무사 수수료 및 중개 수수료는 물건별 양도가액으로 안분하였음

4. 청구인은 양도소득세 조사 당시 제출한 757백만원을 공사비로 인정하여야 한다는 취지로 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하여 불채택되자, 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가) 청구인은 관광농원 허가 시에 예상한 공사비가 1,940백만원이라는 사실은 출금된 757백만원이 공사비용에 투입된 간접 정황임을 주장하며 ‘농촌관광농원개발 사업계획(조건부) 승인서’를 제출하였다.(생략)
• 나) 청구인은 농촌관광농원 공사를 진행하다가 자금이 부족하여 건축면적을 3,371㎡에서 849㎡로 축소하고 사업기간을 2006.12월에서 2008.11월로 연장하는 내용의 사업변경신청을 하였으며, 2007.

1.

24. BB시장이 승인한 ‘농촌관광농원 사업변경 신청에 따른 (조건부)승인 통보서’를 제출하였다.(생략)

• 다) 청구인은 쟁점부동산에 대하여 ‘축산업으로 이용하던 가파른 임야와 초지를 벌채하고 절개하여 평탄하게 고르는 작업, 옹벽을 치는 작업, 도로를 포장하는 작업, 기타 배수로 등을 정비하는 작업으로 옹벽은 4개소 길이 100~200m, 높이는 2개소 5m, 2개소는 2.5m이고, 도로는 폭 6m 길이가 1,700m, 배수로는 1,500m 정도이고, 기타 정화조, 맨홀 등의 공사가 이루어 졌다’고 주장하면서 공사를 하였다는 근거로 사진을 제출하였다.(생략)

5. 청구인은 “BB시에서 농촌관광농원 승인 당시에 공사비가 1,940백만원에 (BB시의 저리융자 지원 500백만원 포함) 조건부승인을 하였으나 BB시의 융자지원 무산으로 은행 대출금 및 사채 등 1,200백만원으로 공사를 진행하였고, 당시에는 양도소득세가 기준시가 원칙이므로(양도소득세 신고는 2007.1.1.부터 실지거래가액이 원칙임) 대부분의 공사비용을 정규증빙을 수취하거나 통장거래를 하지 않고 현금이나 수표로 거래하였으므로 공사비용으로 사용한 계좌에서 현금 또는 대체출금 등으로 인출한 757백만원을 공사비로 인정하여야 한다.”고 주장하면서 양도소득세 조사를 받는 과정에 계좌 입출금 내역을 제출하였다.

• 가) 청구인이 제출한 2004.3.3.부터 2006.12.29.까지의 입출금된 계좌내역 중 입금내용을 요약하면 다음과 같다. 일 자 금 액(원) 거래내용 2004.03.03. 1,000,000 청구인 2004.10.06. 1,000,000 현금 2005.02.24. 등 3건 750,000,000 대출연동3 2005.05.16. 등 6건 74,400,000 ㈜호*로 입금된 내역 6건 있음 2005.9.22. 등 45건 375,750,000 이 등 개인명의 입금내역 45건 있음 합 계 1,203,150,000
• 나) 청구인이 제출한 2004.3.3.부터 2006년 12.29.까지 입출금한 내역 중 출금은 대부분이 소액으로 현금이나 대체(수표) 출금된 금액 총 260건 합계 757백만원으로 나타난다.
• 다) 청구인은 농촌관광농원 공사가 진행되던 기간에는 양도소득세가 기준시가 원칙이므로(양도소득세 신고는 2007.1.1.부터 실지거래가액이 원칙임) 대부분의 공사비용을 정규증빙을 수취하거나 통장거래를 하지 않고, 현금이나 수표로 거래하였다는 증빙으로 당시 도로 포장을 맡았던 △△아스콘산업과의 주문서 내용에 대금결제조건으로 ‘타설 후 익일 현금결제’라는 문항이 들어간 주문서를 제출하였다.(생략)
• 라) 청구인은 쟁점부동산이 평당 10만원 정도에 거래되었으나, 양도당시 개발되지 않은 인근 임야인 DD리 716-3번지외 2필지 43,703㎡가 2009.12.29. 433백만원(평당 3만원 정도)에 양도된 사실을 보더라도 공사비용 757백만원이 과장되지 않았고, 공사당시 은행차입금 1,400백만원을 현재까지 변제하지 못하고 있다는 주장에 대해 확인한바, DD리 716-3번지의 양도가액은 등기부 등본에 433백만으로 기재되어 있는 것이 확인되고, 쟁점부동산의 등기부 등본에는 2008.2.14. 최권채고액 1,490백만원으로 BB축산업협동조합에 근저당 설정되었다가 2013.12.23. 말소되었으나, DD리 716-1 등에는 현재까지 1,490백만원의 근저당이 설정되어 있는 것으로 확인된다.
• 마) 청구인은 이 건 심사청구를 제기하면서 양도소득세 신고 당시 제출한 공사비관련 확인서외 145백만원의 확인서를 추가로 제출하였으며, 현금 거래가 가장 많은 유류대금은 거래처가 불이익을 염려하여 확인서를 제출하지 못하므로 처분청이 확인하면 사실을 알 수 있다고 주장하고 있다. 【추가로 제출한 확인서 내용】 (단위: 백만원) 거래처명 거래시기 거래금액 내용요약 000중기 2003년 상반기 30 공사비, DD농원 중장비 사용 000중기 2004년 상반기 30 공사비, DD농원 중장비 사용 00기계 2004년 하반기 35 공사비, DD농원 토목공사 00기계 2005년 상반기 50 공사비, DD농원 토목공사
• 바) 청구인은 DD농원에 2007.4.1.을 개업일자로 관광농원 서비스업으로 일반사업자로 사업자등록을 하였다가 2010.12.31. 폐업하였으며, 부가가치세는 무실적으로 신고된 것으로 확인된다.

6. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용에 토지의 필요경비 과다계상 혐의가 있어 2018.2.21부터 2018.3.12.까지 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 공사비라고 제출한 757백만원은 현금 또는 대체로 출금한 계좌내역 외에는 공사관련 지급금액을 확인할 수 있는 증빙을 제출한 바 없어 자본적 지출금액 등 필요경비 인정하지 않고, 청구인이 제출한 현금 또는 대체로 출금한 계좌내역 757백만원과는 별도로 공사업자들에게 무통장으로 입금한 내용이 확인되는 무통장 입금증 89건에 대한 총 입금액 352백만원을 필요경비로 인정하였다.

8. 사전열람에 대한 청구인 추가의견

• 가) 청구인은 당초 목장으로 사용하던 임야를 토지 조성작업을 통하여 승마장등이 있는 농촌관광농원으로 조성한 것으로 토지조성공사 등 관광농원 공사를 한 2004년부터 2006년 정도에는 임야를 훼손하여 농원용 토지로 조성하려면 평당 100,000원 정도의 비용이 발생되었으며, 현재는 평당 200,000원의 비용이 발생할 것으로 추정된다고 주장하면서,
• 나) 관광농원 공사와 관련한 공사계약서 등 기타 자료의 제출없이 기억에 의존한 추정 공사비용 851백만원의 내역을 다음과 같이 제출하였다.(생략)
• 라. 판단 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세 관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것 이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조). 앞서 본 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 계좌에서 현금 및 대체로 출금된 금원이 쟁점토지의 자본적 지출액이라고 주장하나, 계좌에서 현금 및 대체로 출금된 내역 외에는 공사와 관련된 계약서, 세금계산서 등 객관적인 증빙이 없어 계좌의 출금액이 토지조성공사와 관련된 것인지 불분명한 점, 청구인이 제출한 ‘농촌관광농원개발 사업계획(조건부)승인서’의 사업비 1,940백만원은 예상치에 불과하고 이후 BB시로부터 사업축소 변경승인을 받아 공사에 투입된 비용을 추정하기는 어렵고, 2007.1.1.부터 양도소득세가 실지거래가액 원칙으로 변경되었음에도 2007.1.1. 이후의 공사관련 증빙서류도 제출하지 못하는 점 등으로 보아 계좌에서 현금 및 대체(수표)로 출금된 금원이 쟁점토지의 토지조성공사에 실제 사용된 비용이라고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 무통장 입금증으로 확인된 금액(전체 352백만원을 쟁점토지에 안분한 111백만원)만을 쟁점토지의 자본적 지출액으로 필요경비 인정하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.