대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 20% 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

이건 심사청구는 기각한다.

청구인은 2010.6.30. 주식회사 AA통신(이하 “AA통신”이라 한다)의 총 발행주식수 100천주 중 80천주를 취득(주식보유비율 80%)하여 2016.11.21. 5천 주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 99백만원(주당 19,700원)에 양도하고, 쟁 점 주식의 양도소득에 대하여 10%의 세율을 적용하여 2017.1.9. 2016년 과세연도 양도소득세 5백만원을 신고․ 납부하였다. 처분청은 청구인이 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소득세법 시행령제157조제4항제1호의 대주주에 해당하여 양도소득세율 20% 적용대상으로 보아, 2017.11.16. 청구인에게 2016년 과 세연도 양도소득세 5백만원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.9. 처분청에 이의신청을 제기하였으나, 2018.3.8. 기각결정되어 2018.6.8. 이 건 심사청구를 제기하였다.

소득세법 제94조제1항제3호 나목에서 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등의 양도가 양도소득 과세 대상임을 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제157조 규정 등에서 대주주의 범위 등을 열거하고 있으나, 비상장 중소기업의 주식 양도에 대한 대주주의 범위가 규정된바 없으므로 과세 관청의 자의적인 판단으로 지분율 2% 초과 양도자에 대하여 대주주의 양도로 높을 세율을 적용한 것은 부당하다.

2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 대주주는 같은법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 대주주의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 같은법 시행령 제157조는 대주주를 상장주식 및 비상장 주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있다. 따라서 2015.12.15. 개 정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 대주주를 주권 상장법인의 대 주주만을 의미하는 것으로 해석해야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어 렵다.

• 가. 쟁점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 20% 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】[2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23>

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등 1-1) 소득세법 시행령 제157조 【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

④ 법 제94조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.<개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2005.2.19, 2005.8.5, 2009.2.4, 2010.12.30, 2012.2.2, 2013.2.15, 2013.6.28, 2013.8.27, 2016.2.17, 2016.3.31>

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출 자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사 업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사 업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계 액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령제43조제8항제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인 등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령 제1조의2제3항제1호 에 해당하는 자
• 나. 주주 1인 등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령 제1조의2제1항제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령 제1조의2제3항제1호 에 해당하는 자

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다. <신설 2016.2.17>

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우

2. 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조제1항 에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20
• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계 가) 청구인이 2016.11.21. AA통신 주식 5,000주를 98,500천원(1주당 19,700원)에 조○○에게 양도하였음이 쟁점주식의 양도․양수 계약서에 의하여 확인된다. 나) 청구인은 쟁점주식의 양도와 관련하여 2017.1.9. 아래 <표>와 같이 처분청에 양도 소득세 과세표준 예정신고를 하였다. <표1> 양도소득금액 계산명세서 (천원) 구 분 내 역 구 분 내 역 자산종류 비상장주식-중소기업 법 인 명 AA통신 양도가액 98,500 취득가액 50,000 필요경비 492 양도소득금액 48,007 세 율 10% 산출세액 4,550 다) AA통신에 대한 주식보유 현황은 아래와 같다. 주주명 2010사업연도 2015사업연도 주식수 지분율 주식수 지분율 청 구 인 80,000주 80% 80,000주 80% 황 O O 20,000주 20% 20,000주 20 % 합 계 100,000주 100% 100,000주 100%

○ AA통신이중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당되고, 청구인은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2015. 12.31.) 현재 AA통신 주식의 80%를 소유한 점에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

• 라. 판단 청구인이 양도한 쟁점주식은 주권이 상장되지 아니한 중소기업의 주식으로, 청구인은 소득세법에서 규정하고 있는 대주주에 해당되지 않아, 양도소득세율 10%를 적용해야 한다고 주장하나, 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제94조 제1항 제3호는 양도소득의 범위를 “자본시장과 금융 투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비 율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것(가목)과 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등(나목)의 양도로 발생하는 소득”으로 규 정하고 있고, 위 법 94조 제1항 제3호의 규정에 따라 소득세법 시행령(2016.12.5. 대통령령 제27653호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제157조 제4항은 대주주가 양도하는 주식을 규정하면서 그 양도주체인 ‘대주주’를 “주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 이 장에서 "기타주주"라 한 다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소 유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주(제1호)”, “주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법 인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주 (제2호)”로 규정하고 있고, 이러한 주주 1인, 대주주의 개 념을 거주자의 양도 소득에 대한 납세 의무에 관한 제3장에서 모두 적용하도록 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 따라 위 시행령 제157조 제4항에서 규정 하고 있는 대주주의 범위는 상장주식이나 비상장주식의 양도소득 과세대상과 관련 하여 동일하게 적용하는 것으로 판단되므로 법 제104조 제1항 제11호 나목 괄 호안의 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다’의 규정에도 동일하게 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(대 법원2006두18041, 2007.11.29. 판결 참조). 따라서, 처분청이 비상장 중소기업인 AA통신 주식 80%를 보유한 청구인에게 AA통신 주식 양도에 대해 대주주가 양도한 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용하여 이 건 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.