조세심판원 심사청구 양도소득세

비상장법인의 대주주 주식 양도의 경우 양도소득세 계산시 10% 세율적용이 타당한지 여부

사건번호 심사-양도-2018-0045 선고일 2018.07.04

거주자의 양도소득에 대한 납세의무에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 대주주의 범위를 정하고 있는 점에 비추어 대주주에는 비상장법인도 포함되는 것으로 봄이 타당함

주 문

이건 심사청구는 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인의 부친 박%%(이하 “양도인”이라 한다)은 2016.3.10. AA시 BB구 CC로에 소재하는 ㈜MMMM(이하 “MMMM”라 한다)의 발행주식 5,300주를 1,272백만원(이하 “쟁점주식”이라 한다)에 양도하고, 세율 10%를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. 국세청 감사담당관은 2017.6.19.부터 2017.7.7.까지 DD지방국세청에 대한 종합감사 시, 양도인이 쟁점법인의 대주주에 해당되나 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세 신고를 하면서 세율을 10%로 잘못 적용하여 신고한 사실을 확인하고, 양도인의 양도소득에 대한 세율을 20%로 적용하여 부족징수한 양도소득세를 징수하도록 CC세무서장에게 지시하였고, CC세무서장은 양도인의 관할인 BB세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 양도소득세 결정결의서(안)를 통보하였다.(양도인의 대주주 해당)
  • 다. 이에 따라, 2018.2.9. 처분청은 양도인이 2017.7.16. 사망함에 따라 상속인인 청구인에게 양도소득세 135,278,280원을 경정․고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.3.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
  • 가. 2017.2.3. 소득세법 시행령제167조의8 제1항 제2호의 규정이 신설되기 전에는 비상장법인의 대주주에 대한 범위를 규정하고 있지 않았다. 1)소득세법제104조 제1항 제11호 나목이 2015.12.15. 개정되기 전에는 모든 중소기업의 양도소득에 대하여 10%의 세율이 적용되다가 2015.12.15.소득세법이 개정되면서 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우에 한정하여 10%가 적용되는 것으로 규정하고 있다. 그런데, 양도소득세 과세대상으로 2015.12.15. 개정된소득세법제94조【양도소득의 범위】제1항 제3호 가목은자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것을 같은 법 같은 항 같은 호의 나목은 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등을 규정하고 있다.

2. 법문에 따르면 주권상장법인의 대주주의 주식양도에 한하여 과세하되 대주주의 범위를 대통령령으로 위임하였고, 위임받은 소득세법 시행령제157조 제4항은소득세법제94조 제1항 3호 가목 1)의 ‘대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주’란 상장법인의 대주주 범위만을 규정하고 있고, 비상장법인의 대주주의 범위에 대한 규정은 없다.

3. 쟁점주식의 양도 당시(2016.3.10.)에는 비상장주식의 대주주 범위에 대한 법률규정이 없었던 것을 2017.2.3. 소득세법 시행령제167조의8 제1항 2호를 신설하여 새로이 규정하였다.

  • 나. 조세법률주의의 원칙상 과세의 요건은 법률로서 정하고 집행에 있어서 문리대로 엄격하게 해석․적용되어야 한다. 1)헌법제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다.”라고 규정하고, 같은 법 제59조는 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있고, 대법원 판례에는 “조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석ㆍ적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추ㆍ확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위반된다(대법원 2009.3.19. 선고 2006두 19693 전원합의체 판결, 대법원 2007.5.17. 선고 2006두 8648 전원합의체 판결 등 참조).”라고 판시하고 있다.

2. 또 다른 대법원 판례에도 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810, 대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).”라고 판시하고 있고,

3. “세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것(대법원 1997.10.14. 선고 97누9253 판결 참조)”이라고 판시하고 있다.

  • 다. 비상장법인 대주주의 범위에 대한 규정이 없을 당시(2016.3.10.)에 양도한 쟁점주식의 양도소득세 세율은 10%를 적용하여야 한다.

1. 2015.12.15. 개정된소득세법제104조(양도소득세의 세율) 제1항 제11호 나목에서 ‘중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정 한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10’, 다목에서는 ‘그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20’으로 규정하고 있다.

2. 2016.3.10. 쟁점주식을 양도할 당시의 세율에 관한 규정에서 ‘중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정 한다)’이라고 규정하고 있으나, 이는 주권상장법인의 대주주만을 규정하고 있을 뿐 비상장법인의 대주주 범위에 관한 규정이 없다. 따라서 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 대주주에 대한 범위가 규정되어 있지 아니하므로 2015.12.15. 개정한소득세법제104조 제1항 제11호 나목 규정의 10%의 세율이 적용되어야 한다.

3. 처분청 의견

가.소득세법제94조에서 “대주주”는 ‘이하 이 장에서 “대주주”라 한다.’라고 규정하고 있어 같은 장에 있는 같은 법 제104조의 “대주주”와 동일한 것임을 알 수 있고, 또한 ‘소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주’라고 하여 시행령에 “대주주”의 범위를 위임하고 있으며, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서는 소유주식의 비율 및 시가총액에 따라 “대주주”의 범위를 규정하고 있다. 따라서 ‘대주주’란 단지 소유주식의 비율 및 시가총액에 따라 범위가 정해지는 것일 뿐, 주권상장법인과 주권상장법인이 아닌 경우 모두를 포함하는 것으로 해석해야 할 것이다.

  • 나. 또한, 조세심판원에서 동일한 사례의 심판청구 사건에 대해 같은 취지로 결정(조심 2017서3402, 2017.

10. 24.)한 바 있고, 대법원에서도 비상장법인의 “대주주”에 대해 상장법인의 “대주주”와 같은 것으로 해석한 판례(대법원2006두18041, 2007.

11. 29.선고)가 있으며, 국세청에서 발간한2016년 개정세법 해설에서도 중소기업 대주주의 경우에는 2016.1.1.이후 양도분부터 20%의 세율을 적용한다고 명시하고 있다.

  • 다. 그리고 2015.12.15. 개정되기 전의소득세법제104조 제1항 제11호 가목에서도 “대주주”를 규정하고 있었으며, 이 당시에도 “대주주”는 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것이 아니라 주권상장법인이 아닌 경우에도 동일하게 적용하는 것을 의미하므로 위와 같은 해석을 뒷받침하고 있다.
  • 라. 위와 같이소득세법제94조의 “대주주”는 같은 법 제104조의 “대주주”와 동일하고, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 소유주식의 비율 및 시가총액에 따라 “대주주”의 범위를 규정하고 있으며, 대주주의 범위는 주권상장법인과 비상장법인 모두 동일하게 적용함을 알 수 있다. 따라서, 쟁점주식의 양도 당시 비상장법인의 “대주주” 범위가 규정되지 않았다는 청구인의 주장은 잘못된 것이며, 청구인에 대한 이 건 부과처분은 적법한 것이다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주식 양도소득세 계산시 10%세율 적용이 타당한지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

  • 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

  • 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
  • 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 3) 소득세법 시행령 제157조 【증권예탁증권 및 대주주의 범위】 (2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 2016.4.1. 이전 양도 분은 종전 규정 적용)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2 [괄호 생략]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[괄호 생략] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 4) 소득세법 시행령 제167조의8 【대주주 및 중소기업의 범위】 (2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)

① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주권상장법인 대주주

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.

② 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일 현재중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

  • 다. 사실관계

1. 청구인의 부친인 박%%이 2016.3.10. 박&&에게 쟁점주식 5,300주를 1,272백만원에 양도하였다.

2. 청구인과 처분청은 MMMM가 비상장법인이고, 중소기업이란 사실에는 다툼이 없다.

3. 국세청 감사담당관은 “시정사항”을 통해 “양도인은 대주주(중소기업)에 해당되어소득세법제104조에 따라 당해주식의 양도소득세율을 20%로 적용하여야 함에도, 처분청에서는 양도인이 양도세 신고 시 당해 주식에 대한 세율을 10%로 계산한 신고서를 그대로 신고 시인하여, 양도인의 당해주식 양도소득에 대한 2016년 귀속 양도소득세 129,480,640원을 부족 징수한 잘못이 있습니다.”라고 지시하였다.

4. 청구인은 2015.12.15.소득세법제104조 제1항 제11호를 개정하면서 상장 및 비상장법인의 대주주에 대한 세율을 동일하게 적용하도록 규정하였으나, 쟁점주식의 양도당시(2016.3.10.)에는 비상장 법인의 대주주 범위에 대하여 입법이 되지 아니하였다고 주장하고 있는바, 그 내용은 다음과 같다.

  • 가) 2015.12.15. 개정된소득세법제104조(양도소득세의 세율) 제1항 제11호의 개정 전과 후를 비교하면 다음과 같다. 개 정 전 2015.12.15. 개 정 후

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

  • 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세 표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

  • 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20
  • 나) 쟁점주식의 양도당시에소득세법제94조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 비상장법인의 대주주에 대한 양도소득 범위는 다음과 같다. 【 소득세법 제94조 (양도소득의 범위}】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

  • 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등
  • 다) 쟁점주식의 양도당시소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하고 있는 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 범위에 대하여 같은 법 시행령 제157조 제4항의 규정은 다음과 같다(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 2016.4.1. 이전 양도 분은 2016.2.17. 개정 전 규정을 적용). 【 소득세법 시행령 제157조 (증권예탁증권 및 대주주의 범위)】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2 [괄호 생략]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주.(이하 생략)

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[괄호 생략] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 라)소득세법제104조(양도소득세의 세율) 제1항 제11호 가목의 ‘대통령령으로 정하는 대주주’에 대하여 2017.2.3. 같은 법 시행령 제167조의8이 개정되었는데, 그 개정된 내용은 다음과 같다. 【 소득세법 시행령 제167조의8 (대주주 및 중소기업의 범위)】

① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주권상장법인 대주주

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다. (이하 생략)

5. 2015.12.15. 개정된소득세법제104조(양도소득세의 세율)의 규정에 대하여 국세청에서 발간한 ‘개정세법 해설’의 내용은 다음과 같다. ■ 양도소득세 과세대상 대주주 범위확대 및 세율 단일화

  • 가. 개정취지: 자본소득 과세형평성 및 실효성 제고
  • 나. 개정내용 종 전 개 정 ▢ 주식 양도차익 과세대상 대주주 범위

• 유가증권시장, 비상장주식: 지분율 2% 이상 또는 시가총액 50억원 이상

• 코스닥시장: 지분율 4% 이상 또는 시가총액 40억원 이상

• 코넥스시장: 지분율 4% 이상 또는 시가총액 10억원 이상 ▢ 주식 양도소득세 세율

• 중소기업:10%

• 중소기업 외 법인:20%

• 중소기업 외 법인의 대주주가 1년 미만 보유:30% ▢ 대주주 범위 확대

• 지분율 1%, 시가총액 25억원

• 지분율 2%, 시가총액 20억원

• (좌동) ▢ 대주주 세율 단일화

• 중소기업: 대주주: 20%, 그 외 주주: 10%

• (좌동)

  • 다. 적용시기 및 적용례

• 대주주 범위 확대: 2016.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용 * 다만, 비상장 주식 대주주의 범위 확대는 2017.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

• 세율 단일화: 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용 * 다만, 법 시행일 현재 의무보호예수 중인 중소기업 대주주 주식을 보호예수기간 종료 6개월 후 양도할 때 개정 세율(20퍼센트) 적용

6. 청구인은 조세심판원 결정례(조심2017서3402, 2017.10.24.) 및 대법원 판례(2006두18041, 2007.1.24.)와 국세청에서 발간한 “2016년 개정세법 해설”등에서도 상장법인의 주주와 비상장법인의 대주주 범위가 같은 것으로 해석하고 있다는 처분청의 의견에 대하여 다음과 같은 주장을 하고 있다.

  • 가) 조세심판원에서 “소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 규정하면서 같은 법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무) 전체에서 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바(이하 생략)”라는 결정(조심 2017서3402, 2017.10.24. 참고)은 아무런 법적 근거 제시 없이 막연하게 판단하였고,
  • 나) 대법원 판례(2006두18041,2007.11.29. 참고)는 기업공개를 유도하고 신규 상장 등을 위해 비상장 법인이 주식을 증권거래법 규정에 따라 양도하는 등의 경우 양도소득세 과세를 제외하되(시행령 157조 제5항 1호) 다만, 상장법인과 동일한 기준의 대주주가 양도하는 경우에는 과세토록 규정(시행령 157조 제5항 2호)함으로써, 상장주식과 비상장주식의 개념 및 기준을 동일하게 한 것은 형평성을 고려한 입법취지 및 합목적성에 비추어 조세법률주의에 위반되지 아니한다는 판시이며, 2000.12.29. 소득세법 시행령 제157조 제5항 은 삭제․폐지되었다. 그러므로 이 쟁점과는 사안이 다른 경우이므로 인용할 수 없다는 주장이다.

7. 사전열람에 대한 청구인과 처분청의 추가의견

  • 가) 청구인의 추가의견

① 대주주란 주식 소유비율․시가총액이 일정규모 이상이면서 상장법인을 의미하는 것이므로 비상장법인은 해당되지 아니한다. ⒜소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)」가 양도하는 주식을 양도소득세 과세대상이라고 규정하고 있다. ⒝ 여기서 이하 이장에서 “대주주”라 한다고 하는 것은 같은 3장에 규정하고 있는 같은 법 제104조 양도소득세율에 관한 규정에서도 “대주주” 는 상장법인으로서 대통령령이 정하는 대주주를 의미하는 것으로 해석하여야 한다. 그러므로 대주주에 해당되기 위해서는 소유주식의 비율․시가총액이 일정규모 이상이 되면서 상장법인에 해당되어야 하므로 이 장에서의 대주주는 상장법인의 대주주를 의미하는 것이고 비상장법인의 대주주는 해당하지 않는다.

② “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주”라 함은 상장법인의 대주주 주식 양도에 대한 양도소득세 과세제도 도입 취지에서도 상장법인에 한정하고 있음이 아래와 같이 입증된다. ⒜ 국회의 소득세법 개정안 심사(1998.12.2. 법제사법위원회 회의록 제10호 9쪽 정덕구재정경제부차관 제안 설명)에서 “상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위하여 대주주가 상장주식을 대량으로 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하며(이하 생략)”라고 설명되어 있고, ⒝ 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목 등 위헌소원에 대한 헌법재판소의 판결(2015. 7. 30.선고 판결 2013헌바460)에서도 “법률조항은 상장주식의 양도차익을 과세대상으로 삼을 것인지에 대한 논란이 있는 상황에서 일정 비율 또는 일정 가액 이상의 주식을 가지고 있는 대주주의 주식 양도에 대하여만 과세하는 방식을 택함으로써 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위한 것인데, 상장회사의 일정 비율 또는 일정 가액 이상의 주식을 보유한 자가 그 주식의 양도로 시세차익을 얻은 경우 그 차익 범위 내에서는 담세력이 있으므로 이에 대해 조세를 부과하는 것이(이하 생략)”라고 판시하고 있고, 헌법재판소의 위헌소원 판결(2015. 2. 26. 2012헌바355)에서는 “상장주식 양도차익의 과세대상이 되는 ‘대주주’에 해당하는지의 여부를 해당 주식을 양도한 주주 1인만을 기준으로 산정한다면, ‘대주주’에 해당하지 않도록 주식 명의를 분산시킴으로써 양도소득세의 부과를 회피할 수 있게 되므로, 변칙증여 방지라는 이 사건 양도소득세조항의 입법목적을 달성하기는 어렵다(이하 생략)”라고 판시하고 있다.

  • 나) 처분청의 추가의견

① ‘대주주’의 범위는 주권상장법인이 아닌 경우에도 동일하게 적용하는 것이 명확한데도 청구인은 ㉠비상장법인의 경우 과세대상을 대주주 여부와 관계없이 양도하는 주식으로 규정하여(소득세법 제94조 제1항 제3호 나목) 대주주의 범위에 대한 규정이 필요 없었으므로 비상장법인의 대주주 범위에 대한 규정이 없었고, ㉡2015.12.15. 상장 및 비상장법인의 대주주에 대한 세율을 동일하게 개정하면서 대주주 범위도 입법을 통하여 새로이 규정하여야 했으나 비상장법인에 대하여 입법되지 아니하였다고 하면서 아래와 같이 2가지의 잘못된 주장을 하고 있다. ⒜ 첫 번째는, 2015. 12. 15. 소득세법 개정 전에도 이미 중소기업이 아닌 비상장법인의 주식을 대주주가 1년 미만 보유하고 양도하면 30% 세율을 적용하고 있는데도, 비상장법인은 대주주의 범위에 대한 규정이 필요 없었다고 주장하는 것이고,

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】(2015.12.15. 개정 전)

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

  • 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30
  • 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 ⒝ 두 번째는, 2015.12.15. 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 개정 내용을 보면, 당초 중소기업의 세율이 10%, 대기업의 세율이 20%였던 것을, 중소기업 대주주의 세율을 20%로 개정하여 대기업의 세율과 통일하는 것으로 변경하였는데, 청구인은 위 개정 내용에 대한 해석을 잘못하여, 주권상장법인과 비상장법인의 대주주에 대한 세율이 동일하게 된 것으로 주장하는 것이다.

② 결국, 청구인은 이로 인하여 비상장법인의 대주주 범위도 입법을 통하여 새로이 규정하였어야 한다는 잘못된 주장에까지 이르게 된 것으로 보인다.

  • 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하면서이하 이 장에서 “대주주”라 한다고 규정하여 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있는 점(대법원2006두18041, 2007.11.29. 같은 뜻), 구 소득세법 시행령제157조 제4항(2017.2.3. 개정전)에서는 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 대주주의 범위를 정하고 있는 점(부산지방법원2017구합23415, 2018.01.19. 같은 뜻)에 비추어 대주주에는 비상장법인도 포함되는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 청구인을 대주주로 보아 쟁점주식의 양도에 대한 세율을 10%가 아닌 20% 세율을 적용한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)