양도대상 토지가 비사업용 토지인지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2016. 4. 12. 주식회사 A(이하 “A”라 한다)와 사이에 청구인 소유의 쟁점토지 중 1/3 지분(이하 “쟁점지분”이라 한다)에 관하여 매매대금을 3,285,000,000원으로 하는 매매계약을 체결하고 2016. 9. 13. 잔금을 지급받고 쟁점토지에 관하여 A 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 청구인은 쟁점토지 지상에 존재하였던 공동주택 모델하우스 바닥면적의 3배에 해당하는 부분을 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제와 일반누진세율을 적용하고, 나머지 부분을 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 10% 할증세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 다. 처분청은 양도일 직전 5년 중 모델하우스 존재기간이 3년 미만이라는 이유로 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목, 동법 시행령 제168조의6 제1호 가목에 따라 쟁점토지 전부를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 10%를 중과하여 2017. 10. 10. 2016 과세연도 양도소득세 589,702,726원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017. 12. 26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에서 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법에 따른 재산세 별도합상대상 토지로 5년 중 3년이면 사업용 토지로 본다고 규정함에도 불구하고, 양도 소득세법 집행기준에서 가설건축물의 실제 존치기간만 사업용 토지로 보는 것은 부당한 축소해석이다. 실제 존치기간으로 본다면 쟁점토지는 잔금청산일 2016. 9. 13.을 기준으로 소급하여 5년 중 3년 이상 재산세 별도합산대상 토지였고, 쟁점토지에 모델하우스가 있었던 기간은 3년에서 67일이 부족하다. 그러나 당초 잔금약정일인 2016. 5. 31.에 잔금청산이 이루어졌다면 모델하우스 존치기간이 3년 이상이어서 사업용 토지가 될 수 있었으나, 매수인이 다른 공유자와의 매매계약을 늦게 체결하여 잔금청산이 약 4개월 지연되어 잔금청산일을 기준으로 모델하우스 존치기간이 5년 중 3년에서 67일이 부족하게 되었다. 대법원 90누2499 판결에 따르면 농지의 8년 자경여부는 매매계약한 날을 기준으로 따지는바, 비사업용 토지 여부도 매매계약일 혹은 당초 잔금약정일인 2016. 5. 31.을 기준으로 판단하여야 한다. 소득세법 시행령 제168조의6 (비사업용 토지의 기간기준)은 소득세법 제104조의3 제1항 “각호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 기간”을 말하므로, 제1항 제4호 나목의 재산세 별도합산토지에 적용할 수 없다. 또한 적용된다고 하더라도 사업용 토지로 보는 기간을 토지의 보유기간이 5년 이상인 경우에 5년 중 3년, 3년 중 2년, 전체보유기간 중 60% 이상의 3가지 기준만 정한 것은 모순이다. 2016년에 양도한 토지만 장기보유특별공제를 배제하고 2017. 1. 1. 이후 양도한 토지는 장기보유특별공제를 적용하는 것은 형평에 어긋난다.

소득세법 제98조 에서 양도시기는 대금을 청산한 날이라고 규정하므로 쟁점토지의 양도일은 잔금청산일인 2016. 9. 13.이 되고, 청구인의 주장처럼 잔금약정일을 양도일로 볼 수 없다. 청구인이 제시한 대법원 90누2499 판결은 자경농지로 양도소득세를 감면받기 위해서는 양도계약 체결 당시에 농지여야 한다는 것으로서 양도차익을 계산하는 기준이 되는 양도시기의 판단에 적용할 수 없다. 청구인은 지방세법 시행령 제103조의2 를 적용하여 모델하우스 존치기간에 6개월을 가산하였으나, 모델하우스는 원칙적으로 존치기간이 정해져있고, 존치기간이 경과할 경우 철거하는 것을 전제로 축조된 것이므로 위 조항을 적용할 수 없다. 또한 모델하우스를 실제로 철거한 날이 2015. 11. 24.이므로 여기에 6월을 가산하더라도 모델하우스의 전체 존치기간이 5년 중 3년을 초과하지 않는다. 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에서 사업용 토지로 보는 기간을 3가지만 정한 것과 2016년 양도분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 소득세법 규정이 불합리하다는 청구인의 주장은 국세공무원이 행사할 수 있는 재량의 범위를 벗어난다.

• 가. 쟁점 양도대상 토지가 비사업용 토지인지 여부
• 나. 관련법령

1. 구 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】 (2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 1-1) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 1-1-1) 양도소득세 집행기준(2014) 104의3-168의11-4 [모델하우스 등 가설건축물의 비사업용 토지여부] 건축법제20조에 따른 가설건축물에 딸린 토지로서 재산세 별도합산 과세대상인 토지는 해당 기간 동안 사업용 토지로 보는 것이며, 가설건축물로서 건축법제20조에 따라 특별자치도지사 또는 시장․군수․구청장에게 허가 또는 신고 등을 하지 아니한 경우에는 건축물로 보지 아니하므로 이에 딸린 토지는 비사업용 토지에 해당된다. 1-2) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 1-2-1) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14제1항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (이하 생략)

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년 2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 2-1) 소득세법 기본통칙 98-162…1 【 잔금청산일이 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일과 다른 경우 양도 또는 취득의 시기 】

① 매매계약서 등에 기재된 잔금지급약정일보다 앞당겨 잔금을 받거나 늦게 받는 경우에는 실지로 받은 날이 잔금청산일이 된다. 3) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지 3-1) 지방세법 시행령 제103조의2 【철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 범위】 법 제106조제1항제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 부속토지"란 과세기준일 현재 건축물 또는 주택이 사실상 철거ㆍ멸실된 날(사실상 철거ㆍ멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거ㆍ멸실된 날을 말한다)부터 6개월이 지나지 아니한 건축물 또는 주택의 부속토지를 말한다.

4. 구 소득세법 제95조 【양도소득금액】 (2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 4-1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】 (2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 부칙 <제14389호, 2016.12.20> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 제14조(양도소득금액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

5. 구 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 (2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. (후단 생략)

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

• 다. 사실관계

1. 쟁점토지의 소유권 변동내역

○ 청구인, B, C은 1991. 5. 20. 쟁점토지의 각 1/3 지분을 취득하였다가 2016. 9. 13. 아래 표와 같이 A에 각 소유지분을 매도하였다. 양도인 등기접수일 매매계약일 양수인 (거래가액) 청구인 (1/3 지분, 쟁점지분)

2016. 9. 13.

2016. 4. 12. A (3,285,000,000원) B(1/3 지분)

2016. 9. 13.

2015. 12. 8. A (3,285,000,000원) C(1/3 지분)

2016. 9. 13.

2016. 7. 15. A (6,000,000,000원)

○ 청구인은 2016. 4. 12. A와 쟁점지분에 관하여 매매대금을 3,285,000,000원, 계약금 328,500,000원은 당일 지급, 잔금 2,956,500,000원은 2016. 5. 31.에 지급하기로 하는 매매계약을 체결하였다가, 이후 잔금 지급일자를 2016. 9. 13.로 변경하였다.

2. 쟁점토지의 재산세 과세유형

○ 창원시 D구청장이 2018. 1. 4. 처분청에 회신한 내용에 따르면 쟁점토지의 재산세 과세유형은 아래와 같다. 연도 과세유형 연도 과세유형 2009 별도합산 2013 별도합산 2010 종합합산 2014 종합합산 2011 별도합산 2015 별도합산 2012 별도합산 2016 종합합산

○ D구청장은 당초 쟁점토지에 관한 2016 과세연도 재산세를 별도합산으로 부과하였으나, 쟁점토지 지상 가설건축물의 실제 철거일이 2015. 11. 24.이어서 지방세법 시행령 제103조의2 에 따른 6개월을 가산하더라도 재산세 과세기준일인 2016. 6. 1.에는 쟁점토지를 건축물의 부속토지로 볼 수 없다는 이유로 종합합산과세대상으로 변경하여 재산세를 경정․고지하였다.

3. 쟁점토지 지상의 가설건축물 설치 및 철거현황

○ 주식회사 D은 청구인, B, C으로부터 쟁점토지를 임차하여 아래와 같이 쟁점토지 지상에 가설건축물(견본주택)의 설치를 신고하고 설치․철거한 사실이 확인된다. 신고번호 설치일자 신고서상 존치기간 실제 철거일자 건축면적

2010. 8. 31.

2011. 8. 25.

2011. 7. 31. 892.6㎡

2011. 8. 2.

2013. 8. 26.

2013. 8. 19. 892.6㎡

2015. 1. 21.

2015. 12. 1.

2015. 11. 24. 764.81㎡

4. 쟁점토지 지상에 가설건축물이 존재한 기간

○ 쟁점토지의 양도일인 2016. 9. 13. 직전부터 역산하여 5년이 되는 2011. 9. 13.부터 2016. 9. 12.까지 기간 중 쟁점토지 지상에 가설건축물(견본주택)이 존재한 기간은 1014일(= 706일 + 308일) 즉 2년 284일이다. 연도 재산세 부과방식 일자 내용 2011 별도합산 2011.8.2. 가설건축물 신축 2011.9.13. 양도전 5년 기산일 2012 별도합산 ↕ 가설건축물 존재기간 706일 2013 별도합산 2013.8.19. 가설건축물 철거 2014 종합합산 ↕ 가설건축물 부존재 2015 별도합산 2015.1.21. 가설건축물 신축 ↕ 가설건축물 존재기간 308일 2015.11.24. 가설건축물 철거 2016 종합합산 ↕ 가설건축물 부존재 2016.9.12. 쟁점토지 양도

5. 공동소유자의 불복내역

○ B 및 C은 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 양도소득세를 신고하였다. 처분청이 B 및 C에게 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 부과하자 B 및 C은 조세심판원에 심판청구를 제기하여 계속 중이다.

○ B은 청구인과 같이 쟁점토지가 사업용 토지라는 이유로 고지세액 전부를 다투고 있다.

○ C은 본세 부분은 다투지 않는다. 다만 창원시 D구청장이 착오로 2016 과세연도 재산세를 당초 별도합산으로 부과하였다가 종합합산으로 경정․고지하였기 때문에, 청구인이 쟁점토지가 비사업용 토지라는 사실을 알지 못한 데 정당한 사유가 있다는 이유로 가산세 부분의 취소를 구하고 있다.

• 라. 판단 소득세법 시행령 168조의6 제1호 에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’과 ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’ 및 ‘토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 모두에 해당하는 기간 동안 지방세법에 따른 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 아닌 토지는 비사업용 토지에 해당한다고 규정하고 있으므로, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 3년 이상의 기간’ 또는 ‘양도일 직전 3년 중 2년 이상의 기간’ 또는 ‘토지의 소유기간의 100분의 60에 상당하는 기간 이상의 기간’ 중 어느 하나의 기간 동안 지방세법에 따른 재산세 별도합산 또는 분리과세대상인 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목 및 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 문언상 비사업용 토지에 해당하는 기간은 ‘일수로 한다’고 규정되어 있는 점, 양도소득세는 보유기간 중 발생한 양도차익에 과세하는 것이므로, 사업용 토지인지 여부도 양도시점 뿐만 아니라 보유기간 중 사업용으로 사용된 기간을 고려하여 판단하여야 하는 점, 재산세 부과와는 별개로 쟁점토지가 과세기준일이 아닌 다른 시점에 재산세 별도합산대상이 되는지에 대한 판단이 가능한 점 등에 비추어 보면 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 ‘기간’은 실제 비사업용 토지로 제공된 ‘일수’로 판단하여야 한다{부산지방법원 2008. 8. 13. 선고 2008구합847 판결(확정) 참조}. 또한 국세청 해석례에 따르면, 재산세 별도합산과세대상으로 과세된 기간 중에 가설건축물을 철거하여 실질적으로 나대지 상태인 기간이 포함되어 있는 경우, 사업용 토지에 해당하는 기간은 가설건축물이 실제 설치되어 있는 기간으로 한다(서면-2015-법령해석재산-0459, 2016. 4. 7. 참조). 이 사건에서 보건대 쟁점토지의 양도일인 2016. 9. 13. 직전부터 역산하여 5년이 되는 2011. 9. 13.부터 2016. 9. 12.까지 기간 중 쟁점토지 지상에 실제로 가설건축물(견본주택)이 존재한 기간은 2년 284일로서 3년에 미달하므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.