법인으로 보는 단체로 승인받기 이전의 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

이건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구종중은 처분청으로부터 2016.1.7. 소득세법 제168조 제5항 에 따라 ‘법인 아닌 단체’로 고유번호를 부여받았으며, 이후 2017.9.22. 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 비영리법인이다.
• 나. 청구종중은 00도 00시 00구 임야 11,***㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1985.1.1. 취득하여 보유하다가 2016.1.21. MMM외 10명에게 8,466백만원에 양도한 후 2016.3.28. 양도소득세 2,211백만원을 처분청에 신고⋅납부하였다.
• 다. 청구종중은 쟁점토지의 양도소득이법인세법제3조【과세소득의 범위】제3항 제5호 및법인세법시행령제2조【수익사업의 범위】제2항을 근거에 따라 고유목적사업에 사용한 토지라는 취지로 2017.5.11. 당초 납부한 세액 2,211백만원 전액을 환급하여 줄 것을 처분청에 경정청구 하였다.
• 라. 처분청은당해 종중은 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하여 본 건 경정청구를 기각함이라는 사유로 2017.6.30. 청구종중에게 경정청구 거부 통지를 하였고, 청구종중은 이에 불복하여 2017.9.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구종중은 토지의 양도당시 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다.

1. 처분청은 “고유번호 신청시 법인으로 보는 단체로 신청되지 않았기 때문에 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다.”는 이유로 경정청구를 거부하였으나, 청구종중은 쟁점토지의 양도가 발생하기 오래전부터 실질적으로국세기본법제13조【법인으로 보는 단체】제2항의 요건을 모두 갖추고 있었으며, 쟁점토지의 양도계약에 의한 잔금청산일(2016.1.21.)이 다가옴에 따라 납세의무가 발생할 경우 지체 없이 납세의무를 이행하기 위하여 적법하게 세무대리업을 영위하고 있는 세무대리인에게 ‘법인으로 보는 단체’ 등록업무를 위임하여 2016.1.7. 고유번호증을 전달 받았다.

• 가) 이에 청구종중은 법인으로 보는 단체로 고유번호 등록되었다고 판단하고 있었으며 경정청구신청 시에도 당연히 ‘법인으로 보는 단체’로서 경정청구를 하였다.
• 나) 법인이 아닌 단체로 등록되어있던 사실을 알게 된 것은 2017.7.10. 경정청구에 대한 거부처분을 받고난 이후, 경정청구 거부처분의 사유를 확인하는 과정에서 2016.1.7. 발급받았던 고유번호의 신청서사본을 2017.8.10. 처분청으로부터 발급받아 확인한 때였다.

2. 청구종중이 양도소득세를 신고납부하게 된 경위는 쟁점토지의 양도 후 당시 청구종중의 사무처장을 맡은 OOO이 세무대리인에게 지불하게 될 수수료를 절약하고자 세무업무를 직접 진행하였고, OOO은 자산이 양도되었기 때문에 세금을 납부해야한다는 막연한 생각으로 고유목적사업을 위해 사용된 고정자산의 양도차익에 대해 법인세법상 수익에서 제외되는 규정이 있음에도 불구하고, 법인세법의 규정을 제대로 숙지하지 못한 채법인세법제62조2【비영리내국법인의 자산양도 소득에 대한 과세특례】에 따라 소득세법을 준용하여 신고납부하게 되었다.

3. 청구종중은 2017.5.11. 청구한 경정청구가 ‘법인으로 보는 단체’가 아님을 이유로 기각되었기 때문에 2017.9.12.에 2016.1.7.자로 부여 받았던 ‘법인이 아닌 단체 고유번호’를 ‘법인으로 보는 단체의 고유번호’로 정정해줄 것을 처분청에 요청하였다. 이에 대해 처분청은 2017.9.22.자로 청구종중을 ‘법인으로 보는 단체’로 승인하고 다시 고유번호를 부여하였다. 청구종중은 오래전부터 법인으로 보는 단체로서의 법률적 요건을 모두 갖추고 있었으며 2016.1.7.부터 2017.9.12.까지 사정변경이 전혀 없는 동일한 종중이다. 그렇기 때문에 청구종중은 당초 고유번호를 부여받았던 2016.1.7.에도 ‘법인으로 보는 단체’로 인정 받아야한다.

• 나. 쟁점 토지는 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당한다.

1. 청구종중은 수익사업을 영위한 적이 없는 종중으로서 쟁점토지는 묘지로만 사용되어왔으며, 쟁점토지와 관련하여 어떠한 형태의 수익이나 묘지 외의 용도로 사용된 적이 없다.

2. 00공사는 택지개발계획승인을 받으며 청구종중이 소유하던 쟁점토지의 일부를 2002.3.11. 수용하였다.

• 가. 토지의 양도당시 당해 종중은 ‘법인으로 보는 단체’에 해당 안 됨.

1. 세법상 납세의무자가 되려면 인격이 있어야 한다. 여기서 ‘인격’이란 권리․의무의 주체가 될 수 있는 자격을 말하며, 자연인과 법인으로 구분된다. 일반적으로 ‘자연인’은 태어나면서 자연스럽게 인격을 갖춘 사람을 의미하고, ‘법인’은 법에 따라 인격을 부여받은 일정한 단체를 말하므로 법인이 되려면 설립등기를 하여야한다.

2. 그런데 설립등기를 하지 아니한 법인이 아닌 사단, 재단, 그밖에 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)는 자연인도 아니고 법인도 아니므로 이를 그대로 방치하면 그 단체가 획득한 소득에 대하여 어떠한 납세의무도 부담하지 않게 되는 문제점이 발생한다. 따라서 세법에서는 법인 아닌 단체도 일정한 요건을 충족하는 경우에는 법인으로, 그렇지 않은 경우에는 자연인으로 보도록 규정하여 제반 납세의무를 부담하도록 하고 있다. 3) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】에서는 법인으로 보는 법인 아닌 단체에 대한 요건을 엄격히 규정하고 있으며, 청구종중은 경정청구일(2017.5.10.) 및 경정청구에 대한 기각 통지일(2017.6.30.) 현재 관할세무서장에게 ｢법인으로 보는 단체｣로 신청하여 승인받은 사실이 없다.

4. 따라서, 경정청구에 대한 기각 통지일(2017.6.30.) 현재 청구종중은 그 인격이 거주자로서 양도소득세 신고․납부는 적정하며 경정청구를 기각 통지한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 쟁점 토지는 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 않는다.

1. 청구종중은 경정청구에 대한 기각 통지일인 2017.6.30. 이후 2017.9.22. 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받고 2017.9.29. 본 건 심사청구를 하였으며,

2. 쟁점토지의 양도당시 청구종중은 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인 받은 적 없었고, 거주자로 소득세법에 따라 양도소득세를 신고․납부하였으므로 법인으로 보아 법인세법이 적용되어야 한다는 청구종중의 주장은 부당하다.

• 가. 쟁점

1. 토지의 양도당시 당해 종중이 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부

2. ‘법인으로 보는 단체’에 해당하는 경우 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 고유목적 사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다.국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 1-1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(법인세법제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 2) 소득세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

③ 국세기본법 제13조제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 3) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 3-1) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 3-2) 법인세법 시행령 제3조 【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다. 라.국세기본법제13조제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 4) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 3항 4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. 5) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지는 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계
• 가. 처분청에서 쟁점토지의 취득부터 심사청구 제기까지의 사실관계를 다음과 같이 정리하였다. ’85.1.1. ’16.1.7. ’16.1.21. ’16.3.28. ’17.5.11. ’17.6.30. ’17.9.22. ’17.9.29.

① 취득

② 개인 으로 보는 단체 승인

③ 양도

④ 양도세 신고납부

⑤ 경정 청구

⑥ 경정 청구 기각 통지

⑦ 법인 으로 보는 단체 승인

⑧ 심사 청구

• 나. 쟁점①과 관련하여 다툼 없는 사실

1. 청구종중은 쟁점토지를 2016.1.21. MMM외 10명에게 매매대금 8,466백만원에 양도하기로 2015.11.23. 계약서를 작성하고(2015.6.1. 계약을 잔금연장으로 재계약함), 계약금 836백만원은 종중총무인 GGG 농협계좌로 2015.6.1. 입금되었고, 잔금 7,629백만원은 청구종중 농협계좌로 2016.1.22. 입금되었다.

2. 청구종중은 쟁점토지의 매매대금 8,466백만원 증 양도소득세(2,212백만원), 지방소득세(221백만원), 중개수수료(92백만원)를 제외한 잔액 5,941백만원을 00은행에 정기예금(3,000백만원)과 일반예금(2,941백만원)으로 관리하고 있다.

3. 청구종중은 2016.1.6. 처분청에 “사업자등록신청서(개인사업자용)(법인이 아닌 단체의 고유번호신청서)”를 제출하여 2016.1.7. 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등)을 발급받았다.

• 가) 청구종중은 2016.1.6. “법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서”를 제출하면서 6종의 첨부서류〔①종중회장 확인서 ②종중회칙(1992.2.16.) ③종원확인서 ④사무소 무상사용 승낙서 ⑤쟁점토지의 등기사항전부증명서 ⑥쟁점토지의 폐쇄등기부 증명서〕를 제출하였다.
• 나) 청구종중은 2016.3.28. 단체명, 대표자, 소재지를 정정하는 사업자등록정정 신청을 처분청에 신청하여 정정된 고유번호증을 발급받았다

4. 청구종중은 경정청구가 기각된 후, 2017.9.12. 처분청에 “법인으로 보는 단체의 승인신청서”를 제출하여 2017.9.22. 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등: 본점)을 발급받았다.

• 다. 쟁점②와 관련하여 다툼 없는 사실

1. 쟁점토지는 00도 00시 00구 00동 00000번지 임야 21,113㎡에서 일부(2002.3.11. 9,866㎡, 2006.3.13. 195㎡)분할되어, 00도 00시 00구 00동 0000-1번지(11,062㎡)가 되었다.

2. 청구종중은 00공사의 택지개발사업에 따라 00시 00구 00동 산000번지(21,123㎡) 일대의 분묘를 2004. 2월과 4월에 개장함으로써 쟁점토지에는 그 이후 분묘가 존재하지 않았다.

3. 쟁점토지는 2013.*.**. 택지개발예정지구 지정이 해제되었음이 국토교통부 고시로 확인된다.

• 라. 청구종중이 법인으로 보는 단체의 요건을 갖추고 있다는 주장

1. 청구종중은 종중회칙을 1974년 제정하여 1981.2.23. 1991.2.17. 1992.2.16. 2016.2.28.개정하였으며 2017.2.19.은 종친회정관으로 명칭을 개정하였다.

2. 청구종중은 2016.1.10. 임시총회를 통하여 쟁점토지에 대한 처분을 가결하였다.

• 마. 양도소득세 신고내용과 경정청구 관련된 내용

1. 청구종중은 2016.3.28. 소득세법 시행규칙 별지 제84호 서식의 ‘양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’의 양식으로 쟁점토지의 매매와 관련하여 양도소득세를 신고하였다.

2. 이후 청구종중은 2017.5.10. 국세기본법 시행규칙 별지 제16호의2서식의 ‘과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서’를 신청하면서 법인세법 시행규칙 별지 제57호의2서식(비영리내국법인의 양도소득과세표준(수정)신고서)을 함께 제출 하였다.

3. 처분청은 2017.6.30. 00지방국세청의 경정청구 검토내용에 따라 ‘당해종중은 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하여 본 건 경정청구를 기각한다.’는 사유로 기각 통지하였다.

• 라. 판단 먼저 토지의 양도당시 당해 종중이 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지에 대하여 살펴 보건데,국세기본법제13조 제2항에서 ‘법인격 없는 단체’는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있을 것이다. 또한, 국세기본법 제13조 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 종중이 단체로 승인받기 전에 부동산을 양도하고 1거주자로 양도소득세를 신고․납부한 경우로서 해당 양도손익을 구성원에게 분배하지 아니하고 사실상 단체에 귀속시킨 것이 확인되며, 조세포탈의 우려가 없는 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 해당 양도손익을 단체의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있는 것이다(서면-2016-법령해석법인-3484, 2016.07.11. 참고). 앞서 본 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하면, 청구종중은 2016.1.7. ‘법인이 아닌 단체’로 승인받았다가, 쟁점토지의 양도일인 2016.1.21.로부터 1년이 경과한 2017.9.22. ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 사실이 확인되는 바, 쟁점토지 양도당시에는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않는 점, 청구종중은소득세법상 1거주자의 지위에서 양도소득세를 신고・납부한 것이므로, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여국세기본법제13조의 ‘법인으로 보는 단체’의 양도로 보지 아니하고 1거주자로 보아 청구종중의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점 2)는 청구종중이 ‘법인으로 보는 단체’에 해당되는 것을 전제로 하므로 앞서 살펴본바와 같이 청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한 것으로 판단된 이상 심의의 실익이 없으므로 심의를 제외한다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.