‘법인으로 보는 단체’ 승인 전 종중소유의 토지를 양도한 경우, 과세제외 법인소득(고유목적에 사용)에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2017.6.29. 청구인에게 한 2016년 과세연도 양도소득세 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구중종은 2016.12.27. ★★세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인이다.
• 나. 청구종중은 1995.6.29. AA시 AA동 산번지 임야 51,355㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하여 오다가 2016.6.30. BB주택조합과 주식회사OO개발에게 쟁점토지 중 28,321㎡를 10,백만원에 양도한 후 2016.7.12. 양도소득세 2,,,*원을 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 예정신고⋅납부하였다.
• 다. 청구종중은 쟁점토지의 양도소득은 당해 법인의 최초사업연도 개시일 전에 생긴 소득이고 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로 소득세법이 아닌 법인세법이 적용되어 과세 제외되어야 한다는 취지로 2017.5.16. 납부세액 ,,*,*** 원 전액을 환급하여 줄 것을 처분청에 경정청구 하였다.
• 라. 처분청은 양도소득세 납세의무자 여부는 쟁점토지의 양도 이후가 아닌 양도 당시를 기준으로 판단하는 것이므로 1거주자의 지위에서 양도소득세를 신고․납부하여야 하는 것으로 보아 2017.6.29. 경정청구를 기각 통지하였고, 청구종중은 이에 불복하여 2017.8.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구종중은 'BBBB씨DDDD문중회‘라는 단체명으로 2016.12.27. ★★세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았으므로 법인세법이 적용되어야 한다.
• 나. 당해 비영리법인의 최초 사업연도의 개시일은 법인세법 시행령 제3조 【사업연도 개시일】제2항 및 질의회신 서면2팀-1730(2004.08.18.)에 의하여 법인승인일인 2016.12.27.이 아니라 최초의 손익이 발생한 2016.6.30.이 되는 것이며 2016.6.30. 양도분인 쟁점토지에 대해서도 법인세법이 적용되어야한다.
• 다. 국세기본법 제13조 제2항 제3호 ‘단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’은 비영리성의 요건이다

1. 영리를 목적으로 한다는 것은 법인이 영리적인 사업을 한다는 의미가 아니라 구성원의 이익을 목적으로 함을 의미한다. 즉, ‘영리 아닌 사업’을 목적으로 한다는 것이란 법인사업에서 발생한 이익이 구성원에게 분배되는 것이 아닌 사업을 목적으로 한다는 것을 말하며, 반드시 공익을 목적으로 할 필요도 없다.

2. 위와 같은 해석은 세무실무에서도 동일한바, ‘영리 아닌 사업이란 법인의 구성원인 사원의 이익을 목적으로 하지 않는 사업이라는 의미이다. 다시 부연한다면 사원에 대한 이익의 분배 또는 잔여재산의 분배를 목적으로 하는 사업이 아니라는 의미인 것이다’라거나, ‘영리를 목적으로 한다는 것은 법인이 영리적인 사업을 한다는 의미가 아니라 사원의 이익을 목적으로 함을 의미한다. 즉, 사업을 함에 있어서 이익을 사원에게 분배함으로써 그 구성원의 사익이 도모된다면 그 법인은 영리법인이고, 반대로 이익을 사원에게 분배하지 않는다면 비영리법인이다’라고 해석한다.

3. 청구종중이 구성원의 이익을 도모하기 위한 단체가 아니라는 것은 자명한 사실이다. 즉 당연히 비영리단체이다.

• 라. 2007.12.31. 개정당시 국세기본법 제13조 제1항 에 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’을 추가한 이유를 보면,

1. 법인격 없는 단체 중 비영리단체만 법인으로 보아 법인세법을 적용하고, 그 외의 경우에는 거주자 또는 공동사업자로 보아 소득세법을 적용하고 있으나, 이 법에서는 영리․비영리 단체가 모두 법인으로 보는 단체에 포함되는 것으로 해석되고 있어 이로 인한 세법상 상충문제를 해소 할 필요가 있어 법인으로 보는 단체의 요건으로 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니 할 것’ 이라는 문구를 추가하였음을 알 수 있다. 2) 국세기본법 제13조 제1항 개정이유를 보더라도 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것의 의미는 그 단체가 비영리성을 갖추고 있을 것을 의미하는 것이다. 따라서 비영리단체가 비정기적인 수익을 비정기적으로 분배한 것은 국세기본법 제13조 제2항 제3호 의 ‘단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’에 위배되지 않는다.

• 마. 2016년 양도당시 쟁점토지의 항공사진 상 쟁점토지위에 선조들의 묘가 있었음이 확인되고, AA시 BB출장소의 고발장에도 “AA동 산*번지 내에 산재해 있는 기존 조상 봉분묘 90여기를 개장 및 화장하였다”고 기재되어 있는 사실로 보아 선산으로 사용한 것이 확실하므로 고유목적에 사용한 고정자산으로 법인세 과세제외 되어야한다 1) 법인세법 제62조의2 과세특례규정에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 법인세 신고를 한 것으로 보는 것이며, 당초 양도소득세 예정신고를 한 것에 대하여 쟁점토지가 청구종중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하여 과세제외 되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청이 거부 처분하여 불복청구한 건으로 고유목적 사업여부도 불복청구 대상이다.

2. 다수의 심판례에서도 양도소득세로 신고한 경우 법인세법 적용대상이 되고, 법인세법 적용시 고유목적사업에 사용하였으므로 과세제외 되어야 한다는 판단을 하였고,

3. 대구지방법원2016구합20182 사건 판결에서도 동일한 처분에 대하여 무의미한 절차의 반복을 강제하게 될 뿐이라는 점 등의 사정을 고려한다면, 원고가 양도소득세 예정신고를 한 후 ‘원고에게는 양도소득세 납부의무가 없고 법인세법이 적용되며 법인세법에 따를 때 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제외되므로 원고에게는 법인세 납부의무도 없음’을 주장하면서 ‘법인세 경정청구’를 한 것은 부적법한 경정청구라고 할 수 없다고 판단하였다.

4. 따라서 양도소득세 경정청구를 하든, 법인세 경정청구를 하든 동일한 소득, 동일한 처분에 대한 불복 청구이므로 당초 경정청구 사유에 대하여 심리 및 판단이 진행되어야 한다.

• 가. 청구종중이 쟁점토지를 양도한 시기는 2016.6.30.이고 ★★세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 것은 양도 이후인 2016.12.27.로 확인되어 쟁점토지의 양도 당시에는 법인이 존재하지도 않은 상태였으며, 또한 1거주자의 지위에서 청구종중이 거래의 주체가 되어 매매계약을 체결하였음이 부동산 매매계약서에 의하여 확인이 되는바, 쟁점토지의 양도에 따른 손익 귀속은 1거주자로 보는 종중단체에 속하는 것으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 청구종중은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 사용하여 양도소득세 및 법인세 과세대상이 아니라고 주장하나, 쟁점토지의 고유목적사업 여부는 쟁점거래가 불복청구 등을 통해 법인의 소득으로 확정된 이후 비영리법인의 관할세무서에서 별도 검토할 내용이다.
• 다. 따라서 쟁점토지의 양도로 발생된 소득에 대하여 법인세법 규정을 적용할 여지가 없으므로, 쟁점토지를 법인세법상 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 판단할 필요가 없다.

• 가. 쟁점 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 전 종중소유의 토지를 양도한 경우, 과세제외 법인소득(고유목적에 사용)에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다.국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 1-1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(법인세법제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 2) 소득세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

③ 국세기본법 제13조제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 3) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 3-1) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 3-2) 법인세법 시행령 제3조 【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조제2호다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다. 라.국세기본법제13조제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 4) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고⋅납부⋅결정⋅경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고⋅납부⋅결정⋅경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고・납부・결정・경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는소득세법제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우소득세법제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만,소득세법제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. 5) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지는 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계

1. 청구종중은 2016.7.12. 양도소득세를 신고하였다가, 법인승일인 2016.12.27.보다 이전인 2016.6.30.양도분인 쟁점토지에 대해서도 법인세법 시행령 제3조2항 의 규정과 질의회신 서면2팀-1730, 2004.08.18에 의하여 당해 비영리법인의 최초사업연도 개시일은 최초의 손익이 발생한 2016.6.30.이 되는 것이며 2016.6.30.양도분인 쟁점토지에 대해서도 법인세법이 적용되어야 한다는 사유로 2017,5.16. 경정청구서를 제출하였다.

2. 처분청은 양도소득세 납세의무자 여부를 판단하는 것은 양도당시를 기준으로 하는바, 청구종중이 쟁점토지를 양도한 시기는 2016.6.30.이고 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 것은 2016.12.27.이므로 1거주자에 해당돤다는 사유로 2017.6.29. 경정청구를 기각하였다.

3. 청구종중은 ‘BB지역주택조합에 금#,##, 주식회사○○산업개발에 #,## 원 합계 ##,## 쟁점토지를 양도하고 각각 부동산 매매계약서를 작성하였다.

4. 쟁점토지의 양도대금 사용내역은 아래와 같다.

• 가) 양도소득세 납부서, 개인소득세 수납의뢰서, 증여세수납내역, 예금 잔액 증명서를 보면 토지 양도대금의 사용(분배) 내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 양도금액 양도소득세 등 종중원 분배 증여세 납부 잔 액 ,* 0,000 0,000 000 000 ※ 종중원 분배금은 증여세 포함이고, 잔액은 당초자금 00백만원 포함한 금액임
• 나) 양도대금은 BB농협(예금주명: BBBB씨DDDD문중회)통장으로 전액 입금되었다.
• 다) 양도대금 잔액 000백만원은 BB농협에 예탁되어 있다.

5. 2015.8.30. AA시 AA동 산*번지 임야 매도의 건에 관한 이사회 결의서(회의록) 내용은 다음과 같다. (생략)

6. 2016.1.31. 분배대상 및 비율에 대한 회의록 내용은 다음과 같다. (생략)

7. 2015.11.22.부로 시행하는 ‘회칙’의 주요내용은 다음과 같다. (생략)

8. 청구종중은 2016년 양도당시 쟁점토지의 항공사진 상 쟁점토지위에 선조들의 묘가 있었음이 확인된다며 쟁점토지의 항공사진을 제출하였다. (생략)

9. 청구종중은 AA시 BB출장소의 고발장에도 “AA동 산*번지 내에 산재해 있는 기존 조상 봉분묘 90여기를 개장 및 화장하였다”고 기재되어 있는 사실로 보아 선산으로 사용한 것이 확실하다며 2015.12.14. AA시 BB출장소장이 AADD경찰서장에게 제출한 고발장을 제출하였다. (생략)

• 라. 판단 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목은 ‘법인으로 보는 단체’의 최초사업연도 개시일은 납세지 관할세무서장의 승인일이라고 규정하고, 한편 위 시행령 제3조 제2항은 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 따르면 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다. 앞서 본 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구종중은 거주자 상태에서 쟁점토지를 양도하고 2016.7.12. 양도소득세를 신고⋅납부하였으나, 이후 2016.12.27. 국세기본법 제13조 에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 점, 쟁점토지의 양도대금은 청구종중 통장으로 입금되었다가 종중회의 승인으로 종중원들에게 분배되었고, 청구종중이 과세주체로서 세금을 납부하였으므로 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 전후하여 계속성과 동질성이 유지되어 양도손익이 청구종중에게 귀속된바, 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있는 점, 청구종중에게 조세포탈의 우려가 있다고 보기도 어려운 점 등을 고려 시, 쟁점토지의 양도소득은 소득세법이 아니라 법인세법이 적용되어야 한다. 또한, 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 이용되어 왔다면 그 종중단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있어, 이 사건 부동산이 청구종중의 선산으로 사용되어 왔음은 청구종중이 제출한 AA시 BB출장소의 고발장, 항공사진 등으로 쟁점토지에 양도당시 청구종중 일족의 분묘가 다수 소재하고 있었던 사실이 인정되는 점 등에 비추어 쟁점토지는 선산으로서 청구종중이 3년 이상 고유목적사업에 사용하여 과세제외 법인소득에 해당되므로, 처분청이 이건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.