쟁점주식 양도가 비상장법인의 대주주가 양도한 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용할 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인 AAA와 BBB(이하 “청구인들”이라 한다)는 ○○시 ○○구에서 2000.6.8. 개업하여 서비스/냉동창고업을 영위하는 ○○냉동주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 보유주식 20,000주(지분율 4.55%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 각각 2016.5.20. 양도하고, 2016.7.20. 각각 양도가액 583,260천원, 취득가액 100,000원, 양도소득금액을 477,346천원으로 양도소득세율 20%를 적용하여 94,969천원을 양도소득세를 신고하였다(청구인들 납부세액 합계 189,938천원).
• 나. 청구인들은 당초 쟁점양도를 비상장법인 대주주가 양도한 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용하여 신고하였으나, 쟁점주식은 중소기업 주식 등에 해당되는 것으로 10%를 적용해야 한다고 보아 각각 47,484천원을 감액하여 달라는 경정청구를 2016.9월 하였다(경정청구 청구금액 합계 94,969천원).
• 다. 처분청은 경정청구 검토한 결과 청구인들이소득세법시행령제157조 제4항에서 규정하고 있는 대주주에 해당되어, 쟁점주식 양도에 대하여소득세법제104조 제1항 제11호 다목에서 규정하는 세율 20%를 적용하여야 한다고 보아 2016. 11. 21. 청구인들에게 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017.5.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

소득세법상 대주주는소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하고 있는데 동 규정에서는 주권상장법인의 주주에 대해서만 규정하고 있을 뿐 주권상장법인이 아닌 법인에 대해서는 어떠한 규정도 없기 때문에 청구인들의 쟁점주식은 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목의 괄호속의 단서에 나타나는 대주주가 보유한 주식이 될 수 없는바, 처분청에서소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 위임하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제157조 【증권예탁증권 및 대주주의 범위】제4항 제1호의 규정을 적용하여 청구인들을 대주주라고 판단한 것은소득세법제94조 제1항 제3호 가목이 상장주식에 한정된 규정임에도 동 시행령을 나목의 비상장주식에까지 확대해석하여 잘못 적용한 것으로, 청구인들이 양도한 쟁점주식은 주권이 상장되지 아니한 중소기업의 주식으로, 청구인들은 소득세법에서 규정하고 있는 대주주에 해당되지 않아, 양도소득세율 10%를 적용해야 하며 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

소득세법제94조 제1항 제3호는 주식 관련 양도소득의 과세대상을 규정하기 위한 것으로 조문상 대주주의 개념이 상장법인에만 국한하여 적용되는 것으로 보기 어려우며,소득세법시행령제157조 제6항 제2호에서 대주주의 시가총액 범위를 산정할 때 비상장법인에 대한 별도의 규정을 두고 있는 것을 보아도 대주주의 범위는 상장법인과 비상장법인 모두에 적용되는 것으로 봄이 타당한바, 청구인들이 양도한 쟁점주식은 청구외법인 발행주식 총수의 4.55%로소득세법제94조 제1항 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 규정하는 대주주 범위에 해당되는 주식으로 양도소득세율 20%를 적용하는 것이 타당하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점주식 양도가 비상장법인의 대주주가 양도한 것으로 보아 양도소득세율 20%를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】[2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23>

[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 (중간 생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 1-1) 소득세법 시행령 제157조 【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

④ 법 제94조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다. <개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2005.2.19, 2005.8.5, 2009.2.4, 2010.12.30, 2012.2.2, 2013.2.15, 2013.6.28, 2013.8.27, 2016.2.17>

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다. <신설 2016.2.17>

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우

2. 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조제2항 에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우

⑥ 제4항제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다. <개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2006.2.9, 2009.2.4>

1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

2. 제1호외의 주식등의 경우에는 제165조제4항의 규정에 의한 평가액 1-2) 소득세법 시행령 제165조 【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】

④ 법 제99조제1항제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22, 2010.2.18>

1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 제158조제1항제1호가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

• 가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조제1호 에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율
• 나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

2. 제1호를 적용하는 경우 법 제99조제1항제4호의 주식등(이하 이 호에서 "비상장주식등"이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조제1항제1호 마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.

• 가. 법 제110조에 따른 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등
• 나. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 1년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 중에 있는 법인의 주식등
• 다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등

4. 제1호나목을 적용하는 경우 "발행주식총수"는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다. 2) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조제1항에 따른 세율

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40 (중간 생략)

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20
• 다. 사실관계

1. 청구외법인 주식등변동상황명세서 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 청구외법인의 2015사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서상 2015.12.31. 현재 주주현황은 다음과 같이 나타난다.

2. 청구외법인 상장여부 한국거래소 홈페이지 조회 결과 청구외법인은 양도일 현재 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스시장에 상장되어 있지 않은 비상장법인인 것으로 확인된다.

3. 청구인들의 쟁점주식 양도소득세 신고현황 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인들은 2016.7.20. 신고한 양도소득세 예정신고서 및 주식양도양수계약서에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

4. 청구인들의 경정청구 및 처분청 거부통지 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인들은 당초 신고시 쟁점주식 양도에 대하여 20%의 양도소득세율을 적용하여 신고하였으나, 2016.9.23. 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호의 대주주의 범위에 대한 규정이 비상장주식에는 적용되지 않으므로 쟁점양도에 대하여 10%의 세율을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구 하였으며, 처분청은 2016.11.21. 청구인들이 양도한 쟁점주식은 중소기업 대주주에 해당되어 양도소득세율 20%를 적용하는 것이 적정하므로 청구인들의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

• 라. 청구인의 세부주장

1. 처분청에서는 청구인들이소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 괄호속의 단서 조항의 대주주에 해당한다고 판단하여 양도소득세율을 20%로 하여 청구인의 양도소득세를 결정하였으나 청구인들은 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 괄호속의 단서 조항의 대주주가 될 수 없는바, 현행 소득세법상 대주주는소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하고 있는데 동 규정에서는 주권상장법인의 주주에 대해서만 규정하고 있을 뿐 주권상장법인이 아닌 법인에 대해서는 어떠한 규정도 없기 때문이다. 소득세법제94조 제1항 제3호는 주권상장법인의 주식은 가목에서, 주권상장법인이 아닌 법인의 주식은 나목에서 명백히 구분하여 규정하고 있으며 같은 법 시행령 157조의 제4항에서는 가목의 대통령령으로 정하는 대주주에 대해서만 규정하고 있을 뿐 나목의 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등에 대해서는 대주주에 관한 어떠한 규정도 없다.

2. 그러나, 처분청에서는 소득세법 시행령제157조 제6항 제2호의 규정에서 대주주의 시가총액 범위를 산정할 때 비상장법인에 대한 별도의 규정을 두고 있으므로 대주주의 범위를 상장법인과 비상장법인 모두에게 적용하여야 한다고 하여 경정청구를 거부하였으나, 처분청에서 거부하는 근거로 한 규정 소득세법 시행령제157조 제6항 제2호의 규정은 같은 법 시행령 제4항 제2호의 시가총액을 산정하는 기준을 명시한데 불과한 규정으로 비상장법인의 대주주의 범위에 대한 규정이라 할 수는 없는 것으로 비상장법인의 대주주의 범위를 확대해석하는 것이다. 설령 소득세법 시행령제157조 제6항 제2호의 규정으로 청구인들이 비상장법인의 대주주를 규정하고 있는 것이 된다고 하더라도 동 규정에서는 대주주를 주식의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 주주1인 및 기타주주로 한정하고 있어 청구인들의 주식 양도가액은 583백만원으로 이에 해당하지 않는다. 2017.2.3. 시행령 개정 내용을 보면 소득세법 시행령제167조의 8【중소기업의 범위】의 제목부터 “대주주 및 중소기업의 범위”로 개정하고 제1항을 신설하여 대주주의 범위를 규정하면서 비로소 비상장법인의 대주주의 범위를 명시하고 있는바, 시행령 개정 전에는 소득세법에서 비상장법인의 대주주에 대해서는 어떠한 규정도 없었다는 것을 반증하고 있는 것으로, 당연히 시행령 부칙에 따라 동시행령 개정일 이후 양도 분에 대해서만 비상장법인의 대주주 규정이 적용되어야 하는 것이며 처분청의 경정청구 거부는 부당하다.

3. 따라서, 청구인들이 양도한 청구외법인의 쟁점주식은 주권이 상장되지 아니한 중소기업의 주식으로 양도가액도 583백만원이며, 청구인들이 쟁점주식을 양도한 시기도 2016.5.20.로, 청구인들의 경우 소득세법의 비상장법인의 대주주 규정이 적용되어서는 안되는 것이 타당하므로 청구인들의 쟁점주식 양도소득에 대해 양도소득세율 10%를 적용하여 감액 경정되어야 한다.

• 마. 판단 청구인들은 양도한 쟁점주식은 주권이 상장되지 아니한 중소기업의 주식으로, 청구인들은 소득세법에서 규정하고 있는 대주주에 해당되지 않아, 양도소득세율 10%를 적용해야 한다고 주장하나, 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제94조 제1항 제3호는 양도소득의 범위를 “자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것(가목)과 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등(나목)을 양도로 발생하는 소득”으로 규정하고 있고, 위 법 94조 제1항 제3호의 규정에 따라 소득세법 시행령(2016.6.21. 대통령령 제27245호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제157조 제4항은 대주주가 양도하는 주식을 규정하면서 그 양도주체인 ‘대주주’를 “주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주(제1호)” 및 “주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주(제2호)로 규정하고 있고, 이러한 주주 1인, 대주주의 개념을 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관한 제3장에서 모두 적용하도록 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 따라 위 시행령 제157조 제4항에서 규정하고 있는 대주주의 범위는 상장주식이나 비상장주식의 양도소득 과세대상과 관련하여 동일하게 적용하는 것으로 판단되므로 법 제104조 제1항 제11호 나목 괄호안의 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다’의 규정에도 동일하게 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(대법원2006두18041, 2007.11.29. 판결 참조). 따라서, 처분청이 청구외법인 발행주식 총수의 4.55%에 상당하는 쟁점주식을 양도한 청구인들을 대주주로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.