청구인이 쟁점농지를 상속받은 후 1년이상 자경한 것으로는 볼 수 없으나, 장기보유특별공제는 적용함이 타당함

@@세무서장이 2017.4.12. 청구인에게 한 2016년 과세연도 양도소득세 ##,764,731원의 부과처분은

1. 이 건 과세대상 토지(ooo도 oo시 oo면 oo리 ooo-o 전 ooo㎡ 및 같은 리 ooo-o 전 o,ooo㎡)의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 과세표준과 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1.

• 가. 청구인의 부 김aa은 ooo도 oo시 oo면 oo리 ooo-o 전 ooo㎡ 및 같은 리 ooo-o 전 o,ooo㎡(이하 “쟁점농지”라고 한다)에 거주하면서 이를 자경하다가 1980.10.29. 사망하였고, 청구인은 1985.4.24. 부동산등기특별조치법에 따라 쟁점농지에 관하여 1960.4.3.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료하였다.
• 나. 청구인은 쟁점농지의 소재지에서 출생하여 1982.8.19.까지 거주하다가 1982.8.23. oo oo구 oo동 ooo-o으로 전입하였다.
• 다. 청구인은 2016.3.10. 쟁점농지를 신bb, 신cc, 박dd에게 9,375만원에 양도하였고, 신bb는 2016.5.31. 쟁점농지 중 oo리 ooo-2 전 ooo㎡, 신cc 및 박dd은 같은 날 쟁점농지 중 고정리 ooo-o 전 o,ooo㎡에 관하여 각 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료하였다.
• 라. 이에 청구인은 2016.11.30. 쟁점농지를 8년 자경농지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액 43,743,809원으로 계산한 후, 산출세액 5,106,571원에 대한 양도소득세 감면을 신청하여 2016년 과세연도 양도소득세를 예정신고하였다.
• 마. 그러나 처분청은 청구인이 1976.3.15.～2008.12.31. ▣▣공무원으로 재직하였고, 1982.8.19. 쟁점농지에서 oo oo구 oo동 ooo-o으로 전출하는 등 쟁점농지를 김aa으로부터 상속받아 1년 이상 계속하여 경작하지 않은 것으로 보아, 2017.4.12. 청구인에게 장기보유특별공제 및 8년 자경농지 양도소득세 감면을 배제하여 2016년 과세연도 양도소득세 ##,764,731원을 결정․고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2017.4.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.

청구인의 부 김aa은 1980.10.29. 사망시까지 쟁점농지에 거주하면서 자경한 사실에 관하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 청구인은 김aa이 사망한 이후 1982.8.19. oo oo구 oo동 ooo-o으로 전출할 때까지 1년 이상 쟁점농지에 거주하면서 쟁점농지를 자경한 이상, 조세특례제한법 시행령 제66조 제11항 제1호 에 따라 양도소득세가 감면되어야 한다.

3.

청구인은 1976.3.15.부터 ▣▣공무원으로 임용되어 2008.12.31.까지 재직하였던 이상 김aa이 사망한 이후 oo oo구 oo동 ooo-o으로 전출할 때까지 1년 이상 쟁점농지를 자경하였다고 보기 어려워 양도소득세 감면배제함이 타당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점농지를 상속받은 후 1년 이상 자경하였는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (중략)

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (중략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. (중략)

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것. (3) 소득세법 (가) 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. [표1] 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 … … (중략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, (중략) 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. <2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되어 2016.1.1.부터 시행되었다가, 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되어 2017.1.1.부터 시행된 소득세법에서는 삭제됨> (나) 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. (중략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령 (가) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 (나) 제168조의8【농지의 범위 등】

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항을 준용한다. (다) 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. 1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지. (중략) (5) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 영 제168조의14 제3항 제1호의2에서 "8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야·목장용지"란 다음 각 호의 토지를 말한다.

1. 8년 이상 농지의 소재지와 같은 시·군·구(자치구를 말한다. 이하 이 항에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하는 자가 조세특례제한법 시행령제66조 제13항에 따른 자경을 한 농지

• 다. 사실관계 등

(1) 청구인이 제출한 김aa의 개인별주민등록표 1매에 따르면, ① 김aa의 생년월일은 1912.6.13., ② 본적 및 주소(사망당시까지)는 쟁점농지의 소재지인 사실이 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 김aa의 제적등본 1매에 따르면, ① 청구인은 김aa의 자인 사실, ② 김aa은 1980.10.29. 쟁점농지의 소재지에서 사망한 사실이 각 확인된다.

(3) 청구인이 제출한 2016.11.9.자 발급 청구인의 기본증명서, 2017.6.28.자 발급 제적등본 각 1매에 따르면, 청구인의 출생장소 및 등록기준지가 쟁점농지의 소재지인 사실이 확인된다.

(4) 청구인이 제출한 청구인의 주민등록초본 1매에 따르면, 청구인은 쟁점농지의 소재지에서 거주하다가 1982.8.19. 전출하여 1982.8.23. oo oo구 oo동 ooo-o으로 전입한 사실이 확인된다.

(5) 청구인이 제출한 쟁점농지의 폐쇄등기부증명서 1매에 따르면, 김aa은 1942.7.3. 쟁점농지에 관하여 1942.5.13.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 사실이 확인된다.

(6) 청구인이 제출한 쟁점농지의 토지등기부등본 및 토지대장 4매에 따르면, ① 청구인은 1985.4.24. 쟁점농지에 관하여 1960.4.3.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 사실, ② 신bb는 2016.5.31. 쟁점농지 중 ooo ooo-o 전 ooo㎡에 관하여 2016.3.30.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 사실, ③ 신cc 및 박dd은 같은 날 쟁점농지 중 고정리 ooo-o 전 o,ooo㎡에 관하여 2016.3.30.자 매매를 원인으로 지분 1173분의 587씩 소유권이전등기를 경료한 사실이 각 확인된다. (7) 청구인이 제출한 쟁점농지의 매매계약서 1매에 따르면, 청구인은 2016.3.10. 쟁점농지를 신bb, 신cc, 박dd에게 93,750,000원에 양도하기로 한 사실이 확인된다.

(8) ~ (15) 생략

(16) 청구인 주장 및 입증 (가) 청구인은 김aa의 사망 후에 부동산등기특별조치법에 따라 쟁점농지에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 등기한 이상, 쟁점농지는 사실상 상속재산이므로 그 취득시기는 상속개시일인 1980.10.29.이다. 김aa은 1942.7.3. 쟁점농지를 취득하여 사망시까지 쟁점농지의 소재지에서 거주하면서 자경하였고, 청구인은 고교 졸업 후 김aa을 도와 농업에 종사하였으며 김aa 사망 후 ▣▣로 전출할 때까지 쟁점농지를 1년 이상 자경하였다. 따라서 쟁점농지에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 가능하다고 주장한다. (나) 청구인은 사전열람자료에 대하여 다음과 같이 본인이 작성한 자경사실확인서 1매를 추가로 제출하고 있다. 자경사실 확인서

1. ▣▣공무원 근무현황 본인은 ▣▣공무원으로 임용(1976.3.15.)되어 @@$$서에 근무하다 1977.10.8. 연고지 ##$$서로 전보되었으며, 1980.6.12.부터 1982.6.30. oo oo국으로 전보될 때까지는 ##$$서 $$지서에서 근무하였으며 출퇴근은 집에서 오토바이를 이용하였습니다.

본인은 1978.12.8. 배우자 구QQ과 혼인하여 1982.8. ▣▣ 전출시까지 두 자녀와 어머니를 모시고 본적지에서 거주하면서 아침, 저녁시간 및 비번일, 공휴일을 이용하여 가족과 함께 농삿일을 하여 왔습니다. 양도토지는 집 앞 텃밭으로 늦가을부터는 보리와 마늘 등을 파종하고 이듬해 6월 수확 후에는 고구마, 무, 배추 등을 경작하여 가을에 수확하는 등의 농삿일을 반복하였습니다. 이 같은 농삿일은 어려서부터 부친을 도와 농법을 배워왔기에 제일 어렵다고 하는 농우(소)를 이용 이랑치기(고구마두둑 만들기), 네골치기, 초경, 재경 등 쟁기질을 잘하여 동리분들로부터 농삿일을 잘하는 $$관으로 불러지기도 하였습니다. 2017.7.6. 확인자 청구인

(17) 처분청의 의견 및 입증 처분청은 청구인의 부 김aa이 사망할 당시까지 8년 이상 쟁점농지를 자경한 사실, 청구인이 쟁점농지를 취득한 시기는 김aa이 사망한 날인 1980.10.29.인 사실에는 다툼이 없다. 다만 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우에만 피상속인이 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 보는 것인데, 청구인은 1951.10.30. 쟁점농지의 소재지에서 태어나 고등학교를 졸업한 후 1972.12.14.～1975.10.14.까지 군복무를 하였고, 1976.3.15.～2008.12.31. ▣▣공무원으로 재직하였으며, 1982.8.19. 쟁점농지의 소재지에서 전출하여 1982.8.23. oo oo구 oo동 ooo-o으로 전입하였다. 따라서 청구인은 쟁점농지를 취득한 1980.10.29. 이후 1년 이상 계속하여 쟁점농지를 경작하지 않았으므로, 8년 자경농지 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

• 라. 판단 청구인은 부 김aa이 1980.10.29. 사망한 이후에도 1982.8.19. ▣▣로 전출할 때까지 1년 이상 쟁점농지에 거주하면서 쟁점농지를 자경하였다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다. 조세특례제한법제69조에서 규정하는 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제규정의 취지는 8년 이상 계속하여 자경한 농지를 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세 등을 면제함으로써 농업에 종사하는 자가 장기간 농업에 종사할 수 있도록 하여 농촌인구의 감소를 방지하고 농업을 육성하고자 하는 정책을 조세부과의 측면에서 지원하려고 함에 있다 할 것으로, 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경농민에 해당하나, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 자경농민에 해당한다고 할 수 없다고 할 것이며, 자경 사실에 대한 입증은 납세자가 적극적으로 하여야 한다(대법원92누11893, 1993.7.13. 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 2017.5.12.자 및 2017.5.22.자 ▣▣oooooooo장 작성 공문에 따르면, 청구인은 1976.3.15. ▣▣공무원에 임용되어 부 김aa이 사망한 1980.10.29. 이후에도 ▣▣공무원으로 재직한 이상 직접 영농에 종사하기는 쉽지 않았을 것으로 보인다(▣▣고등법원2011누26574, 2011.11.23. ▣▣고등법원2010누15737, 2010.12.1. 같은 취지). 비록 청구인의 주민등록초본에 따르면 청구인은 부 김aa 사망 후 1년 이상 쟁점농지에 거주한 사실이 확인되고, 청구인은 농지원부 및 농지경작사실확인서를 제출하고 있으나, 농지원부는 최초작성일자가 이미 청구인이 쟁점농지를 양도한 이후인 2016.11.10.일 뿐만 아니라 농지경작사실확인서 또한 작성일자가 2016.11.로 사후적으로 임의작성되었을 가능성을 배제하기 어렵고, 달리 쟁점농지를 자경한 사실을 알 수 있는 직접적인 증빙은 제출하지 못하고 있다. 따라서 쟁점농지를 1980.10.29. 이후 1년 이상 자경하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 국세청 전산시스템(NTIS) 자료에 따르면 처분청은 청구인에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 이 건 처분을 한 사실이 확인되는데, 청구인과 처분청 사이에 청구인의 부 김aa이 쟁점농지를 8년 이상 자경하다가 1980.10.29. 사망하여 청구인이 이를 상속받은 사실 자체에 관하여는 다툼이 없는 이상, 쟁점농지는 비사업용 토지에서 배제되므로 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다(소득세법 제95조 제1항, 제2항 및 제4항, 제104조의3 제1항 제1호 가목, 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제1호의2). 따라서 처분청이 장기보유특별공제를 배제하여 한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4.

이상과 같이 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.