수용 후 5년이 경과한 주택부수 토지의 비과세 대상여부

청구인은 A에 수용된 주택의 잔존토지인 A시 대지 (이하 “쟁점토지” 라 한다)를 매매로 양도하고 1세대 1주택 부수토지로 비과세 신고하였다. 처분청은 청구인의 쟁점토지의 양도가 주택수용 후 5년이 경과하여 1세대 1주택 비과세 대상이 아니라고 보아 양도소득세를 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 쟁점토지는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 비과세 대상임을 주장하며, 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점토지 위 주택에서 거주 중 A시의 토지구획정리사업 시행으로 주택 및 주택 부수토지 전부가 수용되어 주택은 멸실되고 부수토지는 환지로 받았다. 이는 종전 주택이 1세대 1주택 비과세 대상이었고 환지로 받은 토지는 비과세 대상인 종전 주택의 부수토지였으며, 수용 등으로 주택멸실 후 나대지는 종전 주택과 동일하게 1세대 1주택의 부수토지로 인정되므로 양도소득세 부과처분은 부당하다.

청구인은 쟁점토지 위의 주택이 A시에 수용되면서 당시 양도소득세를 무신고 하였으나, 처분청은 1세대 1주택으로 비과세로 결정하였다. 이후 청구인은 수용 후 5년이 경과한 환지처분을 받은 잔존토지를 B에게 양도하고 비과세로 양도소득세를 신고하였다. 이에 처분청은 소득세법 시행령 제154조 1항 2호 및 같은 법 시행규칙 제72조 2항에 근거하여 쟁점토지를 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용되는 주택 및 토지로 보지 아니하고 앞서 수용된 주택과는 별개의 토지 양도로 보아 양도소득세를 고지한 처분청의 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 1세대 1주택에 부수되는 토지로 양도소득세 비과세 대상인지 여부
• 나. 법령 1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20>

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20> 2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위 】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 1995.12.30, 1998.4.1, 1999.12.31, 2002.10.1, 2002.12.30, 2003.11.20, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.12.31, 2006.2.9, 2008.2.22, 2008.2.29, 2010.2.18, 2011.6.3, 2012.6.29, 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.12.28, 2017.2.3>

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
• 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.
• 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세 대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

② 삭제 <2017.2.3>

③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. <개정 2005.12.31, 2010.2.18>

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. <개정 2010.2.18>

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. <개정 1995.12.30>

⑥ 삭제 <2017.2.3>

⑦ 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "지역별로 대통령령으로 정하는 배율"이란 다음의 배율을 말한다. <개정 2003.12.30, 2005.12.31, 2010.2.18, 2012.2.2, 2014.2.21>

1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역 내의 토지: 5배

2. 그 밖의 토지: 10배

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다. <개정 2008.2.22, 2010.12.30>

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유한 기간

⑨ 법 제89조제1항제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다. <신설 2003.12.30, 2005.12.31>

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2015.12.28, 2017.2.3>

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. <신설 2014.2.21> 3) 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대 1주택의 특례】

① 삭제 <2017.3.10>

② 영 제154조제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조제1항제3호가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다. <개정 1996.3.30, 1997.4.23, 1998.3.21, 2000.4.3, 2003.4.14, 2005.3.19, 2012.6.29, 2013.2.23, 2014.3.14>

③ 영 제155조제18항을 적용받으려는 자는 다음 각 호의 어느 하나의 서류를 제출하여야 한다. <신설 1996.3.30, 2012.2.28, 2017.3.10>

1. 매각의뢰를 신청한 경우에는 부동산매각의뢰신청서접수증

2. 법원에 경매를 신청한 경우에는 그 사실을 입증하는 서류

3. 법원에 현금청산금 지급소송을 제기한 경우에는 소제기일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류

④ 영 제155조제18항제1호에 따라 매각을 의뢰한 부동산의 처분방법, 처분조건의 협의절차 등에 관하여는 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 시행령 제6조 의 규정을 준용한다. <신설 1996.3.30, 2000.4.3, 2005.3.19, 2017.3.10>

⑤ 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률에 따라 설립된 한국자산관리공사(이하 "한국자산관리공사"라 한다)는 제4항에 따라 매각을 의뢰한 자가 매각의뢰를 철회한 경우에는 매각을 의뢰한 자의 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 통보하여야 한다. <신설 1996.3.30, 2000.4.3, 2017.3.10>

⑥ 제4항의 규정에 의한 부동산매각의뢰신청서 및 부동산 매각의뢰신청서접수증은 별지 제85호서식에 의한다. <신설 1996.3.30>

⑦ 영 제155조제8항 및 같은 조 제10항제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그밖에 부득이한 사유"란 제71조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다)·군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 지방자치법 제7조제2항 에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다)를 말한다. <신설 2009.4.14, 2013.2.23, 2014.3.14>

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점토지와 주택을 취득하여 보유하던 중 A시의 토지구획정리사업으로 주택 및 부수토지가 수용(공공용지협의취득)되었으며, 청구인은 이와 관련한 양도소득세는 신고하지 않았으나 처분청은 1세대 1주택으로 비과세 결정을 한 사실이 처분청 제출심리자료로 확인된다.

2. 청구인은 쟁점토지 및 주택이 수용된 후 5년이 경과한 시점인 잔금청산일에 환지처분을 받은 잔존토지를 A에게 양도한 사실이 등기부등본 및 토지대장으로 확인된다.

3. 청구인은 종전 주택이 1세대 1주택 비과세 대상이었고 환지로 받은 토지는 비과세 대상인 종전토지의 부수 토지였으며, 수용 등으로 주택 멸실 후 나대지는 종전 주택과 동일하게 1세대 1주택의 부수토지로 인정된다는 수원지방법원 판례(2010구합15323, 2011.1.20)를 제시하며 처분의 부당성을 주장한바, 그 결정내용은 다음과 같다. 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 의하면, 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 1세대 1주택의 양도에 해당하는 경우, 당해 주택과 이에 딸린 부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있다. 원래 ’1세대 1주택’에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세소득이 되려면 양도 당시 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하는 것이지만, 종전의 주택이 도시계획사업의 시행으로 인하여 철거됨에 따라 나대지로 남게 된 그 부수토지를 양도하는 경우에는, 적어도 종전의 주택이 철거될 당시 소득세법 소정의 ’1세대 1주택’ 으로서의 비과세요건을 갖추고 있었던 이상, 그 후 그 부수토지가 나대지의 상태로 양도되었다는 이유만으로, ‘1세대 1주택’에 부수되는 토지가 아닌 것으로 보아 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과할 수는 없는 것이라고 해석하는 것이, 국세기본법 제18조 제1항 에 ’세법의 해석・적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규 정된 세법해석의 기준에 합치되는 것이다(대법원 1992. 5. 12. 선고 92누1889 판결 참조).

4. 수원지방법원 판례는 부수토지 비과세를 판단함에 있어서 기한 제한이 있고, 나아가 부수토지 양도 당시에도 1세대 1주택 요건을 갖추어야 한다고 보기 위해서는 명시적인 법령규정이 있어야 하나, 명시적 규정이 없어 청구주장이 인용된 사건으로 확인된다.

• 라. 판단 청구인의 1세대 1주택에 해당하는 주택과 부수토지가 수용으로 양도되고 환지로 받은 종전 주택의 부수토지를 양도하였으므로 1세대 1주택 부수토지로 비과세 대상이라는 주장에 대하여 살펴본다. 청구인의 종전 주택의 부수토지는 토지구획정리사업으로 인한 수용으로 A시에 소유권이 이전되어 양도되었고 환지로 받은 종전 주택의 부수토지는 취득이후 5년이 지나 양도된 것이 등기부등본 등으로 확인된다. 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 의 규정은 비록 1세대 1주택에 해당되어 그 부수토지도 비과세 대상에 해당된다 하더라도 부수토지가 비과세가 적용되는 기간을 5년 이내로 제한하고 있다. 이 경우 5년 내에 잔존토지 및 잔존주택을 양도하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 5년을 경과한 후에 양도하더라도 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당하는 것으로 보는 규정은 따로 존재하지 아니한다. 위와 같이 조세법령의 엄격해석 원칙, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세는 예외적인 특례인 점 등에 비추어 보면, 1세대 1주택에 해당하는 주택이 수용에 의하여 양도되었더라도 그로부터 5년이 경과한 이후에 부수토지가 양도된 경우에는 5년 기간 내에 양도하지 못한 데에 부득이한 사유가 있었는지 여부와 상관없이 양도소득세 비과세대상인 1세대 1주택의 부수토지에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서, 청구인의 종전 부수토지가 5년을 경과하여 양도되어 소득세법 시행규칙 제72조 규정에 따라 양도소득세를 부과한 처분청의 처분은 잘못이 없어 보인다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.